Wyniki wyszukiwania dla: MOLECULAR STRUCTURE
-
Molecular dynamics study of amyloid formation of two Abl-SH3 domain peptides
Publikacja -
Investigation of Protein Folding by Coarse-Grained Molecular Dynamics with the UNRES Force Field
Publikacja -
Molecular simulation study of cooperativity in hydrophobic association: clusters of four hydrophobic particles
Publikacja -
Study of the Interactions between Neurophysin II and Dipeptide Ligand by Means of Molecular Dynamics
Publikacja -
Dependence of the heterosis effect on genetic distance, determined using various molecular markers
Publikacja -
Synthesis, biological activity and molecular modelling studies of tricyclic alkylimidazo-, pyrimido- and diazepinopurinediones
Publikacja -
Fluorescent Molecular Cages with Sucrose and Cyclotriveratrylene Units for the Selective Recognition of Choline and Acetylcholine
Publikacja -
Molecular Dynamics of Complexes of Atosiban with Neurohypophyseal Receptors in the Fully Hydrated Phospholipid Bilayer
Publikacja -
Free Energies of the Disassembly of Viral Capsids from a Multiscale Molecular Simulation Approach
Publikacja -
Nanomechanical Stability of Aβ Tetramers and Fibril-like Structures: Molecular Dynamics Simulations
Publikacja -
Shape resonance of H[sub 2][sup −] anion stabilized in a molecular trap
Publikacja -
Molecular insights into receptor binding energetics and neutralization of SARS-CoV-2 variants
Publikacja -
NK1 receptor binding of a few low molecular weight 3,5-bistrifluoromethylbenzene derivatives
Publikacja -
Structural Insights into σ1 Receptor Interactions with Opioid Ligands by Molecular Dynamics Simulations
Publikacja -
Molecular Diagnosis of COVID-19 Sudden and Unexplained Deaths: The Insidious Face of the Pandemic
Publikacja -
Measurement of sub-nanometer molecular layers with ISFET without a reference electrode dependency
PublikacjaA new method of detection and measurement with sub-nanometer resolution of layers adsorbed or bonded to the ISFET's gate dielectric was presented. The sensitivity of this method is high enough to detect even partial mono-layer covering. The transconductance measurement of the ISFET provides independence of the output signal from pH changes and the driving electrode electrochemical potential instabilities. The stable reference electrode...
-
Homocitrate synthase gene as a new molecular target in diagnostics of Candida spp. infections
PublikacjaNew potential molecular target which will be investigated during this research (homocitrate synthase gen) is the innovative target other than ribosomal DNA. This gene encodes enzyme present only in fungi and some Archaea what significantly increases specificity. It also reduces risk of contamination or influence of other factors (reaction with other DNA present in sample derived from bacteria or host cells) what excludes false...
-
Identification and molecular modeling of a novel lipase from an Antarctic soil metagenomic library.
PublikacjaIn this work, we present the construction of a metagenomic library in Escherichia coli using pUC19 vector and environmental DNA directly isolated from Antarctic topsoil and screened for lipolytic enzymes. The screening on agar supplemented with olive oil and rhodamine B revealed one clone with lipolytic activity (Lip1) out of 11,000 E. coli clones. This clone harbored a plasmid, pLip1, which has an insert of 4722 bp that has been...
-
Interaction of amphotericin B and its selected derivatives with membranes: molecular modeling studies
PublikacjaJest to praca przeglądowa obejmująca krytyczną analizę danych dotyczących oddziaływania amfoterycyny B (AmB) i jej wybranych, mniej toksycznych pochodnych, z błonami lipidowymi. Amfoterycyna B jest antybiotykiem przeciwgrzybowym ale ze względu na jej toksyczność trwają prace nad modyfikacjami chemicznymi tego związku. Celem molekularnym dla tego antybiotyku jest błona lipidowa i dlatego różnicowe powinowactwo AmB i jej pochodnych...
-
Early stage of critical clusters growth in phenomenological and Molecular Dynamic simulation models
PublikacjaW artykule opisano wzrost klastrów krytycznych w ramach klasycznego podejścia fenomenologicznego oraz dynamiczno-molekularnego (MD). Została wyprowadzona nowa formuła opisujaca liczbę klastrów krytycznych. Sformułowano równania opisujace wczesne etapy wzrostu kropli o rozmiarach krytycznych. Opisano wyniki symulacji dynamiczno-molekularnych powstawania klastrów w jednorodnej parze przesyconej oraz podano czasowe zmiany rozkładu...
-
Measurements of inelastic electron scattering from molecular oxygen at high scattering angles
PublikacjaBadano procesy wzbudzenia oscylacyjnego poziomów v = 1-9 stanu podstawowego X3 sigma g oraz v=0 stanu wzbudzonego a1 delta g cząsteczki tlenu dla energii 10eV w przedziale kąta rozproszenia od 90 do 180 st. Dla pomiaru v=1 stanu X3 sigma g wyznaczono różniczkowy przekrój czynny na wzbudzenie. W pomiarach wykorzystano podwójny hemisferyczny spektrometr elektrostatyczny wykorzystujący nowozaprojektowane źródło lokalnego pola magnetycznego.
-
Molecular typing of clinical isolates of Escherichia coli by a new PCR MP method
PublikacjaTypowanie epidemiologiczne bakterii jest rutynową procedurą stosowaną w badaniach zakażeń szpitalnych i wymaga stosowania odpowiednich metod o wysokim potencjale różnicującym. Przedstawiliśmy możliwości nowej techniki PCR MP w różnicowaniu szczepów E. coli. Rezultaty zostały porównane z wynikami uzyskanymi metodą PFGE.
-
Molecular typing of clinical isolates of Escherichia coli by a new PCR MP method
PublikacjaTypowanie epidemiologiczne bakterii jest rutynową procedurą stosowaną w badaniach zakażeń szpitalnych i wymaga stosowania odpowiednich metod o wysokim potencjale różnicującym. Przedstawiliśmy możliwości nowej techniki PCR MP w różnicowaniu szczepów E. coli. Rezultaty zostały porównane z wynikami uzyskanymi metodą PFGE.
-
Effects of surface nonuniformity and molecular association on mechanism of butanol adsorption from solution
Publikacja -
Superconducting state in the atomic metallic hydrogen just above the pressure of the molecular dissociation
Publikacja -
Molecular dynamics insights into protein‐glycosaminoglycan systems from microsecond‐scale simulations
Publikacja -
Role of Glycosaminoglycans in Procathepsin B Maturation: Molecular Mechanism Elucidated by a Computational Study
Publikacja -
Single-stranded DNA-binding proteins (SSBs) - sources and applicationsin molecular biology
PublikacjaBiałka wiążące się do jednoniciowego DNA (SSB) odgrywają ważną rolę w replikacji, rekombinacji i naprawie DNA u bakterii, archea i eukariota. Ostatnio wzrosło zainteresowanie białkami SSB jako przydatnymi narzędziami w metodach badawczych biologii molekularnej, analitycznych i diagnostycznych. Większość znanych prokariotycznych białek SSB zbudowanych jest z czterech podjednostek (homotetramer) z jedną domeną wiążąca (OB) jednoniciowe...
-
Molecular modelling of membrane activity of amphotericin B, a polyene macrolide antifungal antibiotic
PublikacjaPraca dotyczy różnego typu modelowań molekularnych cząsteczki przeciwgrzybowego antybiotyku (amfoterycyny B). Praca przeglądowa obejmuje opis badań nad właściwościami molekularnymi samej cząsteczki antybiotyku, jej oddziaływań z powierzchnią błony oraz struktur kanałowych jakie tworzą cząsteczki amfoterycyny wewnątrz błony lipidowej.
-
Molecular mechanism of the enzymatic oxidation investigated for imidazoacridinone antitumor drug C-1311.
PublikacjaPraca miala na celu określenie molekularnego mechanizmu enzymatycznej utleniającej aktywacji wymienionego związku przeciwnowotworowego w takim układzie modelowym, w którym wcześniej wykazano jego kowalencyjne wiązanie się do DNA. Badania struktur chemicznych produktów enzymatycznej aktywacji wykazały, że dwa z nich powstają w wyniku dealkilacji łańcucha bocznego cząsteczki, natomiast dwa inne w wyniku aktywacji pierścienia imidazoakrydonu....
-
Molecular Dynamics study of short and medium range order in modified BGO glasses.
PublikacjaArtykuł przedstawia wyniki symulacji dynamiczno-molekularnychniemodyfikowanych i modyfikowanych szkieł BGO o różnych stechiometriach. Otrzymane wyniki dokładnie przedyskutowano pod kątem blisko- i średnio-zasięgowego uporządkowania atomów i porównano z innymi dostępnymi danymi literaturowymi.
-
A study of electron impact excitation of molecular oxygen at a scattering angle of 180 st.
PublikacjaZbadano wzbudzenie tlenu cząsteczkowego w zderzeniu z elektronem dla rozproszenia do tyłu, pod kątem 180 st. Do pomiarów wykorzystano nowe źródło lokalnego pola magnetycznego o geometrii stożkowej.
-
Early stage of critical clusters growth in phenomenological and Molecular Dynamic simulation models.
PublikacjaOpisano proces kondensacji pary wodnej w ujĘciu fenomenologicznymi dynamiczno-molekularnym. Wczesne fazy wzrostu klastra opisano w ramach klasycznej teorii Hertza-Knudsena. Obszernie przedstawiono wyniki symulacji dynamiczno-molekularnych zjawiska kondensacji pary wodnej z jednorodnej fazy gazowej (przebieg powstawania małych klastrów H2O i szybkość wzrostu klastrów ponadkrytycznych).
-
Solvation of N-methylformamide by ethanol: a comparison of molecular dynamics calculations with the experimental data
PublikacjaWykonano obliczenia metodami dynamiki molekularnej dla tytułowego układu. Rezultaty porównano z uzyskanymi wcześniej wynikami pomiarów termodynamicznych oraz wnioskami z nich wyciągniętymi.
-
Comparative molecular dynamics simulations of amphotericin B-cholesterol/ergosterol membrane channels
PublikacjaBadania polegały na przeprowadzeniu porównawczej dynamiki molekularnej dla dwóch typów kanałów amfoterycyny B. Obie symulacje różniły się rodzajem sterolu (cholesterol lub ergosterol). Na podstawie wyników przeprowadzonych prac ustalono jakie elementy strukturalne badanych kanałów mogą być odpowiedzialne za selektywne działanie amfoterycyny B.
-
Optimization of white light interferometric temperature sensor. Workshop on Atomic and Molecular Physics.
PublikacjaW artykule przedstawiono metodę optymalizacji parametrów niskokoherencyjnego interferometrycznego czujnika temperatury wykorzystującego miniaturowy interferometr Farby Perota, pracujący w modzie odbiciowym.
-
Raman and infrared investigation of ferroelectric ceramics. IV Workshop on Atomic and Molecular Physics.
PublikacjaZastosowano spektroskopię absorbcyjną w podczerwieni i spektroskopię Ramana do badania ceramik ferroelektrycznych o kompozycji Ba(Ti1-xZrx)O3. Ceramiki te charakteryzują się możliwością przestrajania przenikalności elektrycznej za pomocą pola elektrycznego.
-
Endothelial dysfunction due to eNOS uncoupling: molecular mechanisms as potential therapeutic targets
PublikacjaNitric oxide (NO) is one of the most important molecules released by endothelial cells, and its antiatherogenic properties support cardiovascular homeostasis. Diminished NO bioavailability is a common hallmark of endothelial dysfunction underlying the patho‑ genesis of the cardiovascular disease. Vascular NO is synthesized by endothelial nitric oxide synthase (eNOS) from the substrate L‑arginine (L‑Arg), with tetrahydrobiopterin...
-
Molecular Design Using Selected Concentration Effects in Optically Activated Fluorescent Matrices
PublikacjaMolecular physics plays a pivotal role in various fields, including medicine, pharmaceuticals, and broader industrial applications. This study aims to enhance the methods for producing specific optically active materials with distinct spectroscopic properties at the molecular level, which are crucial for these sectors, while prioritizing human safety in both production and application. Forensic science, a significant socio-economic...
-
Applying molecular dynamics simulation to take the fracture fingerprint of polycrystalline SiC nanosheets
PublikacjaGraphene-like nanosheets are the key elements of advanced materials and systems. The mechanical behavior of the structurally perfect 2D nanostructures is well documented, but that of polycrystalline ones is less understood. Herein, we applied molecular dynamics simulation (MDS) to take the fracture fingerprint of polycrystalline SiC nanosheets (PSiCNS), where monocrystalline SiC nanosheets (MSiCNS) was the reference nanosheet....
-
Molecular mechanism of proton-coupled ligand translocation by the bacterial efflux pump EmrE
PublikacjaThe current surge in bacterial multi-drug resistance (MDR) is one of the largest challenges to public health, threatening to render ineffective many therapies we rely on for treatment of serious infections. Understanding different factors that contribute to MDR is hence crucial from the global “one health” perspective. In this contribution, we focus on the prototypical broad-selectivity proton-coupled antiporter EmrE, one of the...
-
Neutral Dissociation of Pyridine Evoked by Irradiation of Ionized Atomic and Molecular Hydrogen Beams
PublikacjaThe interactions of ions with molecules and the determination of their dissociation patterns are challenging endeavors of fundamental importance for theoretical and experimental science. In particular, the investigations on bond-breaking and new bond-forming processes triggered by the ionic impact may shed light on the stellar wind interaction with interstellar media, ionic beam irradiations of the living cells, ion-track nanotechnology,...
-
Depression as is Seen by Molecular Spectroscopy. Phospholipid- Protein Balance in Affective Disorders and Dementia
Publikacja -
Molecular dynamics and verisimilitude - to what extent can one trust a computational simulation?
PublikacjaFor the last several tens of years, computer simulations have become of undeniable importance. Molecular Dynamics (MD) simulation techniques are used to examine the phenomena which occur at the level that cannot be observed directly. Thus, they can be successfully exploited in many different scientific fields such as: materials science, applied mathematics and theoretical physics, biochemistry, biophysics or drug design. Despite...
-
Excited-state proton transfer and geminate recombination in the molecular cage of β-cyclodextrin
PublikacjaExcited-state proton transfer and geminate recombination in aqueous heptakis(2,6-di-O-methyl)-β-cyclodextrin have been compared with those in water by monitoring the photoinduced prototropic tautomerization of 6-hydroxyquinoline, which occurs via forming anionic intermediate. Enol deprotonation decelerates by 18 times whereas its reverse process accelerates slightly with encapsulation. The imine protonation of the intermediate...
-
Bio‐polyols synthesized by liquefaction of cellulose: Influence of liquefaction solvent molecular weight
PublikacjaCurrently, the plastics industry including polyurethanes is based on the use of petrochemicals. For this reason, scientists are looking for new types of renewable resources for the substitution of petrochemical substances. This work aims to evaluate the effect of polyethylene glycols (PEG) with different molecular mass impact on properties of bio-based polyols synthesized via biomass liquefaction of cellulose. To date, research...
-
Predicting Value of Binding Constants of Organic Ligands to Beta-Cyclodextrin: Application of MARSplines and Descriptors Encoded in SMILES String
PublikacjaThe quantitative structure–activity relationship (QSPR) model was formulated to quantify values of the binding constant (lnK) of a series of ligands to beta–cyclodextrin (β-CD). For this purpose, the multivariate adaptive regression splines (MARSplines) methodology was adopted with molecular descriptors derived from the simplified molecular input line entry specification (SMILES) strings. This approach allows discovery of regression...
-
Novel single-stranded DNA-binding protein from psyvhrophilic bacterium Psychrobacter arcticus
PublikacjaTo study the biochemical properties of SSB from Psychrobacter arcticus (ParSSB), we have cloned the ssb genes obtained by PCR and have developed Escherichia coli overexpression systems. The gene consists of an open reading frame of 642 nucleotides encoding SSB protein of 213 amino acids with a calculated molecular mass of 22.8 kDa. The amino-acid sequence of ParSSB exhibits 49% identity and 57% similarity to Escherichia coli SSB....
-
Structural changes of a simple peptide—Trpzip-1—in aqueous solutions and the corresponding hydration phenomena under the influence of temperature
PublikacjaTrpzip-1, a simple β-hairpin, is a rare example of peptide with stable secondary structure and can be a convenient model to study temperature-related processes that potential prion or amyloid proteins undergo. Although its sequence is simple, the exact processes which the peptide undergoes in aqueous solutions are quite complex and not well understood. The selection of well-established experimental (DSC, FTIR) and theoretical methods...
-
Effect of bio-based components on the chemical structure, thermal stability and mechanical properties of green thermoplastic polyurethane elastomers
PublikacjaIt seems to be obvious that conditions changes during polyols synthesis have impact on the polyols properties. Even the chemical formula is the same or similar, physicochemical properties and also molecular weight of polyols might be different and are significant in term of future polyurethanes properties and processing. In this work, fully bio-based poly(propylene succinate)s synthesized at different temperature conditions were...