Filters
total: 383
Search results for: UKR
-
Principles and applications of Ligation Mediated PCR methods for DNA-based typing of microbial organisms
PublicationA significant number of DNA-based techniques has been introduced into the field of microorganisms’ characterization and taxonomy. These genomic fingerprinting methods were developed to detect DNA sequence polymorphisms by using general principles, such as restriction endonuclease analysis, molecular hybridization, and PCR amplification. In recent years, some alternative techniques based on ligation of oligonucleotide adapters before...
-
Toxoplasma gondii: Usefulness of ROP1 recombinant antigen in an immunoglobulin G avidity assay for diagnosis of acute toxoplasmosis in humans
PublicationWyniki zawarte w niniejszej pracy pokazują, iż antygen rekombinantowy ROP1 Toxoplasma gondii może być użyteczny w wykrywaniu wczesnej fazy toksoplazmozy z zastosowaniem testu oznaczania awidności przeciwciał klasy IgG. W przeprowadzonych badaniach wykazano, że specyficzne przeciwciała o niskiej awidności były wykrywane w surowicach pacjentów z wczesną fazą choroby, natomiast przeciwciała o wysokiej awidności lub ich brak notowano...
-
The New LM-PCR/Shifter Method for the Genotyping of Microorganisms Based on the Use of a Class IIS Restriction Enzyme and Ligation Mediated PCR
PublicationThis study details and examines a novel Ligation-Mediated - Polymerase Chain Reaction (LM-PCR) method. Named the LM-PCR/Shifter, it relies on the use of a Class IIS restriction enzyme giving restriction fragments with different 4 base, 5' overhangs, this being the Shifter, and the ligation of appropriate oligonucleotide adapters. A sequence of 4-base, 5' overhangs of the adapter and a 4-base sequence of the 3' end of the primer(s)...
-
Construction and purification of his6-Thermus thermophilus MutS protein.
PublicationGen mutS z termofilnej bakterii Thermus thermophilus zamplifikowano przy użyciu PCR, sklonowano i przeprowadzono jego ekspresję w E. coli. Rekombinantowe białko MutS zawierające oligohistydynową domenę na N-końcu oczyszczono w jednoetapowej procedurze przy wykorzystaniu chromatografii powinowactwaNi(2+). Zdolność do rozpoznania niekomplementarności białka his(6)-MutS potwierdzono w eksperymentach ochrony DNA przed trawieniem...
-
International conference “Images of Europe in Transition”, Kiev/Ukraine, 25th-26th november 2016 Conference report
Publication -
Agnieszka Pladzyk dr hab. inż.
PeopleAgnieszka Pladzyk, born in 1973 in Pisz, graduated in 1998 in Biotechnology from the Faculty of Chemistry GUT. Her MSc thesis entitled Production of recombinant human calcitonin in bacterial system and its purification with the use of metal affinity chromatography was done under the supervision of professor Józef Kur. In 2003 she defended the PhD with distinctions and her PhD thesis entitled Cobalt tri-tert-butoxysilanethiolates...
-
How do responsible universities perceive their social engagement? In search of signs of Creating Shared Value by the University
PublicationObjectives: University social responsibility still lacks legitimisation and is perceived as a burden that hinders academics from doing research and teaching. Creating Shared Value by the University may serve as a tool to motivate universities to engage in initiatives for society, as this is beneficial for both parties. Yet, some researchers perceive the creation of economic value as inappropriate for academia. Thus, it was interesting...
-
Whole-genome sequencing and antimicrobial potential of bacteria isolated from Polish honey
PublicationThe aim of this study was the whole-genome analysis and assessment of the antimicrobial potential of bacterial isolates from honey harvested in one geographical location—the north of Poland. In total, 132 strains were derived from three honey samples, and the antimicrobial activity of CFAM (cell-free after-culture medium) was used as a criterion for strain selection and detailed genomic investigation. Two of the tested isolates...
-
Natalia Sokół dr inż.
PeopleBACKGROUND Master of Science in Light and Lighting (2008-2009/11) The UCL Bartlett School of Graduate Studies, Faculty of the Built Environment, London, UK, www.bartlett.ucl.ac.uk MA Degree in Interior Architecture (1999-2004), The Academy of Fine Arts, Poznan, Poland, www.uap.edu.pl MA Degree in Art Education (1997-2002), Academy of Fine Arts, Poznan, Poland, www.uap.edu.pl MAIN RESEARCH AREAS · ...
-
Dariusz Mikielewicz prof. dr hab. inż.
PeopleProfessor Dariusz Mikielewicz – born on February 6, 1967. in Gdansk. Here in 1974 he enrolled first to the Elementary School No. 17, and then in the Grammar School No. 5, named after Stefan Żeromski in Gdansk-Oliwa. After graduating from the Secondary School, with honors, in 1985 he successfully passed the entrance exams to the Faculty of Mechanical Engineering of Technical University of Gdansk, where he graduated with a very good...
-
Urban space recovery. Landscape-beneficial solutions in new estates built in post-industrial and post-military areas in Bristol, Poznań and Gdańsk
PublicationThe limitation of territorial expansion and the implementation of the idea of a compact city are generally accepted paradigms of spatial development of contemporary cities. In consequence, actions are taken to improve the quality of city landscape and revitalise vacant areas. This study approaches the process of city regeneration as transformation and supplementation of the existing urban structure as well as creation of multifunctional, structurally,...
-
Validation of Interpolation Algorithms for Multiscale UV-VIS Imaging Using UAV Spectrometer
PublicationIn this study, we present a comparison of popular methods for the interpolation of irregular spatial data in order to determine the applicability of each algorithm for hyperspectral reflectance estimation. The algorithms were benchmarked against a very high-resolution orthoimage from an RGB camera and medium-resolution satellite imagery from Sentinel-2A. We tested five interpolation algorithms: Triangulated Irregular Network (TIN),...
-
URBAN TRANSFORMATIONS
PublicationMentor&Student Research Lab is a common initiative of the members of Gdańsk University of Technology student research club, Urban Revolution Laboratory LEM-ur and International Society of City and Regional Planners ISOCARP. The aim of the event was to promote collaboration of professionals and the student in the area of research on the city and the region. During three months' Workshop five groups leaded by ISOCARP Mentors performed...
-
Toxoplasma gondii: Enzyme-Linked Immunosorbent Assay using different fragments of recombinant microneme protein 1 (MIC1) for detection of immunoglobulin G antibodies
PublicationTrzy rekombinantowe fragmenty białka antygenowego MIC1 Toxoplasma gondii (r-MIC1ex2, r-MIC1ex34 i r-MIC1) zostały wyprodukowane jako białka fuzyjne (zawierające dwie domeny oligohistydynowe na N- i C-końcu) w komórkach bakteryjnych Escherichia coli. Homogenne preparaty antygenów rekombinantowych otrzymane z zastosowaniem jednoetapowego oczyszczania metodą chromatografii metalopowinowactwa, wykorzystano następnie do immunoidentyfikacji...
-
Extracellular secretion of Pseudoalteromonas sp. cold-adapted esterase in Escherichia coli in the presence of Pseudoalteromonas sp. components of ABC transport system
PublicationEnzymy lipolityczne, głównie lipazy i esterazy, stanowią cenną grupę biokatalizatorów wykorzystywanych w przemyśle. Coraz większe zainteresowanie tą klasą enzymów sprawiło, że poszukuje się alternatywnych źródeł ich pozyskiwania. W celu zbadania wpływu białek transportu ABC Pseudoalteromonas sp. 643A na ekspresję genu, sekrecję i aktywność esterazy EstA z tego mikroorganizmu w systemie ekspresyjnym E. coli skonstruowano układ do...
-
Genotyping and characterization of virulence factors in Escherichia coli strains isolated from patients from Polish hospital
PublicationZakażenia układu moczowego (UTIs - ang. urinary track infections) są jedną z najczęstszy infekcji, za które w 85% przypadków odpowiedzialne są bakterie Escherichia coli. Infekcje układu moczowego mogą prowadzić do groźnych powikłań m. in. odmiedniczkowego zapalenia nerek. Śmiertelność wśród tej grupy pacjentów wynosi 1-3%. Zakażenia układu moczowego występują również u ok. 7% kobiet ciężarnych. W pracy przebadano 82 szczepy E....
-
Purification to Homogeneity of Candida albicans Glucosamine-6-phosphate Synthase Overexpressed in Escherichia coli
Publication -
Epidemiological study of Toxoplasma gondii infection among cattle in Northern Poland
PublicationToxoplasmosis, caused by Toxoplasma gondii, is a significant disease in livestock and humans. Because of medical and veterinary importance it is essential to study the prevalence of T. gondii infection among human and animals in various parts of the word. In this study, 4033 cattle from eight provinces of Northern Poland (belonging to 190 herds) were tested for IgG antibodies against T. gondii by an in-house ELISA technique based...
-
Emerging linezolid-resistant, vancomycin resistant Enterococcus faecium from a patient of a haematological unit in Poland.
PublicationOksazolidynowy antybiotyk, linezolid, jest stosowany w terapii infekcji powodowanych przez różne Gram-dodatnie bakterie, włączając w to vankomycyno-oporne enterokoki (VRE). Praca pokazuje po raz pierwszy w Polsce izolację szczepu Enterococcus faecium (LRVREF)opornego na linezolid oraz vankomycynę. Stosując techniki PCR-RFLP regionu rDNA i allelo specyficzny PCR domeny V regionu 23S rDNA wykazano obecność mutacji G2576U, identyfikowanej...
-
Extended-spectrum beta-lactamase-producing Klebsiella pneumoniae in a neonatal unit: control of an outbreak using a new ADSRRS technique
PublicationSzczepy Klebsiella pneumoniae (EPKP)produkujące beta-laktamazy o rozszerzonym spektrum substratowym (ESBL)stanowią często problem zakażeń na oddziałach noworodkowych. Izolaty od 149 pacjentów poddano typowaniu nową metodą opartą na zjawisku supresji PCR, ADSRRS-fingerprinting, wykazując pochodzenie klonalne badanych szczepów. Użyteczność techniki ADSRRS-finerprinting została potwierdzona innymi metodami - RAPD i PFGE.
-
The optimal mixture of Toxoplasma gondii recombinant antigens (GRA1, P22, ROP1) for diagnosis of ovine toxoplasmosis
PublicationToxoplasmosis, caused by Toxoplasma gondii, is the major parasitic disease affecting sheep. Infection not only results in significant reproductive losses in these animals, but has public health implications since consumption of infected meat can facilitate zoonotic transmission. Although several serological tests are currently used for diagnosis of ovine toxoplasmosis, production of reliable reagents is a constraint and therefore...
-
Phenotypic consequences of the LYS4 gene disruption in Candida albicans
PublicationThe main scientific purpose of our studies was to verify the hypothesis that homoaconitase (HA) from Candida albicans, an enzyme catalyzing a second step of the α-aminoadipate pathway (AAP) of L-Lys biosynthesis may become a new target for antifungal chemotherapy. Previous studies indicated that the A. fumigatus mutant lacking the functional lysF gene, encoding HA, exhibited attenuated virulence in a low-dose mouse infection model...
-
Structure of ammonium vanadate synthesis by LPE-IonEx method
Open Research DataThe DataSet contains the XRD patterns, FTIR spectra of NH4VO3 crystals with different morphology obtained by the LPE-IonEx method.
-
Determination of cytotoxic activity of new bisacridines IKE18, IKE19, IKE21 and IE10 against human kidney HEK-293 (ATCC® CRL-1573™) and liver cells HEPG2 (ATCC® HB-8065™)
Open Research DataThe datasets contain the results of determining in vitro cytotoxic activity of compounds using human cell lines assessed by 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazolium bromide (MTT) assay, a method that evaluates cell viability by measuring cellular oxidoreductase activity. Initially, cells were seeded in 96-well culture plates and allowed...
-
Characterization of restriction endonucleaseAjoI fromAcinetobacter johnsonii
Publication -
Robert Bogdanowicz dr hab. inż.
PeopleRobert Bogdanowicz received his Ph.D. degree with honours in Electronics from the Gdansk University of Technology. He worked as a post-doc researcher in Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald Institut für Physik. He has initiated optical emission imaging of muti-magnetron pulsed plasma and contributed to the development of antibacterial implant coatings deposited by high-power impulse magnetron sputtering. He moved back to...
-
Damian Bocheński dr hab. inż.
PeopleDamian Bocheński – ur. 1961 r. w Gdańsku. W latach 1981–1987 studiował w Instytucie Okrętowym Politechniki Gdańskiej, dyplom magistra inżyniera otrzymał w 1987 r.; stopień doktora nauk technicznych otrzymał w 1996 r., a stopień doktora habilitowanego w 2014 r., oba na Wydziale Oceanotechniki i Okrętownictwa Politechniki Gdańskiej. Zatrudniony na Politechnice Gdańskiej od 1987 r. na stanowisku asystenta. Od 1996 r. jest zatrudniony...
-
Krzysztof Wilde prof. dr hab. inż.
PeopleKrzysztof Wilde (born January 11th, 1966 in Gdańsk) – expert in bridge structures, structural mechanics and diagnostics of civil structures. He conducted research on vibration reduction systems for bridges exposed to dynamic loads from winds and earthquakes. At present he is interested in the field of nondestructive testing of materials and structural health monitoring systems. Hi is author or coauthor of over 200 publications...
-
Multiple transcriptional factors regulate transcription of the rpoE gene in Escherichia coli under different growth conditions and when the lipopolysaccharide biosynthesis is defective.
PublicationThe RpoE sigma factor is essential for the viability of Escherichia coli. RpoE regulates extracytoplasmic functions including lipopolysaccharide (LPS) translocation and some of its non-stoichiometric modifications. Transcription of the rpoE gene is positively autoregulated by EσE and by unknown mechanisms that control the expression of its distally located promoter(s). Mapping of 5′ ends of rpoE mRNA identified five new transcriptional...
-
Marek Przyborski dr hab. inż.
PeopleMarek Przyborski (b. March 20, 1964. Chełmża) - His fields of interest are remote sensing and close range photogrammetry. He conducts research on the use of so-called "high-speed cameras" to analyze the rapidly-changing phenomena. Co-author and author of publications dealing with the wide meaning of remote sensing applications related to the construction, transport, engineering, environment and homeland security. He is the author...
-
Type II secretory pathway for surface secretion of DraD invasin from the uropathogenic Escherichia coli Dr+ strain
PublicationWłaściwości wirulentne uropatogennych szczepów Escherichia coli Dr+ IH11128 związane są z obecnością struktur fimbrialnych typu Dr i białka inwazyny DraD, które może na powierzchni komórki bakteryjnej pełnić rolę fimbrialnej podjednostki szczytowej. Ostatnie badania wykazały, że białko DraD jest eksponowane na powierzchni bakterii w dwóch formach: związanej ze strukturą fimbrialną i jako niezależna od fimbrii otoczka białkowa....
-
Preclusion of irreversible destruction of Dr adhesin structures by a high activation barrier for the unfolding stage of the fimbrial DraE subunit
PublicationFimbrie Dr uropatogennych szczepów Escherichia coli stanowią przykład eksponowanych powierzchniowo struktur adhezyjnych podlegających biogenezie według zakonserwowanego, pośród bakterii Gram-ujemnych, systemu "chaperone-usher" ("białko opiekuńcze-zewnątrzbłonowe białko kanałowe"). Powyższe struktury adhezyjne są niezbędne w procesie specyficznej adhezji bakterii do receptorów zlokalizowanych na powierzchni docelowych komórek gospodarza....
-
PCR melting profile (PCR MP) - a new tool for differentiation of Candida albicans strains
PublicationPo raz pierwszy przedstawiliśmy użyteczność techniki PCR MP opartej na metodzie ligacji adaptorów (LM PCR) i obniżonej temperaturze denaturacji w cyklach PCR do wewnątrzgatunkowego różnicowania szczepów Candida albicans. Przebadaliśmy 123 szczepy Candida albicans z zastosowaniem trzech metod genotypowania: PCR MP, REA-PFGE i RAPD i uzyskaliśmy odpowiednio 27, 26 i 25 unikalnych genotypów. Zaprezentowane dane pokazały, że technika...
-
Isolation and identification of the restriction endonuclease Ptal fromPhormidium tadzschicicum, an isoschizomer of BspMII
Publication -
A New MIC1-MAG1 Recombinant Chimeric Antigen Can Be Used Instead of the Toxoplasma gondii Lysate Antigen in Serodiagnosis of Human Toxoplasmosis
Publication -
GRA2 and ROP1 Recombinant Antigens as Potential Markers for Detection of Toxoplasma gondii -Specific Immunoglobulin G in Humans with Acute Toxoplasmosis
Publication -
ADSRRS-fingerprinting and PCR MP techniques for studies of intraspecies genetic relatedness in Staphylococcus aureus
PublicationW pracy pokazano użyteczność dwóch nowych metod do typowania molekularnego Staphylococcus aureus, ADSRRS-fingerprinting (Amplification of DNA fragments Surrounding Rare Restriction Sites) i PCR MP (PCR melting profile). Przebadano 37 szczepów Staphylococcus aureus izolowanych od pacjentów z czyracznością. Jako metodę referencyjną zastosowano REA-PFGE. Okazało się, że izolaty Staphylococcus aureus z nosa od niektórych pacjentów...
-
Biochemical characteristic of biofilm of uropathogenic Escherichia coli Dr+ strains.
PublicationUrinary tract infections caused by Escherichia coli are very common health problem in the developed countries. The virulence of the uropathogenic E. coli Dr+ IH11128 is determined by Dr fimbriae, which are homopolymeric structures composed of DraE subunits with the DraD protein capping the fiber. In this study, we have analyzed the structural and biochemical properties of biofilms developed by E. coli strains expressing Dr fimbriae...
-
A study on the interaction of rhodamine B with methylthioadenosine phosphorylase protein sourced from an Antarctic soil metagenomic library.
PublicationThe presented study examines the phenomenon of the fluorescence under UV light excitation (312 nm) of E. coli cells expressing a novel metagenomic-derived putative methylthioadenosine phosphorylase gene, called rsfp, grown on LB agar supplemented with a fluorescent dye rhodamine B. For this purpose, an rsfp gene was cloned and expressed in an LMG194 E. coli strain using an arabinose promoter. The resulting RSFP protein was purified...
-
The noncanonical disulfide bond as the important stabilizing element of the immunoglobulin fold of the Dr fimbrial DraE subunit
PublicationAdhezyny fimbrialne bakterii patogennych stanowią liniowe asocjaty białkowe odpowiedzialne za wiązanie do specyficznych receptorów na powierzchni komórek gospodarza. Biogeneza tych struktur odbywa się przez system sekrecji typu chaperone/usher zakonserwowany pośród bakterii Gram-ujemnych. Powyższe struktury adhezyjne charakteryzują się wysoką odpornością na denaturację i deasocjację, powodowane przez temperaturę lub chemiczne czynniki...
-
Investigation of interaction between xanthene dye rhodamine B and metagenomic-derivated methylthioadenosine phosphorylase RSFP
PublicationIn the previous study we found that the expression of the metagenomic - derived methylthioadenosine phosphorylase gene (rsfp) in E. coli cells and the presence of rhodamine B in the growth medium were crucial for the pink fluorescence of one E. coli colony from Antarctic soil metagenomic library (Cieśliński et al., 2009). In this study, rsfp gene expression was induced by an arabinose promoter in an LMG194 E. coli strain and the...
-
A new MIC1-MAG1 recombinant chimeric antigen can be used instead of the Toxoplasma lysate antigen in the serodiagnosis of human toxoplasmosis
PublicationW niniejszej publikacji po raz pierwszy przedstawiono otrzymanie i oszacowanie przydatności diagnostycznej nowego chimerycznego antygenu MIC1-MAG1 Toxoplasma gondii do rozpoznawania toksoplazmozy u ludzi. Antygen chimeryczny MIC1-MAG1 został otrzymany jako białko fuzyjne zawierające dwie domeny oligohistydynowe na N- i C-końcu z użyciem systemu ekspresyjnego Escherichia coli. Po oczyszczeniu z wykorzystaniem metody chromatografii...
-
Method for Assessing Rail Transport Competitiveness in Poland and the United Kingdom
PublicationBoth in Poland and United Kingdom, as well as worldwide, railways have to compete with other modes of transport, and the rail industry seeks for possibilities of achieving a competitive advantage over them. Thus, there is a need for methods for assessment of rail transport competitiveness and detection of areas for improvement. This paper presents a method developed for the Polish regional transport market and verified according...
-
Structure of EstA esterase from psychrotrophic Pseudoalteromonas sp. 643A covalently inhibited by monoethylphosphonate.
PublicationThe crystal structure of the esterase EstA from the cold-adapted bacteriumPseudoalteromonas sp. 643A was determined in a covalently inhibited form at aresolution of 1.35 A˚. The enzyme has a typical SGNH hydrolase structureconsisting of a single domain containing a five-stranded beta-sheet, with threehelices at the convex side and two helices at the concave side of the sheet, and isornamented with a couple of very short helices...
-
Identification and molecular modeling of a novel lipase from an Antarctic soil metagenomic library.
PublicationIn this work, we present the construction of a metagenomic library in Escherichia coli using pUC19 vector and environmental DNA directly isolated from Antarctic topsoil and screened for lipolytic enzymes. The screening on agar supplemented with olive oil and rhodamine B revealed one clone with lipolytic activity (Lip1) out of 11,000 E. coli clones. This clone harbored a plasmid, pLip1, which has an insert of 4722 bp that has been...
-
Characterisation of Escherichia coli isolates from the blood of haematological adult patients with bacteraemia: translocation from gut to blood requires the cooperation of multiple virulence factors
PublicationThe aim of the study was to investigate whether there are unique pathotypes of Escherichia coli capable of transmission from the gastrointestinal tract to the vascular bed. The study included E. coli strains isolated from clinical materials collected from 115 patients suffering from haematologic malignancies diagnosed with bacteraemia. The genotyping techniques established that 89 E. coli isolates from the blood had the same genotype...
-
Molecular typing of clinical isolates of Escherichia coli by a new PCR MP method
PublicationTypowanie epidemiologiczne bakterii jest rutynową procedurą stosowaną w badaniach zakażeń szpitalnych i wymaga stosowania odpowiednich metod o wysokim potencjale różnicującym. Przedstawiliśmy możliwości nowej techniki PCR MP w różnicowaniu szczepów E. coli. Rezultaty zostały porównane z wynikami uzyskanymi metodą PFGE.
-
Molecular typing of clinical isolates of Escherichia coli by a new PCR MP method
PublicationTypowanie epidemiologiczne bakterii jest rutynową procedurą stosowaną w badaniach zakażeń szpitalnych i wymaga stosowania odpowiednich metod o wysokim potencjale różnicującym. Przedstawiliśmy możliwości nowej techniki PCR MP w różnicowaniu szczepów E. coli. Rezultaty zostały porównane z wynikami uzyskanymi metodą PFGE.
-
A cold-adapted esterase from psychrotrophic Pseudoalteromonas sp. strain 643A
PublicationDzięki zastosowaniu lipaz możliwa jest biotechnologiczna produkcja m.in. biodegradowalnych biopolimerów, biopaliw (tzw. biodiesel), wielu terapeutyków, herbicydów, pestycydów, kosmetyków, substancji smakowych, serów i in. Szczególnie interesującą grupę stanowią enzymy lipolityczne, pochodzące z organizmów psychrofilnych i psychrotrofowych, ze względu na zdolność do wydajnego katalizowania reakcji w temperaturach rzędu 10-20 ºC....
-
Fatal sepsis in a pregnant woman with pyelonephritis caused by Escherichia coli bearing Dr and P adhesins: diagnosis based on postmortem strain genotyping
PublicationW pracy został opisany pierwszy śmiertelny przypadek młodej kobiety w ciąży z powodu przewlekłego zapalenia odmiedniczkowego nerek spowodowany przez szczepy E. coli z fimbriami typu Dr + i P. Badania pośmiertne wykazały, że śmierć nastąpiła z powodu posocznicy do której doszło na skutek zakażenia szczepami E. coli Dr + . Odmiedniczkowe zapalenie nerek w ciąży jest związane z wieloma powikłaniami, w tym ograniczeniem wzrostu płodu,...