Filters
total: 1269
-
Catalog
- Publications 993 available results
- Journals 14 available results
- Conferences 1 available results
- Publishing Houses 1 available results
- People 51 available results
- Inventions 12 available results
- Projects 18 available results
- Laboratories 1 available results
- Research Teams 4 available results
- e-Learning Courses 90 available results
- Events 8 available results
- Open Research Data 76 available results
displaying 1000 best results Help
Search results for: KLASYFIKACJA DNA MORSKIEGO
-
Characterization of single-stranded DNA-binding proteins from the psychrophilic bacteria
PublicationSingle-stranded DNA-binding proteins (SSBs) are indispensable elements in the cells of all living organisms. SSB proteins interact with ssDNAinsequence in an independent manner, preventing them from forming secondary structures and from degradation by nucleases. In this way, SSB-binding proteins participate in all processes involving ssDNA, such as replication, repair and recombination.Although there are differences in amino acid...
-
Zastosowanie immobilizowanego białka MutS do wychwytywania fragmentów DNA zawierających niesparowane zasady
PublicationBiałko MutS wiąże DNA zawierające błędnie sparowane oraz niesparowane zasady w DNA. Podjęto szereg prób wykorzystania tego białka jako narzędzia do detekcji nieznanych mutacji lub zagęszczania frakcji DNA z niesparowaną zasadą. Dotychczas żadna z metod oparta na użyciu białka MutS nie została wdrożona powszechnie do praktyki laboratoryjnej. Głównym powodem takiego stanu rzeczy jest stosunkowo silne powinowactwo MutS do DNA w pełni...
-
Preparation of DNA films for studies under vacuum conditions. The influence of cations in buffer solutions
PublicationBadania zostały przeprowadzone w celu określenia optymalnych warunków wymaganych do przygotowania jednolitych filmów superskręconego plazmidowego DNA do wykorzystania w doświadczeniach napromieniowania w warunkach wysokiej próżni. Badania pokazują, że znaczne szkody w DNA powstają w wyniku odpompowywania filmów DNA z roztworów zawierających jedynie czysta wodę.
-
Studia i Materiały Instytutu Transportu i Handlu Morskiego
Journals -
Single-stranded DNA-binding proteins (SSBs) - sources and applicationsin molecular biology
PublicationBiałka wiążące się do jednoniciowego DNA (SSB) odgrywają ważną rolę w replikacji, rekombinacji i naprawie DNA u bakterii, archea i eukariota. Ostatnio wzrosło zainteresowanie białkami SSB jako przydatnymi narzędziami w metodach badawczych biologii molekularnej, analitycznych i diagnostycznych. Większość znanych prokariotycznych białek SSB zbudowanych jest z czterech podjednostek (homotetramer) z jedną domeną wiążąca (OB) jednoniciowe...
-
Teloxantron inhibits the processivity of telomerase with preferential DNA damage on telomeres
PublicationTelomerase reactivation is one of the hallmarks of cancer, which plays an important role in cellular immortalization and the development and progression of the tumor. Chemical telomerase inhibitors have been shown to trigger replicative senescence and apoptotic cell death both in vitro and in vivo. Due to its upregulation in various cancers, telomerase is considered a potential target in cancer therapy. In this study, we identified...
-
Introducing the concept of Decisional DNA-Based web content mining
PublicationPrzedstawiono koncepcje zastosowania struktury reprezentacji wiedzy opartej na decyzyjnym DNA w procesie wyszukiwania informacji w internecie. Dokonano analizy eksperymentow tak wspomaganego wyszukiwania oraz sformulowano wnioski na temat przyszlych badan prowadzacych do dalszej integracji procesu wyszukiwania z doswiadczeniami zdobytymi w trakcie tego wyszukiwania.
-
Genome-Wide DNA Methylation and Gene Expression in Patients with Indolent Systemic Mastocytosis
PublicationMastocytosis is a clinically heterogenous, usually acquired disease of the mast cells with a survival time that depends on the time of onset. It ranges from skin-limited to systemic disease, including indolent and more aggressive variants. The presence of the oncogenic KIT p. D816V gene somatic mutation is a crucial element in the pathogenesis. However, further epigenetic regulation may also affect the expression of genes that...
-
Sequence-dependent structural properties of B-DNA: what have we learned in 40 years?
PublicationThe structure of B-DNA, the physiological form of the DNA molecule, has been a central topic in biology, chemistry and physics. Far from uniform and rigid, the double helix was revealed as a flexible and structurally polymorphic molecule. Conformational changes that lead to local and global changes in the helix geometry are mediated by a complex choreography of base and backbone rearrangements affecting the ability of the B-DNA...
-
Covalent DNA modification by products of myrosinase catalysed glucosinolate degradation in cell-free system
PublicationThe bioactive phytochemicals found in Brassica vegetables belonging to glucosinolates (GLS) and especially the products of their degradation isothiocyanates (ITC) and indoles are regarded as the most promising cancer chemopreventive compounds. These secondary metabolites constitute defence system repelling or preventing the development of agrophages attacking brassica plants. The antibiological properties of these compounds suggest...
-
Defining a novel domain that provides an essential contribution to site-specific interaction of Rep protein with DNA
PublicationAn essential feature of replication initiation proteins is their ability to bind to DNA. In this work, we describe a new domain that contributes to a replication initiator sequence-specific interaction with DNA. Applying biochemical assays and structure prediction methods coupled with DNA–protein crosslinking, mass spectrometry, and construction and analysis of mutant proteins, we identified that the replication initiator of the...
-
Set of Experience and Decisional DNA: Toward Brains for Cyber-physical Systems and Industry of the Future
PublicationThe concept of Decisional DNA is decade old. This article introduces the initial idea of Set of Experience Knowledge Structure, its advancement into Decisional DNA, and its potential for real life applications in divers domains. The most current and future research steps into Industry 4.0 are also presented and discussed
-
Prediction based on integration of Decisional DNA and a feature selection algorithm Relief-F
PublicationThe paper presents prediction model based on Decisional DNA and Set of experienced integrated with Relief_F algorithm for feature selection
-
Real-time isothermal DNA amplification monitoring in picoliter volumes using an optical fiber sensor
PublicationRolling circle amplification (RCA) of DNA can be considered as a great alternative to the gold standard polymerase chain reaction (PCR), especially during this pandemic period, where rapid, sensitive, and reliable test results for hundreds of thousands of samples are required daily. This work presents the first research to date on direct, real-time and label-free isothermal DNA amplification monitoring using a microcavity in-line...
-
Decisional DNA based intelligent knowledge model for flexible manufacturing system
PublicationModeling an effective mechanism for design and control strategies for the implementation of a flexible manufacturing system (FMS) has been a challenge. Consequently, to overcome this issue various techniques have applied in the past but most of these models are effective only for some specific situation or an element of FMS. In this study, the knowledge representation technique of Decisional DNA (DDNA) is applied to FMS to develop...
-
Automatyczne określanie stopnia oparzenia. Klasyfikacja na podstawie multimodalnych badań termicznych
Publication -
Ocena jakości wyników pomiarów analitycznych - klasyfikacja błędów, szacowanie niepewności pomiarów
PublicationW wielu dziedzinach, nie tylko nauki, ogromna ilość decyzji jest podejmowana na podstawie wyników badań analitycznych. Jest zatem oczywiste, że przywiązuje się coraz większą uwagę do ich jakości. Oznaczanie analitów na coraz niższych poziomach stężeń w próbkach charakteryzujących się coraz bardziej złożonym składem matrycy to jeden z głównych kierunków rozwojowych analityki chemicznej. Jest to zadanie niezwykle trudne i skomplikowane...
-
Wydobywanie wiedzy i klasyfikacja danych w systemie typu Web Farming
PublicationW rozdziale zaprezentowano metodę wydobywania informacji z dokumentów WWW oraz sposób klasyfikacji danych w prototypowym systemie typu Web Farming. Wydobywanie informacji z dokumentów bazuje na analizie syntaktycznej i porównywaniu występowania grup fraz obecnych w ich treści. Przedstawiono model semantyczny świata i jego reprezentacji w postaci dokumentów internetowych, oparty na pojęciu konceptu i kategorii tematycznej. Następnie...
-
Aplikacja wspomagająca przetwarzanie sekwencji dna: moduł dopasowań
PublicationBiologia molekularna jest obecnie bardzo dynamicznie rozwijającą się dziedziną nauki. Wzrost mocy obliczeniowej komputerów pozwala na coraz szybszą i dokładniejszą analizę wielocząsteczkowych biologicznych polimerów. Poniższy artykuł przedstawia jeden z modułów programu AlignGator - modułowego systemu przeznaczonego do analizy DNA. Omawiany moduł pozwala na tworzenie, oraz edycję wielodopasowań. W początkowej części artykułu opisane...
-
Profesor Stanisław Hueckel. Współtwórca polskiej szkoły budownictwa morskiego i geotechniki
PublicationW artykule przedstawiono działalność dydaktyczną i naukową Prof. St. Hueckla prowadzoną w Politechnice Gdańskiej i Instytucie Budownictwa Wodnego Polskiej Akademii Nauk w Gdańsku. Działalność ta obejmuje szeroko pojętą geoinżynierię i budownictwo morskie. Ponadto omówiono w artykule działalność wydawniczą w redakcjach czasopism naukowych i organizacyjną w Politechnice Gdańskiej, Akademii Nauk oraz w instytutach i organizacjach...
-
Rewitalizacja Dworca Morskiego w Gdyni : rekomendacje dla kształtowania programu funkcjonalnego
PublicationReferat analizujący historię funkcjonowania i przemiany przestrzenne jakim podlegał gdyński Dworzec Morski. Wytyczne dla określenia przyszłych funkcji użytkowych jakie Dworzec Morski ma szansę pełnić w przyszłości w kontekście modernizacji Portu Wschodniego w Gdyni.
-
Dominant Pathways of Adenosyl Radical-Induced DNA Damage Revealed by QM/MM Metadynamics
PublicationBrominated nucleobases sensitize double stranded DNA to hydrated electrons, one of the dominant genotoxic species produced in hypoxic cancer cells during radiotherapy. Such radiosensitizers can therefore be administered locally to enhance treatment efficiency within the solid tumor while protecting the neighboring tissue. When a solvated electron attaches to 8-bromoadenosine, a potential sensitizer, the dissociation of bromide...
-
Decisional DNA with embedded Relief-F linear regression for knowledge and experience management
PublicationOmowiono zastowania Decyzyjnego DNA, regresji liniowej oraz funkcji RELIEF-F w procesach formalnego modelowania i wspomagania zarzadzania wiedza oraz zarzadzania doswiadczeniem.
-
Selected problems of estimation of road and marine transport resources operation fuel consumption = Wybrane problemy oceny eksploatacyjnego zużycia paliwa w środkach transportu drogowego i morskiego
PublicationW referacie przedstawiono metody oceny eksploatacyjnego zużycia paliwa w środkach transportu drogowego. Omówiono testy zużycia paliwa prowadzone przez producentów pojazdów oraz zaprezentowano problematykę ich reprezentatywności dla dzisiejszych warunków ruchu. W drugiej części referatu przedstawiono problematykę prognozowania zużycia paliwa statków towarowych ze szczególnym uwypukleniem odmienności opisu warunków eksploatacji środków...
-
DNA repair is responsible for the presence of oxidatively damaged DNA lesions in urine
Publication -
Low-Molecular Pyrazine-Based DNA Binders: Physicochemical and Antimicrobial Properties
PublicationPyrazine and its derivatives are a large group of compounds that exhibit broad biological activity, the changes of which can be easily detected by a substituent effect or a change in the functional group. The present studies combined theoretical research with the density functional theory (DFT) approach (B3LYP/6-311+G**) and experimental (potentiometric and spectrophotometric) analysis for a thorough understanding of the structure...
-
Molecular basis for the DNA damage induction and anticancer activity of asymmetrically substituted anthrapyridazone PDZ-7
Publicationnthrapyridazones, imino analogues of anthraquinone, constitute a family of compounds with remarkable anti-cancer activity. To date, over 20 derivatives were studied, of which most displayed nanomolar cytotoxicity towards broad spectrum of cancer cells, including breast, prostate and leukemic ones. BS-154, the most potent derivative, had IC50 values close to 1 nM, however, it was toxic in animal studies. Here, we characterize another...
-
The Neural Knowledge DNA Based Smart Internet of Things
PublicationABSTRACT The Internet of Things (IoT) has gained significant attention from industry as well as academia during the past decade. Smartness, however, remains a substantial challenge for IoT applications. Recent advances in networked sensor technologies, computing, and machine learning have made it possible for building new smart IoT applications. In this paper, we propose a novel approach: the Neural Knowledge DNA based Smart Internet...
-
Decisional DNA based framework for representing Virtual Engineering Objects
PublicationIn this paper, we propose a frame-work to represent the Virtual Engineering Objects (VEO) utilizing Set of Knowledge Experience Structure (SOEKS) and Decisional DNA. A VEO will enable the discovery of new knowledge in a manufacturing unit and the generation of new rules that drive reasoning. The proposed VEO framework will not only be knowledge based representation but it will also have its associated experience embedded within...
-
Effects of metallic silver particles on resonance energy transfer between fluorophores bound to DNA.
PublicationZbadano wpływ filmów wysepek metalicznego srebra na rezonansowe przekazywanie energii między fluoroforami związanymi z DNA. Donorem i akceptorem były odpowiednio 4´,6 diamidyno-2-fenylindon i jodek propydyny. Zmierzone dla tego układu czasy zaniku i widma fluorescencji pokazują, że sąsiedztwo cząstek srebra dramatycznie zwiększa promień Forstera, a tym samym i przekazywanie energii w znakowanym DNA.
-
How acidic amino acid residues facilitate DNA target site selection
PublicationDespite the negative charge of the DNA backbone, acidic residues (Asp/Glu) commonly participate in the base readout, with a strong preference for cytosine. In fact, in the solved DNA/protein structures, cytosine is recognized almost exclusively by Asp/Glu through a direct hydrogen bond, while at the same time, adenine, regardless of its amino group, shows no propensity for Asp/Glu. Here, we analyzed the contribution of Asp/Glu...
-
Two-photon induced fluorescence of Cy5-DNA in buffer solution and on silver island film
PublicationOpisano fluorescencję barwnika CY5 połączonego z DNA w roztworze buforowym na wysepkach srebrowych.
-
DNA and its Metaphors
Publication -
Principles and applications of Ligation Mediated PCR methods for DNA-based typing of microbial organisms
PublicationA significant number of DNA-based techniques has been introduced into the field of microorganisms’ characterization and taxonomy. These genomic fingerprinting methods were developed to detect DNA sequence polymorphisms by using general principles, such as restriction endonuclease analysis, molecular hybridization, and PCR amplification. In recent years, some alternative techniques based on ligation of oligonucleotide adapters before...
-
Study of the ability of TXT-compounds to promote telomeric G4 DNA thermal stabilization using FRET melting assay
Open Research DataThe data set contains a DNA melting screen obtained from the FRET melting assay. Thermal stabilities of G-quadruplex structures were analysed in the presence and in absence of ligands. TMPyP4 and MTX were used as references. Measurements were carried out in triplicate using a LightCycler 480 thermocycler (Roche Life Science) with a filter setting of...
-
Increased concentration of Taq DNA polymerase as a solution for GC-rich templates from clinical and environmental samples
PublicationDNA polymerase is an enzyme which plays crucial role in replication and DNA repair. It found application in PCR (polymerase chain reaction) where catalyses process of in vitro DNA synthesis. To meet the demands posed by mod- ern diagnostic, molecular biology or genetic engineering it is necessary to improve DNA polymerases to obtain new or better features useful in these fields. So far implemented modifications in majority are...
-
Silver nanoparticles induce premutagenic DNA oxidation that can be prevented by phytochemicals from Gentiana asclepiadea
PublicationAmong nanomaterials, silver nanoparticles (AgNPs) have the broadest and most commercial applications due to their antibacterial properties, highlighting the need for exploring their potential toxicity and underlying mechanisms of action. Our main aim was to investigate whether AgNPs exert toxicity by inducing oxidative damage to DNA in human kidney HEK 293 cells. In addition, we tested whether this damage could be counteracted...
-
How proteins bind to DNA: target discrimination and dynamic sequence search by the telomeric protein TRF1
PublicationTarget search as performed by DNA-binding proteins is a complex process, in which multiple factors contribute to both thermodynamic discrimination of the target sequence from overwhelmingly abundant off-target sites and kinetic acceleration of dynamic sequence interrogation. TRF1, the protein that binds to telomeric tandem repeats, faces an intriguing variant of the search problem where target sites are clustered within short fragments...
-
The influence of the substrate temperature on the preparation of DNA films for studies under vacuum conditions
PublicationPrzeanalizowano wpływ temperatury na formowanie warstw DNA. Sprawdzono wpływ stabilizatorów na jakość otrzymanych próbek. Stwierdzono, że optymalnymi warunkami przygotowywania filmów do badań w warunkach próżniowych jest - 10 st. C przy minimalnej zawartości NaOH.
-
Photostability pf Cy3 and Cy5-labeled DNA in the presence of metallic silver particles
PublicationZbadano wpływ cząstek metalicznego srebra na fotostabilność oligomerów DNA kowalencyjnie związanych z Cy3 lub Cy5. Zbliżenie fluoroforów do cząstek srebra powodowało zwiększenie intensywności fluorescencji i pojawienie się frakcji emisji bardziej odpornej na wybielanie.
-
DNA adduct formation by C-1748, a potent antitumor 4-methyl-1-nitroacridine of lowered toxicity.
Publication4-podstawione 1-nitroakrydyny reprezentują nową grupę pochodnych zsyntetyzowanych na Politechnice Gdańskiej. W porównaniu do macierzystych 1-nitroakrydyn związki te wykazują obniżoną toksyczność i podwyższoną aktywność przeciwnowotworową. Wiodąca pochodna 4-metylo-1-nitroakrydyna o symbolu C-1748 jest obecnie w przygotowaniu do I fazy badań klinicznych w leczeniu raka okrężnicy. Wprowadzenie elektrodonorowej grupy metylowej w...
-
Klasyfikacja usług i ich wykorzystanie do wytwarzania aplikacji na platformie Kaskada
PublicationPrzedstawiono metodologię komponentowego wytwarzania aplikacji bazujących na strumieniowym przetwarzaniu danych. Scharakteryzowano proces wytwarzania oparty o nowo utworzoną platformę Kaskada, ulokowaną w środowisku superkomputera Galera. Przedstawiono gotową listę usług dostępnych na tej platformie. Podano przykładowy scenariusz orkiestracji usług z różnych kategorii, pozwalającym na skrócenie czasu wytwarzania gotowej aplikacji.
-
Toward Smart Innovation Engineering: Decisional DNA-Based Conceptual Approach
PublicationABSTRACT Knowledge and experience are essential requirements for product innovation. The presented paper proposes a systematic approach for product innovation support using a Smart Knowledge Management System comprising a Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and Decisional DNA (DDNA). This proposed system is dynamic in nature because it updates itself every time a new decision related to innovation is made. Through this...
-
Aplikacja wspomagająca przetwarzanie sekwencji dna: moduł edycji chromatogramu
PublicationModuł edycji chromatogramu jest częścią większej aplikacji, służącej do wspomagania przetwarzania danych pochodzących z sekwencjonowania DNA. Aplikacja skonstruowana jest z odrębnych, samodzielnych programów, które współpracują dwiema drogami - poprzez popularne formaty plików, co umożliwia wprowadzenie do modułów danych opracowanych częściowo w aplikacjach zewnętrznych, oraz poprzez przesyłanie danych pomiędzy modułami, co usprawnia...
-
Decisional-DNA Based Smart Production Performance Analysis Model
Publicationn order to allocate resources effectively according to the production plan and to reduce disturbances, a framework for smart production performance analysis is proposed in this article. Decisional DNA based knowledge models of engineering objects, processes and factory are developed within the proposed framework. These models are the virtual representation of manufacturing resources, and with help of Internet of Things, are capable...
-
DNA methylation in cancer development, diagnosis and therapy-multiple opportunities for genotoxic agents to act as methylome disruptors or remediators
PublicationThe role of DNA methylation and recently discovered hydroxymethylation in the function of the human epigenome is currently one of the hottest topics in the life sciences. Progress in this field of research has been further accelerated by the discovery that alterations in the methylome are not only associated with key functions of cells and organisms, such as development, differentiation and gene expression, but may underlie a number...
-
Total DNA Methylation Changes Reflect Random Oxidative DNA Damage in Gliomas
Publication -
Total DNA methylation as a biomarker of DNA damage and tumor malignancy in intracranial meningiomas
Publication -
From Individual to Collective: Intelligence Amplification with Bio-Inspired Decisional DNA and its Extensions
PublicationIn nature, deoxyribonucleic acid (DNA) contains the genetic instructions used in the development and functioning of all known living organisms. The idea behind our vision is to develop an artificial system, an architecture that would support discovering, adding, storing, improving and sharing information and knowledge among agents and organizations through experience. We propose a novel Knowledge Representation (KR) approach in...
-
Mitochondrial DNA Part B-Resources
Journals -
Recent Advances in DNA and Gene Sequences
Journals -
Wpływ warunków naturalnych na zobrazowanie dna Zatoki Gdańskiej przy użyciu sonaru bocznego
PublicationGłównym celem artykułu jest przedstawienie wpływu warunków środowiskowych na dokładność zobrazowania dna morza za pomocą systemów hydroakustycznych. Czynniki naturalne, przede wszystkim falowanie powierzchni morza i niejednorodny rozkład prędkości dźwięku w wodzie, mają wpływ na zmianę toru promieni akustycznych. Choć w obu przypadkach mechanizm zjawisk jest zupełnie odmienny, odgrywają one decydującą rolę w odwzorowaniu dna i...
-
Nowoczesne obiekty budownictwa lądowego i budownictwa morskiego XXI wieku w Trójmieście
PublicationPrzedstawiono charakterystykę konstrukcyjna i funkcjonalną 17 obiektów budowlanych w Trójmieście. Uwypuklono nowoczesność rozwiązań konstrukcyjnych i technologii wykonawstwa, a poszczególne obiekty przedstawiono na licznych rysunkach. Podano informację o przyznaniu części z wymienionych obiektów nagród ''Budowa Roku'' lub ''Zabytek Zadbany''.
-
Projektowanie systemów radiokomunikacyjnych opartych na metodzie OFDMA na potrzeby transportu morskiego
PublicationW referacie przedstawiono podstawy projektowania systemów radiokomunikacyjnych do szybkiej transmisji danych, opartych na metodzie OFDMA, na potrzeby morskich systemów transportowych. W pierwszej części scharakteryzowano podstawowe właściwości kanału radiokomunikacyjnego w morskiej strefie przybrzeżnej A1, mające wpływ na proces projektowania interfejsu radiowego OFDMA. Następnie opisano podstawowe charakterystyki systemu oraz...
-
Zaopatrzenie w wodę mieszkańców Orłowa Morskiego wraz z Witominem (1930-1960)
PublicationW pracy odtworzono trzydziestoletni proces budowy i eksploatacji grupowego wodociągu miejskiego na przedwojennym obszarze administracyjnym Witomina, Małego Kacka, Orłowa, Kolibek i Redłowa. W analizowanym czasokresie ustalono chronologię zdarzeń inwestycyjnych uwarunkowanych lokalnymi czynnikami, parametry techniczne urządzeń w wybudowanych obiektach i przebieg rozbudowy sieci wodociągowej. W efekcie udokumentowano zachodzące przemiany...
-
Stan identyfikacji ryzyka i jego ocena w przedsiębiorstwach budownictwa inżynieryjno-morskiego
PublicationPrzedstawiono charakterystykę ryzyka w budownictwie inżynieryjno-morskim i omówiono sposoby zarządzania nim. W dalszej części przedstawiono wyniki badań nad metodami oceny i zarządzania ryzykiem w kilku wybranych przedsiębiorstwach. Stwierdzono, iż brakuje profesjonalnego podejścia do zarządzania ryzykiem. Powszechnie stosowaną metodą jest unikanie go lub ubezpieczenie.
-
Text Documents Classification with Support Vector Machines
Publication -
On-Board Detection, Classification and Evaluation of Nonlinearities
PublicationArtykuł prezentuje tester wbudowany BIT przeznaczony do wydobywania informacji diagnostycznej z sygnału generowanego przy zastosowaniu oscylacyjnej metody testowania. Układ bazujący na technice modulacji Sigma-Delta i sztucznych sieciach neuronowych może wykrywać nieliniowość w sygnale testującym, określać rodzaj nieliniowości i szacować zawartość harmonicznych.
-
Diagnostyka zakażeń Candida spp. oparta o amplifikację DNA techniką PCR
PublicationZakażenia wywoływane przez oportunistyczne grzyby z rodzaju Candida są poważnym problemem klinicznym. Niezbędne jest poszukiwanie nowych szybkich, czułych i pewnych metod do identyfikacji gatunkowej tych drobnoustrojów. W artykule przedstawiono opisane w literaturze metody diagnostyki molekularnej drożdżaków z rodzaju Candida oparte o amplifikację DNA techniką PCR.
-
Typing of Scopulariopsis and Microascus fungi by Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
PublicationOBJECTIVES Scopulariopsis species and their teleomorphs of the genus Microascus are commonly isolated from soil, decaying plant material and indoor environments. Moreover, certain Scopulariopsis and Microascus species are recognised as opportunistic human pathogens. Although most species can be identified by detailed morphological study, phenotypic characters appear to overlap in several cases and morphology seems to be insufficient...
-
32P-postabeling detection of DNA adducts formed by 4-methyl-1-nitro-9-aminoacridine C-1748
PublicationWykazano zdolność do tworzenia przez nową pochodną 1-nitroakrydyny o symbolu C-1748, adduktów z DNA komórek nowotworowych oraz z DNA w systemie bezkomórkowym.
-
Low-energy positron scattering from DNA nucleobases: the effects from permanent dipoles
PublicationAb initio quantum calculations for low-energy positron scattering from gas-phase isolated molecular nucleobases which are part of the DNA structure are presented and discussed over the range of 1 eV to 25 eV. The calculations report the integral cross sections (ICSs) and the momentum-transfer cross sections (MTCSs) for Adenine, Guanine, Thymine and Cytosine. The calculations show very clearly the important role of the dominant...
-
A Framework for Enhancing Supplier Selection Process by Using SOEKS and Decisional DNA
PublicationAbstract. Supplier selection process is one of the significant stages in supply chain management for industrial manufactured products. It plays an integral role in the success of any manufacturing organization and is an important part starting right from selecting raw material to dispatch of finished products. This paper contributes to enhance the supplier selection process by proposing a multi-criteria decision making framework...
-
Cross sections for electron scattering from selected components of DNA and RNA
PublicationWykorzystując metodę atomów niezależnych obliczono różniczkowe i całkowite przekroje czynne na sprężyste rozproszenie elektronów na wybranych drobinach, będących analogami składników DNA i RNA. Przekroje te obliczono w zakresie energii zderzenia od 50eV do 200 eV dla następujących drobin: C4H8O, C4H8O2, C5H10O2 oraz H3PO4. Przy użyciu metody BEB (binary-ecounter Bethe method) dla powyższych związków obliczono również przekroje...
-
Novel single-stranded DNA-binding protein from psyvhrophilic bacterium Psychrobacter arcticus
PublicationTo study the biochemical properties of SSB from Psychrobacter arcticus (ParSSB), we have cloned the ssb genes obtained by PCR and have developed Escherichia coli overexpression systems. The gene consists of an open reading frame of 642 nucleotides encoding SSB protein of 213 amino acids with a calculated molecular mass of 22.8 kDa. The amino-acid sequence of ParSSB exhibits 49% identity and 57% similarity to Escherichia coli SSB....
-
Emplying set of experience knowledge structure and decisional DNA to enhance industrial design: conceptual approach
PublicationZaprezentowano koncepcje wspomagania projektowania przemyslowego przy pomocy nowoczenego podejscia do reprezentacji wiedzy w postaci SOEKS oraz Decyzyjnego DNA
-
Wnioskowanie i klasyfikacja w analizie danych (AD, semestr letni 2021/2022)
e-Learning Courses -
When Neural Networks Meet Decisional DNA: A Promising New Perspective for Knowledge Representation and Sharing
PublicationABSTRACT In this article, we introduce a novel concept combining neural network technology and Decisional DNA for knowledge representation and sharing. Instead of using traditional machine learning and knowledge discovery methods, this approach explores the way of knowledge extraction through deep learning processes based on a domain’s past decisional events captured by Decisional DNA. We compare our approach with kNN (k-nearest...
-
DNA Methylation Changes Induced by Redox-Active Compounds—Choosing the Right PCR-Based Method
PublicationThe impact of catechins on the expression profile of redox-related genes in HT29 cell line has been studied recently by our group using Oxidative Stress RT2 Profiler PCR Array. Within the examined panel of 84 genes, the down-regulation of SRXN1 gene was unique among other up-regulated genes. We hypothesized that the observed down-regulation resulted from DNA methylation and have exploited this observation to choose the proper strategy...
-
Experience-Based Decisional DNA (DDNA) to Support Product Development
PublicationKnowledge and experience are important requirements for product development. The aim of this paper is to propose a systematic approach for industrial product development. This approach uses smart knowledge management system comprising of Set of Experience Knowledge Structure and Decisional DNA (DDNA) along with Virtual Engineering Tools (Virtual engineering object, Virtual engineering process, and Virtual engineering factory)....
-
Electrochemical formation of the adduct between antitumor agent C_1311 and DNA nucleoside dG. 75.
PublicationPrzyjmuje się, że metaboliczna aktywacja przeciwnowotworowej pochodnej C_1311 jest procesem koniecznym dla jej aktywności przeciwnowotworowej. Wykazano wcześniej, że taka aktywacja prowadzi do kowalencyjnego wiązania się leku z DNA w komórce nowotworowej. Aby zbadać molekularny mechanizm powyższej reakcji metabolicznej przeprowadzono badania elektrochemicznego utleniania pochodnej C_1311. Wykazano w pracy, że dwa produkty elektrochemicznego...
-
Support interlinking of design and process planning by set of experience knowledge structure and decisional DNA: Conceprual Approach
PublicationKoncepcja wspomagania planowania procesow p-rzy pomocy SOEKS oraz Decyzjnego DNA.
-
Experience-based Intelligence Augmentation with Decisional DNA: Upcoming direction
PublicationIntelligence amplification systems and technologies have gained significant interest from academia and industry during the past few decades. One of the main reasons behind this trend is the fact that most experts agree that truly intelligent artificial system is yet to be developed. The question increasing often asked is this: Is full replication of human intelligence desirable key aim in intelligence related technology and research?...
-
Experience based decisional DNA to support smart product design
PublicationThis paper presents the idea of Smart Virtual Product Development (SVPD) system to support product design. The foundations of the system are based upon smart knowledge management techniques called Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and Decisional DNA (DDNA). It enhances the industrial product development process by using the previous experiential knowledge gathered from the formal decisional activities. This experiential...
-
Opinia na temat wpływu budowanego w ciągu drogi S7 mostu przez Wisłę w Kiezmarku na kształtowanie hydrodynamiki przepływu wód i rozmycia dna w warunkach umocnienia dna w rejonie podpór nurtowych
PublicationCelem pracy było wykonanie obliczeń hydraulicznych i hydrologicznych sprawdzających wpływ budowy w korycie głównym Wisły podpór nurtowych nr 10 i 11 wraz z wariantowymi umocnieniami dna i filarów mostu drogowego budowanego w Kiezmarku na dynamikę przepływu wody w rzece i erozję dna Wisły w przekroju mostowym.
-
Differences in sequences between HBV-relaxed circular DNA and covalently closed circular DNA
Publication -
Quantification of Radiation-Induced Single-Strand Breaks in Plasmid DNA using a TUNEL/ELISA-Based Assay
PublicationWprowadzono nową metodę służącą do oznaczania in vitro pojedynczych pęknięć nici DNA powstałych pod wpływem naświetlań. Porównano wyniki otrzymane z nowej metody z modelem teoretycznym. Porównano wyniki z szeroko używaną metodą elektroforezy żelowej. Pokazano, że poziom pojedynczych pęknięć powstających w niciach DNA pod wpływem promieniowania VUV jest wyższy niż zakładany na podstawie wyników otrzymywanych metodami standardowymi.
-
Hydroperoxyl radical and formic acid formation from common DNA stabilizers upon low energy electron attachment
Publication2-Amino-2-(hydroxymethyl)-1,3-propanediol (TRIS) and ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) are key components of biological buffers and are frequently used as DNA stabilizers in irradiation studies. Such surface or liquid phase studies are done with the aim to understand the fundamental mechanisms of DNA radiation damage and to improve cancer radiotherapy. When ionizing radiation is used, abundant secondary electrons are formed...
-
The extended version of restriction analysis approach for the examination of the ability of low-molecular-weight compounds to modify DNA in a cell-free system
PublicationOne of the primary requirements in toxicology is the assessment of ability of chemicals to induce DNA covalent modification. There are several well-established methods used for this purpose such as 32P-Postlabeling or HPLC-MS. However, all of these approaches have difficult to overcome limitations, which prevents their use in genotoxin screening. Here, we describe the simple protocol exploiting specificity of restriction enzymes...
-
Wczesne modele opisujące uszkodzenia nici DNA pod wpływem działania czynników chemicznych oraz promieniowania
PublicationOd wielu lat kwantyfikacja uszkodzeń DNA, wywołanych przez różne rodzaje promieniowania korpuskularno-falowego, jak i związków chemicznych, jest przedmiotem szerokich badań teoretycznych i eksperymentalnych. Badania te, mając na celu szczegółowe i dogłębne poznanie mechanizmów powstawania uszkodzeń wspomagają jednocześnie rozwój nowoczesnych terapii nowotworowych. Wstępne pomiary wykazały, że wiele z tych czynników może prowadzić...
-
ANALIZA INFORMACYJNOŚCI DIAGNOSTYCZNEJ SZYBKOZMIENNEJ TEMPERATURY SPALIN WYLOTOWYCH OKRĘTOWEGO SILNIKA TŁOKOWEGO - KLASYFIKACJA JEDNOCZYNNIKOWA
PublicationW niniejszym artykule zwrócono uwagę na problem niskiej podatności kontrolnej okrętowych silników średnio- i szybkoobrotowych w eksploatacji, co znacznie ogranicza możliwości diagnozowania parametrycznego ich przestrzeni roboczych oraz układu wtrysku paliwa. W celu rozwiązania tego problemu zaproponowano pomiar szybkozmiennej temperatury spalin wylotowych z silnika, której przebieg po odpowiedniej obróbce matematycznej oraz analizie...
-
Novel anticancer strategy aimed at targeting shelterin complexes by the induction of structural changes in telomeric DNA: hitting two birds with one stone.
PublicationThe ends of chromosomes in mammals are composed of telomeric DNA containing TTAGGG repeats, which bind specific proteins called shelterins. This telomeric DNA together with shelterins form a cap that protects the ends of chromosomes from being recognized as sites of DNA damage and from chromosomal fusions. Many very successful antitumor drugs used in the treatment of cancer patients bind to DNA, some of them with a prominent sequence...
-
Smart Decisional DNA Technology to Enhance Industry 4.0 Environment in Conjunction with Conventional Manufacturing
PublicationKnowledge-based support has become an indispensable part not only to the traditional manufacturing set-ups but also to the new fast-emerging Industry 4.0 scenario. In this regard, successful research has been performed and extensively reported to develop Decisional DNA based knowledge representation models of engineering object and engineering process called Virtual engineering object (VEO), Virtual engineering process (VEP) and...
-
Evaluation of a novel method based on amplification of DNA fragments surrounding rare restriction sites (ADSRRS-figerprinting) for typing strains of vancomycin resistant Enterococcus faecium.
PublicationBadania objęły wankomycyno oporne szczepy Enterococcus faecium izolowane od pacjentów oddziału Hematologii Szpitala Klinicznego w Gdańsku. Wykazano, że ADSRRS-fingerprinting jest metodą szybką o dużym potencjale różnicującym i dużej powtarzalności w badaniach epidemiologicznych.
-
Increased resonance energy transfer between fluorophores bound to DNA in proximity to metallic silver particles.
PublicationZbadano wpływ nanocząstek metalicznego srebra na rezonansowe przekazywanie energii między fluoroforami związanymi z DNA. Donor (pochodna kumaryny) i akceptor (Cy3) umieszczono na przeciwległych końcach DNA o strukturze podwójnej helisy i o 23 parach bazowych. W nieobecności cząstek srebra wydajność przekazywania energii w tym układzie wynosiła ok. 9%, zaś po umieszczeniu go między kwarcowymi płytkami pokrytymi filmem wysepek...
-
Smart Innovation Engineering Using Set of Experience and Decisional DNA
PublicationKnowledge-based Engineering Systems are founded upon integration of knowledge into computer systems and are one of the core requirements for the future Industry 4.0. Since the fourth industrial revolution is passing through the developing phase, implementation of Cyber-Physical Production Systems require more realistic approach. Knowledge Management and Knowledge Engineering plays an important role in manufacturing industries facing...
-
Changes in Epigenetic Patterns Related to DNA Replication in Vicia faba Root Meristem Cells under Cadmium-Induced Stress Conditions
PublicationExperiments on Vicia faba root meristem cells exposed to 150 µM cadmium chloride (CdCl2) were undertaken to analyse epigenetic changes, mainly with respect to DNA replication stress. Histone modifications examined by means of immunofluorescence labeling included: (1) acetylation of histone H3 on lysine 56 (H3K56Ac), involved in transcription, S phase, and response to DNA damage during DNA biosynthesis; (2) dimethylation of histone...
-
Genome-wide DNA methylation profiling of the regenerative MRL/MpJ mouse and two normal strains
PublicationAims We aimed to identify the pivotal differences in the DNA methylation profiles between the regeneration capable MRL/MpJ mouse and reference mouse strains. Materials and Methods Global DNA methylation profiling was performed in ear pinnae, bone marrow, spleen, liver, heart from uninjured adult females of the MRL/MpJ and C57BL/6J and BALB/c. Results and conclusion A number of differentially methylated regions distinguishing between...
-
Induction of immune responses in sheep by vaccination with liposome-entrapped DNA complexes encoding Toxoplasma gondii MIC3 gene
PublicationToxoplasma gondii is a parasite that has been extensively studied due to its medical and veterinary importance in terminating pregnancies. Consequently, a satisfactory vaccine is required to control itsadverse effects on pregnant animals. The microneme protein, MIC3, is a major adhesion protein that binds to the surface of host cells and parasites, and is therefore a potential vaccine against T. gondii.The viability of MIC3 as...
-
Novel DNA-binding protein from Nanoarchaeum equitans Kin4-M binds all kinds of nucleic acids
PublicationNanoarchaeum equitans is the only known representative of Archaea phylum Nanoarchaeota and stands out as one of the tiniest known living organism. What is more it has smallest genome, which is only 490.885 base pairs long. It is also one of the most compact genomes. According to predictions about 95% of the DNA encodes proteins or stable RNA. Nanoarchaeum equitans lacks genes for most vital metabolic pathways including lipid, cofactor,...
-
ROZPROSZONY SYSTEM KOMUNIKACJI I NADZORU DLA MORSKIEGO ODDZIAŁU STRAŻY GRANICZNEJ – PROJEKT STRADAR
PublicationSystem STRADAR to wynik realizacji projektu, którego gestorem jest MO SG. Był on współfinansowany przez NCBiR. W artykule opisano system, przedstawiając ogólną koncepcję, architekturę, elementy funkcjonalne i realizację oprogramowania zainstalowanego w tych elementach. Krótko scharakteryzowano także testy, jakim poddano system, który na tym etapie – jako całość – osiągnął VII poziom gotowości technologii.
-
Influence of G2 arrest on the cytotoxicity of DNA topoisomerase inhibitorstoward human carcinoma cells with different p53 status
PublicationRola bloku G2 w efekcie cytotoksycznym inhibitorów DNA topoizomeraz w stosunku do ludzkich komórek rakowych różniących się funkcjonalnością białka p53.
-
Decisional-DNA-Based Digital Twin Implementation Architecture for Virtual Engineering Objects
PublicationDigital twin (DT) is an enabling technology that integrates cyber and physical spaces. It is well-fitted for manufacturing setup since it can support digitalized assets and data analytics for product and process control. Conventional manufacturing setups are still widely used all around the world for the fabrication of large-scale production. This article proposes a general DT implementation architecture for engineering objects/artifacts...
-
DNAffinity: a machine-learning approach to predict DNA binding affinities of transcription factors
PublicationWe present a physics-based machine learning approach to predict in vitro transcription factor binding affinities from structural and mechanical DNA properties directly derived from atomistic molecular dynamics simulations. The method is able to predict affinities obtained with techniques as different as uPBM, gcPBM and HT-SELEX with an excellent performance, much better than existing algorithms. Due to its nature, the method can...
-
Effects of Salvia officinalis and Thymus vulgaris on oxidant-induced DNA damage and antioxidant status in HepG2 cells
PublicationSalvia officinalis (SO) and Thymus vulgaris (TV) are medicinal plants well known for their curative powers. However, the molecular mechanisms responsible for these abilities of sage and thyme have not been fully understood yet. In this study we investigated the composition and the quantitative estimation of plant extracts, the protective effects of plant extracts against hydrogen peroxide- and 2,3-dimethoxy-1,4 naphthoquinone-induced...
-
In vitro affinity of Deinococcus radiodurans MutS towards mismatched DNA exceeds that of its orthologues from Escherichia coli and Thermus thermophilus
PublicationThe mismatch binding protein MutS is responsible for the recognition of mispaired and unpaired bases, which is the initial step in DNA repair. Among the MutS proteins most extensively studied in vitro are those derived from Thermus thermophilus, Thermus aquaticus and Escherichia coli. Here, we present the first report on the in vitro examination of DNA mismatch binding activity of MutS protein from Deinococcus radiodurans and confront...
-
Numerical calculations of behaviour of ship double-bottom structure during grounding
PublicationIdeą projektu CORET jest dodanie do obecnej konstrukcji dna podwójnego statku specjalnych powłok polimerowo-betonowych w celu zwiększenia odporności na rozszczelnienie podczas kolizji, czy wejścia na mieliznę. Aby poprawnie zaprojektować te bariery ochronne konieczne jest przeprowadzenie symulacji numerycznej. Tworzenie modelu numerycznego konstrukcji podczas kolizji jest bardzo złożone i wymaga wykonania symulacji pomocniczych...
-
Stochastic approach to the dynamics of marine floating object
PublicationAnalizowany jest ruch jednostki pływającej z uwzględnieniem w równaniach stochastycznych nieliniowości, występującej w wymuszeniach zewnętrznych działających na obiekt. Stochastyczne równania różniczkowe są zapisane dla sprzężonych ruchów symetrycznych.
-
Smart Embedded Systems with Decisional DNA Knowledge Representation
PublicationEmbedded systems have been in use since the 1970s. For most of their history embedded systems were seen simply as small computers designed to accomplish one or a few dedicated functions; and they were usually working under limited resources i.e. limited computing power, limited memories, and limited energy sources. As such, embedded systems have not drawn much attention from researchers, especially from those in the artificial...
-
Experience Based Decisional DNA (DDNA) to Support Sustainable Product Design
PublicationThis paper presents the idea of providing engineering design knowledge to designers working on sustainable product design and development process. The new product development process often requires significant amount of design knowledge which can be saved and recalled by designers during the design process. This knowledge is very important for successful sustainable product development as it can include material selection, product...