Filtry
wszystkich: 3659
-
Katalog
- Publikacje 2990 wyników po odfiltrowaniu
- Czasopisma 99 wyników po odfiltrowaniu
- Konferencje 4 wyników po odfiltrowaniu
- Wydawnictwa 2 wyników po odfiltrowaniu
- Osoby 82 wyników po odfiltrowaniu
- Projekty 31 wyników po odfiltrowaniu
- Zespoły Badawcze 11 wyników po odfiltrowaniu
- Kursy Online 169 wyników po odfiltrowaniu
- Wydarzenia 7 wyników po odfiltrowaniu
- Dane Badawcze 264 wyników po odfiltrowaniu
wyświetlamy 1000 najlepszych wyników Pomoc
Wyniki wyszukiwania dla: dynamika molekularna
-
Interactions of amphotericin B derivatives with lipid membranes - a molecular dynamics study
PublikacjaW pracy analizowano oddziaływanie dwóch nisko-toksycznych pochodnych amfoterycyny B (związki SAmE i PAmE) z modelami błon lipidowych. Badania wykonane zostały za pomocą dynamiki molekularnej. Modele błon oprócz fosfolipidów DMPC zawierały odpowiednio cholesterol (model błony zwierzęcej) lub ertosterol (model błony grzybowej). Analiza wyników wykazała, że obie pochodne amfoterycyny B zachowują się inaczej w błonie cholesterolowej...
-
Beata Krawczyk dr hab.
Osobydr hab. Beata Krawczyk, prof. uczelni Stopnie naukowe, wykształcenie, kwalifikacje Beata Krawczyk uzyskała tytuł magistra biologii na Wydziale Biologii (wówczas: Wydział Biologii i Nauk o Ziemi), Uniwersytetu Gdańskiego w 1986 roku, a doktorat z biologii molekularnej na Wydziale Biologii (wówczas: Wydział Biologii, Geografii i Oceanologii) Uniwersytetu Gdańskiego w 1996 roku. Stopień doktora habilitowanego w zakresie nauk biologicznych...
-
Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół różnych konformacji poliseryny - analiza wyników dynamiki molekularnej
PublikacjaRozpuszczalnik w istotny sposób wpływa na preferencje peptydu do przyjmowania określonej struktury drugorzędowej. Przykładem tego może być fakt, iż w przypadku polialaniny stabilność konformacji helikalnej w wodzie jest niższa aniżeli w próżni, podczas gdy w przypadku poliseryny mamy do czynienia ze zjawiskiem odwrotnym. W celu lepszego zrozumienia tego zjawiska badano właściwości otoczek hydratacyjnych dookoła czterech konformacji...
-
Metoda głównych składowych w analizie wyników otrzymanych za pomocą dynamiki molekularnej
PublikacjaMetoda głównych składowych (ang. principal component analysis, PCA) jest jednym z najpopularniejszych statystycznych narzędzi do wielowymiarowej analizy dużego zestawu danych. Pozwala ona na przekształcenie danego zbioru wzajemnie skorelowanych cech (zmiennych) w nowy układ cech wzajemnie nieskorelowanych (tzw. głównych składowych), który jest porównywalny z układem pierwotnym - zastosowanie PCA upraszcza więc w znaczny sposób...
-
Wpływ osmolitów na stabilność białek w oparciu o metodę dynamiki molekularnej
PublikacjaCelem niniejszej pracy było zbadanie molekularnego mechanizmu wpływu biologicznie znaczących związków, tzw. osmolitów na stabilność białek. Aby zweryfikować istniejące hipotezy i dostarczyć spójnego obrazu działania osmolitów na poziomie molekularnym, wykorzystano metodę dynamiki molekularnej do zasymulowania mechanicznej denaturacji modelowych białek – lizozymu i ubikwityny. W tym podejściu odtworzony został efekt stabilizujący...
-
Dynamika molekularna oddziaływań przeciwgrzybowych heptaenów aromatycznych i ich izomerów all-trans ze sterolami w błonach lipidowych
PublikacjaAromatyczne heptaeny (AH) należą do grupy makrolidów polienowych o działaniu przeciwgrzybowym. Antybiotyki z tej grupy były pierwszymi, które zostały wykorzystane w terapii układowych infekcji grzybiczych. Amfoterycyna B (AmB) oraz nystatyna, czyli niearomatyczni przedstawiciele makrolidów heptaenowych, mają istotne znaczenie kliniczne w leczeniu, odpowiednio, grzybic wewnętrznych i zewnętrznych. Molekularne podstawy mechanizmu...
-
Diagnostyka molekularna w zakażeniach szpitalnych
PublikacjaOpisano najczęściej wykorzystywane techniki genotypowania w badaniach zakażeń szpitalnych z uwzględnieniem ich powtarzalności i potencjału różnicującego oraz problemów technicznych i ponoszonych kosztów. Makrorestrykcyjna analiza genomowego DNA z wykorzystaniem PFGE (ang. Pulsed Field Gel Electrophoresis)jest uważana za ''złoty standard'' w typowaniu molekularnym. Jednak jest ona czasochłonna, pracochłonna i dlatego nie nadaje...
-
Degradation of a nano-cutting tool: an MD simulation
PublikacjaW pracy przedstawiono wyniki symulacji wielokrotnego oddziaływania realistycznie ukształtowanego ostrza tnącego z modelowym, nieskończenie twardym ziarnem, przy zastosowaniu metody dynamiki molekularnej. Ostrze składało się z kilkuset tysięcy atomów metalu fcc, traktowanego za pomocą potencjału Suttona-Chena, przesuwane było ze stałą prędkością 20 m/s. Obserwowane deformacje plastyczne pojawiające się na skutek kontaktu ostrza...
-
Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół β-warstw o zróżnicowanym składzie aminokwasowym - analiza wyników dynamiki molekularnej
Publikacjaβ-warstwa to jedna z najczęściej spotykanych struktur drugorzędowych w białkach. Jak dotąd mechanizmy rządzące ustrukturyzowaniem wody w warstwie solwatacyjnej wokół tej struktury są słabo poznane [1]. W celu lepszego zrozumienia zjawiska hydratacji wokół struktur o konformacji β-warstwy przeprowadzono analizę wyników pochodzących z symulacji metodą dynamiki molekularnej β-warstw składających się z 8 równoległych nici o różnym...
-
Combining tight-binding and molecular dynamics methods to model the behaviour of metals in the plastic regime
PublikacjaOpisujemy zastosowanie metody dwuskalowej (kwantowo-klasycznej) w zastosowaniu do metali. Region energetycznie najważniejszy jest traktowany kwantowo, podczas gdy reszta układu jest traktowana klasycznie. Wprowadzamy własną implementację metody oraz przedstawiamy uzyskane wyniki dla metali.
-
Termodynamika oddziaływań i przejść strukturalnych DNA w układach wodnych na podstawie symulacji metodą dynamiki molekularnej
PublikacjaKwas deoksyrybonukleinowy jest jednym z najistotniejszych elementów każdej żywej komórki ze względu na rolę głównego nośnika informacji genetycznej. Posiada on instrukcje potrzebne do wzrostu, budowy, funkcjonowania oraz namnażania się wielu żywych organizmów, w tym także wirusów. Okazuje się, że w zależności od warunków środowiskowych, DNA może przyjmować wiele różnych struktur drugorzędowych, z których większość stanowi formy...
-
Symulacje dynamiczno-molekularne ultraprecyzyjnego skrawania metali.
PublikacjaW pracy krótko przedstawiono powstałe w latach 1995-2001 algorytmy MD specjalizowane do symulacji przebiegu skrawania w skali nanometrycznej (ARMD iLRMD). W świetle tych algorytmów zaprezentowano opracowany przez autorów nowy algorytm i program do symulacji nanociencia, nano MD, oraz pokazano wybrane wyniki uzyskane za jego pomocą.
-
Wstęp do elektroniki molekularnej
PublikacjaZastosowanie pojedynczych molekuł lub układów molekularnych do budowy elementów elektronicznych jest poważnym wyzwaniem dla inżynierów i naukowców, w chwili obecnej i w najbliższej przyszłości. celem tego skryptu jest przybliżenie czytelnikowi podstawowych zagadnień dotyczących elektroniki molekularnej, opartej zarówno na układach zbudowanych z wielu molekuł, jak i jednej molekuły. Jest ona przeznaczona dla studentów i pracowników...
-
Uspehi Molekularnoj Onkologii
Czasopisma -
Metody molekularne w dochodzeniach epidemiologicznych zakażeń szpitalnych
PublikacjaW dochodzeniu epidemiologicznym wykorzystuje się zmienność genetyczną mikroorganizmów do tzw. typowania genetycznego drobnoustrojów. W pracy omówiono metody genotypowe wykorzystujące podstawowe narzędzia molekularne, ukazano możliwości wykorzystania typowania drobnoustrojów w różnych aspektach badań mikrobiologicznych.
-
Modelowanie molekularne w projektowaniu nowych chemoterapeutyków przeciwgrzybowych
PublikacjaGwałtowny wzrost inwazyjnych zakażeń typu grzybowego jest jednym z największych problemów współczesnej medycyny, a mimo to na rynku leków przeciwgrzybicznych dostępnych jest zaledwie kilka chemoterapeutyków. Dzieje się tak, gdyż duże podobieństwo komórek ludzkich i grzybowych jak dotąd uniemożliwiało opracowanie w pełni skutecznych a zarazem nietoksycznych dla człowieka leków. Obecnie prowadzone badania najczęściej skupiają się...
-
Badanie, metodami dynamiki molekularnej, hydratacji domeny katalitycznej cząsteczki kinezyny oraz wpływu efektów hydratacyjnych na jej funkcjonalność motoryczną
PublikacjaCelem pracy było zbadanie właściwości wody solwatacyjnej wokół domeny motorycznej kinezyny oraz pomiędzy kinezyną a dimerem tubulinowym. Ponadto, analizowany był wpływ rozpuszczalnika na siłę generowaną przez szyjkę łącznikową kinezyny. Dane otrzymane zostały z użyciem symulacji komputerowych. Odkryto liniową korelację pomiędzy współczynnikami dyfuzji wody solwatacyjnej i ruchliwością sąsiadujących atomów białka. Wpływ wody na...
-
Molekularny mechanizm biogenezy fimbrii Dr uropatogennych szczepów Escherichia coli.
Publikacja.
-
Identyfikacja sekwencji markerowych w mikologicznej diagnostyce molekularnej
PublikacjaProcedury diagnostyki mikologicznej coraz częściej wykorzystują metody molekularne, oparte na analizie kwasów nukleinowych. Pozwala to na skrócenie czasu analizy oraz polepszenie wielu innych, istotnych dla procesu diagnostycznego parametrów takich jak: czułość, powtarzalność, specyficzność oraz potencjał różnicujący. Istotnym etapem przy projektowaniu układów do diagnostyki molekularnej grzybów jest wybór celu molekularnego. Powszechnie...
-
Techniki biologii molekularnej w analityce produktów mięsnych
PublikacjaW pracy przedstawiono możliwości wykorzystania reakcji PCR (Polymerase Chain Reaction) do identyfikacji patogennych drobnoustrojów a także do badania składu surowcowego w mięsnych produktach żywnościowych.
-
Dynamics of surface floating objects
PublikacjaPrezentowana praca stanowi wstępne rozeznanie w dziedzinie badań dynamiki konstrukcji pływających z zastosowaniem teorii procesu dyfuzji. W pracy rozpatrywane są modele fizyczne jednostek wielokadłubowych oraz modele matematyczne. Spośród modeli jednostek wielokadłubowych wyróżnia się modele deterministyczne oraz modele stochastyczne.
-
Struktury fotowoltaiczne z planarnym heterozłączem półprzewodnik II-VI / półprzewodnik molekularny
PublikacjaArtykuł przedstawia wybrane wyniki badań własnych nad układami hybrydowymi zbudowanymi na bazie złącza półprzewodnik nieorganiczny II-VI/półprzewodnik organiczny. Na podstawie analizy położenia pasm energetycznych warstw wchodzących w skład wytworzonych ogniw oraz charakterystyk spektralnych prądu zwarcia tych urządzeń określone zostały procesy prowadzące do fotogeneracji nośników ładunku w badanych układach. W ogniwach zbudowanych...
-
Obtaining ionic forces by the total-energy tight-binding method
PublikacjaZastosowanie metody ciasnego wiązania w sformułowaniu nieortogonalnym do obliczania sił atomowych w symulacji metodą dynamiki molekularnej pozwala na stworzenie modelu charakteryzującego się lepszą przenośnością, w porównaniu z potencjałami empirycznymi, którymi posługuje się tradycyjna dynamika molekularna. W niniejszej pracy przedstawiono szczegółowo sposób obliczenia pochodnych elementów macierzy Hamiltona i macierzy nakładania...
-
Techniki biologii molekularnej w badaniach epidemiologicznych zakażeń szpitalnych
PublikacjaPrzedstawiono przegląd i porównanie kilku najczęściej stosowanych technik genotypowania mikroorganizmów, uwzględniając molekularne podstawy metod, ich powtarzalność, siłę różnicowania, łatwość i koszt użycia. Pozwoli to zapoznać się z możliwościami klinicznego zastosowania obecnie dostępnych narzędzi molekularnego różnicowania mikroorganizmów.
-
Detection of stress corrosion cracking dynamics by dynamic electrochemical impedance spectroscopy
Publikacja -
Generating optimal paths in dynamic environments using RiverFormation Dynamics algorithm
PublikacjaThe paper presents a comparison of four optimisation algorithms implemented for the purpose of finding the shortest path in static and dynamic environments with obstacles. Two classical graph algorithms –the Dijkstra complete algorithm and A* heuristic algorithm – were compared with metaheuristic River Formation Dynamics swarm algorithm and its newly introduced modified version. Moreover, another swarm algorithm has been compared...
-
Detection of stress corrosion cracking dynamics by dynamic electrochemical impedance spectroscopy.
PublikacjaKlasyczne badania korozji naprężeniowej nie dają precyzyjnych informacji o dynamice takiego procesu korozyjnego. Nowa technika dynamicznej elektrochemicznej spektroskopii impedanyjnej, która została opracowana w Katedrze Elektrochemii, Korozji i Inżynierii Materiałowej stwarza takie możliwości. Fakt ten związany z zastosowaną metodologią analizy umożliwiającą selektywną analizą czasowo-częstotliwościową danych pomiarowych.Praca...
-
Autofagia: mechanizm molekularny, apoptoza i nowotwory = Autophagy: molecular mechanism, apoptosis and cancer
PublikacjaW pracy omówiono molekularny mechanizm autofagii oraz najważniejsze szlaki sygnałowe uczestniczące w regulacji przebiegu tego procesu w komórkach nowotworowych. Omówiona została również dwojaka rola autofagii w procesie nowotworzenia oraz skutki zarówno indukcji, jak i inhibicji autofagii w terapii przeciwnowotworowej
-
Dynamics of the circular sawing machine spindle system
PublikacjaW pracy przedstawiono wyniki badań wpływu prędkości obrotowej na dynamikę układu wrzecionowego pilarki tarczowej. Czynnikami badanymi były bicie osiowe i promieniowe wrzeciona, które mierzono za pomocą czujników wiroprądowych na kierunku działania przekładni pasowej, a także na kierunku do niego prostopadłym. Przeprowadzone badania eksperymentalne wykazały, że wartość prędkości obrotowej wrzeciona oraz sposób przekazywania mocy...
-
Brittle fracture of 100-, 110-, 111-oriented Cu crystals: MD vs. TB/MD approach
PublikacjaPrzeprowadzono wieloskalowe symulacje nanoindentacji miedzi nieskończenie twardym narzędziem, przy zastosowaniu metody dynamiki molekularnej, z siłami liczonymi na bieżąco w formalizmie ciasnego wiązania (TB). Przedstawiono wyniki dla trzech orientacji krystalicznych podłoża. Badano efekt dołączenia obliczeń TB na siłę normalną odczuwaną przez narzędzie i na przemieszczenia atomów podłoża, przez porównywanie z symulacją czystą...
-
Występowanie oraz charakterystyka molekularna oporności na azole wśród klinicznych i środowiskowych izolatów Aspergillus fumigatus
PublikacjaCelem badań prowadzonych w ramach niniejszej pracy doktorskiej było sprawdzenie występowania oporności na azole grzybów A. fumigatus pochodzących z Polski oraz jej molekularna charakterystyka. W toku badań utworzono kolekcję 200 izolatów A. fumigatus pochodzących z różnych miejsc Polski. W skład kolekcji wchodziły izolaty kliniczne, środowiskowe i weterynaryjne. Przynależność gatunkową badanych grzybów potwierdzono metodami diagnostyki...
-
Jan Kozicki dr hab. inż. arch.
OsobyW roku 2002 po uzyskaniu dyplomu magistra inżyniera w zakresie konstrukcji budowlanych podjął pracę na Wydziale Inżynierii Lądowej i Środowiska PG. W 2004 roku uzyskał dyplom magistra architekta na Wydziale Architektury za projekt stacji badawczej na Marsie. Doktorat obronił w 2007 roku w zakresie modelowania numerycznego w dynamice klasycznej. W 2013 roku uzyskał licencjat z zakresu fizyki teoretycznej na Uniwersytecie Gdańskim....
-
Dehydrogenaza sacharopiny (NADP+, tworząca L-glutaminian) z Candida albicans jako cel molekularny
Publikacja......
-
alfa-Aminotransferaza kwasu L-alfa-aminoadypinowego z Candida albicans jako cel molekularny
Publikacja...
-
Kinetics of spinodal decomposition in the Ising model with dynamic lattice liquid (DLL) dynamics
Publikacja -
Catamaran dynamics at irregular wave excitations
PublikacjaArtykuł dotyczy dynamiki jednostki wielokadłubowej typu katamaran poddanej wymuszeniom pochodzącym od falowania nieregularnego.Przeprowadzono analizę dynamiki jednostki wielokadłubowej przy założeniu, że jest on opisany jako model liniowy, na który działa fala nieregularna. Model matematyczny układu dynamicznego jest reprezentowany poprzez równania stanu. Zapisano równania uwzględniające napływ fali czołowej, która wywołuje ruchy...
-
Two-state dynamics for replicating two-strand systems
PublikacjaDynamika dwustanowa została zastosowana do opisów układów dwuniciowych, analogicznych do DNA.
-
DYNAMIC SYSTEMS AND APPLICATIONS
Czasopisma -
Dynamika Układów o Zmiennej w Czasie Konfiguracji z Zastosowaniem Metody Sztywnych Elementów Skończonych i Technik Dynamiki Układów Wieloczłonowych
PublikacjaW pracy zaprezentowano wybrane wyniki badań i obliczeń przeprowadzonych przy wykorzystaniu metody hybrydowej polegającej na połączeniu istotnych elementów metody sztywnych elementów skończonych oraz metod dynamiki układów wieloczłonowych (wielomasowych). Powstające w ten sposób narzędzie pozwala uniknąć wielu niedogodności numerycznych wynikających z obecności bardzo dużych wartości obecnych w macierzy sztywności i konieczności...
-
Non-linearity of multibody dynamic equations with respect to Lagrange multipliers: application to railway dynamics
PublikacjaPraca koncentruje się na dynamice układów wieloczłonowych z zamkniętymi łańcuchami członów. Głównym punktem zainteresowania jest modelowanie układów z występującymi nieliniowymi zależnościami opisującymi wpływ siły mnożników Lagrange'a na dynamikę układu (nieliniowe modele siły tarcia.). Aby zbudować model dynamiki układu zawierającego zamknięte łańcuchy członów, wspomniane łańcuchy są "rozcinane" i budowana jest struktura drzewa...
-
Dynamic Formation and Breaking of Disulfide Bonds in Molecular Dynamics Simulations with the UNRES Force Field
Publikacja -
Rozdział 6. Epidemiologia molekularna - nowe metody typowania diagnostycznego mikroorganizmów = Molecular epidemiology new methods for diagnostic typing of microorganismus
PublikacjaMolekularne metody diagnostyczne oparte o analizę kwasów nukleinowych dają nowe możliwości laboratoriom w szybkim wykrywaniu i różnicowaniu mikroorganizmów patogennych. W pracy przedstawiono panujące tendencje w zastosowaniach metod typowania genetycznego znaczących klinicznie mikroorganizmów w Europie, a także omówiono niektóre techniki stosowane w laboratoriach mikrobiologicznych, z uwzględnieniem ich zdolności aplikacyjnych,...
-
Nelineinaya Dinamika
Czasopisma -
Stochastic approach to the dynamics of a linear floating object
PublikacjaArtykuł stanowi prezentację metody różniczkowych równań stochastycznych w zastosowaniu do analizy dynamiki obiektów pływających. Analizowany jest ruch jednostki pływającej jako obiektu liniowego z uwzględnieniem w równaniach stochastycznych nieliniowości, występującej w wymuszeniach zewnętrznych działających na obiekt. Stochastyczne równania różniczkowe są zapisane dla sprzężonych ruchów symetrycznych.
-
Stochastic approach to the dynamics of marine floating object
PublikacjaAnalizowany jest ruch jednostki pływającej z uwzględnieniem w równaniach stochastycznych nieliniowości, występującej w wymuszeniach zewnętrznych działających na obiekt. Stochastyczne równania różniczkowe są zapisane dla sprzężonych ruchów symetrycznych.
-
Molecular structures of two E-azobenzocrown ethers
PublikacjaRentgenowska analiza strukturalna monokryształów posłużyła do scharakteryzowania struktury izomerów E dwóch azobenzokoron: 13- i 16-członowej. Oba związki krystalizują w układzie jednoskośnym. W komórce elementarnej, w każdym przypadku znajdują się dwie niezależne cząsteczki, różniące się konformacją, szczególnie łańcucha eterowego. Porównując konformacje ''wolnych'' makrocykli z konformacjami ich kompleksów z jonami metali wskazano,...
-
Konstrukcja nowych układów do diagnostyki molekularnej zakażeń o etiologii Candida spp.
PublikacjaDrożdżaki z rodzaju Candida należą do jednych z najczęściej izolowanych czynników etiologicznych zakażeń krwi. Szybka i bezbłędna identyfikacja gatunkowa pozwala na wdrożenie odpowiedniego leczenia i zwiększa szansę na powodzenie terapii. Celem badań była konstrukcja nowych układów wykorzystujących narzędzia diagnostyki molekularnej do specyficznej identyfikacji gatunkowej i rodzajowej drożdżaków Candida. Poszukiwano również nowych...
-
Komplementarne metody optyczne do badania struktury molekularnej nowoczesnych materiałów dla optoelektroniki.
PublikacjaZastosowano komplementarne metody optyczne: spektroskopię ramanowską oraz spektroskopię w podczerwieni do badania reakcji zachodzących w czasie wytwarzania polimerów hybrydowych. Umożliwiło to uszczegółowienie opisu reakcji hydrolizy monomerów w trakcie żelowania.
-
Structural and dynamic changes adopted by EmrE, multidrug transporter protein—Studies by molecular dynamics simulation
PublikacjaEmrE protein transports positively charged aromatic drugs (xenobiotics) in exchange for two protons and thus provides bacteria resistance to variety of drugs. In order to understand how this protein may recognize ligands, the monomer and asymmetric apo-form of the EmrE dimer embedded in a heterogeneous phospholipid (POPE + POPG) membrane were studied by molecular dynamics simulations. Dimer is regarded as a functional form of the...
-
Structural and dynamic insights on the EmrE protein with TPP+ and related substrates through molecular dynamics simulations
PublikacjaEmrE is a bacterial transporter protein that forms an anti-parallel homodimer with four transmembrane helices in each monomer. EmrE transports positively charged aromatic compounds, such as TPP+ and its derivatives. We performed molecular dynamics (MD) simulations of EmrE in complex with TPP+, MeTPP+, and MBTPP+ embedded in a membrane. The detailed molecular properties and interactions were analysed for all EmrE-ligand complexes....