Search
Filters
total: 5310
filtered: 4641
-
Catalog
Chosen catalog filters
displaying 1000 best results Help
Search results for: molecular dynamic simulation
-
Early stage of critical clusters growth in phenomenological and Molecular Dynamic simulation models.
PublicationOpisano proces kondensacji pary wodnej w ujĘciu fenomenologicznymi dynamiczno-molekularnym. Wczesne fazy wzrostu klastra opisano w ramach klasycznej teorii Hertza-Knudsena. Obszernie przedstawiono wyniki symulacji dynamiczno-molekularnych zjawiska kondensacji pary wodnej z jednorodnej fazy gazowej (przebieg powstawania małych klastrów H2O i szybkość wzrostu klastrów ponadkrytycznych).
-
Early stage of critical clusters growth in phenomenological and Molecular Dynamic simulation models
PublicationW artykule opisano wzrost klastrów krytycznych w ramach klasycznego podejścia fenomenologicznego oraz dynamiczno-molekularnego (MD). Została wyprowadzona nowa formuła opisujaca liczbę klastrów krytycznych. Sformułowano równania opisujace wczesne etapy wzrostu kropli o rozmiarach krytycznych. Opisano wyniki symulacji dynamiczno-molekularnych powstawania klastrów w jednorodnej parze przesyconej oraz podano czasowe zmiany rozkładu...
-
Spectroscopic, molecular docking and molecular dynamic simulation studies on the complexes of β-lactoglobulin, safranal and oleuropein
Publication -
Structural and dynamic changes adopted by EmrE, multidrug transporter protein—Studies by molecular dynamics simulation
PublicationEmrE protein transports positively charged aromatic drugs (xenobiotics) in exchange for two protons and thus provides bacteria resistance to variety of drugs. In order to understand how this protein may recognize ligands, the monomer and asymmetric apo-form of the EmrE dimer embedded in a heterogeneous phospholipid (POPE + POPG) membrane were studied by molecular dynamics simulations. Dimer is regarded as a functional form of the...
-
Advanced Potential Energy Surfaces for Molecular Simulation
PublicationAdvanced potential energy surfaces are defined as theoretical models that explicitly include many-body effects that transcend the standard fixed-charge, pairwise-additive paradigm typically used in molecular simulation. However, several factors relating to their software implementation have precluded their widespread use in condensed-phase simulations: the computational cost of the theoretical models, a paucity of approximate models...
-
Molecular dynamics simulation of polymerization of p-xylylene
Publication -
Molecular simulation study of cooperativity in hydrophobic association
Publication -
Simulation model for evaluation of QOS dynamic routing
PublicationCurrent informational networks use a large variety of technologies to support data exchange. Most of them are focused on IP protocol and include mechanisms which by definition should supply demanded QoS. One of those mechanisms is efficient path calculation - routing. Traffic offered to the network can change very rapidly in short term. Routing should support such traffic changes and all the time calculate valid paths in terms...
-
Tracing of dynamic objects in distributed interactive simulation systems
PublicationDistributed interactive simulation systems require integration of several areas of computer science and applied mathematics to enable each individual simulation object to visualize effectively dynamic states of other objects. Objects are unpredictable,i.e., controlled by their local operators, and are remote, i.e., must rely on some transmission media to visualize dynamic scene from their local perspectives. The paper...
-
Molecular-dynamics simulation of clustering processes in sea-ice floes
Publication -
Experimental study and numerical simulation of the dynamic penetration into dry clay
PublicationTests of dry clay were carried out in a uniaxial stress state using the experimental setup which implements the split Hopkinson pressure bar method. Based on the results of these experiments, the compressive strength of clay was determined as an important element of S.S. Grigoryan’s model of the soil medium. In addition, the parameters of this model are determined from the results of experiments using the modified Kolsky method...
-
Understanding homogenous nucleation: the recent phenomenological and molecular dynamic approaches
PublicationPraca przedstawia dwa podejścia do problemu homogenicznej nukleacji. Pierwsze jest podejściem fenomenologicznym. Nukleacja jest tu rozumiana jako wzrost kropel krytycznych, które po przejściu określonego wymiaru, warunku równowagi termodynamicznej, mają tendencje do wzrostu. W tym podejściu problem wzrostu kropel oraz problem populacji kropel jest określany poprzez parametry makroskopowe. Przedstawiono nowe rozwiązania uzyskane...
-
The structure of Pb-PbO-SiO2 glass via molecular dynamics simulation
PublicationPraca poświęcona jest badaniom struktury blisko i średniozasięgowej częściowo zredukowanego szkła ołowiowo-krzemianowego o stechiometrii 1Pb1PbO1SiO2 uzyskanego na drodze symulacji dynamiczno-molekularnych. Otrzymane rezultaty porównamy z danymi otrzymanymi dla szkła niemodyfikowanego (2PbO1SiO2) i całkowicie zredukowanego (2Pb1SiO2).
-
Molecular Diffusion Simulation on ARUZ – Massively-parallel FPGA-based Machine
Publication -
Simulation of the Opening and Closing of Hsp70 Chaperones by Coarse-Grained Molecular Dynamics
Publication -
Nonlinear modeling of traction transformer with coiled iron core for dynamic simulation
PublicationW referacie przedstawiono wyprowadzenie zastępczego modelu obwodowego transformatora trakcyjnego o rdzeniu zwijanym do analiz zachowania sie transformatora w układzie napedowym jednostki trakcyjnej. Model zakłada nieliniowa charakterystyke magnesowania B-H i anizotropowe właściwosci magnetyczne i elektryczne zwijanego rdzenia. Wyprowadzenie modelu oparto na metodzie energetycznej Lagrange'a. Uzwojenia zostały zamodelowanie jako...
-
Molecular dynamics and verisimilitude - to what extent can one trust a computational simulation?
PublicationFor the last several tens of years, computer simulations have become of undeniable importance. Molecular Dynamics (MD) simulation techniques are used to examine the phenomena which occur at the level that cannot be observed directly. Thus, they can be successfully exploited in many different scientific fields such as: materials science, applied mathematics and theoretical physics, biochemistry, biophysics or drug design. Despite...
-
Applying molecular dynamics simulation to take the fracture fingerprint of polycrystalline SiC nanosheets
PublicationGraphene-like nanosheets are the key elements of advanced materials and systems. The mechanical behavior of the structurally perfect 2D nanostructures is well documented, but that of polycrystalline ones is less understood. Herein, we applied molecular dynamics simulation (MDS) to take the fracture fingerprint of polycrystalline SiC nanosheets (PSiCNS), where monocrystalline SiC nanosheets (MSiCNS) was the reference nanosheet....
-
Free Energies of the Disassembly of Viral Capsids from a Multiscale Molecular Simulation Approach
Publication -
Molecular simulation study of cooperativity in hydrophobic association: clusters of four hydrophobic particles
Publication -
Simulation Results of Dynamic Capacity Reallocation in Hierarchical Cell Structure of UMTS Network
PublicationIn the paper simulation results of dynamic capacity reallocation between different layers of hierarchical cell structure of UMTS network has been described. This approach for load management seems to be useful for improving the resource utilization perfmorance.
-
Dynamic simulation as a tool for evaluation of the nitrogen removal capabilities at the "Gdańsk-Wschód" WWTP
PublicationCelem badań było przedstawienie możliwości zastosowania złożonego modelu biokinetycznych ASM2d do symulacji procesu usuwania azotu w oczyszczalni ścieków ''Wschód'' w Gdańsku. Szybkość procesów nitryfikacji i denitryfikacji została wyznaczona w warunkach laboratoryjnych za pomocą tzw. testów zlewkowych. Wyniki tych badań zostały wykorzystane do kalibracji modelu, w trakcie której zmieniano wartości tylko 5 parametrów kinetycznych....
-
Implementation of high-precision computation capabilities into the open-source dynamic simulation framework YADE
PublicationThis paper deals with the implementation of arbitrary precision calculations into the open-source discrete element framework YADE published under the GPL-2+ free software license. This new capability paves the way for the simulation framework to be used in many new fields such as quantum mechanics. The implementation details and associated gains in the accuracy of the results are discussed. Besides the "standard" double (64 bits)...
-
NUMERICAL SIMULATION OF CRATER CREATING PROCESS IN DYNAMIC REPLACEMENT METHOD BY SMOOTH PARTICLE HYDRODYNAMICS
PublicationA theoretical base of SPH method, including the governing equations, discussion of importance of the smoothing function length, contact formulation, boundary treatment and finally utilization in hydrocode simulations are presented. An application of SPH to a real case of large penetrations (crater creating) into the soil caused by falling mass in Dynamic Replacement Method is discussed. An influence of particles spacing on method...
-
Dynamic Formation and Breaking of Disulfide Bonds in Molecular Dynamics Simulations with the UNRES Force Field
Publication -
Encapsulation of an anticancer drug Isatin inside a host nano-vehicle SWCNT: a molecular dynamics simulation
PublicationThe use of carbon nanotubes as anticancer drug delivery cargo systems is a promising modality as they are able to perforate cellular membranes and transport the carried therapeutic molecules into the cellular components. Our work describes the encapsulation process of a common anticancer drug, Isatin (1H-indole-2,3-dione) as a guest molecule, in a capped single-walled carbon nanotube (SWCNT) host with chirality of (10,10). The...
-
Molecular dynamics simulation and MM-PBSA analysis of Oxytricha nova TEBP ternary complex with ssDNA
PublicationPraca dotyczy badań metodami chemii obliczeniowej właściwości elektrostatycznych i termodynamicznych kompleksu telomerowego białka TEBP pochodzącego z organizmu Oxytricha z jednoniciowym telomerowym DNA (ssDNA).
-
Molecular dynamics simulation of human neurohypophyseal hormone receptors complexed with oxytocin—modeling of an activated state
Publication -
Classical to Path-Integral Adaptive Resolution in Molecular Simulation: Towards a Smooth Quantum-Classical Coupling
Publication -
Are the short cationic lipopeptides bacterial membrane disruptors? Structure-Activity Relationship and molecular dynamic evaluation
PublicationShort cationic lipopeptides are amphiphilic molecules that exhibit antimicrobial activity mainly against Grampositives. These compounds bind to bacterial membranes and disrupt their integrity. Here we examine the structure-activity relation (SAR) of lysine-based lipopeptides, with a prospect to rationally design more active compounds. The presented study aims to explain how antimicrobial activity of lipopeptides is affected by...
-
Structural and dynamic insights on the EmrE protein with TPP+ and related substrates through molecular dynamics simulations
PublicationEmrE is a bacterial transporter protein that forms an anti-parallel homodimer with four transmembrane helices in each monomer. EmrE transports positively charged aromatic compounds, such as TPP+ and its derivatives. We performed molecular dynamics (MD) simulations of EmrE in complex with TPP+, MeTPP+, and MBTPP+ embedded in a membrane. The detailed molecular properties and interactions were analysed for all EmrE-ligand complexes....
-
Effect of heat treatment on the diffusion intermixing and structure of the Cu thin film on Si (111) substrate: a molecular dynamics simulation study
PublicationThis work is devoted to the study of the diffusion process at the interface between copper films with a thickness of 2, 3, 4, 7 and 10 atomic monolayers and silicon substrate by molecular dynamics simulation method. For this purpose, the variation of the concentration of copper and silicon along the perpendicular direction to the interface was investigated. An analysis of the density profile along this direction made it possible...
-
Characteristics of hydration water around hen egg lysozyme as the protein model in aqueous solution. FTIR spectroscopy and molecular dynamics simulation
PublicationW niniejszej pracy przedstawiono wyniki badań dotyczące hydratacji białka modelowego - lizozymu z jaja kurzego w roztworze wodnym. Wiodącą techniką stosowaną w badaniach była spektroskopia oscylacyjna FTIR z zastosowaniem techniki rozcieńczenia izotopowego wody półciężkiej HDO w roztworze wody zwykłej. Analiza widma HDO przy pomocy "metody widm zaburzonych" pozwoliła na wyizolowanie widma wody zaburzonej przez lizozym, a tym samym...
-
A Dynamic Forecast Demand Scenario Analysis to Design an Automated Parcel Lockers Network in Pamplona (Spain) Using a Simulation-Optimization Model
Publication -
Erratum to “Molecular simulation study of cooperativity in hydrophobic association: clusters of four hydrophobic particles” [Biophys. Chem. 105 (2003) 339–359]
Publication -
An insight into the mixed quantum mechanical-molecular dynamics simulation of a ZnII-Curcumin complex with a chosen DNA sequence that supports experimental DNA binding investigations
PublicationAn important aspect of research pertaining to Curcumin (HCur) is the need to arrest its degradation in aqueous solution and in biological milieu. This may be achieved through complex formation with metal ions. For this reason, a complex of HCur was prepared with ZnII, that is not likely to be active in redox pathways, minimizing further complications. The complex is monomeric, tetrahedral, with one HCur, an acetate and a molecule...
-
Molecular Simulation Study of the Potentials of Mean Force for the Interactions between Models of Like-Charged and between Charged and Nonpolar Amino Acid Side Chains in Water
Publication -
Investigation of mechanism of desmopressin binding in vasopressin V2 receptor versus vasopressin V1a and oxytocin receptors: Molecular dynamics simulation of the agonist-bound state in the membrane–aqueous system
Publication -
Study of New Oxytocin Antagonist Barusiban (Fe200 440) Affinity Toward Human Oxytocin Receptor Versus Vasopressin V1a and V2 Receptors - Molecular Dynamics Simulation in POPC Bilayer
Publication -
Surface diffusion and cluster formation of gold on the silicon (111)
PublicationPurpose: Investigation of the gold atoms behaviour on the surface of silicon by molecular dynamics simulation method. The studies were performed for the case of one, two and four atoms, as well as incomplete and complete filling of gold atoms on the silicon surface. Design/methodology/approach: Investigations were performed by the method of molecular dynamics simulation using the Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel...
-
Physical crosslinking of hyaluronic acid in the presence of phospholipids in an aqueous nano-environment
PublicationHyaluronic acid and phospholipids are two components in the synovial joint cavity that contribute to joint lubrication synergistically. Molecular dynamics simulations were performed and hydrogen bonds in hyaluronic acid were analyzed to identify specific sites that are responsible for its physical cross-linking. Two molecular masses of hyaluronic acid, 10 kDa and 160 kDa, were considered. We use molecular dynamics simulations and...
-
Analytical predictions for the buckling of a nanoplate subjected to non-uniform compression based on the four-variable plate theory
PublicationIn the present study, the buckling analysis of the rectangular nanoplate under biaxial non-uniform compression using the modified couple stress continuum theory with various boundary conditions has been considered. The simplified first order shear deformation theory (S-FSDT) has been employed and the governing differential equations have been obtained using the Hamilton’s principle. An analytical approach has been applied to obtain...
-
Zastosowanie modułu symulacji dynamicznej programu CAD w analizie układu napędowego elektronarzędzia
PublicationW referacie przedstawiono analizę mechanicznego układu przeniesienia napędu elektronarzędzia (wyrzynarki elektrycznej) przy zastosowaniu Modułu Symulacji Dynamicznej (MSD) programu Autodesk Inventor (AI). Opracowano modele 3D poszczególnych części elektronarzędzia i połączono je przy zachowaniu tzw. kinematyki odwrotnej. Przeprowadzono analizę wpływu poszczególnych węzłów kinetycznych na przebieg momentu na wale silnika elektrycznego....
-
Dynamiczna aplikacja Internetowa ASP.NET silnika indukcyjnego jako elementu wirtualnego laboratorium maszyn elektrycznych
PublicationTematem referatu jest dynamiczna aplikacja internetowa, która umożliwia symulację obwodową silnika indukcyjnego trójfazowego Sg 100 L2 z wykorzystaniem interfejsu przeglądarki WWW. Model matematyczny silnika jest zdefiniowany w tzw. osiach naturalnych i sformułowany na podstawie metody energetycznej Lagrange’a. Do implementacji modelu maszyny w aplikacji internetowej wybrano projekt typu Web Forms, który jest składnikiem środowiska...
-
Zastosowanie oprogramowania COMSIS do oceny dynamicznej odporności na zakłócenia cyfrowych układów kombinacyjnych.
PublicationWyniki badania odporności układów cyfrowych na zakłócenie dynamiczne w istotny sposób zależą od parametrów sygnału stymulującego. Proponowana metodyka zakłada pobudzanie badanego układu sygnałem szumu białego o określonej szerokości pasma częstotliwości. Badania symulacyjne z modelem układu progowego oraz szybkiego komparatora z histerezą przeprowadzono w środowisku COMSIS. Uzyskane wyniki potwierdzają, że im węższe pasmo szumu...
-
STAN AWARYJNY TRYBUNY STADIONU W ZIELONEJ GÓRZE WYWOŁANY SYNCHRONICZNYM TAŃCEM KIBICÓW
PublicationW artykule przedstawiono badania i naprawy trybuny stadionu żużlowego w Zielonej Górze narażonej na nadmierne drgania podczas synchronicznego tańca kibiców zwanego „Labado”. W trakcie prac wykonano dwa etapy wzmocnień: za pomocą dodatkowych słupków (zalecenie zespołu z Uniwersytetu Zielonogórskiego) oraz wzmocnienie dodatkowymi stężeniami całej konstrukcji zadaszenia trybuny. W artykule przedstawiono wyniki badań pomiarowych in...
-
STAN AWARYJNY TRYBUNY STADIONU W ZIELONEJ GÓRZE WYWOŁANY SYNCHRONICZNYM TAŃCEM KIBICÓW
PublicationW artykule przedstawiono badania i naprawy trybuny stadionu żużlowego w Zielonej Górze narażonej na nadmierne drgania podczas synchronicznego tańca kibiców zwanego „Labado”. W trakcie prac wykonano dwa etapy wzmocnień: za pomocą dodatkowych słupków (zalecenie zespołu z Uniwersytetu Zielonogórskiego) oraz wzmocnienie dodatkowymi stężeniami całej konstrukcji zadaszenia trybuny. W artykule przedstawiono wyniki badań pomiarowych in...
-
Radio programowalne - nowoczesna platforma dydaktyczna
PublicationPrzedstawiono technologię radia programowalnego jako nowoczesną platformę dydaktyczną. Zaproponowane podejście pozwala na efektywniejsze planowanie stanowisk laboratoryjnych. Umożliwia skrócenie czasu realizacji etapów związanych z projektowaniem, symulacją i testowaniem działania łącza radiowego. Pozwala również na elastyczną zmianę stanowisk laboratoryjnych zgodnie z dynamicznym rozwojem współczesnych systemów radiokomunikacyjnych.
-
PROJEKTOWANIE WIELOWYMIAROWEGO REGULATORA BACKSTEPPING W UKŁADZIE DYNAMICZNEGO POZYCJONOWANIA STATKU
PublicationW komercyjnych systemach dynamicznego pozycjonowania statku, pomimo znacznego wzrostu poziomu automatyzacji, wykorzystywane jest nadal sterowanie typu PID. Poprawę jakości procesu pozycjonowania może umożliwić wykorzystanie bardziej efektywnych algorytmów, oferujących zaawansowane nieliniowe techniki sterowania. W artykule przedstawiono zagadnienie projektowania regulatora pozycji i kursu dla układu dynamicznego pozycjonowania...
-
Sieć sensorowa do rejestracji drgań górnej sieci trakcyjnej w celach diagnostyki eksploatacyjnej
PublicationWraz ze wzrostem prędkości kolejowych pojazdów elektrycznych zwiększają się wymagania utrzymania sieci trakcyjnej w odpowiednim stanie technicznym. Ciągły monitoring i diagnostyka pozwalają wykrywać pogarszającą się jakość odbioru prądu z sieci jezdnej. Jedną z metod jest umieszczenie czujników przyspieszenia na przewodzie jezdnym. Analiza przebiegu przyspieszenia pozwala określić jakość współpracy sieci jezdnej z pantografem....