Search
Filters
total: 2948
displaying 1000 best results Help
Search results for: molecular biology and genetics
-
Triticale extrudates – Changes of macrostructure, mechanical properties and molecular water dynamics during hydration
Publication -
MEL zeolite nanosheet membranes for water purification: insights from molecular dynamics simulations
Publication -
Chiral Molecular Cages Based on Cyclotriveratrylene and Sucrose Units Connected with p ‐Phenylene Linkers
Publication -
Dynamic Formation and Breaking of Disulfide Bonds in Molecular Dynamics Simulations with the UNRES Force Field
Publication -
Taxonomic Position and Phylogeny of the Genus Vargasiella (Orchidaceae, Vandoideae) Based on Molecular and Morphological Evidence
Publication -
Influence of proton irradiation on the magnetic properties of two-dimensional Ni(II) molecular magnet
Publication -
Proteomic-Biostatistic Integrated Approach for Finding the Underlying Molecular Determinants of Hypertension in Human Plasma
Publication -
Combining tight-binding and molecular dynamics methods to model the behaviour of metals in the plastic regime
PublicationOpisujemy zastosowanie metody dwuskalowej (kwantowo-klasycznej) w zastosowaniu do metali. Region energetycznie najważniejszy jest traktowany kwantowo, podczas gdy reszta układu jest traktowana klasycznie. Wprowadzamy własną implementację metody oraz przedstawiamy uzyskane wyniki dla metali.
-
Molecular characterization of a cryptic plasmid from the psychrotrophic antarctic bacterium Pseudoalteromonas sp. 643A
PublicationW ostatnich latach znacznie wzrosło zainteresowanie organizmami zimnolubnymi, głównie z powodu ich enzymów o biotechnologicznym znaczeniu. Jednak, aby wydajnie produkować takie enzymy w skali przemysłowej użyteczne jest stworzenie rekombinantowych systemów ekspresyjnych, które pozwolą na ich opłacalną produkcję. W osiągnięciu tego celu mogą pomóc odpowiednie wektory, konstruowane na bazie plazmidów pozyskiwanych z bakterii psychrofilnych/psychrotrofowych....
-
Conformation Properties, Chiroptical Spectra, and Molecular Self-Assembly of 2,3-Piperazinodiones and Their Dithiono Analogues
PublicationRodzina chiralnych cyklicznych oksamidów została otrzymana przez kondensację optycznie czynnych 1,2-diamin ze szczawianem dietylu. Tionowanie produktów odczynnikiem Lawessona doprowadziło do chiralnych 2,3-dipiperazynodionów. Geometrie cząsteczkowe badano z użyciem obliczeń kwantowo-mechanicznych DFT i porównano z wynikami analizy krystalograficznej. Sześcioczłonowy pierścień heterocykliczny przyjmuje konformację półkrzesłową,...
-
Molecular characteristics of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains for clinical medicine
Publication -
Expression of molecular equivalent of hypothalamic–pituitary–adrenal axis in adult retinal pigment epithelium
Publication -
Developmental competence of mammalian oocytes-insights into molecular research and the promise of microfluidic technology: a review
Publication -
Pharmacological Profile and Molecular Modeling of Cyclic Opioid Analogues Incorporating Various Phenylalanine Derivatives
Publication -
Molecular dynamics study on the role of solvation water in the adsorption of hyperactive AFP to the ice surface
PublicationUsing computer simulations, the early stages of the adsorption of the CfAFP molecule to the ice surface were analyzed. We found that the ice and the protein interact at least as early as when the protein is about 1 nm away from the ice surface. These interactions are mediated by interfacial solvation water and are possible thanks to the structural ordering of the solvent. This ordering leads to positional preference of the protein...
-
Measurements of differential cross sections for elastic electron scattering in the backward direction by molecular oxygen.
PublicationZmierzono różniczkowe przekroje czynne na rozproszenie sprężyste elektronów na cząsteczkach tlenu w zakresie kątów rozproszenia 100-180 st., dla wybranych energii padających elektronów w przedziale 7-20eV. Do pomiarów wykorzystano metodę lokalnego pola magnetycznego.
-
Molecular aspects of biogenesis of Escherichia coli Dr Fimbriae: characterization of DraB-DraE complexes
PublicationHemaglutynina Dr uropatogennych szczepów Escherichia coli jest fimbrialnym homopolimerem zbudowanym z podjednostek białkowych DraE kodowanych przez operon dra. Operon dra zawiera geny draB i draC, kodujące białka homologiczne do białek (białko opiekuńcze-białko kanałotwórcze) zaangażowanych w procesie biogenezy struktur polimerycznych eksprymowanych powierzchniowo. Białko DraB jest jednym z białek periplazmatycznych, należącym...
-
Autofagia: mechanizm molekularny, apoptoza i nowotwory = Autophagy: molecular mechanism, apoptosis and cancer
PublicationW pracy omówiono molekularny mechanizm autofagii oraz najważniejsze szlaki sygnałowe uczestniczące w regulacji przebiegu tego procesu w komórkach nowotworowych. Omówiona została również dwojaka rola autofagii w procesie nowotworzenia oraz skutki zarówno indukcji, jak i inhibicji autofagii w terapii przeciwnowotworowej
-
Nanomechanical Properties of Metallic fcc Nanorods from Molecular Simulations with the Sutton-Chen Potential
Publication -
Assessment of Sewage Molecular Markers: Linear Alkylbenzenes in Sediments of an Industrialized Region in Peninsular Malaysia
PublicationIn this study, the use of linear alkylbenzenes (LABs) was employed to pinpoint the sources of human activity that cause detrimental impacts on the coastal environment and river ecosystems. LABs were detected using GC–MS in sediment samples assembled from Kim Kim River (KKR) and the Port Dickson coast (PDC). To assess the significance of variations in the distribution and concentrations of LABs across the sampling sites, this study...
-
TIME-OF-FLIGHT DIFFERENTIAL ELECTRON SCATTERING FROM MOLECULAR TARGETS: BENCHMARK CROSS SECTIONS
PublicationWe report time-of-flight differential cross section (DCS) measurements for the electron impact excitation transition in H2. In this work, agreement between available theory and experiment is excellent overall, and marks a transition in electron molecule scattering where differential scattering of excitation is found to be in such precise agreement. We also prove that the newly built apparatus can be used for accurate measurement...
-
DNA Computing and Molecular Programming (International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming)
Conferences -
A new assay based on terminal restriction fragment length polymorphism of homocitrate synthase gene fragments for Candida species identification
PublicationCandida sp. have been responsible for an increasing number of infections, especially in patients with immunodeficiency. Species specific differentiation of the Candida sp. is difficult in routine diagnosis. This identification can have a highly significant association in therapy and prophylaxis. This work has shown a new application of terminal restriction fragment length polymorphism (t-RFLP) method in molecular identification...
-
Effect of bio-polyol molecular weight on the structure and properties of polyurethane-polyisocyanurate (PUR-PIR) foams
Publication -
Municipal landfill leachate nitrification in RBC biofilm – Process efficiency and molecular analysis of microbial structure
Publication -
Isolation and molecular characterization of Fowl adenovirus strains in Black grouse: First reported case in Poland
Publication -
Molecular dynamics study on the influence of C-terminal sugar substitution on dynamics and conformation of vancomycin derivatives
Publication -
Structure of the twist-bend nematic phase with respect to the orientational molecular order of the thioether-linked dimers
Publication -
Molecular dynamics simulation of human neurohypophyseal hormone receptors complexed with oxytocin—modeling of an activated state
Publication -
Classical to Path-Integral Adaptive Resolution in Molecular Simulation: Towards a Smooth Quantum-Classical Coupling
Publication -
The anion [Mg6Cl8Cp*5]-: a final intermediate on the way to the molecular donor-free Grignard compound MgClCp*?
PublicationOtrzymano i scharakteryzowano strukturalnie rzadki przypadek związku Grignarda pozbawionego donora. Struktura krystaliczna [Mg6Cl8Cp*5][AlCp*2] C6H6 zawiera zarówno metallocen (Cp*AlCp*) jak i odwrócony metallocen (MgCp*Mg).
-
Bacterial SSB-like proteins of family Deinococcaceae - indentification, isolation, obtaining, purification and molecular characteristic
PublicationWiększość poznanych białek SSB jest aktywna w formie homotetramerycznej. Od 2002 roku znane są białka organizmów ekstremofilnych. Scharakteryzowano białka mikroorganizmów rodziny Deinococaceae. Uzyskane termostabilne białka stanowią atrakcyjną alternatywę w stosunku do znanych białek SSB w metodach diagnostyki molekularnej, technikach biologii molekularnej i analityce.
-
Crystal and molecular structure of bis(O,O'-diethyldithiophosphato-S,S')nickel(II): A redetermination
PublicationDoniesienie przedstawia ponownie wyznaczoną strukturę tytułowego, centrosymetrycznego kompleksu, [Ni{S2P(OC2H5)2}2]. Centralny rdzeń (S2P)2 jest płaski, co potwierdza wcześniejsze wyniki uzyskane przez McConnell'a i Kastalsky'ego, przy czym odchylenia standardowe są około siedmiokrotnie mniejsze oraz wyznaczono wszystkie pozycje atomów wodoru. W strukturze krystalicznej zaobserwowano róznież parę krótkich kontaktów HH (2.33 Å).
-
Chapter 32. Method to predict the critical micelle concentration of ionic liquids from the molecular volume
PublicationAmfifilowość wielu imidazoliowych cieczy jonowych powoduje, że zjawiska powierzchniowe mają znaczny wpływ na właściwości układów zawierających te związki. Dotychczas przeprowadzono wiele badań w celu wyznaczenia krytycznego stężenia micelizacji cieczy jonowych o różnej budowie. Ze względu na możliwość modyfikacji budowy kationu i wyboru anionu oraz ich kombinacji, podjęto próbę opracowania empirycznego równania pozwalajacego na...
-
Positional Scanning Identifies the Molecular Determinants of a High Affinity Multi-Leucine Inhibitor for Furin and PACE4
Publication -
Virtual screening for small molecular non-covalent binders of the SARS-CoV-2 main protease
Publication -
Selective adsorption of BTEX on calixarene-based molecular coordination network determined by 13C NMR spectroscopy
PublicationBenzene, toluene, ethylbenzene, and xylenes (BTEX), a class of volatile organic compounds, are harmful pollutants but also very important precursors in organic industrial chemistry. Among different approaches used for the BTEX treatment, the adsorption technology has been recognized as an efficient approach because it allows to recover and reuse both adsorbent and adsorbate. However, the selective adsorption of the components is...
-
Multi-state multi-reference Møller-Plesset second-order perturbation theory for molecular calculations
PublicationThis work presents multi‐state multi‐reference Møller–Plesset second‐order perturbation theory as a variant of multi‐reference perturbation theory to treat electron correlation in molecules. An effective Hamiltonian is constructed from the first‐order wave operator to treat several strongly interacting electronic states simultaneously. The wave operator is obtained by solving the generalized Bloch equation within the first‐order...
-
Molecular basis for the DNA damage induction and anticancer activity of asymmetrically substituted anthrapyridazone PDZ-7
Publicationnthrapyridazones, imino analogues of anthraquinone, constitute a family of compounds with remarkable anti-cancer activity. To date, over 20 derivatives were studied, of which most displayed nanomolar cytotoxicity towards broad spectrum of cancer cells, including breast, prostate and leukemic ones. BS-154, the most potent derivative, had IC50 values close to 1 nM, however, it was toxic in animal studies. Here, we characterize another...
-
A DSC and NMR-Relaxation study of the molecular mobility of water protons interacting with chemically modified starches
PublicationChanges in the mobility of water protons in the chemically modified starches (CMS)–water system are studied by differential scanning calorimetry and NMR relaxation. The amounts of unfrozen water at negative temperatures and additional (after gelation) unfrozen for CMS are lower than those for native starch. The proton spin–spin relaxation time T2 for CMS samples, conventionally attributed to the water fraction in starch granules,...
-
Synthesis, Molecular Structure, Metabolic Stability and QSAR Studies of a Novel Series of Anticancer N-Acylbenzenesulfonamides
PublicationA series of novel N-acyl-4-chloro-5-methyl-2-(R1-methylthio)benzenesulfonamides 18–47 have been synthesized by the reaction of N-[4-chloro-5-methyl-2-(R1-methylthio) benzenesulfonyl]cyanamide potassium salts with appropriate carboxylic acids. Some of them showed anticancer activity toward the human cancer cell lines MCF-7, HCT-116 and HeLa, with the growth percentages (GPs) in the range from 7% to 46%. Quantitative structure-activity relationship...
-
Chromatic monitoring technique for thickness measurementof thin transparent films.IV Workshopon Atomic and Molecular Physics.
PublicationW pracy opisano nową technikę monitorowania grubości cienkich warstw podczas procesu ich syntezy. Jest to optyczna metoda oparta na zdegenerowanej analizie widmowej tzw. modulacji chromatycznej. Umożliwia ona precyzyjny ciągły pomiar zmian grubości wzrastających warstw stosowanych w optyce.
-
Influence of molecular organization of photo-active azo-phanes on thereactivity in monolayers at the air-water interface.
PublicationStwierdzono, że molekularna organizacja monowarstw na granicy powietrze-woda, otrzymanych z amfifilowego azofanu z nierozgałęzionym podstawnikiem n-dodecylowym różni się od tej uzyskanej dla analogu z objętościowym podstawnikiem ''tert''-oktylowym pod względem powierzchni zajmowanej przez cząsteczkę. Kompleksowanie jonów sodu z subfazy wodnej, jak wywnioskowano z pomiaru potencjału powierzchniowego, jest ułatwione w przypadku azofanu...
-
Planar chiral dianthranilide and dithiodianthranilide molecules: optical resolution, chiroptical spectra, and molecular self-assembly.
PublicationChiralny planarnie diantranilid został rozdzielony na enancjomery przy użyciu chlorku (-)-(1S,4R)-kamfanoilu. Konfigurację absolutną (S)-enancjomeru ustalono na podstawie analizy rentgenograficznej monokryształu jego N,N'-dikamfoilopochodnej. Natomiast rozdział ditiodiantranilidu na enancjomery przeprowadzono poprzez tworzenie związków inkluzyjnych z (R,R)-1,2-diaminocykloheksanem. Otrzymanemu w ten sposób enancjomerowi przypisano...
-
Early stages of condensation from the gaseous phase in a H2O-N2 system: a molecular dynamics study.
PublicationW pracy przedstawiono wyniki symulacji wczesnych etapów kondensacji z fazy gazowej w układzie xH2O (1-x)N2. Przeanalizowano całkowitą liczbę klastrów, średni rozmiar klastra i rozmiar klastra maksymalnego w funkcji czasu.
-
Molecular dynamics simulation and MM-PBSA analysis of Oxytricha nova TEBP ternary complex with ssDNA
PublicationPraca dotyczy badań metodami chemii obliczeniowej właściwości elektrostatycznych i termodynamicznych kompleksu telomerowego białka TEBP pochodzącego z organizmu Oxytricha z jednoniciowym telomerowym DNA (ssDNA).
-
Selected symmetrically substituted carbazoles: Investigation of anticancer activity and mechanisms of action at the cellular and molecular levels
PublicationDNA topoisomerases play a critical role as essential enzymes in controlling alterations in the topology of DNA. They achieve this by orchestrating the coordinated process of breaking and rejoining DNA strands, which is crucial for maintaining the proper structure of DNA during regular cellular development. The search for and development of new potential anticancer drugs is a challenging yet immensely important area of research...
-
The exposure to UV filters: Prevalence, effects, possible molecular mechanisms of action and interactions within mixtures
PublicationSubstances that can absorb sunlight and harmful UV radiation such as organic UV filters are widely used in cosmetics and other personal care products. Since humans use a wide variety of chemicals for multiple purposes it is common for UV filters to co-occur with other substances either in human originating specimens or in the environment. There is increasing interest in understanding such co-occurrence in form of potential synergy, antagonist,...
-
Effect of bio-polyol molecular weight on the structure and properties of polyurethane-polyisocyanurate (PUR-PIR) foams
PublicationThe increasing interest in polyurethane materials has raised the question of the environmental impact of these materials. For this reason, the scientists aim to find an extremely difficult balance between new material technologies and sustainable development. This work attempts to validate the possibility of replacing petrochemical polyols with previously synthesized bio-polyols and their impact on the structure and properties...
-
Hydration of Simple Model Peptides in Aqueous Osmolyte Solutions
PublicationThe biology and chemistry of proteins and peptides are inextricably linked with water as the solvent. The reason for the high stability of some proteins or uncontrolled aggregation of others may be hidden in the properties of their hydration water. In this study, we investigated the effect of stabilizing osmolyte–TMAO (trimethylamine N-oxide) and destabilizing osmolyte–urea on hydration shells of two short peptides, NAGMA (N-acetyl-glycine-methylamide)...