Filtry
wszystkich: 1012
-
Katalog
- Publikacje 839 wyników po odfiltrowaniu
- Czasopisma 12 wyników po odfiltrowaniu
- Konferencje 1 wyników po odfiltrowaniu
- Osoby 25 wyników po odfiltrowaniu
- Wynalazki 11 wyników po odfiltrowaniu
- Projekty 11 wyników po odfiltrowaniu
- Laboratoria 1 wyników po odfiltrowaniu
- Zespoły Badawcze 2 wyników po odfiltrowaniu
- Kursy Online 20 wyników po odfiltrowaniu
- Dane Badawcze 90 wyników po odfiltrowaniu
wyświetlamy 1000 najlepszych wyników Pomoc
Wyniki wyszukiwania dla: BIAŁKO WIĄŻĄCE DNA
-
Novel thermostable single-stranded DNA-binding protein (SSB) from Deinococcus geothermalis
PublikacjaW celu zbadania właściwości biochemicznych białka wiążącego się do jednoniciowego DNA (SSB) pochodzącego z Deinococcus geothermalis (DgeSSB), sklonowano gen ssb otrzymany w reakcji PCR, a następnie uzyskano wydajną biosyntezę białka DgeSSB. Gen składa się z 900 par zasad, kodujących białko złożone z 300 reszt aminokwasowych, o wyliczonej masie molekularnej równej 32.45 kDa. Sekwencja aminokwasowa wykazuje 43, 44% i 75% identyczności...
-
Two highly thermostable paralogous single-stranded DNA-binding proteins from Thermoanaerobacter tengcongensis
PublikacjaThe thermophilic bacterium Thermoanaerobacter tengcongensis has two single-stranded DNA-binding (SSB) proteins, designated TteSSB2 and TteSSB3. In a SSB complementation assay in Escherichia coli, only TteSSB3 took over the in vivo function of EcoSSB. We have cloned the ssb genes obtained by PCR and have developed E. coli overexpression systems. The TteSSB2 and TteSSB3 consist of 153 and 150 amino acids with a calculated molecular...
-
Sposób selektywnego wychwytywania fragmentów DNA zawierających niesparowane zasady przez białko MutS immobilizowane w fazie stałej oraz ich kolorymetrycznego oznaczenia i ilościowej analizy
Wynalazki -
Startery oligonukleotydowe do reakcji amplifikacji DNA kodującego białko syntazy trehalozy Deinococcus geothermalis DSMZ 11300, sekwencja DNA wraz z miejscami rozpoznania dla enzymów restrykcyjnych Ndel i Xhol, wektor ekspresyjny i sposób jego otrzymywani
Wynalazki -
Fuzyjne białko zawierające domeny MutS i p-galaktozydazę, wektor plazmidowy, sposób otrzymywania fuzyjnego białka oraz sposób jego zastosowania do wykrywania mutacji i niekomplmentarności w DNA
Wynalazki -
Paweł Sachadyn prof. dr hab. inż.
Osoby -
Identification, cloning, expression, and characterizationof a highly thermostable single-stranded-DNA-binding protein (SSB) from Deinococcus murrayi
PublikacjaZidentyfikowano i scharakteryzowano białko SSB-podobne, pochodzące z Deinococcus murrayi (DmuSSB). Otrzymany w reakcji PCR fragment zawierający kompletny gen ssb sklonowano w systemie ekspresyjnym Escherichia coli. Gen składa się z 826 nt, kodujących 276 reszt aminokwasowych z wyliczoną teoretycznie masą cząsteczkową monomeru równą 30,14 kDa. DmuSSB zawiera dwie domeny wiążące jednoniciowe DNA OBna monomer I funkcjonuje jako homodimer....
-
GRA1 protein vaccine confers better immune response compared to codon-optimized GRA1 DNA vaccine
PublikacjaW publikacji oszacowano immunogenność i właściwości protekcyjne szczepionki anty-Toxoplasma gondii opartej na białku rekombinantowym GRA1 oraz dwóch rodzajach szczepionek DNA (plazmidu zawierającego gen kodujący białko GRA1 dzikiego typu oraz modyfikowanego genu kodującego białko GRA1). Uzyskane wyniki sugerują lepsze właściowści immunoprotekcyjne rekombinantowego białka antygenowego niż szczepionek DNA.
-
A bifunctional chimeric protein consisting of MutS and beta-galactoside
PublikacjaPraca pokazuje konstrukcję DNA plazmidowego kodującego bifunkcjonalne białko chimeryczne złożone z MutS Thermus thermophilus i beta-galaktozydazy E.coli, optymalizację jego ekspresji i oczyszczania. Białko to testowano w metodzie wykrywania mutacji punktowych, wykorzystując kolorymetryczne mierzenie aktywności domeny reporterowej beta galaktozydazy.
-
Single-stranded DNA-binding proteins (SSBs) - sources and applicationsin molecular biology
PublikacjaBiałka wiążące się do jednoniciowego DNA (SSB) odgrywają ważną rolę w replikacji, rekombinacji i naprawie DNA u bakterii, archea i eukariota. Ostatnio wzrosło zainteresowanie białkami SSB jako przydatnymi narzędziami w metodach badawczych biologii molekularnej, analitycznych i diagnostycznych. Większość znanych prokariotycznych białek SSB zbudowanych jest z czterech podjednostek (homotetramer) z jedną domeną wiążąca (OB) jednoniciowe...
-
Józef Kur prof. dr hab.
Osoby -
The construction of bifunctional fusion proteins consisting of MutS and GFP
PublikacjaSkonstruowano białka chimeryczne zawierające białko MutS z Thermus thermophilus i białko zielonej fluoresceiny GFP z Aequorea victoria, posiadające dla łatwiejszego oczyszczania domeny oligo-histydynowe na N- lub C-końcu. Fuzyjne białka rozpoznawały niekomplementarności w DNA podobnie do MutS T. thermophilus. Fluorescencyjne białka rozpoznające niekomplementarne DNA mogą być użyteczne w wykrywaniu jednonukleotydowych polimorfizmów...
-
The immune responses of sheep after DNA immunization with Toxoplasma gondii MAG1 antigen - with and without co-expression of ovine interleukin 6
PublikacjaW niniejszej pracy porównano odpowiedź immunologiczną owiec, którym podano domięśniowo plazmid DNA zawierający gen kodujący białko macierzy cyst tkankowych (MAG1) Toxoplasma gondii - pojedynczo bądź z DNA plazmidu kodującego owczą interleukinę 6 (IL-6). Dzięki wykorzystaniu plazmidu zawierającego gen mag1 odnotowano podwyższony poziom przeciwciał IgG1 oraz IgG2 w surowicach szczepionych zwierząt.
-
Modulation of immune response to Toxoplasma gondii in sheep by immunization with a DNA vaccine encoding ROP1 antigen as a fusion protein with ovine CD154
PublikacjaNiniejszy artykuł prezentuje porównanie skuteczności działania w immunizacji owiec dwóch antytoksoplazmozowych szczepionek DNA: kodującej białko ROP1 Toxoplasma gondii oraz kodującej w/w antygen i owczą cząsteczkę CD154 lokalizowaną na powierzchni aktywowanych komórek T. Otrzymane wyniki badań pokazały, iż domięśniowe podanie szczepionki DNA zawierającej gen kodujący ROP1 i CD154 znacząco wzmacnia odpowiedź immunologiczną szczepionych...
-
Termodynamiczne aspekty oddziaływania niskocząsteczkowych ligandów z DNA
PublikacjaKwasy nukleinowe są celem biologicznym dla wielu antybiotyków oraz leków przeciwnowotworowych i przeciwwirusowych. Dlatego podczas tworzenia nowych farmaceutyków ważna jest dokładna wiedza na temat sposobu wiązania się leku do DNA.Oddziaływanie ligand-DNA można podzielić na dwie grupy: 1. wiązanie kowalencyjne, które często prowadzi do utworzenie trwałych wiązań pomiędzy nićmi DNA, 2. fizykochemiczne wiązanie, które może być podzielone...
-
Zastosowanie immobilizowanego białka MutS do wychwytywania fragmentów DNA zawierających niesparowane zasady
PublikacjaBiałko MutS wiąże DNA zawierające błędnie sparowane oraz niesparowane zasady w DNA. Podjęto szereg prób wykorzystania tego białka jako narzędzia do detekcji nieznanych mutacji lub zagęszczania frakcji DNA z niesparowaną zasadą. Dotychczas żadna z metod oparta na użyciu białka MutS nie została wdrożona powszechnie do praktyki laboratoryjnej. Głównym powodem takiego stanu rzeczy jest stosunkowo silne powinowactwo MutS do DNA w pełni...
-
Termodynamika niekowalencyjnego oddziaływania małocząsteczkowych ligandów z dna
PublikacjaKwasy nukleinowe są jednym z głównych celów biologicznych dla wielu antybiotyków oraz leków przeciwnowotworowych i przeciwwirusowych. Podczas tworzenia nowych farmaceutyków ważna jest dokładna wiedza na temat sposobu wiązania się leku do DNA. Oddziaływanie ligand-DNA można podzielić na dwie grupy: 1. wiązanie kowalencyjne, które często prowadzi do utworzenie trwałych wiązań pomiędzy nićmi DNA, 2. fizykochemiczne wiązanie, które...
-
Construction and purification of his6-Thermus thermophilus MutS protein.
PublikacjaGen mutS z termofilnej bakterii Thermus thermophilus zamplifikowano przy użyciu PCR, sklonowano i przeprowadzono jego ekspresję w E. coli. Rekombinantowe białko MutS zawierające oligohistydynową domenę na N-końcu oczyszczono w jednoetapowej procedurze przy wykorzystaniu chromatografii powinowactwaNi(2+). Zdolność do rozpoznania niekomplementarności białka his(6)-MutS potwierdzono w eksperymentach ochrony DNA przed trawieniem...
-
Evaluation and cellular responses of modulators of TRF1/TRF2 protein’s function as potential anticancer drugs interfering with telomeric shelterin’s function
PublikacjaA number of proteins that interact with telomeres have been identified in human cells, indicating the high plasticity of human nucleoprotein complex organization. The most important complex is the "shelterin" complex, which consists of six proteins: TRF1, TRF2, TIN2, POT1, TPP1. The TRF1 and TRF2 directly bind to telomeric double-stranded DNA and the TIN2 protein. The TIN2 protein also binds to the TPP1 protein, stabilizing the...
-
Interactions of antitumor triazoloacridinones with DNA
PublikacjaW niniejszej pracy zbadano oddziaływanie sześciu wybranych pochodnych triazoloakrydonu z DNA. Analiza wiskozymetryczna pokazała, że związki te interkalują do DNA. Jednocześnie dalsze badania wykazały, że proces interkalacji nie jest istotny aktywności cytotoksycznej tej grupy związków. Badania z wykorzystaniem fibroblastów dowiodły, że jedna z pochodnych triazoloakrydonu, związek C-1305, po uprzedniej metabolicznej aktywacji indukuje...
-
Abstract DNA-type systems
PublikacjaAbstrakcyjny system typu DNA jest definiowany przez zestaw nieliniowych kinetycznych równań z wielomianowymi nieliniowościami, które przyjmują rozwiązania solitonowe związane z geometrią helis. Zestaw równań pozwala na dwie różne reprezentacje Laxa: forma von Neumanna i Darboux-kowariantna para Laxa. Wyjaśniamy dlaczego nie-Kolmogorowskie modele prawdopodobieństwa pojawiające się w kinetyce solitonowej są naturalnie związane z...
-
Molecular characterization of a cryptic plasmid from the psychrotrophic antarctic bacterium Pseudoalteromonas sp. 643A
PublikacjaW ostatnich latach znacznie wzrosło zainteresowanie organizmami zimnolubnymi, głównie z powodu ich enzymów o biotechnologicznym znaczeniu. Jednak, aby wydajnie produkować takie enzymy w skali przemysłowej użyteczne jest stworzenie rekombinantowych systemów ekspresyjnych, które pozwolą na ich opłacalną produkcję. W osiągnięciu tego celu mogą pomóc odpowiednie wektory, konstruowane na bazie plazmidów pozyskiwanych z bakterii psychrofilnych/psychrotrofowych....
-
Algorytmy ewolucyjne
PublikacjaW pracy przedstawiono istotniejsze zagadnienia związane z tworzeniem i działaniem Algorytmów Genetycznych i Strategii Ewolucyjnych, które łącznie określane są jako Algorytmy ewolucyjne. Zwrócono szczególną uwagę na Strategie Ewolucyjne, gdyż zagadnienia z nimi związane są mało reprezentowane w literaturze polskiej i anglojęzycznej. Natomiast opis Algorytmów Genetycznych jest raczej cząstkowy, ze względu na ich popularność...
-
Sztuczna inteligencja i elementy hybrydowych systemów ekspertowych
PublikacjaTematyka monografii dotyczy problematyki wchodzacej w skład szeroko pojetej sztucznej inteligencji i obejmuje: - klasyczną sztuczną inteligencję zawierającą zagadnienia reprezentacji i przetwarzania wiedzy symbolicznej, łącznie z realizacją symbolicznych systemów ekspertowych, - zbiory rozmyte i logikę rozmytą, wraz z rozmytymi systemami przetwarzającymi wiedzę nieprecyzyjną, - sztuczne sieci neuronowe łącznie z neuronowymi systemami...
-
Rozmyte systemy decyzyjne.
PublikacjaW pracy przedstawiono podstawowe pojęcia związane z przetwarzaniem i przepływem informacji w instytucjach oraz ich związkami z podejmowaniem decyzji. Omówiono też istotniejsze zagadnienia z zakresu zbiorów rozmytych i logiki rozmytej wyjaśniające sposoby działania rozmytych systemów decyzyjnych. Przytoczono kilka przykłądów zastosowań rozmytych systemów wspomagania podejmowania decyzji.
-
Agnieszka Potęga dr inż.
Osoby -
Processing of 1-nitroacridine-induced DNA-DNA cross-links by topoisomerase I is associated with enhanced cellular survival: a possible role of topoisomerase I in the removal of DNA cross-links
PublikacjaW tej pracy wykazujemy, że modyfikacje plazmidu indukowane przez wzrastające dawki 1-nitroakrydyn (nitracrine i związek C-857) prowadzą do zahamowania aktywności katalitycznej topoizomerazy I. Hamowanie to związane jest z pojawieniem się pojedynczoniciowych uszkodzeń DNA i tworzeniem kowalencyjnych kompleksów topoizomeraza I-DNA. Nie obserwowano takich efektów dla topoizomerazy typu II.Dalsze badania wykazały, że jedna z 1-nitroakrydyn...
-
Applying fuzzy logic to decisional DNA digital TV
PublikacjaWprowadzono wspomaganie oparte na logice rozmytej do modelu telewizji wykorzystujacej decyzyjny DNA.
-
Algorytmy ewolucyjne o wielowarswowych chromosomach i ich zastosowania w elektronice
PublikacjaW artykule przedstawiono koncepcje chromosomów wielowarstwowych w algorytmach ewolucyjnych. Ukazano strukturę chromosomu wielowarstwowego oraz opisano możliwe zastosowania algorytmów ewolucyjnych z jego wykorzystaniem. Omówiono zastosowanie algorytmu ewolucyjnego z wielowarstwowym chromosomem do: projektowania i optymalizacji kombinacyjnych układów cyfrowych budowanych zarówno w oparciu o bramki napięciowe jak i bramki prądowe,...
-
Design of IIR digital filters with non-standard characteristics using differential evolution algorithm
PublikacjaW artykule przedstawiono zastosowanie algorytmu ewolucji różnicowej do projektowania filtrów cyfrowych o niestandardowych charakterystykach. Przy użyciu tego algorytmu zaprojektowano trzy filtry z charakterystykami amplitudowymi: liniowo narastającą, liniowo opadającą i nieliniowo narastającą. Filtry uzyskane tą metodą są stabilne i ich charakterystykispełniają wszystkie założenia projektowe.
-
Zastosowanie algorytmu ewolucyjnego do projektowania i optymalizacji kombinacyjnych układów cyfrowych w oparciu o bramki wielowejściowe.
PublikacjaW artykule zaprezentowano możliwość projektowania i optymalizacji kombinacyjnych układów cyfrowych z bramkami wielowejściowymi (o liczbie wejść większej niż dwa). Do projektowania i optymalizacji tych układów wykorzystano utworzony algorytm MLCEA. Celem algorytmu jest zaprojektowanie takiego ukłądu, który spełnia zadaną tabelę prawdy oraz składa się z możliwie jak najmniejszej liczby bramek. Do badań wybrano cztery układy testowe...
-
Modified version of roulette selection for evolution algorithms - the fan selection.Zmodyfikowana wersja selekcji metodą ruletki dla algorytmów ewolucyjnych - selekcja ''wachlarzowa''.
PublikacjaW pracy przedstawiono zmodyfikowaną wersję selekcji metodą ruletki - selekcję ''wachlarzową''. Metoda ta polega na zwiększaniu prawdopodobieństw przeżycia lepszych osobników kosztem gorszych. Do testowania i oceny jakości proponowanej metody użyto funkcji testujących spotykanych w literaturze. Uzyskane wyniki selekcji wachlarzowej porównano z wynikami selekcji metodą ruletki i selekcji elitarystycznej.
-
Design and optimisation of combinational digital circuits using modified evolutionary algorithm.Projektowanie i optymalizacja kombinacyjnych układów cyfrowych przy użyciu zmodyfikowanego algorytmu ewolucyjnego.
PublikacjaW pracy przedstawiono możliwości projektowania i optymalizacji układów kombinacyjnych przy użyciu zmodyfikowanych algorytmów ewolucyjnych. Modyfikacja algorytmów polega na wprowadzeniu chromosomów wielowarstwowych i operatorów działających na nich. Wyniki projektowania czterech układów kombinacyjnych uzyskanych uzyskane tą metodą porównano z następującymi metodami opisanymi w literaturze jak: Mapy Karnaugh, metoda Quine-McCluskey...
-
Porównanie algorytmów MGA i NGA do projektowania i optymlizacji kombinacyjnych układów cyfrowych z algorytmem MLCEA.
PublikacjaW artykule zaprezentowano porównanie algorytmów ewolucyjnych do projektowania i optymalizacji kombinacyjnych układów cyfrowych. Porównano algorytmy MGA (Multiobjective Genetic Algorithm) i NGA (Genetic Algorithm with N-cardinality Reprezentation) z utworzonym algorytmem MLCEA (Multi-Layer Chromosome Evolutionary Algorithm), bazującym na reprezentacji osobników w postaci chromosomów wielowarstwowych. Otrzymane wyniki dla algorytmu...
-
Ewolucyjne projektowanie filtrów cyfrowych IIR o nietypowych charakterystykach amplitudowych.
PublikacjaW artykule przedstawiono zastosowanie algorytmów ewolucyjnych do projektowania filtrów cyfrowych IIR o nietypowych charakterystykach amplitudowych. Wprowadzono dwuwarstwowe chromosomy, które w bardziej naturalny sposób reprezentują opisywany problem (górna warstwa - licznik, dolna warstwa - mianownik funkcji transmitancji). Przy pomocy opisanej metody zaprojektowano filtr o niestandardowej charakterystyce amplitudowej.
-
Zastosowanie algorytmu ewolucyjnego do aproksymacji funkcji przy użyciu reguł rozmytych
PublikacjaW artykule przedstawiono możliwość zastosowania algorytmu ewolucyjnwgo do doboru optymalnego zbioru termów rozmytych zmiennej lingwistycznej aproksymujących zadaną funkcję przy użyciu reguł rozmytych. Wprowadzono wielowarstwowe chromosomy, dzięki którym możliwe stało się dokonywanie krzyżowania bez stosowania algorytmów naprawy. Proponowaną metodę przetestowano na wybranych funkcjach testowych oraz porównano z metodą opartą o algorytm...
-
Projektowanie filtrów IIR przy zastosowaniu algorytmu ewolucyjnego
PublikacjaW pracy zaprezentowano metodę projektowania filtrów cyfrowych IIR (InfiniteImpulse Response) przy wykorzystaniu algorytmu ewolucyjnego w dwóch wariantach. W pierwszym projektowane są filtry w taki sposób, aby ich charakterystyki amplitudowe spełniały postawione założenia. W drugim wariancie przedstawiono możliwość polepszenia charakterystyk fazowych filtrów IIR. Otrzymane rezultaty są porównane z wynikami otrzymanymi podczas projektowania...
-
Implementacja cyfrowego równoległego systemu rozmytego w układzie FPGA
PublikacjaW artykule przedstawiono praktyczną implementację cyfrowego równoległego systemu rozmytego w układzie FPGA. Poszczególne zbiory rozmyte posiadają swój kod, który wykorzystywany jest do adresowania pamięci przechowującej reguły. W proponowanym systemie proces wnioskowania przebiega równolegle dla aktywowanych reguł.
-
Projektowanie filtrów cyfrowych IIR o nietypowych charakterystykach przy użyciu algorytmu ewolucji różnicowej
PublikacjaW artykule przedstawiono zastosowanie algorytmu ewolucji różnicowej do projektowania filtrów cyfrowych o nietypowych charakterystykach amplitudowych. Przy użyciu proponowanej metody zaprojektowano trzy filtry o charakterystykach: liniowo narastającej, liniowo opadającej oraz nieliniowo narastającej. Opisane tą metodą filtry są stabilne a ich charakterystyki amplitudowe spełniają wszystkie założenia projektowe.
-
Sprzętowa realizacja rozmytego sterownika elektrycznego wózka inwalidzkiego
PublikacjaW artykule przedstawiono cyfrowy system rozmyty przeznaczony do sterowania wózkiem inwalidzkim. w tym celu opracowano dedykowaną architekturę systemu, którą następnie zasymulowano w układzie reprogramowalnym FPGA. Przedstawiono wejściowe i wyjściowe zmienne lingwistyczne oraz ich funkcje przynależności, na podstawie których opracowano bazę reguł rozmytych. Proponowany rozmyty system współracuje z elektrycznymi silnikami napędowymi...
-
Zastosowanie algorytmu ewolucyjnego do trenowania jednokierunkowych płaskich sztucznych sieci neuronowych
PublikacjaW artykule przedstawiono zastosowanie algorytmu ewolucyjnego do trenowania jednokierunkowych, płaskich, sztucznych sieci neuronowych. Przy użyciu proponowanej metody wytrenowano trzy sieci neuronowe do klasyfikacji problemu parity-3, parity-4 oraz parity-5. Otrzymane wyniki porównano z wynikami uzyskanymi przy użyciu metody wstecznej propagacji błędu ze wględu na liczbę iteracji potrzebną do wytrenowania danej sieci oraz ze względu...
-
Implementacja cyfrowego systemu rozmytego z dwukanałowym blokiem wnioskowania w układzie FPGA
PublikacjaW artykule przedstawiono praktyczną implementację cyfrowego systemu rozmytego z dwukanałowym blokiem wnioskowania w układzie FPGA. Poszczególne zbiory rozmyte posiadają swój kod, który wykorzystywany jest do adresowania pamięci przechowującej reguły. Wykorzystanie techniki adresowania, a także równoległego wnioskowania znacznie przyspiesza proces obliczeń.
-
Evolutionary design and optimization of combinational digital circuits with respect to transistor count.
PublikacjaW artykule przedstawiono możliwość wykorzystania algorytmu ewolucyjnego do projektowania i optymalizacji cyfrowych układów kombinacyjnych w odniesieniu do liczby tranzystorów. Zastosowano chromosomy o budowie wielowarstwowej zwiększające wydajność algorytmu. Zaprojektowano, wykorzystując zaproponowaną metodę, cztery układy kombinacyjne o tabelach logicznych wybranych z literatury. Uzyskane wyniki są w wielu przypadkach lepsze...
-
Implementacja cyfrowego systemu rozmytego w układzie FPGA
PublikacjaW artykule przedstawiono praktyczną implementację cyfrowego systemu rozmytego w układzie FPGA. Poszczególne zbiory rozmyte posiadają swój kod, który wykorzystywany jest do adresowania pamięci przechowujacej reguły. Wykorzystana technika adresowania znacznie przyspiesza proces obliczeń w porównaniu do szeregowego przetwarzania reguł.
-
Design and optimization of IIR digital filters with non-standard characteristics using continuous ant colony optimization algorithm
PublikacjaW pracy przedstawiono metodę projektowania i optymalizacji stabilnych filtrów cyfrowych IIR o niestandardowych charakterystykach amplitudowych, przy zastosowaniu ''mrówkowego'' algorytmu optymalizującego ACO. W proponowanej metodzie (nazwanej ACO-IIRFD), wprowadzono dynamiczne zmiany parametrów. Dzięki tym zmianom parametrów filtru cyfrowego możliwe jest uzyskanie małych odchyłek charakterystyk między założonymi i aktualnymi....
-
Architektury bloków wnioskowania systemów rozmytych
PublikacjaW pracy przedstawiono kilka różnych architektur bloków wnioskowania cyfrowych sterowników rozmytych. Architektury te zostały zaimplementowane w układach reprogramowalnych FPGA-Spartan3. Dokonano porównania tych architektur pod względem szybkości działania.
-
Możliwości zastosowania arytmetyki resztowej w systemie rozmytym
PublikacjaW artykule przedstawiono możliwości zastosowania arytmetyki resztowej w systemie rozmytym implementowanym w układzie reprogramowalnym FPGA. Zastosowanie arytmetyki resztowej ma na celu przyspieszenie procesu wnioskowania, a w szczególności operacji wyostrzania. W pracy tej przedstawiono także wykorzystanie techniki tablicowania do opisu zmiennych lingwistycznych (ang. look-up table).
-
Adaptive selection of control parameters in differential evolution algorithms
PublikacjaW pracy przedstawiono metodę adaptacyjnej selekcji parametrów kontrolnych w różnicowych algorytmach ewolucyjnych. Wartości parametrów takich jak: stopień krzyżowania i współczynnik różnicowej mutacji są odpowiednio zmieniane. Funkcje testowe użyte do testowania proponowanej metody były zaczerpnięte z literatury. Rezultaty uzyskane przy użyciu opisanej metody zostały porównane z innymi metodami selekcji różnicowej. Wyniki te, uzyskane...
-
Design and multi-objective optimization of combinational digital circuits using evolutionaty algorithm with multi-layer chromosomes
PublikacjaW artykule przedstawiono zastosowanie algorytmów ewolucyjnych z wielowarstwowymi chromosomami do projektowania i optymalizacji wielokryterialnej kombinatorycznych układów cyfrowych. Kryteriami optymalizacji były: liczba bramek, liczba tranzystorów w układzie i czas propagacji sygnałów. Proponowaną metodą zaprojektowano i optymalizowano cztery układy wzięte z literatury. Uzyskane rezultaty porównano z wynikami otrzymanymi innymi...
-
Zastosowanie algorytmu pszczelego do projektowania filtrów cyfrowych NOI o nietypowych charakterystykach
PublikacjaW artykule przedstawiono zastosowanie algorytmu pszczelego do projektowania filtrów cyfrowych NOI o nietypowych charakterystykach amplitudowych. Filtry takie mają praktyczne zastosowanie w korektorach amplitudowych stosowanych np. w telefonii lub w aparatach słuchowych. Otrzymany rezultat ukazuje, że możliwe jest zastosowanie algorytmu pszczelego do projektowania stabilnych filtrów cyfrowych NOI o zadanych nietypowych charakterystykach...
-
Ewolucyjne projektowanie kombinacyjnych układów cyfrowych: stan obecny, główne problemy i perspektywy
PublikacjaW pracy przedstawiono stan obecny, główne problemy oraz perspektywy dotyczące ewolucyjnego projektowania kombinacyjnych układów cyfrowych. Krótko scharakteryzowano istniejące algorytmy ewolucyjnego projektowania układów kombinacyjnych oraz przedstawiono ich ogólną koncepcję. Wskazano również główne problemy tych algorytmów oraz potencjalne sposoby ich eliminacji.
-
Evolutionary design of combinational digital circuits: state of the art, main problems, and future trends
PublikacjaW artykule przedstawiono stan obecny, główne problemy oraz perspektywy dotyczące ewolucyjnego projektowania kombinacyjnych układów cyfrowych. Krótko scharakteryzowano istniejące algorytmy ewolucyjnego projektowania układów kombinacyjnych oraz przedstawiono ich ogólną koncepcję. wskazano również główne problemy tych algorytmów oraz potencjalne sposoby ich eliminacji.
-
Zastosowanie algorytmu pszczelego do projektowania filtrów cyfrowych NOI o nietypowych charakterystykach
PublikacjaW artykule przedstawiono zastosowanie algorytmu pszczelego do projektowania filtrów cyfrowych NOI o nietypowych charakterystykach amplitudowych. Filtry takie mają praktyczne zastosowanie w korektorach amplitudowych stosowanych np. w telefonii lub w aparatach słuchowych. Otrzymany rezultat ukazuje, że możliwe jest zastosowanie algorytmu pszczelego do projektowania stabilnych filtrów cyfrowych NOI o zadanych nietypowych charakterystykach...
-
Ewolucyjna minimalizacja poboru mocy podczas procesu testowania kombinacyjnych układów cyfrowych
PublikacjaW artykule przedstawiono zastosowanie algorytmu ewolucyjnego do minimalizacji poboru mocy podczas procesu testowania kombinacyjnych układów cyfrowych. Przy użyciu proponowanej metody dokonano wyboru kolejności podawania na wejścia układu wektorów testowych, aby liczba przełączeń bramek wchodzących w jego skład była jak najmniejsza. Pod uwagę wzięto cztery układy wybrane z literatury. Otrzymane wyniki wskazują, że możliwe jest...
-
Cyfrowa architektura systemu rozmytego
PublikacjaW artykule przedstawiono architekturę cyfrowego systemu rozmytego. Poszczególne zbiory rozmyte posiadają swój kod, który wykorzystywany jest do adresowania pamięci przechowującej reguły. Wykorzystana technika adresowania znacznie przyspiesza proces obliczeń w porównaniu do szeregowego przetwarzania reguł. Dodatkowo mozliwe jest wykorzystanie w systemie zbiorów rozmytych o różnej szerokości podstaw, a także różnych kształtach funkcji...
-
Zależności wiążące parametry spawania drutami proszkowymi
PublikacjaW artykule przedstawiono procedury wyznaczania zależności pomiędzy trzema parametrami spawania: wolnego wylotu elektrody, prędkości podawania drutu i natężenia prądu, dla spawania drutami proszkowymi (FCAW). Obliczenia wykonano w oparciu o rotalny drugiego stopnia plan eksperymentu.
-
Naturally occurring mitochondrial DNA heteroplasmy in the MRL mouse
PublikacjaThe MRL/MpJ mouse is an inbred laboratory strain of Mus musculus, known to exhibit enhanced autoimmunity, increased wound healing, and increased regeneration properties. We report the full-length mitochondrial DNA (mtDNA) sequence of the MRL mouse (Accession # EU450583), and characterize the discovery of two naturally occurring heteroplasmic sites. The first is a T3900C substitution in the TpsiCloop of the tRNA methionine gene...
-
Fuzyjne polimerazy DNA – otrzymywanie, charakterystyka i zastosowanie
PublikacjaObecnie reakcje PCR (ang. Polymerase Chain Reaction) wykazują bardzo szerokie zastosowanie w diagnostyce medycznej, biologii molekularnej czy inżynierii genetycznej. Efektywność tych reakcji rozumiana jako wydajność i wierność przeprowadzonej amplifikacji jest nieodłącznie związana ze stosowaną polimerazą DNA i warunkami prowadzenia reakcji PCR. Aby sprostać wymaganiom stawianym przez nowoczesne metody diagnostyczne oraz współczesną...
-
Wykorzystanie języka VHDL do modelowania układów pracujących w logice wielowartościowej i arytmetyce resztkowej
PublikacjaW pracy przedstawiono bibliotekę zbudowaną w oparciu o język VHDL, przeznaczoną do symulacji elementów pracujących w logice wielowartościowej i w arytmetyce resztowej. Zaprezentowano również bramki prądowe - nowe elementy logiczne cechujące się znacznie mniejszym poziomem szumu cyfrowego. Pokazano przykłady sumatorów działających w logice wielowartościowej z podstawą N, lub w arytmetyce resztowej modulo N. Wyróżniającą cechą sumatorów...
-
Evolutionary optimization of combinational digital circuits with current-mode gates with respect to transistor count
PublikacjaW artykule przedstawiono metodę ewolucyjnej minimalizacji liczby tranzystorów w cyfrowym układzie kombinacyjnym, zrealizownaym z wykorzystaniem bramek pracujących w trybie prądowym. W zastosowanym algorytmie ewolucyjnym zastosowano chromosomy o budowie wielowarstwowej, przez co zwiększono wydajność optymalizacji. Wyniki otrzymane z wykorzystaniem proponowanej metody zostały porównane z rezultatami osiągniętymi za pomocą map Karnough...
-
Thermodynamic and electrostatic properties of ternary Oxytricha nova TEBP-DNA complex
PublikacjaZa pomocą metod chemi obliczeniowej badano właściwości molekularne kompleksu telomerowego białka TEBP z Oxytricha nova w kompleksie trójskkładnikowym z DNA o sekwencji telomerowej. Wyliczone wartości energii kompleksowania wskazują specyficznie na jedną z dróg tworzenia kompleksu, gdzie wpierw podjednostka alfa łaczy się z DNA a następnie podjednostka beta dołącza się do takiego dwuskładnikowego kompleksu. Policzone rozkłady molekularnego...
-
DNA modification by 1-nitroacridine derivatives. Comparison of 32P-Postlabeling and restriction enzyme analysis method for the detection of DNA adducts formed by 1-nitroacridines C-1748 and C-857
Publikacja4-podstawione 1-nitroakrydyny reprezentują nową grupę pochodnych akrydyny, zsyntetyzowanych na Politechnice Gdańskiej. Metoda 32P-postlabellingu wykazała, że pochodne C-1748 i C-857 tworzą od 4-6 adduktów DNA w systemie komórkowym i bezkomórkowym o innym rozkładzie plam chromatograficznych, jednakże niezależnym od zastosowanego systemu aktywacyjnego. Metoda enzymatycznej analizy restrykcyjnej pozwoliła natomiast śledzić kinetykę...
-
Układy cyfrowe zbudowane w oparciu o bramki prądowe: stan obecny i zastosowania.
PublikacjaW pracy omówiono stan obecny oraz perspektywy rozwoju i zastosowania bramek cyfrowych pracujących w trybie prądowym, a także różnego rodzaju układów cyfrowych zbudowanych z bramek prądowych. Praca podsumowuje kilkuletnie badania autorów nad koncepcją bramki prądowej i jej realizacją, podstawami algebry bramek prądowych oraz sposobów projektowania i weryfikacji cyfrowych układów prądowych działających w standardowej logice binarnej...
-
Interstrand crosslinking of DNA by C-1311 (Symadex) and other imidazoacridinones
PublikacjaImidazoakrydony, w tym pochodna C-1311 (Symadex) znajdująca się w pierwszej fazie badań klinicznych prowadzonych w USA, należą do grupy bardzo aktywnych związków przeciwnowotworowych zsyntetyzowanych w Katedrze Technologii Leków i Biochemii PG. Za pomocą zmodyfikowanej metody Parsons'a wykazaliśmy, że C-1311 indukuje, w sposób zależny od stężenia, międzyłańcuchowe wiązania sieciujące w komórkach różnych nowotworów ludzkiego pochodzenia...
-
Electroanalytical and spectroscopic procedures for examination of interactions between double stranded DNA and intercalating drugs
PublikacjaPrzedstawiono metodę elektrochemicznego opisu oddziaływań dsDNA ze związkiem biologicznie czynnym w warunkach, w których zarówno badany związek jak i cząsteczka DNA są w roztworze elektrolitu. Opracowano warunki pomiaru, gdzie ani związek, ani DNA nie adsorbuje na elektrodzie. Wykazano, podobnie jak podczas badania innymi metodami, że oddziaływania są dwojakiego rodzaju: elektrostatyczne i poporzez interkalację.
-
Michał Białko prof. zw. dr hab. inż.
Osoby -
Interaction of antitumor triazoloacridone C-1305 and its analogs with telomeric DNA
PublikacjaBadaliśmy oddziaływanie pochodnej triazoloakrydonu C-1305 i jego bliskich analogów strukturalnych z oligonukleotydami zawierającycmi sekwencje telomerowe TTAGGG oraz oligonukleotydami sfałdowanymi w strukturę G-kwadrupleksu. Wykazaliśmy, że spośród badanych związków pochodna C-1305 wykazała największą specyficzność w stosunku do telomerowego DNA. Związek ten stabilizował także strukturę G-kwadrupleksu, podczas gdy jego analogi...
-
Cellular senescence induced by DNA damage and its role in carcinogenesis and chemotherapy
PublikacjaUszkodzenia DNA indukują w komórce różne procesy, w tym starzenie komórkowe, co może uruchamiać proces karcinogenezy jak i być związane z odpowiedzią na leki przecinowotworowe. Biologiczna rola starzenia komórkowego nie jest jednak jasna. Zasugerowano, że proces starzenia komórkowego może hamować proces karcinogenezy poprzez indukcję nieodwracalnego zahamowania wzrostu przez czynniki genotoksyczne. Indukcja starzenia komórkowego...
-
Comet assay-based methods for measuring DNA repair in vitro; estimates of inter- and intra-individual variation.
PublikacjaZdolność do naprawy uszkodzeń DNA jest jednym z najważniejszych wyznaczników podatności na choroby nowotworowe. Dlatego też użytecznym staje się możliwość pomiaru stopnia naprawy DNA w próbkach materiału badawczego pobranego od ochotników. Celem pracy było, po pierwsze, opracowanie w warunkach in vitro prostej metody (z wykorzystaniem techniki testu kometowego), w której naprawa DNA odbywa się poprzez wycinanie nukleotydów (NER)....
-
Epigenetic Basis of Regeneration: Analysis of Genomic DNA Methylation Profiles in the MRL/MpJ Mouse
PublikacjaEpigenetic regulation plays essential role in cell differentiation and dedifferentiation, which are the intrinsic processes involved in regeneration. To investigate the epigenetic basis of regeneration capacity, we choose DNA methylation as one of the most important epigenetic mechanisms and the MRL/MpJ mouse as a model of mammalian regeneration known to exhibit enhanced regeneration response in different organs. We report the...
-
Geologia dna morskiego 2021/2022
Kursy OnlineKurs przeznaczony jest dla studentów I semestru studiów II stopnia kierunku Inżynieria Morska i Brzegowa na WOiO i WILIŚ. Tematyka kursu obejmuje zagadnienia geologii morza, procesów formujących dno morskie i oceaniczne a także strefę brzegową oraz skał powstających w środowisku morskim.
-
Generation and Characterization of a DNA-GCN4 Oligonucleotide-Peptide Conjugate: The Impact DNA/Protein Interactions on the Sensitization of DNA
PublikacjaRadiotherapy, the most common therapy for the treatment of solid tumors, exerts its effects by inducing DNA damage. To fully understand the extent and nature of this damage, DNA models that mimic the in vivo situation should be utilized. In a cellular context, genomic DNA constantly interacts with proteins and these interactions could influence both the primary radical processes (triggered by ionizing radiation) and secondary reactions,...
-
Zakłócenia sprzężenia podłożowego w układach scalonych CMOS
PublikacjaTemat artykułu stanowią zagadnienia modelowania sprzężenia podłożowego w układach scalonych CMOS. Zaprezentowana została metoda modelowania podłoża oparta na funkcji Green´a, która pozwala projektantom wygenerować model podłoża na podstawie danych geometrycznych projektu topografii oraz danych technologicznych procesu. Na podstawie symulacji komputerowej dwóch mieszanych układów scalonych (oscylator pierścieniowy i "analogowy"...
-
Interstrand crosslinking of DNA in tumor and fibroblast cells by C-1311 (Symadex) and other imidazoacridinones
PublikacjaImidazoakrydony, w tym pochodna C-1311 znajdująca się w pierwszej fazie badań klinicznych prowadzonych przez firmę Xanthus Life Sciences, należą do grupy bardzo aktywnych związków przeciwnowotworowych zsyntetyzowanych w Katedrze Technologii Leków i Biochemii PG. Za pomocą zmodyfikowanej metody Parsons'a wykazaliśmy, że C-1311 indukuje w sposób zależny od stężenia międzyłańcuchowe wiązania sieciujące w komórkach różnych nowotworów...
-
DNA REPAIR
Czasopisma -
DNA SEQUENCE
Czasopisma -
Mobile DNA
Czasopisma -
DNA Reporter
Czasopisma -
Environmental DNA
Czasopisma -
Mitochondrial DNA
Czasopisma -
Identification and properties of the Deinococcus grandis andDeinococcus proteolyticus single-stranded DNA binding proteins (SSB)
PublikacjaW celu poznania właściwości biochemicznych białek SSB pochodzących z Deinococcus grandis (DgrSSB) i Deinococcus proteolyticus (DprSSB) sklonowano zaamplifikowane w reakcji PCR geny ssb w systemie ekspresyjnym Escherichia coli. Geny składają się z 891(DgrSSB) i 876 (DprSSB) nukleotydów kodujących odpowiednio 296 i 291 reszt aminokwasowych o teoretycznie wyznaczonej masie cząsteczkowej dla białek, równej 32,29 i 31,33 kDa. Sekwencja...
-
Folding‐upon‐repair DNA nanoswitches for monitoring DNA repair enzymes activity
PublikacjaWe demonstrate here a new class of DNA‐based nanoswitches that, upon enzymatic repair, could undergo a conformational change mechanism leading to a change in fluorescent signal. Such folding‐upon‐repair DNA nanoswitches are synthetic DNA sequences containing O6‐methyl‐guanine (O6‐MeG) nucleobases and labelled with a fluorophore/quencher optical pair. The nanoswitches are rationally designed so that only upon enzymatic demethylation...
-
Towards neural knowledge DNA
PublikacjaIn this paper, we propose the Neural Knowledge DNA, a framework that tailors the ideas underlying the success of neural networks to the scope of knowledge representation. Knowledge representation is a fundamental field that dedicates to representing information about the world in a form that computer systems can utilize to solve complex tasks. The proposed Neural Knowledge DNA is designed to support discovering, storing, reusing,...
-
Ocena wpływu pokarmowych kwasów nukleinowych i ich komponentów na replikacyjną i naprawczą syntezę DNA w modelach komórek ludzkiego układu pokarmowego
PublikacjaKwasy nukleinowe, do których należą DNA i RNA, są podstawowymi elementami każdej komórki niezbędnymi do prawidłowego funkcjonowania organizmu. Pomimo, że cząsteczki te stanowią również nieodłączne składniki produktów żywnościowych spożywanych przez człowieka, to badania na temat ich zawartości w żywności oraz wartości odżywczej są ograniczone. Wyniki uzyskane w niniejszej pracy doktorskiej pokazały istotne różnice w ilości, wielkości...
-
Taq DNA polymerase fused with DNA binding protein with increased resistance to inhibitors from clinical samples
PublikacjaNowadays PCR method is commonly used in molecular diagnostic. However, in many cases PCR is limited, by the presence of inhibitory substances in biological, soil or food samples Efficiency and fidelity of amplification is strongly connected with DNA polymerase and reaction conditions. To meet the requirements of modern diagnostic methods it is essential to seeking for new DNA polymerases with better properties useful in these field....
-
Viability of decisional DNA in robotics
PublikacjaThe Decisional DNA is an artificial intelligence system that uses prior experiences to shape future decisions. Decisional DNA is written in the Set Of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and is capable of capturing and reusing a broad range of data. Decisional DNA has been implemented in several fields including Alzheimer’s diagnosis, geothermal energy and smart TV. Decisional DNA is well suited to use in robotics due to the...
-
Modified DNA polymerases for PCR troubleshooting
PublikacjaPCR has become an essential tool in biological science. However, researchers often encounter problems with difficult targets, inhibitors accompanying the samples, or PCR trouble related to DNA polymerase. Therefore, PCR optimization is necessary to obtain better results. One solution is using modified DNA polymerases with desirable properties for the experiments. In this article, PCR troubleshooting, depending on the DNA polymerase...
-
Fusion of Taq DNA polymerase with single-stranded DNA binding-like protein of Nanoarchaeum equitans—Expression and characterization
PublikacjaDNA polymerases are present in all organisms and are important enzymes that synthesise DNA molecules. They are used in various fields of science, predominantly as essential components for in vitro DNA syntheses, known as PCR. Modern diagnostics, molecular biology and genetic engineering need DNA polymerases which demonstrate improved performance. This study was aimed at obtaining a new NeqSSB-TaqS fusion DNA polymerase from the...
-
Adding Interpretability to Neural Knowledge DNA
PublikacjaThis paper proposes a novel approach that adds the interpretability to Neural Knowledge DNA (NK-DNA) via generating a decision tree. The NK-DNA is a promising knowledge representation approach for acquiring, storing, sharing, and reusing knowledge among machines and computing systems. We introduce the decision tree-based generative method for knowledge extraction and representation to make the NK-DNA more explainable. We examine...
-
Dual inhibition of PI3K/Akt signaling and the DNA damage checkpoint in p53-deficient cells with strong survival signaling: implications for cancer therapy
PublikacjaOporność komórek nowotworowych na leki uszkadzjące DNA związana jest ściśle ze zdolnością do utrzymywania blok z fazie G2 cyklu komórkowego. Blok ten regulowany jest przez mechanizmy punktu kontrolnego G2/M oraz szlaki przeżycia komórkowego. W pracy badaliśmy rolę szlaku kinazy PI3K/Akt w funkcjonowaniu punktu kontrolnego cyklu komórkowego i wpływ na przeżycie komórek traktowanych lekiem przeciwnowotworowym - cisplatyną. Nasze...
-
Regulacja topologii DNA przez topoizomerazę typu II, czyli jak struktura DNA wpływa na funkcjonowanie genów
PublikacjaW wielu ważnych procesach jakie zachodzą w komórce zmienia się topologia DNA i struktura chromatyny. Enzym, topoizomeraza typu II, jest jednym z ważnych czynników, który reguluje zmiany topologiczne i strukturalne w jądrze, przez co ma bezpośredni lub pośredni wpływ na takie procesy jak uporządkowanie struktury chromatyny poprzez wiązanie pętli chromatyny do szkieletu jądrowego, transkrypcję i replikację DNA, reperację uszkodzeń...
-
Mitochondrial DNA Part A
Czasopisma -
The development of Decisional DNA digital TV
PublikacjaZaproponowano koncepcje opartej na wiedzy i doswiadczeniu telewizji cyfrowej z wbudowanym decyzyjnym DNA.
-
Phylogenetic trees of genus Oncidium Sw. based on analysis of DNA sequences
Dane BadawczeGenus Oncidium Sw. is widely regarded as a polyphiletic, and the taxonomic boundaries between him and such genera as Odontoglossum Kunth. or Miltonia Lindley remain blurred. The goal of the study was to determine the phylogenetic relationships within the genus Oncidium s.lato based on the DNA sequences analysis. The correlation between molecular data...
-
Gentiana asclepiadea exerts antioxidant activity and enhances DNA repair of hydrogen peroxide- and silver nanoparticles-induced DNA damage
PublikacjaExposure to high levels of different environmental pollutants is known to be associated with induction of DNA damage in humans. Thus DNA repair is of great importance in preventing mutations and contributes crucially to the prevention of cancer. In our study we have focused on quantitative analysis of Gentiana asclepiadea aqueous or methanolic extracts obtained from flower and haulm, their antioxidant potency in ABTS post-column...
-
Decisional DNA applied to digital TV
PublikacjaPrzedstawiono nowoczesną koncepcje integracji decyzyjnego DNA z telewizją cyfrową w celu pozyskiwania wiedzy o oglądalności poszczególnych programów.
-
Fusion of DNA-binding domain of Pyrococcus furiosus ligase with TaqStoffel DNA polymerase as a useful tool in PCR with difficult targets
PublikacjaThe DNA coding sequence of TaqStoffel polymer- ase was fused with the DNA-binding domain of Pyrococcus furiosus ligase. The resulting novel recombinant gene was cloned and expressed in E. coli. The recombinant enzyme was purified and its enzymatic features were studied. The fusion protein (PfuDBDlig-TaqS) was found to have enhanced processivity as a result of the conversion of the Taq DNA polymerase from a relatively low processive...
-
Testing the usability of decisional DNA in robotics
PublikacjaW pracy poddano dyskusji i nalizie obszary mozliwych zastowac reprezentacji wiedzy zwanej Decisional DNA w zagadnieniach zwiazanych z robotyka.
-
Preparation of DNA films for studies under vacuum conditions
PublikacjaExperiments were carried out to determine the optimum conditions required for the preparation of uniform films of supercoiled plasmid DNA to be used in irradiation experiments under high vacuum conditions. Investigations reveal that significant damage to the DNA molecules occurs due to the evacuation process when films were formed from DNA samples in ultra high purity water only. A variety of bases were tested for their possible...
-
Thermodynamics aspects of interactions between acridine derivatives and DNA
PublikacjaDNA is a molecular target for many anticancer and antiviral drugs. Therefore, a clear understanding of the interaction of small molecules with DNA is important in the rational design of ligands that can bind to DNA with high affinity and selectivity. There are several methods to investigate interactions between drug and DNA. Some of them measure changing into DNA structures, such as lengthening and untwisting of helix of DNA. Other...