Search results for: bioaktywne peptydy
-
Design, Synthesis, and Enzymatic Evaluation of Novel ZnO Quantum Dot-Based Assay for Detection of Proteinase 3 Activity
PublicationHerein, the synthesis and application of functionalized quantum dot-based protease probes is described. Such probes are composed of nontoxic ZnO nanocrystals decorated by amino groups followed by linker and labeled peptide attachment. Spherical NH2-terminated ZnO quantum dots (QDs) with the average size ranging from 4 to 8 nm and strong emission centered at 530 nm were prepared using the sol−gel method. The fluorescence of ZnO...
-
Structural and dynamic properties of water within the solvation layer around various conformations of the glycine-based polypeptide
PublicationSeveral conformations of the solvated glycine-based polypeptides were investigated using molecular dynamics simulations. Some properties of water in the neighbouring space around these molecules were investigated. It was found, that water forms a well-defined layer - the first solvation shell - around the peptide molecule, and thickness of this layer is independent of the peptide structure, and it equals to approximately 0.28 nm....
-
Niebiałkowe związki azotowe
PublicationNiebiałkowe związki azotowe powstają w żywności wskutek enzymatycznych prze-mian różnych substratów zawierających w swym składzie azot. Są wśród nichprzede wszystkim aminokwasy, peptydy, nukleotydy, tlenek trimetyloaminy orazaminy i ich pochodne. Wywierają one korzystny lub niepożądany wpływ na smak,zapach i barwę żywności, mogą służyć jako wskaźniki świeżości, lub mogą byćspożywane w nadmiernych ilościach, wywierać działanie...
-
Antifungal activity of thionated analogues of nva-fmdp and lys-nva-fmdp
Publicationotrzymano dwa peptydy w których wiązanie amidowe łączące aminokwasy zamieniono na tioamidowe w wyniku kilkunastoetapowej syntezy chemicznej. do reakcji tionowania zastosowano odczynnik lawessona. otrzymane związki poddano badaniom aktywności z wykorzystaniem pięciu szczepów candida , w tym szczepów opornych na flukonazol. stwierdzono, ze obecniość wiązania tioamidowego znacznie obniża aktywność przeciwgrzybową testowanych związków...
-
Ilona Kołodziejska prof. dr hab. inż.
People -
Structural and Dynamic Properties of Water within the Solvation Layer around Various Conformations of the Glycine-based Polypeptide
PublicationSeveral conformations of the solvated glycine-based polypeptides were investigated using molecular dynamics simulations. Some properties of water in the neighboring space around these molecules were investigated. It was found that water forms a well-defined layer—the first solvation shell—around the peptide molecule, and thickness of this layer is independent of the peptide structure and is equal to approximately 0.28 nm. Within...
-
Ćwiczenia audytoryjne z Chemii Organicznej 2021/2022
e-Learning CoursesNa ćwiczeniach z Chemii Organicznej przerabiany będzie materiał zaprezentowany na wykładzie obejmujący: alkany i cykloalkany (nazewnictwo, konformacje, reakcje chemiczne), izomeria w związkach organicznych (strukturalna, geometryczna i optyczna), alkeny, alkiny i dieny (nazewnictwo, reakcje chemiczne, otrzymywanie, izomeria cis-trans, reakcje addycji, reguła Markownikowa, przykłady reakcji polimeryzacji, reakcje Dielsa-Aldera),...
-
Sławomir Milewski prof. dr hab. inż.
PeopleSławomir Milewski, born in 1955 in Puck, Poland, graduated in 1979 in Chemistry from the Faculty of Chemistry, Gdańsk University of Technology (GUT). In 1984 was employed at the Department of Pharmaceutical Technology and Biochemistry. In 1985 he got his PhD, in 1994 became a DSc (habilitation) and in 2002 got the professorship in chemical sciences. Currently he is a full professor and Head of the Department of Pharmaceutical Technology...
-
Wpływ rodzaju kwasu jako dodatku do eluentu na parametry rozdzielania polifenoli techniką chromatografii cieczowej w odwróconych układach faz (RP-HPLC)
PublicationChromatografia cieczowa jest jedną z technik wykorzystywanych w badaniach składu mieszanin, a także do wydzielania czystych składników z mieszanin w postaci frakcji eluatu. Z punktu widzenia współczesnej chemii, farmakologii, a także medycyny, czy biotechnologii, chromatografia pełni ważną rolę, w zakresie analityki jakościowej i ilościowej. Dzięki możliwości otrzymywania naturalnych składników biologicznie czynnych w czystej...
-
Niebiałkowe związki azotowe. Rozdział 8
PublicationAzot związków niebiałkowych stanowi od kilku do kilkudziesięciu procent ogólnej ilości azotu w różnych surowcach żywnościowych. Wskutek enzymatycznych i chemicznych przemian w czasie przechowywania i przetwarzania zmienia się udział i skład tych związków. Niebiałkowe związki azotowe uczestniczą w tworzeniu zapachu i smaku produktów żywnościowych, niektóre z nich, np. histamina są szkodliwe dla zdrowia, inne np N-nitrozoaminy lub...
-
OsteoKomp Bioactive, composite granulate with potential for 3D bioprinting
ProjectsProject realized in Politechnika Krakowska im. Tadeusza Kościuszki according to LIDER14/0266/2023 agreement from 2024-05-01
-
Effect of ectoine on hydration spheres of peptides–spectroscopic studies
PublicationIn this paper, we use FTIR spectroscopy to characterize the hydration water of ectoine, its interactions with two peptides–diglycine and NAGMA, and the properties of water molecules in the hydration spheres of both peptides changed by the presence of the osmolyte. We found that the interaction of ectoine with the peptide hydration shells had no effect on its own hydration sphere. However, the enhanced hydration layer of the osmolyte...
-
Edyta Malinowska-Pańczyk dr hab. inż.
PeopleEdyta Malinowska-Pańczyk w 1995 r. ukończyła Technikum Przemysłu Spożywczego w Krajence (specjalność analiza środków spożywczych). Kontynuowała naukę na Wydziale Technologii Żywności Akademii Rolniczej w Poznaniu (obecnie Uniwersytet Przyrodniczy, Wydział Nauk o Żywności i Żywieniu). W 2000 r., po uzyskaniu tytułu magistra inżyniera rozpoczęła naukę na Studium Doktoranckim Politechniki Gdańskiej. W 2006 r. obroniła pracę doktorską...
-
Maria Szpakowska prof. dr hab. inż.
PeopleProf. dr hab. inż. Maria Jolanta Szpakowska jest absolwentką Wydziału Chemicznego Politechniki Gdańskiej, na którym uzyskała stopnie i tytuły naukowe. W latach 1969–1995 pracowała w Zakładzie Chemii Fizycznej a w latach 1995 – 2022 na Wydziale Zarządzania i Ekonomii (WZiE). Pełniła kolejno funkcję kierownika Pracowni, Zakładu Towaroznawstwa a następnie Katedry Zarządzania Jakością i Towaroznawstwa. W latach 2008-2010 była prodziekanem...
-
Phage-Directed Synthesis of Photoluminescent Zinc Oxide Nanoparticles under Benign Conditions
PublicationBiological systems, especially bacteriophages and peptides, are an attractive green alternative to other known methods of nanoparticle synthesis. In this work, for the first time, bacteriophages were employed to synthesize a specific peptide, capable of producing nanoparticles (NPs). Derivatives of M13 bacteriophage exposing a ZnO-binding peptide (TMGA-LGLKWPV) on either pIII or pVIII phage coat protein were constructed and used...
-
Lipidomika mleka kobiecego - wiele do odkrycia.
PublicationMleko kobiece jest wieloskładnikową wydzieliną, której skład zależy od wielu czynników, dlatego różni się międzyosobniczo, jest niepowtarzalne i oryginalne. W każdym mleku można wyróżnić zarówno składniki odżywcze niezbędne do prawidłowego wzrostu niemowlęcia, jak i bioaktywne substancje chroniące niemowlę przed zakażeniami, stanami zapalnymi oraz przyczyniającymi się do dojrzewania układu odpornościowego Ze względu na zawartość...
-
Molecular basis and quantitative assessment of TRF1 and TRF2 protein interactions with TIN2 and Apollo peptides
PublicationShelterin is a six-protein complex (TRF1, TRF2, POT1, RAP1, TIN2, and TPP1) that also functions in smaller subsets in regulation and protection of human telomeres. Two closely related proteins, TRF1 and TRF2, make high-affinity contact directly with double-stranded telomeric DNA and serve as a molecular platform. Protein TIN2 binds to TRF1 and TRF2 dimer-forming domains, whereas Apollo makes interaction only with TRF2. To elucidate...
-
Release systems based on self-assembling RADA16-I hydrogels with a signal sequence which improves wound healing processes
PublicationSelf-assembling peptides can be used for the regeneration of severely damaged skin. They can act as scaffolds for skin cells and as a reservoir of active compounds, to accelerate scarless wound healing. To overcome repeated administration of peptides which accelerate healing, we report development of three new peptide biomaterials based on the RADA16-I hydrogel functionalized with a sequence (AAPV) cleaved by human neutrophil elastase...
-
Możliwości wykorzystania roślin kapustowatych na potrzeby rolnictwa zrównoważonego na przykładzie kapusty białej
PublicationRośliny kapustowate (Brassicaceae) stanowią najważniejszą grupę roślin o potencjalnym zastosowaniu na dużą skalę w ochronie środowiska. Wynika to głównie z dwóch własności ich fitokompleksu: zdolności wiązania zanieczyszczeń środowiskowych oraz wytwarzania substancji o aktywności skierowanej przeciwko agrofagom. Te cechy spowodowały, że proponuje się rolnicze wykorzystanie roślin kapustowatych w rewitalizacji terenów zdegradowanych...
-
Fatty acyl benzamido antibacterials based on inhibition of DnaK-catalyzed protein folding
PublicationWe have reported that the hsp70 chaperone DnaK from Escherichia coli might assist protein folding by catalyzing the cis/trans isomerization of secondary amide peptide bonds in unfolded or partially folded proteins. In this study a series of fatty acylated benzamido inhibitors of the cis/trans isomerase activity of DnaK was developed and tested for antibacterial effects in E. coli MC4100 cells. Nα-[Tetradecanoyl-(4-aminomethylbenzoyl)]-l-asparagine...
-
Synthesis of conjugates of muramyl dipeptide and nor-muramyl dipeptide with retro-tuftsin (Arg-Pro-Lys-ThrOMe) as potential immunostimulants.
PublicationOpisano syntezę nowych koniugatów muramylodipeptydu i nor-muramylo-dipeptydu z estrem metylowym tuftsyny o odwróconej sekwencji (Arg-Pro-Lys-Thr-OMe)jako potencjalnych immunostymulantów. Synteza tych połączeń została przeprowadzona zgodnie z zasadami chemii peptydów.
-
Butyrylcholinesterase signal sequence self-aggregates and enhances amyloid fibril formation in vitro
PublicationAlzheimer’s disease (AD) pathogenesis has been attributed to extracellular aggregates of amyloid β (Aβ) plaques and neurofibrillary tangles in the human brain. It has been reported that butyrylcholinesterase (BChE) also accumulates in the brain Aβ plaques in AD. We have previously found that the BChE substitution in 5′UTR caused an in-frame N-terminal extension of 41 amino acids of the BChE signal peptide. The resultant variant...
-
Beata Zalewska-Piątek dr hab.
People -
Structural properties of hydration shell around various conformations of simple polypeptides
PublicationIn this paper we investigate structural properties of water within the solvation shell around the peptide core created by a well-defined conformation of polypeptide chain. The following secondary structures are investigated: linear (straight chain), and three helices PII (polyproline-like), 310, and α. We propose using the two-particle contribution to entropy as a rational measure of the water structural ordering within the solvation...
-
The immunological properties, cytotoxic effect and antimicrobial activities of novel analogues of edeine antibiotics
PublicationOpisano syntezę kilku nowych analogów edein a i d z zastosowaniem klasycznych metod syntezy peptydów w roztworze oraz przedstawiono wyniki badań cytotoksycznych na kilku liniach komórek ludzkich oraz wyniki badań mikrobiologicznych w stosunku do bakterii gramododatnich i gramoujemnych. Opisano również wyniki badań immunologicznych na modelu myszy.
-
Solid Phase Synthesis and Biological Activity of Tuftsin Conjugates
PublicationNew tuftsin/retro-tuftsin conjugates were designed and synthesized using a classical fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc) solid phase procedure. All the peptide conjugates were divided into three series: 1,4-dihydroxyanthraquinone (type A), 1-nitroacridine (type B), and 4-carboxyacridone (type C) derivatives. In type A conjugates, the N-terminal group of the peptide chain is directly connected to the anthraquinone ring at C1 (Scheme...
-
Fragmentomic analysis of biopeptides in silico released from milk proteins
PublicationThe fragmentomic-assisted method was employed to predict the biological potential of peptides derived from milk proteins hydrolyzed by papain and bromelain. Firstly, protein sequences were acquired from the BIOPEP-UWM database and then hydrolyzed by the above enzymes using a BIOPEP-UWM tool called “Enzyme(s) action”. The released peptides were defined as parent peptides and further analyzed for the presence of shorter peptidic...
-
N-acylpeptides with glucosamine-6-phosphate synthase inhibitors - synthesisand antifungal activity
PublicationOpracowano syntezę kilku peptydów (di i tripeptydów) zawierających inhibitory syntazy glukozamino-6-fosforanu oraz przeprowadzono je w N-acylopochodne (acetylowe, heksanoilowe, dekanoilowe) oraz zbadano ich aktywność przeciwgrzybową w stosunku do szczepów Candida albicans z opornością wielolekową. Stwierdzono, że N-acylopeptydy wykazują aktywność przeciwgrzybową oraz określono wartości MIC.
-
Strategia analizy niecelowanej w metabolomice i lipidomice. Cz. 1. Aspekty praktyczne
PublicationStrategia analizy niecelowanej jest powszechnie wykorzystywana do analizy różnego rodzaju próbek biologicznych, takich jak tkanki czy płyny ustrojowe, w celu otrzymania „odcisku palca” oraz określenia różnic w składzie jakościowym oraz ilościowym pomiędzy badanymi próbkami. Wskazanie różnic w zawartości różnych biocząsteczek (peptydy, metabolity, lipidy) pozwala na uzyskanie informacji na temat powiązania składu biochemicznego...
-
Niebiałkowe związki azotowe
PublicationNiebiałkowe związki azotowe (NPN - non protein nitrogen) są grupą składników wchodzących w skład produktów żywnościowych ważną nie tylko z punktu widzenia producentów żywności, ale także dla specjalistów do spraw żywienia. Do grupy tej należą przede wszystkim wolne aminokwasy i krótkie peptydy, aminy, kwasy nukleinowe i nukleotydy oraz inne mało cząsteczkowe składniki zawierające azot (glikozydy cyjanogenne, alkaloidy, tiazole,...
-
Gracjana Klein-Raina dr hab.
People -
Synthesis and structure analysis of ferrocene‐containing pseudopeptides
Publication -
Synthesis and transport studies of model dipeptides with modified n-terminal amino groups into e. coli k12 mutant strains
Publicationotrzymano na drodze syntezy chemicznej kilka modelowych dipeptydów zawierających n-terminalna guanidynę oraz betainę. zbadano transport tych peptydów do komorek e. coli k12, posiadających zróżnicowane systemy transportowe. wyniki badań potwierdziły brak transportu do komórek bakteryjnych z wykorzystaniem permeaz peptydowych. dodatnio naładowana i silnie polarna grupa aminowa uniemożliwia efektywny transport tych związków do komórek...
-
Chemia a zdrowa żywność : Dodatki i zanieczyszczenia żywności : problemy i wyzwania
PublicationPodstawowe składniki pożywienia to: tłuszcze, węglowodany, białka, składniki mineralne, w tym makroelementy i mikroelementy, witaminy oraz składniki bioaktywne. Niebezpiecznymi składnikami żywności mogą być: dodatki do żywności w trakcie procesu produkcji, substancje powstające w trakcie obróbki, organiczne i nieorganiczne zanieczyszczenia oraz substancje występujące w sposób naturalny, np. alkaloidy grzybowe. Stosowanie dodatków...
-
Cyanobacterial toxins in fresh and brackish waters of Pomorskie Province (Northern Poland)
PublicationPraca dotyczy oznaczania toksyn należących do grupy hepatotoksycznych peptydów cyklicznych oraz neurotoksycznych alkaloidów. Są one odpowiedzialne za uszkodzenia ryb i ptaków, które powstają w wyniku zakwitu glonów. Badano zakwity w wodach słodkich Pomorza. Oznaczano hepatoksyny, mikrocysty oraz nodularynę. Opracowano w tym celu warunki analityczne przy zastosowaniu techniki HPLC-DAD. Do identyfikacji anatoksyny-A użyto techniki...
-
Glutamine analogues containing a keto function - novel inhibitors of fungal glucosamine-6-phosphate synthase
PublicationW publikacji przedstawiono syntezę nowych pochodnych kwasu (S)-2,3-diaminopropanowego, zawierających reszty kwasów z funkcją ketonową. Dla otrzymanych związków zbadano właściwości inhibicyjne w stosunku do grzybowej syntazy glukozamino-6-fosforanu, ustalono właściwości lipofilowe otrzymanych związków a także aktywność przeciwgrzybową. Dla kilku wybranych pochodnych otrzymano ich dipeptydy, zbadano także ich aktywność przeciwgrzybową...
-
A study on the protection of methionine and the reduction of methionine sulfoxide in methionine-containing analogues of the growth-modeling factor Gly-His-Lys
PublicationThe protection of methionine and the reduction of methionine sulfoxide in methionine-containing analogues of Gly-His-Lys are described. The peptides were synthesized by a solid-phase method using the standard Fmoc procedure. Simultaneous deprotection of the peptide side chain and liberation from the resin were achieved using an appropriate TFA cocktail. The TFA cocktail was selected to minimize oxidation of the methionine residue....
-
Amides as models to study the hydration of proteins and peptides — spectroscopic and theoretical approach on hydration in various temperatures
PublicationInteractions with water are one of the key factors which determine protein stability and activity in aqueous solutions. However, the protein hydration is still insufficiently understood. N-methylacetamide (NMA) is regarded as a minimal part of the peptide backbone and the relative simplicity of its structure makes it a good model for studies on protein–water interactions. In this paper, the influence of NMA and N,N-dimethylacetamide...
-
Ryszard Andruszkiewicz prof. dr hab. inż.
People -
Cząsteczki mikroRNA - nowy biologicznie aktywny składnik mleka kobiecego
PublicationCząsteczki mikroRNA są krótkimi, niekodującymi oligonukleotydami odpowiadającymi za potranskrypcyjną regulację ekspresji genów. W wyniku ich aktywności kontrolowanych jest wiele procesów komórkowych oraz szlaków sygnalizacyjnych. Od 2010 roku wiadomo, że wchodzą one w skład mleka kobiecego, które obecnie uznaje się za jedno z najbogatszych pokarmowych źródeł mikroRNA. Funkcje tych cząsteczek w organizmie karmionego mlekiem matki...
-
Modyfikacja cementu kostnego w celu uzyskania długotrwałej ochrony antybakteryjnej
PublicationNiniejsza rozprawa doktorska stanowi przewodnik po jednotematycznym cyklu publikacji, dotyczącym modyfikacji akrylowego cementu kostnego celem uzyskania długotrwałej i efektywnej ochrony antybakteryjnej. W ramach niego przeprowadzono badania eksperymentalne polegające na opracowaniu technologii wytwarzania modyfikowanego cementu kostnego oraz procedury medycznej jego stosowania. Cement kostny był modyfikowany przez zastosowanie...
-
Whole-genome sequencing and antimicrobial potential of bacteria isolated from Polish honey
PublicationThe aim of this study was the whole-genome analysis and assessment of the antimicrobial potential of bacterial isolates from honey harvested in one geographical location—the north of Poland. In total, 132 strains were derived from three honey samples, and the antimicrobial activity of CFAM (cell-free after-culture medium) was used as a criterion for strain selection and detailed genomic investigation. Two of the tested isolates...
-
Nowa strategia konstrukcji proleków przeciwgrzybowych na bazie peptydów penetrujących
ProjectsProject realized in Faculty of Chemistry according to UMO-2012/05/B/ST5/00291 agreement from 2013-01-30
-
Transport deficiency is the molecular basis of Candida albicans resistance to antifungal oligopeptides
Publication(FMDP), an inhibitor of glucosamine-6-phosphate synthase, exhibited growth inhibitory activity against Candida albicans, with minimal inhibitory concentration values in the 0.05–50 mg/L range. Uptake by the peptide permeases was found to be the main factor limiting an anticandidal activity of these compounds. Di- and tripeptide containing FMDP (F2 and F3) were transported by Ptr2p/Ptr22p peptide transporters (PTR) and FMDP-containing...
-
Reverse vaccinology-based prediction of a multi-epitope SARS-CoV-2 vaccine and its tailoring to new coronavirus variants
PublicationThe genome feature of SARS-CoV-2 leads the virus to mutate and creates new variants of concern. Tackling viral mutations is also an important challenge for the development of a new vaccine. Accordingly, in the present study, we undertook to identify B- and T-cell epitopes with immunogenic potential for eliciting responses to SARS-CoV-2, using computational approaches and its tailoring to coronavirus variants. A total of 47 novel...
-
Novel analogues of bradykinin conformationally restricted in the C-terminal part of the molecule
Publication -
Analogues of Trypsin Inhibitor SFTI-1 with Disulfide Bridge Substituted by Various Length of Carbonyl Bridges
Publication -
Low-Molecular-Weight Aldehyde Inhibitors of Cathepsin G
Publication -
Pegylated Fluorescent Peptides as Substrates of Proteolytic Enzymes
Publication -
Design of serine proteinase inhibitors by combinatorial chemistry using trypsin inhibitor SFTI‐1 as a starting structure
Publication