Filtry
wszystkich: 4264
-
Katalog
- Publikacje 3448 wyników po odfiltrowaniu
- Czasopisma 110 wyników po odfiltrowaniu
- Konferencje 6 wyników po odfiltrowaniu
- Osoby 72 wyników po odfiltrowaniu
- Projekty 18 wyników po odfiltrowaniu
- Zespoły Badawcze 8 wyników po odfiltrowaniu
- Kursy Online 174 wyników po odfiltrowaniu
- Wydarzenia 4 wyników po odfiltrowaniu
- Dane Badawcze 424 wyników po odfiltrowaniu
wyświetlamy 1000 najlepszych wyników Pomoc
Wyniki wyszukiwania dla: SPIKING DYNAMICS
-
The importance of the shape of the protein–water interface of a kinesin motor domain for dynamics of the surface atoms of the protein
PublikacjaA single kinesin motor domain immersed in water has been investigated using molecular dynamics. It has been found that local properties of water in the solvation shell change along with the nature of the neighboring protein surface. However, a detailed analysis leads to the conclusion that the geometrical features of hydrogen bonds and overall structure of kinesin hydration water are not very different from bulk water. The local...
-
Aerodynamic shape optimization by variable-fidelity computational fluid dynamics models: a review of recent progress
PublikacjaA brief review of some recent variable-fidelity aerodynamic shape optimization methods is presented.We discuss three techniques that—by exploiting information embedded in low-fidelity computationalfluid dynamics (CFD) models—are able to yield a satisfactory design at a low computational cost, usu-ally corresponding to a few evaluations of the original, high-fidelity CFD model to be optimized. Thespecific techniques considered here...
-
Combining Computational Fluid Dynamics with a Biokinetic Model for Predicting Ammonia and Phosphate Behavior in Aeration Tanks
PublikacjaThe aim of this study was to use computational fluid dynamics for predicting the behavior of reactive pollutants (ammonia and phosphate) in the aerobic zone of the bioreactor located at the Wschod wastewater treatment plant in Gdansk, Poland. The one-dimensional advection-dispersion equation was combined with simple biokinetic models incorporating the Monod-type expressions as source terms for the two pollutants. The problem was...
-
Adsorption dynamics of chlorinated hydrocarbons from multi-component aqueous solution onto activated carbon
Publikacja -
Early stages of condensation from the gaseous phase in a H2O-N2 system: a molecular dynamics study.
PublikacjaW pracy przedstawiono wyniki symulacji wczesnych etapów kondensacji z fazy gazowej w układzie xH2O (1-x)N2. Przeanalizowano całkowitą liczbę klastrów, średni rozmiar klastra i rozmiar klastra maksymalnego w funkcji czasu.
-
Molecular dynamics simulation and MM-PBSA analysis of Oxytricha nova TEBP ternary complex with ssDNA
PublikacjaPraca dotyczy badań metodami chemii obliczeniowej właściwości elektrostatycznych i termodynamicznych kompleksu telomerowego białka TEBP pochodzącego z organizmu Oxytricha z jednoniciowym telomerowym DNA (ssDNA).
-
On dynamics of flexible branched shell structures undergoing large overall motion using finite elements
PublikacjaZaprezentowano autorski algorytm do analizy dynamicznej powłok sprężystych oparty na niejawnym schemacie Newmarka. Rozważania dotyczą całkowania po czasie dynamicznych równań ruchu sformułowanych w ramach nieliniowej sześcioparametrowej teorii powłok. Opracowanie zawiera pewne elementy analizy statycznej, poprzedzającej badania dynamiczne. Przykłady numeryczne prezentują zastosowanie algorytmu stanowią podstawową część pracy.
-
Encapsulation of an anticancer drug Isatin inside a host nano-vehicle SWCNT: a molecular dynamics simulation
PublikacjaThe use of carbon nanotubes as anticancer drug delivery cargo systems is a promising modality as they are able to perforate cellular membranes and transport the carried therapeutic molecules into the cellular components. Our work describes the encapsulation process of a common anticancer drug, Isatin (1H-indole-2,3-dione) as a guest molecule, in a capped single-walled carbon nanotube (SWCNT) host with chirality of (10,10). The...
-
Computational Fluid Dynamics Simulation of Gas–Liquid Multiphase Flow in T-junction for CO2 Separation
PublikacjaThe article presents the results of a computational fluid dynamics (CFD) analysis of gas-liquid multiphase flow. The simulation was conducted using CFD code and the Euler–Euler approach. The presented study relates to the non–reactive, steady-state, turbulent flow of water and carbon dioxide mixture in a 3D pipe. Separation phenomenon between phases is observed. The solution was obtained using a mixture model. Different values...
-
Formation of Protein Networks between Mucins: Molecular Dynamics Study Based on the Interaction Energy of the System
PublikacjaMolecular dynamics simulations have been performed for a model aqueous solution of mucin. As mucin is a central part of lubricin, a key component of synovial fluid, we investigate its ability to form cross-linked networks. Such network formation could be of major importance for the viscoelastic properties of the soft-matter system and crucial for understanding the lubrication mechanism in articular cartilage. Thus,the inter- and...
-
Improvements and new functionalities of UNRES server for coarse-grained modeling of protein structure, dynamics, and interactions
PublikacjaIn this paper we report the improvements and extensions of the UNRES server (https://unres-server.chem.ug.edu.pl) for physics-based simulations with the coarse-grained UNRES model of polypeptide chains. The improvements include the replacement of the old code with the recently optimized one and adding the recent scale-consistent variant of the UNRES force field, which performs better in the modeling of proteins with the β and the...
-
The importance of the shape of the protein-water interface of a kinesin motor domain for dynamics of the surface atoms of the protein
PublikacjaSingle kinesin motor domain immersed in water has been investigated using molecular dynamics. It has been found that local properties of water in solvation shell change along with the nature of neighboring protein surface. However, a detailed analysis leads to the conclusion that the geometrical features of hydrogen bonds and overall structure of kinesin hydration water is not very different from bulk water. The local values of...
-
Molecular Dynamics to Predict Cryo-EM: Capturing Transitions and Short-Lived Conformational States of Biomolecules
PublikacjaSingle-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has revolutionized the field of the structural biology, providing an access to the atomic resolution structures of large biomolecular complexes in their near-native environment. Today’s cryo-EM maps can frequently reach the atomic-level resolution, while often containing a range of resolutions, with conformationally variable regions obtained at 6 Å or worse. Low resolution...
-
Pre‐exascale HPC approaches for molecular dynamics simulations. Covid‐19 research: A use case
PublikacjaExascale computing has been a dream for ages and is close to becoming a reality that will impact how molecular simulations are being performed, as well as the quantity and quality of the information derived for them. We review how the biomolecular simulations field is anticipating these new architectures, making emphasis on recent work from groups in the BioExcel Center of Excellence for High Performance Computing. We exemplified...
-
Solvent Exchange around Aqueous Zn(II) from Ab Initio Molecular Dynamics Simulations
PublikacjaHydrated zinc(II) cations, due to their importance in biological systems, are the subject of ongoing research concerning their hydration shell structure and dynamics. Here, ab initio molecular dynamics (AIMD) simulations are used to study solvent exchange events around aqueous Zn2+, for which observation in detail is possible owing to the considerable length of the generated trajectory. While the hexacoordinated Zn(H2O)62+ is the...
-
Editorial: smart modeling support for managing complexities and dynamics of knowledge-based systems-part 1
Publikacja -
Theoretical Investigation of the Electron-Transfer Dynamics and Photodegradation Pathways in a Hydrogen-Evolving Ruthenium-Palladium Photocatalyst
PublikacjaTime-dependent density functional theory calcula- tions combinedwith the Marcus theory of electron transfer (ET) were app lied on the molecular photocatalys t [(tbbpy) 2 Ru(tpph z)PdC l 2 ] 2 + in order to elucidate thelight-in- duced relaxation pathways populated upon excitation in the longer wavelength range of its absorption spectrum. The computational resultsshow that after the initial excitation, metal (Ru) to ligand (tpphz)chargetransfer...
-
Anion–water interactions of weakly hydrated anions: molecular dynamics simulations of aqueous NaBF4 and NaPF6
PublikacjaIn aqueous ionic solutions, both the structure and the dynamics of water are altered dramatically with respect to the pure solvent. The emergence of novel experimental techniques makes these changes accessible to detailed investigations. At the same time, computational studies deliver unique possibilities for the interpretation of the experimental data at the molecular level. Here, using molecular dynamics simulations, we demonstrate...
-
Silica In Silico: A Molecular Dynamics Characterization of the Early Stages of Protein Embedding for Atom Probe Tomography
PublikacjaA novel procedure for the application of atom probe tomography (APT) to the structural analysis of biological systems, has been recently proposed, whereby the specimen is embedded by a silica matrix and ablated by a pulsed laser source. Such a technique, requires that the silica primer be properly inert and bio-compatible, keeping the native structural features of the system at hand, while condensing into an amorphous, glass-like...
-
Mechanical Properties of Twisted Carbon Nanotube Bundles with Carbon Linkers from Molecular Dynamics Simulations
PublikacjaThe manufacturing of high-modulus, high-strength fibers is of paramount importance for real-world, high-end applications. In this respect, carbon nanotubes represent the ideal candidates for realizing such fibers. However, their remarkable mechanical performance is difficult to bring up to the macroscale, due to the low load transfer within the fiber. A strategy to increase such load transfer is the introduction of chemical linkers...
-
Free volume in physical absorption of carbon dioxide in ionic liquids: Molecular dynamics supported modeling
PublikacjaUnderstanding the mechanisms underlying the carbon dioxide (CO2) absorption in ionic liquids (ILs) is the key to their efficient utilization in industrial flue gas treatment. One of the parameters considered substantially important in the process is the Free Volume. In this study, the Fractional Free Volume (FFV) of 73 ILs was calculated using Molecular Dynamics (MD). A quantitative Structure-Property Relationship (QSPR) study...
-
Magnetization Reversal Mechanism in Exchange-Biased Spring-like Thin-Film Composite
Publikacja -
A simple approach to heat exchanger sizing optimisation by means of entrophy generation minimisation
PublikacjaIn the paper an attempt is presented to find the method of optimization of microtube diameter with respect to optimal thermal-hydraulic conditions in the single-phase shell-and-tube heat exchangers. The approach is based on consideration of pumping power at the condition of maximum heat transfer by the heat exchanger tube system. In the optimization method the tube diameter is first specified and then appropriate calculations are...
-
A crossroads between dietary habits, alcohol consumption, and smoking in the clinical course of psoriasis: a narrative review
Publikacja -
Investigation of peptide splicing using two‐peptide‐chain analogs of trypsin inhibitor SFTI‐1
Publikacja -
Hybrid super‐twisting fractional‐order terminal sliding mode control for rolling spherical robot
Publikacja -
Acute Effects of Electronic and Tobacco Cigarette Smoking on Sympathetic Nerve Activity and Blood Pressure in Humans
Publikacja -
Bulky DNA adducts in human sperm: relationship with fertility, semen quality, smoking, and environmental factors
Publikacja -
Seeking genetic signature of radiosensitivity - a novel method for data analysis in case of small sample sizes
Publikacja -
Hyperbolic heat conduction at a microscopic sliding contact with account of adhesion-deformational heat generation and wear
PublikacjaDifferent non-Fourier models were proposed to simulate temperatures in materials subjected to extremely fast thermal disturbances, when the speed of heat propagation should be concerned. The present study investigated temperature and heat balance at a microscopic sliding contact during a single frictional interaction based on the Cattaneo-Vernotte hyperbolic heat conduction equation. Two fundamental features of friction, namely,...
-
Normal stress distribution in built‑up cold‑formed column in relation to interconnecting bolt spacing
PublikacjaIn order to increase a stiffness of cold-formed steel (CFS) elements it is practised to built-up the cross-section. In the analysed case, a main element is strengthened by adding extra chord in contact partially along the column. This additional chord acts as a longitudinal stiffener connected with the main section by series of bolts. Authors check whether rules applied over the years, for hot-rolled elements, can be indiscriminately...
-
Robust asymptotic super twisting sliding mode observer for non-linear uncertain biochemical systems
PublikacjaThe problem of state estimation (reconstruction of the state vector) for a given class of biochemical systems under uncertain system dynamics has been addressed in this paper. In detail, the bioreactor at a water resource recovery facility represents the considered biochemical systems. The biochemical processes taking place in the bioreactor have been modelled using an activated sludge model. Based on this model, an appropriate...
-
Shaking table experimental study on pounding between adjacent structures founded on different soil types
PublikacjaThe aim of this study is to extensively investigate the effect of the soil type on the response of colliding structures based on shaking table experimental tests. Two single-storey models of steel buildings with different dynamic parameters were considered in this study. Three pounding scenarios were taken into account by applying different seismic gaps (0.5 cm, 1 cm and 1.5 cm as well as the no pounding case). First, the effect...
-
Shaft Misalignment Influence on Water Lubricated Turbine Sliding Bearings with Various Bush Modules of Elasticity
PublikacjaW artykule przeanalizowano wpływ wielkości przenoszenia osi wału względem panwi na nośność łożyska. Analizie poddano łożyska z odmiennymi rodzajami panwi o różnej sztywności.
-
FE-investigations on crack spacing in reinforced concrete beams within non-local continuum mechanics.
PublikacjaW artykule przedstawiono wyniki numerycznej analizy rozstawu rys w belkach żelbetowych przy zastosowaniu dwóch ciągłych modeli nielokalnych. Zbadano wpływ wielu różnych parametrów na rozstaw rys.
-
Degradation of a nano-cutting tool: an MD simulation
PublikacjaW pracy przedstawiono wyniki symulacji wielokrotnego oddziaływania realistycznie ukształtowanego ostrza tnącego z modelowym, nieskończenie twardym ziarnem, przy zastosowaniu metody dynamiki molekularnej. Ostrze składało się z kilkuset tysięcy atomów metalu fcc, traktowanego za pomocą potencjału Suttona-Chena, przesuwane było ze stałą prędkością 20 m/s. Obserwowane deformacje plastyczne pojawiające się na skutek kontaktu ostrza...
-
Connection matrix theory for discrete dynamical systems
Publikacja -
Connection matrix theory for discrete dynamical systems
PublikacjaIn [C] and [F1] the connection matrix theory for Morse decomposition is developedin the case of continuous dynamical systems. Our purpose is to study the case of discrete timedynamical systems.
-
Dynamical properties of ordered Fe–Pt alloys
Publikacja -
Zatrudnienie i bezrobocie a dynamika wzrostu gospodarczego
PublikacjaW pierwszej części artykułu przedstawiono koncepcję teoretyczną opisującaą związki pomiędzy dynamiką wzrostu produktu krajowego a stopą wzrostu zatrudnienia i stopą bezrobocia w warunkach zmian nakładów kapitałowych i postępu technicznego. W następnej kolejności przedstawiono model teoretyczny opisujący te związki i sformułowano założenia leżące u jego podstaw. W końcowej części artykułu, na podstawie informacji kwartalnych z lat...
-
Wybrane elementy nieliniowej dynamiki struktur kratowych
PublikacjaW pracy jest dyskutowany problem nieliniowej dynamiki struktur kratowych. Zastosowano stacjonarny opis Lagrange'a (ang. Total Lagrange), pokazano silne i słabe sformułowanie dla pręta kratowego, jego aplikację do MES. W zakresie całkowania równań ruchu przedstawiono metodę Newmarka i metodę-a dla problemów liniowych i nieliniowych. Załączony przykład numeryczny ilustruje cechy przedstawionych metod.
-
Dynamika piły tarczowej i wrzeciona przecinarki
PublikacjaOpisano metodykę określania właściwości dynamicznych układu wrzecionowego pilarki tarczowej w sposób eksperymentalny. Opisana metoda pozwala wykazać, że w określonych przypadkach o zachowaniu piły decydującą rolę może odgrywać wrzeciono pilarki i sposób jego napędu.
-
Badania dynamiki wybranych morskich obiektów pływających
PublikacjaPraca zawiera - w ujęciu skróconym materiał z zakresu ogólnych badań dynamiki morskich obiektów pływających - w ujęciu rozszerzonym i pogłębionym - materiał z badań dynamiki morskich obiektów pływających, należących do klasy pływakowych obiektów segmentowych. Dla obiektów segmentowych reprezentujących katamarany i trimarany załączone są wyniki obliczeń i badań modelowych.
-
Problem opisu dynamiki recyrkulacji w reaktorach.
PublikacjaOmówiono aktualne problemy związane z kwestią recyrkulacji w obiektach oczyszczalni ścieków. Wskazano na znaczny wzrost stosowanych stopni recyrkulacji w ostatnim czasie i przeanalizowano jego przypuszczalne przyczyny oraz konsekwencje. Omówiono wyniki badań przeprowadzonych w laboratoryjnym modelu osadnika.
-
Laboratorium Dynamiki i Automatyzacji Maszyn Technologicznych
PublikacjaW dokumencie zawarto opis profilu działalności Laboratorium Dynamiki i Automatyzacji Maszyn Technologicznych utworzonego w ramach Katedry Technologii Maszyn i Automatyzacji Produkcji. Na dołączonych ilustracjach przedstawiono najważniejsze stanowiska badawczo- dydaktyczne oraz kilka przykładowych wyników testów zautomatyzowanych napędów.
-
Metody sprzęgania modeli dynamiki rurociągów przemysłowych
PublikacjaArtykuł opisuje dwie metody sprzęgania modeli dynamiki rurociągów przesyłowych. Stanowią one niezbędny element przy budowie efektywnych systemów symulacji rozległych i złożonych instalacji rurociągów stosowanych w przemyśle. Pierwsza z proponowanych metod (globalna metoda sprzęgania - GMS) wykorzystuje 'globalne' (w skali modelu) zależności (oraz fizyczne przybliżone zależności) pomiędzy ciśnieniem i przepływem masowym medium w...
-
Creating Dynamic Maps of Noise Threat Using PL-Grid Infrastructure
PublikacjaThe paper presents functionality and operation results of a system for creating dynamic maps of acoustic noise employing the PL-Grid infrastructure extended with a distributed sensor network. The work presented provides a demonstration of the services being prepared within the PLGrid Plus project for measuring, modeling and rendering data related to noise level distribution in city agglomerations. Specific computational environments,...
-
Multibody and electromechanical modelling in dynamic balancing of mechanisms for mechanical and electromechanical systems
PublikacjaPraca prezentuje zagadnienia wspólnego modelowania układu wieloczłonowego i napędu elektrycznego oraz problemy wyrównoważania mechanizmów. Analizowanym układem mechanicznym jest płaski czworobok przegubowy. Analizowany mechanizm zamodelowano jako układ wieloczłonowy z zamkniętymi wielobokami ciał. Do wymuszenia ruchu układu wykorzystano model silnika prądu stałego. Zbadano oddziaływania pomiędzy płytą mocującą czworoboku i otoczeniem....
-
Dynamic computation of acoustic field distribution in the city area employing a supercomputer
Publikacja -
Boundary value problems for dynamic equations of Volterra type on time scales
PublikacjaPraca dotyczy równań i nierówności dla problemów dynamicznych typu Volterry. Podano warunki dostateczne na istnienie ekstremalnych rozwiązań w obszarze ograniczonym przez dolne i górne rozwiązania. Praca zawiera również pewne uwagi dla konkretnych zagadnień różniczkowych i dyskretnych.