Filters
total: 1242
-
Catalog
- Publications 886 available results
- Journals 15 available results
- Conferences 1 available results
- People 24 available results
- Inventions 11 available results
- Projects 11 available results
- Laboratories 1 available results
- Research Teams 2 available results
- e-Learning Courses 21 available results
- Events 1 available results
- Open Research Data 269 available results
displaying 1000 best results Help
Search results for: NATIVE DNA POLYMERASE
-
System detekcji miny morskiej oparty na układzie FPGA
PublicationObiekt metalowy znajdujący się w wodzie morskiej wytwarza wokół siebie pole elektryczne. Źródłem tego pola są procesy elektrochemiczne. Wśród wielu metalowych obiektów znajdujących się w morzu są miny morskie. Miny denne często ukryte są w dnie morza w celu utrudnienia ich wykrycia przez sonary. W pracy przedstawiono wyniki analizy numerycznej wpływu przewodności elektrycznej dna na rozkład pola elektrycznego oraz opisano system...
-
Dissociative electron attachment of furan, tetrahydrofuran, and fructose
PublicationPrzeprowadzono badania wychwytu dysocjacyjnego elektronów w cząsteczkach furanu, tetrahydrofuranu i fruktozy w przedziale energii 0-14eV. Stwierdzono, że w przypadku wychwytu elektronów o energiach poniżej progu wzbudzenia (< 3eV), jedynie fruktoza jest podatna na rozerwanie pierścienia cukrowego. W cząsteczkach furanu i tetrahydrofuranu struktury rezonansowe odpowiadające fragmentom pierścienia pojawiają się dla energii elektronów...
-
Electrooxidation of dissolved dsDNA backed by in situ UV-Vis spectroscopy
PublicationPrzeprowadzono badania elektrochemicznego utleniania dsDNA stosując metody cyklowoltametryczne na elektrodzie weglowej, platynowej, platynowej w formie siatki oraz z siatki platynowej osadzonej na węglu. Otrzymane wyniki analizy spektroelektrochemicznej wykazały, że wraz ze wzrostem potencjału i piku prądowego absorpcja roztworu dsDNA wzrasta w sposób zależny od typu elektrody. Jednak położenie maksimum absorpcji nie zmieniało...
-
Optymalizacja transformacji wyników pomiarów bloków kadłuba statku z uwzględnieniem ograniczeń
PublicationArtykuł przedstawia algorytm optymalizujący transformację wyników pomiarów bloków i sekcji kadłuba statku z uwzględnieniem ograniczeń. Optymalizacji podlega suma odległości pomiędzy mierzonymi punktami, a korespondującymi punktami w modelu CAD, uwzględniając jedno z dwóch możliwych ograniczeń: wspólna płaszczyzna, albo wspólna oś. Transformacja wyników pomiarów wykonywana jest wcelu przeprowadzenia porównania faktycznych wymiarów...
-
Hopf bifurcation in time‐delayed gene expression model with dimers
PublicationWe study a mathematical model of gene transcription and protein synthesis with negative feedback. We consider a system of equations taking into account the formation of dimers (i.e., complex formed by two protein monomers), the way in which dimers bind to DNA and time delay in translation process. For the model consisting of three ordinary differential equations with time delay, we derive conditions for stability of the positive...
-
New PCR test for detection of Candida glabrata based on the molecular target chosen by the RAPD technique
PublicationRapid, reliable diagnosis is a necessary condition for the successful treatment of infections. Such diagnostic assays are continually being developed. #e paper presents a method for selecting the molecular target for PCR-based diagnostics based on the comparison of RAPD patterns. A sequence encoding Candida glabrata CBS138 hypothetical protein was selected. The limit of detection for PCR and real-time PCR reactions with DNA extracted...
-
Sposób prowadzenia badań dna akwenu wodnego
Inventions -
Evaluation of aspiration problems in L2 English pronunciation employing machine learning
PublicationThe approach proposed in this study includes methods specifically dedicated to the detection of allophonic variation in English. This study aims to find an efficient method for automatic evaluation of aspiration in the case of Polish second-language (L2) English speakers’ pronunciation when whole words are analyzed instead of particular allophones extracted from words. Sample words including aspirated and unaspirated allophones...
-
Toxoplasma gondii Recombinant antigen AMA1: Diagnostic Utility of Protein Fragments for the Detection of IgG and IgM Antibodies
PublicationToxoplasma gondii is an important zoonotic protozoan that infects a wide variety of vertebrates as intermediate hosts. For this reason, the diagnosis of this disease is very important and requires continuous improvement. One possibility is to use recombinant antigens in serological tests. Apical membrane antigen 1 (AMA1), a protein located in specific secretory organelles (micronemes) of T. gondii, is very interesting in regard...
-
Dietary intervention with beetroot juice during doxorubicin cancer chemotherapy in vivo reduces markers of oxidative stress
PublicationCancer chemotherapy with doxorubicin, despite high antitumor activity and broad spectrum of this drug, is on decline due to toxic side effects. The clinical efficacy of anthracyclines have continuously prompted the search for new adjuvants to alleviate undesirable side toxicity incurred by this group of cytostatics. The recent approaches involve the application of synthetic or purified natural antioxidants in combination with doxorubicin...
-
Sequence variants of p21 gene of the MRL/MpJ mouse: a possible association with the deficit of p21 protein and regenerative phenotype.
PublicationThe MRL/MpJ mouse is known for its enhanced regeneration abilities that manifested themselves by scarless ear-hole wound closure. The deficit of p21 found in the MRL is associated with the regenerative capacity as the p21 gene knockout in a mouse strain unrelated to the MRL mouse results in an ear-hole closure effect, similar to that observed in the MRL mouse. Cdkn1a gene encodes p21 protein, a cyclin-dependent kinase inhibitor,...
-
Diagnostic PCR assay for Microsporum and Trichophyton infections
PublicationWe have previously described a highly sensitive 5-hour PCR test for the rapid diagnosis of onychomycosis which detects any dermatophyte and species-identify T. rubrum from patient specimens. We have subsequently developed and evaluated new PCR tests for detection of Trichophyton and Microsporum canis/audouinii infections.58 dermatophyte isolates (21) Microsporum spp. (4 different species), 35 Trichophyton spp (10 different species)...
-
The New LM-PCR/Shifter Method for the Genotyping of Microorganism
PublicationTechniques relies on the ligation of appropriates adapters (LM-PCR) as AFLP, PCR MP and ADSRRS are successfully used for epidemiological studies for prokaryotic and eukaryotic microorganisms. In this study we propose a new method, called the LM-PCR/Shifter, based on the use of a Class IIS restriction enzyme giving restriction fragments with different 4 base 5' overhangs (Shifter) and the ligation of appropriate oligonucleotide...
-
PRZYDATNOŚĆ DIAGNOSTYCZNA REAKCJI PCR W ROZPOZNAWANIU BORELIOZY
PublicationBorelioza jest wieloukładową chorobą wywoływaną przez bakterie zaliczane do kompleksu Borrelia burgdorferi sensu lato. Wektorem przenoszącym infekcję są kleszcze z rodzaju Ixodes, które zakażają kolejnych żywicieli krętka podczas spożywania ich krwi. Zróżnicowany przebieg boreliozy uniemożliwia jej rozpoznanie na podstawie objawów klinicznych. W związku z tym diagnostyka choroby z Lyme opiera się głównie na metodach laboratoryjnych,...
-
Genotoxicity of selected pharmaceuticals, their binary mixtures, and varying environmental conditions – study with human adenocarcinoma cancer HT29 cell line
PublicationPharmaceutical residues are present in the environment in mixtures and their adverse effects may also result from interactions that occur between compounds. Studies presented in this work focus on genotoxicity of pharmaceuticals from different therapeutic groups in mixtures and in individual solutions impacted with different environmental conditions assessed using comet assay (alkaline approach). Binary mixtures of pharmaceuticals...
-
Transcriptional activity of epigenetic remodeling genes declines in keratinocytes after in vitro expansion
PublicationPURPOSE: In vitro expansion is an invaluable method to obtain keratinocytes in amounts necessary for effective transplantation therapies. In vitro cell culturing provokes questions concerning potential epigenetic alterations occurring in expanded cells in the context of usefulness for transplantation and safety. The purpose of this study was to investigate as to whether keratinocyte expansion is associated with changes in the activity...
-
Ilona Kołodziejska prof. dr hab. inż.
People -
Impact of pollution derived from ship wrecks on the marine environment on the basis of s/s ''Stuttgart'' (Polish coast, Europe)
PublicationW 1943 roku niemiecki statek szpitalny, s/s Stuttgart (Lazaretschiff ''C'') został zatopiony w pobliżu portu w Gdyni. Doprowadziło to do zanieczyszczenia dna morskiego paliwem. Podczas badań przeprowadzonych w 2009 r. pobranych zostało 11 próbek osadów powierzchniowych i wody morskiej oraz 4 rdzenie. Próbki poddano analizie na zawartość zanieczyszczeń priorytetowych należących do grupy wielopierścieniowych węglowodorów aromatycznych...
-
MODERNIZACJA KASKADOWEGO UKŁADU REGULACJI WYWOŁYWACZA FAL BASENU MODELOWEGO
PublicationArtykuł opisuje modernizację stanowiska badawczego w Centrum Techniki Okrętowej (CTO) S.A. – głębokowodnego basenu modelowego z płytowym wywoływaczem fal z płytą mocowaną powyżej dna basenu na pojedynczym przegubie. Modernizacja obejmowała zastąpienie oryginalnego analogowego układu regulacji nowoczesnym cyfrowym układem sterowania, opartym na 8-bitowym mikrokontrolerze AVR. Na podstawie dokonanej identyfikacji poprzedniego układu...
-
Jan Hupka prof. dr hab. inż.
People -
Benchmarking Performance of a Hybrid Intel Xeon/Xeon Phi System for Parallel Computation of Similarity Measures Between Large Vectors
PublicationThe paper deals with parallelization of computing similarity measures between large vectors. Such computations are important components within many applications and consequently are of high importance. Rather than focusing on optimization of the algorithm itself, assuming specific measures, the paper assumes a general scheme for finding similarity measures for all pairs of vectors and investigates optimizations for scalability...
-
Preparation of methanation catalysts for high temperature SOEC by β-cyclodextrin-assisted impregnation of nano-CeO2 with transition metal oxides
PublicationThe aim of this work was to prepare and examine the catalytic activity of nanometric CeO2 decorated with transition metal oxides – Ni, Co, Cu, Fe and Mn – towards a high-temperature methanation process under SOEC CO2/H2O simulated co-electrolysis conditions. Samples were prepared using the wet impregnation method via the conventional process and with the addition of native cyclodextrin. The influence of β-cyclodextrin (βCD) onto...
-
Mater-Bi/Brewers’ Spent Grain Biocomposites—Novel Approach to Plant-Based Waste Filler Treatment by Highly Efficient Thermomechanical and Chemical Methods
PublicationThermoplastic starch (TPS) is a homogenous material prepared from native starch and water or other plasticizers subjected to mixing at a temperature exceeding starch gelatinization temperature. It shows major drawbacks like high moisture sensitivity, poor mechanical properties, and thermal stability. To overcome these drawbacks without significant cost increase, TPS could be blended with bio-based or biodegradable polymers and...
-
Potent antitumor 4-methyl-1-nitroacridine C-1748 induces apoptosis only in part of colon cells
PublicationZbadaliśmy zdolność pochodnej 4-metylo-1-nitroakrydyny C-1748 do indukcji apoptozy w ludzkich komórkach nowotworów jelita grubego HCT-8 i HT29 w stężeniach biologicznie istotnych. Zjawisko apoptozy określiliśmy na podstawie zmian morfologicznych jak i biochemicznych tj. fragmentacji DNA, aktywacji kaspazy-3, spadku potencjału mitochondrialnego, eksternalizacji fosfatydyloseryny i pojawiania się frakcji sub-G1. Wykazaliśmy, że pochodna...
-
Kwasy nukleinowe - niedoceniane składniki żywności
PublicationObecnie badania nad kwasami nukleinowymi koncentrują się na roli genetycznej tych makromolekuł. Można jednak przypuszczać, że DNA jak i RNA powszechnie występujące w żywności mają także ważne znaczenie żywieniowe. Świadczy o tym obecność w układzie pokarmowym szeregu mechanizmów odpowiedzialnych za detekcję, trawienie i przyswajanie tych składników pokarmu. W literaturze naukowej rośnie liczba doniesień sugerujących istotną rolę...
-
Virtual Engineering Object (VEO): Toward Experience-Based Design and Manufacturing for Industry 4.0
PublicationIn this article we propose the concept, its framework, and implementation methodology for Virtual Engineering Objects (VEO). A VEO is the knowledge representation of an engineering object that embodies its associated knowledge and experience. A VEO is capable of adding, storing, improving, and sharing knowledge through experience. Moreover, it is demonstrated that VEO is a specialization of a Cyber-Physical System (CPS). In this...
-
In silico design of telomerase inhibitors.
PublicationTelomerase is a reverse transcriptase enzyme involved in DNA synthesis at the end of linear chromosomes. Unlike in most other cells, telomerase is reactivated most cancerous cells and, therefore, has become a promising new anticancer target. Despite extensive research, direct telomerase inhibitors have yet not been introduced to the clinics because of the complexity of this enzyme. Structures of this protein from simple organisms...
-
Molecular mechanism of the enzymatic oxidation investigated for imidazoacridinone antitumor drug C-1311.
PublicationPraca miala na celu określenie molekularnego mechanizmu enzymatycznej utleniającej aktywacji wymienionego związku przeciwnowotworowego w takim układzie modelowym, w którym wcześniej wykazano jego kowalencyjne wiązanie się do DNA. Badania struktur chemicznych produktów enzymatycznej aktywacji wykazały, że dwa z nich powstają w wyniku dealkilacji łańcucha bocznego cząsteczki, natomiast dwa inne w wyniku aktywacji pierścienia imidazoakrydonu....
-
Strenght analysis of the floating dock-ship system.
PublicationOmówiono krytycznie wymagania przepisów towarzystw klasyfikacyjnych dotyczące wytrzymałości doków pływających. Przedstawiono wyniki analizy MES sił wewnętrznych i naprężeń w kadłubie doku o długości podporowej 255m, obciążonego ciężarem masowca o długości między pionami 252m i masie 20900 ton. Pokazano wpływ na wartość sił redukcji w kilblokach i naprężenia takich czynników jak: rozłożenie balastu wyrównwczego w zbiornikach doku,...
-
Transmission of digital signals in a nonstationary hydroacoustic channel.
PublicationZ telekomunikacyjnego punktu widzenia właściwości transmisyjne kanału hydroakustyczny są ograniczone przez występowanie wielokrotnych odbić fali dźwiękowej od dna i powierzchni wody oraz niestacjonarność wprowadzaną głównie przez ruch powierzchni wody. Artykuł przedstawia model własności transmisyjnych kanału. Wprowadzono niestacjonarność do odpowiedzi impulsowych kanału przez założenie przypadkowej zmienności czasów przyjścia...
-
TopFUNG Yeast DNA topoisomerase II as a model molecular target for novel antifungal compounds
ProjectsProject realized in Department of Pharmaceutical Technology and Biochemistry according to UMO-2022/45/B/NZ6/01149 agreement from 2023-07-03
-
TopFung Yeast DNA topoisomerase II as a model molecular target for novel antifungal compounds
ProjectsProject realized in Gdańsk University of Technology according to UMO-2022/45/B/NZ6/01149 agreement from 2023-07-03
-
Performance of electrochemical immunoassays for clinical diagnostics of SARS-CoV-2 based on selective nucleocapsid N protein detection: Boron-doped diamond, gold and glassy carbon evaluation
PublicationThe 21st century has already brought us a plethora of new threats related to viruses that emerge in humans after zoonotic transmission or drastically change their geographic distribution or prevalence. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) was first spotted at the end of 2019 to rapidly spread in southwest Asia and later cause a global pandemic, which paralyzes the world since then. We have designed novel...
-
Insights into the microbial community of treated wastewater, its year-round variability and impact on the receiver, using cultivation, microscopy and amplicon-based methods
PublicationApart from chemical constituents, wastewater treatment plant (WWTP) effluents also release microorganisms that can be important to the receiving water bodies either from a sanitary point of view, or taking to the account the biogeochemical potential of the recipients. However, little is known about the treated wastewater microbial community, its composition, seasonal changes, functions and fate in the waters of the receiver. Thus,...
-
New Approaches for Escherichia coli Genotyping
PublicationEasy-to-perform, fast, and inexpensive methods of differentiation of Escherichia coli strains beyond the species level are highly required. Herein two new, original tools for genotyping of E. coli isolates are proposed. The first of the developed method, a PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) test uses a highly variable fliC gene, encoding the H antigen as a molecular target. The designing...
-
Experimental guinea pig model of dermatophytosis: a simple and useful tool for the evaluation of new diagnostics and antifungals
PublicationCelem badań było opracowanie prostego modelu zwierzęcego (świnki morskie) odpowiedniego do sprawdzania systemów diagnostycznych oraz terapii infekcji dermatofitów. Następujące zmienne były analizowane: przygotowanie skóry przez golenie versus użycie taśmy, testowy szczep Microsporum canis czy Trichophyton mentagrophytes jako czynnik etiologiczny, sposób inokulacji. Przebieg infekcji był oceniany poprzez ocenę zaczerwienienia i...
-
Synthesis, crystal structure and spectroscopic characterization of new anionic iridium(III) complexes and their interaction with biological targets
PublicationThe synthesis and characterisation of new anionic iridium(II) complexes (NH4)2[IrCl4(κ2N,N’-H2biim)]2 · 5H2O (1) and ((CH3)2NH2)[IrCl4(κ2N,N’-PyBIm)] · H2O (2) are presented in this article. Spectroscopic methods (1H, 13C and 15N NMR, FTIR, UV-Vis) were used to characterize these new complexes. Solid-state structural analysis (SC-XRD) of complexes 1 and 2 shows a slightly distorted octahedral geometry of Ir(III) ions, which is...
-
High prevalence of Escherichia coli belonging to the B2+D phylogenetic group in inflammatory bowel disease
PublicationBACKGROUND: It is not clear which species of bacteria may be involved in inflammatory bowel disease (IBD). One way of determining which bacteria might be likely candidates is to use culture-independent methods to identify microorganisms that are present in diseased tissues but not in controls. AIMS: (1) To assess the diversity of microbial communities of biopsy tissue using culture-independent methods; (2) to culture the bacteria...
-
Akrydyny jako związki aktywne przeciwnowotworowo = Acridines as antitumor drugs
PublicationAkrydyny należą do grupy policyklicznych związków heteroaromatycznych. Wykazują szeroki zakres aktywności biologicznej obejmujący aktywność przeciwpierwotniakową, przeciwbakteryjną,przeciwwirusową i przeciwnowotworową. Pochodne akrydyny o działaniu przeciwnowotworowym wykazują zróżnicowany mechanizm działania na poziomie molekularnym. Z uzyskanych dotychczas danych wynika, że jednym z podstawowych etapów działania jest tworzenie...
-
A new division of bacterial UvrA homologues
PublicationThe UvrA protein is a DNA-binding and damage-recognition enzyme which participates in the prokaryotic type nucleotide excision repair (NER) pathway. It has recently been noted that some bacterial genomes comprise additional uvrA genes which encode five distinct types of UvrA homologue. We investigated the sequences of over 2400 bacterial genomes and found 130 examples of bacteria containing uvrA 2 genes. The sequence analyses conducted...
-
Biochemistry - Laboratory exercises - Nowy
e-Learning CoursesExerise 1. The ability to accumulate metal cations by edible mushrooms, comparison with edible plants Exercise 2. Measurement of activity of glutathione S-transferases - the detoxifying enzymes present in the cytosol of eukaryotic cells Exercise 3. Cell membranes permeability Exercise 4. Detection of mutagenic substances using Ames test Exercise 5. Gluten content in food products part 1. Exercise 6. Gluten content in food...
-
Biochemistry - Laboratory exercises
e-Learning CoursesExerise 1. The ability to accumulate metal cations by edible mushrooms, comparison with edible plants Exercise 2. Measurement of activity of glutathione S-transferases - the detoxifying enzymes present in the cytosol of eukaryotic cells Exercise 3. Cell membranes permeability Exercise 4. Detection of mutagenic substances using Ames test Exercise 5. Gluten content in food products part 1. Exercise 6. Gluten content in food...
-
EpiFood Adaptation of electrophoretic methods for the determination of the impact of food components on global DNA methylation.
ProjectsProject realized in Faculty of Chemistry according to UMO-2017/27/N/NZ9/02351 agreement from 2018-10-02
-
Budowa chemiczna i setreostruktura kowalencyjnych adduktów wybranych przeciwnowotworowych pochodnych akrydyny z zasadami DNA
ProjectsProject realized in Faculty of Chemistry according to UMO-2018/28/T/ST5/00165 agreement from 2018-09-14
-
Podpory nurtowe – wybrane zagadnienia teoretyczne
PublicationObliczenia hydrauliczne mostów i transportu rumowiska w rejonie podpór mostowych są przedmiotem wytycznych do projektowania. Metody tam proponowane są oparte na wzorach klasycznej hydrauliki. Przedstawiono inne podejście do obliczeń hydraulicznych, wykorzystujące dwuwymiarowy model przepływu wody. Pokazano numeryczną symulację hydrodynamiki w rejonie podpory mostu na Wiśle koło Kwidzyna. Na jej podstawie oszacowano intensywność...
-
Toxicity assessment of sediments associated with the wreck of s/s Stuttgart in the Gulf of Gdańsk (Poland)
PublicationPrzeprowadzono badania w pobliżu wraku s/s Stuttgart zalegającego przy Polskim wybrzeżu (Zatoka Gdańska) i stanowiącego źródło zanieczyszczenia w formie WWA i PCB. Przeprowadzono oznaczenia śladowych zanieczyszczeń organicznych oraz badania toksykologiczne aby oszacować ryzyko ze strony wraku i jego pozostałości. W wyniku badań można stwierdzić, że tylko siły grawitacyjne i kształt dna morskiego są czynnikami wpływającymi na transport...
-
Kwalifikowanie technologii spawania zgodnie z wytycznymi normy pn-en iso 15614-8 na przykładzie płyt sitowych stosowanych w u-rurowych wymiennikach ciepła
PublicationW artykule przedstawiono charakterystykę normy PN-EN ISO 15614-8:2005 "Specyfikacja i kwalifikowanie technologii spawania metali. Badanie technologii spawania. Część 8: Spawanie rur z płytami sitowymi". Zaprezentowano algorytm postępowania w przypadku stosowania tej normy, podano warunki, które uzasadniają wybór normy PN-EN ISO 15614-8 do zatwierdzania technologii spawania. Przedstawiono przykład złączy spawanych stosowanych w...
-
Implementing Virtual Engineering Objects (VEO) with the Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS)
PublicationThis paper illustrates the idea of Virtual Engineering Object (VEO) powered by Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and Decisional DNA (DDNA). A VEO is the knowledge representation of an engineering object, having embodiment of all its associated knowledge and experience within it. Moreover, VEO is a specialization of Cyber-Physical System (CPS) in terms of that its extension in knowledge gathering and reuse, whereas CPS...
-
A new cold-active β-galactosidase from Arthrobacter sp. S3* - gene cloning, overexpression, purification and properties
PublicationA psychrotrophic bacterium producing a cold-active β-galactosidase was isolated from Spitsbergen soil and classified as Arthrobacter sp. S3*. The gene encoding β-galactosidase was isolated from the genomic DNA library, sequenced, cloned, expressed in Escherichia coli, purified by ion exchange chromatography and characterized. The Arthrobaster sp. S3* β-galactosidase is a homotrimeric enzyme composed of 74,4 kDa subunits. It is...
-
The products of electro- and photochemical oxidation of 2-hydroxyacridinone, the reference compound of antitumor imidazoacridinone derivatives
PublicationBadano reakcje elektrochemicznego utleniania 2-hydroksyakrydonu, związku modelowego aktywnych przeciwnowotworowo pochodnych imidazoakrydonu. Do badań zastosowano metody woltamperometrii cyklicznej, metodę spektroelektrochemiczną oraz elektrolizę przy kontrolowanym potencjale. Badano też reakcje fotochemicznego utleniania. Badania prowadzono w ramach szerszego problemu poznania przemian aktywacji metabolicznej pochodnych hydroksyakrydonu...