Search results for: FENOMEN
-
Correction to: A prototypical non-malignant epithelial model to study genome dynamics and concurrently monitor micro-RNAs and proteins in situ during oncogene-induced senescence
Publication -
Etyczne aspekty zaufania.
PublicationArtykuł analizuje komponenty składające się na fenomen zaufania, ze szczególnym uwzględnieniem sfery etycznej.
-
Genome-Wide Identification of Dickeya solani Transcriptional Units Up-Regulated in Response to Plant Tissues From a Crop-Host Solanum tuberosum and a Weed-Host Solanum dulcamara
Publication -
Evolving gene regulatory networks controlling foraging strategies of prey and predators in an artificial ecosystem
PublicationCo-evolution of predators and prey is an example of an evolutionary arms race, leading in nature to selective pressures in positive feedback. We introduce here an artificial life ecosystem in which such positive feedback can emerge. This ecosystem consists of a 2-dimensional liquid environment and animats controlled by evolving artificial gene regulatory networks encoded in linear genomes. The genes in the genome encode chemical...
-
Genome Biology and Evolution
Journals -
Dylematy antropologii w świecie reklamy
PublicationArtykuł poszukuje takich koncepcji antropologii filozoficznych, które pozwalają na adekwatny opis fenomenu reklamy. Ujmuje to zjawisko od strony poglądów Heideggera, szkoły frankfurckiej i antropologii Marqurdta. Poglądy te nie pozwalają jednak na jednoznaczną charakterystykę cywilizacji wspólczesnej i charakteryzującego ją fenomenu reklamy.
-
Evolution of artificial single-cell organisms foraging for resources in a 3-dimensional environment
PublicationForaging for resources is a simple cognitive task that even one-celled biological organisms can ac- complish. We present an Artificial Life system in which artificial unicellular organisms (animats) forage for food in a 3-dimensional simulated liquid environment. The movement of animats is controlled by evolving artificial gene regulatory networks encoded in linear genomes. When an animat consumes enough food, it produces offspring...
-
Logos i etos w myśli antropologicznej Anny- Teresy Tymienieckiej (aspekt porządku)
PublicationW artykule przedstawiłem związek logosu i etosu w aspekcie początku w myśli antropologicznej filozofki. Próbowałem pokazać, że indywiduum ludzkie rozwija samo siebie poprzez stawanie się w procesie życia, w jedności wszystkiego, co żyje. W ramach takiej perspektywy homo creator uzyskuje dostęp do novum sensu uniwersum, Ponadto usiłowałem pokazać, że na przykładzie filozofii życia Tymienieckiej zachodzi realne "spotkanie się" Logosu...
-
A novel method of Mycobacterium tuberculosis complex strain differentiation using polymorphic GC-rich gene sequences.
PublicationTuberculosis is one of the leading infectious diseases. In this work, a new genotyping method of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) complex strain is presented. 27 Mtb genomes were analyzed for the presence of length polymorphism within polymorphic GC-rich gene sequences. Four genes, Rv3345c, Rv3507, Rv0747 and Rv3511, showing variation in length depending on the Mtb strain were selected for designing primer sequences flanking variable...
-
Monumental Art -sztuka humanizująca wielką płytę
PublicationW powszechnej ocenie osiedla z wielkiej płyty to szarość i anonimowość schedy po socjalizmie. Zaspa jednak zdaje się z wielu powodów być osiedlem szczególnym. Jednym z nich jest festiwal Monumental Art. Fenomen tego wydarzenia polega na tym, że to sztuka postanowiła się upomnieć o swoje miejsce w architekturze, nadając jej nie tylko nowy estetyczny wymiar, ale uzupełniając ją o bieżacy, zaangażowany komantarz rzeczywistości społecznej.
-
Joanna Raczek dr inż.
PeopleEmployment 2003 -- 2019: Faculty of Applied Physics and Mathematics, Gdańsk University of Technology. 2019 - present: Faculty of Electronic, Informatics and Telecominications, Gdańsk University of Technology. Education May 2007: Doctor of Philosophy in Mathematics, University of Gdańsk. Doctoral dissertation: "Paired domination and doubly domination in graphs". Supervisor: dr hab. Jerzy Topp. 2000 -- 2004 Bachelor of Science...
-
Conservation and diversity of MutS proteins
PublicationThe homologues of MutS, mismatch repair protein, exist in all prokaryotes, with the exception of Actinobacteria, Mollicutes and part of the Archaea. Multiple alignments of 316 MutS amino acid sequences from 169 species revealed conserved residues and sequence motifs distinguishing MutS homologues. All MutS homologues show high conservation within the ATPase domain. MutS1, the homologue responsible for DNA mismatch recognition,...
-
Impossible objects in geometry and graphic education
PublicationW artykule przedstawiono propozycję wprowadzenia do programu nauczania z geometrii przestrzennej i grafiki inżynierskiej obiektów niemożliwych (tworzonych między innymi przez M.C. Eschera). Celem analizy fenomenu obiektów niemożliwych w kontekście odwzorowań płaskich obiektów przestrzennych, a także percepcji przestrzeni jest wzbogacenie wyobrażni przestrzennej i kreatywności studentów.
-
Catalytic Mechanism of Non-Target DNA Cleavage in CRISPR-Cas9 Revealed by Ab Initio Molecular Dynamics
PublicationCRISPR-Cas9 is a cutting-edge genome editing technology, which uses the endonuclease Cas9 to introduce mutations at desired sites of the genome. This revolutionary tool is promising to treat a myriad of human genetic diseases. Nevertheless, the molecular basis of DNA cleavage, which is a fundamental step for genome editing, has not been established. Here, quantum–classical molecular dynamics (MD) and free energy methods are used...
-
Czekając na polskie Docklands.Kwestia przedsięwzięć urbanistycznych o dużej skali
PublicationArtykuł podsumowuje pierwsze polskie doświadczenia związane z realizacją przedsięwzięć urbanistycznych o dużej skali (ang. large scale urban developments). Analiza polskiego wymiaru globalnego fenomenu, jakim są takie projekty,wskazuje na dwa aspekty ''neoliberalnego'' urbanizmu - rola przedsięwzięć jako narzędzia polityki przestrzennej oraz rola prywatnej samoregulacji w procesie realizacji projektu.
-
Novel DNA-binding protein from Nanoarchaeum equitans Kin4-M binds all kinds of nucleic acids
PublicationNanoarchaeum equitans is the only known representative of Archaea phylum Nanoarchaeota and stands out as one of the tiniest known living organism. What is more it has smallest genome, which is only 490.885 base pairs long. It is also one of the most compact genomes. According to predictions about 95% of the DNA encodes proteins or stable RNA. Nanoarchaeum equitans lacks genes for most vital metabolic pathways including lipid, cofactor,...
-
Alois Riehl - filozofia transcendentalna a realizm
PublicationArtykuł charakteryzuje filozofię jednego z głownych neokantystów, Aloisa Riehla, analizując kształt jedynej filozofii zdecydowanie realistycznej w obrębie neokantyzmu. Pokazuje charakter tego realizmu: świat jest nam dany bezpośrednio, fenomen jest sposobem w jaki jest nam dana rzecz sama w sobie.Tekst odsłania zupełnie nową rolę świadomości w refleksji transcendentalnej: staje sie ona tam czymś pierwotnym i punktem wyjścia refleksji...
-
A new division of bacterial UvrA homologues
PublicationThe UvrA protein is a DNA-binding and damage-recognition enzyme which participates in the prokaryotic type nucleotide excision repair (NER) pathway. It has recently been noted that some bacterial genomes comprise additional uvrA genes which encode five distinct types of UvrA homologue. We investigated the sequences of over 2400 bacterial genomes and found 130 examples of bacteria containing uvrA 2 genes. The sequence analyses conducted...
-
Zmienność termicznego charakteru okresów zimowych w Polsce i jej przyczyny
PublicationPraca przybliża problematykę funkcjonowania fenomenu klimatycznego Oscylacji Północnego Atlantyku (Norh Atlantic Oscillation – NAO) oraz omawia jej wpływ na kształtowanie charakteru termicznego zim (grudzień – marzec) na obszarze Polski. Zmiana faz NAO z w przewadze ujemnych na w przewadze dodatnie, jaka nastąpiła w latach 1987-1989 spowodowała, że po roku 1989 obserwuje się w Polsce znaczne złagodzenie stopnia ostrości zim.
-
Gdynia - Puerto y ciudad. Patrimonio industrial y maritimo comun :Gdynia - Port and Town. Common Maritime Industrial Heritage.
PublicationArtykuł dotyczy znaczenia morskiego dziedzictwa przemysłowego dla kształtowania powstania i rozwoju nowoczesnego fenomenu architektonicznego portowo-miejskiego jakim jest Gdynia. Historia, związki z morzem, Polską, walka o niepodległość i dostęp do morza mają swój materialny wyraz w przemysłowych obiektach architektonicznych. Współczesny dostęp do środków i projektów unijnych tworzy zupełnie nowe możliwości dla ich rewitalizacji...
-
Signatures of post-zygotic structural genetic aberrations in the cells of histologically normal breast tissue that can predispose to sporadic breast cancer
Publication -
QR CODE JAKO NARZĘDZIE KOMUNIKACJI Z KLIENTAMI
PublicationKażdą nową technologię użytkownicy muszą zacząć postrzegać jako użyteczną, aby mogła się ona upowszechnić. W ten sposób działania z nią związane stają się codziennością. Jednak oprócz użyteczności dla konsumentów istotna jest też prostota użytkowania technologii. Obie cechy dotyczą technologii mobilnych i związanych z nimi działań określanych mianem marketingu mobilnego . Zalicza się do nich: wysyłanie SMS i MMS, włączanie bluetooth...
-
Obrazy miasta: Sopot, Gdańsk. Akwarele
PublicationWarto czasem zobaczyć, jak architekci odrywają się od swoich projektów na ekranach komputerowych, by malując przypomnieć sobie, że architektura to w istocie Sztuka Sztuk Wszelkich. Spojrzenie na miasto okiem artysty, z pędzlem w dłoni, pozwala pełniej odczuć jego genius loci - ten niezwykły fenomen realnej przestrzeni bytowania, naszej wspólnej i każdego z nas z osobna, z całą jej inspirującą złożonością i pięknem. Nazwa Trójmiasto...
-
Principles of target DNA cleavage and the role of Mg2+ in the catalysis of CRISPR–Cas9
PublicationAt the core of the CRISPR–Cas9 genome-editing technology, the endonuclease Cas9 introduces site-specific breaks in DNA. However, precise mechanistic information to ameliorate Cas9 function is still missing. Here, multimicrosecond molecular dynamics, free energy and multiscale simulations are combined with solution NMR and DNA cleavage experiments to resolve the catalytic mechanism of target DNA cleavage. We show that the conformation...
-
Genomic and Functional Characterization of the Unusual pLOCK 0919 Plasmid Harboring thespaCBAPili Cluster inLactobacillus caseiLOCK 0919
Publication -
Molecular identification and genotyping of Staphylococci: genus, species, strains, colnes, lineages, and interspecies exchanges
PublicationStaphylococci are increasingly recognized as etiological agents of many opportunistic human and animal infections, emphasizing the need for a rapid and accurate identification, even to a genotypical level of these bacteria. In the recent years, there has been a significant progress in typing and phylogenetic study of Staphylococcus species. Here, we describe molecular methods used in taxonomy as well as staphylococci characterization....
-
Evolution of chemotaxis in single-cell artificial organisms
PublicationThe model of a liquid two-dimensional environment, which is based on physics of diffusion, allows us to simulate the diffusion of morphogenes. Artificial organisms move using a chemotaxis reacting to concentration difference. Organisms are controlled by a gene regulatory network coded in a linear genome and reproduce by division. We made a lot of experiments presenting organisms’ behaviour in various environment conditions. We...
-
The New Klebsiella pneumoniae ST152 Variants with Hypermucoviscous Phenotype Isolated from Renal Transplant Recipients with Asymptomatic Bacteriuria-Genetic Characteristics by WGS.
PublicationKlebsiella pneumoniae (Kp) is one of the most important etiological factors of urinary tract infections in renal transplant (RTx) recipients. We described the antimicrobial susceptibility phenotypes and genomic features of two hypermucoviscous (HM) Kp isolates recovered from RTx recipients with asymptomatic bacteriuria (ABU). Using whole genome sequencing (WGS) data, we showed that the strains belong to the ST152 lineage with the...
-
Przegląd programów wsparcia dla klastrów w ramach cluster-based policy ue
PublicationProblematyka współpracy w strukturach klastrowych znajduje coraz większe rzesze zwolenników - z jednej strony klastry są przedmiotem rozważań teoretycznych, podejmowanych przez naukowców reprezentujących różne podejścia i nurty badawcze, z drugiej strony fenomen klastrów został doceniony przez decydentów politycznych, którzy coraz częściej decydują się na wspieranie rozwoju klastrów w ramach inicjatyw klastrowych. Polityka wspierania...
-
Ligation Mediated PCR methods, their possibilities and limitations
PublicationThe application of molecular diagnostics for bacterial strain typing or identifying bacteria at the strain level is of particular importance at present. However, among the many genotyping methods that are currently available, no single one is universally ideal. In this article, we thus review the Ligation Mediated PCR group methods as prospects from which to choose. We discuss different strategies for selecting the amplified PCR...
-
Plasmids pMET2M1 and pMET15M1 with the SAT1 Flipper knockout cassette construction
Open Research DataThe goal of the study was to obtain plasmids containing the SAT1 Flipper knockout cassette along with upstream and downstream gene fragments (MET2, MET15) and to introduce a cleavage site for restriction enzymes into them.
-
Evolution of Animats Following a Moving Target in an Artificial Ecosystem
PublicationMany biological animals, even microscopically small, are able to track moving sources of food. In this paper, we investigate the emergence of such behavior in artificial animals (animats) in a 2-dimensional simulated liquid environment. These "predators" are controlled by evolving artificial gene regulatory networks encoded in linear genomes. The fate of the predators is determined only by their ability to gather food and reproduce—no...
-
Założenia pierścieniowe w strukturze urbanistycznej miast współczesnej Polski
PublicationTematem rozprawy jest fenomen założeń pierścieniowych, będących charakterystycznym elementem struktury urbanistycznej wielu miast współczesnej Polski. W ramach rozprawy zarysowano szerszy kontekst historyczny i teoretyczny kreacji założeń pierścieniowych, szczególnie wschodnich miast granicznych niemieckojęzycznej Europy Środkowej tzw. długiego xix wieku, procesu ich defortyfikacji oraz związanej z nim ewolucji teorii i praktyki...
-
Inserts amplification for knockout cassette construction
Open Research DataThe goal of the study was to obtain optimal conditions for amplification of upstream and downstream genes fragments and introduce a cleavage site for restriction enzymes into them thanks to which it will be possible to clone fragments into a plasmid containing elements of the knockout cassette. The constructed cassettes will enable the removal of the...
-
Establishing the allosteric mechanism in CRISPR‐Cas9
PublicationAllostery is a fundamental property of proteins, which regulates biochemical information transfer between spatially distant sites. Here, we report on the critical role of molecular dynamics (MD) simulations in discovering the mechanism of allosteric communication within CRISPR‐Cas9, a leading genome editing machinery with enormous promises for medicine and biotechnology. MD revealed how allostery intervenes during at least three...
-
Identification of evolutionary conserved DNA sequence and corresponding S21 ribosomal protein region for diagnostic purposes of all Borrelia spirochetes
PublicationIt is still under investigation, whether all Borrelia sp. causing Lyme borreliosis and other diseases are already identified and properly classified as human pathogens. For this reason, it is of great importance to develop a diagnostic ELISA test that detects all Borrelia sp. The aim of this study was to identify conserved DNA and protein regions present in all currently known Borrelia sp. In experimental studies 31 available Borrelia...
-
New Approaches for Escherichia coli Genotyping
PublicationEasy-to-perform, fast, and inexpensive methods of differentiation of Escherichia coli strains beyond the species level are highly required. Herein two new, original tools for genotyping of E. coli isolates are proposed. The first of the developed method, a PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) test uses a highly variable fliC gene, encoding the H antigen as a molecular target. The designing...
-
DDLMS PCR double digestion Ligation Mediated Suppression PCR - a new technique for bacterial specific differentiation
PublicationA new diagnostic kit for K. oxytoca specific differentiation based on ddLMS PCR (ang. double digest ligation Mediated PCR) technique is shown. As a species-specific DNA fragment pehX gene, encoding the enzyme polygalactouronase, was chosen. The genome sequence of K. oxytoca is digested with two endonucleases: AclI and BclI which cut DNA before and after pehX gene. The polymorphic DNA fragments are ligated with AclI-end-specific...
-
Towards Cancer Patients Classification Using Liquid Biopsy
PublicationLiquid biopsy is a useful, minimally invasive diagnostic and monitoring tool for cancer disease. Yet, developing accurate methods, given the potentially large number of input features, and usually small datasets size remains very challenging. Recently, a novel feature parameterization based on the RNA-sequenced platelet data which uses the biological knowledge from the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, combined with a classifier...
-
E-learning versus traditional learning - Polish case
PublicationE-learning jest współczesnym fenomenem, który pozwala na dostęp do kształcenia i treści edukacyjnych, niezależnie od czasu i miejsca, dla każdego użytkownika. E-learnig tworzy ogromne możliwości dla uczelni akademickich, organizacji, instytucji komercyjnych i szkoleniowych, dostarczając na żądanie kształcenia i szkoleń w wirtualnym środowisku. Student może stworzyć własny plan kształcenia, dostosowując go do swojej pracy i sytuacji...
-
Influence of Escherichia coli on Expression of Selected Human Drug Addiction Genes
PublicationThe impact of enteric microflora on the expression of genes associated with cocaine and amphetamine addiction was described. Human genome-wide experiments on RNA transcripts expressed in response to three selected Escherichia coli strains allowed for significant alteration (p > 0.05) of the linear regression model between HT-29 RNA transcripts associated with the KEGG pathway:hsa05030:Cocaine addiction after 3 h stimulation with...
-
Genetic Background and Antibiotic Resistance Profiles of K. pneumoniae NDM-1 Strains Isolated from UTI, ABU, and the GI Tract, from One Hospital in Poland, in Relation to Strains Nationally and Worldwide
PublicationIn recent years, there has been an observed increase in infections caused by carbapenem-resistant Klebsiella pneumonia (Kp) strains. The aim of this study was the phenotypic and genotypic analysis of eight K. pneumoniae NDM (Kp NDM) isolates, recovered in Poland during the years 2016 and 2018 from seven patients with urinary tract infections (UTIs), asymptomatic bacteriuria (ABU), or colonization of the gut. PCR melting profile...
-
Acid Rider. Idea „komunizmu kwasowego” Marka Fishera a doświadczenie zewnętrzności
PublicationAcid communism pozostaje intrygującym wstępem Marka Fishera do planowanej przezeń historycznej rekonstrukcji radykalnych projektów politycznych wyrosłych na gruncie kultury psychodelicznej. Idea ta nie narodziła się w próżni, lecz stanowi konsekwencję jego poszukiwań teoretycznych. Artykuł próbuje osadzić koncepcję „komunizmu kwasowego” w szerszym kontekście, skupiając się na refleksji poświęconej doświadczeniu psychodelicznemu...
-
Chemia Organiczna BT sem IV
e-Learning CoursesW ramach przedmiotu będzie kontynuowane omawianie nazewnictwa systematycznego, a także zwyczajowego kolejnych grup związków organicznych, takich jak aldehydy i ketony, kwasy karboksylowe, aminy, fenole, związki heterocykliczne oraz siarkoorganiczne. W następnej kolejności zostaną przedstawione metody otrzymywania, właściwości chemiczne m. in. w/w klas związków organicznych, ich zastosowanie oraz występowanie i rola w organizmach...
-
Fungal Typin Methods
PublicationThe broad application of the molecular techniques in mycoses diagnosis is related to increase of infections caused by fungi in many countries. The oldest typing methods relaying on fenotypic observation, physiological and biochemical examination have had very limited importance from decades. Novadays, the molecular biology methods took their place. Most of the genotyping methods have been devoleped to be applied for typing of bacteria...
-
Biomimetic torene shells
PublicationThe genome inside the eukaryotic cells is guarded by a unique shell structure, called the nuclear envelope (NE), made of lipid membranes. This structure has an ultra torus topology with thousands of torus-shaped holes that imparts the structure a high flexural stiffness. Inspired from this biological design, here we present a novel ‘‘torene’’ architecture to design lightweight shell structures with ultra-stiffness for engineering...
-
Phenotypic consequences of LYS4 gene disruption in Candida albicans
PublicationA BLAST search of the Candida Genome Database with the Saccharomyces cerevisiae LYS4 sequence known to encode homoaconitase (HA) revealed ORFs 19.3846 and 19.11327. Both alleles of the LYS4 gene were sequentially disrupted in Candida albicans BWP17 cells using PCR-based methodology. The null lys4Δ mutant exhibited lysine auxotrophy in minimal medium but was able to grow in the presence of L-Lys and α-aminoadipate, an intermediate...
-
On the Origin of Protein Superfamilies and Superfolds
PublicationDistributions of protein families and folds in genomes are highly skewed, having a small number of prevalent superfamiles/superfolds and a large number of families/folds of a small size. Why are the distributions of protein families and folds skewed? Why are there only a limited number of protein families? Here, we employ an information theoretic approach to investigate the protein sequence-structure relationship that leads to...
-
Ammonia amendment promotes high rate lactate production and recovery from semi-continuous food waste fermentation
PublicationIn this study, a reliable approach using ammonia nitrogen was proposed to increase lactate production during semi-continuous food waste (FW) fermentation under mesophilic conditions. Both free ammonia nitrogen (FAN) and ammonium ion (NH4+-N) were present in mesophilic reactors, with a wide FAN/NH4+-N ratio variation due to the intermittent pH control. The investigation of responsible mechanisms revealed that the increased production...
-
ABSORPCJA, METABOLIZM I ROLA BIOLOGICZNA KWASÓW NUKLEINOWYCH OBECNYCH W ŻYWNOŚCI
PublicationKwasy nukleinowe należą do niedocenianych składników żywności, szczególnie surowej lub nisko przetworzonej. W niniejszej publikacji skupiono się na omówieniu przemian, jakim podlegają kwasy nukleinowe w przewodzie pokarmowym człowieka, procesie absorpcji nukleotydów oraz nukleozydów z przewodu pokarmowego, a także przedstawiono podstawowe etapy ich metabolizmu w komórkach organizmu. Produkty trawienia kwasów nukleinowych stanowią...