Filtry
wszystkich: 387
wybranych: 374
Wyniki wyszukiwania dla: SHELTERIN COMPLEX · MOLECULAR DYNAMICS · TRF1 · TRF2 · TIN2 · APOLLO
-
Molecular dynamics study on the influence of C-terminal sugar substitution on dynamics and conformation of vancomycin derivatives
Publikacja -
Molecular dynamics simulations reveal the balance of forces governing the formation of a guanine tetrad—a common structural unit of G-quadruplex DNA
PublikacjaG-quadruplexes (G4) are nucleic acid conformations of guanine-rich sequences, in which guanines are arranged in the square-planar G-tetrads, stacked on one another. G4 motifs form in vivo and are implicated in regulation of such processes as gene expression and chromosome maintenance. The structure and stability of various G4 topologies were determined experimentally; however, the driving forces for their formation are not fully...
-
Effect of heat treatment on the diffusion intermixing and structure of the Cu thin film on Si (111) substrate: a molecular dynamics simulation study
PublikacjaThis work is devoted to the study of the diffusion process at the interface between copper films with a thickness of 2, 3, 4, 7 and 10 atomic monolayers and silicon substrate by molecular dynamics simulation method. For this purpose, the variation of the concentration of copper and silicon along the perpendicular direction to the interface was investigated. An analysis of the density profile along this direction made it possible...
-
Cation diffusion coefficients in CuAgI via molecular dynamics simulations
PublikacjaPraca prezentuje wyniki analizy strukturalnej otrzymane poprzez symulacje dynamiczno-molekularne (zespół NpT, dwuciałowy potencjał Vashisty-Rahmana) superjonowego związku o składzie (1-x)Cu-xAg-I, x = 0.0, 0.25, 0.5, 0.75, 1.0). Wyznaczono wartość współczynnika dyfuzji kationów i energii aktywacji w funkcji składu szkła i temperatury. Otrzymane rezultaty porównano z danymi literaturowymi.
-
The structure of rarefied and densified PbSiO3 glass: a molecular dynamics study.
PublikacjaArtykuł przedstawia wyniki symulacji dynamiczno-molekularnychstruktury rozrzedzonego i zagęszczonego szkła PbSiO3 (w zakresie gęstości od 3000 kg/m3 do 8000 kg/m3). Otrzymane wyniki dokładnie przedyskutowano pod kątem blisko- i średnio-zasięgowego uporządkowania atomów i porównano ze strukturą szkła PbSiO3 o normalnej gęstości (5970kg/m3) oraz ze strukturą rozrzedzonych i zagęszczonych szkieł PbGeO3.
-
Molecular-dynamics simulation of clustering processes in sea-ice floes
Publikacja -
Molecular Dynamics of a Vasopressin V2 Receptor in a Phospholipid Bilayer Membrane
Publikacja -
Molecular dynamics-based model of VEGF-A and its heparin interactions
Publikacja -
Molecular modeling of amphotericin B - ergosterol primary complex in water II
PublikacjaPrezentowane badania dotyczą oddziaływania antybiotyku polienowego anfoterycyny B (AmB) i ergosterolu (ERG) (typowego sterolu błonowego komórek grzybowych) na poziomie molekularnym. W odróżnieniu od badanego poprzednio kompleksu binarnego analizowany obecnie kompleks AnB/ERG/AmB charakteryzuje się zdecydowanie wiekszą stabilnością i wzglednie sztywną, sandwiczową geometrią. Za trwałość i geometrie kompleksu odpowiedzialne są oddziaływania...
-
Long range molecular dynamics study of interactions of the eukaryotic glucosamine-6-phosphate synthase with fructose-6-phosphate and UDP-GlcNAc
PublikacjaGlucosamine-6-phosphate synthase (EC 2.6.1.16) is responsible for catalysis of the first and practically irreversible step in hexosamine metabolism. The final product of this pathway, uridine 5 diphospho Nacetyl- d-glucosamine (UDP-GlcNAc), is an essential substrate for assembly of bacterial and fungal cell walls. Moreover, the enzyme is involved in phenomenon of hexosamine induced insulin resistance in type II diabetes, which...
-
Dynamics control of powered hydraulic roof supports in the underground longwall mining complex
Publikacja -
Interactions of amphotericin B derivatives with lipid membranes - a molecular dynamics study
PublikacjaW pracy analizowano oddziaływanie dwóch nisko-toksycznych pochodnych amfoterycyny B (związki SAmE i PAmE) z modelami błon lipidowych. Badania wykonane zostały za pomocą dynamiki molekularnej. Modele błon oprócz fosfolipidów DMPC zawierały odpowiednio cholesterol (model błony zwierzęcej) lub ertosterol (model błony grzybowej). Analiza wyników wykazała, że obie pochodne amfoterycyny B zachowują się inaczej w błonie cholesterolowej...
-
The structure of Pb-PbO-SiO2 glass via molecular dynamics simulation
PublikacjaPraca poświęcona jest badaniom struktury blisko i średniozasięgowej częściowo zredukowanego szkła ołowiowo-krzemianowego o stechiometrii 1Pb1PbO1SiO2 uzyskanego na drodze symulacji dynamiczno-molekularnych. Otrzymane rezultaty porównamy z danymi otrzymanymi dla szkła niemodyfikowanego (2PbO1SiO2) i całkowicie zredukowanego (2Pb1SiO2).
-
The structure of porous and spontaneously densified amorphous PbSiO3: a Molecular Dynamics study.
PublikacjaW pracy zaproponowano nową metodę numerycznego otrzymywania strukturporowatych metodą dynamiki molekularnej. Metoda polega na rozpoczęciu symulacji z ładunkami ekranowanymi i stopniowym zwiększaniu ich do pełnych ładunków jonowych. Metodę zastosowano do układu PbSiO3.
-
Interaction of amphotericin B with phospholipids in the model membrane - molecular dynamics study.
PublikacjaAmfoterycyna B jest antybiotykiem używanym w leczeniu układowych infekcji grzybowych. Jej mechanizm działania polega na tworzeniu kanałów wewnątrz błon lipidowych. W przedstawianej pracy publikowane są wyniki symulacji przeprowadzonej dynamiką molekularną monomerycznej i dimerycznej formy antybiotyku wewnątrz błony lipidowej zbudowanej z cząsteczek DMPC. Wyniki te wskazują, że powinowactwo cząsteczek amfoterycyny wewnątrz dimeru...
-
A Molecular dynamics study of the influence of chemical reduction on the structure of amorphous germania
PublikacjaPraca poświęcona jest badaniom struktury blisko- i średniozasięgowej redukowanego amorficznego tlenku germanu o składzie 1Ge 1GeO2 za pomocą symulacji dynamiczno-molekularnych. Symulacje MD realizowano w zespole mikrokanonicznym (NVE), z wykorzystaniem dwuciałowego potencjału oddziaływania miedzyatomowego Borna-Mayera-Hugginsa. Wyraźnie widoczna tendencja do aglomeracji neutralnych atomów Ge została porównana z tendencją do aglomeracji...
-
Structure and Molecular Dynamics in Renewable Polyamides from Dideoxy-Diamino Isohexide
PublikacjaThe chemical structure, the conformation, andthe flexibility of the polymer chain fragments present in thepolyamides synthesized from 2,5-diamino-2,5-dideoxy-1,4;3,6-dianhydrosorbitol, 1,4-diaminobutane, and either sebacic orbrassylic acid have been studied by liquid-state 2D NMRspectroscopy viz. correlation spectra (COSY) and heteronuclearmultiple-bond correlation spectra (gHMBC), by 13Ccross-polarization/magic-angle spinning...
-
Molecular Dynamics Study of the Internal Water Molecules in Vasopressin and Oxytocin Receptors
Publikacja -
Separation of variables in molecular-dynamics simulations: A criterion to estimate the quality of the approximation
Publikacja -
Molecular dynamics simulations of the growth of poly(chloro-para-xylylene) films
Publikacja -
Theory and Practice of Coarse-Grained Molecular Dynamics of Biologically Important Systems
Publikacja -
Simulation of the Opening and Closing of Hsp70 Chaperones by Coarse-Grained Molecular Dynamics
Publikacja -
Crystal and molecular structure of lithium iodide complex of 13-membered azoxycrown ether
PublikacjaPublikacja zawiera uzupełniające informacje do znalezionej wcześniej korelacji między typem kationu, rozmiarem makrocyklu i cechami struktury krystalicznej kompleksów a selektywnością elektrod membranowych dotowanych odpowiednimi azo- lub azoksykoronami. Ustalono strukturę krystaliczną i molekularną kompleksu 13-członowej azoksykorony (L13-O) z jodkiem litu. Stechiometria kompleksu jest 1:1. Kryształ zbudowany jest z hydratowanych...
-
Molecular Dynamics study of short and medium range order in modified BGO glasses.
PublikacjaArtykuł przedstawia wyniki symulacji dynamiczno-molekularnychniemodyfikowanych i modyfikowanych szkieł BGO o różnych stechiometriach. Otrzymane wyniki dokładnie przedyskutowano pod kątem blisko- i średnio-zasięgowego uporządkowania atomów i porównano z innymi dostępnymi danymi literaturowymi.
-
Comparative molecular dynamics simulations of amphotericin B-cholesterol/ergosterol membrane channels
PublikacjaBadania polegały na przeprowadzeniu porównawczej dynamiki molekularnej dla dwóch typów kanałów amfoterycyny B. Obie symulacje różniły się rodzajem sterolu (cholesterol lub ergosterol). Na podstawie wyników przeprowadzonych prac ustalono jakie elementy strukturalne badanych kanałów mogą być odpowiedzialne za selektywne działanie amfoterycyny B.
-
Solvation of N-methylformamide by ethanol: a comparison of molecular dynamics calculations with the experimental data
PublikacjaWykonano obliczenia metodami dynamiki molekularnej dla tytułowego układu. Rezultaty porównano z uzyskanymi wcześniej wynikami pomiarów termodynamicznych oraz wnioskami z nich wyciągniętymi.
-
Molecular Dynamics of Complexes of Atosiban with Neurohypophyseal Receptors in the Fully Hydrated Phospholipid Bilayer
Publikacja -
Nanomechanical Stability of Aβ Tetramers and Fibril-like Structures: Molecular Dynamics Simulations
Publikacja -
Molecular dynamics study of amyloid formation of two Abl-SH3 domain peptides
Publikacja -
Investigation of Protein Folding by Coarse-Grained Molecular Dynamics with the UNRES Force Field
Publikacja -
Molecular dynamics study of the influence of calcium ions on the conformation of gelsolin S2 domain
Publikacja -
Study of the Interactions between Neurophysin II and Dipeptide Ligand by Means of Molecular Dynamics
Publikacja -
Molecular dynamics insights into protein‐glycosaminoglycan systems from microsecond‐scale simulations
Publikacja -
Interactions of N-alkyl-N-methylmorpholinium based ionic liquids with acetonitrile studied by density and velocity of sound measurements and molecular dynamics simulations
PublikacjaMorpholinium-based ionic liquids (ILs) and their mixtures with polar co-solvents are an interesting class of emerging electrolytes in electrochemistry that is relatively poorly studied. In this work, densities and sound velocities of four ILs, N-ethyl-N-methylmorpholinium tetrafluoroborate, N-butyl-N-methylmorpholinium tetrafluoroborate, N-octyl-N-methylmorpho-linium tetrafluoroborate and N-decyl-N-methylmorpholinium tetrafluoroborate...
-
The Product of Matrix Metalloproteinase Cleavage of Doxorubicin Conjugate for Anticancer Drug Delivery: Calorimetric, Spectroscopic, and Molecular Dynamics Studies on Peptide–Doxorubicin Binding to DNA
PublikacjaMatrix metalloproteinases (MMPs) are extracellular matrix degradation factors, promoting cancer progression. Hence, they could provide an enzyme-assisted delivery of doxorubicin (DOX) in cancer treatment. In the current study, the intercalation process of DOX and tetrapeptide-DOX, the product of the MMPs' cleavage of carrier-linked DOX, into dsDNA was investigated using stationary and time-resolved fluorescence spectroscopy, UV-Vis...
-
Triticale extrudates – Changes of macrostructure, mechanical properties and molecular water dynamics during hydration
Publikacja -
MEL zeolite nanosheet membranes for water purification: insights from molecular dynamics simulations
Publikacja -
Combining tight-binding and molecular dynamics methods to model the behaviour of metals in the plastic regime
PublikacjaOpisujemy zastosowanie metody dwuskalowej (kwantowo-klasycznej) w zastosowaniu do metali. Region energetycznie najważniejszy jest traktowany kwantowo, podczas gdy reszta układu jest traktowana klasycznie. Wprowadzamy własną implementację metody oraz przedstawiamy uzyskane wyniki dla metali.
-
Molecular dynamics study on the role of solvation water in the adsorption of hyperactive AFP to the ice surface
PublikacjaUsing computer simulations, the early stages of the adsorption of the CfAFP molecule to the ice surface were analyzed. We found that the ice and the protein interact at least as early as when the protein is about 1 nm away from the ice surface. These interactions are mediated by interfacial solvation water and are possible thanks to the structural ordering of the solvent. This ordering leads to positional preference of the protein...
-
Furan Fragmentation in the Gas Phase: New Insights from Statistical and Molecular Dynamics Calculations
PublikacjaWe present a complete exploration of the different fragmentation mechanisms of furan (C4H4O) operating at low and high energies. Three different theoretical approaches are combined to determine the structure of all possible reaction intermediates, many of them not described in previous studies, and a large number of pathways involving three types of fundamental elementary mechanisms: isomerization, fragmentation, and H/H2 loss...
-
Dynamic Formation and Breaking of Disulfide Bonds in Molecular Dynamics Simulations with the UNRES Force Field
Publikacja -
Influence of a lipid bilayer on the conformational behavior of amphotericin B derivatives - A molecular dynamics study.
PublikacjaAmphotericin B (AmB) is an effective but very toxic antifungal antibiotic. In our laboratory a series of AmB derivatives of improved selectivity of action was synthesized and tested. To understand molecular basis of this improvement, comparative conformational studies of amphotericin B and its two more selectivederivatives were carried out in an aqueous solution and in a lipid membrane. These molecular simulation studies revealed...
-
Analysis of spectral data by complementary methods. Inspection of the molecular complex in N,N-dimethylformamide - methanol mixtures
PublikacjaDane widmowe FTIR mieszanin N,N-dimetyloformamidu z metanolem poddano anlizie faktorowej oraz analizie metodą ważonych widm różnicowych. Przydatność obu metod analizy w odniesieniu do układów z wiązaniem wodorowym poddano krytycznej dyskusji. Stwierdzono obecność kompleksu molekularnego typu 1:1 w całym zakresie składów mieszanin. Forma tego kompleksu zależy jednak od składu roztworu. Postulowano występowanie słabych wiązań wodorowych...
-
Early stages of condensation from the gaseous phase in a H2O-N2 system: a molecular dynamics study.
PublikacjaW pracy przedstawiono wyniki symulacji wczesnych etapów kondensacji z fazy gazowej w układzie xH2O (1-x)N2. Przeanalizowano całkowitą liczbę klastrów, średni rozmiar klastra i rozmiar klastra maksymalnego w funkcji czasu.
-
Molecular dynamics simulation of human neurohypophyseal hormone receptors complexed with oxytocin—modeling of an activated state
Publikacja -
Pre‐exascale HPC approaches for molecular dynamics simulations. Covid‐19 research: A use case
PublikacjaExascale computing has been a dream for ages and is close to becoming a reality that will impact how molecular simulations are being performed, as well as the quantity and quality of the information derived for them. We review how the biomolecular simulations field is anticipating these new architectures, making emphasis on recent work from groups in the BioExcel Center of Excellence for High Performance Computing. We exemplified...
-
Novel anticancer strategy aimed at targeting shelterin complexes by the induction of structural changes in telomeric DNA: hitting two birds with one stone.
PublikacjaThe ends of chromosomes in mammals are composed of telomeric DNA containing TTAGGG repeats, which bind specific proteins called shelterins. This telomeric DNA together with shelterins form a cap that protects the ends of chromosomes from being recognized as sites of DNA damage and from chromosomal fusions. Many very successful antitumor drugs used in the treatment of cancer patients bind to DNA, some of them with a prominent sequence...
-
Gluten-Free Bread with Cricket Powder—Mechanical Properties and Molecular Water Dynamics in Dough and Ready Product
Publikacja -
Conformational Studies of Two Bradykinin Antagonists by Using Two-dimensional NMR Techniques and Molecular Dynamics Simulations
Publikacja -
Combining the MARTINI and Structure-Based Coarse-Grained Approaches for the Molecular Dynamics Studies of Conformational Transitions in Proteins
Publikacja