Wyszukiwarka
Filtry
wszystkich: 53
-
Katalog
Wyniki wyszukiwania dla: ATP
-
Preprocesor graficzny ATPDRAW dla programu symulacyjnego ATP.
PublikacjaPrzedstawiono program ATPDraw, który jest preprocesorem graficznym dla programu ATP przeznaczonego do obliczania stanów przejściowych w obwodach elektrycznych. Opracowanie preprocesora znacznie ułatwiło tworzenie modelu symulowanego układu. Model jest tworzony w dużo czytelniejszej niż tekstowa formie graficznej. ATPDraw umożliwia stworzenie w prosty sposób łatwej do wykorzystania biblioteki własnych modeli obiektów i zjawisk....
-
Atp Edition
Czasopisma -
Molecular Determinants of Proton Transfer in ATP Synthase FO Complex
Publikacja -
Determinants of Directionality and Efficiency of the ATP Synthase Fo Motor at Atomic Resolution
PublikacjaFo subcomplex of ATP synthase is a membrane-embedded rotary motor that converts proton motive force into mechanical energy. Despite a rapid increase in the number of high-resolution structures, the mechanism of tight coupling between proton transport and motion of the rotary c-ring remains elusive. Here, using extensive all-atom free energy simulations, we show how the motor’s directionality naturally arises from the interplay...
-
Numerical calculation of three-phase transformer's residual flux in ATP and PSpice programs.
PublikacjaW artykule przedstawiono analizę przebiegów prądu i strumienia magnetycznego podczas wyłączania transformatora energetycznego, wykonaną w celu określenia strumieni szczątkowych. Wykorzystano do tego celu modele obwodowe zbudowane w oparciu o programy symulacyjne ATP (Alternative Transients Program) i PSpice. Wyniki obliczeń okazały się bardzo zbliżone dla obu modeli. Przy ich wykorzystaniu obliczono strumienie szczątkowe w kolumnach...
-
Determining ATP concentration in Candida albicans in process of forming germ tube forms
Publikacja -
Insights into the Effects of Cancer Associated Mutations at the UPF2 and ATP-Binding Sites of NMD Master Regulator: UPF1
Publikacja -
Torsional elasticity and energetics of F1-ATPase
PublikacjaFoF1-ATPase is a rotary motor protein synthesizing ATP from ADP driven by a cross-membrane proton gradient. The proton flow through the membrane-embedded Fo generates the rotary torque that drives the rotation of the asymmetric shaft of F1. Mechanical energy of the rotating shaft is used by the F1 catalytic subunit to synthesize ATP. It was suggested that elastic power transmission with transient storage of energy in some compliant...
-
ATP4A autoimmunity andHelicobacter pyloriinfection in children with type 1 diabetes
Publikacja -
UGPG Wpływ mimetyków UPF1 ATP na zmutowany immunopeptydom
ProjektyProjekt realizowany w Katedra Chemii Organicznej zgodnie z porozumieniem Umowa nr UMO-2020/39/B/NZ7/02677 z dnia 2021-09-01
-
Mechanochemical Energy Transduction during the Main Rotary Step in the Synthesis Cycle of F1-ATPase
PublikacjaF1-ATPase is a highly efficient molecular motor that can synthesize ATP driven by a mechanical torque. Its ability to function reversibly in either direction requires tight mechanochemical coupling between the catalytic domain and the rotating central shaft, as well as temporal control of substrate binding and product release. Despite great efforts and significant progress, the molecular details of this synchronized and fine-tuned...
-
Rotation Triggers Nucleotide-Independent Conformational Transition of the Empty β Subunit of F1-ATPase
PublikacjaF1-ATPase (F1) is the catalytic portion of ATP synthase, a rotary motor protein that couples proton gradients to ATP synthesis. Driven by a proton flux, the F1 asymmetric γ subunit undergoes a stepwise rotation inside the α3β3 headpiece and causes the β subunits’ binding sites to cycle between states of different affinity for nucleotides. These concerted transitions drive the synthesis of ATP from ADP and phosphate. Here, we study...
-
Molekularny mechanizm transferu i konwersji energii w katalitycznej części syntazy ATP
ProjektyProjekt realizowany w Katedra Chemii Fizycznej zgodnie z porozumieniem Umowa nr 0304/IP3/2013/72 z dnia 2013-06-19
-
Molecular mechanism and energetics of coupling between substrate binding and product release in the F 1 -ATPase catalytic cycle
PublikacjaF1-ATPase is a motor protein that couples the rotation of its rotary γ subunit with ATP synthesis or hydrolysis. Single-molecule experiments indicate that nucleotide binding and release events occur almost simultaneously during the synthesis cycle, allowing the energy gain due to spontaneous binding of ADP to one catalytic β subunit to be directly harnessed for driving the release of ATP from another rather than being dissipated...
-
ATP4A autoimmunity in pediatric patients with type 1 diabetes and its relationship to blood count, iron metabolism, and vitamin B12
Publikacja -
Molekularny mechanizm sprzężenia mechanochemicznego w syntazie ATP jako punkt wyjścia do opracowania nowych leków przeciwdrobnoustrojowych
ProjektyProjekt realizowany w Katedra Chemii Fizycznej zgodnie z porozumieniem UMO-2017/26/E/NZ2/00472 z dnia 2018-04-09
-
Marek Olesz dr hab. inż.
OsobyWydział Elektrotechniki i Automatyki, Prodziekan ds. rozwoju dr hab. inż. Marek Olesz, prof. PG data urodzenia 1966 wykształcenie Politechnika Gdańska, Wydział Elektryczny (1990) stopień / tytuł naukowy doktor habilitowany – Politechnika Gdańska, Wydział Elektrotechniki i Automatyki (2017), doktor – Politechnika Gdańska, Wydział Elektrotechniki i Automatyki (1998) zatrudnienie Politechnika Gdańska: asystent stażysta (1989 –...
-
Changes in bacterial cells induced by high pressure at subzero temperature
PublikacjaW publikacji przedstawiono wyniki badań dotyczące zmian jakie zachodzą w komórkach bakterii Escherichia coli po działaniu wysokiego ciśnienia w ujemnej temperaturze. Stwierdzono, że w wyniku działania ciśnienia 193 MPa zachodzącą zmiany w błonie cytoplazmatycznej i ścianie komórkowej bakterii. W tych warunkach następowała prawie całkowita utrata wewnątrzkomórkowego ATP z komórek badanych szczepów znajdujących się w fazie logarytmicznej....
-
Mechanism of reaction of RNA-dependent RNA polymerase from SARS-CoV-2
PublikacjaWe combine molecular dynamics, statistical mechanics, and hybrid quantum mechanics/molecular mechanics simulations to describe mechanistically the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). Our study analyzes the binding mode of both natural triphosphate substrates as well as remdesivir triphosphate (the active form of drug), which is bound preferentially over ATP by RdRp while...
-
A mobile loop order–disorder transition modulates the speed of chaperonin cycling
PublikacjaMolecular machines order and disorder polypeptides as they form and dissolve large intermolecular interfaces, but the biological significance of coupled ordering and binding has been established in few, if any, macromolecular systems. The ordering and binding of GroES co-chaperonin mobile loops accompany an ATP-dependent conformational change in the GroEL chaperonin that promotes client protein folding. Following ATP hydrolysis,...
-
Determining the optimal filling of the surface with a linker with Universal Force Field and Reax Force Field
Dane BadawczeThe DataSet contains the atomic slabs of diamond surfaces with ATP molecules in water. The calculated data includes different sized surfaces from 90 Angstrom^2 to 691 Angstrom^2. Structures were relaxed using the Reax Force Field method with the Limited Memory Broyden–Fletcher–Goldfarb–Shanno algorithm. Structures were calculated with a convergence...
-
A Circuital Model of Electric Arc in a Circuit Breaker
PublikacjaThe paper presents a circuital model of arc in a circuit breaker. The model is intended to be used in simulations of the electric circuits transients. It was implemented in the ATP simulation program. The article presents also a few simulation examples of simple DC and AC circuit containing described arc model.
-
Green porous benzamide-like nanomembranes for hazardous cations detection, separation, and concentration adjustment
PublikacjaGreen biomaterials play a crucial role in the diagnosis and treatment of diseases as well as health-related problem-solving. Typically, biocompatibility, biodegradability, and mechanical strength are requirements centered on biomaterial engineering. However, in-hospital therapeutics require an elaborated synthesis of hybrid and complex nanomaterials capable of mimicking cellular behavior. Accumulation of hazardous cations like...
-
Analysis of Reconstituted Tripartite Complex Supports Avidity-based Recruitment of Hsp70 by Substrate Bound J-domain Protein
PublikacjaHsp70 are ubiquitous, versatile molecular chaperones that cyclically interact with substrate protein(s). The initial step requires synergistic interaction of a substrate and a J-domain protein (JDP) cochaperone, via its J-domain, with Hsp70 to stimulate hydrolysis of its bound ATP. This hydrolysis drives conformational changes in Hsp70 that stabilize substrate binding. However, because of the transient nature of substrate and JDP...
-
RecA Proteins from Deinococcus geothermalis and Deinococcus murrayi - Cloning, Purification and Biochemical Characterisation
PublikacjaEscherichia coli RecA plays a crucial role in recombinational processes, the induction of SOS response and mutagenic lesion bypasses. It has also been demonstrated that RecA protein is indispensable when it comes to the reassembly of shattered chromosomes in gamma-irradiated Deinococcus radiodurans, one of the most radiation-resistant organisms known. Moreover, some functional differences between E. coli and D. radiodurans RecA...
-
A novel nucleotide found in human erythrocytes, 4-pyridone-3-carboxamide-1-beta-D-ribonucleoside triphosphate
PublikacjaZidentyfikowano nowy, nieznany nukleotyd, występujący w erytrocytach osób chorych na przewlekłą niewydolność nerek, w stężeniu porównywalnym do zawartości ATP. Nukleotyd ten wyizolowano chromatograficznie, a jego strukturę określono jako trójfosforan 4-piridono-3-karboksyamido-1-b-D-rybonukleozydu, na podstawie danych spektralnych UV, MS, IR i NMR.
-
Numeryczne obliczenia prądu włączania transformatora energetycznego.
PublikacjaW artykule przedstawiono wyniki obliczeń numerycznych prądu włączania jednofazowego transformatora energetycznego, przeprowadzone przy pomocy programu symulacyjnego ATP. Model układu zrealizowano w postaci obwodowej. Uzyskane rezultaty potwierdziły zależność wartości szczytowej prądu włączania od takich czynników, jak wartość i kierunek strumienia szczątkowego w rdzeniu transformatora, faza napięcia zasilającego, przebieg charakterystyki...
-
Induction of G2/M phase arrest and apoptosis of human leukemia cells by potent antitumor triazoloacridinone C-1305
PublikacjaWykazaliśmy, że pochodna triazoloakrydonu C-1305 w stężeniach biologicznie istotnych indukuje blok cyklu komórkowego w fazie G2/M i apoptozę w komórkach białaczek ludzkich MOLT4 i HL60. Zjawisko apoptozy zostało określone na podstawie charakterystycznych zmian morfologicznych jak i biochemicznych tj. fragmentacji DNA, aktywacji kaspazy 3, cięcia PARP, spadku potencjału mitochondrialnego i ATP oraz eksternalizacji fosfatydyloseryny.
-
IKE1-IKE3 (C-1305 derivatives) inhibitory effect of the Yeast Topoisomerase II relaxation activity
Dane BadawczeInhibition of Yeast Topoisomerase II were analyzed according to relaxation assay kit from Inspiralis. Briefly, 250 ng of supercoiled pBR322 DNA, 1 mM ATP, 1-200 μM of analyzed compound were mixed with reaction buffer (1 mM Tris-HCl (pH 7.9), 10 mM KCl, 0.5 mM MgCl 2, 0.2 % (v/v) glycerol). The reaction was initiated by the addition of an enzyme, allowed...
-
Two-step mechanism of J-domain action in driving Hsp70 function
PublikacjaJ-domain proteins (JDPs), obligatory Hsp70 cochaperones, play critical roles in protein homeostasis. They promote key allosteric transitions that stabilize Hsp70 interaction with substrate polypeptides upon hydrolysis of its bound ATP. Although a recent crystal structure revealed the physical mode of interaction between a J-domain and an Hsp70, the structural and dynamic consequences of J-domain action once bound and how Hsp70s...
-
Keep It Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with GROMACS
PublikacjaWe describe a versatile method to enforce the rotation of subsets of atoms, e.g., a protein subunit, in molecular dynamics (MD) simulations. In particular, we introduce a “flexible axis” technique that allows realistic flexible adaptions of both the rotary subunit as well as the local rotation axis during the simulation. A variety of useful rotation potentials were implemented for the GROMACS 4.5 MD package. Application to the...
-
ABC transporters Cdr1p, Cdr2p and Cdr3p of a human pathogen Candida albicans are general phospholipid translocators
PublikacjaFluoryzujące analogi fosfolipidów NBD-PE, NBD-PC i NBD-PS zostały wykorzystane w celu wykazania, że białko Cdr1p i jego inne homologi, Cdr2p i Cdr3p, należące do grupy białek zawierających tzw. kasetę wiążącą ATP (ABC), zachowują się jak ogólne przenośniki lipidów. Wyniki badań pokazują, że transportery typu ABC występujące w C. albicans są przenośnikami fosfolipidów i aktywność ta może być jedna z fizjologicznych funkcji białek.
-
Analiza wpływu stopnia namagnesowania rdzenia transformatora trójfazowego na maksymalna wartość prądu załączeniowego
PublikacjaPrzeprowadzono obliczenia symulacyjne prądu załączeniowego transformatora trójfazowego dla różnych wartości strumieni szczątkowych w kolumnach rdzenia. Obliczenia wykonano przy pomocy programu symulacyjnego ATP (Alternative Transients Program), wykorzystując zawarty w nim model transformatora. Uzyskane wyniki wykazały bezpośredni wpływ namagnesowania poszczególnych kolumn transformatora na wartość szczytową prądu załączeniowego,...
-
Obliczenia numeryczne magnetyzmu szczątkowego w obwodach magnetycznych pozostającego po ich wyłączeniu.
PublikacjaPrzedstawiono obliczenia numeryczne magnetyzmu szczątkowego rdzenia magnety-cznego, który pozostaje trwale namagnesowany po wyłączeniu zasilania. Prze- prowadzono je na przykładzie obwodu z transformatorem trójfazowym. Utworzono modele obwodowe układu w oparciu o programy symulacyjne ATP i PSpice. Prze-analizowano, jaki wpływ na stan namagnesowania poszczególnych kolumn tran-sformatora ma moment wyłączenia zasilania oraz takie...
-
Two bacterial small heat shock proteins, IbpA and IbpB, form a functional heterodimer
PublikacjaSmall heat shock proteins (sHsps) are a conserved class of ATP-independent chaperones which in stress conditions bind to unfolded protein substrates and prevent their irreversible aggregation. Substrates trapped in sHsps-containing aggregates are efficiently refolded into native structures by ATP-dependent Hsp70 and Hsp100 chaperones. Most γ-proteobacteria possess a single sHsp (IbpA), while in a subset of Enterobacterales, as...
-
Modelowanie nieliniowej charakterystyki łącznika w obwodzie elektrycznym.
PublikacjaZaprezentowano model obwodowy łącznika elektroenergetycznego z łukiem elektrycznym. Łuk jest modelowany w oparciu statyczną charakterystykę prądowo- napięciową z uwzględnieniem w sposób uproszczony charakterystyki dynamicznej. Rezystancja łuku jest uzależniona nie tylko od prądu łuku ale również od czasu rozchodzenia się styków łącznika. Założono, że po obniżeniu się warto-ści prądu poniżej zadanego progu następuje całkowite...
-
Novel therapeutic compound acridine–retrotuftsin action on biological forms of melanoma and neuroblastoma
PublikacjaPURPOSE: As a continuation of our search for anticancer agents, we have synthesized a new acridine-retrotuftsin analog HClx9-[Arg(NO2)-Pro-Lys-Thr-OCH3]-1-nitroacridine (named ART) and have evaluated its activity against melanoma and neuroblastoma lines. Both tumors develop from cells (melanocytes, neurons) of neuroectodermal origin, and both are tumors with high heterogeneity and unsatisfactory susceptibility to chemotherapies....
-
Chloroacridine derivatives as potential anticancer agents which may act as tricarboxylic acid cycle enzyme inhibitors
PublikacjaThe chloroacridines affect biological forms of melanoma in different ways. Amelanotic (Ab) melanoma (with inhibited melanogenesis and higher malignancy) was particularly sensitive to the action of the chloroacridines. The Ab melanoma cells died through apoptosis and through death without caspase activation. Diminished activity of TAC enzymes was noticed among Ab melanoma cells together with ATP/NAD depletion, especially in the...
-
Implementation of power transformer controlled switching algorithm
PublikacjaThe article presents two new algorithms of controlled switching the power transformer. The main aim of the paper is to obtain formulas that determine the moments of closing of the circuit breaker poles. The study contains projects of control systems for both algorithms. Mathematical formulas for the time instants of the breaker poles closing were developed on the basis of electric circuit theory and magnetic circuit theory. The...
-
Low-Barrier Hydrogen Bond Determines Target-Binding Affinity and Specificity of the Antitubercular Drug Bedaquiline
PublikacjaThe role of short strong hydrogen bonds (SSHB) in ligand-target binding remains largely unexplored, thereby hin- dering a potentially important avenue in the rational drug de- sign. Here, we investigate the interaction between bedaquiline (Bq), a potent anti-tuberculosis drug, and the mycobacterial ATP synthase, to unravel the role of a specific hydrogen bond to a conserved acidic residue in the target affinity and specificity....
-
Podstawy chemii fizycznej i biofizycznej -- ćwiczenia
Kursy OnlineCelem przedmiotu jest dostarczenie formalizmu służącego do opisu i przewidywania przebiegu reakcji biochemicznych oraz innych procesów biomolekularnych. Plan kursu: 1. Oddziaływania międzycząsteczkowe (elektrostatyka, oddziały-wania van der Waalsa, wiązania wodorowe, oddziaływania hydro-fobowe) 2. Podstawy termodynamiki z elementami teorii statystycznej (zasady termodynamiki, entropia i jej interpretacja statystyczna, rozkład...
-
Podstawy chemii fizycznej i biofizycznej -- wykład
Kursy OnlineCelem przedmiotu jest dostarczenie formalizmu służącego do opisu i przewidywania przebiegu reakcji biochemicznych oraz innych procesów biomolekularnych. Plan kursu: 1. Oddziaływania międzycząsteczkowe (elektrostatyka, oddziały-wania van der Waalsa, wiązania wodorowe, oddziaływania hydro-fobowe) 2. Podstawy termodynamiki z elementami teorii statystycznej (zasady termodynamiki, entropia i jej interpretacja statystyczna, rozkład...
-
Akademickie Targi Pracy Trójmiasto 2019
WydarzeniaBiuro Karier zaprasza na Akademickie Targi Pracy. To okazja do zapoznania się z ofertami pracy, staży, praktyk i kontaktu z przedstawicielami firm i poznania ich oczekiwań rekrutacyjnych https://pg.edu.pl/biuro-karier/
-
Novel N-(aryl/heteroaryl)-2-chlorobenzenesulfonamide derivatives: synthesis and anticancer activity evaluation
PublikacjaA new series of N-(aryl/heteroaryl)-2-chlorobenzenesulfonamide derivatives 4-21 have been synthesized, and evaluated at the National Cancer Institute (USA) for their in vitro activities against a panel of 60 different human cancer cell lines. Among them, compounds 16, 20 and 21 exhibited remarkable cytotoxic activity against numerous human cancer cell lines. We found that sulfonamide derivative 21 appeared to be more selective...
-
Detection of the Plant Pathogen Pseudomonas Syringae pv. Lachrymans on Antibody-Modified Gold Electrodes by Electrochemical Impedance Spectroscopy
PublikacjaThe present work describes an impedimetric immunosensor for Pseudomonas syringae pv. lachrymans (Psl) detection. This pathogen infects many crop species causing considerable yield losses, thus fast and cheap detection method is in high demand. In the assay, the gold disc electrode was modified with 4-aminothiophenol (4-ATP), glutaraldehyde (GA), and anti-Psl antibodies, and free-sites were blocked with bovine serum albumin (BSA)....
-
Checkpoints that regulate balanced biosynthesis of lipopolysaccharide and its essentiality in Escherichia coli
PublikacjaThe outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria, such as Escherichia coli, is essential for their viability. Lipopolysaccharide (LPS) constitutes the major component of OM, providing the permeability barrier, and a tight balance exists between LPS and phospholipids amounts as both of these essential components use a common metabolic precursor. Hence, checkpoints are in place, right from the regulation of the first committed step...
-
Mechanism of recognition of parallel G-quadruplexes by DEAH/RHAU helicase DHX36 explored by molecular dynamics simulations
PublikacjaBecause of high stability and slow unfolding rates of G-quadruplexes (G4), cells have evolved specialized helicases that disrupt these non-canonical DNA and RNA structures in an ATP-dependent manner. One example is DHX36, a DEAH-box helicase, which participates in gene expression and replication by recognizing and unwinding parallel G4s. Here, we studied the molecular basis for the high affinity and specificity of DHX36 for parallel-type...
-
Catalytic topoisomerase II inhibitors in cancer therapy.
PublikacjaDNA topoizomeraza II jest jednym z głównych celów molekularnych dla leków stosowanych w terapii przeciwnowotworowej. Wszystkie inhibitory tego enzymu są zdolne do zakłócania w jeden z etapów cyklu katalitycznego topoizomerazy II. Związki, które stabilizują kowalencyjny kompleks DNa i topoizomerazy II (znany jako kompleks rozszczepialny) są nazywane truciznami topoizomerazy, inne związki, które hamują aktywność enzymu na innych...
-
A mechanistically approached review upon assorted cell lines stimulated by athermal electromagnetic irradiation
PublikacjaThe probable influence of electromagnetic irradiation on cancer treatment has been deduced from the interaction of artificial electromagnetic emissions with biological organisms. Nonetheless, the suspected health effects induced by electromagnetic-based technology imply that such a treatment may contaminate the adjacent healthy cells. Thus, gaining mechanistic insights into the problem is required to avoid athermal health hazards....
-
Comet assay-based methods for measuring DNA repair in vitro; estimates of inter- and intra-individual variation.
PublikacjaZdolność do naprawy uszkodzeń DNA jest jednym z najważniejszych wyznaczników podatności na choroby nowotworowe. Dlatego też użytecznym staje się możliwość pomiaru stopnia naprawy DNA w próbkach materiału badawczego pobranego od ochotników. Celem pracy było, po pierwsze, opracowanie w warunkach in vitro prostej metody (z wykorzystaniem techniki testu kometowego), w której naprawa DNA odbywa się poprzez wycinanie nukleotydów (NER)....