Wyszukiwarka
Katedra Chemii Fizycznej
Publikacje
Filtry
wszystkich: 371
Katalog Publikacji
Rok 2006
-
(Vapour + liquid) equilibrium in (n,n-dimethylacetamide + ethanol + water) at the temperature 313.15 K
PublikacjaW pracy prezentowane są pomiary całkowitej prężności pary dla tytułowego układu trójskładnikowego oraz dla składowych układów binarnych. Uzyskane w pracy wyniki porównane zostały z wcześniejszymi danymi dla podobnych układów. Znaleziono w przybliżeniu liniową zależność pomiędzy wartościami nadmiarowej entalpii swobodnej Gibbsa a objętością molową amidu, spełnianą w układach dwuskładnikowych: amid + alkohol alifatyczny.
Rok 2003
-
(Vapour and liquid) equilibrium in (N,N-dimethylacetamide+methanol+water) at the temperature 313.15 K.
PublikacjaPraca zawiera wyniki pomiarów całkowitej prężności pary dla tytułowego układu trójskładnikowego oraz dla ''składowych'' układów binarnych. Wyniki obliczeń nadmiarowej energii swobodnej mieszania dla układów (N,N-dimetyloaceta-mid+woda) i (N,N-dimetyloacetamid+metanol) porównane zostały z rezultatami uzyskanymi wcześniej dla innych układów (amid+metanol) oraz (amid+woda). Znaleziono interesującą zależność wartości nadmiaru...
Rok 2011
-
Vibrational spectroscopic studies of N,N'-dimethylpropyleneurea-water system: Affected solvent spectra and factor analysis
PublikacjaZmierzono widma FT-IR układu N,N'-dimetylopropylenomocznik (DMPU) - woda w całym zakresie składów w zakresie 4000-500 cm-1 przy użyciu techniki całkowitego wewnętrznego odbicia (ATR). Hydratacja DMPU została dodatkowo zbadana przy pomocy transmisyjnej spektroskopii FT-IR izotopowo rozcieńczonej HDO w H2O. Widma zanalizowano przy użyciu ilościowej wersji metody widm różnicowych, prowadzącej do wyizolowania widma rozpuszczalnika...
Rok 2010
-
Vibrational spectroscopy of semiheavy water (HDO) as a probe of solute hydration
PublikacjaSpektroskopia oscylacyjna jest idealną metodą w badaniach zjawisk hydratacyjnych. Przy zastosowaniu techniki rozcieńczenia izotopowego, gdy mała ilość D2O zostaje wprowadzona do H2O lub vice versa i powstaje woda półciężka (HDO), ominąć można wiele problemów technicznych i interpretacyjnych związanych z pomiarem widm w podczerwieni wody ciekłej. Zwłaszcza izotopowe rozprzężenie drgań rozciągających ułatwia interpretację widm. Systematycznie...
-
Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół różnych konformacji poliseryny - analiza wyników dynamiki molekularnej
PublikacjaRozpuszczalnik w istotny sposób wpływa na preferencje peptydu do przyjmowania określonej struktury drugorzędowej. Przykładem tego może być fakt, iż w przypadku polialaniny stabilność konformacji helikalnej w wodzie jest niższa aniżeli w próżni, podczas gdy w przypadku poliseryny mamy do czynienia ze zjawiskiem odwrotnym. W celu lepszego zrozumienia tego zjawiska badano właściwości otoczek hydratacyjnych dookoła czterech konformacji...
-
Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół β-warstw o zróżnicowanym składzie aminokwasowym - analiza wyników dynamiki molekularnej
Publikacjaβ-warstwa to jedna z najczęściej spotykanych struktur drugorzędowych w białkach. Jak dotąd mechanizmy rządzące ustrukturyzowaniem wody w warstwie solwatacyjnej wokół tej struktury są słabo poznane [1]. W celu lepszego zrozumienia zjawiska hydratacji wokół struktur o konformacji β-warstwy przeprowadzono analizę wyników pochodzących z symulacji metodą dynamiki molekularnej β-warstw składających się z 8 równoległych nici o różnym...
-
Zastosowanie nowych typów materiałów sorpcyjnych w ekstrakcji analitów z próbek biologicznych
PublikacjaW obecnych czasach wiele uwagi w chemii anlityczanej poświęca się bezrozpuszczalnikowym technikom przygotowania próbki do analizy. Wynika to z potrzeby opracowania szybkich i rzetelnych procedur analitycznych prowadzących do obniżenia granic wykrywalności. Jedna z najbardziej obiecujących technik w tej dziedzinie to ekstrakcja do fazy stacjonarnej, która jest szeroko stosowana w praktyce analitycznej ze względu na jej niewątpliwe...
Rok 2017
-
Visualizing spatially decomposed intermolecular correlations in the infrared spectra of aprotic liquids
PublikacjaInfrared (IR) spectroscopy is commonly used to study intermolecular interactions in the liquid phase, including solvation phenomena. On the other hand, ab initio molecular dynamics (AIMD) simulations offer the possibility to obtain IR spectra from first principles. Surpassing the experiment, AIMD simulations can deliver additional information on the spatial intermolecular correlations underlying the IR spectrum of the liquid. Although...
Rok 1999
-
Volumes of N,N-dimethylacetamide solvated metal cations. Variation within the manganese(II) to zinc(II) series
PublikacjaDensities and apparent molar volumes for Mn(ClO4)2,Co(ClO4)2 , Ni(ClO4)2,Cu(ClO4)2 , and Zn(ClO4)2 in N, N -dimethylacetamide (DMA) solutions at T = 298.15 K are reported. Densities and apparent molar volumes of tetrabutylammonium tetraphenylborate...
Rok 2012
-
Volumetric and acoustic properties of D-mannitol in aqueous sodium or magnesium(II) chloride solutions over temperature range of 293.15 to 313.15 K
PublikacjaWykorzystując zmierzone wartości gęstości oraz prędkości rozchodzenia się dźwięku wyznaczono pozorne objętości molowe i pozorne ściśliwości molowe D- mannitolu w (1, 5 i 10) % wodnych roztworach chlorku sodu oraz chlorku magnezu(II). Obliczono graniczne wartości pozornych wielkości molowych, odpowiednie funkcje przeniesienia oraz współczynniki rozszerzalności. Otrzymane wielkości powiązano z oddziaływaniami D-mannitol -sól (NaCl...
-
Why the solvation water around proteins is more dense than bulk water
PublikacjaThe main aim of this work is to propose a rational explanation of commonly observed phenomenon of increasing water density within solvation shell of proteins. We have observed that geometry of the water-water hydrogen bond network within solvation layer differs from the one in bulk water and it is the effect of interactions of water molecules with protein surface. Altered geometry of the network reflects changes in the structure...
-
Why the Solvation Water around Proteins Is More Dense than Bulk Water
PublikacjaThe main aim of this work is to propose a rational explanation of the commonly observed phenomenon of increasing water density within solvation shell of proteins. We have observed that the geometry of the water–water hydrogen bond network within solvation layer differs from the one in bulk water, and it is the result of interactions of water molecules with protein surface. Altered geometry of the network reflects changes in the...
Rok 2013
-
Volumetric properties of zinc(II) chloride in N,N-dimethylacetamide and dimethylsulfoxide
PublikacjaW oparciu o pomiary gęstości szeregu równomolarnych mieszanin soli Zn(ClO4)2 -ZnCl2 wyznaczono pozorne objętości molowe kompleksów powstających podczas kompleksowania jonów cynku jonami chlorkowymi w dimetylosulfotlenku i N,N-dimetyloacetamidzie w 298.15 K. Uzyskane wyniki jednoznacznie wskazują na to, że w N,N-dimetyloacetamidzie wszystkie kompleksy chlorkowe jonów cynku(II) są czterokoordynacyjne. W dimetlosulfotlenku natomiast...
Rok 2016
-
Water-mediated influence of a crowded environment on internal vibrations of a protein molecule
PublikacjaThe influence of crowding on the protein inner dynamics is examined by putting a single protein molecule close to one or two neighboring protein molecules. The presence of additional molecules influences the amplitudes of protein fluctuations. Also, a weak dynamical coupling of collective velocities of surface atoms of proteins separated by a layer of water is detected. The possible mechanisms of these phenomena are described....
Rok 2015
-
Water-mediated long-range interactions between the internal vibrations of remote proteins
PublikacjaIt is generally acknowledged that the mobility of protein atoms and the mobility of water molecules in the solvation layer are connected. In this article, we answer the question whether a similar interdependence exists between the motions of atoms of proteins separated by the hydration layers of variable thickness. The system consisted of a kinesin catalytic domain and a tubulin dimer. It was studied using molecular dynamics simulations....
-
Wykorzystanie cieczy jonowych jako materiałów sorpcyjnych w technice mikroekstrakcji do fazy stacjonarnej
PublikacjaW rozprawie doktorskiej przedstawiono podsumowanie wyników badań prowadzonych w okresie od 2011 do 2015 roku w ramach studium doktoranckiego. Prowadzone prace były ukierunkowane na sprawdzenie możliwości wykorzystania cieczy jonowych jako składników materiałów sorpcyjnych do pokrycia włókna ekstrakcyjnego w urządzeniu do SPME.
Rok 2024
-
Why Are Left-Handed G-Quadruplexes Scarce?
PublikacjaG-quadruplexes (G4s) are nucleic acid structures crucial for the regulation of gene expression and genome maintenance. While they hold promise as nanodevice components, achieving desired G4 folds requires understanding the interplay between stability and structural properties, like helicity. Although right-handed G4 structures dominate the experimental data, the molecular basis for this preference over left-handed helicity is unclear....
Rok 2019
-
Why do G-quadruplexes dimerize through the 5’-ends? Driving forces for G4 DNA dimerization examined in atomic detail
PublikacjaG-quadruplexes (G4) are secondary structures formed by guanine-rich nucleic acid sequences and shown to exist in living cells where they participate in regulation of gene expression and chromosome maintenance. G-quadruplexes with solvent-exposed guanine tetrads show the tendency to associate together through cofacial stacking, which may be important for packaging of G4-forming sequences and allows for the design of higher-order...
-
Why is the cubic structure preferred in newly formed ice?
PublikacjaMolecular dynamics was employed to explain the preference for the cubic structure in newly formed crystals of ice. The results showed that in supercooled liquid water the molecules connected by hydrogen bonds are more likely to adopt relative orientations similar to the ones characteristic for cubic ice. The observed preference for certain relative orientations of molecules in the hydrogen-bonded pairs results in the higher probability...
Rok 2022
-
Wpływ oddziaływań sfer hydratacyjnych białek i osmolitów na stabilność białek w roztworze
PublikacjaZjawisko zwijania białek w roztworach osmolitów jest intensywnie badane od wielu lat. Wciąż jednak nie ma zgodności co do mechanizmu stabilizacji/destabilizacji białek. Celem niniejszej pracy było poznanie mechanizmu wpływu osmolitów na stabilność białek. W tym aspekcie przeprowadzone badania były ukierunkowane na poznanie wpływu osmolitów na sferę hydratacyjną białka. W niniejszej pracy zbadałem wpływ przedstawiciela osmolitów...
Rok 2018
-
Wpływ osmolitów na stabilność białek w oparciu o metodę dynamiki molekularnej
PublikacjaCelem niniejszej pracy było zbadanie molekularnego mechanizmu wpływu biologicznie znaczących związków, tzw. osmolitów na stabilność białek. Aby zweryfikować istniejące hipotezy i dostarczyć spójnego obrazu działania osmolitów na poziomie molekularnym, wykorzystano metodę dynamiki molekularnej do zasymulowania mechanicznej denaturacji modelowych białek – lizozymu i ubikwityny. W tym podejściu odtworzony został efekt stabilizujący...