Wyszukiwarka
Wyniki wyszukiwania dla: molecular-dynamics
-
Molecular Dynamics Studies on Amyloidogenic Proteins
Publikacja -
Molecular Dynamics Studies on Amyloidogenic Proteins
Publikacja -
Molecular dynamics studies of polyurethane nanocomposite hydrogels
PublikacjaPolyurethane PEO-based hydrogels have a broad range of biomedical applicability. They are attractive for drug-controlled delivery systems, surgical implants and wound healing dressings. In this study, a PEO based polyurethane hydrogels containing Cloisite R 30B, an organically modified clay mineral, was synthesized. Structure of nanocomposite hydrogels was determined using XRD technique. Its molecular dynamics was studied by means...
-
Molecular dynamics simulation of polymerization of p-xylylene
Publikacja -
Changes of Conformation in Albumin with Temperature by Molecular Dynamics Simulations
PublikacjaThis work presents the analysis of the conformation of albumin in the temperature range of 300K – 312K, i.e., in the physiological range. Using molecular dynamics simulations, we calculate values of the backbone and dihedral angles for this molecule. We analyze the global dynamic properties of albumin treated as a chain. In this range of temperature, we study parameters of the molecule and the conformational entropy derived from...
-
Molecular Dynamics simulations of thermal conductivity of penta-graphene
PublikacjaThe thermal conductivity of penta-graphene (PG), a new two dimensional carbon allotrope and its dependence on temperature, strain, and direction are studied in this paper. The thermal conductivity of PG is investigated using a non-equilibrium molecular dynamics simulation (NEMD) with the Two Region Method by applying the optimized Tersoff interatomic potential. Our study shows that the thermal conductivity of PG (determined for...
-
Molecular dynamics simulations of ultraprecision machining of fcc monocrystals
PublikacjaArtykuł zawiera wyniki wielkoskalowych symulacji dynamiczno-molekularnych ultraprecyzyjnego skrawania monokryształów metali niedeformowalnym narzędziem. Zmiennymi parametrami symulacji były: szybkość i głębokość skrawania, temperatura, orientacja krystalograficzna skrawanego kryształu oraz kształt narzędzia.Analizie poddano zmiany strukturalne w obrabianym materiale.
-
Interatomic potential suitable for the modeling of penta-graphene: Molecular statics/molecular dynamics studies
PublikacjaWe test the potentials available for elemental carbon, with the scope to choose the potential suitable for the modeling of penta-graphene, the latest two dimensional carbon allotrope. By using molecular statics and molecular dynamics simulations we show that there is only one potential e namely the Tersoff-type potential proposed by Erhart and Albe in 2005 e which is able to correctly describe all the important features of penta-graphene....
-
Molecular aspects of the interaction between amphotericin B and a phospholipid bilayer: molecular dynamics studies.
PublikacjaAmfoterycyna B jest antybiotykiem z grupy polienów makrolidowych. Stosowany jest on w leczeniu układowych infekcji grzybowych. Wiadomo że związek ten oddziałuje ze składnikami błon lipidowych i tworzy kanały. W przedstawianej pracy prezentowane są wyniki symulacji przeprowadzonej dynamiką molekularną układu składającego się z 200 cząsteczek lipidów DMPC i jednej cząsteczki amfoterycyny ułożonej na powierzchni błony. Z przeprowadzonej...
-
Anisotropic mechanical behavior and auxeticity of penta-graphene: Molecular statics/molecular dynamics studies
PublikacjaWe investigate the mechanical properties of penta-graphene (PG), a recently proposed two-dimensional carbon allotrope using atomistic simulation techniques combined with the empirical description of interatomic interactions. We report on the dependence of its three in-plane mechanical moduli (i.e. Young's modulus, Poisson's ratio and shear modulus) on the deformation direction, strain and temperature. We show that PG displays a...
-
Hydration of amino acids: FTIR spectra and molecular dynamics studies
PublikacjaThe hydration of selected amino acids, alanine, glycine, proline, valine, isoleucine and phenylalanine, has been studied in aqueous solutions by means of FTIR spectra of HDO isotopically diluted in H2O. The difference spectra procedure and the chemometric method have been applied to remove the contribution of bulk water and thus to separate the spectra of solute-affected HDO. To support interpretation of obtained spectral results,...
-
Molecular-dynamics simulation of clustering processes in sea-ice floes
Publikacja -
Molecular Dynamics of a Vasopressin V2 Receptor in a Phospholipid Bilayer Membrane
Publikacja -
The structure of rarefied and densified PbSiO3 glass: a molecular dynamics study.
PublikacjaArtykuł przedstawia wyniki symulacji dynamiczno-molekularnychstruktury rozrzedzonego i zagęszczonego szkła PbSiO3 (w zakresie gęstości od 3000 kg/m3 do 8000 kg/m3). Otrzymane wyniki dokładnie przedyskutowano pod kątem blisko- i średnio-zasięgowego uporządkowania atomów i porównano ze strukturą szkła PbSiO3 o normalnej gęstości (5970kg/m3) oraz ze strukturą rozrzedzonych i zagęszczonych szkieł PbGeO3.
-
Cation diffusion coefficients in CuAgI via molecular dynamics simulations
PublikacjaPraca prezentuje wyniki analizy strukturalnej otrzymane poprzez symulacje dynamiczno-molekularne (zespół NpT, dwuciałowy potencjał Vashisty-Rahmana) superjonowego związku o składzie (1-x)Cu-xAg-I, x = 0.0, 0.25, 0.5, 0.75, 1.0). Wyznaczono wartość współczynnika dyfuzji kationów i energii aktywacji w funkcji składu szkła i temperatury. Otrzymane rezultaty porównano z danymi literaturowymi.
-
Molecular dynamics-based model of VEGF-A and its heparin interactions
Publikacja -
Molecular dynamics study on the influence of C-terminal sugar substitution on dynamics and conformation of vancomycin derivatives
Publikacja -
Molecular dynamics simulations of the growth of poly (chloro-para-xylylene) films.
PublikacjaParylene C, poly(chloro-para-xylylene) is the most widely used member of the parylene family due to its excellent chemical and physical properties. In this work we analyzed the formation of the parylene C film using molecular mechanics and molecular dynamics methods. A five unit chain is necessary to create a stable hydrophobic cluster and to adhere to a covered surface. Two scenarios were deemed to take place. The obtained results...
-
Albumin–Hyaluronan Interactions: Influence of Ionic Composition Probed by Molecular Dynamics
PublikacjaThe lubrication mechanism in synovial fluid and joints is not yet fully understood. Nevertheless, intermolecular interactions between various neutral and ionic species including large macromolecular systems and simple inorganic ions are the key to understanding the excellent lubrication performance. An important tool for characterizing the intermolecular forces and their structural consequences is molecular dynamics. Albumin...
-
Structure of liquid gold from tight-binding driven molecular-dynamics
PublikacjaPraca przedstawia wyniki symulacji ciekłego złota w nadkomórce periodycznej przy użyciu stworzonego przez autorów programu komputerowego, za pomocą połączonych metod dynamiki molekularnej (MD) i ciasnego wiązania (TB). Omówiono strukturę tak symulowanej cieczy, porównując ją z dostępnymi danymi doświadczalnymi oraz wynikami innych symulacji, pod kątem radialnej i kątowej funkcji rozkładu i elektronowej gęstości stanów.A tight-binding...
-
Molecular Dynamics Study of the Internal Water Molecules in Vasopressin and Oxytocin Receptors
Publikacja -
Separation of variables in molecular-dynamics simulations: A criterion to estimate the quality of the approximation
Publikacja -
Molecular dynamics simulations of the growth of poly(chloro-para-xylylene) films
Publikacja -
Theory and Practice of Coarse-Grained Molecular Dynamics of Biologically Important Systems
Publikacja -
Simulation of the Opening and Closing of Hsp70 Chaperones by Coarse-Grained Molecular Dynamics
Publikacja -
Interactions of amphotericin B derivatives with lipid membranes - a molecular dynamics study
PublikacjaW pracy analizowano oddziaływanie dwóch nisko-toksycznych pochodnych amfoterycyny B (związki SAmE i PAmE) z modelami błon lipidowych. Badania wykonane zostały za pomocą dynamiki molekularnej. Modele błon oprócz fosfolipidów DMPC zawierały odpowiednio cholesterol (model błony zwierzęcej) lub ertosterol (model błony grzybowej). Analiza wyników wykazała, że obie pochodne amfoterycyny B zachowują się inaczej w błonie cholesterolowej...
-
The structure of Pb-PbO-SiO2 glass via molecular dynamics simulation
PublikacjaPraca poświęcona jest badaniom struktury blisko i średniozasięgowej częściowo zredukowanego szkła ołowiowo-krzemianowego o stechiometrii 1Pb1PbO1SiO2 uzyskanego na drodze symulacji dynamiczno-molekularnych. Otrzymane rezultaty porównamy z danymi otrzymanymi dla szkła niemodyfikowanego (2PbO1SiO2) i całkowicie zredukowanego (2Pb1SiO2).
-
The structure of porous and spontaneously densified amorphous PbSiO3: a Molecular Dynamics study.
PublikacjaW pracy zaproponowano nową metodę numerycznego otrzymywania strukturporowatych metodą dynamiki molekularnej. Metoda polega na rozpoczęciu symulacji z ładunkami ekranowanymi i stopniowym zwiększaniu ich do pełnych ładunków jonowych. Metodę zastosowano do układu PbSiO3.
-
Interaction of amphotericin B with phospholipids in the model membrane - molecular dynamics study.
PublikacjaAmfoterycyna B jest antybiotykiem używanym w leczeniu układowych infekcji grzybowych. Jej mechanizm działania polega na tworzeniu kanałów wewnątrz błon lipidowych. W przedstawianej pracy publikowane są wyniki symulacji przeprowadzonej dynamiką molekularną monomerycznej i dimerycznej formy antybiotyku wewnątrz błony lipidowej zbudowanej z cząsteczek DMPC. Wyniki te wskazują, że powinowactwo cząsteczek amfoterycyny wewnątrz dimeru...
-
A Molecular dynamics study of the influence of chemical reduction on the structure of amorphous germania
PublikacjaPraca poświęcona jest badaniom struktury blisko- i średniozasięgowej redukowanego amorficznego tlenku germanu o składzie 1Ge 1GeO2 za pomocą symulacji dynamiczno-molekularnych. Symulacje MD realizowano w zespole mikrokanonicznym (NVE), z wykorzystaniem dwuciałowego potencjału oddziaływania miedzyatomowego Borna-Mayera-Hugginsa. Wyraźnie widoczna tendencja do aglomeracji neutralnych atomów Ge została porównana z tendencją do aglomeracji...
-
Structure and Molecular Dynamics in Renewable Polyamides from Dideoxy-Diamino Isohexide
PublikacjaThe chemical structure, the conformation, andthe flexibility of the polymer chain fragments present in thepolyamides synthesized from 2,5-diamino-2,5-dideoxy-1,4;3,6-dianhydrosorbitol, 1,4-diaminobutane, and either sebacic orbrassylic acid have been studied by liquid-state 2D NMRspectroscopy viz. correlation spectra (COSY) and heteronuclearmultiple-bond correlation spectra (gHMBC), by 13Ccross-polarization/magic-angle spinning...
-
Molecular dynamics and verisimilitude - to what extent can one trust a computational simulation?
PublikacjaFor the last several tens of years, computer simulations have become of undeniable importance. Molecular Dynamics (MD) simulation techniques are used to examine the phenomena which occur at the level that cannot be observed directly. Thus, they can be successfully exploited in many different scientific fields such as: materials science, applied mathematics and theoretical physics, biochemistry, biophysics or drug design. Despite...
-
Applying molecular dynamics simulation to take the fracture fingerprint of polycrystalline SiC nanosheets
PublikacjaGraphene-like nanosheets are the key elements of advanced materials and systems. The mechanical behavior of the structurally perfect 2D nanostructures is well documented, but that of polycrystalline ones is less understood. Herein, we applied molecular dynamics simulation (MDS) to take the fracture fingerprint of polycrystalline SiC nanosheets (PSiCNS), where monocrystalline SiC nanosheets (MSiCNS) was the reference nanosheet....
-
Molecular Dynamics of Complexes of Atosiban with Neurohypophyseal Receptors in the Fully Hydrated Phospholipid Bilayer
Publikacja -
Nanomechanical Stability of Aβ Tetramers and Fibril-like Structures: Molecular Dynamics Simulations
Publikacja -
Molecular dynamics study of amyloid formation of two Abl-SH3 domain peptides
Publikacja -
Investigation of Protein Folding by Coarse-Grained Molecular Dynamics with the UNRES Force Field
Publikacja -
Molecular dynamics study of the influence of calcium ions on the conformation of gelsolin S2 domain
Publikacja -
Study of the Interactions between Neurophysin II and Dipeptide Ligand by Means of Molecular Dynamics
Publikacja -
Molecular Dynamics study of short and medium range order in modified BGO glasses.
PublikacjaArtykuł przedstawia wyniki symulacji dynamiczno-molekularnychniemodyfikowanych i modyfikowanych szkieł BGO o różnych stechiometriach. Otrzymane wyniki dokładnie przedyskutowano pod kątem blisko- i średnio-zasięgowego uporządkowania atomów i porównano z innymi dostępnymi danymi literaturowymi.
-
Comparative molecular dynamics simulations of amphotericin B-cholesterol/ergosterol membrane channels
PublikacjaBadania polegały na przeprowadzeniu porównawczej dynamiki molekularnej dla dwóch typów kanałów amfoterycyny B. Obie symulacje różniły się rodzajem sterolu (cholesterol lub ergosterol). Na podstawie wyników przeprowadzonych prac ustalono jakie elementy strukturalne badanych kanałów mogą być odpowiedzialne za selektywne działanie amfoterycyny B.
-
Solvation of N-methylformamide by ethanol: a comparison of molecular dynamics calculations with the experimental data
PublikacjaWykonano obliczenia metodami dynamiki molekularnej dla tytułowego układu. Rezultaty porównano z uzyskanymi wcześniej wynikami pomiarów termodynamicznych oraz wnioskami z nich wyciągniętymi.
-
Molecular dynamics insights into protein‐glycosaminoglycan systems from microsecond‐scale simulations
Publikacja -
Explicit solvent repulsive scaling replica exchange molecular dynamics ( RS‐REMD ) in molecular modeling of protein‐glycosaminoglycan complexes
PublikacjaGlycosaminoglcyans (GAGs), linear anionic periodic polysaccharides, are crucial for many biologically relevant functions in the extracellular matrix. By interacting with proteins GAGs mediate processes such as cancer development, cell proliferation and the onset of neurodegenerative diseases. Despite this eminent importance of GAGs, they still represent a limited focus for the computational community in comparison to other classes...
-
Furan Fragmentation in the Gas Phase: New Insights from Statistical and Molecular Dynamics Calculations
PublikacjaWe present a complete exploration of the different fragmentation mechanisms of furan (C4H4O) operating at low and high energies. Three different theoretical approaches are combined to determine the structure of all possible reaction intermediates, many of them not described in previous studies, and a large number of pathways involving three types of fundamental elementary mechanisms: isomerization, fragmentation, and H/H2 loss...
-
Structure of the interlayer between Au thin film and Si-substrate: Molecular Dynamics simulations
PublikacjaInteraction between 2, 3, 5 and 7 atomic layers of gold and a (111) silicon surface was investigated with the molecular dynamics simulation method. The simulation of the diffusion interaction between gold and silicon in the temperature range 425-925 K has been carried out. The peculiarities of the concentration changes of the interacting components and the atomic density at the boundary...
-
Collagen type II–hyaluronan interactions – the effect of proline hydroxylation: a molecular dynamics study
PublikacjaHyaluronan–collagen composites have been employed in numerous biomedical applications. Understanding the interactions between hyaluronan and collagen is particularly important in the context of joint cartilage function and the treatment of joint diseases. Many factors affect the affinity of collagen for hyaluronan. One of the important factors is the ratio of 3- or 4-hydroxy proline to proline residues. This article presents...
-
Effect of Chitosan Deacetylation on Its Affinity to Type III Collagen: A Molecular Dynamics Study
PublikacjaThe ability to form strong intermolecular interactions by linear glucosamine polysaccharides with collagen is strictly related to their nonlinear dynamic behavior and hence bio-lubricating features. Type III collagen plays a crucial role in tissue regeneration, and its presence in the articular cartilage affects its bio-technical features. In this study, the molecular dynamics methodology was applied to evaluate the effect of...
-
Molecular dynamics study on the role of solvation water in the adsorption of hyperactive AFP to the ice surface
PublikacjaUsing computer simulations, the early stages of the adsorption of the CfAFP molecule to the ice surface were analyzed. We found that the ice and the protein interact at least as early as when the protein is about 1 nm away from the ice surface. These interactions are mediated by interfacial solvation water and are possible thanks to the structural ordering of the solvent. This ordering leads to positional preference of the protein...
-
Influence of a lipid bilayer on the conformational behavior of amphotericin B derivatives - A molecular dynamics study.
PublikacjaAmphotericin B (AmB) is an effective but very toxic antifungal antibiotic. In our laboratory a series of AmB derivatives of improved selectivity of action was synthesized and tested. To understand molecular basis of this improvement, comparative conformational studies of amphotericin B and its two more selectivederivatives were carried out in an aqueous solution and in a lipid membrane. These molecular simulation studies revealed...