Filters
total: 25349
filtered: 20425
-
Catalog
- Publications 20425 available results
- Journals 51 available results
- Conferences 3 available results
- Publishing Houses 5 available results
- People 716 available results
- Inventions 102 available results
- Projects 277 available results
- Laboratories 18 available results
- Research Teams 43 available results
- Research Equipment 8 available results
- e-Learning Courses 1751 available results
- Events 593 available results
- Open Research Data 1357 available results
Chosen catalog filters
displaying 1000 best results Help
Search results for: RNA SEQUENCING
-
Urinary Measurement of 8-OxodG, 8-OxoGua, and 5HMUra: A Noninvasive Assessment of Oxidative Damage to DNA
Publication -
Mass spectrometry reveals the presence of specific set of epigenetic DNA modifications in the Norway spruce genome
Publication -
Critical factors for the performance of chip array-based electrical detection of DNA for analysis of pathogenic bacteria
Publication -
Effects of flavonoids on expression of genes involved in cell cycle regulation and DNA replication in human fibroblasts
Publication -
DNA methylation analysis of benign and atypical meningiomas: correlation between RUNX3 methylation and WHO grade
Publication -
The Degree of Global DNA Hypomethylation in Peripheral Blood Correlates with That in Matched Tumor Tissues in Several Neoplasia
Publication -
Prolonged Quercetin Administration Diminishes the Etoposide-Induced DNA Damage in Bone Marrow Cells of Rats
Publication -
Buserelin Acetate Reduces Mortality and DNA Defragmentation of Bovine Sperm Cells Exposed to Oxidative Stress
Publication -
Usefulness of the PCR technique for bacterial DNA detection in blood of the patients after ''oppened heart'' operations.
PublicationOperacje kardiochirurgiczne w krążeniu pozaustrojowym (KPU) poprzez ogromny uraz, powodowanie występowania zaburzeń odporności oraz uszkodzenie barier anatomicznych stwarzają sytuację wybitnie sprzyjającą rozwojowi powikłań infekcyjnych u tych chorych. Prowadzenie terapii antybiotykowej profilaktycznej i leczniczej, a także selektywna dekontaminacja przewodu pokarmowego może utrudniać i przedłużać czas rozpoznania obecności bakterii...
-
Increased resonance energy transfer between fluorophores bound to DNA in proximity to metallic silver particles.
PublicationZbadano wpływ nanocząstek metalicznego srebra na rezonansowe przekazywanie energii między fluoroforami związanymi z DNA. Donor (pochodna kumaryny) i akceptor (Cy3) umieszczono na przeciwległych końcach DNA o strukturze podwójnej helisy i o 23 parach bazowych. W nieobecności cząstek srebra wydajność przekazywania energii w tym układzie wynosiła ok. 9%, zaś po umieszczeniu go między kwarcowymi płytkami pokrytymi filmem wysepek...
-
Decisional DNA (DDNA) Based Machine Monitoring and Total Productive Maintenance in Industry 4.0 Framework
PublicationThe entire manufacturing spectrum is transforming with the advent of Industry 4.0. The features of Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and Decisional DNA (DDNA) were utilized for developing Virtual Engineering Objects (VEO), Virtual Engineering Process (VEP) and Virtual Engineering Factory (VEF), which in turn facilitate the creation of smart factories. In this study, DDNA based Machine Monitoring for Total Maintenance...
-
Sequence-dependent structural properties of B-DNA: what have we learned in 40 years?
PublicationThe structure of B-DNA, the physiological form of the DNA molecule, has been a central topic in biology, chemistry and physics. Far from uniform and rigid, the double helix was revealed as a flexible and structurally polymorphic molecule. Conformational changes that lead to local and global changes in the helix geometry are mediated by a complex choreography of base and backbone rearrangements affecting the ability of the B-DNA...
-
RNS reverse high-speed converter with quasi-regular structure based on the Chinese Remainder Theorem
PublicationPrzedstawiono dwie nowe architektury szybkiego konwertera z systemuresztowego do systemu binarnego oparte o chińskie tw. o resztach. Zastosowano nowe struktury 4-operandowych sumatorów modulo 2M. Pierwsza ze struktur oparta jest o wstępne sumowanie najstarszych bitów wektorów sumy i przeniesienia na wyjściu sumatora CSA, natomiast druga o bezpośrednie wykrywanie przekroczenia 2M. Konwerter wykorzystujący drugą ze struktur charakteryzuje...
-
Unraveling the Interplay between DNA and Proteins: A Computational Exploration of Sequence and Structure-Specific Recognition Mechanisms
PublicationMy PhD dissertation focused on DNA-protein interactions and the recognition of specific DNA sequences and structures. I discovered that acidic amino acid residues (Asp/Glu) play a crucial role by exhibiting a preference for cytosine. Their contribution to binding affinity depends on nearby cytosines, balancing electrostatic repulsion with specific interactions. Acidic residues act as negative selectors, discouraging non-cytosine...
-
Identification and properties of the Deinococcus grandis andDeinococcus proteolyticus single-stranded DNA binding proteins (SSB)
PublicationW celu poznania właściwości biochemicznych białek SSB pochodzących z Deinococcus grandis (DgrSSB) i Deinococcus proteolyticus (DprSSB) sklonowano zaamplifikowane w reakcji PCR geny ssb w systemie ekspresyjnym Escherichia coli. Geny składają się z 891(DgrSSB) i 876 (DprSSB) nukleotydów kodujących odpowiednio 296 i 291 reszt aminokwasowych o teoretycznie wyznaczonej masie cząsteczkowej dla białek, równej 32,29 i 31,33 kDa. Sekwencja...
-
Modulation of cellular response to anticancer treatment by caffeine:inhibition of cell cycle checkpoints, DNA repair and more
PublicationKofeina i inne metyloksantyny wywołują bardzo różne efekty fizjologiczne w organizmie człowieka. W pracy przedstawiamy, które z tych efektów mogą wpływać na skuteczność terapii przeciwnowotworowych. Kofeina może bezpośrednio wpływać na transport oraz aktywację metaboliczną cząsteczek leków do komórki, poprzez tworzenie kompleksów z lekami zawierającymi układy poliaromatyczne. Kofeina hamuje aktywność kinaz ATM/ATR co prowadzi do...
-
Emplying set of experience knowledge structure and decisional DNA to enhance industrial design: conceptual approach
PublicationZaprezentowano koncepcje wspomagania projektowania przemyslowego przy pomocy nowoczenego podejscia do reprezentacji wiedzy w postaci SOEKS oraz Decyzyjnego DNA
-
Silver nanoparticles induce premutagenic DNA oxidation that can be prevented by phytochemicals from Gentiana asclepiadea
PublicationAmong nanomaterials, silver nanoparticles (AgNPs) have the broadest and most commercial applications due to their antibacterial properties, highlighting the need for exploring their potential toxicity and underlying mechanisms of action. Our main aim was to investigate whether AgNPs exert toxicity by inducing oxidative damage to DNA in human kidney HEK 293 cells. In addition, we tested whether this damage could be counteracted...
-
Defining a novel domain that provides an essential contribution to site-specific interaction of Rep protein with DNA
PublicationAn essential feature of replication initiation proteins is their ability to bind to DNA. In this work, we describe a new domain that contributes to a replication initiator sequence-specific interaction with DNA. Applying biochemical assays and structure prediction methods coupled with DNA–protein crosslinking, mass spectrometry, and construction and analysis of mutant proteins, we identified that the replication initiator of the...
-
Real-time isothermal DNA amplification monitoring in picoliter volumes using an optical fiber sensor
PublicationRolling circle amplification (RCA) of DNA can be considered as a great alternative to the gold standard polymerase chain reaction (PCR), especially during this pandemic period, where rapid, sensitive, and reliable test results for hundreds of thousands of samples are required daily. This work presents the first research to date on direct, real-time and label-free isothermal DNA amplification monitoring using a microcavity in-line...
-
When Neural Networks Meet Decisional DNA: A Promising New Perspective for Knowledge Representation and Sharing
PublicationABSTRACT In this article, we introduce a novel concept combining neural network technology and Decisional DNA for knowledge representation and sharing. Instead of using traditional machine learning and knowledge discovery methods, this approach explores the way of knowledge extraction through deep learning processes based on a domain’s past decisional events captured by Decisional DNA. We compare our approach with kNN (k-nearest...
-
Mitochondrial DNA copy number and trimethylamine levels in the blood: New insights on cardiovascular disease biomarkers
PublicationAmong cardiovascular disease (CVD) biomarkers, the mitochondrial DNA copy number (mtDNAcn) is a promising candidate. A growing attention has been also dedicated to trimethylamine-N-oxide (TMAO), an oxidative derivative of the gut metabolite trimethylamine (TMA). With the aim to identify biomarkers predictive of CVD, we investigated TMA, TMAO, and mtDNAcn in a population of 389 coronary artery disease...
-
DNA Methylation Changes Induced by Redox-Active Compounds—Choosing the Right PCR-Based Method
PublicationThe impact of catechins on the expression profile of redox-related genes in HT29 cell line has been studied recently by our group using Oxidative Stress RT2 Profiler PCR Array. Within the examined panel of 84 genes, the down-regulation of SRXN1 gene was unique among other up-regulated genes. We hypothesized that the observed down-regulation resulted from DNA methylation and have exploited this observation to choose the proper strategy...
-
Molecular basis for the DNA damage induction and anticancer activity of asymmetrically substituted anthrapyridazone PDZ-7
Publicationnthrapyridazones, imino analogues of anthraquinone, constitute a family of compounds with remarkable anti-cancer activity. To date, over 20 derivatives were studied, of which most displayed nanomolar cytotoxicity towards broad spectrum of cancer cells, including breast, prostate and leukemic ones. BS-154, the most potent derivative, had IC50 values close to 1 nM, however, it was toxic in animal studies. Here, we characterize another...
-
Support Product Development Framework by Means of Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and Decisional DNA
PublicationIn this paper, we propose a framework to support product development activi-ties by utilizing Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and Decisional DNA (DDNA). This idea will provide a new direction to researchers working on product development, especially designers and manufacturers. They will be working on the same platform and this will be reducing their communication gap. Once the final idea is perceived about product...
-
How proteins bind to DNA: target discrimination and dynamic sequence search by the telomeric protein TRF1
PublicationTarget search as performed by DNA-binding proteins is a complex process, in which multiple factors contribute to both thermodynamic discrimination of the target sequence from overwhelmingly abundant off-target sites and kinetic acceleration of dynamic sequence interrogation. TRF1, the protein that binds to telomeric tandem repeats, faces an intriguing variant of the search problem where target sites are clustered within short fragments...
-
Genome-wide DNA methylation profiling of the regenerative MRL/MpJ mouse and two normal strains
PublicationAims We aimed to identify the pivotal differences in the DNA methylation profiles between the regeneration capable MRL/MpJ mouse and reference mouse strains. Materials and Methods Global DNA methylation profiling was performed in ear pinnae, bone marrow, spleen, liver, heart from uninjured adult females of the MRL/MpJ and C57BL/6J and BALB/c. Results and conclusion A number of differentially methylated regions distinguishing between...
-
Application of potential theory in calculating wave-induced vertical forces on horizontal cylinders near a plane boundary
PublicationHydrodynamiczne obciażenia wywołane falowaniem morskim działajace na poziomo ułożoną przy dnie rurę, rozpatrywane są w ujęciu dyfrakcyjnym przy założeniu istnienia funkcji potencjału. Potencjał zdefiniowano jako superpozycję potencjału fali inicjującej oraz potencjału perturbacji spowodowanej istnieniem obiektu przy dnie. Wyniki rozwiązań teoretycznych porównano z wynikami doswiadczeń przeprowadzonych w Wielkim Kanale falowym w...
-
A distillery by-product as an external carbon source for enhancing denitrification in mainstream and sidestream treatment processes
PublicationThe use of fusel oil as an 'alternative' carbon source for denitrification in the mainstream and sidestream treatment processes was studied. Research comprised two kinds of batch experiments as well as acclimation of process biomass to external carbon sources. In the conventional nitrate utilization rate (NUR) measurements (one-phase experiments with non-acclimated biomass), the NUR with fusel oil was 1.4-1.7 g N/(kg VSS•h which...
-
The New Klebsiella pneumoniae ST152 Variants with Hypermucoviscous Phenotype Isolated from Renal Transplant Recipients with Asymptomatic Bacteriuria-Genetic Characteristics by WGS.
PublicationKlebsiella pneumoniae (Kp) is one of the most important etiological factors of urinary tract infections in renal transplant (RTx) recipients. We described the antimicrobial susceptibility phenotypes and genomic features of two hypermucoviscous (HM) Kp isolates recovered from RTx recipients with asymptomatic bacteriuria (ABU). Using whole genome sequencing (WGS) data, we showed that the strains belong to the ST152 lineage with the...
-
Badanie przyczyn korozji zbiorników magazynowych na paliwa na terenie stacji benzynowej grupy Lotos w Pruszkowie
PublicationPrzedstawiono wyniki oględzin zbiornika na olej napędowy eksploatowany na stacji benzynowej w Pruszkowie. Przedstawiono możliwe przyczyny powstania zniszczeń korozyjnych w dolnej części zbiornika.
-
Koncepcja szacowania wpływu drgań komunikacyjnych na budynki i na ludzi przy użyciu sztucznych sieci neuronowych
PublicationKoncepcja szacowania wpływu drgań komunikacyjnych na budynki i na ludzi przy użyciu sztucznych sieci neuronowych
-
Dobre praktyki w zarządzaniu jakością kształcenia na studiach doktoranckich uczelni technicznych - na przykładzie Politechniki Gdańskiej
PublicationW pierwszej części opracowania zaprezentowano europejskie standardy w zakresie zarządzania jakością kształcenia przyjęte przez europejskie gremia zajmujące się szkolnictwem wyższym oraz omówiono poziom zaawansowania ich implementacji w polskim systemie szkolnictwa wyższego. W części drugiej omówiono znaczenie zorientowanego procesowo systemu zarządzania dla organizacji i realizowania przez nią celów strategicznych. Rozdział trzeci...
-
Analizy numeryczne na podstawie różnych modeli konstytutywnych gruntu na przykładzie posadowienia pylonu mostu MA21 (A8)
PublicationPrzedstawiono rezultaty analiz numerycznych z zastosowaniem trzech różnych modeli gruntów w odniesieniu do rzeczywistego obiektu. Zamieszczono opisy wszystkich wykorzystanych modeli. Obliczenia wykonano metodą elementów skończonych na modelach w płaskim i przestrzennym stanie odkształcenia. Uzyskane wyniki porównano i opatrzono komentarzem.
-
Wpływ drogi skrawania i zużycia narzędzia na strukturę geometryczną powierzchni przedmiotu przy toczeniu na twardo
PublicationWpływ drogi skrawania i zużycia narzędzia na strukturę geometryczną powierzchni przedmiotu przy toczeniu na twardo za pomocą ostrzy z polikrystalicznego regularnego azotku boru. Otrzymane wyniki badań prowadzonych w warunkach przemysłowych wykazały wpływ zużycia ostrza na zmianę parametru horyzontalnego RSm w funkcji spiralnej drogi skrawania, pomimo niezauważalnych zmian parametru chropowatości Ra.
-
Narzędzia kształcenia na odległość i ich wykorzystanie na Wydziałach Inżynierii Lądowej Politechniki Gdańskiej i Warszawskiej.
PublicationW artykule przedstawiono doświadczenia we wdrażaniu narzędzi kształcenia na odległość na Wydziałach Inżynierii Lądowej Politechniki Gdańskiej i Warszawskiej. Zaprezentowano tworzenie zasobów edukacyjnych (wykłady, ćwiczenia, testy) oraz wspomaganie zajęć z przedmiotu Podstawy Informatyki przy pomocy darmowej platformy internetowej Moodle. Kształcenie na odległość, internetowa platforma Moodle
-
Jak wiele wiedzy warto zdobyć na studiach? Strategie studiowania na przykładzie studentów zarządzania Politechniki Gdańskiej
PublicationDane statystyczne dotyczące obiektywnej sytuacji osób kończących studia na uczelni wyższej (np. łatwość znalezienia pracy, początkowe zarobki) wskazują na racjonalność podjęcia decyzji o studiowaniu. Jednocześnie w obliczu głosów krytykujących system kształcenia wyższego, dla studentów najistotniejszym profitem osiąganym w wyniku studiów może stawać się dyplom ich ukończenia. W artykule opisane są przeprowadzone przez autorów badania...
-
Wpływ metody obliczania intensywności wymiany powietrza w budynku na dokładność prognozowania jego zapotrzebowania na energię
PublicationW artykule poddano analizie dwie odmienne metody służące do symulacji zużycia energii do ogrzewania i wentylacji w budynku. Pierwsza części artykułu porównuje pod względem matematycznym, dwa modele energetyczne budynku, wykorzystujące odmienne podejścia do modelowania przepływu powietrza w pomieszczeniach. Natomiast w drugiej części artykułu zostaną porównane wyniki obliczeń numerycznych z wynikami pomiarów rzeczywistych wartości...
-
Analiza wpływu parametrów budynku i źródeł ciepła na zapotrzebowanie na energię pierwotną budynku mieszkalnego wielorodzinnego
PublicationW publikacji przedstawiono analizę parametrów, które mogą wpływać na charakterystykę energetyczną budynków mieszkalnych wielorodzinnych. Analizą objęto stopień ochrony cieplnej budynku, rodzaj źródła ciepła oraz wyposażenie lokali mieszkalnych określające wymagane strumienie powietrza wentylacyjnego. Wskazane zostały uwarunkowania uzyskania wartości wskaźnika EP budynku poniżej wartości granicznych, określonych w przepisach techniczno-budowlanych.
-
Holistyczne zarządzanie obiektami zdegradowanymi na obszarach miejskich na przykładzie bazy paliw w Gdańsku Nowym Porcie.
PublicationRosnąca liczba zdegradowanych obiektów na terenach miejskich stanowi istotny problem większości miast europejskich. Obecność tego rodzaju obiektów w strukturze miasta wiąże się z licznymi problemami o charakterze ekonomicznym, urbanistycznym i społecznym, a często powodują również zanieczyszczenie środowiska i obniżenie walorów krajobrazowych. Skuteczne zagospodarowanie takich obiektów umożliwia wdrożenie holistycznej rewitalizacji,...
-
Planowanie partycypacyjne w Warszawie nakierowane na poprawę jakości przestrzeni publicznych, ukazane na przykładzie Miasteczka Wilanów
PublicationPlanowanie przestrzenne jest tą dziedziną, w której obecność́ elementów demokracji bezpośredniej ma szczególne uzasadnienie, ponieważ dotyczy interesów zarówno całej społeczności lokalnej, jak i poszczególnych jej członków. Opracowanie zawiera opis działań mieszkańców stolicy, którzy zainteresowani swoim otoczeniem zmieniają je według ich potrzeb. W Warszawie partycypacja obywateli staje się coraz częstszą praktyką podczas debaty...
-
Opinia na temat przecieków występujących na płycie fundamentowej budynki Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku.
PublicationEkspertyza dotyczy określenia przyczyn przecieków w płycie fundamentowej oraz środków zaradczych.
-
System wspomagający diagnozowanie chorób na obrazach endoskopowych przy użyciu nowoczesnych algorytmów działających na platformie Kaskada
PublicationPraca ma na celu opisanie działania systemu, stworzonego w ramach projektu Mayday 2012 prowadzonego przez Politechnikę Gdańską, mającego na celu wspomaganie lekarza w badaniach endoskopowych. W pracy przedstawiono poszczególne komponenty, z których składa się system, ich wzajemne powiązania oraz sposób integracji ze środowiskiem równoległego przetwarzania KASKADA (Kontekstowa Analiza Strumieni danych z Kamer dla Aplikacji Definiujących...
-
Katastrofy i awarie stalowych wieżowych zbiorników na wodę z czaszą opartą na jednym słupie rurowym
PublicationCelem referatu jest zwrócenie uwagi polskich projektantów i wykonawców inwestycji na pozornie błache przyczyny, które mogą doprowadzić do katastrofy lub awarii wieżowego zbiornika jednego z najczęściej stosowanych typów. W referacie omówiono trzy katastrofy i jedną awarię spowodowane:a)złą koncepcją konstrukcji czaszy zbiornika złożonej z prefabrykatów łączonych śrubami. Prefabrykaty były cynkowane zanurzeniowo w wannach cynkowniczych...
-
Absolwent uczelni technicznej na rynku pracy - na przykładzie badań absolwentów Politechniki Gdańskiej z rocznika 2010
Publication...
-
Assessment of diversity and composition of bacterial community in Sludge Treatment Reed Bed systems
PublicationDue to their low emission of odours and lack of the need to apply additional chemical agents, sludge treatment reed beds (STRBs) constitute an economically feasible and eco-friendly approach to sewage sludge management. Correctly designed and operated STRBs ensure effective reduction of the dry matter content coupled with the mineralisation of organic compounds. Successful operation of STRBs relies on complex interactions between...
-
Bee Pollen and Bee Bread as a Source of Bacteria Producing Antimicrobials
PublicationThe principal objective of the study was the isolation and identification of bacteria that are present in mature bee bread (BB) and dried (ready for selling and consumption) bee pollen (BP). Obtained isolates were screened for their potential to inhibit select human pathogenic bacteria and their ability to produce enzymes of particular industrial importance. Four and five samples of BP and BB, respectively, were used for the study....
-
Zaleganie skroplin na powierzchni rur gęstożebrowanych
PublicationW artykule przedstawiono aktualny stan wiedzy w zakresie skraplania na rurach poprzecznie ożebrowanych. Zwrócono uwagę na wpływ gęstości ożebrowania na zjawisko zalegania skroplin w kanałach międzyżebrowych tego typu rur. Jednym ze sposobów ułatwiających spływ cieczy z powierzchni rur o dużej gęstości żeber jest zastosowanie specjalnej wzdłużnej płetwy drenującej. Dla oceny skuteczności jej działania przeprowadzono badania modelowe...
-
Fotowoltaika w Polsce i na świecie
PublicationPrzemysł fotowoltaiczny jest jednym z najintensywniej rozwijających się na świecie: w roku 2007 zainwestowano w sektorze odnawialnych źródeł energii ponad 100 miliardów dolarów amerykańskich, z czego 30% stanowią fundusze, które przypadły fotowoltaice. Dodatkowo ponad 10 milionów dolarów kosztowały nowe linie produkujące ogniwa i moduły PV. Wśród czołowych inwestorów znalazły się kraje: Niemcy, Chiny, USA, Hiszpania, Japonia i...
-
Modernizacja stopni piętrzących na rzece Gwda
PublicationSpecyficzne warunki środowiskowe budowli hydrotechnicznych powodują ich szybsze starzenie się w porównaniu do innych obiektów budowlanych. W rezultacie konieczne jest przeprowadzanie systematycznych remontów budowli w celu zachowania ich odpowiedniego stanu technicznego i stopnia bezpieczeństwa. W referacie przedstawiono zwięzły opis modernizacji budowli hydrotechnicznych na rz. Gwda przeprowadzonych w okresie ostatnich kilku lat....