Wyszukiwarka
Filtry
wszystkich: 2096
wybranych: 1792
-
Katalog
- Publikacje 1792 wyników po odfiltrowaniu
- Czasopisma 27 wyników po odfiltrowaniu
- Wydawnictwa 1 wyników po odfiltrowaniu
- Osoby 52 wyników po odfiltrowaniu
- Projekty 3 wyników po odfiltrowaniu
- Laboratoria 1 wyników po odfiltrowaniu
- Zespoły Badawcze 1 wyników po odfiltrowaniu
- Kursy Online 22 wyników po odfiltrowaniu
- Wydarzenia 11 wyników po odfiltrowaniu
- Dane Badawcze 186 wyników po odfiltrowaniu
Filtry wybranego katalogu
wyświetlamy 1000 najlepszych wyników Pomoc
Wyniki wyszukiwania dla: DRAD PROTEIN
-
A surface-exposed DraD protein of uropathogenic Escherichia coli bearing Dr fimbriae may be expressed and secreted independently from DraC usher and DraE adhesin
PublikacjaOperon dra uropatogennych szczepów Escherichia coli Dr+ odpowiedzialny jest za proces bakteryjnej adhezji i inwazji. Operon dra kodujący fimbrie Dr zawiera sześć otwartych ramek odczytu - draA, draB, draC, draD, draP oraz draE. Fimbrie Dr zlokalizowane na powierzchni komórki bakteryjnej, zbudowane są z podjednostek białka DraE. Niewiele wiadomo na temat powierzchniowej ekspresji białka DraD oraz jego roli w procesie biogenezy fimbrii...
-
Molecular aspects of biogenesis of Escherichia coli Dr Fimbriae: characterization of DraB-DraE complexes
PublikacjaHemaglutynina Dr uropatogennych szczepów Escherichia coli jest fimbrialnym homopolimerem zbudowanym z podjednostek białkowych DraE kodowanych przez operon dra. Operon dra zawiera geny draB i draC, kodujące białka homologiczne do białek (białko opiekuńcze-białko kanałotwórcze) zaangażowanych w procesie biogenezy struktur polimerycznych eksprymowanych powierzchniowo. Białko DraB jest jednym z białek periplazmatycznych, należącym...
-
Role of the disulfide bond in stabilizing and folding of the fimbrial protein DraE from uropathogenic Escherichia coli
PublikacjaDr fimbriae are homopolymeric adhesive organelles of uropathogenic Escherichia coli composed of DraE subunits, responsible for the attachment to host cells. These structures are characterized by enormously high stability resulting from the structural properties of an Ig-like fold of DraE. One feature of DraE and other fimbrial subunits that makes them peculiar among Ig-like domain-containing proteins is a conserved disulfide bond...
-
Function and Frustration of Multi-Drug ABC Exporter Protein and Design of Model Proteins for Drug Delivery Using Protein Hydration Thermodynamics
Publikacja -
Elastic-contractile model proteins: Physical chemistry, protein function and drug design and delivery
Publikacja -
How proteins bind to DNA: target discrimination and dynamic sequence search by the telomeric protein TRF1
PublikacjaTarget search as performed by DNA-binding proteins is a complex process, in which multiple factors contribute to both thermodynamic discrimination of the target sequence from overwhelmingly abundant off-target sites and kinetic acceleration of dynamic sequence interrogation. TRF1, the protein that binds to telomeric tandem repeats, faces an intriguing variant of the search problem where target sites are clustered within short fragments...
-
Biofilm formation as a virulence determinant of uropathogenic Escherichia coli Dr+ strains
PublikacjaInfekcje dróg moczowych stanowią największy problem zdrowotny dotykający miliony osób populacji ludzkiej każdego roku. Uropatogenne szczepy Escherichia coli są najczęstszym czynnikiem etiologicznym odpowiedzialnym za wywoływanie górnych i dolnych dróg moczowych. Powyższe szczepy bakteryjne produkują szereg czynników wirulentnych pośród, których wyróżnić można eksponowane powierzchniowo polimeryczne struktury adhezyjne (fimbrie/pile)...
-
Extension of the Unres Package for Physics-Based Coarse-Grained Simulations of Proteins and Protein Complexes to Very Large Systems
Publikacja -
UNRES-Dock—protein–protein and peptide–protein docking by coarse-grained replica-exchange MD simulations
Publikacja -
The Protein Folding Problem
Publikacja -
Influence of Osmolytes on Protein and Water Structure: A Step To Understanding the Mechanism of Protein Stabilization
PublikacjaResults concerning the thermostability of hen egg white lysozyme in aqueous solutions with stabilizing osmolytes, trimethylamine-N-oxide (TMAO), glycine (Gly), and its N-methyl derivatives, N-methylglycine (NMG), N,N-dimethylglycine (DMG), and N,N,N-trimethylglycine (betaine, TMG), have been presented. The combination of spectroscopic (IR) and calorimetric (DSC) data allowed us to establish a link between osmolytes’ influence on...
-
Proteins
PublikacjaStruktura białek wpływa na ich wartość odżywczą, właściwości funkcjonalne wżywności oraz reakcje w surowcach i produktach żywnościowych. Warunki prze-chowywania oraz obróbki w przemyśle i w czasie przygotowywania kulinarnegowywołują przemiany białek istotne dla jakości żywności. Przez celowe, enzy-matyczne i chemiczne modyfikowanie składu i struktury białek można wpływaćna ich właściwości funkcjonalne w żywności i wartość...
-
The DraC usher in Dr fimbriae biogenesis of uropathogenic E. coli Dr+ strains
PublikacjaBiogeneza fimbrii Dr kodowanych przez operon dra uropatogennych szczepów Escherichia coli (infekcje górnych dróg moczowych) odbywa się na bazie zakonserwowanego systemu sekrecji typu chaperone-usher. Funkcjonowanie powyższego systemu sekrecji opiera się na dwóch komponentach białkowych, periplazmatycznym chaperonie DraB i zewnątrzbłonowym kanale DraC. Białko DraB kontroluje proces składania podjednostek fimbrialnych DraE, natomiast...
-
Biochemical characteristic of biofilm of uropathogenic Escherichia coli Dr+ strains.
PublikacjaUrinary tract infections caused by Escherichia coli are very common health problem in the developed countries. The virulence of the uropathogenic E. coli Dr+ IH11128 is determined by Dr fimbriae, which are homopolymeric structures composed of DraE subunits with the DraD protein capping the fiber. In this study, we have analyzed the structural and biochemical properties of biofilms developed by E. coli strains expressing Dr fimbriae...
-
Alternative and New Protein Sources
Publikacja -
Colloidal aspects of protein digestion
Publikacja.
-
Stabilizing agents and protein stability
PublikacjaBiałka są kluczowymi elementami żywych organizmów, jak również efektywnymi katalizatorami w biotechnologii i medycynie. Szybki rozwój wielu gałęzi biotechnologii wiąże się z coraz większym zapotrzebowaniem na produkty białkowe charakteryzujące się wysoką stabilnością. Jednym ze sposobów osiągnięcia większej stabilności białek jest wykorzystanie małych związków organicznych, tzw. osmolitów. Do tej grupy związków należą aminokwasy,...
-
On the Origin of Protein Superfamilies and Superfolds
PublikacjaDistributions of protein families and folds in genomes are highly skewed, having a small number of prevalent superfamiles/superfolds and a large number of families/folds of a small size. Why are the distributions of protein families and folds skewed? Why are there only a limited number of protein families? Here, we employ an information theoretic approach to investigate the protein sequence-structure relationship that leads to...
-
Type II secretory pathway for surface secretion of DraD invasin from the uropathogenic Escherichia coli Dr+ strain
PublikacjaWłaściwości wirulentne uropatogennych szczepów Escherichia coli Dr+ IH11128 związane są z obecnością struktur fimbrialnych typu Dr i białka inwazyny DraD, które może na powierzchni komórki bakteryjnej pełnić rolę fimbrialnej podjednostki szczytowej. Ostatnie badania wykazały, że białko DraD jest eksponowane na powierzchni bakterii w dwóch formach: związanej ze strukturą fimbrialną i jako niezależna od fimbrii otoczka białkowa....
-
Lessons learned during SRAD hybrid motor development
PublikacjaStudent Researched and Developed (SRAD) hybrid rocket motor H-15 with total impulse of 15 $kNs$ was built. First version of the engine has average thrust of 3 $kN$, the second, improved one is prepared with an aim to have average thrust of 5 $kN$. Engine development was started from scratch and went through phases of: definition of design assumptions and constraints, numerical modelling to predict engine performance, CAD and CAM...
-
Endocrine responses following exhaustive strength exercise with and without the use of protein and protein-carbohydrate supplements
Publikacja -
The importance of the shape of the protein-water interface of a kinesin motor domain for dynamics of the surface atoms of the protein
PublikacjaSingle kinesin motor domain immersed in water has been investigated using molecular dynamics. It has been found that local properties of water in solvation shell change along with the nature of neighboring protein surface. However, a detailed analysis leads to the conclusion that the geometrical features of hydrogen bonds and overall structure of kinesin hydration water is not very different from bulk water. The local values of...
-
The importance of the shape of the protein–water interface of a kinesin motor domain for dynamics of the surface atoms of the protein
PublikacjaA single kinesin motor domain immersed in water has been investigated using molecular dynamics. It has been found that local properties of water in the solvation shell change along with the nature of the neighboring protein surface. However, a detailed analysis leads to the conclusion that the geometrical features of hydrogen bonds and overall structure of kinesin hydration water are not very different from bulk water. The local...
-
Occlusion phenomenon of redox probe by protein as a way of voltammetric detection of non-electroactive C-reactive protein
Publikacja -
Control of voltage source inverter without dead-time effects.
PublikacjaW artykule zaproponowano metodę dokładnego generowania wektora napięcia o małej amplitudzie w falowniku napięcia. Zaprezentowano metodę modulacji szerokości impulsów, w której wyeliminowano koniecznosć wprowadzania czasów martwych oraz kompensacji ich wpływu na napięcie wyjsciowe przekształtnika
-
Influence of windsurfing fin stiffness distribution on the lift-drag characteristics
PublikacjaThis article addresses the problem of determining the hydromechanical loads generated by flexible hydrofoils. The research was done on the example of the composite windsurfing fin for the RS:X monotype class. Despite the assumption of fins identity, everyday practice showed that variations of mechanical properties occur and strongly affect their performance. Therefore, we decided to study the differences between the windsurfing...
-
Compensation of Dead Time Effects for Shunt Active Power Filters
PublikacjaThe paper presents a comprehensive approach to the compensation of the grid current distortion for shunt active power filter systems. Four different sources of current distortion are addressed: imperfect grid synchronization caused by the distortion in the grid voltages, time delays in the estimation of compensating currents and grid voltages, fluctuations of the dc bus voltage, and the distortion of inverter output voltages due...
-
Minimum drag shape bodies moving in inviscid fluid - revisited
PublikacjaThis paper presents the classic approach to minimum drag shape body problem, moving at hypersonic speeds, leading to famous power law shapes with value of the exponent of 3/4. Two- and three-dimensional cases are considered. Furthermore, an exact pseudo solution is given and its uselessness is discussed. Two new solutions are introduced, namely an approximate solution due to form of the functional and solution by means of optimisation...
-
Iron–Sulfur Cluster Biogenesis Chaperones: Evidence for Emergence of Mutational Robustness of a Highly Specific Protein–Protein Interaction
PublikacjaBiogenesis of iron–sulfur clusters (FeS) is a highly conserved process involving Hsp70 and J-protein chaperones. However, Hsp70 specialization differs among species. In most eukaryotes, including Schizosaccharomyces pombe, FeS biogenesis involves interaction between the J-protein Jac1 and the multifunctional Hsp70 Ssc1. But, in Saccharomyces cerevisiae and closely related species, Jac1 interacts with the specialized Hsp70 Ssq1,...
-
The Role of Proteins in Food
PublikacjaThis chapter describes the effect of proteins on the sensory attributes and the biological value and safety of foods. The role of proteins depends on their amino acid composition and structure, on changes due to storage and processing, as well as on interactions with other food components. The effect on the sensory quality of foods is brought about by hydrophobicity, solubility, water holding capacity, gelling, film formation,...
-
U-Tube Method of Identification of Drag Parameters for High Permeability Materials
Publikacja -
Dead-Time Effect Compensation Based on Additional Phase Current Measurements
PublikacjaThis paper proposes a new method of dead-time effect compensation. The proposed solution is based on additional phase current measurements realized by analog-to-digital converters. These measurements are carried out at the time instants specified by a pulsewidth-modulation (PWM) strategy. This makes it possible to estimate inverter currents at the commutation instants and, finally, to estimate the voltage error caused by dead time. This...
-
Self-Tuning Dead-Time Compensation Method for Voltage-Source Inverters
PublikacjaPrzedstawiono nową, kompleksową metodę kompensacji zniekształceń napięcia wyjściowego falownika z modulacją szerokości impulsów. Proponowana metoda umożliwia automatyczne dopasowanie parametrów charakterystyki kompensacyjnej do aktualnej konfiguracji falownika i obciążenia, np. po zmianie przewodu łączącego falownik z obciążeniem. Adaptacja do nowych warunków polega na dostrajaniu wartości parametrów zależności opisującej napięcie...
-
Taurine as a water structure breaker and protein stabilizer
PublikacjaThe enhancing effect on the water structure has been confirmed for most of the osmolytes exhibiting both stabilizing and destabilizing properties in regard to proteins. The presented work concerns osmolytes, which should be classified as “structure breaking” solutes: taurine and N,N,N-trimethyltaurine (TMT). Here, we combine FTIR spectroscopy, DSC calorimetry and DFT calculations to gain an insight into the interactions between...
-
Some applications of thermophiles and their enzymes for protein processing
PublikacjaPrzedstawiono charakterystykę, właściwości oraz możliwości zastosowań enzymów proteolitycznych wytwarzanych przez termofile. Zaletą tych biokatalizatorów jest między innymi duża odporność na działanie rozpuszczalników organicznych, detergentów i innych czynników denaturujących białka oraz mała wrażliwość na zmiany pH. Dokonano też przeglądu czynników powodujących dużą stabilność proteaz z termofili.
-
Protein thermal stabilization in aqueous solutions of osmolytes
PublikacjaProteins’ thermal stabilization is a significant problem in various biomedical, biotechnological, and technological applications. We investigated thermal stability of hen egg white lysozyme in aqueous solutions of the following stabilizing osmolytes: Glycine (GLY), N-methylglycine (NMG), N,N-dimethylglycine (DMG), N,N,N-trimethylglycine (TMG), and trimethyl-N-oxide (TMAO). Results of CD-UV spectroscopic investigation were compared...
-
Apple pectin complexes with whey protein isolate
Publikacja -
Polysaccharide–Protein Complexes in a Coarse-Grained Model
Publikacja -
Pea Protein for Hempseed Oil Nanoemulsion Stabilization
Publikacja -
The investigation of the effects of counterions in protein dynamics simulations
Publikacja -
ANALYSIS OF THE p53 PROTEIN GENE EXPRESSION MODEL
PublikacjaWe study the asymptotic behaviour of the solutions of the p53-Mdm2 model proposed by Monk (2003). The p53 gene is crucial for cellular inhibition of the angiogenesis process, while Mdm2 is a negative regulator of the p53 tumor-suppressor. We investigate the stability of the positive steady state and perform some numerical experiments.
-
Modelling gene expression of a self-regulating protein
PublikacjaWe analyze a model of gene transcription and protein synthesis. We take into account the number of sites on the protein’s promoter at which the protein’s dimers can bind blocking transcription of protein mRNA.
-
Analysis of the unique structural and physicochemical properties of the DraD/AfaD invasin in the context of its belonging to the family of chaperone/usher type fimbrial subunits
PublikacjaInwazyna DraD kodowana przez operon dra posiada strukturę charakterystyczną dla białek podjednostkowych fimbrii typu chaperone-usher. Fold-Ig białka DraD posiada dwie charakterystyczne cechy wyróżniające je z pośród rodziny fimbrialnych białek podjednostkowych: 1) zaburzenie struktury beta-beczki w rejonie szczeliny akceptorowej objawiające się układem wiązań wodorowych głównego łańcucha polipeptydowego oraz 2) nietypowo usytuowany...
-
Characterization of a single-stranded DNA-binding-like Protein from Nanoarchaeum equitans - a nucleic acid binding protein with broad substrate specificity
PublikacjaBackground SSB (single-stranded DNA-binding) proteins play an essential role in all living cells and viruses, as they are involved in processes connected with ssDNA metabolism. There has recently been an increasing interest in SSBs, since they can be applied in molecular biology techniques and analytical methods. Nanoarchaeum equitans, the only known representative of Archaea phylum Nanoarchaeota, is a hyperthermophilic, nanosized,...
-
Modeling the effect of parasitic capacitances on the dead-time distortion in multilevel NPC inverters
PublikacjaA simple model is derived and verified for evaluating the effect of parasitic capacitances on the dead-time related voltage distortion in multilevel NPC voltage source inverters. The model permits well-defined and precise compensation of dead-time distortion, exhibiting meaningful improvement on compensation methods neglecting the effects of parasitic capacitances. A simple formula is given for evaluating the capacitances as serial/parallel...
-
Identification of Drag Parameters of Flow in High Permeability Materials by U-Tube Method
Publikacja -
Construction and purification of his6-Thermus thermophilus MutS protein.
PublikacjaGen mutS z termofilnej bakterii Thermus thermophilus zamplifikowano przy użyciu PCR, sklonowano i przeprowadzono jego ekspresję w E. coli. Rekombinantowe białko MutS zawierające oligohistydynową domenę na N-końcu oczyszczono w jednoetapowej procedurze przy wykorzystaniu chromatografii powinowactwaNi(2+). Zdolność do rozpoznania niekomplementarności białka his(6)-MutS potwierdzono w eksperymentach ochrony DNA przed trawieniem...
-
Electrosynthesis of potato starch–whey protein isolate complexes
Publikacja -
Construction and purification of his6-Thermus thermophilus MutS protein
Publikacja -
A bifunctional chimeric protein consisting of MutS and beta-galactosidase
Publikacja