Filtry
wszystkich: 329
-
Katalog
- Publikacje 205 wyników po odfiltrowaniu
- Czasopisma 1 wyników po odfiltrowaniu
- Wydawnictwa 2 wyników po odfiltrowaniu
- Osoby 25 wyników po odfiltrowaniu
- Projekty 20 wyników po odfiltrowaniu
- Zespoły Badawcze 3 wyników po odfiltrowaniu
- Kursy Online 56 wyników po odfiltrowaniu
- Wydarzenia 4 wyników po odfiltrowaniu
- Dane Badawcze 13 wyników po odfiltrowaniu
Wyniki wyszukiwania dla: DESKRYPTORY MOLEKULARNE
-
Beata Krawczyk dr hab.
Osobydr hab. Beata Krawczyk, prof. uczelni Stopnie naukowe, wykształcenie, kwalifikacje Beata Krawczyk uzyskała tytuł magistra biologii na Wydziale Biologii (wówczas: Wydział Biologii i Nauk o Ziemi), Uniwersytetu Gdańskiego w 1986 roku, a doktorat z biologii molekularnej na Wydziale Biologii (wówczas: Wydział Biologii, Geografii i Oceanologii) Uniwersytetu Gdańskiego w 1996 roku. Stopień doktora habilitowanego w zakresie nauk biologicznych...
-
Wstęp do elektroniki molekularnej
PublikacjaZastosowanie pojedynczych molekuł lub układów molekularnych do budowy elementów elektronicznych jest poważnym wyzwaniem dla inżynierów i naukowców, w chwili obecnej i w najbliższej przyszłości. celem tego skryptu jest przybliżenie czytelnikowi podstawowych zagadnień dotyczących elektroniki molekularnej, opartej zarówno na układach zbudowanych z wielu molekuł, jak i jednej molekuły. Jest ona przeznaczona dla studentów i pracowników...
-
Symulacje dynamiczno-molekularne ultraprecyzyjnego skrawania metali.
PublikacjaW pracy krótko przedstawiono powstałe w latach 1995-2001 algorytmy MD specjalizowane do symulacji przebiegu skrawania w skali nanometrycznej (ARMD iLRMD). W świetle tych algorytmów zaprezentowano opracowany przez autorów nowy algorytm i program do symulacji nanociencia, nano MD, oraz pokazano wybrane wyniki uzyskane za jego pomocą.
-
Opracowanie deskryptora nawierzchni drogowej do oceny oporu toczenia opon samochodowych
PublikacjaNa początku niniejszej pracy pt. „Opracowanie deskryptora nawierzchni drogowej do oceny oporu toczenia opon samochodowych” przedstawiono zagadnienia dotyczące oporów ruchu pojazdu. Omówiono metody zarówno drogowe, jak i laboratoryjne badań oporu toczenia opon samochodowych. Zaprezentowano przykładowe wartości współczynników oporu toczenia opon na różnych rodzajach nawierzchni. Kolejno omówiono metody pomiaru tekstury nawierzchni....
-
Diagnostyka molekularna w zakażeniach szpitalnych
PublikacjaOpisano najczęściej wykorzystywane techniki genotypowania w badaniach zakażeń szpitalnych z uwzględnieniem ich powtarzalności i potencjału różnicującego oraz problemów technicznych i ponoszonych kosztów. Makrorestrykcyjna analiza genomowego DNA z wykorzystaniem PFGE (ang. Pulsed Field Gel Electrophoresis)jest uważana za ''złoty standard'' w typowaniu molekularnym. Jednak jest ona czasochłonna, pracochłonna i dlatego nie nadaje...
-
Metody molekularne w dochodzeniach epidemiologicznych zakażeń szpitalnych
PublikacjaW dochodzeniu epidemiologicznym wykorzystuje się zmienność genetyczną mikroorganizmów do tzw. typowania genetycznego drobnoustrojów. W pracy omówiono metody genotypowe wykorzystujące podstawowe narzędzia molekularne, ukazano możliwości wykorzystania typowania drobnoustrojów w różnych aspektach badań mikrobiologicznych.
-
Modelowanie molekularne w projektowaniu nowych chemoterapeutyków przeciwgrzybowych
PublikacjaGwałtowny wzrost inwazyjnych zakażeń typu grzybowego jest jednym z największych problemów współczesnej medycyny, a mimo to na rynku leków przeciwgrzybicznych dostępnych jest zaledwie kilka chemoterapeutyków. Dzieje się tak, gdyż duże podobieństwo komórek ludzkich i grzybowych jak dotąd uniemożliwiało opracowanie w pełni skutecznych a zarazem nietoksycznych dla człowieka leków. Obecnie prowadzone badania najczęściej skupiają się...
-
Uspehi Molekularnoj Onkologii
Czasopisma -
Identyfikacja sekwencji markerowych w mikologicznej diagnostyce molekularnej
PublikacjaProcedury diagnostyki mikologicznej coraz częściej wykorzystują metody molekularne, oparte na analizie kwasów nukleinowych. Pozwala to na skrócenie czasu analizy oraz polepszenie wielu innych, istotnych dla procesu diagnostycznego parametrów takich jak: czułość, powtarzalność, specyficzność oraz potencjał różnicujący. Istotnym etapem przy projektowaniu układów do diagnostyki molekularnej grzybów jest wybór celu molekularnego. Powszechnie...
-
Techniki biologii molekularnej w analityce produktów mięsnych
PublikacjaW pracy przedstawiono możliwości wykorzystania reakcji PCR (Polymerase Chain Reaction) do identyfikacji patogennych drobnoustrojów a także do badania składu surowcowego w mięsnych produktach żywnościowych.
-
Techniki biologii molekularnej w badaniach epidemiologicznych zakażeń szpitalnych
PublikacjaPrzedstawiono przegląd i porównanie kilku najczęściej stosowanych technik genotypowania mikroorganizmów, uwzględniając molekularne podstawy metod, ich powtarzalność, siłę różnicowania, łatwość i koszt użycia. Pozwoli to zapoznać się z możliwościami klinicznego zastosowania obecnie dostępnych narzędzi molekularnego różnicowania mikroorganizmów.
-
Molekularny mechanizm biogenezy fimbrii Dr uropatogennych szczepów Escherichia coli.
Publikacja.
-
Struktury fotowoltaiczne z planarnym heterozłączem półprzewodnik II-VI / półprzewodnik molekularny
PublikacjaArtykuł przedstawia wybrane wyniki badań własnych nad układami hybrydowymi zbudowanymi na bazie złącza półprzewodnik nieorganiczny II-VI/półprzewodnik organiczny. Na podstawie analizy położenia pasm energetycznych warstw wchodzących w skład wytworzonych ogniw oraz charakterystyk spektralnych prądu zwarcia tych urządzeń określone zostały procesy prowadzące do fotogeneracji nośników ładunku w badanych układach. W ogniwach zbudowanych...
-
Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół różnych konformacji poliseryny - analiza wyników dynamiki molekularnej
PublikacjaRozpuszczalnik w istotny sposób wpływa na preferencje peptydu do przyjmowania określonej struktury drugorzędowej. Przykładem tego może być fakt, iż w przypadku polialaniny stabilność konformacji helikalnej w wodzie jest niższa aniżeli w próżni, podczas gdy w przypadku poliseryny mamy do czynienia ze zjawiskiem odwrotnym. W celu lepszego zrozumienia tego zjawiska badano właściwości otoczek hydratacyjnych dookoła czterech konformacji...
-
Metoda głównych składowych w analizie wyników otrzymanych za pomocą dynamiki molekularnej
PublikacjaMetoda głównych składowych (ang. principal component analysis, PCA) jest jednym z najpopularniejszych statystycznych narzędzi do wielowymiarowej analizy dużego zestawu danych. Pozwala ona na przekształcenie danego zbioru wzajemnie skorelowanych cech (zmiennych) w nowy układ cech wzajemnie nieskorelowanych (tzw. głównych składowych), który jest porównywalny z układem pierwotnym - zastosowanie PCA upraszcza więc w znaczny sposób...
-
Autofagia: mechanizm molekularny, apoptoza i nowotwory = Autophagy: molecular mechanism, apoptosis and cancer
PublikacjaW pracy omówiono molekularny mechanizm autofagii oraz najważniejsze szlaki sygnałowe uczestniczące w regulacji przebiegu tego procesu w komórkach nowotworowych. Omówiona została również dwojaka rola autofagii w procesie nowotworzenia oraz skutki zarówno indukcji, jak i inhibicji autofagii w terapii przeciwnowotworowej
-
Wpływ osmolitów na stabilność białek w oparciu o metodę dynamiki molekularnej
PublikacjaCelem niniejszej pracy było zbadanie molekularnego mechanizmu wpływu biologicznie znaczących związków, tzw. osmolitów na stabilność białek. Aby zweryfikować istniejące hipotezy i dostarczyć spójnego obrazu działania osmolitów na poziomie molekularnym, wykorzystano metodę dynamiki molekularnej do zasymulowania mechanicznej denaturacji modelowych białek – lizozymu i ubikwityny. W tym podejściu odtworzony został efekt stabilizujący...
-
Konstrukcja nowych układów do diagnostyki molekularnej zakażeń o etiologii Candida spp.
PublikacjaDrożdżaki z rodzaju Candida należą do jednych z najczęściej izolowanych czynników etiologicznych zakażeń krwi. Szybka i bezbłędna identyfikacja gatunkowa pozwala na wdrożenie odpowiedniego leczenia i zwiększa szansę na powodzenie terapii. Celem badań była konstrukcja nowych układów wykorzystujących narzędzia diagnostyki molekularnej do specyficznej identyfikacji gatunkowej i rodzajowej drożdżaków Candida. Poszukiwano również nowych...
-
Komplementarne metody optyczne do badania struktury molekularnej nowoczesnych materiałów dla optoelektroniki.
PublikacjaZastosowano komplementarne metody optyczne: spektroskopię ramanowską oraz spektroskopię w podczerwieni do badania reakcji zachodzących w czasie wytwarzania polimerów hybrydowych. Umożliwiło to uszczegółowienie opisu reakcji hydrolizy monomerów w trakcie żelowania.
-
Molecular structures of two E-azobenzocrown ethers
PublikacjaRentgenowska analiza strukturalna monokryształów posłużyła do scharakteryzowania struktury izomerów E dwóch azobenzokoron: 13- i 16-członowej. Oba związki krystalizują w układzie jednoskośnym. W komórce elementarnej, w każdym przypadku znajdują się dwie niezależne cząsteczki, różniące się konformacją, szczególnie łańcucha eterowego. Porównując konformacje ''wolnych'' makrocykli z konformacjami ich kompleksów z jonami metali wskazano,...
-
Dehydrogenaza sacharopiny (NADP+, tworząca L-glutaminian) z Candida albicans jako cel molekularny
Publikacja......
-
alfa-Aminotransferaza kwasu L-alfa-aminoadypinowego z Candida albicans jako cel molekularny
Publikacja...
-
Wyszukiwanie obrazów medycznych na podstawie ich treści.
PublikacjaPrzedstawiono nowe metody opisu i wyszukiwania obrazów na podstawie ich treści. Zaproponowano schemat ekstrakcji regionów oraz generacji ich opisów z zastosowaniem kodów długości serii. W opracowanym systemie zaprojektowano i zaimplementowano możliwość definiowania zapytań do baz danych uwzględniając: właściwości i parametry regionu (deskryptory intensywności, deskryptory tekstury, deskryptory kształtu) oraz relacji przestrzennych...
-
Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół β-warstw o zróżnicowanym składzie aminokwasowym - analiza wyników dynamiki molekularnej
Publikacjaβ-warstwa to jedna z najczęściej spotykanych struktur drugorzędowych w białkach. Jak dotąd mechanizmy rządzące ustrukturyzowaniem wody w warstwie solwatacyjnej wokół tej struktury są słabo poznane [1]. W celu lepszego zrozumienia zjawiska hydratacji wokół struktur o konformacji β-warstwy przeprowadzono analizę wyników pochodzących z symulacji metodą dynamiki molekularnej β-warstw składających się z 8 równoległych nici o różnym...
-
Występowanie oraz charakterystyka molekularna oporności na azole wśród klinicznych i środowiskowych izolatów Aspergillus fumigatus
PublikacjaCelem badań prowadzonych w ramach niniejszej pracy doktorskiej było sprawdzenie występowania oporności na azole grzybów A. fumigatus pochodzących z Polski oraz jej molekularna charakterystyka. W toku badań utworzono kolekcję 200 izolatów A. fumigatus pochodzących z różnych miejsc Polski. W skład kolekcji wchodziły izolaty kliniczne, środowiskowe i weterynaryjne. Przynależność gatunkową badanych grzybów potwierdzono metodami diagnostyki...
-
Termodynamika oddziaływań i przejść strukturalnych DNA w układach wodnych na podstawie symulacji metodą dynamiki molekularnej
PublikacjaKwas deoksyrybonukleinowy jest jednym z najistotniejszych elementów każdej żywej komórki ze względu na rolę głównego nośnika informacji genetycznej. Posiada on instrukcje potrzebne do wzrostu, budowy, funkcjonowania oraz namnażania się wielu żywych organizmów, w tym także wirusów. Okazuje się, że w zależności od warunków środowiskowych, DNA może przyjmować wiele różnych struktur drugorzędowych, z których większość stanowi formy...
-
Molekularne aspekty aktywności biologicznej amfoterycyny B i jej pochodnych o podwyższonej selektywności - badania z zastosowaniem metod chemii obliczeniowej
Publikacja -
Molecular typing of clinical isolates of Escherichia coli by a new PCR MP method
PublikacjaTypowanie epidemiologiczne bakterii jest rutynową procedurą stosowaną w badaniach zakażeń szpitalnych i wymaga stosowania odpowiednich metod o wysokim potencjale różnicującym. Przedstawiliśmy możliwości nowej techniki PCR MP w różnicowaniu szczepów E. coli. Rezultaty zostały porównane z wynikami uzyskanymi metodą PFGE.
-
Molecular typing of clinical isolates of Escherichia coli by a new PCR MP method
PublikacjaTypowanie epidemiologiczne bakterii jest rutynową procedurą stosowaną w badaniach zakażeń szpitalnych i wymaga stosowania odpowiednich metod o wysokim potencjale różnicującym. Przedstawiliśmy możliwości nowej techniki PCR MP w różnicowaniu szczepów E. coli. Rezultaty zostały porównane z wynikami uzyskanymi metodą PFGE.
-
Rozdział 6. Epidemiologia molekularna - nowe metody typowania diagnostycznego mikroorganizmów = Molecular epidemiology new methods for diagnostic typing of microorganismus
PublikacjaMolekularne metody diagnostyczne oparte o analizę kwasów nukleinowych dają nowe możliwości laboratoriom w szybkim wykrywaniu i różnicowaniu mikroorganizmów patogennych. W pracy przedstawiono panujące tendencje w zastosowaniach metod typowania genetycznego znaczących klinicznie mikroorganizmów w Europie, a także omówiono niektóre techniki stosowane w laboratoriach mikrobiologicznych, z uwzględnieniem ich zdolności aplikacyjnych,...
-
Dynamika molekularna oddziaływań przeciwgrzybowych heptaenów aromatycznych i ich izomerów all-trans ze sterolami w błonach lipidowych
PublikacjaAromatyczne heptaeny (AH) należą do grupy makrolidów polienowych o działaniu przeciwgrzybowym. Antybiotyki z tej grupy były pierwszymi, które zostały wykorzystane w terapii układowych infekcji grzybiczych. Amfoterycyna B (AmB) oraz nystatyna, czyli niearomatyczni przedstawiciele makrolidów heptaenowych, mają istotne znaczenie kliniczne w leczeniu, odpowiednio, grzybic wewnętrznych i zewnętrznych. Molekularne podstawy mechanizmu...
-
Tadeusz Połoński prof. dr hab. inż.
Osoby -
Gracjana Klein-Raina dr hab.
Osoby -
Badanie, metodami dynamiki molekularnej, hydratacji domeny katalitycznej cząsteczki kinezyny oraz wpływu efektów hydratacyjnych na jej funkcjonalność motoryczną
PublikacjaCelem pracy było zbadanie właściwości wody solwatacyjnej wokół domeny motorycznej kinezyny oraz pomiędzy kinezyną a dimerem tubulinowym. Ponadto, analizowany był wpływ rozpuszczalnika na siłę generowaną przez szyjkę łącznikową kinezyny. Dane otrzymane zostały z użyciem symulacji komputerowych. Odkryto liniową korelację pomiędzy współczynnikami dyfuzji wody solwatacyjnej i ruchliwością sąsiadujących atomów białka. Wpływ wody na...
-
ADSRRS-fingerprinting - nowoczesne narzędzie biologii molekularnej w badaniach epidemiologicznych - optymalizacja i walidacja metody badawczej oraz konstrukcja zestawu diagnostycznego
Publikacja.
-
FT-IR studies of molecular interactions in formamide-methanol mixtures
PublikacjaTechniką ATR zmierzono widma FT-IR roztworów metanolu(MeOH) i formamidu(FA) w całym zakresie ich składu. Przeprowadzono analizę faktorową widm, która wykazała obecność dwóch kompleksów molekularnych matanolu z formamidem. Na podstawie profilów stężeniowych indywiduów absorbujących wyznaczono średni skład kompleksów w zależności od składu mieszaniny. Przeprowadzono również analizę pasma CO formamidu metodą widm różnicowych. Wyniki...
-
Interactions of amphotericin B derivatives with lipid membranes - a molecular dynamics study
PublikacjaW pracy analizowano oddziaływanie dwóch nisko-toksycznych pochodnych amfoterycyny B (związki SAmE i PAmE) z modelami błon lipidowych. Badania wykonane zostały za pomocą dynamiki molekularnej. Modele błon oprócz fosfolipidów DMPC zawierały odpowiednio cholesterol (model błony zwierzęcej) lub ertosterol (model błony grzybowej). Analiza wyników wykazała, że obie pochodne amfoterycyny B zachowują się inaczej w błonie cholesterolowej...
-
Degradation of a nano-cutting tool: an MD simulation
PublikacjaW pracy przedstawiono wyniki symulacji wielokrotnego oddziaływania realistycznie ukształtowanego ostrza tnącego z modelowym, nieskończenie twardym ziarnem, przy zastosowaniu metody dynamiki molekularnej. Ostrze składało się z kilkuset tysięcy atomów metalu fcc, traktowanego za pomocą potencjału Suttona-Chena, przesuwane było ze stałą prędkością 20 m/s. Obserwowane deformacje plastyczne pojawiające się na skutek kontaktu ostrza...
-
Progress in development of molecularly imprinted polymers as sorbents for sample preparation
PublikacjaSample preparation has been one of the most often investigated steps in analytical procedures.These investigations are focused on problems such as isolation of analytes from the sample matrix, matrix implification, analyte enrichment to the level above the detection limit of the instrumentation used, and the removal of interfering species to improve the final determination. Techniques based on solid (adsorption) and pseudo liquid...
-
Conformation Properties, Chiroptical Spectra, and Molecular Self-Assembly of 2,3-Piperazinodiones and Their Dithiono Analogues
PublikacjaRodzina chiralnych cyklicznych oksamidów została otrzymana przez kondensację optycznie czynnych 1,2-diamin ze szczawianem dietylu. Tionowanie produktów odczynnikiem Lawessona doprowadziło do chiralnych 2,3-dipiperazynodionów. Geometrie cząsteczkowe badano z użyciem obliczeń kwantowo-mechanicznych DFT i porównano z wynikami analizy krystalograficznej. Sześcioczłonowy pierścień heterocykliczny przyjmuje konformację półkrzesłową,...
-
Genetyczne metody różnicowania mikroorganizmów
PublikacjaPrzedstawiono przegląd i porównanie kilku najczęściej stosowanych technik różnicowania genetycznego mikroorganizmów, uwzględniając molekularne podstawy metod, ich powtarzalność, siłę dyskryminacji, łatwość i koszt użycia, aby dać czytelnikowi pogląd na możliwości klinicznego zastosowania dostępnych aktualnie narzędzi molekularnego różnicowania mikroorganizmów.
-
Determination of LFER descriptors of 30 cations of ionic lquids - progress in understanding their molercular interaction potentials
PublikacjaW celu zrozumienia interakcji molekularnych trzydziestu kationów cieczy jonowych, zastosowano powszechnie znaną koncepcję liniowej zależności energii swobodnej (LFER). Deskryptory LFER dla nadmiarowej refrakcji molowej i objętości molowej, zostały obliczone in silico, natomiast kwasowość i zasadowość wiązań wodorowych, i polaryzowalność/dipoloarność kationów cieczy jonowych zostały oznaczone eksperymentalnie za pomocą wysokosprawnej...
-
Molecular interaction sensors: a new detector platform for separation methods
PublikacjaPotencjometria jest nową metodą detekcji dla chromatografii cieczowej (LC)i elektroforezy kapilarnej (CE). Zastosowanie potencjometrii dla chromatograficznych technik wynika z faktu, że sygnał z detektora jest zależny od stanu rozdzielenia analitów nad pokryciem sensora i od rodzaju eluentu. Rozdzielenie analitu powoduje zmiany potencjału, a zmiany te można zaklasyfikować jako potencjometryczne. Do opisu ilościowego potrzebny jest...
-
Bimolecular excited species in optical emission from organic electroluminescent devices
PublikacjaW pracy dokonano przeglądu dwu-molekularnych stanów wzbudzonych emitujących światło (ekscymery, ekscypleksy, elektromery, elektropleksy) w organicznych diodach EL
-
Molecular characterization of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains from Poland by use of multiple genetic markers
PublikacjaW pracy przedstawiono wyniki genotypowania wielolekoopornych szczepów Mycobacterium tuberculosis, izolowanych od pacjentów z Polski.
-
Combining tight-binding and molecular dynamics methods to model the behaviour of metals in the plastic regime
PublikacjaOpisujemy zastosowanie metody dwuskalowej (kwantowo-klasycznej) w zastosowaniu do metali. Region energetycznie najważniejszy jest traktowany kwantowo, podczas gdy reszta układu jest traktowana klasycznie. Wprowadzamy własną implementację metody oraz przedstawiamy uzyskane wyniki dla metali.
-
Molecular characterization of a cryptic plasmid from the psychrotrophic antarctic bacterium Pseudoalteromonas sp. 643A
PublikacjaW ostatnich latach znacznie wzrosło zainteresowanie organizmami zimnolubnymi, głównie z powodu ich enzymów o biotechnologicznym znaczeniu. Jednak, aby wydajnie produkować takie enzymy w skali przemysłowej użyteczne jest stworzenie rekombinantowych systemów ekspresyjnych, które pozwolą na ich opłacalną produkcję. W osiągnięciu tego celu mogą pomóc odpowiednie wektory, konstruowane na bazie plazmidów pozyskiwanych z bakterii psychrofilnych/psychrotrofowych....
-
Early stage of critical clusters growth in phenomenological and Molecular Dynamic simulation models
PublikacjaW artykule opisano wzrost klastrów krytycznych w ramach klasycznego podejścia fenomenologicznego oraz dynamiczno-molekularnego (MD). Została wyprowadzona nowa formuła opisujaca liczbę klastrów krytycznych. Sformułowano równania opisujace wczesne etapy wzrostu kropli o rozmiarach krytycznych. Opisano wyniki symulacji dynamiczno-molekularnych powstawania klastrów w jednorodnej parze przesyconej oraz podano czasowe zmiany rozkładu...
-
Bacterial SSB-like proteins of family Deinococcaceae - indentification, isolation, obtaining, purification and molecular characteristic
PublikacjaWiększość poznanych białek SSB jest aktywna w formie homotetramerycznej. Od 2002 roku znane są białka organizmów ekstremofilnych. Scharakteryzowano białka mikroorganizmów rodziny Deinococaceae. Uzyskane termostabilne białka stanowią atrakcyjną alternatywę w stosunku do znanych białek SSB w metodach diagnostyki molekularnej, technikach biologii molekularnej i analityce.
-
Vom siliciumdisulfid zu einem neuen Gebiet chemischer Verbindungen - Chemie der Orthothiokieselsäure-Derivate und ihre Molekülstrukturen
PublikacjaOtrzymany przez syntezę żelazo-krzemu z siarką techniczny dwusiarczek krzemu wykazuje wysoką reaktywność i w reakcjach z alkoholami daje produkty zawierające wiązanie Si-S. Otrzymane trialkoksysilanotiole (RO)3SiSH są stosunkowo kwaśnymi i trwałymi związkami. Sole silanotioli metali grup głównych oraz metali przejściowych mają różne struktury molekularne, np.: monomeryczne, dimeryczne czy tetrameryczne.
-
Obtaining ionic forces by the total-energy tight-binding method
PublikacjaZastosowanie metody ciasnego wiązania w sformułowaniu nieortogonalnym do obliczania sił atomowych w symulacji metodą dynamiki molekularnej pozwala na stworzenie modelu charakteryzującego się lepszą przenośnością, w porównaniu z potencjałami empirycznymi, którymi posługuje się tradycyjna dynamika molekularna. W niniejszej pracy przedstawiono szczegółowo sposób obliczenia pochodnych elementów macierzy Hamiltona i macierzy nakładania...
-
Brittle fracture of 100-, 110-, 111-oriented Cu crystals: MD vs. TB/MD approach
PublikacjaPrzeprowadzono wieloskalowe symulacje nanoindentacji miedzi nieskończenie twardym narzędziem, przy zastosowaniu metody dynamiki molekularnej, z siłami liczonymi na bieżąco w formalizmie ciasnego wiązania (TB). Przedstawiono wyniki dla trzech orientacji krystalicznych podłoża. Badano efekt dołączenia obliczeń TB na siłę normalną odczuwaną przez narzędzie i na przemieszczenia atomów podłoża, przez porównywanie z symulacją czystą...
-
Molecular picture of hydroxide anion hydration in aqueoussolutions studied by FT-IR ATR spectroscopy
PublikacjaHydratacja anionu hydroksylowego w wodnych roztworach wodorotlenków metali alkalicznych (LiOH, NaOH, KOH) została zbadana metodą spektroskopii oscylacyjnej FT-IR całkowitego wewnętrznego odbicia (ATR). Widma oscylacyjne wody dostarczają cennych informacji na temat stanu strukturalnego cząsteczek wody w sferach hydratacyjnych, wynikających ze sprzężeń oscylatorów w układzie. Wykazano, że drganie normalne rozciągające cząsteczki...
-
Molecular heteroconjugation equilibria in (n-butylamine + acetic acid) systems in binary (dimethyl sulfoxide + 1,4-dioxane) solvent mixtures
PublikacjaWyznaczono stałe kwasowe Ka(HA), Ka(BH+) oraz stałe równowagi KAHA-, KBHE+ i KAHB, w układach (n-butyloamina + kwas octowy) bez przeniesienia protonu w binarnych mieszaninach rozpuszczalników (DMSO + 1,4-dioksan). Wartości stałych wyznaczono z wykorzystaniem metody miareczkowania potencjometrycznego przy stałej sile jonowej. Stwierdzono, iż stałe heterokoniugacji molekularnej w badanych mieszaninach rozpuszczalników są liniowo...
-
Thermodynamic and electrostatic properties of ternary Oxytricha nova TEBP-DNA complex
PublikacjaZa pomocą metod chemi obliczeniowej badano właściwości molekularne kompleksu telomerowego białka TEBP z Oxytricha nova w kompleksie trójskkładnikowym z DNA o sekwencji telomerowej. Wyliczone wartości energii kompleksowania wskazują specyficznie na jedną z dróg tworzenia kompleksu, gdzie wpierw podjednostka alfa łaczy się z DNA a następnie podjednostka beta dołącza się do takiego dwuskładnikowego kompleksu. Policzone rozkłady molekularnego...
-
Zakażenia bakteryjne w przewlekłym zapaleniu ucha środkowego - ocena przydatności diagnostyki molekularnej opartej o technikę PCR. Bacterial infection in chronic otitis media - assessment of usefulness of molecular diagnostic based in PCR method.
PublikacjaIdentyfikacja zakażeń w przewlekłym zapaleniu ucha środkowego jest trudna, o czym świadczą wysokie odsetki ujemnych wyników badań bakteriologicznych. Przyczyną tego jest trudność w uzyskiwaniu wiarygodnego materiału do badań oraz stosunkowo niska czułość klasycznych metod diagnostycznych. Amplifikacja bakteryjnego DNA techniką PCR jest badaniem, które może przyczynić się do zwiększenia efektywności i czułości badań bakteriologicznych....
-
Możliwości wykorzystania w praktyce analitycznej sorbentów polimerowych z odciskiem molekularnym do wyodrębniania i/lub wzbogacania analitów z grupy trwałych zanieczyszczeń organicznych z próbek środowiskowych
PublikacjaPrzedstawiono przegląd informacji, które się pojawiły w ciągu ostatniego okresu czasu dotyczących wykorzystania w codziennej praktyce analitycznej różnego typu rozwiązań metodycznych wykorzystujących na etapie izolacji i/lub wzbogacania analitów z grupy trwałych zanieczyszczeń organicznych (TZO) sorbentów polimerowych z odciskiem molekularnym (MIP). Tego typu sorbenty znalazły szerokie zastosowanie przede wszystkim jako alternatywne...
-
Glucosamine-6-phosphate synthase,a novel target for antifungalagents.Molecular modelling studies in drug design
PublikacjaPraca dotyczy modelowania zarówno samych inhibitorów syntazy glukozamino-6-fosforanu jak i ich oddziaływania z obydwiema domenami tego enzymu. Enzym syntaza glukozamino-6-fosforanu został zaproponowany jako nowy cel molekularny w chemoterapii infekcji grzybowych. Zaprojektowano i zsyntezowano szereg inhibitorów tego enzymu - potencjalnych nowych leków przeciwgrzybowych. Dzięki modelowaniu molekularnemu udało się wyjaśnić mechanizm...
-
Interaction of amphotericin B and its selected derivatives with membranes: molecular modeling studies
PublikacjaJest to praca przeglądowa obejmująca krytyczną analizę danych dotyczących oddziaływania amfoterycyny B (AmB) i jej wybranych, mniej toksycznych pochodnych, z błonami lipidowymi. Amfoterycyna B jest antybiotykiem przeciwgrzybowym ale ze względu na jej toksyczność trwają prace nad modyfikacjami chemicznymi tego związku. Celem molekularnym dla tego antybiotyku jest błona lipidowa i dlatego różnicowe powinowactwo AmB i jej pochodnych...
-
Jarosław Chojnacki prof. dr hab. inż.
OsobyUrodzony w 1961 w Bydgoszczy, absolwent Technikum Chemicznego im. I. Łukasiewicza w Bydgoszczy. Studia chemiczne ukończył na Wydziale Chemicznym Politechniki Gdańskiej w 1986 roku, broniąc pracy dotyczącej elektrod jonoselektywnych. Późniejsze badania związane były z syntezą organiczną i krzemoorganiczną a od 2002 roku z krystalografią. Praca doktorska dotyczyła silanotiolanów miedziowców, a dysertacja habilitacyjna (2010) opisywała...
-
Histogram of Gradients with Cell Average Intensity for Human Detection
PublikacjaThe modification of the descriptor in human detector using Histogram of Oriented Gradients and support vector machine is presented. The proposed modification requires inserting the average cell intensitiesresulting with the increase of the length of the descriptor from 3780 to 4200 values, but it is easy to compute and instantly gives 14-26% of miss rate improvement at 10^-4 False Positives Per Window (FPPW). The modification...
-
Józef Kur prof. dr hab.
Osoby -
Modelowanie właściwości elektrycznych mięśnia sercowego w warunkach niedokrwienia
PublikacjaW rozprawie przedstawiono możliwość rozszerzenia pomiarów bioimpedancyjnych o pomiary istotnych diagnostycznie efektów nieliniowych, wyniki pomiarów elektrycznych efektów nieliniowych na sercu świni, spójne z rozważaniami modelowymi, prawdopodobny biofizyczny/molekularny mechanizm odpowiedzialny za obserwowane efekty nieliniowe, symulacje komputerowe i badania modelowe wyjaśniające pochodzenie efektów nieliniowych, efekty nieliniowe...
-
Skuteczność klasyfikacji gatunków muzycznych za pomocą sieci neuronowej w zależności od typu danych wejściowych
PublikacjaRozpoznawanie gatunku muzycznego jest jednym z podstawowych elementów inteligentnych systemów tworzenia automatycznych list muzyki. Platformy strumieniowe oferujące taką usługę wymagają rozwiązań, które umożliwią jak najdokładniej określić przynależność utworu do gatunku muzycznego. Zgodnie z aktualnym stanem wiedzy – najskuteczniejszym klasyfikatorem są sztuczne sieci neuronowe (w tym w wersji uczenia głębokiego), dla których...
-
Aplikacja wspomagająca przetwarzanie sekwencji dna: moduł dopasowań
PublikacjaBiologia molekularna jest obecnie bardzo dynamicznie rozwijającą się dziedziną nauki. Wzrost mocy obliczeniowej komputerów pozwala na coraz szybszą i dokładniejszą analizę wielocząsteczkowych biologicznych polimerów. Poniższy artykuł przedstawia jeden z modułów programu AlignGator - modułowego systemu przeznaczonego do analizy DNA. Omawiany moduł pozwala na tworzenie, oraz edycję wielodopasowań. W początkowej części artykułu opisane...
-
Image content description methods for a retrieval system.
PublikacjaArtykuł przedstawia metody opisu treści obrazu dla potrzeb systemu wyszukiwania. Omówiono deskryptory opisu treści obrazu oraz ich realizację w Systemie Wyszukiwania Obrazów.
-
Wyszukiwanie i eksploracja obrazów medycznych na podstawie ich treści
PublikacjaPrzedstawiono metody wyszukiwania obrazów medycznych na podstawie podobień- stwa treści. Zaprezentowano architekturę systemu wyszukiwania oraz metodykę wyszukiwania: algebrę obrazów, cechy i deskryptory oraz metody analizy po- dobieństwa.
-
From DNA damage to G2 arrest: the many roles of topoisomerase II. W: Prog-ress in Cell Cycle Research. Ed. Meijer L., Jezequel A., Roberge M. London: Plenum Publ. Comp. Ltd**2003 vol. 5 chapt. 30 s. 295-300 Od uszkodzeń DNA do bloku w G2: wiele ról dla topoizomerazy II.
PublikacjaInhibitory DNA topoizomerazy II sa jednymi z najbardziej szeroko stosowanymi lekami przeciwnowotworowymi. Związki te indukuja pekniecia nici DNA i bloku progresji cyklu komorkowego w fazie G2. Jednak topoizomeraza II jest nie tylko celem molekularnym dla lekow przeciwnowtworowych ale enzym ten pelniwazna role w odpowiedzi komorkowej na dzialanie wielu lekow uszkadzajacych DNA. Topoizomeraza tworzy kompleksy molekularne z bialkami...
-
Molekularne mechanizmy selektywności działania antybiotyku przeciwgrzybowe- go: estru metylowego N-metylo-N-D-fruktozylo amfoterycyny B.**2002, 108 s. 23 rys. 15 tab. bibliogr. 83 poz. maszyn. Rozprawa doktorska /17.04.2002/. P. Gdań., Wydz. Chemiczny. Promotor: prof. dr inż. E. Borowski.
Publikacja.
-
Anna Brillowska-Dąbrowska dr hab. inż.
OsobyAnna Brillowska-Dąbrowska, urodzona w 1971 r. w Gdańsku, ukończyła w 1996 r. studia magisterskie na kierunku Biotechnologia, na Wydziale Chemicznym PG. Stopień doktora uzyskała po ukończeniu Studium Doktoranckiego przy Wydziale Chemicznym PG w 2001 r. W 2013 r. uzyskała stopień doktora habilitowanego. W 2004 r. została zatrudniona na stanowisku naukowiec w Statens Serum Institut w Danii w Jednostce Mikologii i Parazytologii. W...
-
Wow defect reduction based on interpolation techniques
PublikacjaW artykule przedstawiono wyniki badania różnych technik interpolacji wykorzystanych w redukcji kołysania dźwięku. W badaniach użyto: interpolację liniową, techniki interpolacji wielomianowej, i interpolację funkcją sink. Jakość rekonstrukcji zbadano wykorzystując sztucznie spreparowany sygnał foniczny, zrekonstruowany wymienionymi metodami interpolacji. Jakość rekonstrukcji oceniono wykorzystując standardowe deskryptory jakości...
-
Metody opisu treści obrazów dla potrzeb systemów wyszukiwania.
PublikacjaPrzedstawiono metody opisu i wyszukiwania obrazów na podstawie ich treści. Zaproponowano schemat ekstrakcji regionów oraz generacji ich opisów z zastosowaniem kodów długości serii. W opracowanym systemie zaprojektowano i zaimplementowano możliwość definiowania zapytań do baz danych uwzględniając:właściwości i parametry regionu (deskryptory intensywności, tekstury, i kształtu) oraz relacji przestrzennych pomiędzy regionami.
-
Wow defect reduction based on interpolation techniques
PublikacjaW referacie przedstawiono wyniki badania różnych technik interpolacji wykorzystanych w redukcji kołysania dźwięku. W badaniach użyto: interpolację liniową, dwie techniki interpolacji wielomianowej (Hermite i spline), i technikę sumowania okienkowanych funkcji sink. Jakość rekonstrukcji wykonano wykorzystując sztucznie spreparowany sygnał audio, rekonstruowany wymienionymi metodami interpolacji. Jakość rekonstrukcji oceniono wykorzystując...
-
Immunologia molekularna 2022/2023
Kursy OnlineCelem kursu jest przekazanie podstawowej wiedzy w zakresie immunologii molekularnej, omówienie molekularnych podstaw procesów odpornościowych. Kierunek: Biotechnologia, II stopień Specjalność: Biotechnologia molekularna
-
Immunologia molekularna 2023/2024
Kursy OnlineCelem kursu jest przekazanie podstawowej wiedzy w zakresie immunologii molekularnej, omówienie molekularnych podstaw procesów odpornościowych. Kierunek: Biotechnologia, II stopień Specjalność: Biotechnologia molekularna
-
Agnieszka Witkowska dr hab. inż.
Osoby -
Instytut Fizyki Molekularnej Polskiej Akademii Nauk
Wydawnictwa -
Identification and characterization of single-stranded-DNA-binding proteins from Thermus thermophilus and Thermus aquaticus - new arrangement of binding domains
PublikacjaOkreślono molekularne właściwości białek SSB-podobnych z Thermus thermophi-lus i T. aquaticus. Zbadano aktywność białek oraz termostabilność. Ponadto, dowiedziono homodimeryczność obu białek i ustalono minimalną sekwencję wiążącą ssDNA.
-
Evaluation and cellular responses of modulators of TRF1/TRF2 protein’s function as potential anticancer drugs interfering with telomeric shelterin’s function
PublikacjaA number of proteins that interact with telomeres have been identified in human cells, indicating the high plasticity of human nucleoprotein complex organization. The most important complex is the "shelterin" complex, which consists of six proteins: TRF1, TRF2, TIN2, POT1, TPP1. The TRF1 and TRF2 directly bind to telomeric double-stranded DNA and the TIN2 protein. The TIN2 protein also binds to the TPP1 protein, stabilizing the...
-
Gel glass transition in silica and nitrided silica aerogels experiment and computer modelling.
PublikacjaPrzedstawiono dane eksperymentalne i symulacje komputerowe metodą dynamiki molekularnej procesu densyfikacji do szkła aerożeli krzemianowych i azotowanych aerożeli krzemianowych.
-
Reactivity induced at 25 K by low-energy electron irradiation of condensed NH3-CH3COOD (1:1) mixture
PublikacjaW wyniku bombardowania niskoenergetycznymi elektronami skondensowanej mieszaniny kwasu octowego (CH3COOD) i amoniaku (NH3) następuje synteza najprostszego aminokwasu - glicyny - bez potrzeby dodatkowej aktywacji termicznej. Filmy molekularne przed i po bombardowaniu elektronami były badane techniką HREELS.
-
Fast description of medical images using run length encoded regions.
PublikacjaZaprezentowano szybką, adaptacyjną metodę progowania oraz opisu obrazów medycznych w oparciu o ich reprezentację za pomocą kodów długości serii (RLC). Przedstawiono możliwości wyznaczania deskryptorów kształtu oraz analizy porównawczej regionów. Omówiono właściwości metody oraz przykładowe rezultaty.
-
Solvation of N-methylformamide by ethanol: a comparison of molecular dynamics calculations with the experimental data
PublikacjaWykonano obliczenia metodami dynamiki molekularnej dla tytułowego układu. Rezultaty porównano z uzyskanymi wcześniej wynikami pomiarów termodynamicznych oraz wnioskami z nich wyciągniętymi.
-
Hydratacja domeny katalitycznej kinezyny
PublikacjaKinezyna należy do białek zwanych motorami molekularnymi, które są zdolne do wykonywania pracy mechanicznej. Konwencjonalna kinezyna wyposażona jest w dwie domeny motoryczne. Potrafi ona poruszać się w uporządkowany sposób przemieszczając się po szlakach wyznaczanych przez tzw. mikrotubule, które tworzone są przez białko tubulinę. Jej rola polega m.in. na transporcie białek i organelli komórkowych. Naturalnym środowiskiem działania...
-
Jedno- i wielordzeniowe heteroleptyczne silanotiolany Co(II) i Ni(II) - badania strukturalne, spektroskopowe i magnetyczne
PublikacjaDoniesienia literaturowe wskazują na możliwość zastosowania związków kompleksowych Co(II) i Ni(II) jako jednocząsteczkowe magnesy molekularne (SMM). Wysiłki naukowców skupiają się na poznaniu zależności pomiędzy strukturą molekularną związków, a ich właściwościami magnetycznymi. Znane są przykłady związków typu SMM opartych na jonach Co(II) i Ni(II), w których metal koordynowany jest przez miękkie S-donorowe ligandy tiolanowe,...
-
Fizyka molekularna
Kursy OnlineKurs dla studentów Konwersji Energii.
-
Waldemar Stampor dr hab. inż.
Osoby -
MM/PBSA analysis of molecular dynamics simulations of bovine beta-lactoglobulin: free energy gradients in conformational transitions?
PublikacjaPraca dotyczy pH zależnych zmian konformacyjnych EF pętli beta-laktoglobuliny. Zmiany te są śledzone za pomocą metod obliczeniowych chemii (dynamika molekularna oraz metody MM/PBSA).
-
Regulacja aktywności syntazy glukozamino-6-fosforanu z Candida albicans – badania metodami obliczeniowymi
PublikacjaNiniejsza praca przedstawia wyniki badań, prowadzonych metodami obliczeniowymi, poświęconych enzymowi syntazie GlcN-6-P pochodzącemu z drożdży C. albicans. Enzym ten odpowiedzialny jest między innymi za biosyntezę kluczowych składników ściany komórkowej grzybów i bakterii, ma również wpływ na regulację metabolizmu glukozy. Przedstawione badania stanowią jeden z etapów poszukiwania molekularnego mechanizmu inhibicji, której eukariotyczna...
-
Agnieszka Potęga dr inż.
Osoby -
From metal dithiocarbamates to metal sulfides
PublikacjaLigandy ditiokarbamianowe są szeroko stosowane w chemii koordynacyjnej. Układy zawierające metal mogą być z powodzeniem wykorzystane do otrzymania odpowiednich siarczków. W pracy przedstawiono syntezę, strukurę, właściwości, zastosowanie związków z tej grupy. Scharakteryzowano ich rozkład termiczny, jak równeiż zaprezentowano metody umożliwiające wykorzystanie ich jako pojedyncze prekursory molekularne
-
The structure of porous and spontaneously densified amorphous PbSiO3: a Molecular Dynamics study.
PublikacjaW pracy zaproponowano nową metodę numerycznego otrzymywania strukturporowatych metodą dynamiki molekularnej. Metoda polega na rozpoczęciu symulacji z ładunkami ekranowanymi i stopniowym zwiększaniu ich do pełnych ładunków jonowych. Metodę zastosowano do układu PbSiO3.
-
Chemia defektów oraz zagadnienie dyfuzji tlenu w mieszanych przewodnikach jonowo – elektronowych na bazie związków typu ABO3.
PublikacjaPublikacja opisująca teoretyczne zagadnienia związane z dyfuzją molekularnego i jonowego tlenu w ceramikach na bazie struktur ABO3.
-
New Method for the Synthesis of Azocrown Compounds Containing Oxygen, Nitrogen and Oxygen, or Sulfur Atoms in the Macroring.
PublikacjaW publikacji opisano nową metodę syntezy azokoron z różnymi heteroatomami w makrocyklu i o różnej wielkości molekularnej wnęki. Metoda ta polega na reakcji 2,2´-difluoroazobenzenu z diolami, diaminami, aminodiolami i ditiolamiw obecności zasady.
-
Cation diffusion coefficients in CuAgI via molecular dynamics simulations
PublikacjaPraca prezentuje wyniki analizy strukturalnej otrzymane poprzez symulacje dynamiczno-molekularne (zespół NpT, dwuciałowy potencjał Vashisty-Rahmana) superjonowego związku o składzie (1-x)Cu-xAg-I, x = 0.0, 0.25, 0.5, 0.75, 1.0). Wyznaczono wartość współczynnika dyfuzji kationów i energii aktywacji w funkcji składu szkła i temperatury. Otrzymane rezultaty porównano z danymi literaturowymi.
-
Molecular modelling of membrane sterols with the use of the GROMOS 96 forcefield
PublikacjaPodstawowym zadaniem tego projektu było udowodnienie zasadności stosowania pola siłowego GROMOS 96 do symulacji steroli błonowych metodą dynamiki molekularnej. Uzyskane wyniki jasno wskazują, że to pole siłowe bardzo dobrze nadaje się do symulacji silnie lipofilowych układów.
-
Konferencja BioMillenium 2017
WydarzeniaTematem głównym konferencji będą trendy i rozwiązania w biotechnologii i mikrobiologii.
-
Raman diagnostics in manufacturing of polymer planar optical waveguides. Optical Fibers and Their Applications VIII.
PublikacjaZastosowano spektroskopię ramanowską do diagnostyki procesu syntezy nowego typu materiałów cienkowarstwowych polimerów hybrydowych, przeznaczonych do wytwarzania światłowodów planarnych. Zbadano poprawność poszczególnych etapów procesu technologicznego oraz strukturę molekularną materiału. Zademonstrowano możliwość kontroli procesu technologicznego w czasie rzeczywistym.
-
Maria Szpakowska prof. dr hab. inż.
OsobyProf. dr hab. inż. Maria Jolanta Szpakowska jest absolwentką Wydziału Chemicznego Politechniki Gdańskiej, na którym uzyskała stopnie i tytuły naukowe. W latach 1969–1995 pracowała w Zakładzie Chemii Fizycznej a w latach 1995 – 2022 na Wydziale Zarządzania i Ekonomii (WZiE). Pełniła kolejno funkcję kierownika Pracowni, Zakładu Towaroznawstwa a następnie Katedry Zarządzania Jakością i Towaroznawstwa. W latach 2008-2010 była prodziekanem...
-
(μ-Tri-tert-butoxysilanethiolato)bis[(tetrahydrofuran)lithium(I)] and catena-poly[[bis(μ-tri-tert-butoxysilanethiolato)dilithium(I)]-μ-dimethoxyethane]: solvent coordination as the structure-forming factor.
PublikacjaOpisano syntezę oraz wyznaczono strukturę molekularną i krystaliczną dwóch solwatowanych tri-tert-butoksysilanotiolanów litu. W przypadku użycia tetrahydrofuranu obserwuje się tworzenie struktury, zawierającej izolowane dimery. Zastosowanie dimetoksyetanu powoduje utworzenie struktury łańcuchowej, którą można uznać za przykład polimeru koordynacyjnego.