Filters
total: 1012
filtered: 852
-
Catalog
- Publications 852 available results
- Journals 12 available results
- Conferences 1 available results
- People 26 available results
- Inventions 11 available results
- Projects 11 available results
- Laboratories 1 available results
- Research Teams 2 available results
- e-Learning Courses 20 available results
- Open Research Data 76 available results
Chosen catalog filters
Search results for: BIAŁKO WIĄŻĄCE DNA
-
DNA methylation pattern is altered in childhood T-cell acute lymphoblastic leukemia patients as compared with normal thymic subsets: insights into CpG island methylator phenotype in T-ALL
Publication -
Combined spline wavelet decomposition for 3d seafloor imaging from multibeam sonar echoes
PublicationThe paper proposes combined spline-wavelet approach to the raw echoes seaflor imaging from Multibeam Sonar System (MBSS) records. Wavelet representation is closely related to image representation, due to its unique approximations properties. Splines have the best approximation properties among all known wavelets of a given order, so they are best suited for approximating of smooth seafloor surface. Additionaly, wavelet bases have...
-
Association between plasma proteome profiles analysed by mass spectrometry, a lymphocyte-based DNA-break repair assay and radiotherapy-induced acute mucosal reaction in head and neck cancer patients
Publication -
Algorytmy numeryczne obliczania pseudokątów wiążących typu B
PublicationReferat tematycznie związany jest z teoretycznymi podstawami funkcjonowania technologii pomiarowej bazującej na stanowiskach swobodnie zorientowanych. Przedstawiono algorytmy obliczania pseudoobserwacji kątowych typu B (zwanych pseudokątami), wiążącymi sieć punktów odniesienia ze stanowiskami pomiarowymi. Pseudokąty wiążące typu B wykorzystuje się w sieciach obliczeniowych typu B.
-
The chaperone-usher pathway of bacterial adhesin biogenesis - from molecular mechanism to strategies of anti-bacterial prevention and modern vaccine design
PublicationSystem chaperone-usher (białko opiekuńcze-białko kanałotwórcze) warunkuje biogenezę powierzchniowych struktur adhezyjnych, odpowiedzialnych za wirulencję wielu bakterii gram-ujemnych. Powyższy mechanizm został zbadany na poziomie strukturalnym w przypadku różnych gatunków bakterii patogennych. Celem powyższej pracy było przedstawienie molekularnego mechanizmu biogenezy struktur adhezyjnych na bazie systemu chaperone-usher. Otrzymane...
-
Profiles of a broad spectrum of epigenetic DNA modifications in normal and malignant human cell lines: Proliferation rate is not the major factor responsible for the 5-hydroxymethyl-2′-deoxycytidine level in cultured cancerous cell lines
Publication -
Accurate, Direct, and High-Throughput Analyses of a Broad Spectrum of Endogenously Generated DNA Base Modifications with Isotope-Dilution Two-Dimensional Ultraperformance Liquid Chromatography with Tandem Mass Spectrometry: Possible Clinical Implication
Publication -
Genes Involved in the Processes of Cell Proliferation, Migration, Adhesion, and Tissue Development as New Potential Markers of Porcine Granulosa Cellular Processes In Vitro: A Microarray Approach
Publication -
“Bone Development” Is an Ontology Group Upregulated in Porcine Oocytes Before In Vitro Maturation: A Microarray Approach
Publication -
“Cell Migration” Is the Ontology Group Differentially Expressed in Porcine Oocytes Before and After In Vitro Maturation: A Microarray Approach
Publication -
Correction: Profiles of a broad spectrum of epigenetic DNA modifications in normal and malignant human cell lines: Proliferation rate is not the major factor responsible for the 5-hydroxymethyl-2′-deoxycytidine level in cultured cancerous cell lines
Publication -
Podczyszczanie ścieków z zakładów mięsnych metodą filtracji przez złoża torfowo-kredowe.
PublicationPodjęto badania, których celem było sprawdzenie możliwości zmniejszenia ładunku zanieczyszczeń ścieków mięsnych połączonego z odzyskiem białek i tłuszczu, metodą filtracji przez złoża torfowo-kredowe. Określono stopień odzysku głównych substancji pokarmowych (białko i tłuszcz) a także efektywność oczyszczenia ścieków (ChZT, BZT5, zawiesina).
-
Żywność wysokiej jakości-perspektywa klienta
PublicationW niniejszej publikacji przedstawiono podstawowe perspektywy postrzegania jakości żywności. Zaprezentowane zostały dwa kluczowe obszary wiążące się z postrzeganiem jakości żywności przez klientów: obszar związany z samym produktem spożywczym, a także obszar bezpośrednio związany z klientem i jego decyzjami zwiazanymi z zakupem żywności. Identyfikacja poszczególnych obszarów pozwoliła w dalszej konsekwencji na określenie kluczowych...
-
Białka prokariotycznego systemu MMR: rola oraz interakcje
PublicationUszkodzenia komórkowego DNA w postaci błędnie sparowanych lub niesparowanych zasad azotowych są wynikiem niewłaściwie zachodzących procesów metabolizmu DNA, takich jak replikacja, rekombinacja oraz naprawa DNA. Utrwalenie tego rodzaju zmian prowadzi do powstania mutacji. System MMR (ang. DNA mismatch repair) usuwa te uszkodzenia przyczyniając się do zwiększenia wierności replikacji DNA oraz utrzymania stabilności genomu komórki....
-
Chimeric Dr fimbriae with a Herpes Simplex virus type 1 epitope as a model for a recombinant vaccine.
PublicationBiałko adhezyny DraE uropatogennych szczepów E. coli Dr+ zostało wykorzystane jako nośnik 11a a determinanty antygenowej glikoproteiny D wirusa HSV ty-pu 1. Sekwencja kodująca epitop HSV została wklonowana do genu draE w obrębie regionu N- terminalnego eksponowanej powierzchniowo domeny 2. Ekspresjachimerycznych białek DraE-HSV została potwierdzona za pomocą mikroskopii immunofluorescencyjnej i elektronowej.
-
Simulation and identification of damage in bar structures.
PublicationPraca zawiera opis i testy 3 procedur badawczych dotyczących lokalizacjizniszczeń w konstrukcjach. Procedury bazują na danych modalnych jakie obiektgeneruje podczas swoich drgań tzn. częstościach własnych i postaciach drgań Badane są zmiany podatności układu, zmiany krzywizn postaci drgań i wrażli-wość częstości na założone zniszczenia. Odpowiednie procedury wiążące się ztymi trzema metodami są przestestowane na przykładzie wspornika...
-
A two-plasmid Escherichia coli system for expression of Dr adhesins
PublicationPraca opisuje konstrukcję wydajnego systemu produkcji fimbrii Dr. System składa się z dwóch plazmidów. Plazmid pACYCpBAD-DraC-C-His zawiera pod kontrolą promotora arabinozowego gen draC kodujący białko kanałotwórcze DraC. Plazmid pET-30b-sygDraBE zawiera pod kontrolą promotora T7lac geny draB i draE kodujące odpowiednio białko opiekuńcze DraB oraz adhezynę DraE. Oba plzamidy posiadają różne ori replikacji co pozwala na ich jednoczesne...
-
Sensivity of echo envelope fractal dimension to bottom type and bottom depth.
PublicationPrzedstawiono wynik badania zależności pomiędzy wymiarem fraktalnym obwiedni echa akustycznego od dna a rodzajem dna na wpływ głębokości dna na tę zależność. Wykorzystano sygnały ech otrzymane w wyniku numerycznych symulacji rozpraszania na granicy woda dno dla różnych głębokości dna.
-
Nowoczesna koncepcja rozwoju transportu trolejbusowego - projekt Slide-In
PublicationEwolucja komunikacji trolejbusowej zachodzi w wielu europejskich miastach. Wraz z rozwojem alternatywnych źródeł zasilania (baterie trakcyjne, supekondensatory, spalinowe agregaty prądotwórcze) trolejbusy stają się mniej uzależnione od sieci trakcyjnej, a przy tym bardziej efektywne ekonomicznie. Jednoczesny rozwój autobusów elektrycznych i wiążące się z nimi problemy eksploatacyjne skłaniają do refleksji nad wykorzystaniem zalet...
-
Structural determinants of imidazoacridinones facilitating antitumor activity are crucial for substrate recognition by ABCG2
PublicationW pracy zidentyfikowaliśmy elementy struktury chemicznej dla 23 pochodnych imidazoakrydonu odpowiedzialne za ich rozpoznawanie przez transporter typu ABC, białko ABCG2. za transport tych związków przez pompę ABCG2 odpowiedzialne jest grupa hydroksylowa w pozycjach R1, R2 i R3 chromoforu. Stwierdziliśmy także, że zwiększanie ilości grup metylenowych łańcucha bocznego imidazoakrydonów powodowało zmniejszenie aktywnego transportu...
-
Delay induced oscillations in gene expression of Hes1 protein model
PublicationW pracy został omówiony model produkcji białka Hes1. Stężenie Hes1 jest kontrolowane przez ujemne sprzężenie zwrotne wbudowane w białko i jego mRNA. Przeprowadzona analiza potwierdziła znane wyniki numeryczne, że oscylacje wywołane są przez opóźnienie. Pokazaliśmy również, że jeśli współczynnik Hilla jest większy niż 1, to istnieje krytyczna wartość opóźnienia, dla której ma miejsce bifurkacja Hopfa i pojawiają się rozwiązania...
-
Chromatographic analyses of Lavandula angustifolia and Rosmarinus officinalis extracts and their biological effects in mammalian cells and cell-free systems
PublicationKnowledge of biological properties of natural compounds allows to understand their therapeutic value, efficacy and security. We investigated: composition of Lavandula angustifolia (LA) and Rosmarinus officinalis (RO) extracts, their antioxidant capacity, cytotoxicity and genotoxicity, their DNA-protective potential against DNA damage induced in hamster V79 cells by several genotoxins or in plasmid DNA by Fe2+ ions and activity...
-
Wzmacnianie podtorza kolejowego metodą stabilizacji ubocznymi produktami spalania
PublicationUboczne produkty spalania powstają na skutek spalania w piecach bezresztowych różnych rodzajów węgla. Popioły odprowadzane spod elektrofiltrów w postaci suchego pyłu posiadają właściwości wiążące i mogą być stosowane jako samodzielne spoiwo lub jako dodatek do innych spoiw. Każdorazowo przed przystąpieniem do stabilizacji gruntu spoiwem hydraulicznym należy sporządzić receptę laboratoryjną. Najważniejszym parametrem dla wykonanego...
-
Wzmacnianie podtorza kolejowego metodą stabilizacji ubocznymi produktami spalania
PublicationUboczne produkty spalania powstają na skutek spalania w piecach bezresztowych różnych rodzajów węgla. Popioły odprowadzane spod elektrofiltrów w postaci suchego pyłu posiadają właściwości wiążące i mogą być stosowane jako samodzielne spoiwo lub jako dodatek do innych spoiw. Każdorazowo przed przystąpieniem do stabilizacji gruntu spoiwem hydraulicznym należy sporządzić receptę laboratoryjną. Najważniejszym parametrem dla wykonanego...
-
Symulacje biomolekularne jako narzędzie do badania mechanizmów rozpoznania i wiązania pomiędzy białkami
PublicationBiałka pełnią wielorakie funkcje w organizmach żywych, jednak rzadko działają samodzielnie. W zdecydowanej większości przypadków współpracują one między sobą tworząc makrokompleksy o precyzyjnie zorientowanych podjednostkach. Oddziaływania międzybiałkowe wzbudzają więc duże zainteresowanie, jako że w istotny sposób odpowiadają za aktywność biologiczną białek. Choć do tej pory opracowano wiele metod doświadczalnych badania oddziaływań...
-
Analysis of the unique structural and physicochemical properties of the DraD/AfaD invasin in the context of its belonging to the family of chaperone/usher type fimbrial subunits
PublicationInwazyna DraD kodowana przez operon dra posiada strukturę charakterystyczną dla białek podjednostkowych fimbrii typu chaperone-usher. Fold-Ig białka DraD posiada dwie charakterystyczne cechy wyróżniające je z pośród rodziny fimbrialnych białek podjednostkowych: 1) zaburzenie struktury beta-beczki w rejonie szczeliny akceptorowej objawiające się układem wiązań wodorowych głównego łańcucha polipeptydowego oraz 2) nietypowo usytuowany...
-
Międzyłańcuchowe sieciowanie DNA jako mechanizm biologicznego działania an- tracenodionów.**2003, 100 s. 30 rys. 20 tab. bibliogr. 110 poz. maszyn. Rozprawa doktorska /23.06.2003/ P. Gdań. Wydz. Chem. Promotor: prof. dr hab. inż. J. Konopa.
Publication.
-
ABC transporters Cdr1p, Cdr2p and Cdr3p of a human pathogen Candida albicans are general phospholipid translocators
PublicationFluoryzujące analogi fosfolipidów NBD-PE, NBD-PC i NBD-PS zostały wykorzystane w celu wykazania, że białko Cdr1p i jego inne homologi, Cdr2p i Cdr3p, należące do grupy białek zawierających tzw. kasetę wiążącą ATP (ABC), zachowują się jak ogólne przenośniki lipidów. Wyniki badań pokazują, że transportery typu ABC występujące w C. albicans są przenośnikami fosfolipidów i aktywność ta może być jedna z fizjologicznych funkcji białek.
-
Dodatki do żywności wspomagające separację pianową białek serwatkowych
PublicationZbadano możliwości poprawy efektywności współprądowej separacji pianowej białek serwatkowych poprzez wzbogacenie surówki o substancje dodatkowe. Aby wyizolowane białko mogło być powtórnie wykorzystane, jako addytywy wybrano substancje powszechnie stosowane w przemyśle spożywczym jako dodatki do żywności: gumę arabską (E 414), gumę ksantanową (E 415) oraz karagen (E 407). Najlepsze efekty tj. najwyższe wartości współczynnika wzbogacenia...
-
Changes in gene methylation patterns in neonatal murine hearts: Implications for the regenerative potential
PublicationBackground The neonatal murine heart is able to regenerate after severe injury; this capacity however, quickly diminishes and it is lost within the first week of life. DNA methylation is an epigenetic mechanism which plays a crucial role in development and gene expression regulation. Under investigation here are the changes in DNA methylation and gene expression patterns which accompany the loss of regenerative potential. Results The...
-
Seabed characterisation using spectral moments of the echo signal
PublicationZbadano użyteczność zastosowania momentów spektralnych obwiedni echa w rozpoznawaniu i klasyfikacji dna morskiego. Przeprowadzono obliczenia momentów spektralnych dla około 15000 ech od dna zarejestrowanych w rejonie Bałtyku Południowego i potwierdzono tezę, że wartości tych momentów skorelowane są silnie z typem dna i rodzajem osadów.
-
Metylotransferazy ssaków – inhibitory i aktywatory
PublicationWśród metylotransferaz ssaków możemy wyróżnić metylotransferazy histonowe oraz metylotransferazy DNA. Metylacja DNA w obrębie wysp CpG oraz metylacja histonów wpływają na poziom ekspresji genów w komórkach ssaczych. Dodatkowo dzięki metylacji zapewniana jest stabilność i integralność genomu ludzkiego. Metylotransferazy DNA, będące głównym tematem tego artykułu, są często przedmiotem badań, gdyż nieprawidłowa metylacja DNA jest...
-
DDLMS PCR double digestion Ligation Mediated Suppression PCR - a new technique for bacterial specific differentiation
PublicationA new diagnostic kit for K. oxytoca specific differentiation based on ddLMS PCR (ang. double digest ligation Mediated PCR) technique is shown. As a species-specific DNA fragment pehX gene, encoding the enzyme polygalactouronase, was chosen. The genome sequence of K. oxytoca is digested with two endonucleases: AclI and BclI which cut DNA before and after pehX gene. The polymorphic DNA fragments are ligated with AclI-end-specific...
-
Plamy na nawierzchniach z SMA
PublicationJednorodna i szorstka warstwa ścieralna to cel, jaki przyświeca każdej inwestycji. Niekiedy na warstwie ścieralnej z mastyksu grysowego (SMA) tworzą się nieestetyczne plamy lub cała powierzchnia się zamyka. W artykule przedstawiono niektóre aspekty związane z powstawaniem plam na powierzchni SMA wiążące się z projektowaniem, składem i wytwarzaniem SMA. Czynniki te są często niedoceniane i lekceważone przez projektantów i wytwórców...
-
Charakterystyka autonomiczności trolejbusów – nowe doświadczenia w elektromobilności miejskiej
PublicationEwolucja komunikacji trolejbusowej zachodzi w wielu europejskich miastach. Wraz z rozwojem alternatywnych źródeł zasilania (baterie trakcyjne, supekondensatory, spalinowe agregaty prądotwórcze) trolejbusy stają się mniej uzależnione od sieci trakcyjnej, a przy tym bardziej efektywne ekonomicznie. Jednoczesny rozwój autobusów elektrycznych i wiążące się z nimi problemy eksploatacyjne skłaniają do refleksji nad wykorzystaniem zalet...
-
Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) as a diagnostic tool in detection of infectious diseases
PublicationLoop-mediated isothermal amplification (LAMP) is a gene amplification method which amplifies DNA with high specificity and efficiency under isothermal conditions. Because of its rapidity and simplicity, it is a valuable diagnostic tool in the early detection and identification of infectious diseases. LAMP method is based on the use of a set of four to six specially designed primers spanning six to eight distinct sequences on the...
-
Sensitivity of echo parameters to seafloor properties and depth variability.
PublicationPrzeprowadzono badanie użyteczności wybranych parametrów echa akustycznego, w szczególności wymiaru fraktalnego oraz momentów spektralnych obwiedni, w klasyfikacji dna morskiego, ze szczególnym uwzględnieniem wpływu zmieniającej się głębokości. Wykorzystano numeryczną symulację rozpraszania echa na dnie oraz innych elementów procesu akustycznego sondowania dna, w tym także procedurę kompensacji wpływu zmian głębokości dna na echo.
-
The antioxidative properties of white cabbage (Brassica oleracea var. capitata f. alba) fresh and submitted to culinary processing
PublicationKapusta biała stanowi jeden z podstawowych składników diety w Europie centralnej. W publikacji autorzy skupili się na określeniu właściwościach przeciwutleniających kapusty świeżej, kiszonej i poddanej obróbce termicznej. Te właściwości zostały oszacowane dla soków przy wykorzystaniu systemów pozakomórkowych, w komórkach HT29 pod kątem ochrony przed utlenieniem DNA oraz poprzez symulację GSTs i naprawę DNA. Wszystkie badane soki...
-
Telomere uncapping by common oxidative guanine lesions: Insights from atomistic models
PublicationOxidative damage to DNA is widely known to contribute to aging and disease. This relationship has been extensively studied for telomeres – structures that cap chromosome ends – due to their role in cell proliferation and senescence, and exceptional susceptibility to oxidation. Indeed, the repetitive telomeric DNA sequence contains the 5′-GGG-3′ motif that has the lowest ionization potential of all trinucleotides. Accordingly, experiments...
-
PCR-ELISA: inexpensive alternative to quantitative PCR
PublicationPCR-ELISA (polymerase chain reaction-enzyme linked immunosorbent assay), a combination of PCR and ELISA methods, has been used since late 1980s. The technique is based on specially labelled DNA fragments which are captured by specific DNA sequences and detected by antibodies. The whole procedure of PCR-ELISA is divided into three steps: DNA extraction, PCR reaction and detection by ELISA. The method has been found as very specific...
-
Interactions of telomeric proteins with nucleic acids: sequence recognition on intact and oxidatively damaged telomeres
PublicationTelomeres are complex nucleoprotein assemblies that play a vital role in the maintenance of functional ends of linear chromosomes. Telomeric DNA, composed of tandem repeats of the 5'-TTAGGG-3' motif, solves the so-called end replication problem: as chromosomes shorten with each cell division, no information is lost, and the telomere can be re-extended. In the cell, many protein factors regulate telomere length, nuclear positioning...
-
Classification methods and criteria
PublicationKlasyfikacja akustyczna dna morskiego jest najnowszą metodologią zaprojektowaną w celu zdalnego wykrywania rozmaitych charakterystyk dna morskiego z informacji zawartych w echch od dna akustycznych impulsów transmitowanych z różnego typu sonarów. Poza szególnymi chrakterystykami sprzętowymi każdego systemu ASC, istotą każdej metody jest klasyfikacja modułu, który wyciąga serie cech z echa sygnału i przetwarza je aby posortować...
-
Experience-Oriented Knowledge Management for Internet of Things
PublicationIn this paper, we propose a novel approach for knowledge management in Internet of Things. By utilizing Decisional DNA and deep learning technologies, our approach enables Internet of Things of experiential knowledge discovery, representation, reuse, and sharing among each other. Rather than using traditional machine learning and knowledge discovery methods, this approach focuses on capturing domain’s decisional events via Decisional...
-
X-ray and UV Radiation Damage of dsDNA/Protein Complexes
PublicationRadiation and photodynamic therapies are used for cancer treatment by targeting DNA. However, efficiency is limited due to physico-chemical processes and the insensitivity of native nucleobases to damage. Thus, incorporation of radio- and photosensitizers into these therapies should increase both efficacy and the yield of DNA damage. To date, studies of sensitization processes have been performed on simple model systems, e.g.,...
-
Benzonaza(R): możliwości praktycznych zastosowań.
PublicationBenzonaza znajduje zastosowanie w efektywnym obniżaniu lepkości i usuwaniu kwasów nukleinowych z roztworów białkowych. Zbadano w praktyce jej możliwości aplikacyjne w oczyszczaniu białek rekombinantowych wiążących jednoniciowe DNA (ang. SSB - single stranded DNA binding protein).
-
A new MIC1-MAG1 recombinant chimeric antigen can be used instead of the Toxoplasma lysate antigen in the serodiagnosis of human toxoplasmosis
PublicationW niniejszej publikacji po raz pierwszy przedstawiono otrzymanie i oszacowanie przydatności diagnostycznej nowego chimerycznego antygenu MIC1-MAG1 Toxoplasma gondii do rozpoznawania toksoplazmozy u ludzi. Antygen chimeryczny MIC1-MAG1 został otrzymany jako białko fuzyjne zawierające dwie domeny oligohistydynowe na N- i C-końcu z użyciem systemu ekspresyjnego Escherichia coli. Po oczyszczeniu z wykorzystaniem metody chromatografii...
-
Możliwości zastosowań, potencjalne źródła oraz ewolucja technologiczna sposobu otrzymywania trehalozy ze szczególnym uwzględnieniem enzymu syntazy trehalozy [EC 5.4.99.16]
PublicationJedna z wiodących gałęzi współczesnej biotechnologii opiera się na produkcji białek – przede wszystkim enzymów. Są one powszechnie wykorzystywane: od przemysłu chemicznego poprzez przemysł spożywczy aż po medycynę i życie codzienne (czy ktoś wyobraża sobie w dzisiejszych czasach proszek do prania „bez enzymu”). Przed rozwojem nowoczesnych metod biologii molekularnej i inżynierii genetycznej pozyskiwano interesujące substancje z...
-
O odpowiedzialności płynącej z funkcjonowania elektrowni jądrowej
PublicationOdkąd powstał pomysł budowy elektrowni jądrowej w Polsce, w naszym kraju rozgorzała dyskusja na temat bezpieczeństwa związanego z funkcjonowaniem takiego obiektu. Społeczności lokalne, w miejscach przewidzianych pod budowę elektrowni, mają różnorodne zdanie na ten temat. Zostają zakładane komitety przeciwko budowie elektrowni jądrowej jak również opozycyjne stowarzyszenia. Taki obraz rzeczywistości uświadamia nam, że nasze społeczeństwo...
-
Genotyping Techniques for Determining the Diversity of Microorganisms
PublicationTyping of microbial pathogens, or identifying bacteria at the strain level, is particularly important for diagnosis, treatment, and epidemiological surveillance of bacterial infections. This is especially the case for bacteria exhibiting high levels of antibiotic resistance or virulence, and those involved in nosocomial or pandemic infections. Strain typing also has applications in studying bacterial population dynamics. The part...
-
A simple modification to improve the accuracy of methylation-sensitive restriction enzyme quantitative polymerase chain reaction
PublicationDNA digestion with endonucleases sensitive to CpG methylation such as HpaII followed by polymerase chain reaction (PCR) quantitation is commonly used in molecular studies as a simple and inexpensive solution for assessment of region-specific DNA methylation. We observed that the results of such analyses were highly overestimated if mock-digested samples were applied as the reference.We determined DNA methylation levels in several...