Filtry
wszystkich: 1718
-
Katalog
- Publikacje 1501 wyników po odfiltrowaniu
- Czasopisma 28 wyników po odfiltrowaniu
- Konferencje 1 wyników po odfiltrowaniu
- Osoby 33 wyników po odfiltrowaniu
- Wynalazki 11 wyników po odfiltrowaniu
- Projekty 11 wyników po odfiltrowaniu
- Laboratoria 1 wyników po odfiltrowaniu
- Zespoły Badawcze 2 wyników po odfiltrowaniu
- Kursy Online 22 wyników po odfiltrowaniu
- Dane Badawcze 108 wyników po odfiltrowaniu
wyświetlamy 1000 najlepszych wyników Pomoc
Wyniki wyszukiwania dla: dna-protein binding
-
How water mediates the long-range interactions between remote protein molecules
PublikacjaThe high crowding of macromolecules in the cytoplasm affects the processes that occur inside a living cell. It can, for example, promote the forming of various loosely connected structures of proteins. It also means that bulk water is, essentially, not present there. The relatively thin layer of solvent that separates macromolecules may be able to participate in the long-range interactions between them and make them respond to...
-
Dominant Pathways of Adenosyl Radical-Induced DNA Damage Revealed by QM/MM Metadynamics
PublikacjaBrominated nucleobases sensitize double stranded DNA to hydrated electrons, one of the dominant genotoxic species produced in hypoxic cancer cells during radiotherapy. Such radiosensitizers can therefore be administered locally to enhance treatment efficiency within the solid tumor while protecting the neighboring tissue. When a solvated electron attaches to 8-bromoadenosine, a potential sensitizer, the dissociation of bromide...
-
Decisional DNA with embedded Relief-F linear regression for knowledge and experience management
PublikacjaOmowiono zastowania Decyzyjnego DNA, regresji liniowej oraz funkcji RELIEF-F w procesach formalnego modelowania i wspomagania zarzadzania wiedza oraz zarzadzania doswiadczeniem.
-
DNA repair is responsible for the presence of oxidatively damaged DNA lesions in urine
Publikacja -
The Role of Electrostatics in Enzymes: Do Biomolecular Force Fields Reflect Protein Electric Fields?
PublikacjaPreorganization of large, directionally oriented, electric fields inside protein active sites has been proposed as a crucial contributor to catalytic mechanism in many enzymes, and it may be efficiently investigated at the atomistic level with molecular dynamics simulations. Here, we evaluate the ability of the AMOEBA polarizable force field, as well as the additive Amber ff14SB and Charmm C36m models, to describe the electric...
-
The Unfolded Protein Response: A Double-Edged Sword for Brain Health
PublikacjaEfficient brain function requires as much as 20% of the total oxygen intake to support normal neuronal cell function. This level of oxygen usage, however, leads to the generation of free radicals, and thus can lead to oxidative stress and potentially to age-related cognitive decay and even neurodegenerative diseases. The regulation of this system requires a complex monitoring network to maintain proper oxygen homeostasis. Furthermore,...
-
Low-Molecular Pyrazine-Based DNA Binders: Physicochemical and Antimicrobial Properties
PublikacjaPyrazine and its derivatives are a large group of compounds that exhibit broad biological activity, the changes of which can be easily detected by a substituent effect or a change in the functional group. The present studies combined theoretical research with the density functional theory (DFT) approach (B3LYP/6-311+G**) and experimental (potentiometric and spectrophotometric) analysis for a thorough understanding of the structure...
-
Membrane Sterols Modulate the Binding Mode of Amphotericin B without Affecting Its Affinity for a Lipid Bilayer
PublikacjaMembrane-active antibiotics are known to selectively target certain pathogens based on cell membrane properties, such as fluidity, lipid ordering, and phase behavior. These are in turn modulated by the composition of a lipid bilayer and in particular by the presence and type of membrane sterols. Amphotericin B (AmB), the golden standard of antifungal treatment, exhibits higher activity toward ergosterol-rich fungal membranes, which...
-
Molecular basis for the DNA damage induction and anticancer activity of asymmetrically substituted anthrapyridazone PDZ-7
Publikacjanthrapyridazones, imino analogues of anthraquinone, constitute a family of compounds with remarkable anti-cancer activity. To date, over 20 derivatives were studied, of which most displayed nanomolar cytotoxicity towards broad spectrum of cancer cells, including breast, prostate and leukemic ones. BS-154, the most potent derivative, had IC50 values close to 1 nM, however, it was toxic in animal studies. Here, we characterize another...
-
The Neural Knowledge DNA Based Smart Internet of Things
PublikacjaABSTRACT The Internet of Things (IoT) has gained significant attention from industry as well as academia during the past decade. Smartness, however, remains a substantial challenge for IoT applications. Recent advances in networked sensor technologies, computing, and machine learning have made it possible for building new smart IoT applications. In this paper, we propose a novel approach: the Neural Knowledge DNA based Smart Internet...
-
Decisional DNA based framework for representing Virtual Engineering Objects
PublikacjaIn this paper, we propose a frame-work to represent the Virtual Engineering Objects (VEO) utilizing Set of Knowledge Experience Structure (SOEKS) and Decisional DNA. A VEO will enable the discovery of new knowledge in a manufacturing unit and the generation of new rules that drive reasoning. The proposed VEO framework will not only be knowledge based representation but it will also have its associated experience embedded within...
-
Modeling protein structures with the coarse-grained UNRES force field in the CASP14 experiment
PublikacjaThe UNited RESidue (UNRES) force field was tested in the 14th Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP14), in which larger oligomeric and multimeric targets were present compared to previous editions. Three prediction modes were tested (i) ab initio (the UNRES group), (ii) contact-assisted (the UNRES- contact group), and (iii) template-assisted (the UNRES-template...
-
Effects of metallic silver particles on resonance energy transfer between fluorophores bound to DNA.
PublikacjaZbadano wpływ filmów wysepek metalicznego srebra na rezonansowe przekazywanie energii między fluoroforami związanymi z DNA. Donorem i akceptorem były odpowiednio 4´,6 diamidyno-2-fenylindon i jodek propydyny. Zmierzone dla tego układu czasy zaniku i widma fluorescencji pokazują, że sąsiedztwo cząstek srebra dramatycznie zwiększa promień Forstera, a tym samym i przekazywanie energii w znakowanym DNA.
-
Two-photon induced fluorescence of Cy5-DNA in buffer solution and on silver island film
PublikacjaOpisano fluorescencję barwnika CY5 połączonego z DNA w roztworze buforowym na wysepkach srebrowych.
-
Alternative and New Protein Sources
Publikacja -
Stabilizing agents and protein stability
PublikacjaBiałka są kluczowymi elementami żywych organizmów, jak również efektywnymi katalizatorami w biotechnologii i medycynie. Szybki rozwój wielu gałęzi biotechnologii wiąże się z coraz większym zapotrzebowaniem na produkty białkowe charakteryzujące się wysoką stabilnością. Jednym ze sposobów osiągnięcia większej stabilności białek jest wykorzystanie małych związków organicznych, tzw. osmolitów. Do tej grupy związków należą aminokwasy,...
-
Colloidal aspects of protein digestion
Publikacja.
-
DNA and its Metaphors
Publikacja -
Principles and applications of Ligation Mediated PCR methods for DNA-based typing of microbial organisms
PublikacjaA significant number of DNA-based techniques has been introduced into the field of microorganisms’ characterization and taxonomy. These genomic fingerprinting methods were developed to detect DNA sequence polymorphisms by using general principles, such as restriction endonuclease analysis, molecular hybridization, and PCR amplification. In recent years, some alternative techniques based on ligation of oligonucleotide adapters before...
-
Assembly of Lipopolysaccharide in Escherichia coli Requires the Essential LapB Heat Shock Protein
PublikacjaHere, we describe two new heat shock proteins involved in the assembly of LPS in Escherichia coli, LapA and LapB (lipopolysaccharide assembly protein A and B). lapB mutants were identified based on an increased envelope stress response. Envelope stress responsive pathways control key steps in LPS biogenesis and respond to defects in the LPS assembly. Accordingly, the LPS content in ΔlapB or Δ(lapA lapB) mutants was elevated, with...
-
Increased concentration of Taq DNA polymerase as a solution for GC-rich templates from clinical and environmental samples
PublikacjaDNA polymerase is an enzyme which plays crucial role in replication and DNA repair. It found application in PCR (polymerase chain reaction) where catalyses process of in vitro DNA synthesis. To meet the demands posed by mod- ern diagnostic, molecular biology or genetic engineering it is necessary to improve DNA polymerases to obtain new or better features useful in these fields. So far implemented modifications in majority are...
-
Klasyfikacja dna morskiego na podstawie kątowej zależności cech echa z sonaru wielowiązkowego
PublikacjaPrzedstawiono metodę rozpoznawania i klasyfikacji rodzaju dna morskiego opartą na przetwarzaniu echa z sonaru wielowiązkowego. Metoda ta polega na obliczaniu zbioru parametrów obwiedni ech dla poszczególnych wiązek, podobnie jak w metodach wykorzystujących echosondy jednowiązkowe. Następnie estymowana jest zależność wartości poszczególnych parametrów od kąta wiązki oraz badane jest powiązanie otrzymanej zależności z rodzajem dna...
-
Silver nanoparticles induce premutagenic DNA oxidation that can be prevented by phytochemicals from Gentiana asclepiadea
PublikacjaAmong nanomaterials, silver nanoparticles (AgNPs) have the broadest and most commercial applications due to their antibacterial properties, highlighting the need for exploring their potential toxicity and underlying mechanisms of action. Our main aim was to investigate whether AgNPs exert toxicity by inducing oxidative damage to DNA in human kidney HEK 293 cells. In addition, we tested whether this damage could be counteracted...
-
The influence of the substrate temperature on the preparation of DNA films for studies under vacuum conditions
PublikacjaPrzeanalizowano wpływ temperatury na formowanie warstw DNA. Sprawdzono wpływ stabilizatorów na jakość otrzymanych próbek. Stwierdzono, że optymalnymi warunkami przygotowywania filmów do badań w warunkach próżniowych jest - 10 st. C przy minimalnej zawartości NaOH.
-
Photostability pf Cy3 and Cy5-labeled DNA in the presence of metallic silver particles
PublikacjaZbadano wpływ cząstek metalicznego srebra na fotostabilność oligomerów DNA kowalencyjnie związanych z Cy3 lub Cy5. Zbliżenie fluoroforów do cząstek srebra powodowało zwiększenie intensywności fluorescencji i pojawienie się frakcji emisji bardziej odpornej na wybielanie.
-
DNA adduct formation by C-1748, a potent antitumor 4-methyl-1-nitroacridine of lowered toxicity.
Publikacja4-podstawione 1-nitroakrydyny reprezentują nową grupę pochodnych zsyntetyzowanych na Politechnice Gdańskiej. W porównaniu do macierzystych 1-nitroakrydyn związki te wykazują obniżoną toksyczność i podwyższoną aktywność przeciwnowotworową. Wiodąca pochodna 4-metylo-1-nitroakrydyna o symbolu C-1748 jest obecnie w przygotowaniu do I fazy badań klinicznych w leczeniu raka okrężnicy. Wprowadzenie elektrodonorowej grupy metylowej w...
-
Quality Control of Bacterial Extracellular Vesicles with Total Protein Content Assay, Nanoparticles Tracking Analysis, and Capillary Electrophoresis
PublikacjaExtracellular vesicles (EVs) were isolated from Pectobacterium zantedeschiae culturing media using direct ultracentrifugation (UC), iodixanol cushion ultracentrifugation (ICUC), and iodixanol density gradient ultracentrifugation (IDGUC) techniques. The isolates were characterized with total protein content assay (bicinchoninic acid assay, BCA), nanoparticles tracking analysis (NTA), and capillary electrophoresis (CE). A satisfactory...
-
Toward Smart Innovation Engineering: Decisional DNA-Based Conceptual Approach
PublikacjaABSTRACT Knowledge and experience are essential requirements for product innovation. The presented paper proposes a systematic approach for product innovation support using a Smart Knowledge Management System comprising a Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and Decisional DNA (DDNA). This proposed system is dynamic in nature because it updates itself every time a new decision related to innovation is made. Through this...
-
Recycling of waste tires in the light of binding law in Poland
PublikacjaA risings of large quantities of used rubber products, especially used tires has been increasing every year in Poland, in 2006 it was 160 thousand. The waste management and recycling of used tires become a major environmental problem. Well known methods of utilization of used tires are presented in this article. The main problem is ignorance of the law by tyre manufactures and users. In Poland first act on waste introduces ban...
-
DAF - and collagen-binding properties of chimeric Dr fimbriae
PublikacjaEkspozycja białek heterologicznych na powierzchni mikroorganizmów jest jedną z nowych strategii stosowanych w mikrobiologii, biotechnologii oraz projektowaniu nowoczesnych szczepionek. W niniejszej pracy zbadano możliwość wykorzystania białka podjednostkowego DraE fimbrii Dr uropatogennych szczepów Escherichia coli jako nośnika heterologicznych sekwencji. W rejon odpowiadający N-terminalnej domenie 2 białka DraE wprowadzono epitopową...
-
Aplikacja wspomagająca przetwarzanie sekwencji dna: moduł edycji chromatogramu
PublikacjaModuł edycji chromatogramu jest częścią większej aplikacji, służącej do wspomagania przetwarzania danych pochodzących z sekwencjonowania DNA. Aplikacja skonstruowana jest z odrębnych, samodzielnych programów, które współpracują dwiema drogami - poprzez popularne formaty plików, co umożliwia wprowadzenie do modułów danych opracowanych częściowo w aplikacjach zewnętrznych, oraz poprzez przesyłanie danych pomiędzy modułami, co usprawnia...
-
Decisional-DNA Based Smart Production Performance Analysis Model
Publikacjan order to allocate resources effectively according to the production plan and to reduce disturbances, a framework for smart production performance analysis is proposed in this article. Decisional DNA based knowledge models of engineering objects, processes and factory are developed within the proposed framework. These models are the virtual representation of manufacturing resources, and with help of Internet of Things, are capable...
-
Endocrine responses following exhaustive strength exercise with and without the use of protein and protein-carbohydrate supplements
Publikacja -
DNA methylation in cancer development, diagnosis and therapy-multiple opportunities for genotoxic agents to act as methylome disruptors or remediators
PublikacjaThe role of DNA methylation and recently discovered hydroxymethylation in the function of the human epigenome is currently one of the hottest topics in the life sciences. Progress in this field of research has been further accelerated by the discovery that alterations in the methylome are not only associated with key functions of cells and organisms, such as development, differentiation and gene expression, but may underlie a number...
-
Total DNA Methylation Changes Reflect Random Oxidative DNA Damage in Gliomas
Publikacja -
Total DNA methylation as a biomarker of DNA damage and tumor malignancy in intracranial meningiomas
Publikacja -
From Individual to Collective: Intelligence Amplification with Bio-Inspired Decisional DNA and its Extensions
PublikacjaIn nature, deoxyribonucleic acid (DNA) contains the genetic instructions used in the development and functioning of all known living organisms. The idea behind our vision is to develop an artificial system, an architecture that would support discovering, adding, storing, improving and sharing information and knowledge among agents and organizations through experience. We propose a novel Knowledge Representation (KR) approach in...
-
Mitochondrial DNA Part B-Resources
Czasopisma -
Recent Advances in DNA and Gene Sequences
Czasopisma -
Wpływ warunków naturalnych na zobrazowanie dna Zatoki Gdańskiej przy użyciu sonaru bocznego
PublikacjaGłównym celem artykułu jest przedstawienie wpływu warunków środowiskowych na dokładność zobrazowania dna morza za pomocą systemów hydroakustycznych. Czynniki naturalne, przede wszystkim falowanie powierzchni morza i niejednorodny rozkład prędkości dźwięku w wodzie, mają wpływ na zmianę toru promieni akustycznych. Choć w obu przypadkach mechanizm zjawisk jest zupełnie odmienny, odgrywają one decydującą rolę w odwzorowaniu dna i...
-
Diagnostyka zakażeń Candida spp. oparta o amplifikację DNA techniką PCR
PublikacjaZakażenia wywoływane przez oportunistyczne grzyby z rodzaju Candida są poważnym problemem klinicznym. Niezbędne jest poszukiwanie nowych szybkich, czułych i pewnych metod do identyfikacji gatunkowej tych drobnoustrojów. W artykule przedstawiono opisane w literaturze metody diagnostyki molekularnej drożdżaków z rodzaju Candida oparte o amplifikację DNA techniką PCR.
-
Typing of Scopulariopsis and Microascus fungi by Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
PublikacjaOBJECTIVES Scopulariopsis species and their teleomorphs of the genus Microascus are commonly isolated from soil, decaying plant material and indoor environments. Moreover, certain Scopulariopsis and Microascus species are recognised as opportunistic human pathogens. Although most species can be identified by detailed morphological study, phenotypic characters appear to overlap in several cases and morphology seems to be insufficient...
-
32P-postabeling detection of DNA adducts formed by 4-methyl-1-nitro-9-aminoacridine C-1748
PublikacjaWykazano zdolność do tworzenia przez nową pochodną 1-nitroakrydyny o symbolu C-1748, adduktów z DNA komórek nowotworowych oraz z DNA w systemie bezkomórkowym.
-
Low-energy positron scattering from DNA nucleobases: the effects from permanent dipoles
PublikacjaAb initio quantum calculations for low-energy positron scattering from gas-phase isolated molecular nucleobases which are part of the DNA structure are presented and discussed over the range of 1 eV to 25 eV. The calculations report the integral cross sections (ICSs) and the momentum-transfer cross sections (MTCSs) for Adenine, Guanine, Thymine and Cytosine. The calculations show very clearly the important role of the dominant...
-
A Framework for Enhancing Supplier Selection Process by Using SOEKS and Decisional DNA
PublikacjaAbstract. Supplier selection process is one of the significant stages in supply chain management for industrial manufactured products. It plays an integral role in the success of any manufacturing organization and is an important part starting right from selecting raw material to dispatch of finished products. This paper contributes to enhance the supplier selection process by proposing a multi-criteria decision making framework...
-
Cross sections for electron scattering from selected components of DNA and RNA
PublikacjaWykorzystując metodę atomów niezależnych obliczono różniczkowe i całkowite przekroje czynne na sprężyste rozproszenie elektronów na wybranych drobinach, będących analogami składników DNA i RNA. Przekroje te obliczono w zakresie energii zderzenia od 50eV do 200 eV dla następujących drobin: C4H8O, C4H8O2, C5H10O2 oraz H3PO4. Przy użyciu metody BEB (binary-ecounter Bethe method) dla powyższych związków obliczono również przekroje...
-
Emplying set of experience knowledge structure and decisional DNA to enhance industrial design: conceptual approach
PublikacjaZaprezentowano koncepcje wspomagania projektowania przemyslowego przy pomocy nowoczenego podejscia do reprezentacji wiedzy w postaci SOEKS oraz Decyzyjnego DNA
-
Experience-Based Decisional DNA (DDNA) to Support Product Development
PublikacjaKnowledge and experience are important requirements for product development. The aim of this paper is to propose a systematic approach for industrial product development. This approach uses smart knowledge management system comprising of Set of Experience Knowledge Structure and Decisional DNA (DDNA) along with Virtual Engineering Tools (Virtual engineering object, Virtual engineering process, and Virtual engineering factory)....
-
When Neural Networks Meet Decisional DNA: A Promising New Perspective for Knowledge Representation and Sharing
PublikacjaABSTRACT In this article, we introduce a novel concept combining neural network technology and Decisional DNA for knowledge representation and sharing. Instead of using traditional machine learning and knowledge discovery methods, this approach explores the way of knowledge extraction through deep learning processes based on a domain’s past decisional events captured by Decisional DNA. We compare our approach with kNN (k-nearest...
-
DNA Methylation Changes Induced by Redox-Active Compounds—Choosing the Right PCR-Based Method
PublikacjaThe impact of catechins on the expression profile of redox-related genes in HT29 cell line has been studied recently by our group using Oxidative Stress RT2 Profiler PCR Array. Within the examined panel of 84 genes, the down-regulation of SRXN1 gene was unique among other up-regulated genes. We hypothesized that the observed down-regulation resulted from DNA methylation and have exploited this observation to choose the proper strategy...