Search
Filters
total: 11536
filtered: 8102
-
Catalog
- Publications 8102 available results
- Journals 262 available results
- Conferences 16 available results
- People 162 available results
- Inventions 22 available results
- Projects 53 available results
- Laboratories 3 available results
- Research Teams 1 available results
- Research Equipment 7 available results
- e-Learning Courses 145 available results
- Events 15 available results
- Open Research Data 2748 available results
Chosen catalog filters
displaying 1000 best results Help
Search results for: MOLECULAR CHAPERONE SYSTEM
-
Urinary Tract Infections of Escherichia coli Strains of Chaperone-Usher System
PublicationZakażenia dróg moczowych stanowią bardzo poważny problem zdrowotny i ekonomiczny dotyczący milionów ludzi, każdego roku na całym świecie. Najbardziej rozpowszechnionym czynnikiem etiologicznym tego typu infekcji bakteryjnych, obejmujących górne i dolne drogi moczowe, są szczepy E. coli, reprezentujące około 80% przypadków. Uropatogenne szczepy E. coli produkują kilka czynników urowirulentncyh, które można podzielić na dwa główne...
-
The chaperone-usher pathway of bacterial adhesin biogenesis - from molecular mechanism to strategies of anti-bacterial prevention and modern vaccine design
PublicationSystem chaperone-usher (białko opiekuńcze-białko kanałotwórcze) warunkuje biogenezę powierzchniowych struktur adhezyjnych, odpowiedzialnych za wirulencję wielu bakterii gram-ujemnych. Powyższy mechanizm został zbadany na poziomie strukturalnym w przypadku różnych gatunków bakterii patogennych. Celem powyższej pracy było przedstawienie molekularnego mechanizmu biogenezy struktur adhezyjnych na bazie systemu chaperone-usher. Otrzymane...
-
Formation of Protein Networks between Mucins: Molecular Dynamics Study Based on the Interaction Energy of the System
PublicationMolecular dynamics simulations have been performed for a model aqueous solution of mucin. As mucin is a central part of lubricin, a key component of synovial fluid, we investigate its ability to form cross-linked networks. Such network formation could be of major importance for the viscoelastic properties of the soft-matter system and crucial for understanding the lubrication mechanism in articular cartilage. Thus,the inter- and...
-
Early stages of condensation from the gaseous phase in a H2O-N2 system: a molecular dynamics study.
PublicationW pracy przedstawiono wyniki symulacji wczesnych etapów kondensacji z fazy gazowej w układzie xH2O (1-x)N2. Przeanalizowano całkowitą liczbę klastrów, średni rozmiar klastra i rozmiar klastra maksymalnego w funkcji czasu.
-
Experimental verification of multiband system of non coantact temperature measurements. IV Workshop on Atomic and Molecular Physics.
PublicationW pracy przedstawiono wielopasmowy optoelektroniczny system do bezkontaktowych pomiarów temperatury wykonane za jego pomocą w zakresie od 250 do 390 stopni Celsjusza. Przeprowadzono dyskusję błędów pomiarowych i porównano otrzymane rezultaty z wynikami modelowania komputerowego.
-
Molecular basis for the bifunctional Uba4–Urm1 sulfur‐relay system in tRNA thiolation and ubiquitin‐like conjugation
Publication -
Novel 1,2,3-Triazole Derivatives as Mimics of Steroidal System—Synthesis, Crystal Structures Determination, Hirshfeld Surfaces Analysis and Molecular Docking
PublicationHerein, we present the synthesis and crystal structures determination of five 4-(1-phenyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)phenol derivatives containing halogen atoms, 6a–e, which may be used as an excellent mimic of steroids in the drug development process. Good quality crystals obtained for all of the synthesized compounds allowed the analysis of their molecular structures. Subsequently, the determined crystal structures were used to calculate...
-
The extended version of restriction analysis approach for the examination of the ability of low-molecular-weight compounds to modify DNA in a cell-free system
PublicationOne of the primary requirements in toxicology is the assessment of ability of chemicals to induce DNA covalent modification. There are several well-established methods used for this purpose such as 32P-Postlabeling or HPLC-MS. However, all of these approaches have difficult to overcome limitations, which prevents their use in genotoxin screening. Here, we describe the simple protocol exploiting specificity of restriction enzymes...
-
Synergic Effect of Selected Ingredients and Calcium Chloride on the Technological, Molecular and Microbial Usefulness of Eggshells and Their Impact on Sensory Properties in a Food Model System
Publication -
The Ellenbogen’s “Matter as Software” Concept for Quantum Computer Implementation: IV. The X@C60 Molecular Building Blocks (MBBs) and Computing System Lifetime Estimation
PublicationThe problem of approximate lifetimes of individual X@C60 MBBs and tip-based nanofabricated quantum computing device systems is discussed under the conservative assumption of single-point failure. A single chemical transformation of the C60 cage into high-energy opened o-C60 isomer which forms the communication canal for the low energy transfer of an X atom from X@C60 MBB to the outside environment was studied. According to the...
-
Investigation of mechanism of desmopressin binding in vasopressin V2 receptor versus vasopressin V1a and oxytocin receptors: Molecular dynamics simulation of the agonist-bound state in the membrane–aqueous system
Publication -
Pilicides effectively hinder chaperone-usher interactions in all Gram-negative bacteria
PublicationThe chaperone-usher pathway of adhesive structures biogenesis is highly conserved in all Gram-negative bacteria. Pili are polymers of thousands protein subunits that possess conserved immunoglobuline-like structure denoted by lack of the seventh G strand. The effect of this structural defect is a hydrophobic acceptor cleft. The folding of protein subunits is strictly dependent on the action of specific periplasmic chaperone protein...
-
Structure and evolution of the 4-helix bundle domain of Zuotin, a J-domain protein co-chaperone of Hsp70
PublicationThe J-domain protein Zuotin is a multi-domain eukaryotic Hsp70 co-chaperone. Though it is primarily ribosome-associated, positioned at the exit of the 60S subunit tunnel where it promotes folding of nascent polypeptide chains, Zuotin also has off-ribosome functions. Domains of Zuotin needed for 60S association and interaction with Hsp70 are conserved in eukaryotes. However, whether the 4-helix bundle (4HB) domain is conserved remains...
-
Analysis of the unique structural and physicochemical properties of the DraD/AfaD invasin in the context of its belonging to the family of chaperone/usher type fimbrial subunits
PublicationInwazyna DraD kodowana przez operon dra posiada strukturę charakterystyczną dla białek podjednostkowych fimbrii typu chaperone-usher. Fold-Ig białka DraD posiada dwie charakterystyczne cechy wyróżniające je z pośród rodziny fimbrialnych białek podjednostkowych: 1) zaburzenie struktury beta-beczki w rejonie szczeliny akceptorowej objawiające się układem wiązań wodorowych głównego łańcucha polipeptydowego oraz 2) nietypowo usytuowany...
-
Molecular basis of essentiality of early critical steps in the lipopolysaccharide biogenesis in Escherichia coli K-12: requirement of MsbA, cardiolipin, LpxL, LpxM and GcvB
PublicationTo identify the physiological factors that limit the growth of Escherichia coli K-12 strains synthesizing minimal lipopolysaccharide (LPS), we describe the first construction of strains devoid of the entire waa locus and concomitantly lacking all three acyltransferases (LpxL/LpxM/LpxP), synthesizing minimal lipid IVA derivatives with a restricted ability to grow at around 21 °C. Suppressors restoring growth up to 37 °C of Δ(gmhD-waaA)...
-
Role of the disulfide bond in stabilizing and folding of the fimbrial protein DraE from uropathogenic Escherichia coli
PublicationDr fimbriae are homopolymeric adhesive organelles of uropathogenic Escherichia coli composed of DraE subunits, responsible for the attachment to host cells. These structures are characterized by enormously high stability resulting from the structural properties of an Ig-like fold of DraE. One feature of DraE and other fimbrial subunits that makes them peculiar among Ig-like domain-containing proteins is a conserved disulfide bond...
-
Fatty acyl benzamido antibacterials based on inhibition of DnaK-catalyzed protein folding
PublicationWe have reported that the hsp70 chaperone DnaK from Escherichia coli might assist protein folding by catalyzing the cis/trans isomerization of secondary amide peptide bonds in unfolded or partially folded proteins. In this study a series of fatty acylated benzamido inhibitors of the cis/trans isomerase activity of DnaK was developed and tested for antibacterial effects in E. coli MC4100 cells. Nα-[Tetradecanoyl-(4-aminomethylbenzoyl)]-l-asparagine...
-
Preclusion of irreversible destruction of Dr adhesin structures by a high activation barrier for the unfolding stage of the fimbrial DraE subunit
PublicationFimbrie Dr uropatogennych szczepów Escherichia coli stanowią przykład eksponowanych powierzchniowo struktur adhezyjnych podlegających biogenezie według zakonserwowanego, pośród bakterii Gram-ujemnych, systemu "chaperone-usher" ("białko opiekuńcze-zewnątrzbłonowe białko kanałowe"). Powyższe struktury adhezyjne są niezbędne w procesie specyficznej adhezji bakterii do receptorów zlokalizowanych na powierzchni docelowych komórek gospodarza....
-
Alternative treatment approaches of urinary tract infections caused by uropathogenic Escherichia coli strains
PublicationUrinary tract infections (UTIs) are the most widespread and annoying infections affecting millions of people every year annually. The biggest problem of urinary diseases are recurrences, the increasing resistance of uropathogens to commonly used antibiotics, as well as the high health care costs of afflicted persons. Uropathogenic Escherichia coli strains (UPECs) are the most dominant etiologic agent of community-acquired infections...
-
Integrated system of transport safety
PublicationW styczniu 2007 Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego, na podstawie konkursu na projekt badawczy zamawiany PBZ 2/2006, podjął decyzję o przyznaniu prawa realizacji trzyletniego projektu pt. ''Zintegrowany system bezpieczeństwa transportu'' konsorcjum naukowemu w składzie: Politechnika Gdańska, Politechnika Śląska, Instytut Techniczny Wojsk Lotniczych w Warszawie oraz Akademia Morska w Szczecinie. Przedmiotem niniejszego referatu...
-
Multimedia noise monitoring system
PublicationW artykule przedstawiono Multimedialny System Monitorowania Hałasu. Projekt jest sieciocentrycznym systemem dedykowanym monitorowaniu zagrożeń hałasem. Jego nadrzędnym celem jest zwiększenie skuteczności w zakresie profilaktyki chorób słuchu. Umożliwia pobieranie, gromadzenie, analizę i wizualizację danych dotyczących hałasu, pobieranych ze zdalnych urządzeń pomiarowych oraz elektronicznych ankiet dostępnych przez Internet. Ponadto...
-
Guido: a musical score recognition system
PublicationThis paper presents an optical music recognition system Guido that can automatically recognize the main musical symbols of music scores that were scanned or taken by a digital camera. The application is based on object model of musical notation and uses linguistic approach for symbol interpretation and error correction. The system offers musical editor with a partially automatic error correction.
-
Container monitoring system
PublicationW pracy przedstawiono koncepcję systemu monitorowania kontenerów przewożonych drogą morską. Scharakteryzowano główne cechy oraz przedstawiono modułowo-warstwowy schemat funkcjonalny. Ponadto opisano założenia funkcjonalno-użytkowe dotyczące Inteligentnego Modułu Kontenerowego (SCM), będącego podstawowym elementem składowym systemu. Przedstawiono również główne zadania projektowe związane z realizacją projektu
-
Crystal structures of the DsbG disulfide isomerase reveal an unstable disulfide
PublicationDsb proteins control the formation and rearrangement of disulfide bonds during the folding of secreted and membrane proteins in bacteria. DsbG, a member of this family, has disulfide bond isomerase and chaperone activity. Here, we present two crystal structures of DsbG at 1.7- and 2.0-Angstrom resolution that are meant to represent the reduced and oxidized forms, respectively. The oxidized structure, however, reveals a mixture...
-
Patomechanizm zakażeń dróg moczowych wywoływanych przez uropatogenne szczepy E. coli
PublicationZakażenia układu moczowego (ZUM) to jedne z najczęstszych i najbardziej powszechnych infekcji bakteryjnych, dotykających każdego roku nawet 150 milionów ludzi na świecie. Problem z tego typu infekcjami wynika z przewlekłości choroby, nawrotów i wzrastającej lekooporności powodujących je patogenów. Uropatogenne szczepy E. coli (UPEC) są głównym czynnikiem przyczynowym ZUM. Bakterie tej grupy zawierają wiele czynników adhezyjnych...
-
MEMS based voice message system for elevators
PublicationW artykule przedstawiono implementację systemu głosowych komunikatów w windach. Prezentowany system posiada unikalną cechę polegającą na tym, że do działania nie potrzebuje połączenia z systemem sterującym windy. Zasilany z baterii lub akumulatorów może być zamontowany w ścianie windy, wymaga tylko prostej kalibracji. System oparty jest na akcelerometrach MEMS dokonujących pomiaru przeciążeń w kabinie windy. W artykule przedstawiono...
-
Polarization sensitive optical coherence tomography system
PublicationW pracy pokazano system OCT czuły na stan polaryzacji do pomiaru właściwości dwójłomnych wybranych ośrodków rozpraszających światło. W systemie zastosowano detekcję zrównoważoną. Pokazano wstępne wyniki pomiarowe.
-
Intelligent system for editing and analysis of examination documents
PublicationOpisano ogólną koncepcję systemu IATE - systemu do edycji i automatycznej analizy testów egzaminacyjnych. Edytor systemu umożliwia generację 4 typów testów o dowolnej liczbie pytań (do 8 stron tekstu), różnej formie udzielania odpowiedzi oraz możliwością tworzenia wariantów testu. Bardziej szczegółowo opisano wybrane fragmenty systemu: analizę nagłówka testu, edycję i organizację segmentu tworzenia wariantów testu oraz organizację...
-
Road safety system in Poland
PublicationCelem niniejszego artykułu jest przedstawienie kluczowych dla poprawy brd elementów diagnozy stanu i systemu bezpieczeństwa w Polsce, które jednocześnie mogłyby wejść w zakres działań objętych Projektem ZEUS. Ocenę diagnozy wykonano poprzez porównanie z wzorcami z tych krajów, które od lat uważa się za liderów w zakresie bezpieczeństwa.
-
The system for identification of the band saw wheel cross profile
PublicationPrzedstawiono system do identyfikacji zarysu poprzecznego koła pilarki taśmowej, dzięki któremu producent pił taśmowych ma możliwość naprężenia brzeszczotu piły w sposób zapewniający jej poprawną pracę. Opisano budowę i zasadę działania systemu. Uzyskane dane mogą być wprowadzane do układów sterowania automatycznych urządzeń ze sterowaniem CNC (naprężających piły taśmowe). Dane systemu: szerokość sprawdzanych kół do 300 mm, dokładność...
-
The noncanonical disulfide bond as the important stabilizing element of the immunoglobulin fold of the Dr fimbrial DraE subunit
PublicationAdhezyny fimbrialne bakterii patogennych stanowią liniowe asocjaty białkowe odpowiedzialne za wiązanie do specyficznych receptorów na powierzchni komórek gospodarza. Biogeneza tych struktur odbywa się przez system sekrecji typu chaperone/usher zakonserwowany pośród bakterii Gram-ujemnych. Powyższe struktury adhezyjne charakteryzują się wysoką odpornością na denaturację i deasocjację, powodowane przez temperaturę lub chemiczne czynniki...
-
Protection system against electromagnetic leak of information
PublicationW pracy omówiono problem zabezpieczenia przed ulotem elektromagnetycznym informacji. Scharakteryzowano obowiązujace w tym względzie wybrane dokumenty normatywne. Opisano stosowane sposoby zapobiegania ulotowi informacji oraz prezentowano metodykę badawczą. Przedstawiono wybrane wyniki pomiarowe.
-
The sun tracking photovoltaic system in Northern Poland
PublicationPrezentowana fotowoltaiczna instalacja nadążna została umieszczona na dachu budynku Wydziału Chemicznego Politechniki Gdańskiej i składa się z czterech modułów: systemu PV, układu komputerowej kontroli położenia, stacji meteorologicznej, umożliwiającej analizę wpływu warunków atmosferycznych (prędkości i kierunku wiatru, temperatury powietrza, nasłonecznienia) na parametry pracy modułów fotowoltaicznych oraz komputerowego systemu...
-
A two-plasmid Escherichia coli system for expression of Dr adhesins
PublicationPraca opisuje konstrukcję wydajnego systemu produkcji fimbrii Dr. System składa się z dwóch plazmidów. Plazmid pACYCpBAD-DraC-C-His zawiera pod kontrolą promotora arabinozowego gen draC kodujący białko kanałotwórcze DraC. Plazmid pET-30b-sygDraBE zawiera pod kontrolą promotora T7lac geny draB i draE kodujące odpowiednio białko opiekuńcze DraB oraz adhezynę DraE. Oba plzamidy posiadają różne ori replikacji co pozwala na ich jednoczesne...
-
An automatic system for identification of random telegraph signal (RTS) noise in noise signals
PublicationIn the paper the automatic and universal system for identification of Random Telegraph Signal (RTS) noise as a non-Gaussian component of the inherent noise signal of semiconductor devices is presented. The system for data acquisition and processing is described. Histograms of the instantaneous values of the noise signals are calculated as the basis for analysis of the noise signal to determine the number of local maxima of histograms...
-
A picocellular UMTS/TDD overlay on GSM system for indoor environment
PublicationW pracy przedstawiono nakładkę CDMA na system GSM. Nakładka użytkuje system UMTS w trybie TDD i jest przeznaczona do funkcjonowania wewnątrz budynków w obszarze makrokomórki systemu GSM. Wyniki badań przedstawione w pracy ukazują znaczny wzrost efektywności wykorzystania tego samego pasma przez oba systemy i uzyskanie znacznej pojemności dla nakładki bez degradacji pracy systemu GSM
-
The Web Based System for Recording and Analysing Different Kinds o Negotiations
PublicationNegocjacje są podstawą wielu ludzkich przedsięwzięć. Artykuł opisuje internetowy system rejestracji i analizy wybranych elementów negocjacji. Przedstawiono też wybrane eksperymenty negocjacyjne i ich wyniki zebrane przy pomocy omawianego systemu.
-
Portable computer diagnostics system PSD - the measurement potentiality and application examples
PublicationOpisano system diagnostyczny do pomiarów statycznych i dynamicznych wszelkiego typu maszyn stosowanych w przemyśle drzewnym. ocena stanu maszyny może byc dokonywana na podstawie wyników pomiaru bicia osiowego i promieniowego wrzecion, pił tarczowych, przemieszczeń poprzecznych piły tasmowej itp.. System jest wyposażony w specjalne oprogramowanie i pozwala m. in. na przeprowadzanie szczegółowych analiz tj. wykonywanie FFT lub filtrowanie...
-
Conformational stability of the full-atom hexameric model of the ClpB chaperone fromEscherichia coli
Publication -
Underwater acoustic communications system with error correction and synchronization coding
PublicationNiezawodna transmisja danych w wielodrogowym i niestacjonarnym płytkim kanale podwodnym wymaga zastosowania efektywnej techniki modulacji oraz equalizacji adaptacyjnej. W zaproponowanym artykule w systemie transmisji danych zastosowano modulację OFDM oraz equalizację adaptacyjną opartą o filtrację Kalmana. Ponadto zaimplementowano dwie techniki kodowania: FEC w celu eliminacji błędów transmisji oraz kodowanie pseudoszumowe, którego...
-
A computer system for the complete design of ship propellers
PublicationPraca zawiera opis metody obliczeniowej pozwalającej na zaprojektowanie okrętowej śruby napędowej dla również obliczeniowo wyznaczonego niejednorodnego pola prędkości za kadłubem statku o znanej geometrii i parametrach ruchu. Metoda pozwala na właściwe ujęcie efektu skali i konsekwencji obecności płetwy sterowej za projektowaną śrubą.
-
Automatic system for audio-video material reconstruction and archiving
PublicationReferat przedstawia propozycję modelu systemu automatycznej archiwizacji i rekonstrukcji nagrań audio-wideo. Założeniem tego rozwiązania jest uczynienie procesu rekonstrukcji nagrań bardziej niezależnym od człowieka. Ma to na celu redukcję kosztów rekonstrukcji przetwarzanych nagrań. Z powodu dużej liczby archiwalnych nagrań audio-wideo istnieje potrzeba stworzenia systemu który umożliwi automatyczną indeksację ich treści. Pomoże...
-
Integrated multiscale 3d imaging geographic information system using acoustic data
PublicationW artykule zaprezentowano prototyp zintegrowanego systemu informacji geograficznej do trójwymiarowej wizualizacji danych uzyskanych metodami akustycznymi. System wykorzystuje dane pochodzące z systemów wielowiązkowych, sonarów bocznych oraz echosond jednowiązkowych. Otrzymane wyniki zostały zaprezentowane w postaci trójwymiarowych interaktywnych scen obszaru Zatoki Gdańskiej.
-
Interatomic potential suitable for the modeling of penta-graphene: Molecular statics/molecular dynamics studies
PublicationWe test the potentials available for elemental carbon, with the scope to choose the potential suitable for the modeling of penta-graphene, the latest two dimensional carbon allotrope. By using molecular statics and molecular dynamics simulations we show that there is only one potential e namely the Tersoff-type potential proposed by Erhart and Albe in 2005 e which is able to correctly describe all the important features of penta-graphene....
-
Comparative molecular modelling of biologically active sterols
PublicationMembrane sterols are targets for a clinically important antifungal agent – amphotericin B. The relatively specific antifungal action of the drug is based on a stronger interaction of amphotericin B with fungal ergosterol than with mammalian cholesterol. Conformational space occupied by six sterols has been defined using the molecular dynamics method to establish if the conformational features correspond to the preferential interaction...
-
Molecular dynamics simulations of the growth of poly (chloro-para-xylylene) films.
PublicationParylene C, poly(chloro-para-xylylene) is the most widely used member of the parylene family due to its excellent chemical and physical properties. In this work we analyzed the formation of the parylene C film using molecular mechanics and molecular dynamics methods. A five unit chain is necessary to create a stable hydrophobic cluster and to adhere to a covered surface. Two scenarios were deemed to take place. The obtained results...
-
Optimization of Hydrogen - Evolving Photochemical Molecular Devices
PublicationA molecular photocatalyst consisting of a RuII photocenter, a tetrapyridophenazine bridging ligand, and a PtX2 (X=Cl or I) moiety as the catalytic center functions as a stable system for light-driven hydrogen production. The catalytic activity of this photochemical molecular device (PMD) is significantly enhanced by exchanging the terminal chlorides at the Pt center for iodide ligands. Ultrafast transient absorption spectroscopy...
-
Antimicrobial molecular nanocarrier–drug conjugates
PublicationMany antimicrobial drugs are poorly active against pathogenic microbes causing intracellular infections, such as Mycobacterium tuberculosis or Plasmodium falciparum. On the other hand, several known antimicrobial agents are not effective enough because of their limited cellular penetration. A common feature of both challenges is the inability of an active agent to cross the biological membrane(s). One of the possible approaches...
-
Measurements of Subnanometer Molecular Layers
PublicationSelected methods of formation and detection of nanometer and subnanometer molecular layers were shown. Additionally, a new method of detection and measurement with subnanometer resolution of layers adsorbed or bonded to the gate dielectric of the ion selective field effect transistor (ISFET) was presented.
-
FUNKCJONALIZOWANIE 2H-TIAZOLO[3,2-α]PIRYDYN-5-(3H)-ONÓW, ALTERNATYWNA ŚCIEŻKA SYNTEZY NOWYCH PILICYDÓW
PublicationUropatogenne szczepy Escherichia coli są przyczyną blisko 80% przypadków zakażeń dróg moczowych (ang. UTI- Urinary tract infection). Ponadto, aż 30% odmiedniczkowego zapalenia nerek występującego u ciężarnych kobiet jest spowodowane przez szczepy E.coli Dr+. Szerząca się lekooporność bakterii i trudności w leczeniu UTI wymusiły na środowiskach naukowych poszukiwania nowych związków chemicznych pełniących rolę chemoterapeutyków. Na...