Search
Filters
total: 682
-
Catalog
- Publications 555 available results
- People 23 available results
- Inventions 9 available results
- Projects 2 available results
- Laboratories 2 available results
- Research Teams 1 available results
- Research Equipment 1 available results
- e-Learning Courses 50 available results
- Events 1 available results
- Open Research Data 38 available results
Search results for: SUPRESJA REAKCJI PCR
-
Real-Time PCR: molecular technique of many applications
PublicationReal-Time PCR is a sensitive DNA amplification technique initially applied in genetics and molecular biology. It enables in vivo copying of the selected DNA fragment (flanked by two primers) by the thermostable polymerase (in the presence of magnesium ions and deoxynucleotide triphosphates) and simultaneous measurement of the fluorescence. For one or more specific sequences in a DNA sample, real-time PCR enables both detection...
-
Detection of sulfonamide resistance genes via in situ PCR-FISH
PublicationDue to the rising use of antibiotics and as a consequence of their concentration in the environment an increasing number of antibiotic resistant bacteria is observed. The phenomenon has a hazardous impact on human and animal life. Sulfamethoxazole is one of the sulfonamides commonly detected in surface waters and soil. The aim of the study was to detect sulfamethoxazole resistance genes in activated sludge biocenosis by use of...
-
A simple modification of PCR thermal profile applied to evade persisting contamination
PublicationThe polymerase chain reaction (PCR), one of the most commonly applied methods of diagnostics and molecular biology has a frustrating downside known as the false positive signal or contamination. Several solutions to avoid and to eliminate PCR contaminations have been worked out to date but the implementation of these solutions to laboratory practice may be laborious and time consuming. A simple approach to circumvent the problem...
-
Principles and applications of Ligation Mediated PCR methods for DNA-based typing of microbial organisms
PublicationA significant number of DNA-based techniques has been introduced into the field of microorganisms’ characterization and taxonomy. These genomic fingerprinting methods were developed to detect DNA sequence polymorphisms by using general principles, such as restriction endonuclease analysis, molecular hybridization, and PCR amplification. In recent years, some alternative techniques based on ligation of oligonucleotide adapters before...
-
Theoretical study of the energetics of the reactions of triplet dioxygen with hydroquinone, semiquinone, and their protonated forms: relation to the mechanism of superoxide generation in the respiratory chain = Badanie teoretyczne energii z energii reakcji dioksygenu potrójnego z wodorem, półkiną i ich formami protony: relacja z mechanizmem wytwarzania supertlenku w łańcuchu oddechowym
PublicationW pracy prezentujemy wyniki obliczeń kwantowych ab initio i półempirycznych energetyki reakcji redukcji jednoelektronowej tlenu trypletowego. Zaproponowaliśmy cztery możliwe mechanizmy redukcji i przeprowadziliśmy obliczenia kwantowe. Z obliczeń wynika, że najprawdopodobniejszy mechanizm reakcji wiedzie poprzez przeniesienie elektronu z anionu hydrochinonu po deprotonacji lub też z rodnika semichinonowego na tlen cząsteczkowy,...
-
Problem reakcji krzyżowych w immunodiagnostyce na przykładzie neosporozy i toksoplazmozy
PublicationW niniejszej pracy przedstawiono problem reakcji krzyżowych występujących w immunodiagnostyce chorób zakaźnych. Zagadnienie opisano szerzej na przykładzie dwóch blisko spokrewnionych pasożytów należących do typu Apicomplexa - Neospora caninum i Toxoplasma gondii. Zaprezentowano także, sposoby ulepszania testów wykorzystywanych w diagnostyce neosporozy i toksoplazmozy u zwierząt.
-
STRATEGIA DOBORU PROCESU PRODUKCYJNEGO WG. REAKCJI NA ZAMÓWIENIA KLIENTA
PublicationW opracowaniu poruszono zagadnienie doboru strategii wytwarzania w zakresie procesu produkcyjnego. W ramach tego zagadnienia dokonano podziału procesów produkcyjnych wg różnych kryteriów. Skupiano się na podziale procesów wg. reakcji na zamówienia klienta. Przedstawiono pokrótce najistotniejsze cechy charakteryzujące tego typu procesy. By móc określić strategię w zakresie procesu produkcyjnego zestawiono kryteria wyboru procesu...
-
Właściwości elektrochemicznego czujnika NO2 wykorzystującego kinetykę reakcji na bazie Lisiconu.
PublicationW pracy przedstawiono badania elektrochemiznego czujnika gazów wykorzystującego kinetykę reakcji chemicznej. Czujnik wykonany został w technologii grubowarstwowej. Warstwę czynną stanowił elektrolit na bazie Lisiconu. Pomiary prowadzone były w mieszaninach syntetycznego powietrza i dwutlenku azotu o kontrolowanym składzie. Odpowiedź prądowo-napięciowa czujnika zależy od koncentracji NO2. Pokazano wpływ temperatury na właściwości...
-
Chiralne katalizatory tiomocznikowe w reakcji stereoselektywnego alkilowania związków heteroaromatycznych
PublicationNiniejsza praca doktorska podzielona jest na trzy zasadnicze części: wstęp teoretyczny, badania własne oraz część eksperymentalną. Studium literaturowe obejmuje przegląd doniesień z ostatnich lat z dziedziny organokatalizy niekowalenycjnej. Zaprezentowano zakres zastosowań organokatalizatorów tiomocznikowych jednofunkcyjnych i dwufunkcyjnych z uwzględnieniem ograniczeń w strukturze reagentów, roli dodatków katalitycznych i mechanizmu...
-
On the reaction of bis(phosphothioyl)disulfanes with hydroxamic acids, part I: Ionic versus radical reaction pathways
PublicationReaktywność disulfanów bisfosforotiowych jest mało poznana. Wiadomo, że wykazują one aktywność pestycydową związaną z inhibicją acetylocholinesterazy. Z kolei, kwasy hydroksamowe stosuje się jako efektywne środki do detoksykacji trucizn fosforoorganicznych. Zbadano reakcje soli kwasów benzohydroksamowych z elektrofilowymi disulfanami bisfosfonotiowymi. Badania prowadzono z użyciem disulfanów bisfosforo-, bisfosfono- i bisfosfinotiowych....
-
Wpływ parametrów reakcji acydolizy na stopień wbudowania się kwasu kaprylowego w triacyloglicerole oleju rzepakowego.
PublicationBadano wpływ wybranych parametrów enzymatycznej acydolizy na stopień wbudowywania się kwasu kaprylowego w cząsteczki oleju rzepakowego. Zmieniano stosunki molowe reagentów, czas reakcji, ilośc wody w preparacie enzymatycznym, środowisko reakcji. Stwierdzono, że najkorzystniejsze warunki wbudowywania się tego kwasu w cząsteczki TAG były przy następujących parametrach: zawartość wody w preparacie enzymatycznym - 10%; stosunek molowy...
-
Opracowanie zestawu diagnostycznego do genetycznego typowania szczepów bakteryjnych metodą PCR MP
PublicationOmówiono etapy tworzenia zestawu diagnostycznego przeznaczonego do genetycznego typowania szczepów bakteryjnych wykorzystującego procedurę PCR MP (PCR Melting Profiles). Dokonano optymalizacji warunków i walidacji metody w celu przystosowania jej do potrzeb epidemiologicznej oceny zakażeń szpitalnych. Opracowany zestaw stwarza możliwości zastosowania go w laboratoriach prowadzących rutynowo badania diagnostyczne.
-
Wpływ podstawowych parametrów reakcji estryfikacji 1,2-propanodiolu kwasem palmitynowym na zawartość monopalmitoilopropanodioli w mieszaninach poreakcyjnych
PublicationZbadano wpływ proporcji molowych substratów reakcji oraz temperatury i czasu reakcji na zawartość monopalmitoilopropanodioli w mieszaninach poreakcyjnych.
-
New PCR test for detection of Candida glabrata based on the molecular target chosen by the RAPD technique
PublicationRapid, reliable diagnosis is a necessary condition for the successful treatment of infections. Such diagnostic assays are continually being developed. #e paper presents a method for selecting the molecular target for PCR-based diagnostics based on the comparison of RAPD patterns. A sequence encoding Candida glabrata CBS138 hypothetical protein was selected. The limit of detection for PCR and real-time PCR reactions with DNA extracted...
-
Evaluation of possibilities of genotyping of Candida glabrata clinical isolates with RAPD-PCR method and microsatellite analysis
PublicationThe aim of the study was to compare the discriminatory power of RAPD-PCR method using RSD10 primer and microsatellite (GACA)4 analysis for genotyping clinical isolates of C. glabrata. Isolates were received from patients of two Polish hospitals: Children's Memorial Health Institute in Warsaw (n=17) and Medical University of Gdansk (n=37). Species identification was confirmed by two phenotypic methods: growth on chromagar plates...
-
A novel method of spectral analysis of oscillatory Belousov-Zhabotinsky reaction. Nowa metoda analizy spektralnej reakcji oscylacyjnej Biełousowa-Żabotyńskiego.
PublicationPrzedstawiono wstępne wyniki analizy czasowo-częstotliwościowej reakcji Biełousowa-Żabotyńskiego w reaktorze zamkniętym. Do analizy rejestrów potencjałowych reakcji BZ zaproponowano wykorzystanie metody STFT (Short Time Fourier Analysis). Uzyskane spektrogramy wykazały spadek częstotliwości oscylacji wraz z postępem reakcji. Na podstawie analizy trzech składowych harmonicznych badanych rejestrów wykazano ekspotencjalną zmianę...
-
ALIS-FLP: amplified ligation selected fragment-length polymorphism method for microbial genotyping
PublicationA DNA fingerprinting method known as ALIS-FLP (amplified ligation selected fragment-length polymorphism) has been developed for selective and specific amplification of restriction fragments from TspRI restriction endonuclease digested genomic DNA. The method is similar to AFLP, but differs in that only one specific restriction enzyme (TspRI) is used. The cohesive ends of the DNA fragments are ligated with two types of oligonucleotide....
-
Diagnostyka zakażeń Candida spp. oparta o amplifikację DNA techniką PCR
PublicationZakażenia wywoływane przez oportunistyczne grzyby z rodzaju Candida są poważnym problemem klinicznym. Niezbędne jest poszukiwanie nowych szybkich, czułych i pewnych metod do identyfikacji gatunkowej tych drobnoustrojów. W artykule przedstawiono opisane w literaturze metody diagnostyki molekularnej drożdżaków z rodzaju Candida oparte o amplifikację DNA techniką PCR.
-
Real-time PCR approach in dermatophyte detection and Trichophyton rubrum identification
PublicationDermatophytes are keratinophilic molds that infect human hair, nails and skin. Diagnosis of dermatophytosis is based on morphological, serological and biochemical features. However, identification is difficult and laborious due to similarities between microorganisms. Thus, there is considerable interest to develop mycological diagnostic procedures based on molecular biology methods. In this study, fast, two-step DNA extraction...
-
'23/'24 Badanie żywności techniką PCR
e-Learning Courses -
DNA Methylation Changes Induced by Redox-Active Compounds—Choosing the Right PCR-Based Method
PublicationThe impact of catechins on the expression profile of redox-related genes in HT29 cell line has been studied recently by our group using Oxidative Stress RT2 Profiler PCR Array. Within the examined panel of 84 genes, the down-regulation of SRXN1 gene was unique among other up-regulated genes. We hypothesized that the observed down-regulation resulted from DNA methylation and have exploited this observation to choose the proper strategy...
-
A New Double Digestion Ligation Mediated Suppression PCR Method for Simultaneous Bacteria DNA-Typing and Confirmation of Species: An Acinetobacter sp. Model
PublicationWe have designed a new ddLMS PCR (double digestion Ligation Mediated Suppression PCR) method based on restriction site polymorphism upstream from the specific target sequence for the simultaneous identification and differentiation of bacterial strains. The ddLMS PCR combines a simple PCR used for species or genus identification and the LM PCR strategy for strain differentiation. The bacterial identification is confirmed in the...
-
Zakażenia bakteryjne w przewlekłym zapaleniu ucha środkowego - ocena przydatności diagnostyki molekularnej opartej o technikę PCR. Bacterial infection in chronic otitis media - assessment of usefulness of molecular diagnostic based in PCR method.
PublicationIdentyfikacja zakażeń w przewlekłym zapaleniu ucha środkowego jest trudna, o czym świadczą wysokie odsetki ujemnych wyników badań bakteriologicznych. Przyczyną tego jest trudność w uzyskiwaniu wiarygodnego materiału do badań oraz stosunkowo niska czułość klasycznych metod diagnostycznych. Amplifikacja bakteryjnego DNA techniką PCR jest badaniem, które może przyczynić się do zwiększenia efektywności i czułości badań bakteriologicznych....
-
Usefulness of PCR Melting Profile Method for Genotyping Analysis of Klebsiella oxytoca Isolates from Patients of a Single Hospital Unit
PublicationOpracowanie szybkich i prostych metod typowania jest wymagane w celu identyfikacji potencjalnych źródeł zakażenia ludzi drobnoustrojami oportunistycznymi. Klebsiella spp. należą do grupy bakterii oportunistycznych odpowiedzialnych za wzrost liczby wieloopornych zakażeń szpitalnych. Ostatnio pokazaliśmy wysoką różnorodność genetyczną K. oxytoca używając dużej kolekcji szczepów izolowanych przez 50 lat od pacjentów z kilku szpitali...
-
Usefulness of the PCR technique for bacterial DNA detection in blood of the patients after ''oppened heart'' operations.
PublicationOperacje kardiochirurgiczne w krążeniu pozaustrojowym (KPU) poprzez ogromny uraz, powodowanie występowania zaburzeń odporności oraz uszkodzenie barier anatomicznych stwarzają sytuację wybitnie sprzyjającą rozwojowi powikłań infekcyjnych u tych chorych. Prowadzenie terapii antybiotykowej profilaktycznej i leczniczej, a także selektywna dekontaminacja przewodu pokarmowego może utrudniać i przedłużać czas rozpoznania obecności bakterii...
-
The construction and use of a PCR internal control
Publication -
PCR-RFLP assays for species-specific identification of fungi belonging to Scopulariopsis and related genera
PublicationFungi of the Scopulariopsis genus, commonly found in the environment, are opportunistic pathogens that can cause various types of human infections. So far, no efficient molecular method has been developed for species differentiation among Scopulariopsis and related genera. In order to advance this field, we have evaluated performance of polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) assays, based...
-
Problemy analityczne związane a badaniem postępu reakcji lipolizy tłuszczów ogrzewanych
PublicationOkreślano postęp enzymatycznej hydrolizy ogrzewanych i nie ogrzewanych olejów (olej rzepakowy i oleje oliwkowe). W tym celu badano ilość kwasów tłuszczowych uwalnianych z triacylogliceroli w procesie enzymatycznej hydrolizy. Porównywano trzy metody: miareczkową, HPSEC i metodę wagową. Stwierdzono, że w przypadku olejów nie ogrzewanych porównywalne wyniki dawały zarówno metoda wagowa, jak i HPSEC. Metoda ta informowała jednocześnie...
-
Kinetyka reakcji utwardzania eteru diglicydylowego bisfenolu-Amodyfikowanego 2-hydroksyetylometyloakrylanem
PublicationObecnie na świecie zużywa się około 1,3 mln ton żywic epoksydowych rocznie a prognozy wzrostu zapotrzebowania na tę grupę materiałów polimerowych są obiecujące, ze względu na nieskomplikowaną technologię ich wytwarzania. Wiele ośrodków naukowych prowadzi badania w kierunku uzyskania coraz to lepszych parametrów fizyko-chemicznych pozwalających na rozszerzenie spektrum ich zastosowania. Badania te prowadzą również do zmiany w budowie...
-
Katalizatory reakcji elektrochemicznych w tlenkowych ogniwach paliwowych zasilanych biogazem
PublicationJednym z potencjalnych obszarów zastosowań tlenkowych ogniw paliwowych jest energetyka rozproszona, gdzie paliwem mógłby biogaz pochodzący z oczyszczalni ścieków, wysypisk, gospodarstw rolnych. Obecnie stosowane na skalę komercyjną rozwiązania technologiczne uniemożliwiają wykorzystanie paliwa w postaci biogazu m.in. ze względu na niską odporność anody na osadzanie węgla oraz niewystarczającą aktywność katalityczną dla elektrochemicznego...
-
Zagadnienia modelowania procesu produkcji wodoru dla potrzeb energetyki w reakcji dekompozcji metanolu w innowacyjnych reaktorach termokatalitycznych ze stopu Ni3Al
PublicationZagadnienia modelowania procesu produkcji wodoru dla potrzeb energetyki w reakcji dekompozcji metanolu w innowacyjnych reaktorach termokatalitycznych ze stopu Ni3Al
-
Toward better understanding of phosphoryl transfer reaction: the use of phosphoroorganic biocides in research studies
PublicationZamierzeniem autora było nakreślenie potencjalnych kierunków rozwoju badań z wykorzystaniem biocydów fosforoorganicznych (BFO) i związanej z nimi reakcji przeniesienia grupy fosforylowej (reakcja FT). Projektowane są nowe, wysoce selektywne inhibitory enzymów, które w pełni wyjaśniają rolę enzymów w warunkach normalnego funkcjonowania i w procesach patologicznych. Pozwoli to w konsekwencji na wyselekcjonowanie nowych terapeutyków...
-
System do diagnostyki dermatofitowych zakażeń powierzchniowych oparty na technice Real-Time PCR
PublicationDermatofity należą do blisko spokrewnionej grupy grzybów, które wykazują wysokie powinowactwo do skeratynizowanych tkanek. Cecha ta czyni je odpowiedzialnymi za powierzchniowe grzybice skóry, paznokci oraz włosów. Szacuje się, iż nawet do 20% ludzi na całym świecie dotkniętych jest infekcjami powodowanymi przez dermatofity. Ich leczenie wymaga długotrwałego zastosowania leków przeciwgrzybiczych. W celu dobrania odpowiedniego leczenia...
-
The use of a one-step PCR method for the identification of Microsporum canis and Trichophyton mentagrophytes infection of pets
PublicationIntroduction: Dermatophytes are a closely related group of keratinophilic fungi. They encompass important etiological agents of superficial fungal infections. These fungi are able to invade keratinized tissues of humans and animals, causing dermatophytosis (ringworm) of hair, nails or skin. The aim: Traditional diagnostics of ringworm is based on morphological identification of cultured fungi and is time-consuming. Materials and methods:...
-
Analiza chemicznych reakcji oscylacyjnych w łącznej dziedzinie czasu i częstotliwości
Publication.
-
Isolation of Human Progenitor Epidermal Cells on Collagen Type IV and Analysis of Their Markers with Flow Cytometry and PCR Methods
PublicationEpidermal stem cells, located in the skin, together with keratinocytes are transplanted in regenerative therapies, e.g., for the treatment of burns or other wounds. Here, we describe the protocol of their enzymatic isolation from human skin. It includes separation of the epidermis form the dermis by incubation with dispase followed by cell isolation for epidermis by digestion with trypsin. Cell isolated with this method can be...
-
PCR-Based Genotyping of Mycobacterium tuberculosis with New GC-Rich Repeated Sequences and IS6110 Inverted Repeats Used as Primers.
PublicationW pracy przedstawiono nową metodę genotypowania Mycobacterium tuberculosis. Zastosowanie oligonukleotydu Mtb1 5'-CCG-GCG-GGG-CCG-GCG-G lub Mtb2 5'-CGG-CGG-CAA-CGG-CGG-C wraz z oligonukleotydami specyficznymi do terminalnych sekwencji elementu insercyjnego IS6110 pozwala na różnicowanie szczepów Mycobacterium tuberculosis w metodzie PCR. Opracowana metoda może być wykorzystana w badaniach epidemiologicznych gruźlicy.
-
Selective monoprotection of 1,4,7,10-tetraazacyclododecane via direct reactions with 4-nitrophenyl active esters
Publication1,4,7,10-tetraazacyklododekan jest cykliczną tetraaminą. Z chemicznego punktu widzenia wszystkie atomy azotu posiadają takie same właściwości fizykochemiczne. Jedyną różnicę stanowią ich właściwości kwasowo-zasadowe. Cyklen posiada dwa atomy azotu o obniżonej zasadowości. Właściwość ta z powodzeniem wykorzystywana jest w reakcjach jednoczesnej selektywnej substytucji dwóch atomów w pozycji 1 i 7. W przypadku bezpośredniej reakcji...
-
Uwodornienie oleju rzepakowego i sojowego na katalizatorach miedziowych.Cz. 2. Chemizm reakcji.
Publication.
-
Różnicowanie C. albicans i C. dubliniensis w oparciu o polimorfizm genu syntazy homocytrynianowej z wykorzystaniem metody PCR RFLP
PublicationNajczęstszym czynnikiem etiologicznym zakażeń wywołanych przez drożdżaki z rodzaju Candida jest C. albicans. Gatunek ten posiada bardzo zbliżone cechy fenotypowe do C. dubliniensis co często wiąże się z błędną identyfikacją. Skutkuje to wtórnym zakażeniem wywołanym przez współwystepujący gatunek C. dubliniensis, który nabywa oporność na flikonazol stosowany w terapii C. albicans. Celem badań była konstrukcja układu diagnostycznego...
-
Fusion of DNA-binding domain of Pyrococcus furiosus ligase with TaqStoffel DNA polymerase as a useful tool in PCR with difficult targets
PublicationThe DNA coding sequence of TaqStoffel polymer- ase was fused with the DNA-binding domain of Pyrococcus furiosus ligase. The resulting novel recombinant gene was cloned and expressed in E. coli. The recombinant enzyme was purified and its enzymatic features were studied. The fusion protein (PfuDBDlig-TaqS) was found to have enhanced processivity as a result of the conversion of the Taq DNA polymerase from a relatively low processive...
-
Recombinant !ermostable AP Exonuclease from Thermoanaerobacter tengcongensis: Cloning, Expression, Purification, Properties and PCR Application
PublicationApurinic/apyrimidinic (AP) sites in DNA are considered to be highly mutagenic and must be corrected to preserve genetic integrity, especially at high temperatures. !e gene encoding a homologue of AP exonuclease was cloned from the thermophilic anaerobic bacterium Thermoanaerobacter tengcongensis and transformed into Escherichia coli. The protein product showed high identity (80%) to human Ape1 nuclease, whereas to E. coli exonuclease...
-
Motility activity, slime production, biofilm formation and genetic typing by ERIC-PCR for Pseudomonas aeruginosa strains isolated from bovine and other sources (human and environment)
PublicationThe molecular-typing strategy, ERIC-PCR was used in an attempt to determine the genomic relationship of 28 P. aeruginosa strains isolated from faeces of healthy bovine, bovine mastitis and from faeces of hospital patients as well as from environment. ERIC-PCR fingerprinting revealed large molecular differentiation within this group of isolates. Twenty two out of 28 strains tested generated unique patterns of DNA bands and only...
-
Budowa i analiza termiczna glikolizatów otrzymanych w reakcji odpadów poliuretanowych z 1,3-propanodiolem
PublicationW pracy przedstawiono warunki otrzymywania glikolizatów z polieterouretanów i glikolu 1,3-propylowego przy wykorzystaniu KOH jako katalizatora. Scharakteryzowano stabilność termiczną glikolizatów posługując się metodą TG oraz TG-FTIR.
-
Quantification of Plasmid Copy Number with Single Colour Droplet Digital PCR
Publication -
Obliczenia termodynamiczne i kinetyka reakcji katalitycznych dla studentów kierunku ITNE_2021/2022
e-Learning Courses -
Obliczenia termodynamiczne i kinetyka reakcji katalitycznych dla studentów kierunku ITNE_2023/2024
e-Learning Courses -
Obliczenia termodynamiczne i kinetyka reakcji katalitycznych dla kierunku ITNE, 2020/2021
e-Learning Courses -
Uwodornienie oleju rzepakowego i sojowego na katalizatorach miedziowych nowej generacji. Cz. 1. Kinetyka reakcji.
Publication.
-
Detection of Blastocystis hominis in unpreserved stool specimens byusing polymerase chain reaction
PublicationBlastocystis hominis jest pasożytem występującym na całym świecie. Patogenność tego pasożyta nie jest jeszcze w pełni udowodniona, aczkolwiek opisanych jest wiele przypadków, sugerujących, że B. hominis może wywoływać objawy żołądkowo-jelitowe. Wykrywanie tego pasożyta opiera się na bezpośredniej obserwacji mikroskopowej rozmazów i zagęszczonych próbek kału lub rozmazów utrwalonych, jednakże w pewnych przypadkach nie jest to możliwe.Celem...