Filters
total: 6176
filtered: 3586
-
Catalog
- Publications 3586 available results
- Journals 32 available results
- Conferences 2 available results
- Publishing Houses 1 available results
- People 138 available results
- Inventions 18 available results
- Projects 29 available results
- Laboratories 4 available results
- Research Teams 3 available results
- Research Equipment 3 available results
- e-Learning Courses 113 available results
- Events 9 available results
- Open Research Data 2238 available results
Chosen catalog filters
displaying 1000 best results Help
Search results for: NESTED PCR
-
Identification of Leaf Rust Resistance Genes in Selected Wheat Cultivars and Development of Multiplex PCR
Publication -
Opracowanie zestawu diagnostycznego do genetycznego typowania szczepów bakteryjnych metodą PCR MP
PublicationOmówiono etapy tworzenia zestawu diagnostycznego przeznaczonego do genetycznego typowania szczepów bakteryjnych wykorzystującego procedurę PCR MP (PCR Melting Profiles). Dokonano optymalizacji warunków i walidacji metody w celu przystosowania jej do potrzeb epidemiologicznej oceny zakażeń szpitalnych. Opracowany zestaw stwarza możliwości zastosowania go w laboratoriach prowadzących rutynowo badania diagnostyczne.
-
ADSRRS-fingerprinting and PCR MP techniques for studies of intraspecies genetic relatedness in Staphylococcus aureus
PublicationW pracy pokazano użyteczność dwóch nowych metod do typowania molekularnego Staphylococcus aureus, ADSRRS-fingerprinting (Amplification of DNA fragments Surrounding Rare Restriction Sites) i PCR MP (PCR melting profile). Przebadano 37 szczepów Staphylococcus aureus izolowanych od pacjentów z czyracznością. Jako metodę referencyjną zastosowano REA-PFGE. Okazało się, że izolaty Staphylococcus aureus z nosa od niektórych pacjentów...
-
Principles and applications of Ligation Mediated PCR methods for DNA-based typing of microbial organisms
PublicationA significant number of DNA-based techniques has been introduced into the field of microorganisms’ characterization and taxonomy. These genomic fingerprinting methods were developed to detect DNA sequence polymorphisms by using general principles, such as restriction endonuclease analysis, molecular hybridization, and PCR amplification. In recent years, some alternative techniques based on ligation of oligonucleotide adapters before...
-
PCR-RFLP assays for species-specific identification of fungi belonging to Scopulariopsis and related genera
PublicationFungi of the Scopulariopsis genus, commonly found in the environment, are opportunistic pathogens that can cause various types of human infections. So far, no efficient molecular method has been developed for species differentiation among Scopulariopsis and related genera. In order to advance this field, we have evaluated performance of polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) assays, based...
-
Surrogate modeling of impedance matching transformers by means of variable‐fidelity electromagnetic simulations and nested cokriging
PublicationAccurate performance evaluation of microwave components can be carried out using full‐wave electromagnetic (EM) simulation tools, routinely employed for circuit verification but also in the design process itself. Unfortunately, the computational cost of EM‐driven design may be high. This is especially pertinent to tasks entailing considerable number of simulations (eg, parametric optimization, statistical analysis). A possible...
-
Nested Space Mapping Technology for Expedite EM-driven Design of Compact RF/microwave Components
PublicationA robust simulation-driven methodology for rapid and reliable design of RF/microwave circuits comprising compact microstrip resonant cells (CMRCs) is presented. We introduce a nested space mapping (NSM) technology, in which the inner space mapping layer is utilized to improve the generalization capabilities of the equivalent circuit model corresponding to a constitutive element of the circuit under consideration. The outer layer...
-
Estimation of Stresses in a Dry Sand Layer Tested on Shaking Table
PublicationTheoretical analysis of shaking table experiments, simulating earthquake response of a dry sand layer, is presented. The aim of such experiments is to study seismic-induced compaction of soil and resulting settlements. In order to determine the soil compaction, the cyclic stresses and strains should be calculated first. These stresses are caused by the cyclic horizontal acceleration at the base of soil layer, so it is important...
-
Triple correlation states between in-situ tested soil parameters
PublicationWhen testing soil parameters, the measured parameter values are only approximations of the true values. The measurand is determined based on metrological uncertainties or using statistical models for analysing data. Some parameters of the soil state present strong correlations, but others do not always provide simple correspondences. Multiple correlations between geotechnical parameters can provide a new perspective regarding the...
-
A hypothesis for GPCR activation
Publication -
Zakażenia bakteryjne w przewlekłym zapaleniu ucha środkowego - ocena przydatności diagnostyki molekularnej opartej o technikę PCR. Bacterial infection in chronic otitis media - assessment of usefulness of molecular diagnostic based in PCR method.
PublicationIdentyfikacja zakażeń w przewlekłym zapaleniu ucha środkowego jest trudna, o czym świadczą wysokie odsetki ujemnych wyników badań bakteriologicznych. Przyczyną tego jest trudność w uzyskiwaniu wiarygodnego materiału do badań oraz stosunkowo niska czułość klasycznych metod diagnostycznych. Amplifikacja bakteryjnego DNA techniką PCR jest badaniem, które może przyczynić się do zwiększenia efektywności i czułości badań bakteriologicznych....
-
Reliable data-driven modeling of high-frequency structures by means of nested kriging with enhanced design of experiments
PublicationData-driven (or approximation) surrogate models have been gaining popularity in many areas of engineering and science, including high-frequency electronics. They are attractive as a way of alleviating the difficulties pertinent to high computational cost of evaluating full-wave electromagnetic (EM) simulation models of microwave, antenna, and integrated photonic components and devices. Carrying out design tasks that involve massive...
-
EM-Driven Multi-Objective Optimization of a Generic Monopole Antenna by Means of a Nested Trust-Region Algorithm
PublicationAntenna structures for modern applications are characterized by complex and unintuitive topologies that are difficult to develop when conventional experience-driven techniques are of use. In this work, a method for automatic generation of antenna geometries in a multi-objective setup has been proposed. The approach involves optimization of a generic spline-based radiator with adjustable number of parameters using a nested trust-region-based...
-
Design-oriented computationally-efficient feature-based surrogate modelling of multi-band antennas with nested kriging
PublicationDesign of modern antenna structures heavily depends on electromagnetic (EM) simulation tools. EM analysis provides reliable evaluation of increasingly complex designs but tends to be CPU intensive. When multiple simulations are needed (e.g., for parameters tuning), the aggregated simulation cost may become a serious bottleneck. As one possible way of mitigating the issue, the recent literature fosters utilization of faster representations,...
-
Evaluation of possibilities of genotyping of Candida glabrata clinical isolates with RAPD-PCR method and microsatellite analysis
PublicationThe aim of the study was to compare the discriminatory power of RAPD-PCR method using RSD10 primer and microsatellite (GACA)4 analysis for genotyping clinical isolates of C. glabrata. Isolates were received from patients of two Polish hospitals: Children's Memorial Health Institute in Warsaw (n=17) and Medical University of Gdansk (n=37). Species identification was confirmed by two phenotypic methods: growth on chromagar plates...
-
DNA Methylation Changes Induced by Redox-Active Compounds—Choosing the Right PCR-Based Method
PublicationThe impact of catechins on the expression profile of redox-related genes in HT29 cell line has been studied recently by our group using Oxidative Stress RT2 Profiler PCR Array. Within the examined panel of 84 genes, the down-regulation of SRXN1 gene was unique among other up-regulated genes. We hypothesized that the observed down-regulation resulted from DNA methylation and have exploited this observation to choose the proper strategy...
-
Evaluation of a PCR Melting Profile method for intra-species differentiation of Trichophyton rubrum and Trichophyton interdigitale
PublicationW celu identyfikacji źródła infekcji spowodowanych przez dermatofity, jak i drogi ich transmisji, istnieje potrzeba szukania nowych metod, które pozwolą na głębokie zróżnicowanie genetyczne szczepów w obrębie rodzaju. W pracy po raz pierwszy pokazano zastosowanie techniki PCR MP opartej o adaptory oligonukleotydowe i różnice w temperaturze topnienia fragmentów restrykcyjnych DNA w reakcji PCR do wewnątrzgatunkowego typowania dermatofitów....
-
Application of PCR-HRM method for microsatellite polymorphism genotyping in the LDHA gene of pigeons (Columba livia)
Publication -
System do diagnostyki dermatofitowych zakażeń powierzchniowych oparty na technice Real-Time PCR
PublicationDermatofity należą do blisko spokrewnionej grupy grzybów, które wykazują wysokie powinowactwo do skeratynizowanych tkanek. Cecha ta czyni je odpowiedzialnymi za powierzchniowe grzybice skóry, paznokci oraz włosów. Szacuje się, iż nawet do 20% ludzi na całym świecie dotkniętych jest infekcjami powodowanymi przez dermatofity. Ich leczenie wymaga długotrwałego zastosowania leków przeciwgrzybiczych. W celu dobrania odpowiedniego leczenia...
-
New PCR test for detection of Candida glabrata based on the molecular target chosen by the RAPD technique
PublicationRapid, reliable diagnosis is a necessary condition for the successful treatment of infections. Such diagnostic assays are continually being developed. #e paper presents a method for selecting the molecular target for PCR-based diagnostics based on the comparison of RAPD patterns. A sequence encoding Candida glabrata CBS138 hypothetical protein was selected. The limit of detection for PCR and real-time PCR reactions with DNA extracted...
-
The use of a one-step PCR method for the identification of Microsporum canis and Trichophyton mentagrophytes infection of pets
PublicationIntroduction: Dermatophytes are a closely related group of keratinophilic fungi. They encompass important etiological agents of superficial fungal infections. These fungi are able to invade keratinized tissues of humans and animals, causing dermatophytosis (ringworm) of hair, nails or skin. The aim: Traditional diagnostics of ringworm is based on morphological identification of cultured fungi and is time-consuming. Materials and methods:...
-
Usefulness of the PCR technique for bacterial DNA detection in blood of the patients after ''oppened heart'' operations.
PublicationOperacje kardiochirurgiczne w krążeniu pozaustrojowym (KPU) poprzez ogromny uraz, powodowanie występowania zaburzeń odporności oraz uszkodzenie barier anatomicznych stwarzają sytuację wybitnie sprzyjającą rozwojowi powikłań infekcyjnych u tych chorych. Prowadzenie terapii antybiotykowej profilaktycznej i leczniczej, a także selektywna dekontaminacja przewodu pokarmowego może utrudniać i przedłużać czas rozpoznania obecności bakterii...
-
The high-cyclic model for sand tested beyond the usual ranges of application
Publication -
Tyre/road noise reduction of poroelastic road surface tested in a laboratory
PublicationA so-called poroelastic road surface (PERS) is being developed in Europe. This contains a large percentage of rubber particles mixed with hard aggregate (stone and sand) and bound with polyurethane. This gives high air void content (around 30 %), high elasticity and smooth texture, all of which should give low noise properties. Inthis experiment anominally 30 mm thick sample of PERS was mounted on a steel drum. Various car tyres...
-
Rapid multi-objective optimization of antennas using nested kriging surrogates and single-fidelity EM simulation models
PublicationEver increasing performance requirements make the design of contemporary antenna systems a complex and multi-stage process. One of the challenges, pertinent to the emerging application areas but also some of the recent trends (miniaturization, demands for multi-functionality, etc.), is the necessity of handling several performance figures such as impedance matching, gain, or axial ratio, often over multiple frequency bands. The...
-
Recombinant !ermostable AP Exonuclease from Thermoanaerobacter tengcongensis: Cloning, Expression, Purification, Properties and PCR Application
PublicationApurinic/apyrimidinic (AP) sites in DNA are considered to be highly mutagenic and must be corrected to preserve genetic integrity, especially at high temperatures. !e gene encoding a homologue of AP exonuclease was cloned from the thermophilic anaerobic bacterium Thermoanaerobacter tengcongensis and transformed into Escherichia coli. The protein product showed high identity (80%) to human Ape1 nuclease, whereas to E. coli exonuclease...
-
PCR amplification with primers based on IS2404 and GC-rich repeated sequence reveals polymorphism in Mycobacterium ulcerans
PublicationOpracowano prostą w wykonaniu metodę genotypowania szczepów bakterii z gatunku Mycobacterium ulcerans. Polimorfizm genetyczny 32 badanych izolatów Mycobacterium ulcerans odzwierciedla ich geograficzne pochodzenie z rejonów Afryki Centralnej, Ameryki Południowej i Łacińskiej, Azji Południowo-Wschodniej, Malezji oraz Australii.
-
Stability investigation of the PCM nanocomposites
PublicationIn present study was showed the results of research the stability of nanoPCMs in terms of types and concentrations of surfactant used. For stearic acid has been added PVP or oleic acid in concentrations of 0%, 5% and 10%. Nanoparticles TiO2 and Al-2O3 in concentration of 1% were chosen to be researched in this test. The mixing of nanocomposites has been done in an ultrasonic scrubber in which the samples were placed for 45 mins....
-
Analiza właściwości emiterów LCR
PublicationOd wielu lat pojawiają się publikacje dotyczące konstrukcji emiterów służących do wypromieniowania energii pola elektromagnetycznego z układów, w których są wytwarzane impulsy prądowe o krótkim czasie trwania (rzędu ns lub µs) i znaczącej wartości szczytowej (rzędu MA). Tego rodzaju emitery nazywane są w języku angielskim Large Current Radiators (LCR). Budowa emitera LCR powinna zapewniać możliwie niewielką indukcyjność (rzędu...
-
Stability Investigation of the PCM Nanocomposites
PublicationEnsuring the stability is a key issue to be solved for the technical application of nanocomposites. In this work, fatty acid P1801 served as base phase change material (PCM)P1801, and its main ingredients are palmitic acid (58%) and stearic acid (38%). Titania (TiO2) and alumina (Al2O3) with mass concentrations of 1% and 5% were selected as nanoparticles, while polyvinylpyrrolidone (PVP) or oleic acid (OA) with mass concentrations...
-
An oscillation-based built-in test scheme with AGC loop.
PublicationPrzedstawiono oscylacyjny tester wbudowany (OBIT) do testowania części analogowej elektronicznego układu mieszanego sygnałowo zmontowanego na pakiecie. W celu zwiększenia współczynnika pokrycia uszkodzeń, w testerze zastosowano pomiary w dziedzinie czasu i częstotliwości. Omówiono wybrane aspekty implementacji testera, w szczególności problem transformacji układu testowanego w oscylator. Przeprowadzono analizę stanu ustalonego...
-
Experimental Testbed of ASON/GMPLS architecture
PublicationThe paper presents the ASON/GMPLS architecture realized in the Department of Teleinformation Networks at Gdansk University of Technology based on the FSP 3000R7 ADVA Optical Networking platform. The FSP 3000R7 is a high-performance WDM networking system with GMPLS control plane for bidirectional transmission of optical signals. The system uses a modular structure which enables a flexible upgrade of capacity and functionality. The...
-
Tester wydajności centralek IP PABX
PublicationW artykule przedstawiono koncepcję i sposób realizacji testera wydajności centralek IP PABX pracujących z protokołem SIP i RTP. Jako kryterium określania wydajności przyjęto spełnienie granicznych wartości wielkości opisujących GoS i QoS. Zaproponowano architekturę testera wydajności, jego podział na bloki funkcjonalne i ich opis. Omówiono sposób generacji strumieni SIP i RTP koniecznych do badania wydajności centralek IP PABX,...
-
Gdzie jesteś inteligencjo? Medytacja przedświąteczna
PublicationRozważania autora o poziomie kształcenia i stanu polskich elit.
-
Reliable testbed for indoor positioning systems
PublicationThis paper proposes a test environment for indoor localization system, based on radio wave propagation prosperities. The following sections presents variety of problems from the assessment of the existing localization system to the analysis of inconveniences which occur when comparison of different localization systems is implemented. The problem is associated with different testing environments presented in published papers is...
-
Ruthenium(II) and Iridium(III) Complexes as Tested Materials for New Anticancer Agents
PublicationThe oncological use of cisplatin is hindered by its severe side eects and a very important resistance problem. To overcome these problems, scientists have attempted to design new generation transition-metal anticancer complexes. In this study, we present new complexes, ruthenium(II) [(6-p-cymene)RuCl(py2CO)]PF6 (1), iridium(III) [(5-Cp)IrCl(py2CO)]PF6 (2), and NH4[IrCl4(py2CO)]H2O (3), based on di-2-pyridylketone (py2CO). The prepared...
-
Highly thermostable RadA protein from the archaeon Pyrococcus woesei enhances specificity of simplex and multiplex PCR assays
Publication -
Species - specific detection of the toxic mushrooms Amanita virosa and Amanita verna by PCR amplification of the gpd gene fragment
PublicationZaprojektowano dwie pary starterów do reakcji PCR, które umożliwiają gatunkowo specyficzną amplifikację unikalnych fragmentów genów gpd dla dwóch grzybów kapeluszowych: muchomora wiosennego (Amanita verna) i muchomora jadowitego (Amanita virosa).
-
Isolation of Human Progenitor Epidermal Cells on Collagen Type IV and Analysis of Their Markers with Flow Cytometry and PCR Methods
PublicationEpidermal stem cells, located in the skin, together with keratinocytes are transplanted in regenerative therapies, e.g., for the treatment of burns or other wounds. Here, we describe the protocol of their enzymatic isolation from human skin. It includes separation of the epidermis form the dermis by incubation with dispase followed by cell isolation for epidermis by digestion with trypsin. Cell isolated with this method can be...
-
Application of SSB-like protein from Thermus aquaticus in multiplex PCR of human Y-STR markers identification
PublicationW tej publikacji prezentujemy zastosowanie białka SSB-podobnego Thermus aquaticus (TaqSSB) w reakcji multiplex PCR w celu identyfikacji markerów ludzkiego Y-STR. Wykorzystanie termostabilnego białka TaqSSB chroni lub redukuje tworzenie przez startery struktur dimerycznych, które powodują hamowanie hybrydyzacji starterów do badanego DNA i redukują ilość starterów dostępnych w reakcji PCR.
-
Regularization as quantization in reducible representations of CCR
PublicationOpis kwantowego pola elektromagnetycznego przy pomocy redukowalnych reprezentacji CCR prowadzi do automatycznej regularyzacji teorii. Sformułowanie jest jawnie relatywistycznie współzmiennicze. Przeanalizowano - jako przykład - pola kwantowe wytwarzane przez klasyczne źródła.
-
PCA based Fault Tolerant MPC
PublicationThis chapter presents a Fault Tolerant - Model Predictive Control (FT-MPC) schemes for sensor faults accommodation. A Fault Detection and Isolation (FDI) Unit, which is an integral part of FT-MPC system, is based on the Principal Component Analysis (PCA) method. Introduced approach enables efficient bias and drift faults accommodation in single, as well as simultaneous faults case. Simple simulation exercise is presented.Rozdział...
-
Metal dusting in CCR platforming unit
PublicationPrzedstawiono mechanizm pylenia metalu w stali 9Cr-1Mo w instalacji platformingu CCR, na postawie badań rury podgrzewacza wsadu po 10 latach pracy, przy temperaturze metalu koło 600C. W badaniach wykorzystano techniki elektronowej mikroskopii skaningowej, dyfrakcji rentgenowskiej i mikroanalizy rentgenowskiej. Wykazano, że dyfuzji wegla w głąb stali toarzyszy odrdzeniowa dyfuzja pierwiastków węglikotwórczych - chromu i molibdenu....
-
Metal dusting in CCR platforming unit
PublicationPrzedstawiono mechanizm pylenia metalu w stali 9Cr-1Mo w instalacji platformingu CCR, na postawie badań rury podgrzewacza wsadu po 10 latach pracy, przy temperaturze metalu koło 600C. W badaniach wykorzystano techniki elektronowej mikroskopii skaningowej, dyfrakcji rentgenowskiej i mikroanalizy rentgenowskiej. Wykazano, że dyfuzji wegla w głąb stali toarzyszy odrdzeniowa dyfuzja pierwiastków węglikotwórczych - chromu i molibdenu....
-
Metal dusting in Platforming CCR furnaces
PublicationPrzedstawiono charakterystykę zjawiska spylania metalu w stali chromowo-molibdenowej 9Cr-1Mo eksploatowanej w piecach instalacji Platformingu CCR w środowisku odsiarczonej benzyny cięzkiej i gazu wodorowego o temperaturze 500C, przy temperaturze metalu 600C.
-
Cost-Efficient Surrogate Modeling of High-Frequency Structures Using Nested Kriging with Automated Adjustment of Model Domain Lateral Dimensions
PublicationSurrogate models are becoming popular tools of choice in mitigating issues related to the excessive cost of electromagnetic (EM)-driven design of high-frequency structures. Among available techniques, approximation modeling is by far the most popular due to its versatility. In particular, the surrogates are exclusively based on the sampled simulation data with no need to involve engineering insight or problem-specific knowledge....
-
Le masque au théâtre CRICOT1 : du geste pictural au geste « opératoire »
Publication -
PCR Melting Profile method for genotyping analysis of vancomycin-resistant Enterococcus faecium isolates from Hematological Unit patients
PublicationW ostatnich latach znacząco wzrasta liczba szczepów Enterococcus opornych na wankomycynę. Stwarzają one problemy medyczne u pacjentów skolonizowanych czy zainfekowanych tymi drobnoustrojami. W przedstawionych badaniach, określiliśmy genetyczne podobieństwo pomiędzy izolatami E. faecium VRE, pozyskiwanymi w okresie od kwietnia 2003 do kwietnia 2005 od pojedynczych pacjentów oddziału Hematologicznego Specjalistycznego Publicznego...
-
Usefulness of PCR Melting Profile Method for Genotyping Analysis of Klebsiella oxytoca Isolates from Patients of a Single Hospital Unit
PublicationOpracowanie szybkich i prostych metod typowania jest wymagane w celu identyfikacji potencjalnych źródeł zakażenia ludzi drobnoustrojami oportunistycznymi. Klebsiella spp. należą do grupy bakterii oportunistycznych odpowiedzialnych za wzrost liczby wieloopornych zakażeń szpitalnych. Ostatnio pokazaliśmy wysoką różnorodność genetyczną K. oxytoca używając dużej kolekcji szczepów izolowanych przez 50 lat od pacjentów z kilku szpitali...
-
PCR-Based Genotyping of Mycobacterium tuberculosis with New GC-Rich Repeated Sequences and IS6110 Inverted Repeats Used as Primers.
PublicationW pracy przedstawiono nową metodę genotypowania Mycobacterium tuberculosis. Zastosowanie oligonukleotydu Mtb1 5'-CCG-GCG-GGG-CCG-GCG-G lub Mtb2 5'-CGG-CGG-CAA-CGG-CGG-C wraz z oligonukleotydami specyficznymi do terminalnych sekwencji elementu insercyjnego IS6110 pozwala na różnicowanie szczepów Mycobacterium tuberculosis w metodzie PCR. Opracowana metoda może być wykorzystana w badaniach epidemiologicznych gruźlicy.