Search
Search results for: BIAŁKA PRZECIWDZIAŁAJĄCE ZAMARZANIU, WODA SOLWATACYJNA, EFEKTY SOLWATACYJNE, DYNAMIKA MOLEKULARNA
-
Charakterystyka otoczki solwatacyjnej białka przeciwdziałającego zamarzaniu wody
PublicationWiele organizmów rozwinęło oryginalne sposoby na radzenie sobie z niebezpieczeństwami związanymi z narażaniem na niskie temperatury. Istnieje np. szczególna grupa białek powstrzymujących wzrost zarodków krystalizacji wody. W budowie analizowanego tu białka wskazać można trzy powierzchnie: jedną wiążącą się do lodu oraz dwie pozostające w kontakcie z wodą w stanie ciekłym. Przedmiotem tej pracy było opisanie struktury wody sąsiadującej...
-
Kwantowa dynamika procesu fotodysocjacji rodnika winoksylowego. Nieadiabatyczne efekty w pobliżu przecięcia stożka
Publication.
-
Dynamika molekularna oddziaływań przeciwgrzybowych heptaenów aromatycznych i ich izomerów all-trans ze sterolami w błonach lipidowych
PublicationAromatyczne heptaeny (AH) należą do grupy makrolidów polienowych o działaniu przeciwgrzybowym. Antybiotyki z tej grupy były pierwszymi, które zostały wykorzystane w terapii układowych infekcji grzybiczych. Amfoterycyna B (AmB) oraz nystatyna, czyli niearomatyczni przedstawiciele makrolidów heptaenowych, mają istotne znaczenie kliniczne w leczeniu, odpowiednio, grzybic wewnętrznych i zewnętrznych. Molekularne podstawy mechanizmu...
-
Rola wody solwatacyjnej w kształtowaniu aktywności białek z grupy krioprotektantów
PublicationBiałka przeciwdziałające zamarzaniu (AFP) posiadają zdolność do hamowania wzrostu kryształów lodu powstających w płynach ustrojowych organizmów żywych narażonych na działanie temperatur niższych od 0°C, poprzez wiązanie się z powierzchnią tych kryształów. W ramach mojej pracy, stosując metody dynamiki molekularnej, starałam się poznać szczegóły mechanizmu zachodzenia tego procesu. Aby to osiągnąć, przeprowadziłam szereg symulacji...
-
Bacterial SSB-like proteins of family Deinococcaceae - indentification, isolation, obtaining, purification and molecular characteristic
PublicationWiększość poznanych białek SSB jest aktywna w formie homotetramerycznej. Od 2002 roku znane są białka organizmów ekstremofilnych. Scharakteryzowano białka mikroorganizmów rodziny Deinococaceae. Uzyskane termostabilne białka stanowią atrakcyjną alternatywę w stosunku do znanych białek SSB w metodach diagnostyki molekularnej, technikach biologii molekularnej i analityce.
-
MM/PBSA analysis of molecular dynamics simulations of bovine beta-lactoglobulin: free energy gradients in conformational transitions?
PublicationPraca dotyczy pH zależnych zmian konformacyjnych EF pętli beta-laktoglobuliny. Zmiany te są śledzone za pomocą metod obliczeniowych chemii (dynamika molekularna oraz metody MM/PBSA).
-
Chapter 14. Physical and chemical interaction of componenets in food systems
PublicationBiałka, lipidy, sacharydy, składniki mineralne, woda i inne związki występują w żywności w postaci roztworów i różnych mikrostruktur - kropelek, globulek, kryształów, włókienek i błon. Reaktywne grupy funkcyjne tych składników wchodzą w warunkach przechowywania i obróbki, szczególnie po zniszczeniu oryginalnych struktur, w interakcje wpływające na barwę, zapach, smak i reologiczne właściwości żywności. W technologii żywności wykorzystuje...
-
Józef Kur prof. dr hab.
People -
Obtaining ionic forces by the total-energy tight-binding method
PublicationZastosowanie metody ciasnego wiązania w sformułowaniu nieortogonalnym do obliczania sił atomowych w symulacji metodą dynamiki molekularnej pozwala na stworzenie modelu charakteryzującego się lepszą przenośnością, w porównaniu z potencjałami empirycznymi, którymi posługuje się tradycyjna dynamika molekularna. W niniejszej pracy przedstawiono szczegółowo sposób obliczenia pochodnych elementów macierzy Hamiltona i macierzy nakładania...
-
Food components and their role in food quality
PublicationBiałka, lipidy, sacharydy, składniki mineralne, woda i inne składniki wpły-wają na właściwości sensoryczne, trwałość, wartość odżywczą i zdrowotnośćżywności. W czasie przechowywania żywności i wskutek obróbki składniki ule-gają korzystnym i niepożądanym zmianom pod wpływem działania enzymów i czyn-ników środowiska.
-
Dynamic stability and spatial heterogeneity in the indyvidual-based modelling of a Lotka-Volterra gas.
PublicationPrzedstawiono wyniki symulacji systemu drapieżnik-ofiara. Dynamika populacji jest opisana oddziaływaniami typu Lotki Volterry ala uzyskane efekty przestrzenne różnia się od rozwiązań równań Lotki Voltery. Do analizy wyników symulacji uzyto miary entropii i korelacji. Entropia oscyluje w rytmie zgodnym z całą populacją, zaś średnie wartości korelacji skrosnej są zależne od rozmiarów okna obserwacji.
-
Badanie, metodami dynamiki molekularnej, hydratacji domeny katalitycznej cząsteczki kinezyny oraz wpływu efektów hydratacyjnych na jej funkcjonalność motoryczną
PublicationCelem pracy było zbadanie właściwości wody solwatacyjnej wokół domeny motorycznej kinezyny oraz pomiędzy kinezyną a dimerem tubulinowym. Ponadto, analizowany był wpływ rozpuszczalnika na siłę generowaną przez szyjkę łącznikową kinezyny. Dane otrzymane zostały z użyciem symulacji komputerowych. Odkryto liniową korelację pomiędzy współczynnikami dyfuzji wody solwatacyjnej i ruchliwością sąsiadujących atomów białka. Wpływ wody na...
-
Sławomir Milewski prof. dr hab. inż.
PeopleSławomir Milewski, born in 1955 in Puck, Poland, graduated in 1979 in Chemistry from the Faculty of Chemistry, Gdańsk University of Technology (GUT). In 1984 was employed at the Department of Pharmaceutical Technology and Biochemistry. In 1985 he got his PhD, in 1994 became a DSc (habilitation) and in 2002 got the professorship in chemical sciences. Currently he is a full professor and Head of the Department of Pharmaceutical Technology...
-
Oddziaływania międzycząsteczkowe w wybranych układach trójskładnikowych: woda - osmolit - model łańcucha białkowego
PublicationW niniejszej rozprawie przedstawione zostały wyniki moich prac nad oddziaływaniami międzycząsteczkowych w wodnych układach osmolitów i białek. Wykorzystałam równolegle dwa kierunki badań: spektroskopię w podczerwieni (FTIR) oraz badania wolumetryczne i akustyczne. Mając możliwość śledzenia formowania się włókien amyloidowych, postanowiłam zbadać również wpływ wytypowanych osmolitów na proces formowania się włókien białkowych. Najważniejszym...
-
Dodatki do żywności wspomagające separację pianową białek serwatkowych
PublicationZbadano możliwości poprawy efektywności współprądowej separacji pianowej białek serwatkowych poprzez wzbogacenie surówki o substancje dodatkowe. Aby wyizolowane białko mogło być powtórnie wykorzystane, jako addytywy wybrano substancje powszechnie stosowane w przemyśle spożywczym jako dodatki do żywności: gumę arabską (E 414), gumę ksantanową (E 415) oraz karagen (E 407). Najlepsze efekty tj. najwyższe wartości współczynnika wzbogacenia...
-
Influence of molecular organization of photo-active azo-phanes on thereactivity in monolayers at the air-water interface.
PublicationStwierdzono, że molekularna organizacja monowarstw na granicy powietrze-woda, otrzymanych z amfifilowego azofanu z nierozgałęzionym podstawnikiem n-dodecylowym różni się od tej uzyskanej dla analogu z objętościowym podstawnikiem ''tert''-oktylowym pod względem powierzchni zajmowanej przez cząsteczkę. Kompleksowanie jonów sodu z subfazy wodnej, jak wywnioskowano z pomiaru potencjału powierzchniowego, jest ułatwione w przypadku azofanu...
-
Effects of Urea and Trimethylamine-N-oxide on the Properties of Water and the Secondary Structure of Hen Egg White Lysozyme
PublicationW celu określenia sposobu hydratacji mocznika i N-tlenku trimetyloaminy, wykorzystano spektroskopię oscylacyjną FTIR. Dane eksperymentalne, otrzymane z pomiarów widm oscylacyjnych wody półciężkiej (HDO) rozcieńczonej izotopowo w wodnych roztworach badanych związków, analizowane były za pomocą "metody widm różnicowych". Strukturalno-energetyczna charakterystyka wody zaburzonej przez cząsteczki osmolitów wskazuje, że woda zaburzona...
-
Wpływ osmolitów na stabilność białek w oparciu o metodę dynamiki molekularnej
PublicationCelem niniejszej pracy było zbadanie molekularnego mechanizmu wpływu biologicznie znaczących związków, tzw. osmolitów na stabilność białek. Aby zweryfikować istniejące hipotezy i dostarczyć spójnego obrazu działania osmolitów na poziomie molekularnym, wykorzystano metodę dynamiki molekularnej do zasymulowania mechanicznej denaturacji modelowych białek – lizozymu i ubikwityny. W tym podejściu odtworzony został efekt stabilizujący...
-
Chapter 1. Food components and quality
PublicationGłówne składniki żywności to woda, białka, sacharydy, lipidy i związki mineralne. Składniki występujące na ogół w mniejszych ilościach to niebiałkowe związki azotowe, witaminy, barwniki, związki zapachowe i dodatki funkcjonalne. Jakościowy i ilościowy skład żywności zależy od gatunku i odmiany surowców oraz warunków ich uprawy, żywienia, zbioru, przechowywania i przetwarzania. Składniki żywności i ich przemiany wpływają na zapach,...
-
Modelling hydraulic and capillary-driven two-phase fluid flow in unsaturated concretes at the meso-scale with a unique coupled DEM-CFD technique
PublicationThe goal of the research was to demonstrate the impact of thin porous interfacial transition zones (ITZs) between aggregates and cement matrix on fluid flow in unsaturated concrete caused by hydraulic/capillary pressure. To demonstrate this impact, a novel coupled approach to simulate the two-phase (water and moist air) flow of hydraulically and capillary-driven fluid in unsaturated concrete was developed. By merging the discrete...
-
Cross-talk between DNA damage and cell survival checkpoints during G2 and mitosis: pharmacological implications
PublicationW pracy wyjaśnialiśmy rolę surwiwiny w ochronie komórek w czasie przejścia między G2 i mitozą, traktowanych związkiem uszkadzającym DNA. Jako model komórkowy wybraliśmy komórki ludzkiej białaczki MOLT-4, które wykazują zwiększoną ekspresję białka surwiwiny i niefunkcjonalnym p53. Ekspozycja tych komórek na melfalan, klasyczny związek uszkadzający DNA, prowadzi do uruchomienia punktu kontrolnego w G2 i zablokowania progresji cyklu...
-
Zespół Katedry Równań Różniczkowych i Zastosowań Matematyki
Research Teams* topologiczne niezmienniki w teorii układów dynamicznych i ich zastosowania * teoria punktów stałych i periodycznych * metody matematyczne w kardiologii * miary złożoności i ich zastosowania * modele strukturalne z dyfuzją i warunkami brzegowymi Fellera * modelowanie ekspresji genu białka Hes1 * równania McKendrick-von Foerster z warunkiem odnowy * modelowanie termicznej ablacji za pomocą równania bio-przewodnictwa ciepła * soczewkowanie...
-
WILiŚ Budownictwo Fizyka I
e-Learning CoursesElementy algebry wektorów i analizy matematycznej. Równania ruchu. Transformacje Galileusza. Zasady mechaniki newtonowskiej. Ruch ciała o zmiennej masie. Nieinercjalne układy odniesienia. Siły bezwładności. Dynamika układu punktów materialnych. Ruch środka masy. Praca energia moc. Ruch obrotowy bryły sztywnej. Masowe momenty bezwładności. Prawo Steinera. Ruch drgający drgania swobodne, tłumione i wymuszone. Rezonans. Ruch falowy....
-
Wpływ rodzaju kwasu jako dodatku do eluentu na parametry rozdzielania polifenoli techniką chromatografii cieczowej w odwróconych układach faz (RP-HPLC)
PublicationChromatografia cieczowa jest jedną z technik wykorzystywanych w badaniach składu mieszanin, a także do wydzielania czystych składników z mieszanin w postaci frakcji eluatu. Z punktu widzenia współczesnej chemii, farmakologii, a także medycyny, czy biotechnologii, chromatografia pełni ważną rolę, w zakresie analityki jakościowej i ilościowej. Dzięki możliwości otrzymywania naturalnych składników biologicznie czynnych w czystej...
-
Jacek Namieśnik prof. dr hab. inż.
PeopleScientific discipline: chemistryRector in 2016-2019 He was born on 10 December, 1949 in Mogilno. He graduated in 1972 at the Faculty of Chemistry at Gdańsk University of Technology, obtaining a master's degree in chemical engineering. In 1972 he started working at Gdańsk University of Technology, where in 1978 he defended his doctoral thesis and in 1985 he completed his habilitation. He was appointed an associate professor in 1991...
-
Kurs przygotowawczy do matury
e-Learning CoursesProgram kursu z fizyki: Wielkości fizyczne, wektory i skalary, pomiary wielkości fizycznych, metodologia sporządzania tabel i wykresów, niepewności pomiarowe, planowanie prostych eksperymentów. Podstawowe pojęcia kinematyki punktu materialnego, układ odniesienia, wektor wodzący, tor ruchu, równanie ruchu, ruch prostoliniowy, ruch krzywoliniowy, droga, przemieszczenie, prędkość średnia, prędkość chwilowa, szybkość, przyspieszenie...
-
Techniki plastyczne i prezentacyjne 2023
e-Learning CoursesCelem zajęć jest zapoznanie studentów z różnorodnymi technikami plastycznymi stosowanymi do prezentacji opracowań studyjnych i projektów w różnych fazach. Zajęcia odbywają się w trybie stacjonarnym w Sali 365 we wtorki Grupa I. od 11:15 do 13:00 Grupa II. od 13:15 do 15:00 Pracujemy na formacie poziomym A4 papieru rysunkowego o grub. minimum 160g. Prace graficzne umieszczamy przy prawej krawędzi. Margines wokół arkusza 1cm,...