Filtry
wszystkich: 1797
-
Katalog
- Publikacje 1525 wyników po odfiltrowaniu
- Czasopisma 28 wyników po odfiltrowaniu
- Konferencje 1 wyników po odfiltrowaniu
- Osoby 33 wyników po odfiltrowaniu
- Wynalazki 11 wyników po odfiltrowaniu
- Projekty 11 wyników po odfiltrowaniu
- Laboratoria 1 wyników po odfiltrowaniu
- Zespoły Badawcze 2 wyników po odfiltrowaniu
- Kursy Online 24 wyników po odfiltrowaniu
- Dane Badawcze 161 wyników po odfiltrowaniu
wyświetlamy 1000 najlepszych wyników Pomoc
Wyniki wyszukiwania dla: DNA-PROTEIN BINDING
-
Experience Based Decisional DNA (DDNA) to Support Sustainable Product Design
PublikacjaThis paper presents the idea of providing engineering design knowledge to designers working on sustainable product design and development process. The new product development process often requires significant amount of design knowledge which can be saved and recalled by designers during the design process. This knowledge is very important for successful sustainable product development as it can include material selection, product...
-
Algorytm budowy reprezentacji przedziałowej grafu jako heurystyka dla problemu mapowania DNA
PublikacjaW pracy dokonano analizy przydatności algorytmu Corneil'a budowy reprezentacji przedziałowej grafu jako heurystyki dla problemu tworzenia map fizycznych DNA. Prezentowana analiza dotyczy dwóch osobno rozpatrywanych przypadków, w których do danych wzorcowych wprowadzamy odpowiednio błędy negatywne (reprezentujące niedobór informacji) oraz błędy pozytywne (reprezentujące fałszywe informacje). Rozpatrywany algorytm zachowuje się znacznie...
-
Role of Silicon in Counteracting Cadmium Stress in Pea Plants (Pisum sativum L.): Insights Into Cadmium Binding Mechanisms and Pectin Methylesterase Activity
PublikacjaPurpose: The aim of this study was to investigate the role of silicon (Si) in counteracting a cadmium (Cd) stress to pea plants (Pisum sativum L.) and to identify the mechanism by which Cd is bound within pea roots. Methods: These goals were achieved through (i) a histochemical study of Cd localization in pea roots, (ii) spectrophotometric determination of pectin content and the activity...
-
Termodynamika oddziaływań i przejść strukturalnych DNA w układach wodnych na podstawie symulacji metodą dynamiki molekularnej
PublikacjaKwas deoksyrybonukleinowy jest jednym z najistotniejszych elementów każdej żywej komórki ze względu na rolę głównego nośnika informacji genetycznej. Posiada on instrukcje potrzebne do wzrostu, budowy, funkcjonowania oraz namnażania się wielu żywych organizmów, w tym także wirusów. Okazuje się, że w zależności od warunków środowiskowych, DNA może przyjmować wiele różnych struktur drugorzędowych, z których większość stanowi formy...
-
Highly selective impedimetric determination of Haemophilus influenzae protein D using maze-like boron-doped carbon nanowall electrodes
PublikacjaThis study reports a novel impedimetric immunosensor for protein D detection in purified and bacterial (Haemophilus influenzae, Hi) samples. The detection was based on antigen recognition by anti-protein D antibodies (apD) immobilised at the maze-like boron-doped carbon nanowall electrodes (B:CNW). The B:CNW electrodes were synthesised, and their surface was characterised by scanning electron microscopy (SEM) and X-ray photoelectron...
-
Catalytic Mechanism of Non-Target DNA Cleavage in CRISPR-Cas9 Revealed by Ab Initio Molecular Dynamics
PublikacjaCRISPR-Cas9 is a cutting-edge genome editing technology, which uses the endonuclease Cas9 to introduce mutations at desired sites of the genome. This revolutionary tool is promising to treat a myriad of human genetic diseases. Nevertheless, the molecular basis of DNA cleavage, which is a fundamental step for genome editing, has not been established. Here, quantum–classical molecular dynamics (MD) and free energy methods are used...
-
Manufacturing collective intelligence by the means of Decisional DNA and virtual engineering objects, process and factory
PublikacjaEngineering collective intelligence is paramount in current industrial times. This research proposes and presents case studies for collective knowledge structures required in the industry field. Knowledge structures such as Set of Experience and Decisional DNA are extended into more advanced knowledge structures for manufacturing processes. These structures are called Virtual Engineering Object, Virtual Engineering Process and...
-
UV-induced electron transfer between triethylamine and 5-bromo-2′-deoxyuridine. A puzzle concerning the photochemical debromination of labeled DNA
Publikacja5-Bromo-2'-deoxyuridine (BrdU) photosensitizes DNA to strand break formation. However, this type of photodamage is completely quenched by the presence of triethylamine (TEA) which originates from RP-HPLC purification commonly employed by oligonucleotide providers. While the presence of TEA in oligonucleotide samples does not interfere with PCR or other molecular biology applications, the mechanism of photochemical reaction proceeding...
-
Binding modes of a new epoxysuccinyl–peptide inhibitor of cysteine proteases. Where and how do cysteine proteases express their selectivity?
Publikacja -
Comparison of immune response in sheep immunized with DNA vaccine encoding Toxoplasma gondii GRA7 antigen in different adjuvant formulations
PublikacjaPraca przedstawia badania dotyczące odpowiedzi immunologicznej owiec immunizowanych plazmidowym DNA kodującym antygen granul GRA7 Toxoplasma gondii w trzech różnych formulacjach adjuvanta. Sześćdziesiąt owiec było szczepionych domięśniowo z DNa plazmidów. Dwanaście otrzymało liposomową formę plazmidu pVAXIgGRA7, 12 formulację z Emulsigen P plazmidu pVAXIgGRA7 1 12 formulację z Emulsigen D plazmidu pVAXIgGRA7. Wszystkie zwierzęta...
-
Ultrasensitive electrochemical determination of the cancer biomarker protein sPD-L1 based on a BMS-8-modified gold electrode
PublikacjaThis work describes the modification of a gold electrode with the BMS-8 compound that interacts with the Programmed Death-Ligand 1 (PD-L1), an immune checkpoint protein. The results show that we can confirm the presence of the sPD-L1 in the concentration range of 10−18 to 10−8 M using electrochemical impedance spectroscopy (EIS) with a limit of detection (LOD) of 1.87 × 10−14 M for PD-L1 (S/N = 3.3) and at a concentration of 10−14...
-
Transport of Particles in Intestinal Mucus under Simulated Infant and Adult Physiological Conditions: Impact of Mucus Structure and Extracellular DNA
PublikacjaThe final boundary between digested food and the cells that take up nutrients in the small intestine is a protective layer of mucus. In this work, the microstructural organization and permeability of the intestinal mucus have been determined under conditions simulating those of infant and adult human small intestines. As a model, we used the mucus from the proximal (jejunal) small intestines of piglets and adult pigs. Confocal...
-
Beyond Antioxidant Activity: Redox Properties of Catechins May Affect Changes in the DNA Methylation Profile—The Example of SRXN1 Gene
PublikacjaThe role of catechins in the epigenetic regulation of gene expression has been widely studied; however, if and how this phenomenon relates to the redox properties of these polyphenols remains unknown. Our earlier study demonstrated that exposure of the human colon adenocarcinoma HT29 cell line to these antioxidants affects the expression of redox-related genes. In particular, treatment with (−)-epigallocatechin (EGC) downregulated...
-
Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and Decisional DNA (DDNA): Past, Present and Future
PublikacjaThis article reviews research work on set of experience knowledge structure (SOEKS)-decisional DNA (DDNA) done in the past, ongoing, and planned for the future. Firstly, the concept of the knowledge representation technique of SOEKS-DDNA is discussed, and then an attempt is made to organize the past research related with it in chronological order. This work focuses on the review on SOEKS-DDNA, its application in different domains,...
-
Apple pectin complexes with whey protein isolate
Publikacja -
Some applications of thermophiles and their enzymes for protein processing
PublikacjaPrzedstawiono charakterystykę, właściwości oraz możliwości zastosowań enzymów proteolitycznych wytwarzanych przez termofile. Zaletą tych biokatalizatorów jest między innymi duża odporność na działanie rozpuszczalników organicznych, detergentów i innych czynników denaturujących białka oraz mała wrażliwość na zmiany pH. Dokonano też przeglądu czynników powodujących dużą stabilność proteaz z termofili.
-
Pea Protein for Hempseed Oil Nanoemulsion Stabilization
Publikacja -
Polysaccharide–Protein Complexes in a Coarse-Grained Model
Publikacja -
ANALYSIS OF THE p53 PROTEIN GENE EXPRESSION MODEL
PublikacjaWe study the asymptotic behaviour of the solutions of the p53-Mdm2 model proposed by Monk (2003). The p53 gene is crucial for cellular inhibition of the angiogenesis process, while Mdm2 is a negative regulator of the p53 tumor-suppressor. We investigate the stability of the positive steady state and perform some numerical experiments.
-
Silica In Silico: A Molecular Dynamics Characterization of the Early Stages of Protein Embedding for Atom Probe Tomography
PublikacjaA novel procedure for the application of atom probe tomography (APT) to the structural analysis of biological systems, has been recently proposed, whereby the specimen is embedded by a silica matrix and ablated by a pulsed laser source. Such a technique, requires that the silica primer be properly inert and bio-compatible, keeping the native structural features of the system at hand, while condensing into an amorphous, glass-like...
-
Induction of unique structural changes in guanine-rich DNA regions by the triazoloacridone C-1305, a topoisomerase II inhibitor with antitumor activities.
PublikacjaCelem pracy było scharakteryzowanie odziaływania związku C-1305 z DNA w porównaniu do innych inhibitorów topoizomerazy II. Badania pokazują, że C-1305 odziaływuje preferencyjnie z parami CG, interkaluje do DNA i zaburza sąsiednie otoczenie w bardzo charakterystyczny sposób, który nie został zaobserwowany u pozostałych 22 badanych związków.
-
One-tube cell lysis and DNA extraction procedure for PCR based detection of Mycobacterium ulcerans in aquatic insects, molluscs and fish.
PublikacjaMycobacterium ulcerans jest bakterią wywołującą choroby skóry u ludzi i zwierząt. W trakcie prowadzonych badań opracowano prostą w wykonaniu metodę ekstrakcji DNA Mycobacterium ulcerans z próbek środowiskowych oraz klinicznych. Opracowana metoda izolacji DNA może być przydatna w badaniu źródeł infekcji oraz dróg szerzenia się Mycobacterium ulcerans.
-
DNA structure and integrity checkpoints in the cell cycle and their role in drug targeting and resistance of tumor cells to anticancer treatment
PublikacjaW artykule dokonaliśmy przeglądu literatury dotyczącej różnych typów uszkodzeń DNA indukowanych przez różne czynniki terapeutyczne w komórkach nowotworowych. Omówiliśmy także w jaki sposób aktywują różne typy punktów kontrolnych w cyklu komórkowym i w jaki sposób punkty te są regulowane przez inne szlaki sygnalizacji wewnątrzkomórkowej takie jak szlaki naprawy uszkodzeń DNA, stresu komórkowego i śmierci-przeżycia. W szczególności...
-
Application of SSB-like protein from Thermus aquaticus in multiplex PCR of human Y-STR markers identification
PublikacjaW tej publikacji prezentujemy zastosowanie białka SSB-podobnego Thermus aquaticus (TaqSSB) w reakcji multiplex PCR w celu identyfikacji markerów ludzkiego Y-STR. Wykorzystanie termostabilnego białka TaqSSB chroni lub redukuje tworzenie przez startery struktur dimerycznych, które powodują hamowanie hybrydyzacji starterów do badanego DNA i redukują ilość starterów dostępnych w reakcji PCR.
-
Common functionally important motions of the nucleotide‐binding domain of H sp70
Publikacja -
Binding energies of Eu2+ and Eu3+ ions in β-Ca2SiO4 doped with europium
Publikacja -
Cross-talk between DNA damage and cell survival checkpoints during G2 and mitosis: pharmacological implications
PublikacjaW pracy wyjaśnialiśmy rolę surwiwiny w ochronie komórek w czasie przejścia między G2 i mitozą, traktowanych związkiem uszkadzającym DNA. Jako model komórkowy wybraliśmy komórki ludzkiej białaczki MOLT-4, które wykazują zwiększoną ekspresję białka surwiwiny i niefunkcjonalnym p53. Ekspozycja tych komórek na melfalan, klasyczny związek uszkadzający DNA, prowadzi do uruchomienia punktu kontrolnego w G2 i zablokowania progresji cyklu...
-
The immune responses of sheep after DNA immunization with Toxoplasma gondii MAG1 antigen - with and without co-expression of ovine interleukin 6
PublikacjaW niniejszej pracy porównano odpowiedź immunologiczną owiec, którym podano domięśniowo plazmid DNA zawierający gen kodujący białko macierzy cyst tkankowych (MAG1) Toxoplasma gondii - pojedynczo bądź z DNA plazmidu kodującego owczą interleukinę 6 (IL-6). Dzięki wykorzystaniu plazmidu zawierającego gen mag1 odnotowano podwyższony poziom przeciwciał IgG1 oraz IgG2 w surowicach szczepionych zwierząt.
-
Using Decisional DNA to Enhance Industrial and Manufacturing Design: Conceptual Approach
PublikacjaDuring recent years, manufacturing organizations are facing market changes such as the need for short product life cycles, technological advancement, intense pressure from competitors and the continuous customers’ expectation for high quality products at lower costs. In this scenario, knowledge and its associated engineering/management of every stage involved in the industrial design has become increasingly important for manufacturing...
-
Regulation of the First Committed Step in Lipopolysaccharide Biosynthesis Catalyzed by LpxC Requires the Essential Protein LapC (YejM) and HslVU Protease
PublikacjaWe previously showed that lipopolysaccharide (LPS) assembly requires the essential LapB protein to regulate FtsH-mediated proteolysis of LpxC protein that catalyzes the first committed step in the LPS synthesis. To further understand the essential function of LapB and its role in LpxC turnover, multicopy suppressors of ΔlapB revealed that overproduction of HslV protease subunit prevents its lethality by proteolytic degradation...
-
UNRES-GPU for Physics-Based Coarse-Grained Simulations of Protein Systems at Biological Time- and Size-Scales
PublikacjaThe dynamics of the virus like particles (VLPs) corresponding to the GII.4 Houston, GII.2 SMV, and GI.1 Norwalk strains of human noroviruses (HuNoV) that cause gastroenteritis was investigated by means of long-time (about 30 μs in the laboratory timescale) molecular dynamics simulations with the coarse-grained UNRES force field. The main motion of VLP units turned out to be the bending at the junction between the P1 subdomain (that...
-
Numeryczna analiza wpływu budowy podpory mostu na rzece Wiśle na przepływ i rozmycie dna koryta rzeki
PublikacjaW artykule opisano wyniki hydraulicznej analizy wpływu jednego z filarów mostu w Kwidzynie na zmianę pola prędkości przepływu i warunków transportu rumowiska w rzece Wiśle, powodujących lokalne rozmywanie dna koryta rzeki w rejonie filara zlokalizowanego w nurcie rzeki. Bezpośrednią przyczyną podjęcia badań były zaobserwowane podczas budowy mostu lokalne rozmycia dna w sąsiedztwie podpory nr 24.
-
Minimum inhibitory concentrations (MICs) determination of selected human topoisomerase II alpha and bacterial DNA gyrase inhibitors against fungal strains
Dane BadawczeThe datasets contain the results of determining the MIC (Minimal Inhibitory Concentration) value of known compounds* (inhibitors of human topoisomerase II alpha and bacterial DNA gyrase) against C. albicans SC5314, C. glabrata ATCC 90030, C. krusei ATCC 6258 and C. parapsilosis ATCC 22019 and Saccharomyces cerevisiae ATCC 9763 by the modified M27-A3...
-
Function and Frustration of Multi-Drug ABC Exporter Protein and Design of Model Proteins for Drug Delivery Using Protein Hydration Thermodynamics
Publikacja -
Evaluation of immune responses in sheep induced by DNA immunization with genes encoding GRA1, GRA4, GRA6 and GRA7 antigens of Toxoplasma gondii
PublikacjaW niniejszej pracy oszacowano odpowiedź immunologiczną owiec szczepionych domięśniowo szczepionkami DNA zawierającymi geny kodujące cztery antygeny granul o dużej gęstości (GAR1, GRA4, GRA6 oraz GRA7) Toxoplasma gondii. Wykazano, iż wykorzystanie DNA plazmidu pGRA7 indukuje znaczący poziom przeciwciał IgG-2 anty-GRA7 oraz IFN-gammma, podczas gdy iniekcja pGRA1, pGRA4 oraz pGRA6 stymuluje odpowiedź przeciwciał IgG1 z ograniczoną...
-
Statistical Method for Analysis of Interactions Between Chosen Protein and Chondroitin Sulfate in an Aqueous Environment
PublikacjaWe present the statistical method to study the interaction between a chosen protein and another molecule (e.g., both being components of lubricin found in synovial fluid) in a water environment. The research is performed on the example of univariate time series of chosen features of the dynamics of mucin, which interact with chondroitin sulfate (4 and 6) in four different saline solutions. Our statistical approach is based on recurrence...
-
Zastosowanie zmodyfikowanej metody Prony'ego do detekcji dna morskiego i obiektów podwodnych
PublikacjaW artykule zaprezentowano zastosowanie nowej (zaproponowanej przez autorów) modyfikacji metody Prony'ego do określenia kierunku przyjścia sygnału echa fali akustycznej docierającego do odbiorczego przetwornika hydroakustycznego. Wykorzystanie zaproponowanej metody, umożliwia lepsze, niż za pomocą dotychczas znanych metod, określenie położenia wielu źródeł rewerberacji jednocześnie, zapewniając tym samym niezakłócone działanie w...
-
Analysis of the influence of polystyrene microplastics and their derivatives on the DNA of human colon epithelial cells HT29 with the comet assay
PublikacjaWe have been using plastic for almost a century and nowadays a lot of them circulates as pollutants in the environment and still defragmenting to micro and nanoscale. The exposition through the food chain and its precise impact on human health is still not clear. In our study, we tested real food packaging after contact with food products and real thermoinsulation and environmental samples of polystyrene in different model liquids,...
-
The hydration properties of protein stabilizer, trimethylamine-N-oxide in aqueous solutions of N-methylacetamide – The volumetric and compressibility studies between 288.15 and 308.15 K
PublikacjaApparent molar volumes and apparent molar isentropic compressions of the protein stabilizer, trimethylamine-N-oxide (TMAO) were determined from the densities and speed of sound measured at T = (288.15, 298.15 and 308.15) K in aqueous solutions of N-methylacetamide (NMA) at four different concentrations (2, 4, 6 and 8 mol/kg). The concentration dependencies of the calculated quantities extrapolated to the infinite dilution lead...
-
Decisional DNA for modeling and reuse of experiential clinical assessments in breast cancer diagnosis and treatment
PublikacjaClinical Decision Support Systems (CDSS) are active knowledge resources that use patient data to generate case specific advice. The fast pace of change of clinical knowledge imposes to CDSS the continuous update of the domain knowledge and decision criteria. Traditional approaches require costly tedious manual maintenance of the CDSS knowledge bases and repositories. Often, such an effort cannot be assumed by medical teams, hence...
-
Role of the disulfide bond in stabilizing and folding of the fimbrial protein DraE from uropathogenic Escherichia coli
PublikacjaDr fimbriae are homopolymeric adhesive organelles of uropathogenic Escherichia coli composed of DraE subunits, responsible for the attachment to host cells. These structures are characterized by enormously high stability resulting from the structural properties of an Ig-like fold of DraE. One feature of DraE and other fimbrial subunits that makes them peculiar among Ig-like domain-containing proteins is a conserved disulfide bond...
-
Symulacja zjawiska stopniowego wypierania zagłębionego rurociągu podmorskiego z dna w wyniku cyklicznego obciążenia hydrodynamicznego.
PublikacjaGeneracja cyklicznej siły wyporu hydrodynamicznego, działającej na rurociąg podmorski zagłębiony w dnie i spowodowanej oddziaływaniem falowania powierzchniowego na dno morskie. Wyniki badań laboratoryjnych, w małej skali, stopniowego wypierania rurociągu z podłoża gruntowego w kierunku powierzchni dna. Próba numerycznego symulowania procesu pionowego przemieszczania się rurociągu w gruncie, z wykorzystaniem metody elementów rozdzielnych.
-
A tight-binding model of a carbon nanotube interacting with TiO2 rutile (110) surface
Publikacja -
NK1 receptor binding of a few low molecular weight 3,5-bistrifluoromethylbenzene derivatives
Publikacja -
Fentanyl Family at the Mu-Opioid Receptor: Uniform Assessment of Binding and Computational Analysis
Publikacja -
Hybrid materials comprising trimethylglycinamide groups: immobilization consequences for anion binding affinities
Publikacja -
Imidazo-thiazine, -diazinone and -diazepinone derivatives. Synthesis, structure and benzodiazepine receptor binding
Publikacja -
Assessment of Adjustment of GNSS Railway Measurements with Parameter-Binding Conditions in a Stationary Scenario
Publikacja -
Molecular insights into receptor binding energetics and neutralization of SARS-CoV-2 variants
Publikacja -
Assessment of Adjustment of GNSS Railway Measurements with Parameter-Binding Conditions in a Stationary Scenario
PublikacjaThe study aims to assess the applicability of the ordinary least squares method, robust estimation, and conditions-binded adjustment in processing the six synchronous coordinate pairs of global navigation satellite system (GNSS) receivers. The research is part of the research project InnoSatTrack, focused on the enhancement of the determination of geometrical parameters of railway tracks using GNSS, inertial, and other sensors....