Search results for: DNA STRUCTURE
-
Towards an experience based collective computational intelligence for manufacturing
PublicationKnowledge based support can play a vital role not only in the new fast emerging information and communication technology based industry, but also in traditional manufacturing. In this regard, several domain specific research endeavors have taken place in the past with limited success. Thus, there is a need to develop a flexible domain independent mechanism to capture, store, reuse, and share manufacturing knowledge. Consequently,...
-
Smart Knowledge Engineering for Cognitive Systems: A Brief Overview
PublicationCognition in computer sciences refers to the ability of a system to learn at scale, reason with purpose, and naturally interact with humans and other smart systems, such as humans do. To enhance intelligence, as well as to introduce cognitive functions into machines, recent studies have brought humans into the loop, turning the system into a human–AI hybrid. To effectively integrate and manipulate hybrid knowledge, suitable technologies...
-
Likwidacja suchego doku przy Nabrzeżu Przemysłowym w Porcie Gdańsk
PublicationW niniejszej pracy przedstawiono problemy techniczne związane z likwidacją dużego obiektu hydrotechnicznego, stanowiącego utrudnienie nawigacyjne w intensywnie eksploatowanym portowym kanale dostępowym w Porcie Gdańsk. Dwukomorowy dok zlokalizowany przy Nabrzeżu Przemysłowym wybudowano w latach 1970-1972. Komory dokowe służyły do budowy żelbetowych, pływających skrzyń falochronowych, na potrzeby budowanego w tym czasie Portu Północnego....
-
Zastosowanie metod neuronowo-rozmytych i drzew decyzyjnych do rozpoznawaniatypu dna morskiego z przetwarzanych sygnałów echa.**2002, 113 s. 77 rys. 5 tab. bibliogr. 49 poz. maszyn. Rozprawa doktorska /2002.12.17/ WETI Promotor: prof. dr hab.inż. A. Stepnowski.
PublicationPrzedmiotem pracy było opracowanie klasyfikatorów neuronowo-rozmytych dorozpoznawania typu dna morskiego z przetwarzanych sygnałów echa wraz z im-plementacją tych klasyfikatorów w systemie przenośnym.
-
Study of the ability of TXT-compounds to promote telomeric G4 DNA thermal stabilization using FRET melting assay
Open Research DataThe data set contains a DNA melting screen obtained from the FRET melting assay. Thermal stabilities of G-quadruplex structures were analysed in the presence and in absence of ligands. TMPyP4 and MTX were used as references. Measurements were carried out in triplicate using a LightCycler 480 thermocycler (Roche Life Science) with a filter setting of...
-
Białka prokariotycznego systemu MMR: rola oraz interakcje
PublicationUszkodzenia komórkowego DNA w postaci błędnie sparowanych lub niesparowanych zasad azotowych są wynikiem niewłaściwie zachodzących procesów metabolizmu DNA, takich jak replikacja, rekombinacja oraz naprawa DNA. Utrwalenie tego rodzaju zmian prowadzi do powstania mutacji. System MMR (ang. DNA mismatch repair) usuwa te uszkodzenia przyczyniając się do zwiększenia wierności replikacji DNA oraz utrzymania stabilności genomu komórki....
-
Analysis of induction of DNA DSBs on telomeres in A549 cells
Open Research DataData consist of an analysis of DNA DSBs on telomeres. A549 were treated with compounds (TXT4, MTX, DMSO) at IC90 concentration for the indicated time. Images were acquired with an LSM 800 inverted laser scanning confocal microscope (Carl Zeiss; Dresden, Germany) equipped with an Airyscan detector using a ×63 1.4 NA Plan Apochromat objective (Carl Zeiss)....
-
Antitumor Activity of Triazine Mimic Antibiotics for DNA-binding Implications (Impressive Activity in Vitro Against a Variety of Tumor Types in the NCI-60 Screen): NSC 710607 To Fight HCT-116 Human Colon Carcinoma Cell Lines in Vivo Using the Hollow Fiber Assay and Xenograft Mouse Models
PublicationPurpose Successful clinical applications of DNA-directed selective cytotoxic agents disrupt the vital replication/transcription processes and ultimately lead to cancer cell death. This study aimed to examine the growth screen of two lead triazine compounds in a number of cell lines and xenografts and to develop anticancer agents with noncovalent binding affinity bringing fewer side effects. Methods The NCI initial hollow...
-
Sensivity of echo envelope fractal dimension to bottom type and bottom depth.
PublicationPrzedstawiono wynik badania zależności pomiędzy wymiarem fraktalnym obwiedni echa akustycznego od dna a rodzajem dna na wpływ głębokości dna na tę zależność. Wykorzystano sygnały ech otrzymane w wyniku numerycznych symulacji rozpraszania na granicy woda dno dla różnych głębokości dna.
-
TRNA-Leu (UUR) gene haplotypes observed in canine mammary gland tumours and its deleterious effect assessment according to the comparative analysis with TRNL1 human gene
Open Research DataThe aetiology and pathogenesis of many canine tumours are likely to be similar to cancers found in humans. This study aimed to present a plausible link between changes in tRNA-Leu (UUR) gene and the carcinogenesis process in dogs with mammary gland tumours. The whole mitochondrial DNA (mtDNA) isolated from blood and tumour tissues of 13 dogs with malig-nant...
-
Minimum inhibitory concentrations (MICs) determination of selected human topoisomerase II alpha and bacterial DNA gyrase inhibitors against fungal strains
Open Research DataThe datasets contain the results of determining the MIC (Minimal Inhibitory Concentration) value of known compounds* (inhibitors of human topoisomerase II alpha and bacterial DNA gyrase) against C. albicans SC5314, C. glabrata ATCC 90030, C. krusei ATCC 6258 and C. parapsilosis ATCC 22019 and Saccharomyces cerevisiae ATCC 9763 by the modified M27-A3...
-
Chromatographic analyses of Lavandula angustifolia and Rosmarinus officinalis extracts and their biological effects in mammalian cells and cell-free systems
PublicationKnowledge of biological properties of natural compounds allows to understand their therapeutic value, efficacy and security. We investigated: composition of Lavandula angustifolia (LA) and Rosmarinus officinalis (RO) extracts, their antioxidant capacity, cytotoxicity and genotoxicity, their DNA-protective potential against DNA damage induced in hamster V79 cells by several genotoxins or in plasmid DNA by Fe2+ ions and activity...
-
Marek Czachor prof. dr hab.
People -
Molecular differences in mitochondrial DNA (mtDNA) genomes of dogs with malignant mammary tumours
Open Research DataThe aim of this study was to determine molecular defects in mitochondrial DNA with the use of large-scale genome analysis in malignant canine mammary gland tumours and indicate whether these changes were linked with the carcinogenesis process. With the use of the NGS technology, we sequenced 27 samples of mtDNA isolated from blood and tumours obtained...
-
Międzyłańcuchowe sieciowanie DNA jako mechanizm biologicznego działania an- tracenodionów.**2003, 100 s. 30 rys. 20 tab. bibliogr. 110 poz. maszyn. Rozprawa doktorska /23.06.2003/ P. Gdań. Wydz. Chem. Promotor: prof. dr hab. inż. J. Konopa.
Publication.
-
Joanna Raczek dr inż.
PeopleEmployment 2003 -- 2019: Faculty of Applied Physics and Mathematics, Gdańsk University of Technology. 2019 - present: Faculty of Electronic, Informatics and Telecominications, Gdańsk University of Technology. Education May 2007: Doctor of Philosophy in Mathematics, University of Gdańsk. Doctoral dissertation: "Paired domination and doubly domination in graphs". Supervisor: dr hab. Jerzy Topp. 2000 -- 2004 Bachelor of Science...
-
Changes in gene methylation patterns in neonatal murine hearts: Implications for the regenerative potential
PublicationBackground The neonatal murine heart is able to regenerate after severe injury; this capacity however, quickly diminishes and it is lost within the first week of life. DNA methylation is an epigenetic mechanism which plays a crucial role in development and gene expression regulation. Under investigation here are the changes in DNA methylation and gene expression patterns which accompany the loss of regenerative potential. Results The...
-
Paweł Możejko dr hab.
People -
Seabed characterisation using spectral moments of the echo signal
PublicationZbadano użyteczność zastosowania momentów spektralnych obwiedni echa w rozpoznawaniu i klasyfikacji dna morskiego. Przeprowadzono obliczenia momentów spektralnych dla około 15000 ech od dna zarejestrowanych w rejonie Bałtyku Południowego i potwierdzono tezę, że wartości tych momentów skorelowane są silnie z typem dna i rodzajem osadów.
-
Metylotransferazy ssaków – inhibitory i aktywatory
PublicationWśród metylotransferaz ssaków możemy wyróżnić metylotransferazy histonowe oraz metylotransferazy DNA. Metylacja DNA w obrębie wysp CpG oraz metylacja histonów wpływają na poziom ekspresji genów w komórkach ssaczych. Dodatkowo dzięki metylacji zapewniana jest stabilność i integralność genomu ludzkiego. Metylotransferazy DNA, będące głównym tematem tego artykułu, są często przedmiotem badań, gdyż nieprawidłowa metylacja DNA jest...
-
DDLMS PCR double digestion Ligation Mediated Suppression PCR - a new technique for bacterial specific differentiation
PublicationA new diagnostic kit for K. oxytoca specific differentiation based on ddLMS PCR (ang. double digest ligation Mediated PCR) technique is shown. As a species-specific DNA fragment pehX gene, encoding the enzyme polygalactouronase, was chosen. The genome sequence of K. oxytoca is digested with two endonucleases: AclI and BclI which cut DNA before and after pehX gene. The polymorphic DNA fragments are ligated with AclI-end-specific...
-
Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) as a diagnostic tool in detection of infectious diseases
PublicationLoop-mediated isothermal amplification (LAMP) is a gene amplification method which amplifies DNA with high specificity and efficiency under isothermal conditions. Because of its rapidity and simplicity, it is a valuable diagnostic tool in the early detection and identification of infectious diseases. LAMP method is based on the use of a set of four to six specially designed primers spanning six to eight distinct sequences on the...
-
Sensitivity of echo parameters to seafloor properties and depth variability.
PublicationPrzeprowadzono badanie użyteczności wybranych parametrów echa akustycznego, w szczególności wymiaru fraktalnego oraz momentów spektralnych obwiedni, w klasyfikacji dna morskiego, ze szczególnym uwzględnieniem wpływu zmieniającej się głębokości. Wykorzystano numeryczną symulację rozpraszania echa na dnie oraz innych elementów procesu akustycznego sondowania dna, w tym także procedurę kompensacji wpływu zmian głębokości dna na echo.
-
The antioxidative properties of white cabbage (Brassica oleracea var. capitata f. alba) fresh and submitted to culinary processing
PublicationKapusta biała stanowi jeden z podstawowych składników diety w Europie centralnej. W publikacji autorzy skupili się na określeniu właściwościach przeciwutleniających kapusty świeżej, kiszonej i poddanej obróbce termicznej. Te właściwości zostały oszacowane dla soków przy wykorzystaniu systemów pozakomórkowych, w komórkach HT29 pod kątem ochrony przed utlenieniem DNA oraz poprzez symulację GSTs i naprawę DNA. Wszystkie badane soki...
-
Telomere uncapping by common oxidative guanine lesions: Insights from atomistic models
PublicationOxidative damage to DNA is widely known to contribute to aging and disease. This relationship has been extensively studied for telomeres – structures that cap chromosome ends – due to their role in cell proliferation and senescence, and exceptional susceptibility to oxidation. Indeed, the repetitive telomeric DNA sequence contains the 5′-GGG-3′ motif that has the lowest ionization potential of all trinucleotides. Accordingly, experiments...
-
Identification and cloning of C. albicans SC5314 genes encoding L-methionine biosynthetic pathway enzymes.
Open Research DataEnzymes of fungal L-methionine biosynthetic pathway: homoserine O-acetyltransferase (Met2p), O-acetylhomoserine sulfhydrylase (Met15p) and cystathionine-γ-synthase (Str2p) could be exploited as molecular targets for antifungal chemotherapy. The goal of the study was to identify and clone genes encoding mentioned above enzymes. MET2, MET15 and STR2 genes...
-
The construction of bifunctional fusion proteins consisting of MutS and GFP
PublicationSkonstruowano białka chimeryczne zawierające białko MutS z Thermus thermophilus i białko zielonej fluoresceiny GFP z Aequorea victoria, posiadające dla łatwiejszego oczyszczania domeny oligo-histydynowe na N- lub C-końcu. Fuzyjne białka rozpoznawały niekomplementarności w DNA podobnie do MutS T. thermophilus. Fluorescencyjne białka rozpoznające niekomplementarne DNA mogą być użyteczne w wykrywaniu jednonukleotydowych polimorfizmów...
-
PCR-ELISA: inexpensive alternative to quantitative PCR
PublicationPCR-ELISA (polymerase chain reaction-enzyme linked immunosorbent assay), a combination of PCR and ELISA methods, has been used since late 1980s. The technique is based on specially labelled DNA fragments which are captured by specific DNA sequences and detected by antibodies. The whole procedure of PCR-ELISA is divided into three steps: DNA extraction, PCR reaction and detection by ELISA. The method has been found as very specific...
-
Interactions of telomeric proteins with nucleic acids: sequence recognition on intact and oxidatively damaged telomeres
PublicationTelomeres are complex nucleoprotein assemblies that play a vital role in the maintenance of functional ends of linear chromosomes. Telomeric DNA, composed of tandem repeats of the 5'-TTAGGG-3' motif, solves the so-called end replication problem: as chromosomes shorten with each cell division, no information is lost, and the telomere can be re-extended. In the cell, many protein factors regulate telomere length, nuclear positioning...
-
Classification methods and criteria
PublicationKlasyfikacja akustyczna dna morskiego jest najnowszą metodologią zaprojektowaną w celu zdalnego wykrywania rozmaitych charakterystyk dna morskiego z informacji zawartych w echch od dna akustycznych impulsów transmitowanych z różnego typu sonarów. Poza szególnymi chrakterystykami sprzętowymi każdego systemu ASC, istotą każdej metody jest klasyfikacja modułu, który wyciąga serie cech z echa sygnału i przetwarza je aby posortować...
-
Experience-Oriented Knowledge Management for Internet of Things
PublicationIn this paper, we propose a novel approach for knowledge management in Internet of Things. By utilizing Decisional DNA and deep learning technologies, our approach enables Internet of Things of experiential knowledge discovery, representation, reuse, and sharing among each other. Rather than using traditional machine learning and knowledge discovery methods, this approach focuses on capturing domain’s decisional events via Decisional...
-
X-ray and UV Radiation Damage of dsDNA/Protein Complexes
PublicationRadiation and photodynamic therapies are used for cancer treatment by targeting DNA. However, efficiency is limited due to physico-chemical processes and the insensitivity of native nucleobases to damage. Thus, incorporation of radio- and photosensitizers into these therapies should increase both efficacy and the yield of DNA damage. To date, studies of sensitization processes have been performed on simple model systems, e.g.,...
-
Benzonaza(R): możliwości praktycznych zastosowań.
PublicationBenzonaza znajduje zastosowanie w efektywnym obniżaniu lepkości i usuwaniu kwasów nukleinowych z roztworów białkowych. Zbadano w praktyce jej możliwości aplikacyjne w oczyszczaniu białek rekombinantowych wiążących jednoniciowe DNA (ang. SSB - single stranded DNA binding protein).
-
Data on solutions of Hes1 system
Open Research DataHes1 protein (hairy and enhancer of split 1) belongs to the helix-loop-helix (bHLH) family of transcription proteins, i.e. DNA-binding proteins in the promoter region or in another region where regulation of transcription processes occurs. The database collects data on solutions of the Hes1 systems with multiple binding sites and the dimer formation...
-
Genotyping Techniques for Determining the Diversity of Microorganisms
PublicationTyping of microbial pathogens, or identifying bacteria at the strain level, is particularly important for diagnosis, treatment, and epidemiological surveillance of bacterial infections. This is especially the case for bacteria exhibiting high levels of antibiotic resistance or virulence, and those involved in nosocomial or pandemic infections. Strain typing also has applications in studying bacterial population dynamics. The part...
-
A simple modification to improve the accuracy of methylation-sensitive restriction enzyme quantitative polymerase chain reaction
PublicationDNA digestion with endonucleases sensitive to CpG methylation such as HpaII followed by polymerase chain reaction (PCR) quantitation is commonly used in molecular studies as a simple and inexpensive solution for assessment of region-specific DNA methylation. We observed that the results of such analyses were highly overestimated if mock-digested samples were applied as the reference.We determined DNA methylation levels in several...
-
VOLTAMMETRIC DETERMINATION OF DEOXYRIBONUCLEIC ACID PRESENCE ON A CARBON ELECTRODE
PublicationThis paper presents a voltammetry as a useful method to analyse DNA from different species. This electrochemical method is well know and used in different analyses. The influence of an area of working electrode and the capacity component, is shown at equals and the measurement. In voltammetry DNA measurement the capacity component is very important and must be taken into consideration. All mathematical analyses were verify at laboratory.
-
Wiązanie się do DNA pochodnych 4-metylo-1-nitroakrydyny wykazujących właś-ciwości przeciwnowotworowe.**2003, 116 s. 23 rys. 12 tab. bibliogr. 163 poz. maszyn. Rozprawa doktorska /09.05.2003/ P. Gdań. Wydz. Chem. Promotor: prof. dr hab. inż. J. Konopa.
Publication.
-
Multisine impedimetric probing of biocatalytic reactions for label-free detection of DEFB1 gene: How to verify that your dog is not human?
PublicationAlbert is a dog (Canis familiaris), but he does not realize this. Albert loves human food (and beer), watching movies on the internet, sleeping in bed, and more. But he should not do all these things. To convince him that, we have desinged a test procedure. The DEFB1 gene is unique to human species. Detecting its presence from saliva and in short periods may offer an advantage in the field of forensic medicine, and influence Albert’s...
-
Real-Time PCR: molecular technique of many applications
PublicationReal-Time PCR is a sensitive DNA amplification technique initially applied in genetics and molecular biology. It enables in vivo copying of the selected DNA fragment (flanked by two primers) by the thermostable polymerase (in the presence of magnesium ions and deoxynucleotide triphosphates) and simultaneous measurement of the fluorescence. For one or more specific sequences in a DNA sample, real-time PCR enables both detection...
-
Spectroelectroanalytical properties of antitumor agent C1311
PublicationZastosowano kilka metod woltamperometrycznych dla charakterystyki właściwości elektrochemicznych przeciwnowotworowej pochodnej imidazoakrydonu o symbolu C-1311. Wyniki wskazały, że możliwym będzie zastosowanie metod elektrochemicznych do badania oddziaływań badanego związku z DNA. Badania spektroelektrochemiczne ujawniły, że oscylacyjne zmiany absorbcji związku obserwowane po cyklicznej polaryzacji elektrody. Oscylacje te znikały...
-
ALIS-FLP: amplified ligation selected fragment-length polymorphism method for microbial genotyping
PublicationA DNA fingerprinting method known as ALIS-FLP (amplified ligation selected fragment-length polymorphism) has been developed for selective and specific amplification of restriction fragments from TspRI restriction endonuclease digested genomic DNA. The method is similar to AFLP, but differs in that only one specific restriction enzyme (TspRI) is used. The cohesive ends of the DNA fragments are ligated with two types of oligonucleotide....
-
Instalacja i wstępna analiza danych batymetrycznych pochodzących z echosondy wielowiązkowej
PublicationW akustycznym telemonitoringu środowiska morskiego stosowane są dwa rodzaje sonarów, a mianowicie: sonary boczne i echosondy wielowiązkowe. Oba systemy dostarczają danych zarówno dla batymetrii, jak i dla akustycznego obrazowania dna morskiego. Echosondy wielowiązkowe są zaawansowanymi technologicznie urządzeniami, które dzięki wielokierunkowej obserwacji szerokokątnej dna, przy jednoczesnym utrzymaniu wysokiej rozdzielczości kątowej,...
-
MutL protein as a constituent of vsp, ner and mmr repair systems
PublicationMutS and MutL proteins are renowned mostly for their functions in well-characterized, post-DNA replication mis- match repair system (MMR). However, there is growing evidence that MMR system is not the only field of action for these pro- teins. Moreover, the participation in MMR does not even have to be their primary function. There are some reports indicat- ing involvement of MutL in BER, NER and VSP (very short patch repair)....
-
MUTL PROTEIN AS A COMMON CONSTITUENT OF VSP, BER, NER AND MMR REPAIR SYSTEMS
PublicationMutS and MutL proteins are renowned mostly for their functions in well-characterized, post-DNA replication mismatch repair system (MMR). However, there is growing evidence that MMR system is not the only field of action of these proteins. Moreover, involvement in MMR does not even have to be their primary function. There are some reports indicating involvement of MutL in BER, NER and VSP (very short patch repair). MutL protein...
-
Discrimination of hospital isolates of Acinetobacter baumannii using repeated sequences and whole genome alignment differential analysis
PublicationAn optimized method for bacterial strain differentiation, based on combination of Repeated Sequences and Whole Genome Alignment Differential Analysis (RS&WGADA), is presented in this report. In this analysis, 51 Acinetobacter baumannii multidrug-resistance strains from one hospital environment and patients from 14 hospital wards were classified on the basis of polymorphisms of repeated sequences located in CRISPR region, variation...
-
Adaptive neuro fuzzy and fuzzy decision tree classifiers as applied to sea floor characterization.
PublicationPrzedstawiono wyniki badań wpływu różnych parametrów echa odbitego od dna morskiego na dokładność klasyfikacji typu dna przy pomocy sieci neuronowej z logiką rozmytą i przy pomocy drzew decyzyjnych. W szczególności uwzględniono takie parametry echa jak: energia, amplituda i nachylenie opadającego zbocza, wzbogacone o współczynniki falkowe otrzymane z dyskretnej transformacji falkowej (DWT).
-
Two-state dynamics for replicating two-strand systems
PublicationDynamika dwustanowa została zastosowana do opisów układów dwuniciowych, analogicznych do DNA.
-
Homocitrate synthase gene as a new molecular target in diagnostics of Candida spp. infections
PublicationNew potential molecular target which will be investigated during this research (homocitrate synthase gen) is the innovative target other than ribosomal DNA. This gene encodes enzyme present only in fungi and some Archaea what significantly increases specificity. It also reduces risk of contamination or influence of other factors (reaction with other DNA present in sample derived from bacteria or host cells) what excludes false...
-
System do diagnostyki dermatofitowych zakażeń powierzchniowych oparty na technice Real-Time PCR
PublicationDermatofity należą do blisko spokrewnionej grupy grzybów, które wykazują wysokie powinowactwo do skeratynizowanych tkanek. Cecha ta czyni je odpowiedzialnymi za powierzchniowe grzybice skóry, paznokci oraz włosów. Szacuje się, iż nawet do 20% ludzi na całym świecie dotkniętych jest infekcjami powodowanymi przez dermatofity. Ich leczenie wymaga długotrwałego zastosowania leków przeciwgrzybiczych. W celu dobrania odpowiedniego leczenia...