Filters
total: 2323
-
Catalog
- Publications 1789 available results
- Journals 39 available results
- Conferences 16 available results
- People 49 available results
- Inventions 11 available results
- Projects 11 available results
- Laboratories 1 available results
- Research Teams 2 available results
- e-Learning Courses 29 available results
- Open Research Data 376 available results
displaying 1000 best results Help
Search results for: DNA–PROTEIN RECOGNITION
-
Mechanism of recognition of parallel G-quadruplexes by DEAH/RHAU helicase DHX36 explored by molecular dynamics simulations
PublicationBecause of high stability and slow unfolding rates of G-quadruplexes (G4), cells have evolved specialized helicases that disrupt these non-canonical DNA and RNA structures in an ATP-dependent manner. One example is DHX36, a DEAH-box helicase, which participates in gene expression and replication by recognizing and unwinding parallel G4s. Here, we studied the molecular basis for the high affinity and specificity of DHX36 for parallel-type...
-
Role of the disulfide bond in stabilizing and folding of the fimbrial protein DraE from uropathogenic Escherichia coli
PublicationDr fimbriae are homopolymeric adhesive organelles of uropathogenic Escherichia coli composed of DraE subunits, responsible for the attachment to host cells. These structures are characterized by enormously high stability resulting from the structural properties of an Ig-like fold of DraE. One feature of DraE and other fimbrial subunits that makes them peculiar among Ig-like domain-containing proteins is a conserved disulfide bond...
-
Decisional DNA for modeling and reuse of experiential clinical assessments in breast cancer diagnosis and treatment
PublicationClinical Decision Support Systems (CDSS) are active knowledge resources that use patient data to generate case specific advice. The fast pace of change of clinical knowledge imposes to CDSS the continuous update of the domain knowledge and decision criteria. Traditional approaches require costly tedious manual maintenance of the CDSS knowledge bases and repositories. Often, such an effort cannot be assumed by medical teams, hence...
-
Symulacja zjawiska stopniowego wypierania zagłębionego rurociągu podmorskiego z dna w wyniku cyklicznego obciążenia hydrodynamicznego.
PublicationGeneracja cyklicznej siły wyporu hydrodynamicznego, działającej na rurociąg podmorski zagłębiony w dnie i spowodowanej oddziaływaniem falowania powierzchniowego na dno morskie. Wyniki badań laboratoryjnych, w małej skali, stopniowego wypierania rurociągu z podłoża gruntowego w kierunku powierzchni dna. Próba numerycznego symulowania procesu pionowego przemieszczania się rurociągu w gruncie, z wykorzystaniem metody elementów rozdzielnych.
-
A bifunctional chimeric protein consisting of MutS and beta-galactosidase
Publication -
Effect of increased protein intake on the risk of female infertility
Publication -
Electrosynthesis of potato starch–whey protein isolate complexes
Publication -
The protein folding problem: global optimization of force fields
Publication -
Lipid-protein interactions in membranes: a molecular modelling study
Publication -
The SERRATE protein is involved in alternative splicing in Arabidopsis thaliana
Publication -
The SERRATE protein is involved in alternative splicing in Arabidopsis thaliana
Publication -
Role of Oligosaccharide Chain Polarity in Protein–Glycosaminoglycan Interactions
Publication -
Copper containing protein sites - structure, properties and models
PublicationEnzymy organizmów żywych katalizują wiele reakcji stosowanych w przemyśle chemicznym. Przykładem potencjalnego zastosowania enzymu w produkcji jest synteza L-Dopy przy udziale tyrozynazy. Ze względu na możliwe praktyczne zastosowanie w katalizie, otrzymano i opisano wiele prostych modeli miejsc aktywnych enzymów. W artykule opisano niektóre modele białek zawierających miedź.
-
Characterization of exceptionally thermostable single-stranded DNA-binding proteins from Thermotoga maritima and Thermotoga neapolitana
PublicationBACKGROUND: In recent years, there has been an increasing interest in SSBs because they find numerous applications in diverse molecular biology and analytical methods.RESULTS: We report the characterization of single-stranded DNA binding proteins (SSBs) from the thermophilic bacteria Thermotoga maritima (TmaSSB) and Thermotoga neapolitana (TneSSB). They are the smallest known bacterial SSB proteins, consisting of 141 and 142 amino...
-
Preparation and characterization of dummy-template molecularly imprinted polymers as potential sorbents for the recognition of selected polybrominated diphenyl ethers
PublicationThe main aim of this work was to conduct the preliminary/basic research concerning the preparation process of a new dummy molecularly imprinted polymer (DMIP) materials. Developed DMIPs were proposed as a sorption material in solid-phase extraction (SPE) technique for recognition of selected low mass polybrominated diphenyl ethers (PBDEs) e PBDE-47 and PBDE-99. Four new DMIPs were synthesized employing bulky polymerization technique...
-
Influence of Polymorphisms in DNA Repair GenesXPD, XRCC1andMGMTon DNA Damage Induced by Gamma Radiation and its Repair in LymphocytesIn Vitro
Publication -
Support Product Development Framework by Means of Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and Decisional DNA
PublicationIn this paper, we propose a framework to support product development activi-ties by utilizing Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and Decisional DNA (DDNA). This idea will provide a new direction to researchers working on product development, especially designers and manufacturers. They will be working on the same platform and this will be reducing their communication gap. Once the final idea is perceived about product...
-
DNA methylation as a mediator of HLA-DRB1*15:01 and a protective variant in multiple sclerosis
PublicationThe human leukocyte antigen (HLA) haplotype DRB1*15:01 is the major risk factor for multiple sclerosis (MS). Here, we find that DRB1*15:01 is hypomethylated and predominantly expressed in monocytes among carriers of DRB1*15:01. A differentially methylated region (DMR) encompassing HLA-DRB1 exon 2 is particularly affected and displays methylation-sensitive regulatory properties in vitro. Causal inference and Mendelian randomization...
-
c-Myc Protein Level Affected by Unsymmetrical Bisacridines Influences Apoptosis and Senescence Induced in HCT116 Colorectal and H460 Lung Cancer Cells
PublicationUnsymmetrical bisacridines (UAs) are highly active antitumor compounds. They contain in their structure the drugs previously synthesized in our Department: C-1311 and C-1748. UAs exhibit different properties than their monomer components. They do not intercalate to dsDNA but stabilize the G-quadruplex structures, particularly those of the MYC and KRAS genes. Since MYC and KRAS are often mutated and constitutively expressed in cancer...
-
Mechanism for Damage to DNA by Low-Energy Electrons
Publication -
Targeting DNA Topoisomerase II in Antifungal Chemotherapy.
PublicationTopoisomerase inhibitors have been in use clinically for the treatment of several diseases for decades. Although those enzymes are significant molecular targets in antibacterial and anticancer chemotherapy very little is known about the possibilities to target fungal topoisomerase II (topo II). Raising concern for the fungal infections, lack of effective drugs and a phenomenon of multidrug resistance underlie a strong need to expand...
-
Testing a Variety of Features for Music Mood Recognition. Testowanie zestawu parametrów w celu rozpoznawania nastroju w muzyce
PublicationMusic collections are organized in a very different way depending on a target, number of songs or a distribution method, etc. One of the high-level feature, which can be useful and intuitive for listeners, is “mood”. Even if it seems to be the easiest way to describe music for people who are non-experts, it is very difficult to find the exact correlation between physical features and perceived impressions. The paper presents experiments...
-
Decisional DNA (DDNA) Based Machine Monitoring and Total Productive Maintenance in Industry 4.0 Framework
PublicationThe entire manufacturing spectrum is transforming with the advent of Industry 4.0. The features of Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and Decisional DNA (DDNA) were utilized for developing Virtual Engineering Objects (VEO), Virtual Engineering Process (VEP) and Virtual Engineering Factory (VEF), which in turn facilitate the creation of smart factories. In this study, DDNA based Machine Monitoring for Total Maintenance...
-
Mitochondrial DNA copy number and trimethylamine levels in the blood: New insights on cardiovascular disease biomarkers
PublicationAmong cardiovascular disease (CVD) biomarkers, the mitochondrial DNA copy number (mtDNAcn) is a promising candidate. A growing attention has been also dedicated to trimethylamine-N-oxide (TMAO), an oxidative derivative of the gut metabolite trimethylamine (TMA). With the aim to identify biomarkers predictive of CVD, we investigated TMA, TMAO, and mtDNAcn in a population of 389 coronary artery disease...
-
Long-range, water-mediated interaction between a moderately active antifreeze protein molecule and the surface of ice
PublicationUsing molecular dynamics simulations, we show that a molecule of moderately active antifreeze protein (type III AFP, QAE HPLC-12 isoform) is able to interact with ice in an indirect manner. This interaction occurs between the ice binding site (IBS) of the AFP III molecule and the surface of ice, and it is mediated by liquid water which separates these surfaces. As a result, the AFP III molecule positions itself at a specific orientation...
-
Monocyte Chemoattractant Protein-Induced Protein 1 (MCPIP1) Enhances Angiogenic and Cardiomyogenic Potential of Murine Bone Marrow-Derived Mesenchymal Stem Cells
Publication -
Optical method supported by machine learning for dynamics of C‐reactive protein concentrations changes detection in biological matrix samples
PublicationIn this article we present the novel spectroscopy method supported with machine learning for real-time detection of infectious agents in wastewater. In the case of infectious diseases, wastewater monitoring can be used to detect the presence of inflammation biomarkers, such as the proposed C-reactive protein, for monitoring inflammatory conditions and mass screening during epidemics for early detection in communities of concern,...
-
Szczepionki DNA i antygeny rekombinantowe w prewencji zarażeń Toxoplasma gondii - aktualny stan badań
PublicationToksoplazmoza wywoływana przez wewnątrzkomórkowego pasożyta Toxoplasma gondii jest jedną z najbardziej rozpowszechnionych odzwierzęcych chorób na świecie o bardzo dużym znaczeniu medycznym. Stanowi ponadto bardzo poważny problem weterynaryjny, ponieważ jest główną przyczyną strat reprodukcyjnych w hodowli zwierząt (głównie owiec). Z tego względu bardzo ważne są prace dotyczące konstrukcji i opracowania nowych, skutecznych i tanich...
-
Versatile method employing basic techniques of genetic engineering to study the ability of low molecular weight compounds to bind covalently with DNA in cell free systems.
PublicationMechanizm działania większości leków przeciwnowotworowych oraz związków rakotwórczych polega na ich kowalencyjnym wiązaniu z DNA. Poziom tego wiązania jest zazwyczaj bardzo niski, co powoduje, że potrzebne są niezwykle czułe metody aby kowalencyjna modyfikacja mogła być w ogóle wykryta. My podjęliśmy próbę zastosowania w tym celu prostych, szybkich i sprawdzonych technik inżynierii genetycznej: metody PCR do uzyskania fragmentu...
-
Combined Single Neuron Unit Activity and Local Field Potential Oscillations in a Human Visual Recognition Memory Task
PublicationGOAL: Activities of neuronal networks range from action potential firing of individual neurons, coordinated oscillations of local neuronal assemblies, and distributed neural populations. Here, we describe recordings using hybrid electrodes, containing both micro- and clinical macroelectrodes, to simultaneously sample both large-scale network oscillations and single neuron spiking activity in the medial temporal lobe structures...
-
The influence of G2 arrest abrogation on the long-term cytotoxicity of different genotoxic lesions
PublicationJak się uważa, zdolność komórek nowotworowych z uszkodzeniami DNA do zatrzymywania progresji w cyklu komórkowym w fazie G2 wydłuża czas na reperację tych uszkodzeń i zwiększa zdolność do przeżycia tych komórek. W pracy badaliśmy wpływ skrócenia bloku w fazie G2 w komórkach dwóch typów białaczek, poddanych działaniu związków przeciwnowotworowych indukujących różne typy uszkodzeń DNA, na efekt cytotoksyczny tych związków. Zwiększenie...
-
A New Double Digestion Ligation Mediated Suppression PCR Method for Simultaneous Bacteria DNA-Typing and Confirmation of Species: An Acinetobacter sp. Model
PublicationWe have designed a new ddLMS PCR (double digestion Ligation Mediated Suppression PCR) method based on restriction site polymorphism upstream from the specific target sequence for the simultaneous identification and differentiation of bacterial strains. The ddLMS PCR combines a simple PCR used for species or genus identification and the LM PCR strategy for strain differentiation. The bacterial identification is confirmed in the...
-
Modulation of cellular response to anticancer treatment by caffeine:inhibition of cell cycle checkpoints, DNA repair and more
PublicationKofeina i inne metyloksantyny wywołują bardzo różne efekty fizjologiczne w organizmie człowieka. W pracy przedstawiamy, które z tych efektów mogą wpływać na skuteczność terapii przeciwnowotworowych. Kofeina może bezpośrednio wpływać na transport oraz aktywację metaboliczną cząsteczek leków do komórki, poprzez tworzenie kompleksów z lekami zawierającymi układy poliaromatyczne. Kofeina hamuje aktywność kinaz ATM/ATR co prowadzi do...
-
Usefulness of the PCR technique for bacterial DNA detection in blood of the patients after ''oppened heart'' operations.
PublicationOperacje kardiochirurgiczne w krążeniu pozaustrojowym (KPU) poprzez ogromny uraz, powodowanie występowania zaburzeń odporności oraz uszkodzenie barier anatomicznych stwarzają sytuację wybitnie sprzyjającą rozwojowi powikłań infekcyjnych u tych chorych. Prowadzenie terapii antybiotykowej profilaktycznej i leczniczej, a także selektywna dekontaminacja przewodu pokarmowego może utrudniać i przedłużać czas rozpoznania obecności bakterii...
-
DNA RESEARCH
Journals -
Dangerous sound event recognition using Support Vector Machine classifiers
PublicationA method of recognizing events connected to danger based on their acoustic representation through Support Vector Machine classification is presented. The method proposed is particularly useful in an automatic surveillance system. The set of 28 parameters used in the classifier consists of dedicated parameters and MPEG-7 features. Methods for parameter calculation are presented, as well as a design of SVM model used for classification....
-
Verification of the Parameterization Methods in the Context of Automatic Recognition of Sounds Related to Danger
PublicationW artykule opisano aplikację, która automatycznie wykrywa zdarzenia dźwiękowe takie jak: rozbita szyba, wystrzał, wybuch i krzyk. Opisany system składa się z bloku parametryzacji i klasyfikatora. W artykule dokonano porównania parametrów dedykowanych dla tego zastosowania oraz standardowych deskryptorów MPEG-7. Porównano też dwa klasyfikatory: Jeden oparty o Percetron (sieci neuronowe) i drugi oparty o Maszynę wektorów wspierających....
-
Recognition Of Colours And Collision Avoidance In Robotics Using Optical Fiber Sensors
Publication -
Recognition of two-phase flow patterns with the use of dynamic image analysis
Publication -
Automatic singing voice recognition employing neural networks and rough sets
PublicationCelem prac opisanych w referacie jest automatyczne rozpoznawanie głosów śpiewaczych. Do tego celu utworzona została baza nagrań próbek śpiewu profesjonalnego i amatorskiego. Próbki poddane zostały parametryzacji parametrami zaproponowanymi przez autorów ściśle do tego celu. Sposób wyznaczenia parametrów i ich interpretacja fizyczna przedstawione są w referacie. Parametry wprowadzane są do systemów decyzyjnych, klasyfikatorów opartych...
-
Optical recognition elements. Macrocyclic imidazole chromoionophores entrapped in silica xerogel
PublicationNowe chromojonofory zawierające fragment eteru koronowego i resztę azolu zostały unieruchomione w krzemionkowej matrycy żelowej metodą zol-żel i zbadane jako optyczne elementy rozpoznające kationy Li+,Cs+, Cu2+. Elementy optyczne oparte na 21-członowych pochodnych imidazolu i 4-metyloimidazolu rozpoznawały jony Li+ w roztworze wodnym. Wyznaczono parametry g i A na podstawie badań EPR dla kompleksów 18-członowej i 21-członowej pochodnej...
-
Noise Scattering Patterns Method for Recognition of RTS Noise in Semiconductor Components
PublicationOpisano nową metodę identyfikacji i wizualizacji szumów RTS. Metoda ta oparta na graficznym przedstawieniu przebiegu szumowego jest szczególnie użyteczna do szybkiej selekcji elektronicznych elementów półprzewodnikowych. Przedstawiono także rezultaty filtacji medianowej szumu zawierającego składową RTS. Filtrację medianową zastosowano do poprawienia obrazu szumu uzyskanego w wyniku zastosowania metody NSP.
-
Anion recognition by α-arylazo-N-confused calix[4]pyrroles
PublicationZsyntezowano nowe azowe pochodne N-odwróconych kaliks[4]piroli na drodze sprzęgania z różnymi solami arylodiazoniowymi. Zbadano zdolność kompleksowania anionów w chlorku metylenu oraz w acetonitrylu przez otrzymane związki z zastosowaniem spektrofotometrii UV-Vis.
-
A Chemical Recognition Element for Lithium Ions Based on Optical Electronic Absorption.
PublicationOtrzymano próbki kserożeli techniką zol-żel. Otrzymane materiały zastosowano do konstrukcji czujników optycznych. Rolę elementu rozpoznającego w uzyskanych próbkach pełnią chromogeniczne etery koronowe zawierające w makro pierścieniu dwie grupy azowe oraz resztę fenolu. W obecności soli metali I grupy układ u okresowego obserwowano zmiany w widmach absorpcyjnych. Dla matrycy zawierającej jako materiał czujnikowy 21-członową...
-
Neural Network Application for Recognition of Geometry Degradation of Power Cycle Components
PublicationPrzedyskutowano problem rozpoznawania degradacji geometrycznej. Skuteczne zastosowanie wybranego typu sieci neuronowej (SSN) jest prezentowane w referacie. SSN wykrywająca typy degradacji geometrycznej wykazała wysoką jakość. Pokazano pewną możliwość ekstrapolacji takich SSN. Pokazano możliwość wykrywania typów degradacji geometrycznej nawet w przypadku pozyskiwania niepełnych danych pomiarowych.
-
On the possibility of molecular recognition of taste substances studied by Gabor analysis of oscillations
PublicationBadano wpływ substancji odpowiedzialnych za wrażenia smakowe należące do czterech klas smaku (słodki, słony, gorzki i kwaśny) na charakterystyki oscylacyjne w nitrometanowym oscylatorze zawierającym kationowy surfaktant: chlorek benzylodimetylotetradecyloamoniowy. Zapropnowano nowe podejście oparte o transformację Gabora za pomocą której otrzymano widma mocy dla posczególnych układów. Wykazano, że dwuwymiarowa forma tych widm może...
-
Musical phrase representation and recognition by means of neural networks and rough sets.
PublicationW artykule przedstawiono podstawowe definicje dotyczące frazy muzycznej. W eksperymentach posłużono się zapisem parametrycznym. W celu wzmocnienia procesu rozpoznawania wykorzystano kodowanie entropijne muzyki. W eksperymentach klasyfikacji oparto się o sztuczne sieci neuronowe i metodę zbiorów przybliżonych. Słowa kluczowe: fraza muzyczna, klasyfikacja, sztuczne sieci neuronowe, metoda zbiorów przybliżonych
-
Bass Enhancement Settings in Portable Devices Based on Music Genre Recognition
PublicationThe paper presents a novel approach to the Virtual Bass Synthesis (VBS) applied to mobile devices, called Smart VBS (SVBS). The proposed algorithm uses an intelligent, rule-based setting of bass synthesis parameters adjusted to the particular music genre. Harmonic generation is based on a nonlinear device (NLD) method with the intelligent controlling system adapting to the recognized music genre. To automatically classify music...
-
High frequency oscillations are associated with cognitive processing in human recognition memory
PublicationHigh frequency oscillations are associated with normal brain function, but also increasingly recognized as potential biomarkers of the epileptogenic brain. Their role in human cognition has been predominantly studied in classical gamma frequencies (30-100 Hz), which reflect neuronal network coordination involved in attention, learning and memory. Invasive brain recordings in animals and humans demonstrate that physiological oscillations...
-
Dipole-driven dynamics for near-threshold electron/positron interactions with pyrimidinic DNA bases: a path to compound formations
PublicationCalculations are reported for electron and positron scattering from isolated cytosine and thymine, where the two pyrimidinic single-ring DNA bases, in the gas-phase at energies near the elastic threshold, they reveal the special features of the dipole-driven scattering states. All molecules examined exhibit, in fact, supercritical (>1.67 D) permanent dipoles which can therefore also support, below threshold, excited bound compound...