Filters
total: 20002
filtered: 12912
-
Catalog
- Publications 12912 available results
- Journals 123 available results
- Conferences 1 available results
- Publishing Houses 7 available results
- People 804 available results
- Inventions 113 available results
- Projects 430 available results
- Laboratories 20 available results
- Research Teams 50 available results
- Research Equipment 11 available results
- e-Learning Courses 3209 available results
- Events 652 available results
- Open Research Data 1670 available results
Chosen catalog filters
displaying 1000 best results Help
Search results for: DNA PROTECTIVITY
-
Serial depletion of Baltic herring since the Viking Age revealed by ancient DNA and population genomics
Publication -
On the Trail of the Oldest Domestic Cat in Poland. An Insight from Morphometry, Ancient DNA and Radiocarbon Dating
Publication -
Emplying set of experience knowledge structure and decisional DNA to enhance industrial design: conceptual approach
PublicationZaprezentowano koncepcje wspomagania projektowania przemyslowego przy pomocy nowoczenego podejscia do reprezentacji wiedzy w postaci SOEKS oraz Decyzyjnego DNA
-
Silver nanoparticles induce premutagenic DNA oxidation that can be prevented by phytochemicals from Gentiana asclepiadea
PublicationAmong nanomaterials, silver nanoparticles (AgNPs) have the broadest and most commercial applications due to their antibacterial properties, highlighting the need for exploring their potential toxicity and underlying mechanisms of action. Our main aim was to investigate whether AgNPs exert toxicity by inducing oxidative damage to DNA in human kidney HEK 293 cells. In addition, we tested whether this damage could be counteracted...
-
When Neural Networks Meet Decisional DNA: A Promising New Perspective for Knowledge Representation and Sharing
PublicationABSTRACT In this article, we introduce a novel concept combining neural network technology and Decisional DNA for knowledge representation and sharing. Instead of using traditional machine learning and knowledge discovery methods, this approach explores the way of knowledge extraction through deep learning processes based on a domain’s past decisional events captured by Decisional DNA. We compare our approach with kNN (k-nearest...
-
Molecular basis for the DNA damage induction and anticancer activity of asymmetrically substituted anthrapyridazone PDZ-7
Publicationnthrapyridazones, imino analogues of anthraquinone, constitute a family of compounds with remarkable anti-cancer activity. To date, over 20 derivatives were studied, of which most displayed nanomolar cytotoxicity towards broad spectrum of cancer cells, including breast, prostate and leukemic ones. BS-154, the most potent derivative, had IC50 values close to 1 nM, however, it was toxic in animal studies. Here, we characterize another...
-
Real-time isothermal DNA amplification monitoring in picoliter volumes using an optical fiber sensor
PublicationRolling circle amplification (RCA) of DNA can be considered as a great alternative to the gold standard polymerase chain reaction (PCR), especially during this pandemic period, where rapid, sensitive, and reliable test results for hundreds of thousands of samples are required daily. This work presents the first research to date on direct, real-time and label-free isothermal DNA amplification monitoring using a microcavity in-line...
-
DNA Methylation Changes Induced by Redox-Active Compounds—Choosing the Right PCR-Based Method
PublicationThe impact of catechins on the expression profile of redox-related genes in HT29 cell line has been studied recently by our group using Oxidative Stress RT2 Profiler PCR Array. Within the examined panel of 84 genes, the down-regulation of SRXN1 gene was unique among other up-regulated genes. We hypothesized that the observed down-regulation resulted from DNA methylation and have exploited this observation to choose the proper strategy...
-
Increased resonance energy transfer between fluorophores bound to DNA in proximity to metallic silver particles.
PublicationZbadano wpływ nanocząstek metalicznego srebra na rezonansowe przekazywanie energii między fluoroforami związanymi z DNA. Donor (pochodna kumaryny) i akceptor (Cy3) umieszczono na przeciwległych końcach DNA o strukturze podwójnej helisy i o 23 parach bazowych. W nieobecności cząstek srebra wydajność przekazywania energii w tym układzie wynosiła ok. 9%, zaś po umieszczeniu go między kwarcowymi płytkami pokrytymi filmem wysepek...
-
Usefulness of the PCR technique for bacterial DNA detection in blood of the patients after ''oppened heart'' operations.
PublicationOperacje kardiochirurgiczne w krążeniu pozaustrojowym (KPU) poprzez ogromny uraz, powodowanie występowania zaburzeń odporności oraz uszkodzenie barier anatomicznych stwarzają sytuację wybitnie sprzyjającą rozwojowi powikłań infekcyjnych u tych chorych. Prowadzenie terapii antybiotykowej profilaktycznej i leczniczej, a także selektywna dekontaminacja przewodu pokarmowego może utrudniać i przedłużać czas rozpoznania obecności bakterii...
-
Unraveling the Interplay between DNA and Proteins: A Computational Exploration of Sequence and Structure-Specific Recognition Mechanisms
PublicationMy PhD dissertation focused on DNA-protein interactions and the recognition of specific DNA sequences and structures. I discovered that acidic amino acid residues (Asp/Glu) play a crucial role by exhibiting a preference for cytosine. Their contribution to binding affinity depends on nearby cytosines, balancing electrostatic repulsion with specific interactions. Acidic residues act as negative selectors, discouraging non-cytosine...
-
Mechanism of reaction of RNA-dependent RNA polymerase from SARS-CoV-2
PublicationWe combine molecular dynamics, statistical mechanics, and hybrid quantum mechanics/molecular mechanics simulations to describe mechanistically the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). Our study analyzes the binding mode of both natural triphosphate substrates as well as remdesivir triphosphate (the active form of drug), which is bound preferentially over ATP by RdRp while...
-
Będąc dla Boga - być dla innych. O Johnie Henrym Newmanie
Publication -
"istota zamieszkiwania: refleksje wpasowane [bio]morficznie. DWA PARKI | DWA ŚWIATY"
PublicationMyśląc o zamieszkiwaniu poruszam się w nurcie filozofii przyrody. Park Schopenhauera jest punktem odniesienia dla uwolnienia refleksji dotykającej ludzkich schronień. Domy, ich postaci kompletne są celem procesu, którego etapem jest tworzenie rzeźb zaprezentowanych w otwartej przestrzeni przyrodniczo-kulturowej. W Oliwie, pośród drzew, wzdłuż Potoku Oliwskiego umieszczony został cykl rzeźb zatytułowanych „istota zamieszkiwania:...
-
The impact of domestic and foreign competition on sectoral growth: a cross-country analysis
PublicationThis paper examines the impact of competition on the total factor productivity (TFP) of 21 manufacturing sectors in eighteen OECD countries over the period of time 1990–2006. We assume that the source of TFP growth can be either domestic or foreign innovation or technology transfer from the technological frontier. Trade openness, R&D, and human capital can have two effects: a direct effect on TFP (e.g., through innovation) and...
-
Sources of macroeconomic competitiveness in Central and East European Countries
PublicationThe aim of the paper is to assess empirially economic growth and productivity patterns in Central and East European Countries (CEECs), and to provide a thorough insight into the factors influencing macroeconomic competitiveness in the CEE region. The study goes back to early 1990s and describes macroeconomic developments in eight countries which joined the EU in 2004 (namely: the Czech Republic, Estonia, Hungary, Latvia, Lithuania,...
-
Wykorzystanie związków powierzchniowo czynnych na etapie przygotowania próbek do analizy jako zielona alternatywa dla konwencjonalnych technik ekstrakcyjnych
PublicationZwiązki powierzchniowo czynne stanowią doskonałą alternatywę dla rutynowo stosowanych, zazwyczaj żmudnych i czasochłonnych, technik przygotowania próbek, do przeprowadzenia których nierzadko wykorzystuje się duże ilości odczynników chemicznych.
-
Bypass kolejowy dla wiaduktu łukowego i kratownicowego w ciągu modernizowanej linii kolejowej E59 na odcinku Wronki – Dobiegniew
PublicationW artykule przedstawiono realizacje bypassu kolejowego, zlokalizowanego nieopodal miejscowości Krzyż Wielkopolski w ciągu linii kolejowej E59 na skrzyżowaniu z linią kolejową 203. Wariantowa analiza kilku zaproponowanych rozwiązań wykazała, ze wykonstruowanie bypassu na czas prowadzenia prac modernizacyjnych pozwoli na utrzymanie ciągłości ruchu kolejowego, nie stworzy nadmiernych problemów podróżnym, a jednocześnie pozwoli na...
-
Modelowanie wymiany wody w zbiornikach hodowlanych przy użyciu zmodyfikowanego modelu tłokowego na przykładzie basenów hodowlanych dla fok
PublicationNiniejszy artykuł opisuje sposób prostego modelowania wymiany wody w basenach hodowlanych fokarium Stacji Morskiej Instytutu Oceanografii Uniwersytetu Gdańskiego. W celu rozpoznania warunków wymiany wody oraz udziału stref zastoiskowych w basenach posłużono się dwiema uzupełniającymi się metodami. Były to badania traserowe z wykorzystaniem znacznika fluororescencyjnego oraz komputerowe obliczenia rozkładu linii prądu z użyciem...
-
Badania symulacyjne wpływu modulacji prądu na przebieg mocy chwilowej pobieranej przez silnik indukcyjny dla celów diagnostyki łożysk
PublicationW referacie przedstawiono wyniki badań symulacyjnych wpływu modulacji prądu na prze-bieg mocy chwilowej pobieranej przez silnik indukcyjny. Na prostym modelu zmiennej w czasie indukcyjności, zasymulowanym w PSpice, wyjaśniono uproszczony model zjawisk bę-dących źródłem modulacji prądu i mocy chwilowej. Następnie zaprezentowano wyniki symu-lacji uzyskanych za pomocą przygotowanego w LabVIEW programu dla celów określenia wpływu kąta...
-
Metoda określania zapotrzebowania na energię elektryczną w typowych stanach eksploatacji statków towarowych dla potrzeb wstępnego doboru elektrowni
PublicationPrzedstawiono metodę określania zapotrzebowania na energię elektryczną w typowych stanach eksploatacji statków towarowych, celem doboru wielkości i ilości źródeł energii elektrycznej. Metoda pozwala na określanie zapotrzebowania na energię wytypowanych grup odbiorników przy znajomości ich mocy zainstalowanych oraz współczynników wykorzystania.
-
Analiza oddziaływania planowanej inwestycji – wieży radiokomunikacyjnej dla systemów telefonii komórkowej i Internetu szerokopasmowego – na pracę obiektów radiokomunikacyjnych na terenie Portu Lotniczego Olsztyn Mazury w Szymanach
PublicationCelem niniejszego opracowania jest analiza (matematyczna) oddziaływania planowanej inwestycji w postaci wieży radiokomunikacyjnej dla systemów telefonii komórkowej i Internetu szerokopasmowego na pracę obiektów radiokomunikacyjnych na terenie Portu Lotniczego Olsztyn-Mazury w Szymanach.
-
Identification and characterization of single-stranded DNA-binding protein from the facultative psychrophilic bacteria Pseudoalteromonas haloplanktis
PublicationSingle-stranded DNA-binding protein (SSB) plays an important role in DNA metabolism such as DNAreplication, repair, and recombination, and is essential for cell survival. This study reports on the ssb-likegene cloning, gene expression and characterization of a single-stranded DNA-binding protein of Pseudoal-teromonas haloplanktis (PhaSSB) and is the first report of such a protein from psychrophilic microorganism.PhaSSB possesses...
-
Erratum to: Effects of flavonoids on expression of genes involved in cell cycle regulation and DNA replication in human fibroblasts
Publication -
Isoform-specific inhibition of DNA topoisomerase II as the mechanism of action of novel anticancer agent C-1305
Publication -
GRA1 protein vaccine confers better immune response compared to codon-optimized GRA1 DNA vaccine
PublicationW publikacji oszacowano immunogenność i właściwości protekcyjne szczepionki anty-Toxoplasma gondii opartej na białku rekombinantowym GRA1 oraz dwóch rodzajach szczepionek DNA (plazmidu zawierającego gen kodujący białko GRA1 dzikiego typu oraz modyfikowanego genu kodującego białko GRA1). Uzyskane wyniki sugerują lepsze właściowści immunoprotekcyjne rekombinantowego białka antygenowego niż szczepionek DNA.
-
Liver Cirrhosis in Chronic Hepatitis B Patients Is Associated with Genetic Variations in DNA Repair Pathway Genes
Publication -
Targeted DNA oxidation by LSD1–SMAD2/3 primes TGF-β1/ EMT genes for activation or repression
Publication -
DNA strand breaks induced by nuclear hijacking of neuronal NOS as an anti-cancer effect of 2-methoxyestradiol
Publication -
Functional Interfaces, Biological Pathways, and Regulations of Interferon-Related DNA Damage Resistance Signature (IRDS) Genes
Publication -
Genetic response to metabolic fluctuations: correlation between central carbon metabolism and DNA replication in Escherichia coli
Publication -
The Protective Effect of Dabigatran and Rivaroxaban on DNA Oxidative Changes in a Model of Vascular Endothelial Damage with Oxidized Cholesterol
Publication -
The protective effect of dabigatran and rivaroxaban on DNA oxidative changes in a model of vascular endothelial damage with oxidized cholesterol
Publication -
Novel single-stranded DNA-binding proteins from extreme psychrophilic bacterium Psychromonas ingrahamii 37
PublicationWe report the identification and characterization of the single-stranded DNA binding protein (SSB) from extreme psychrophilic bacterium Psychromonas ingrahamii 37 (PinSSB) that grows expotentially at -12°C and may well grow at even lower temperatures. PinSSB is one of the largest known bacterial SSB protein consisting 222 amino acid residues with a calculated molecular mass of 25.1 kDa. The analysis by gel filtration chromatography...
-
Characterization of exceptionally thermostable single-stranded DNA-binding proteins from Thermotoga maritima and Thermotoga neapolitana
PublicationBACKGROUND: In recent years, there has been an increasing interest in SSBs because they find numerous applications in diverse molecular biology and analytical methods.RESULTS: We report the characterization of single-stranded DNA binding proteins (SSBs) from the thermophilic bacteria Thermotoga maritima (TmaSSB) and Thermotoga neapolitana (TneSSB). They are the smallest known bacterial SSB proteins, consisting of 141 and 142 amino...
-
Comet assay-based methods for measuring DNA repair in vitro; estimates of inter- and intra-individual variation.
PublicationZdolność do naprawy uszkodzeń DNA jest jednym z najważniejszych wyznaczników podatności na choroby nowotworowe. Dlatego też użytecznym staje się możliwość pomiaru stopnia naprawy DNA w próbkach materiału badawczego pobranego od ochotników. Celem pracy było, po pierwsze, opracowanie w warunkach in vitro prostej metody (z wykorzystaniem techniki testu kometowego), w której naprawa DNA odbywa się poprzez wycinanie nukleotydów (NER)....
-
Szczepionki DNA i antygeny rekombinantowe w prewencji zarażeń Toxoplasma gondii - aktualny stan badań
PublicationToksoplazmoza wywoływana przez wewnątrzkomórkowego pasożyta Toxoplasma gondii jest jedną z najbardziej rozpowszechnionych odzwierzęcych chorób na świecie o bardzo dużym znaczeniu medycznym. Stanowi ponadto bardzo poważny problem weterynaryjny, ponieważ jest główną przyczyną strat reprodukcyjnych w hodowli zwierząt (głównie owiec). Z tego względu bardzo ważne są prace dotyczące konstrukcji i opracowania nowych, skutecznych i tanich...
-
Quantification of Radiation-Induced Single-Strand Breaks in Plasmid DNA using a TUNEL/ELISA-Based Assay
PublicationWprowadzono nową metodę służącą do oznaczania in vitro pojedynczych pęknięć nici DNA powstałych pod wpływem naświetlań. Porównano wyniki otrzymane z nowej metody z modelem teoretycznym. Porównano wyniki z szeroko używaną metodą elektroforezy żelowej. Pokazano, że poziom pojedynczych pęknięć powstających w niciach DNA pod wpływem promieniowania VUV jest wyższy niż zakładany na podstawie wyników otrzymywanych metodami standardowymi.
-
Comparison of antioxidant enzyme activities and DNA damage in chickpea (Cicer arietinum L.) genotypes exposed to vanadium
Publication -
The interactions of monomeric acridines and unsymmetrical bisacridines (UAs) with DNA duplexes: an insight provided by NMR and MD studies
PublicationMembers of a novel class of anticancer compounds, exhibiting high antitumor activity, i.e. the unsymmetrical bisacridines (UAs), consist of two heteroaromatic ring systems. One of the ring systems is an imidazoacridinone moiety, with the skeleton identical to the structural base of Symadex. The second one is a 1-nitroacridine moiety, hence it may be regarded as Nitracrine’s structural basis. These monoacridine units are connected...
-
Analysis of the influence of polystyrene microplastics and their derivatives on the DNA of human colon epithelial cells HT29 with the comet assay
PublicationWe have been using plastic for almost a century and nowadays a lot of them circulates as pollutants in the environment and still defragmenting to micro and nanoscale. The exposition through the food chain and its precise impact on human health is still not clear. In our study, we tested real food packaging after contact with food products and real thermoinsulation and environmental samples of polystyrene in different model liquids,...
-
Increased concentration of Taq DNA polymerase as a solution for GC-rich templates from clinical and environmental samples
PublicationDNA polymerase is an enzyme which plays crucial role in replication and DNA repair. It found application in PCR (polymerase chain reaction) where catalyses process of in vitro DNA synthesis. To meet the demands posed by mod- ern diagnostic, molecular biology or genetic engineering it is necessary to improve DNA polymerases to obtain new or better features useful in these fields. So far implemented modifications in majority are...
-
Support interlinking of design and process planning by set of experience knowledge structure and decisional DNA: Conceprual Approach
PublicationKoncepcja wspomagania planowania procesow p-rzy pomocy SOEKS oraz Decyzjnego DNA.
-
Photoinduced electron transfer in 5-bromouracil labeled DNA. A contrathermodynamic mechanism revisited by electron transfer theories
PublicationThe understanding of the 5-bromouracil (BrU) based photosensitization mechanism of DNA damage is of large interest due to the potential applications in photodynamic therapy. Photoinduced electron transfer (ET) in BrU labeled duplexes comprising the 50 -GBrU or 50 -ABrU sequence showed that a much lower reactivity was found for the 50 -GBrU pattern. Since the ionization potential of G is lower than that of A, this sequence selectivity...
-
Catalytic Mechanism of Non-Target DNA Cleavage in CRISPR-Cas9 Revealed by Ab Initio Molecular Dynamics
PublicationCRISPR-Cas9 is a cutting-edge genome editing technology, which uses the endonuclease Cas9 to introduce mutations at desired sites of the genome. This revolutionary tool is promising to treat a myriad of human genetic diseases. Nevertheless, the molecular basis of DNA cleavage, which is a fundamental step for genome editing, has not been established. Here, quantum–classical molecular dynamics (MD) and free energy methods are used...
-
DNA adduct formation by C-1748, a potent antitumor 4-methyl-1-nitroacridine of lowered toxicity.
Publication4-podstawione 1-nitroakrydyny reprezentują nową grupę pochodnych zsyntetyzowanych na Politechnice Gdańskiej. W porównaniu do macierzystych 1-nitroakrydyn związki te wykazują obniżoną toksyczność i podwyższoną aktywność przeciwnowotworową. Wiodąca pochodna 4-metylo-1-nitroakrydyna o symbolu C-1748 jest obecnie w przygotowaniu do I fazy badań klinicznych w leczeniu raka okrężnicy. Wprowadzenie elektrodonorowej grupy metylowej w...
-
Cross-talk between DNA damage and cell survival checkpoints during G2 and mitosis: pharmacological implications
PublicationW pracy wyjaśnialiśmy rolę surwiwiny w ochronie komórek w czasie przejścia między G2 i mitozą, traktowanych związkiem uszkadzającym DNA. Jako model komórkowy wybraliśmy komórki ludzkiej białaczki MOLT-4, które wykazują zwiększoną ekspresję białka surwiwiny i niefunkcjonalnym p53. Ekspozycja tych komórek na melfalan, klasyczny związek uszkadzający DNA, prowadzi do uruchomienia punktu kontrolnego w G2 i zablokowania progresji cyklu...
-
Influence of G2 arrest on the cytotoxicity of DNA topoisomerase inhibitorstoward human carcinoma cells with different p53 status
PublicationRola bloku G2 w efekcie cytotoksycznym inhibitorów DNA topoizomeraz w stosunku do ludzkich komórek rakowych różniących się funkcjonalnością białka p53.
-
Virtual engineering process (VEP): a knowledge representation approach for building bio-inspired distributed manufacturing DNA
PublicationThe objective of this research is to provide a user-friendly and effective way of representing engineering processes for distributed manufacturing systems so that they can develop, accumulate and share knowledge. The basic defini-tion and principle of the approach is introduced first and then the prototype version of the system is developed and demonstrated with case studies, which verify the feasibility of the proposed approach....
-
Wczesne modele opisujące uszkodzenia nici DNA pod wpływem działania czynników chemicznych oraz promieniowania
PublicationOd wielu lat kwantyfikacja uszkodzeń DNA, wywołanych przez różne rodzaje promieniowania korpuskularno-falowego, jak i związków chemicznych, jest przedmiotem szerokich badań teoretycznych i eksperymentalnych. Badania te, mając na celu szczegółowe i dogłębne poznanie mechanizmów powstawania uszkodzeń wspomagają jednocześnie rozwój nowoczesnych terapii nowotworowych. Wstępne pomiary wykazały, że wiele z tych czynników może prowadzić...