Wyniki wyszukiwania dla: molecular detection
-
Human Granulosa Cells—Stemness Properties, Molecular Cross-Talk and Follicular Angiogenesis
Publikacja -
Molecular dynamics study of amyloid formation of two Abl-SH3 domain peptides
Publikacja -
Investigation of Protein Folding by Coarse-Grained Molecular Dynamics with the UNRES Force Field
Publikacja -
Molecular dynamics study of the influence of calcium ions on the conformation of gelsolin S2 domain
Publikacja -
Molecular simulation study of cooperativity in hydrophobic association: clusters of four hydrophobic particles
Publikacja -
Study of the Interactions between Neurophysin II and Dipeptide Ligand by Means of Molecular Dynamics
Publikacja -
Effects of surface nonuniformity and molecular association on mechanism of butanol adsorption from solution
Publikacja -
Dependence of the heterosis effect on genetic distance, determined using various molecular markers
Publikacja -
Synthesis, biological activity and molecular modelling studies of tricyclic alkylimidazo-, pyrimido- and diazepinopurinediones
Publikacja -
Fluorescent Molecular Cages with Sucrose and Cyclotriveratrylene Units for the Selective Recognition of Choline and Acetylcholine
Publikacja -
NK1 receptor binding of a few low molecular weight 3,5-bistrifluoromethylbenzene derivatives
Publikacja -
Early stage of critical clusters growth in phenomenological and Molecular Dynamic simulation models.
PublikacjaOpisano proces kondensacji pary wodnej w ujĘciu fenomenologicznymi dynamiczno-molekularnym. Wczesne fazy wzrostu klastra opisano w ramach klasycznej teorii Hertza-Knudsena. Obszernie przedstawiono wyniki symulacji dynamiczno-molekularnych zjawiska kondensacji pary wodnej z jednorodnej fazy gazowej (przebieg powstawania małych klastrów H2O i szybkość wzrostu klastrów ponadkrytycznych).
-
A study of electron impact excitation of molecular oxygen at a scattering angle of 180 st.
PublikacjaZbadano wzbudzenie tlenu cząsteczkowego w zderzeniu z elektronem dla rozproszenia do tyłu, pod kątem 180 st. Do pomiarów wykorzystano nowe źródło lokalnego pola magnetycznego o geometrii stożkowej.
-
Molecular modelling of membrane activity of amphotericin B, a polyene macrolide antifungal antibiotic
PublikacjaPraca dotyczy różnego typu modelowań molekularnych cząsteczki przeciwgrzybowego antybiotyku (amfoterycyny B). Praca przeglądowa obejmuje opis badań nad właściwościami molekularnymi samej cząsteczki antybiotyku, jej oddziaływań z powierzchnią błony oraz struktur kanałowych jakie tworzą cząsteczki amfoterycyny wewnątrz błony lipidowej.
-
Single-stranded DNA-binding proteins (SSBs) - sources and applicationsin molecular biology
PublikacjaBiałka wiążące się do jednoniciowego DNA (SSB) odgrywają ważną rolę w replikacji, rekombinacji i naprawie DNA u bakterii, archea i eukariota. Ostatnio wzrosło zainteresowanie białkami SSB jako przydatnymi narzędziami w metodach badawczych biologii molekularnej, analitycznych i diagnostycznych. Większość znanych prokariotycznych białek SSB zbudowanych jest z czterech podjednostek (homotetramer) z jedną domeną wiążąca (OB) jednoniciowe...
-
Optimization of white light interferometric temperature sensor. Workshop on Atomic and Molecular Physics.
PublikacjaW artykule przedstawiono metodę optymalizacji parametrów niskokoherencyjnego interferometrycznego czujnika temperatury wykorzystującego miniaturowy interferometr Farby Perota, pracujący w modzie odbiciowym.
-
Raman and infrared investigation of ferroelectric ceramics. IV Workshop on Atomic and Molecular Physics.
PublikacjaZastosowano spektroskopię absorbcyjną w podczerwieni i spektroskopię Ramana do badania ceramik ferroelektrycznych o kompozycji Ba(Ti1-xZrx)O3. Ceramiki te charakteryzują się możliwością przestrajania przenikalności elektrycznej za pomocą pola elektrycznego.
-
Molecular mechanism of the enzymatic oxidation investigated for imidazoacridinone antitumor drug C-1311.
PublikacjaPraca miala na celu określenie molekularnego mechanizmu enzymatycznej utleniającej aktywacji wymienionego związku przeciwnowotworowego w takim układzie modelowym, w którym wcześniej wykazano jego kowalencyjne wiązanie się do DNA. Badania struktur chemicznych produktów enzymatycznej aktywacji wykazały, że dwa z nich powstają w wyniku dealkilacji łańcucha bocznego cząsteczki, natomiast dwa inne w wyniku aktywacji pierścienia imidazoakrydonu....
-
Molecular Dynamics study of short and medium range order in modified BGO glasses.
PublikacjaArtykuł przedstawia wyniki symulacji dynamiczno-molekularnychniemodyfikowanych i modyfikowanych szkieł BGO o różnych stechiometriach. Otrzymane wyniki dokładnie przedyskutowano pod kątem blisko- i średnio-zasięgowego uporządkowania atomów i porównano z innymi dostępnymi danymi literaturowymi.
-
Molecular Dynamics of Complexes of Atosiban with Neurohypophyseal Receptors in the Fully Hydrated Phospholipid Bilayer
Publikacja -
Free Energies of the Disassembly of Viral Capsids from a Multiscale Molecular Simulation Approach
Publikacja -
Nanomechanical Stability of Aβ Tetramers and Fibril-like Structures: Molecular Dynamics Simulations
Publikacja -
Shape resonance of H[sub 2][sup −] anion stabilized in a molecular trap
Publikacja -
Molecular insights into receptor binding energetics and neutralization of SARS-CoV-2 variants
Publikacja -
Superconducting state in the atomic metallic hydrogen just above the pressure of the molecular dissociation
Publikacja -
Molecular dynamics insights into protein‐glycosaminoglycan systems from microsecond‐scale simulations
Publikacja -
Comparative molecular dynamics simulations of amphotericin B-cholesterol/ergosterol membrane channels
PublikacjaBadania polegały na przeprowadzeniu porównawczej dynamiki molekularnej dla dwóch typów kanałów amfoterycyny B. Obie symulacje różniły się rodzajem sterolu (cholesterol lub ergosterol). Na podstawie wyników przeprowadzonych prac ustalono jakie elementy strukturalne badanych kanałów mogą być odpowiedzialne za selektywne działanie amfoterycyny B.
-
Solvation of N-methylformamide by ethanol: a comparison of molecular dynamics calculations with the experimental data
PublikacjaWykonano obliczenia metodami dynamiki molekularnej dla tytułowego układu. Rezultaty porównano z uzyskanymi wcześniej wynikami pomiarów termodynamicznych oraz wnioskami z nich wyciągniętymi.
-
Crystal and molecular structure of lithium iodide complex of 13-membered azoxycrown ether
PublikacjaPublikacja zawiera uzupełniające informacje do znalezionej wcześniej korelacji między typem kationu, rozmiarem makrocyklu i cechami struktury krystalicznej kompleksów a selektywnością elektrod membranowych dotowanych odpowiednimi azo- lub azoksykoronami. Ustalono strukturę krystaliczną i molekularną kompleksu 13-członowej azoksykorony (L13-O) z jodkiem litu. Stechiometria kompleksu jest 1:1. Kryształ zbudowany jest z hydratowanych...
-
Molecular Design Using Selected Concentration Effects in Optically Activated Fluorescent Matrices
PublikacjaMolecular physics plays a pivotal role in various fields, including medicine, pharmaceuticals, and broader industrial applications. This study aims to enhance the methods for producing specific optically active materials with distinct spectroscopic properties at the molecular level, which are crucial for these sectors, while prioritizing human safety in both production and application. Forensic science, a significant socio-economic...
-
Applying molecular dynamics simulation to take the fracture fingerprint of polycrystalline SiC nanosheets
PublikacjaGraphene-like nanosheets are the key elements of advanced materials and systems. The mechanical behavior of the structurally perfect 2D nanostructures is well documented, but that of polycrystalline ones is less understood. Herein, we applied molecular dynamics simulation (MDS) to take the fracture fingerprint of polycrystalline SiC nanosheets (PSiCNS), where monocrystalline SiC nanosheets (MSiCNS) was the reference nanosheet....
-
Molecular mechanism of proton-coupled ligand translocation by the bacterial efflux pump EmrE
PublikacjaThe current surge in bacterial multi-drug resistance (MDR) is one of the largest challenges to public health, threatening to render ineffective many therapies we rely on for treatment of serious infections. Understanding different factors that contribute to MDR is hence crucial from the global “one health” perspective. In this contribution, we focus on the prototypical broad-selectivity proton-coupled antiporter EmrE, one of the...
-
Neutral Dissociation of Pyridine Evoked by Irradiation of Ionized Atomic and Molecular Hydrogen Beams
PublikacjaThe interactions of ions with molecules and the determination of their dissociation patterns are challenging endeavors of fundamental importance for theoretical and experimental science. In particular, the investigations on bond-breaking and new bond-forming processes triggered by the ionic impact may shed light on the stellar wind interaction with interstellar media, ionic beam irradiations of the living cells, ion-track nanotechnology,...
-
Identification and molecular modeling of a novel lipase from an Antarctic soil metagenomic library.
PublikacjaIn this work, we present the construction of a metagenomic library in Escherichia coli using pUC19 vector and environmental DNA directly isolated from Antarctic topsoil and screened for lipolytic enzymes. The screening on agar supplemented with olive oil and rhodamine B revealed one clone with lipolytic activity (Lip1) out of 11,000 E. coli clones. This clone harbored a plasmid, pLip1, which has an insert of 4722 bp that has been...
-
Resonance-Raman spectro-electrochemistry of intermediates in molecular artificial photosynthesis of bimetallic complexes
PublikacjaThe sequential order of photoinduced charge transfer processes and accompanying structure changes were analyzed by UV-vis and resonance-Raman spectroscopy of intermediates of a Ru(II) based photocatalytic hydrogen evolving system obtained by electrochemical reduction.
-
Role of Glycosaminoglycans in Procathepsin B Maturation: Molecular Mechanism Elucidated by a Computational Study
Publikacja -
Depression as is Seen by Molecular Spectroscopy. Phospholipid- Protein Balance in Affective Disorders and Dementia
Publikacja -
Bifunctional catalyst based on molecular structure: Spherical mesoporous TiO2 and gCN for photocatalysis
Publikacja -
Bio‐polyols synthesized by liquefaction of cellulose: Influence of liquefaction solvent molecular weight
PublikacjaCurrently, the plastics industry including polyurethanes is based on the use of petrochemicals. For this reason, scientists are looking for new types of renewable resources for the substitution of petrochemical substances. This work aims to evaluate the effect of polyethylene glycols (PEG) with different molecular mass impact on properties of bio-based polyols synthesized via biomass liquefaction of cellulose. To date, research...
-
Endothelial dysfunction due to eNOS uncoupling: molecular mechanisms as potential therapeutic targets
PublikacjaNitric oxide (NO) is one of the most important molecules released by endothelial cells, and its antiatherogenic properties support cardiovascular homeostasis. Diminished NO bioavailability is a common hallmark of endothelial dysfunction underlying the patho‑ genesis of the cardiovascular disease. Vascular NO is synthesized by endothelial nitric oxide synthase (eNOS) from the substrate L‑arginine (L‑Arg), with tetrahydrobiopterin...
-
Homocitrate synthase gene as a new molecular target in diagnostics of Candida spp. infections
PublikacjaNew potential molecular target which will be investigated during this research (homocitrate synthase gen) is the innovative target other than ribosomal DNA. This gene encodes enzyme present only in fungi and some Archaea what significantly increases specificity. It also reduces risk of contamination or influence of other factors (reaction with other DNA present in sample derived from bacteria or host cells) what excludes false...
-
Molecular dynamics study on the role of solvation water in the adsorption of hyperactive AFP to the ice surface
PublikacjaUsing computer simulations, the early stages of the adsorption of the CfAFP molecule to the ice surface were analyzed. We found that the ice and the protein interact at least as early as when the protein is about 1 nm away from the ice surface. These interactions are mediated by interfacial solvation water and are possible thanks to the structural ordering of the solvent. This ordering leads to positional preference of the protein...
-
Furan Fragmentation in the Gas Phase: New Insights from Statistical and Molecular Dynamics Calculations
PublikacjaWe present a complete exploration of the different fragmentation mechanisms of furan (C4H4O) operating at low and high energies. Three different theoretical approaches are combined to determine the structure of all possible reaction intermediates, many of them not described in previous studies, and a large number of pathways involving three types of fundamental elementary mechanisms: isomerization, fragmentation, and H/H2 loss...
-
Molecular identification and genotyping of Staphylococci: genus, species, strains, colnes, lineages, and interspecies exchanges
PublikacjaStaphylococci are increasingly recognized as etiological agents of many opportunistic human and animal infections, emphasizing the need for a rapid and accurate identification, even to a genotypical level of these bacteria. In the recent years, there has been a significant progress in typing and phylogenetic study of Staphylococcus species. Here, we describe molecular methods used in taxonomy as well as staphylococci characterization....
-
Structure of the interlayer between Au thin film and Si-substrate: Molecular Dynamics simulations
PublikacjaInteraction between 2, 3, 5 and 7 atomic layers of gold and a (111) silicon surface was investigated with the molecular dynamics simulation method. The simulation of the diffusion interaction between gold and silicon in the temperature range 425-925 K has been carried out. The peculiarities of the concentration changes of the interacting components and the atomic density at the boundary...
-
Low-energy electron scattering from molecular hydrogen: Excitation of the X1Σg+ to b3Σu+ transition
PublikacjaWe present time-of-flight differential cross-section measurements and convergent close-coupling calculations of differential cross sections for the electron-impact excitation of the X 1 g + → b 3 u + transition in molecular hydrogen. A part of this work was recently published [M. Zawadzki et al., Phys. Rev. A 97, 050702(R) (2018)]. In this work, agreement between theory and experiment is excellent overall, and marks a transition...
-
Molecular characteristics of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains for clinical medicine
Publikacja -
A Proposed Molecular Mechanism of High-Dose Vitamin D3 Supplementation in Prevention and Treatment of Preeclampsia
Publikacja -
Expression of molecular equivalent of hypothalamic–pituitary–adrenal axis in adult retinal pigment epithelium
Publikacja -
Developmental competence of mammalian oocytes-insights into molecular research and the promise of microfluidic technology: a review
Publikacja