Search
Search results for: DNA INTERACTION
-
Experience oriented enhancement of smartness for Internet of Things
PublicationIn this paper, we propose a novel approach, the Experience-Oriented Smart Things that allows experiential knowledge discovery, storage, involving, and sharing for Internet of Things. The main features, architecture, and initial experiments of this approach are introduced. Rather than take all the data produced by Internet of Things, this approach focuses on acquiring only interesting data for its knowledge discovery process. By...
-
Przyczynek do zagadnienia zaburzeń brzegowych w połączeniu płaszcza z dnem stalowego zbiornika walcowego
PublicationOmowiono wpływ sprężystości podłoża gruntowego i wielkości wysięgu obwodu dna poza płaszcz na wartość zaburzeń brzegowych w połączeniu płaszcza z dnem.
-
Decisional DNA with embedded Relief-F linear regression for knowledge and experience management
PublicationOmowiono zastowania Decyzyjnego DNA, regresji liniowej oraz funkcji RELIEF-F w procesach formalnego modelowania i wspomagania zarzadzania wiedza oraz zarzadzania doswiadczeniem.
-
Real-time PCR approach in dermatophyte detection and Trichophyton rubrum identification
PublicationDermatophytes are keratinophilic molds that infect human hair, nails and skin. Diagnosis of dermatophytosis is based on morphological, serological and biochemical features. However, identification is difficult and laborious due to similarities between microorganisms. Thus, there is considerable interest to develop mycological diagnostic procedures based on molecular biology methods. In this study, fast, two-step DNA extraction...
-
Application of CDMA modulated signals in seafloor remote sensing
PublicationW artykule omowiono zastosowanie modulacji CDMA w procesie detekcji echa od dna. Wyniki badan przedstawone zostaly dla symulacji z wykorzystaniem symulatora BORIS.
-
Elektrociepłownia gazowa we Władysławowie
PublicationPrzedstawiono bliżej układ technologiczny elektrociepłowni we Władysławowie opartej na działaniu turbin gazowych zasilanych gazem odpadowym towarzyszącemu ropie naftowej wydobywanej z dna morskiego.
-
Decisional DNA: the concept and its implementation platforms
PublicationOmowiono kopncepcje zarzadzania wiedza oparta na decyzyjnym DNA gdzie wiedza jest reprezentowana poprzez zbiory doswiadczen. Przedstawiono obecne oraz przyszle zastosowania omawianej koncepcji.
-
Molecular dynamics simulation and MM-PBSA analysis of Oxytricha nova TEBP ternary complex with ssDNA
PublicationPraca dotyczy badań metodami chemii obliczeniowej właściwości elektrostatycznych i termodynamicznych kompleksu telomerowego białka TEBP pochodzącego z organizmu Oxytricha z jednoniciowym telomerowym DNA (ssDNA).
-
Effects of metallic silver island films on resonance energy transfer between N,N´-(dipropyl)-tetramethylindocarbocyanine (Cy3)- and N,N´-(dipro- pyl)-tetramethylindodicarbocyanine ( Cy5 )-labeled DNA.
PublicationZbadano nową metodę zwiększania odległości rezonansowego przekazywania energii poprzez umieszczanie znakowanych donorami i akceptorami oligomerów DNA pomiędzy dwoma płytkami pokrytymi nanocząsteczkami metalicznego srebra.
-
Uszkodzenia korozyjne wewnątrz stalowych zbiorników na paliwa płynne. Co najbardziej zagraża?
PublicationScharakteryzowano przyczyny korozji w poszczególnych strefach wewnętrznej powierzchni płaszcza, dna i dachu zbiornika stalowego na paliwa płynne. Scharakteryzowano uszkodzenia wywołane korozją wewnątrz zbiornika.
-
Awaria dwupłaszczowego zbiornika stalowego na gorące media
PublicationPodano przyczyny uszkodzenia dna zbiornika dwupłaszczowego przeznaczonego do magazynowania asflatu w temperaturze ok. 200 C. Wskazano na konieczność wprowadzenia zmian w konstrukcji zbiornika.
-
Early models of DNA damage formation
PublicationPrzeanalizowano jedne z pierwszych modeli opisujących uszkodzenia nici DNA. Przeanalizowano uszkodzenia powstające w pojedynczych i podwójnych niciach, pod wpływem czynników fizycznych i chemicznych.
-
Construction and purification of his6-Thermus thermophilus MutS protein.
PublicationGen mutS z termofilnej bakterii Thermus thermophilus zamplifikowano przy użyciu PCR, sklonowano i przeprowadzono jego ekspresję w E. coli. Rekombinantowe białko MutS zawierające oligohistydynową domenę na N-końcu oczyszczono w jednoetapowej procedurze przy wykorzystaniu chromatografii powinowactwaNi(2+). Zdolność do rozpoznania niekomplementarności białka his(6)-MutS potwierdzono w eksperymentach ochrony DNA przed trawieniem...
-
From Individual to Collective: Intelligence Amplification with Bio-Inspired Decisional DNA and its Extensions
PublicationIn nature, deoxyribonucleic acid (DNA) contains the genetic instructions used in the development and functioning of all known living organisms. The idea behind our vision is to develop an artificial system, an architecture that would support discovering, adding, storing, improving and sharing information and knowledge among agents and organizations through experience. We propose a novel Knowledge Representation (KR) approach in...
-
Molecular Recognition in Complexes of TRF Proteins with Telomeric DNA
PublicationTelomeres are specialized nucleoprotein assemblies that protect the ends of linear chromosomes. In humans and many other species, telomeres consist of tandem TTAGGG repeats bound by a protein complex known as shelterin that remodels telomeric DNA into a protective loop structure and regulates telomere homeostasis. Shelterin recognizes telomeric repeats through its two major components known as Telomere Repeat-Binding Factors, TRF1...
-
Recombinant !ermostable AP Exonuclease from Thermoanaerobacter tengcongensis: Cloning, Expression, Purification, Properties and PCR Application
PublicationApurinic/apyrimidinic (AP) sites in DNA are considered to be highly mutagenic and must be corrected to preserve genetic integrity, especially at high temperatures. !e gene encoding a homologue of AP exonuclease was cloned from the thermophilic anaerobic bacterium Thermoanaerobacter tengcongensis and transformed into Escherichia coli. The protein product showed high identity (80%) to human Ape1 nuclease, whereas to E. coli exonuclease...
-
RecA Proteins from Deinococcus geothermalis and Deinococcus murrayi - Cloning, Purification and Biochemical Characterisation
PublicationEscherichia coli RecA plays a crucial role in recombinational processes, the induction of SOS response and mutagenic lesion bypasses. It has also been demonstrated that RecA protein is indispensable when it comes to the reassembly of shattered chromosomes in gamma-irradiated Deinococcus radiodurans, one of the most radiation-resistant organisms known. Moreover, some functional differences between E. coli and D. radiodurans RecA...
-
Intramolecular Proton Transfer in the Radical Anion of Cytidine Monophosphate Sheds Light on the Sensitivities of Dry vs Wet DNA to Electron Attachment-Induced Damage
PublicationSingle-strand breaks (SSBs) induced via electron attachment were previously observed in dry DNA under ultrahigh vacuum (UHV), while hydrated electrons were found not able to induce this DNA damage in an aqueous solution. To explain these findings, crossed electron-molecular beam (CEMB) and anion photoelectron spectroscopy (aPES) experiments coupled to density functional theory (DFT) modeling were used to demonstrate the fundamental...
-
Zastosowanie metod neuronowo-rozmytych i drzew decyzyjnych do rozpoznawaniatypu dna morskiego z przetwarzanych sygnałów echa.**2002, 113 s. 77 rys. 5 tab. bibliogr. 49 poz. maszyn. Rozprawa doktorska /2002.12.17/ WETI Promotor: prof. dr hab.inż. A. Stepnowski.
PublicationPrzedmiotem pracy było opracowanie klasyfikatorów neuronowo-rozmytych dorozpoznawania typu dna morskiego z przetwarzanych sygnałów echa wraz z im-plementacją tych klasyfikatorów w systemie przenośnym.
-
3d Visualization of Seabed from Multibeam Sonar Records Using TriangularIrregular Mesh. W: [CD-ROM] Forum Acusticum Sevilla 2002. 3rd European Con-gres on Acoustics. XXXIII Spanish Congress on Acoustics-TECNIACUSTICA 2002.European and Japanese Symposium on Acoustics. Sevilla, Spain 16-20 Septem- ber 2002. Madrid: Soc. Espanola de Acustica**2002 vol. 33, [6 s.] 4 rys. bibliogr. 6 poz. ISBN: 84-87985-06-8 Special Issue of the Journal Revista de Acustica, vol.33, ano 2002. Trójwym. wizual.dna mors. z danych pochodz. z echosond wielowiąz. z wykorz.niergul.siat.TIN.
PublicationPrzedstawiono sposób trójwymiarowej wizualizacji dna morskiego przy wyko-rzystaniu siatki nieregularnej (TIN) otrzymanej w wyniku triangularyzacjioraz porównano otrzymane wyniki z rzeczywistymi pomiarami batymetrycznymidna Bałtyku Południowego.
-
BUDOWA I AKTYWNOŚĆ BIAŁEK NALEŻĄCYCH DO RODZINY TET
PublicationBiałka należące do rodziny TET (Tet1, Tet2, Tet3) są enzymami wykazującymi aktywność względem 5-metylocytozyny, która jest ważnym markerem epigenetycznym odgrywającym kluczową rolę w trakcie rozwoju organizmu i mającym istotny wpływ na poziom ekspresji genów. Białka TET przekształcają 5-metylocytozynę do 5-hydroksymetylocytozyny, 5-formylocytozyny i 5-karboksylocytozyny w trakcie następujących po sobie trzech reakcji utleniania....
-
Towards Knowledge Sharing Oriented Adaptive Control
PublicationIn this paper, we propose a knowledge sharing oriented approach to enable a robot to reuse other robots' knowledge by adapting itself to the inverse dynamics model of the knowledge-sharing robot. The purpose of this work is to remove the heavy fine-tuning procedure required before using a new robot for a task via reusing other robots' knowledge. We use the Neural Knowledge DNA (NK-DNA) to help robots gain empirical knowledge and...
-
Przeciwnowotworowe działanie akrydyn
PublicationOdkąd wykazano przeciwbakteryjne i przeciwwirusowe właściwości pochodnych akrydyny podjęto wiele prób modyfikacji chemicznej cząsteczki w celu znalezienia pochodnej charakteryzującej się wysoką aktywnością przeciwnowotworową. Wybór akrydyn jako potencjalnych leków przeciwnowotworowych podyktowany był przede wszystkim udowodnioną zdolnością tych związków do oddziaływania z DNA. W terapii przeciwnowotworowej, ze względu na brak istotnych...
-
How acidic amino acid residues facilitate DNA target site selection
PublicationDespite the negative charge of the DNA backbone, acidic residues (Asp/Glu) commonly participate in the base readout, with a strong preference for cytosine. In fact, in the solved DNA/protein structures, cytosine is recognized almost exclusively by Asp/Glu through a direct hydrogen bond, while at the same time, adenine, regardless of its amino group, shows no propensity for Asp/Glu. Here, we analyzed the contribution of Asp/Glu...
-
3D reconstruction seafloor from side-scan records
PublicationArtykuł przedstawia sposób wykorzystania języka opisu wirtualnej rzeczywistości (VRML) do trójwymiarowej wizualizacji dna morskiego. W szczególności zaprezentowano techniki rekonstrukcji trójwymiarowego obrazu z danych pochodzących z sonaru bocznego.
-
Granie nie tylko na murawie! Zostań Lewandowskim pipety i termocyklera. Synergia nowoczesnych metod analitycznych opartych o wykrywanie DNA z nowymi formami nauczania (grywalizacja).
PublicationKOnkurs Innowacji Dydaktyznych PG: "Granie nie tylko na murawie! Zostań Lewandowskim pipety i termocyklera. Synergia nowoczesnych metod analitycznych opartych o wykrywanie DNA z nowymi formami nauczania (grywalizacja)."
-
DNA structure and integrity checkpoints in the cell cycle and their role in drug targeting and resistance of tumor cells to anticancer treatment
PublicationW artykule dokonaliśmy przeglądu literatury dotyczącej różnych typów uszkodzeń DNA indukowanych przez różne czynniki terapeutyczne w komórkach nowotworowych. Omówiliśmy także w jaki sposób aktywują różne typy punktów kontrolnych w cyklu komórkowym i w jaki sposób punkty te są regulowane przez inne szlaki sygnalizacji wewnątrzkomórkowej takie jak szlaki naprawy uszkodzeń DNA, stresu komórkowego i śmierci-przeżycia. W szczególności...
-
Increased resonance energy transfer between fluorophores bound to DNA in proximity to metallic silver particles.
PublicationZbadano wpływ nanocząstek metalicznego srebra na rezonansowe przekazywanie energii między fluoroforami związanymi z DNA. Donor (pochodna kumaryny) i akceptor (Cy3) umieszczono na przeciwległych końcach DNA o strukturze podwójnej helisy i o 23 parach bazowych. W nieobecności cząstek srebra wydajność przekazywania energii w tym układzie wynosiła ok. 9%, zaś po umieszczeniu go między kwarcowymi płytkami pokrytymi filmem wysepek...
-
Radio- and photosensitization of DNA with compounds containing platinum and bromine atoms
Publication. Irradiations of plasmid DNA by both X-rays and UV light in the presence and absence of compounds containing platinum and bromine atoms were performed in order to asses the sensitization potential of these compounds. Plasmid DNA pBR322 was incubated with platinum (II) bromide, hydrogen hexabromoplatinate (IV), hydrogen hexahydroxyplatinate (IV) and sodium hexahydroxyplatinate (IV). Incubation was followed by X-ray or UV irradiations....
-
Identification of evolutionary conserved DNA sequence and corresponding S21 ribosomal protein region for diagnostic purposes of all Borrelia spirochetes
PublicationIt is still under investigation, whether all Borrelia sp. causing Lyme borreliosis and other diseases are already identified and properly classified as human pathogens. For this reason, it is of great importance to develop a diagnostic ELISA test that detects all Borrelia sp. The aim of this study was to identify conserved DNA and protein regions present in all currently known Borrelia sp. In experimental studies 31 available Borrelia...
-
Virtual Engineering Factory: Creating Experience Base for Industry 4.0
PublicationABSTRACT In recent times, traditional manufacturing is upgrading and adopting Industry 4.0, which supports computerization of manufacturing by round-the-clock connection and communica- tion of engineering objects. Consequently, Decisional DNA- based knowledge representation of manufacturing objects, processes, and system is achieved by virtual engineering objects (VEO), virtual engineering processes (VEP), and virtual engineering...
-
A New Double Digestion Ligation Mediated Suppression PCR Method for Simultaneous Bacteria DNA-Typing and Confirmation of Species: An Acinetobacter sp. Model
PublicationWe have designed a new ddLMS PCR (double digestion Ligation Mediated Suppression PCR) method based on restriction site polymorphism upstream from the specific target sequence for the simultaneous identification and differentiation of bacterial strains. The ddLMS PCR combines a simple PCR used for species or genus identification and the LM PCR strategy for strain differentiation. The bacterial identification is confirmed in the...
-
PARP inhibition potentiates the cytotoxic activity of C-1305, a selective inhibitor of topoisomerase II, in human BRCA1-positive breast cancer cells
PublicationTwo cellular proteins encoded by the breast and ovarian cancer type 1 susceptibility (BRCA1 and BRCA2) tumor suppressor genes are essential for DNA integrity and the maintenance of genomic stability.Approximately 5-10% of breast and ovarian cancers result from inherited alterations or mutations in these genes.Remarkably, BRCA1/BRCA2-deficient cells are hypersensitive to selective inhibition of poly(ADPribose) polymerase 1 (PARP-1),...
-
Certain family of analytical solutions of nonlinear von Neumann equations
PublicationIn this paper we present a slight generalization of certain type of Darboux transformation, that may be used sub-sequently in a convenient way. This method allows to obtain families of solutions of nonlinear von Neumann equations, that are used in particular in DNA modeling.
-
Two highly thermostable paralogous single-stranded DNA-binding proteins from Thermoanaerobacter tengcongensis
PublicationThe thermophilic bacterium Thermoanaerobacter tengcongensis has two single-stranded DNA-binding (SSB) proteins, designated TteSSB2 and TteSSB3. In a SSB complementation assay in Escherichia coli, only TteSSB3 took over the in vivo function of EcoSSB. We have cloned the ssb genes obtained by PCR and have developed E. coli overexpression systems. The TteSSB2 and TteSSB3 consist of 153 and 150 amino acids with a calculated molecular...
-
Decomposition of halogenated nucleobases by surface plasmon resonance excitation of gold nanoparticles
PublicationHalogenated uracil derivatives are of great interest in modern cancer therapy, either as chemotherapeutics or radiosensitisers depending on their halogen atom. This work applies UV-Vis spectroscopy to study the radiation damage of uracil, 5-bromouracil and 5- uorouracil dissolved in water in the presence of gold nanoparticles upon irradiation with an Nd:YAG ns-pulsed laser operating at 532nm at dierent uences. Gold nanoparticles...
-
Numerical calculations of behaviour of ship double-bottom structure during grounding
PublicationIdeą projektu CORET jest dodanie do obecnej konstrukcji dna podwójnego statku specjalnych powłok polimerowo-betonowych w celu zwiększenia odporności na rozszczelnienie podczas kolizji, czy wejścia na mieliznę. Aby poprawnie zaprojektować te bariery ochronne konieczne jest przeprowadzenie symulacji numerycznej. Tworzenie modelu numerycznego konstrukcji podczas kolizji jest bardzo złożone i wymaga wykonania symulacji pomocniczych...
-
The influence of G2 arrest abrogation on the long-term cytotoxicity of different genotoxic lesions
PublicationJak się uważa, zdolność komórek nowotworowych z uszkodzeniami DNA do zatrzymywania progresji w cyklu komórkowym w fazie G2 wydłuża czas na reperację tych uszkodzeń i zwiększa zdolność do przeżycia tych komórek. W pracy badaliśmy wpływ skrócenia bloku w fazie G2 w komórkach dwóch typów białaczek, poddanych działaniu związków przeciwnowotworowych indukujących różne typy uszkodzeń DNA, na efekt cytotoksyczny tych związków. Zwiększenie...
-
Typing of Candida isolates from patients with invasive infection and concomitant colonization
PublicationWe investigated the relationship between colonizing and invasive isolates from patients with candidaemia. Molecular typing was performed using random amplification of polymorphic DNA (RAPD) and multilocus sequence typing (MLST). We found MLST to be sufficient for typing Candida isolates, and that surveillance cultures are helpful in predicting concomitant invasive isolates, but not necessarily the pathogen involved in subsequent...
-
Zakażenia bakteryjne w przewlekłym zapaleniu ucha środkowego - ocena przydatności diagnostyki molekularnej opartej o technikę PCR. Bacterial infection in chronic otitis media - assessment of usefulness of molecular diagnostic based in PCR method.
PublicationIdentyfikacja zakażeń w przewlekłym zapaleniu ucha środkowego jest trudna, o czym świadczą wysokie odsetki ujemnych wyników badań bakteriologicznych. Przyczyną tego jest trudność w uzyskiwaniu wiarygodnego materiału do badań oraz stosunkowo niska czułość klasycznych metod diagnostycznych. Amplifikacja bakteryjnego DNA techniką PCR jest badaniem, które może przyczynić się do zwiększenia efektywności i czułości badań bakteriologicznych....
-
Targeting shelterin proteins for cancer therapy.
PublicationAs a global health challenge, cancer prompts continuous exploration for innovative therapies that are also based on new targets. One promising avenue is targeting the shelterin protein complex, a safeguard for telomeres crucial in preventing DNA damage. The role of shelterin in modulating ataxia- telangiectasia mutated (ATM) and ataxia-telangiectasia and Rad3-related (ATR) kinases, key players in the DNA damage response (DDR),...
-
Decisional DNA based intelligent knowledge model for flexible manufacturing system
PublicationModeling an effective mechanism for design and control strategies for the implementation of a flexible manufacturing system (FMS) has been a challenge. Consequently, to overcome this issue various techniques have applied in the past but most of these models are effective only for some specific situation or an element of FMS. In this study, the knowledge representation technique of Decisional DNA (DDNA) is applied to FMS to develop...
-
Genome-wide DNA methylation profiling of the regenerative MRL/MpJ mouse and two normal strains
PublicationAims We aimed to identify the pivotal differences in the DNA methylation profiles between the regeneration capable MRL/MpJ mouse and reference mouse strains. Materials and Methods Global DNA methylation profiling was performed in ear pinnae, bone marrow, spleen, liver, heart from uninjured adult females of the MRL/MpJ and C57BL/6J and BALB/c. Results and conclusion A number of differentially methylated regions distinguishing between...
-
Smart innovation process enhancement using SOEKS and decisional DNA
PublicationProduct innovation always requires a foundation based on both knowledge and experience. The production and innovation process of products is very similar to the evolution process of humans. The genetic information of humans is stored in genes, chromosomes and DNA. Similarly, the information about the products can be stored in a system having virtual genes, chromosomes and decisional DNA (DDNA). The present paper proposes...
-
Badania skuteczności ochrony katodowej nóg platformy wydobywczej
PublicationWykonano badania potencjałowe parametrów ochrony platformy wydobywczej Baltic Beta. Stwierdzono występowanie pełnej ochrony katodowej w rejonie dna. Stan techniczny anod wykazuje znaczne zużycie, jednakże w dalszym ciągu realizują proces ochorny
-
Intercalation complex of imidazoacridinone C-1311, a potential anticancer drug, with DNA helix d(CGATCG)2: stereostructural studies by 2D NMR spectroscopy.
PublicationImidazoacridinone C-1311 (Symadex®) is a powerful antitumor agent, which successfully made its way through the Phase I clinical trials and has been recommended for Phase II few a years ago. It has been shown experimentally that during the initial stage of its action C-1311 forms a relatively stable intercalation complex with DNA, yet it has shown no base-sequence specificity while binding to DNA. In this paper, the d(CGATCG)2:C-1311...
-
Molecular Strategy for Survival at a Critical High Temperature in Eschierichia coli
PublicationThe molecular mechanism supporting survival at a critical high temperature (CHT) in Escherichia coli was investigated. Genome-wide screening with a single-gene knockout library provided a list of genes indispensable for growth at 47°C, called thermotolerant genes. Genes for which expression was affected by exposure to CHT were identified by DNA chip analysis. Unexpectedly, the former contents did not overlap with the latter except...
-
New, fast and cheap prediction tests for BRCA1 gene mutations identification in clinical samples.
PublicationDespite significant progress in cancer therapy, cancer is still the second cause of mortality in the world. The necessity to make quick therapeutic decisions forces the development of procedures allowing to obtain a reliable result in a quick and unambiguous manner. Currently, detecting predictive mutations, including BRCA1, is the basis for effectively treating advanced breast cancer. Here, we present new insight on gene mutation...
-
Novel single-stranded DNA-binding protein from psyvhrophilic bacterium Psychrobacter arcticus
PublicationTo study the biochemical properties of SSB from Psychrobacter arcticus (ParSSB), we have cloned the ssb genes obtained by PCR and have developed Escherichia coli overexpression systems. The gene consists of an open reading frame of 642 nucleotides encoding SSB protein of 213 amino acids with a calculated molecular mass of 22.8 kDa. The amino-acid sequence of ParSSB exhibits 49% identity and 57% similarity to Escherichia coli SSB....
-
Catalytic Mechanism of Non-Target DNA Cleavage in CRISPR-Cas9 Revealed by Ab Initio Molecular Dynamics
PublicationCRISPR-Cas9 is a cutting-edge genome editing technology, which uses the endonuclease Cas9 to introduce mutations at desired sites of the genome. This revolutionary tool is promising to treat a myriad of human genetic diseases. Nevertheless, the molecular basis of DNA cleavage, which is a fundamental step for genome editing, has not been established. Here, quantum–classical molecular dynamics (MD) and free energy methods are used...