Search
Search results for: MDPI
-
Korelacja ujemna : publikacje w MDPI a wskaźnik sukcesu w grantach NCN
PublicationCelem niniejszego opracowania jest odpowiedź na pytanie, czy istnieje związek pomiędzy liczbą publikacji w czasopismach wydawnictwa MDPI przypadającą na daną jednostkę naukową, a jej wskaźnikiem sukcesu w konkursach Narodowego Centrum Nauki. W artykule prezentowane są wyniki zestawienia udziału procentowego publikacji MDPI w całkowitej liczbie publikacji danej jednostki naukowej z 2019 r., z jej wskaźnikiem sukcesu w pozyskiwaniu...
-
BC-MPI: running an mpi application on multiple clusters with beesycluster connectivity
PublicationW artykule zaproponowano nowy pakiet BC-MPI, który umożliwiauruchomienie aplikacji MPI na wielu klastrach z różnymi implementacjami MPI. Wykorzystuje dedykowane implementacje MPIdo komunikacji wewnątrz klastrów oraz tryb MPI THREAD MULTIPLE dokomunikacji pomiędzy klastrami w dodatkowych wątkach aplikacji MPI. Ponadto, aplikacja BC-MPI może być automatycznie skompilowanai uruchomiona przez warstwę pośrednią BeesyCluster. BeesyClusterumożliwia...
-
Synthesis of conjugates of MDP and nor-MDP linked to tuftsin derivatives as potential immunomodulators
PublicationZsyntetyzowano nowe koniugaty muramylodipeptydu (MDP) i nor-muramylo-dipeptydu (nor-MDP) z pochodnymi tuftsyny zawierającymi wiązanie izopeptydowe na epsilon-aminowej grupie lizyny jako potencjalne immunomodulatory. Do syntezy wykorzystano metodę mieszanych bezwodników z chloromrówczanem izobutylu i N-metylomorfoliną w bezwodnym DMF. Końcowe produkty charakteryzowno za pomocą NMR, analizy elementarnej i analizy aminokwasowej na...
-
Synthesis of new conjugates of MDP and nor-MDP with retro-tuftsin derivatives as potential immunomodulators
PublicationZsyntetyzowano nowe analogi muramylodipeptydu (MDP) i nor-muramylo-dipeptydu (nor-MDP) z pochodnymi retro-tuftsyny jako potencjalne immunomodulatory. Przedstawiono także syntezę odpowiednich pochodnych retro-tuftsyny. Do syntezy wykorzystano metodę mieszanych bezwodników z chloromrówczanem izobutylu i N-metylomorfoliną w bezwodnym DMF.
-
Checkpointing of Parallel MPI Applications using MPI One-sided API with Support for Byte-addressable Non-volatile RAM
PublicationThe increasing size of computational clusters results in an increasing probability of failures, which in turn requires application checkpointing in order to survive those failures. Traditional checkpointing requires data to be copied from application memory into persistent storage medium, which increases application execution time as it is usually done in a separate step. In this paper we propose to use emerging byte-addressable...
-
Determination of 3,4-methylenedioxy-α-pyrrolidinobutiophenone (MDPB) in blood. A case report
PublicationSynthetic drugs, known as ‘‘legal highs’’, are still very popular on black market. The determination of their composition are required in courts of law and also to understand what potential users may be subjected to. The interest of new cathinones, e.g. MDPBP, is in view of psychoactive effects that they cause and that, in many cases, they are not controlled by law. The case outlined here concerns 19 years-old man, who was found...
-
Performance and Power-Aware Modeling of MPI Applications for Cluster Computing
PublicationThe paper presents modeling of performance and power consumption when running parallel applications on modern cluster-based systems. The model includes basic so-called blocks representing either computations or communication. The latter includes both point-to-point and collective communication. Real measurements were performed using MPI applications and routines run on three different clusters with both Infiniband and Gigabit Ethernet...
-
Towards Easy-to-Use Checkpointing of MPI Applications within CLUSTERIX.
PublicationW literaturze wymienia się wiele bibliotek/systemów zarówno poziomu jądra jak i użytkownika, które wspomagają zapisywanie i odtwarzanie stanu procesów. W odniesieniu do aplikacji równoległych, jest to jednak zadanie cały czas trudne. Praca prezentuje nasze podejście do zapisywania/odtwarzania stanu aplikacji MPI wspomagane przez programistę, które wykorzystane będzie w środowisku projektu CLUSTERIX tj. zintegrowanej grupie klastrów...
-
Object serialization and remote exception pattern for distributed C++/MPI application
PublicationMPI is commonly used standard in development of scientific applications. It focuses on interlanguage operability and is not very well object oriented. The paper proposes a general pattern enabling design of distributed and object oriented applications. It also presents its sample implementations and performance tests.
-
The influence of new MDP and tuftsin analogs on cytokines levels in experimentally induced sepsis
PublicationPrzedstawiono wpływ analogów MDP z tuftsyną na poziom cytokin: TNF(alfa), IL6, IL10, INF(gamma). Wszystkie badane związki działały aktywująco na makrofagi narządowe i niezwykle efektywnie na monocyty krwi obwodowej. Na podstawie otrzymanych wyników można stwierdzić, że badane związki są za słabe by mogły działać jako samodzielne terapeutyki. ich zastosowanie w klinice upatruje się raczej w formie adjuwantów.
-
A Solution to Image Processing with Parallel MPI I/O and Distributed NVRAM Cache
PublicationThe paper presents a new approach to parallel image processing using byte addressable, non-volatile memory (NVRAM). We show that our custom built MPI I/O implementation of selected functions that use a distributed cache that incorporates NVRAMs located in cluster nodes can be used for efficient processing of large images. We demonstrate performance benefits of such a solution compared to a traditional implementation without NVRAM...
-
New user-guided and ckpt-based checkpointing libraries for parallel MPI applications
PublicationPraca prezentuje szczególy projektowe i implementacyjne jak również wyniki wydajnościowe dwóch nowych bibliotek checkpointingu opracowanych przez autorów dla równoległych aplikacji MPI. Pierwsz biblioteka, tzw. user-guided wymaga od programisty dostarczenia funkcji pakujących i rozpakowujących stan procesu, ale dostarcza łatwego w użyciu API z wykorzystaniem stałych MPI. Wykorzystuje funkcje I/O MPI-2 lub dedykowany proces master...
-
MDPI
Publishing Houses -
MDPI
Publishing Houses -
MDPI
Publishing Houses -
Analogues of muramyl dipeptide (MDP) and tuftsin limit infection and inflammation in murine model of sepsis
PublicationBadano koniugaty MDP z tuftsyną oraz pochodną tuftsyny w leczeniu ciężkich infekcji bakteryjnych takich jak posocznica. Oceniano aktywność żerną komórek układu fagocytów jednojądrzastych, wpływ na klirens bakteryjny kluczowych organów wewnętrznych oraz ekspresję genów dla cytokin pro- i antyzapalnych charakterystycznych dla odpowiedzi immunologicznej w posocznicy i indukowanych działaniem analizowanych zwiazków. W badaniach in...
-
Three levels of fail-safe mode in MPI I/O NVRAM distributed cache
PublicationThe paper presents architecture and design of three versions for fail-safe data storage in a distributed cache using NVRAM in cluster nodes. In the first one, cache consistency is assured through additional buffering write requests. The second one is based on additional write log managers running on different nodes. The third one benefits from synchronization with a Parallel File System (PFS) for saving data into a new file which...
-
Portable parallel simulator using MPI for 2D and 3D domains: design and performance testing
PublicationW artykule prezentujemy szczegóły projektowo-implementacyjne naszego modularnego kodu symulacyjnego z wykorzystaniem MPI, w tym nakładaniem obliczeń i komunikacji. Podkreślamy modularność naszej implementacji pozwalającą na łatwą adaptację kodu dla innych zasotosowań. Prezentujemy związek pomiędzy przyspieszeniem obliczeń, rozmiarem i kształtami trójwymiarowych domen z różnymi stosunkami liczby węzłów aktualizowanych przez procesor...
-
Efektywna warstwa pośrednicząca dla obliczeń typu master-slave w środowisku C++/MPI
PublicationPokazano, jak dla wysokowydajnościowego algorytmu pisanego w modelu master-slave w języku C++ i spełniającego pewne ograniczenia można napisać i wykorzystać warstwę komunikacyjną zupełnie oddzielającą kod odpowiedzialny za komunikację od kodu odpowiedzialnego za dzie-dzinę problemową. Przedstawiona zostaje specyfkacja wymagań, jakie powinien spełniać hipotetyczny system rozproszony oraz warstwa komunikacyjna, a także wymagania...
-
Performance Assessment of Using Docker for Selected MPI Applications in a Parallel Environment Based on Commodity Hardware
PublicationIn the paper, we perform detailed performance analysis of three parallel MPI applications run in a parallel environment based on commodity hardware, using Docker and bare-metal configurations. The testbed applications are representative of the most typical parallel processing paradigms: master–slave, geometric Single Program Multiple Data (SPMD) as well as divide-and-conquer and feature characteristic computational and communication...
-
Investigation into MPI All-Reduce Performance in a Distributed Cluster with Consideration of Imbalanced Process Arrival Patterns
PublicationThe paper presents an evaluation of all-reduce collective MPI algorithms for an environment based on a geographically-distributed compute cluster. The testbed was split into two sites: CI TASK in Gdansk University of Technology and ICM in University of Warsaw, located about 300 km from each other, both connected by a fast optical fiber Ethernet-based 100 Gbps network (900 km part of the PIONIER backbone). Each site hosted a set...
-
A Fail-Safe NVRAM Based Mechanism for Efficient Creation and Recovery of Data Copies in Parallel MPI Applications
PublicationThe paper presents a fail-safe NVRAM based mechanism for creation and recovery of data copies during parallel MPI application runtime. Specifically, we target a cluster environment in which each node has an NVRAM installed in it. Our previously developed extension to the MPI I/O API can take advantage of NVRAM regions in order to provide an NVRAM based cache like mechanism to significantly speed up I/O operations and allow to preload...
-
A Parallel MPI I/O Solution Supported by Byte-addressable Non-volatile RAM Distributed Cache
PublicationWhile many scientific, large-scale applications are data-intensive, fast and efficient I/O operations have become of key importance for HPC environments. We propose an MPI I/O extension based on in-system distributed cache with data located in Non-volatile Random Access Memory (NVRAM) available in each cluster node. The presented architecture makes effective use of NVRAM properties such as persistence and byte-level access behind...
-
Zastosowanie bajtowo adresowanej pamięci NVRAM do zwiększenia wydajności wybranych aplikacji równoległych wykorzystujących MPI I/O
PublicationObecnie wiele badań podejmuje temat rosnącego problemu wydajności operacji na plikach w środowiskach klastrowych. Jednocześnie, według ostatnich doniesień związanych z rozwojem technologii pamięci komputerowych, w najbliższej przyszłości na rynku powinny pojawić się układy trwałej pamięci o dostępie swobodnym, adresowanej bajtowo. Niniejsza rozprawa pokazuje, że przy użyciu takiej pamięci można zwiększyć wydajność wybranych...
-
Jerzy Konorski dr hab. inż.
PeopleJerzy Konorski received his M. Sc. degree in telecommunications from Gdansk University of Technology, Poland, and his Ph. D. degree in computer science from the Polish Academy of Sciences, Warsaw, Poland. In 2007, he defended his D. Sc. thesis at the Faculty of Electronics, Telecommunications and Informatics, Gdansk University of Technology. He has authored over 150 papers, led scientific projects funded by the European Union,...
-
Jacek Tomków dr hab. inż.
PeopleEducation:1. 2018 - Ph.D. of Technical Sciencesin field of Materials Engineeringthesis: Influence of underwater welding conditions on cold cracking of high strength low alloy steel 2. 2012 - Master of Science Engineer, Gdansk University of Technologyin the field of: Mechanical Engineeringwith specialization in: Manufacturing Engineering and Computer Aided Manufacturing Processesthesis: Non-destructive testing of welding joints...
-
European MPI Users' Group Conference (European PVM/MPI Users' Group Conference)
Conferences -
The biological activity of new tuftsin derivatives - induction of phagocytosis
PublicationFagocytoza odgrywa ważną rolę w ochronie organizmu przed różnymi mikroorganizmami. Proces ten może być indukowany przez różne czynniki np. endogenny immunomodulator jakim jest tuftsyna czy muramylo-dipeptyd (MDP), najmniejszy syntetyczny glikopeptyd bakteryjnej ściany komórkowej. Zsyntetyzowano nowe analogi MDP i nor-MDP z tuftsyną i retro-tuftsyną, które są zdolne do indukowania fagocytozy. Najbardziej obiecujące okazały się dwa...
-
Synthesis of conjugates of muramyl dipeptide and nor-muramyl dipeptide derivatives with adenosine as potential immunosuppressants
PublicationPrzedstawiono syntezę koniugatów pochodnych muramylodipeptydu (MDP) i nor-MDP z adenozyną jako potencjalnych związków o działaniu immunosupresyjnym. Jako substrat zastosowano rybozyd 6-chloropuryny, który łączonp poprzez 1,2-diaminoetan z pochodną MDP lub nor-MDP. Do syntezy wykorzystano pochodne MDP zawierające w części peptydowej D-aminokwasy (D-Ala, D-Val, D-Ser, D-Pro, D-2-ABA). Jako odczynniki sprzęgające zastosowano EDCI...
-
Muramyl dipeptide-based analogs as potential anticancer compounds: Strategies to improve selectivity, biocompatibility, and efficiency
PublicationAccording to the WHO, cancer is the second leading cause of death in the world. This is an important global problem and a major challenge for researchers who have been trying to find an effective anticancer therapy. A large number of newly discovered compounds do not exert selective cytotoxic activity against tumorigenic cells and have too many side effects. Therefore, research on muramyl dipeptide (MDP) analogs has attracted interest...
-
New conjugates of tuftsin and muramyl dipeptide as stimulators of human monocytes-derived dendritic cells
PublicationMuramyl dipeptide (MDP) and tuftsin are known biologically active compound displaying a significant influence on various cell populations of innate immune response. MDP, as a fragment of bacterial cell wall, stimulates not only macrophages and monocytes, but also dendritic cells. In contrast, little is known about tuftsin influence on these cells. Therefore it seemed vital to access whether tuftsin or its derivatives conjugated...
-
Synthesis and antiproliferative activity of conjugates of adenosine with muramyl dipeptide and nor-muramyl dipeptide derivatives
PublicationWe synthesized a series of MDP(D,D) and nor-MDP(D,D) derivatives conjugated with adenosine through a spacer as potential immunosuppressants. New conjugates were evaluated on two leukemia cell lines (Jurkat and L1210) and PBMC from healthy donors.
-
New conjugates of muramyl dipeptide and nor-muramyl dipeptide linked to tuftsin and retro-tuftsin derivatives significantly influence their biological activity
PublicationOpisano syntezę nowych koniugatów MDP i nor-MDP z pochodnymi tuftsyny i retro-tuftsyny zawierającymi wiązanie izopeptydowe pomiędzy epsilon-aminową grupą lizyny, a karboksylową grupą Ala, Gly czy Val. Zbadano ich aktywność biologiczną, m.in. profil cytokinowy.
-
Synthesis and biological activity of tuftsin, its analogues and conjugates containing muramyl dipeptides of nor-muramyl dipeptides
PublicationOpisano syntezę koniugatów MDP oraz nor-MDP modyfikowanych w części peptydowej tuftsyną oraz pochodną tuftsyny zawierającą grupę nitrową. Zsyntetyzowane związki zostały przebadane in vitro na ludzkich monocytach i limfocytach w Akademii Medycznej w Gdańsku. Niektóre z nich wykazały szybsze i skuteczniejsze działanie w porównaniu z tuftsyną.
-
Dissociative multi-photon ionization of isolated uracil and uracil-adenine complexes
PublicationRecent multi-photon ionization (MPI) experiments on uracil revealed a fragment ion at m/z 84 that was proposed as a potential marker for ring opening in the electronically excited neutral molecule. The present MPI measurements on deuterated uracil identify the fragment as C3H4N2O+ (uracil+ less CO), a plausible dissociative ionization product from the theoretically predicted open-ring isomer. Equivalent measurements on thymine...
-
Distributed NVRAM Cache – Optimization and Evaluation with Power of Adjacency Matrix
PublicationIn this paper we build on our previously proposed MPI I/O NVRAM distributed cache for high performance computing. In each cluster node it incorporates NVRAMs which are used as an intermediate cache layer between an application and a file for fast read/write operations supported through wrappers of MPI I/O functions. In this paper we propose optimizations of the solution including handling of write requests with a synchronous mode,...
-
Parallelization of Compute Intensive Applications into Workflows based on Services in BeesyCluster
PublicationThe paper presents an approach for modeling, optimization and execution of workflow applications based on services that incorporates both service selection and partitioning of input data for parallel processing by parallel workflow paths. A compute-intensive workflow application for parallel integration is presented. An impact of the input data partitioning on the scalability is presented. The paper shows a comparison of the theoretical...
-
Synteza i aktywność biologiczna koniugatów muramylopeptydów ze związkami o stwierdzonej lub potencjalnej aktywności przeciwnowotworowej i immunostymulacyjnej.
PublicationOpisano syntezę nowych połączeń muramylodipeptydu (MDP), nor-muramylo-dipeptydu (nor-MDP), desmuramylopeptydu z aminowymi pochodnymi 1-nitroakrydyny/4-nitroakrydonu, N-(hydroksyalkilo)-4-karboksyamido-akrydyny/9-akrydonu, batracyliną i jej pochodnymi oraz tuftsyną i tuftsyną o odwróconej sekwencji. Zsyntetyzowane związki zostały przekazane do badań biologicznych w National Cancer Institute (NCI, Bethesda, USA) oraz w Katedrze Histologii...
-
Zastosowanie psychologicznych metod doboru do służby w Policji
PublicationCelem było porównanie przydatności psychologicznych metod diagnostycznych - Minnesockiego Wielowymiarowy Inwentarza Osobowości (MMPI) oraz Inwentarza Osobowości NEO-FFI do oceny predyspozycji zawodowych kandydatów do służby w Policji z uwzględnieniem ich odporności na stres i podatności na uzależnienia. W grupie 39 kandydatów przeważali mężczyźni, z mniejszych miast, mający wykształcenie średnie zawodowe. Kwestionariusz NEO-FFI...
-
Synthesisand cytotoxic activity of conjugates of muramyl and normuramyl dipeptides with batracylin derivatives
PublicationOpisano syntezę analogów MDP oraz nor-MDP modyfikowanych w części peptydowej batracyliną i pochodnymi batracyliny. Opracowano udoskonaloną metodę syntezy batracyliny. Zaproponowana metoda pozwala na otrzymanie BAT w skali multi-gramowej. Zsyntetyzowane analogi nie wykazały aktywności cytotoksycznej w badaniach prowadzonych w NCI (Bethesda, USA). W testach in vitro przeprowadzonych w Akademii Medycznej w Gdańsku dwa analogi redukowały...
-
Synthesis of conjugates of muramyl dipeptide and nor-muramyl dipeptide derivatives with adenosine as potential immunosuppressant
PublicationZaprezentowano syntezę koniugatów adenozyny z pochodnymi muramylo- i nor-muramylodipeptydów zawierających w części peptydowej D-aminokwasy (D-Ala, D-Val, D-Ser, D-Pro, D-2-ABA). Jako substrat zastosowano rybozyd 6-chloropuryny, który łączono poprzez 1,2-diaminoetan z odpowiednimi pochodnymi MDP lub nor-MDP w obecności EDCI i HOBt. Struktury otrzymanych związków zostały potwierdzone widmami 1H i 13C NMR (500 MHz), widmami MS oraz...
-
Parallel simulations of electrophysiological phenomena in myocardium on large 32 and 64-bit Linux clusters.
PublicationW pracy podjęto badania i przeprowadzono symulacje zjawisk elektrofizjologicznych w mięśniu sercowym z wykorzystaniem wytworzonego w tym celu oprogramowania równoległego opartego na MPI. Zaimplementowano i zbadano ulepszenia kodu prowadzące do uzyskania dobrej skalowalności oraz przeprowadzono testy wydajności na najnowszych 32 i 64-bitowych klastrach linuksowych. Praca stanowi próbę równoległej implementacji znanego podejścia...
-
Recent developments in the synthesis and biological activity of muramylpeptides
PublicationZaprezentowano przegląd literaturowy obejmujący syntezę i aktywność biologiczną nowych analogów muramylopeptydów (MDP) oraz ich potencjalne zastosowanie w terapii nowotworowej i chorób infekcyjnych.
-
Paweł Czarnul dr hab. inż.
PeoplePaweł Czarnul obtained a D.Sc. degree in computer science in 2015, a Ph.D. in computer science granted by a council at the Faculty of Electronics, Telecommunications and Informatics, Gdansk University of Technology in 2003. His research interests include:parallel and distributed processing including clusters, accelerators, coprocessors; distributed information systems; architectures of distributed systems; programming mobile devices....
-
Synthesis and antitumor activity of conjugates of muramyldipeptide or normuramyldipeptide with hydroxyacridine/acridone derivatives
PublicationOpisano syntezę analogów MDP oraz nor-MDP modyfikowanych w części peptydowej pochodnymi hydroksyakrydyny/akrydonu i dwóch analogów modyfikowanych pochodnymi 1-nitro-9-hydroksyetylo(propylo)aminoakrydyny. Tylko związki zawierające pochodne 1-nitro-9-hydroksyetylo(propylo)aminoakrydyny wykazały wysoką aktywność cytotoksyczną badaną na 60 liniach ludzkich komórek nowotworowych, na nowotwór prostaty i AIDS-related lymphoma (ARL). Związek...
-
Immunomodulation of macrophages activity in murine bacteremia model
PublicationZaprezentowano wyniki badań in vitro i in vivo połączeń muramylodipeptydu (MDP) z tetrapeptydem jakim jest tuftsyna. Otrzymane rezultaty pokazują, że badane związki modulują fagocytarne możliwości makrofagów w mysim modelu bakteryjnym.
-
Chemical structures and physical properties of cured segmental polyurethanes
PublicationPrzedmiotem badań były poliuretany (PUR) segmentowe otrzymywane w dwuetapowej syntezie oligomerycznego α,ω-dihydroksy(adypinianu etylenowo-butylenowego) oraz dwóch różnych aromatycznych diizocyjanianów: 4,4'-diizocyjanianu difenylenometanu (MDI) albo MDI modyfikowanego diizocyjanianem karbodiimidu. Na etapie przedłużania łańcucha, oprócz typowo używanego do tego celu 1,4-butanodiolu, stosowano triol - 1,3-dihydroksy-2-(hydroksymetyleno)propan...
-
Sustainable Chemically Modified Mater-Bi/Poly(ε-caprolactone)/Cellulose Biocomposites: Looking at the Bulk through the Surface
PublicationSustainable polymer composites are progressively under development in a technological paradigm shift from "just use more and more" to "convert into value-added products". The bio-based blends based on Mater-Bi bio-plastic (A) and poly(ε-caprolactone) (B), at a weight ratio of 70:30 (A:B) were developed, followed by the addition of UFC100 cellulose (C) filler to yield 70/30 (w/w) (A:B)/C sustainable biocomposites. The effects of...
-
Process arrival pattern aware algorithms for acceleration of scatter and gather operations
PublicationImbalanced process arrival patterns (PAPs) are ubiquitous in many parallel and distributed systems, especially in HPC ones. The collective operations, e.g. in MPI, are designed for equal process arrival times (PATs), and are not optimized for deviations in their appearance. We propose eight new PAP-aware algorithms for the scatter and gather operations. They are binomial or linear tree adaptations introducing additional process...
-
Strategie obsługi wyjątków w aplikacjach rozproszonych.
PublicationRozpatrzono wykorzystanie mechanizmu obsługi wyjątków w systemach rozproszonych. Zaprezentowano różne strategie obsługi wyjątków dla różnych modeli przetwarzania i odpowiadającym ich środowisk programistycznych. Przyjęto nową koncepcję zdalnego odbiorcy wyjątków oraz zaprezentowano jego implementację przy wykorzystaniu biblioteki MPI oraz RMI.