Filtry
wszystkich: 882
-
Katalog
- Publikacje 560 wyników po odfiltrowaniu
- Czasopisma 30 wyników po odfiltrowaniu
- Wydawnictwa 1 wyników po odfiltrowaniu
- Osoby 22 wyników po odfiltrowaniu
- Wynalazki 1 wyników po odfiltrowaniu
- Projekty 8 wyników po odfiltrowaniu
- Zespoły Badawcze 3 wyników po odfiltrowaniu
- Kursy Online 21 wyników po odfiltrowaniu
- Wydarzenia 1 wyników po odfiltrowaniu
- Dane Badawcze 235 wyników po odfiltrowaniu
Wyniki wyszukiwania dla: EKSPRESJA GENU
-
Unieruchamianie rekombinowanej beta-galaktozydazy w reakcjach katalizowanych transglutaminazą
PublikacjaTermostabilną beta-galaktozydazę wyizolowaną z Escherichia coli zawierającej gen enzymu z Pyrococcus woesei, sieciowano transgluta-minazą na żelu krzemionkowym. Otrzymany preparat wykazuje w 70 st.C aktywność hydrolizy ONPG wynoszącą 11,573 U/g nośnika. Optymalne pH i temperatura działania enzymu wynosi odpowiednio 5,5 oraz 95 st.C. Preparat unieruchomionego enzymu zachowuje około 70 % początkowej aktywności po 1 godzinie inkubacji...
-
Anticancer imidazoacridinone C-1311 inhibits hypoxia-inducible factor-1α (HIF-1α), vascular endothelial growth factor (VEGF) and angiogenesis
PublikacjaAntitumor imidazoacridinone C-1311 is a DNA-reactive topoisomerase II and FLT3 receptor tyrosine kinase inhibitor. Here, we demonstrate the mechanism of C-1311 inhibitory action on novel targets: hypoxia-inducible factor-1α (HIF-1α), vascular-endothelial growth factor (VEGF), and angiogenesis. In a cell-free system, C-1311 prevented HIF-1α binding to an oligonucleotide encompassing a canonical hypoxia-responsive element (HRE),...
-
Konstrukcja nowych układów do diagnostyki molekularnej zakażeń o etiologii Candida spp.
PublikacjaDrożdżaki z rodzaju Candida należą do jednych z najczęściej izolowanych czynników etiologicznych zakażeń krwi. Szybka i bezbłędna identyfikacja gatunkowa pozwala na wdrożenie odpowiedniego leczenia i zwiększa szansę na powodzenie terapii. Celem badań była konstrukcja nowych układów wykorzystujących narzędzia diagnostyki molekularnej do specyficznej identyfikacji gatunkowej i rodzajowej drożdżaków Candida. Poszukiwano również nowych...
-
Novel thermostable single-stranded DNA-binding protein (SSB) from Deinococcus geothermalis
PublikacjaW celu zbadania właściwości biochemicznych białka wiążącego się do jednoniciowego DNA (SSB) pochodzącego z Deinococcus geothermalis (DgeSSB), sklonowano gen ssb otrzymany w reakcji PCR, a następnie uzyskano wydajną biosyntezę białka DgeSSB. Gen składa się z 900 par zasad, kodujących białko złożone z 300 reszt aminokwasowych, o wyliczonej masie molekularnej równej 32.45 kDa. Sekwencja aminokwasowa wykazuje 43, 44% i 75% identyczności...
-
Molecular characterization of a cryptic plasmid from the psychrotrophic antarctic bacterium Pseudoalteromonas sp. 643A
PublikacjaW ostatnich latach znacznie wzrosło zainteresowanie organizmami zimnolubnymi, głównie z powodu ich enzymów o biotechnologicznym znaczeniu. Jednak, aby wydajnie produkować takie enzymy w skali przemysłowej użyteczne jest stworzenie rekombinantowych systemów ekspresyjnych, które pozwolą na ich opłacalną produkcję. W osiągnięciu tego celu mogą pomóc odpowiednie wektory, konstruowane na bazie plazmidów pozyskiwanych z bakterii psychrofilnych/psychrotrofowych....
-
Jerzy H. Czembor Prof. dr hab.
OsobyYear of birth: 1965, Poland, Work address: Plant Breeding and Acclimatization Institute –National research Institute (IHAR-PIB), Radzikow, 05-870 Blonie, Poland. Scientific disciplines: agricultural sciences, plant pathology, plant physiology, genetics. Specialization: phytopathology, mycology, plant genetics, molecular genetics, plant breeding, breeding for disease resistance, biotechnology, evaluation of genetic resources,...
-
The occurrence and role of Nitrospira in nitrogen removal systems
PublikacjaApplication of the modern microbial techniques changed the paradigm about the microorganisms performing nitrification. Numerous investigations recognized representatives of the genus Nitrospira as a key and predominant nitrite-oxidizing bacteria in biological nutrient removal systems, especially under low dissolved oxygen and substrate conditions. The recent discovery of Nitrospira capable of performing complete ammonia oxidation...
-
The effect of UV-C irradiation on lipids and selected biologically active compounds in human milk
PublikacjaThe effect of UV-C irradiation of human milk on lipid oxidation, content of antioxidants (vitamin C and catalase, CAT) and bactericidal compounds (lysozyme), as well as the total antioxidant capacity (TAC), of the breast milk was investigated. In parallel, the extent of inactivation of some bacteria was also determined. UV-C at doses from 85 to 740 J L−1 caused total inactivation of Escherichia coli and Staphylococcus aureus, but...
-
Comparing Phylogenetic Trees by Matching Nodes Using the Transfer Distance Between Partitions
PublikacjaAbility to quantify dissimilarity of different phylogenetic trees describing the relationship between the same group of taxa is required in various types of phylogenetic studies. For example, such metrics are used to assess the quality of phylogeny construction methods, to define optimization criteria in supertree building algorithms, or to find horizontal gene transfer (HGT) events. Among the set of metrics described so far in...
-
Fusion of DNA-binding domain of Pyrococcus furiosus ligase with TaqStoffel DNA polymerase as a useful tool in PCR with difficult targets
PublikacjaThe DNA coding sequence of TaqStoffel polymer- ase was fused with the DNA-binding domain of Pyrococcus furiosus ligase. The resulting novel recombinant gene was cloned and expressed in E. coli. The recombinant enzyme was purified and its enzymatic features were studied. The fusion protein (PfuDBDlig-TaqS) was found to have enhanced processivity as a result of the conversion of the Taq DNA polymerase from a relatively low processive...
-
Bee Products and Essential Oils as Alternative Agents for Treatment of Infections Caused by S. aureus
PublikacjaBacteria of the genus Staphylococcus are important human and veterinary pathogens. A crucial characteristic for this group of bacteria is that they can easily acquire mechanisms of antibiotic resistance for a plethora of antibiotics currently in use for human and animal therapies. Therefore, there is a great need to find novel, non-antibiotic chemotherapeutics with marked antistaphylococcal activity. Promising but still underestimated...
-
Genetic features of clinical Pseudomonas aeruginosa strains
PublikacjaW grupie 62 izolatów klinicznych sprawdzono obecność 6 wybranych czynnikow wirulencji. We wcześniejszych badaniach z wykorzystaniem techniki ERIC - PCR wykazano, że w analizowanej grupie 49 (79%) to szczepy, o dużum podobieństwie genetycznym (ponad 62%), każdy z pozostałych 13 izolatów zaliczono do osobnego genotypu, o zdecydownie niższym stopniu pokrewieństwa. W przypadku wszystkich 49 szczepów z pierwszej grupy stwierdzono obecność...
-
Molecular modelling of a psychrophilic β-galactosidase
PublikacjaAntarktyczny szczep, gram-ujemnych bakterii, wyizolowanych z przewodu pokarmowego kryla z gatunku Thyssanoessa macrura, sklasyfikowany na podstawie analizy sekwencji nukleotydowej geny 16S rDNA jako Pseudoalteromonas sp. 22b jest producentem wewnątrzkomórkowej zimnolubnej beta-galaktozydazy. Ponieważ enzym ten wykazuje wysoką aktywność katalityczną w zakresie temperatur od 0 do 30 stC, stanowi on atrakcyjny biokatalizator, użyteczny...
-
Molecular aspects of biogenesis of Escherichia coli Dr Fimbriae: characterization of DraB-DraE complexes
PublikacjaHemaglutynina Dr uropatogennych szczepów Escherichia coli jest fimbrialnym homopolimerem zbudowanym z podjednostek białkowych DraE kodowanych przez operon dra. Operon dra zawiera geny draB i draC, kodujące białka homologiczne do białek (białko opiekuńcze-białko kanałotwórcze) zaangażowanych w procesie biogenezy struktur polimerycznych eksprymowanych powierzchniowo. Białko DraB jest jednym z białek periplazmatycznych, należącym...
-
Electrochemical studies of Boron-Doped Diamond enriched Laser Induced Graphene structures
Dane BadawczeThis dataset contains electrochemical studies aimed to evaluate the capability of the utilization of laser-induced graphene (LIG) with incorporated boron-doped diamond nanowall (BDNW) hybrid nanostructures for microsupercapacitors. Selected results from this dataset were published in Advanced Functional Materials journal: https://doi.org/10.1002/adfm.202206097
-
Molecular taxonomy of scopulariopsis-like fungi with description of new clinical and environmental species
Publikacja -
Postulates for measures of genuine multipartite correlations
PublikacjaA lot of research has been done on multipartite correlations. However, it seems strange thatthere is no denition of so called genuine multipartite correlations. In this paper we propose threereasonable postulates which each measure or indicator of genuine multipartite correlations (or gen-uine multipartite entanglement) should satisfy. We also introduce degree of correlations which givespartial characterization of multipartite...
-
Regulation of LPS assembly via controlled proteolysis and sensing of LPS stress in Escherichia coli
PublikacjaLipopolysaccharide (LPS) is a complex glycolipid, essential for the bacterial viability and along with phospholipids, it constitutes the major amphiphilic component of outer membrane (OM) in most of the Gram-negative bacteria, including Escherichia coli. LPS molecules confer an effective permeability barrier to the OM and play a crucial role in bacteria-environment and -host interactions. The synthesis and accumulation of this...
-
Anthra[1,2-d][1,2,3]triazine-4,7,12(3H)-triones as a New Class of Antistaphylococcal Agents: Synthesis and Biological Evaluation
PublikacjaThe development and spread of resistance of human pathogenic bacteria to the action of commonly used antibacterial drugs is one of the key problems in modern medicine. One of the especially dangerous and easily developing antibiotic resistant bacterial species is Staphylococcus aureus. Anthra[1,2-d][1,2,3]triazine-4,7,12(3H)-triones 22–38 have been developed as novel effective antistaphylococcal agents. These compounds have been...
-
Regulated assembly of lipopolysaccharide and sensing of its alterations in Escherichia coli
PublikacjaThis thesis describes mechanism of the regulation of the transcription of the rpoE gene encoding an essential RNA polymerase subunit in Escherichia coli. The RpoE regulates extracytoplasmic stress response regulon and is required to initiate transcription of genes, whose products are involvedin the folding of periplasmic proteins and synthesis and transport of outer membrane components. The transcriptional regulation of the rpoE...
-
Fungal Typin Methods
PublikacjaThe broad application of the molecular techniques in mycoses diagnosis is related to increase of infections caused by fungi in many countries. The oldest typing methods relaying on fenotypic observation, physiological and biochemical examination have had very limited importance from decades. Novadays, the molecular biology methods took their place. Most of the genotyping methods have been devoleped to be applied for typing of bacteria...
-
HDAC Inhibitors: Innovative Strategies for Their Design and Applications
PublikacjaHistone deacetylases (HDACs) are a large family of epigenetic metalloenzymes that are involved in gene transcription and regulation, cell proliferation, differentiation, migration, and death, as well as angiogenesis. Particularly, disorders of the HDACs expression are linked to the development of many types of cancer and neurodegenerative diseases, making them interesting molecular targets for the design of new efficient drugs...
-
Triazoloacridone C-1305 impairs XBP1 splicing by acting as a potential IRE1α endoribonuclease inhibitor
PublikacjaInositol requiring enzyme 1 alpha (IRE1α) is one of three signaling sensors in the unfolding protein response (UPR) that alleviates endoplasmic reticulum (ER) stress in cells and functions to promote cell survival. During conditions of irrevocable stress, proapoptotic gene expression is induced to promote cell death. One of the three signaling stressors, IRE1α is an serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease (RNase) that...
-
Polylysine for Skin Regeneration: A Review of Recent Advances and Perspectives
PublikacjaThere have been several attempts to find promising biomaterials for skin regeneration, among which polylysine (a homopolypeptide) has shown benefits in the regeneration and treatment of skin disorders. This class of biomaterials has shown exceptional abilities due to their macromolecular structure. Polylysine-based biomaterials can not only be used as tissue engineering scaffolds for skin regeneration, but also as drug carriers...
-
Disruption of homocitrate synthase genes in Candida albicans affects growth but not virulence
PublikacjaDwa geny, LYS21 i LYS22, kodujące izoformy syntazy homocytrynianowej, enzymu katalizującego pierwszy wyjątkowy etap w szlaku biosyntezy lizyny, zostały rozbite z komórkach Candida albicans z wykorzystaniem strategii ''SAT flipper''. Podwójny mutant lys21delta/lys22delta nie wykazywał aktywności syntazy homocytrynianowej, natomiast charakteryzował się auksotrofią wzrostową wobec lizyny w podłożach minimalnych, co można było odwrócić...
-
High pressure studies of Eu2+ and Mn2+ doped NaScSi2O6 clinopyroxenes
Publikacja -
A novel genetic approach to provide differentiated levels of service resilience in IP-MPLS/WDM networks
PublikacjaThis paper introduces a novel class-based method of survivable routing for connection-oriented IP-MPLS/WDM networks, called MLS-GEN-H. The algorithm is designed to provide differentiated levels of service survivability in order to respond to varying requirements of end-users. It divides the complex problem of survivable routing in IP-MPLS/WDM networks into two subproblems, one for each network layer, which enables finding the...
-
Keratinocyte-derived small extracellular vesicles supply antigens for CD1a-resticted T cells and promote their type 2 bias in the context of filaggrin insufficiency
PublikacjaIntroduction: Exosome-enriched small extracellular vesicles (sEVs) are nanosized organelles known to participate in long distance communication between cells, including in the skin. Atopic dermatitis (AD) is a chronic inflammatory skin disease for which filaggrin (FLG) gene mutations are the strongest genetic risk factor. Filaggrin insufficiency affects multiple cellular function, but it is unclear if sEV-mediated cellular communication...
-
Enhanced Charge Storage Mechanism And Long-Term Cycling Stability In Diamondized Titania Nanocomposite Supercapacitors Operating In Aqueous Electrolytes
PublikacjaThe long cycle life stability jointly with high energy density are limiting broader feasible applications of supercapacitors. The novel diamondized titania nanocomposite supercapacitors deliver high power and energy densities along with high capacitance retention rates. Supercapacitor electrodes were fabricated utilizing a combination of Ti anodization followed by chemical vapor deposition resulting in simultaneous growth of complex...
-
Database of the minimal sets of Lefschetz periods for Morse-Smale diffeomorphisms of a connected sum of g tori
Dane BadawczeMorse–Smale diffeomorphisms, structurally stable and having relatively simple dynamics, constitute an important subclass of diffeomorphisms that have been carefully studied during past decades. For a given Morse–Smale diffeomorphism one can consider “Minimal set of Lefschetz periods”, which provides the information about the set of periodic points of...
-
Sequence-dependent structural properties of B-DNA: what have we learned in 40 years?
PublikacjaThe structure of B-DNA, the physiological form of the DNA molecule, has been a central topic in biology, chemistry and physics. Far from uniform and rigid, the double helix was revealed as a flexible and structurally polymorphic molecule. Conformational changes that lead to local and global changes in the helix geometry are mediated by a complex choreography of base and backbone rearrangements affecting the ability of the B-DNA...
-
Poloxamer: A versatile tri-block copolymer for biomedical applications
PublikacjaPoloxamers, also called Pluronic, belong to a unique class of synthetic tri-block copolymers containing central hydrophobic chains of poly(propylene oxide) sandwiched between two hydrophilic chains of poly(ethylene oxide). Some chemical characteristics of poloxamers such as temperature-dependent self-assembly and thermo-reversible behavior along with biocompatibility and physiochemical properties make poloxamer-based biomaterials...
-
Drug-resistant and hospital-associated Enterococcus faecium from wastewater, riverine estuary and anthropogenically impacted marine catchment basin.
PublikacjaEnterococci, ubiquitous colonizers of humans and other animals, play an increasingly important role in health-care associated infections (HAIs). Acquisition of resistance determinants not only seriously limits available therapeutic options but also increases available gene pool for other species. It is believed that the recent evolution of two clinically relevant species, Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium occurred...
-
Esteraza GDSL z psychrotolerancyjnego szczepu Pseudomonas sp. S9 - konstrukcja systemów ekspresyjnych opartych o komórki Escherichia coli i Pichia pastoris, produkcja, oczyszczanie i charakterystyka uzyskanych białek rekombinowanych
PublikacjaW rozprawie doktorskiej celu opracowania wydajnej metody produkcji rekombinantowych wariantów sekwencyjnych enzymu esterolitycznego z psychrotolerancyjnego szczepu Pseudomonas sp. S9 zaprojektowano układy ekspresyjne umożliwiające ich produkcję w bakteriach Escherichia coli oraz drożdżach Pichia pastoris. W systemie ekspresyjnym E. coli wyprodukowano dwa warianty białek: EstS9Auto (białko zbudowane z domeny katalitycznej, domeny...
-
Rak trzustki – przyczyny oporności na chemioterapię
PublikacjaMimo ogromnego postępu jaki dokonał się w ciągu ostatnich dekad w diagnostyce, leczeniu i zapobieganiu wielu typom nowotworów, współczynnik przeżywalności w przypadku raka trzustki nadal pozostaje bardzo niski. Rak trzustki należy do bardzo źle rokujących i opornych na leczenie nowotworów. Wynika to w głównej mierze z braku skutecznej diagnostyki na wczesnym etapie rozwoju nowotworu oraz nieefektywnej terapii. U większości pacjentów...
-
Molecularly targeted nanoparticles: an emerging tool for evaluation of expression of the receptor for advanced glycation end products in a murine model of peripheral artery disease
PublikacjaAbstract Background: Molecular imaging with molecularly targeted probes is a powerful tool for studying the spatio-temporal interactions between complex biological processes. The pivotal role of the receptor for advanced glycation end products (RAGE) in numerous pathological processes, aroused the demand for RAGE targeted imaging in various diseases. In the study, we evaluated the use of a diagnostic imaging agent for RAGE quantification...
-
Oporność patogennych drożdżaków z rodzaju Candida na chemoterapeutyki przeciwgrzybowe i nowe sposoby jej przełamywania
PublikacjaCelem badania było określenie podatności na leki przeciwgrzybowe izolatów Candida od pacjentów z polskich szpitali oraz określenie mechanizmów oporności na nie. Drugim celem było zbadanie aktywności przeciwgrzybowej produktów naturalnych (olejków eterycznych i propolisów pszczelich) i mechanizmów ich działania. Prawie 20% zebranych izolatów wykazało oporność na flukonazol oraz oporność krzyżową na cztery badane azole. Większość...
-
Toxoplasma gondii: Enzyme-Linked Immunosorbent Assay using different fragments of recombinant microneme protein 1 (MIC1) for detection of immunoglobulin G antibodies
PublikacjaTrzy rekombinantowe fragmenty białka antygenowego MIC1 Toxoplasma gondii (r-MIC1ex2, r-MIC1ex34 i r-MIC1) zostały wyprodukowane jako białka fuzyjne (zawierające dwie domeny oligohistydynowe na N- i C-końcu) w komórkach bakteryjnych Escherichia coli. Homogenne preparaty antygenów rekombinantowych otrzymane z zastosowaniem jednoetapowego oczyszczania metodą chromatografii metalopowinowactwa, wykorzystano następnie do immunoidentyfikacji...
-
Customizing nano-chitosan for sustainable drug delivery
PublikacjaChitosan is a natural polymer with acceptable biocompatibility, biodegradability, and mechanical stability; hence, it has been widely appraised for drug and gene delivery applications. However, there has been no comprehensive assessment to tailor-make chitosan cross-linkers of various types and functionalities as well as complex chitosan-based semi- and full-interpenetrating networks for drug delivery systems (DDSs). Herein, various...
-
Pathogenesis of psoriasis in the “omic” era. Part III. Metabolic disorders, metabolomics, nutrigenomics in psoriasis
PublikacjaPsoriasis is a systemic disease that is strictly connected with metabolic disorders (insulin resistance, atherogenic dyslipidemia, arterial hypertension, and cardiovascular diseases). It occurs more often in patients with a more severe course of the disease. Obesity is specially an independent risk factor and it is associated with a worse treatment outcome because of the high inflammatory activity of visceral fatty tissue and...
-
Enhanced susceptibility to antifungal oligopeptides in yeast strains overexpressing ABC multidrug efflux pumps
PublikacjaPorównano podatność na działanie związków przeciwgrzybowych o strukturze oligopeptydowej oraz aminokwasowej szczepów Saccharomyces cerevisiae z usuniętymi genami kodującymi białka oporności wielolekowej oraz transformantów tych szczepów, zawierających geny CDR1, CDR2 lub MDR1, kodujące główne pompy wielolekowe Candida albicans. Rekombinowane szczepy nadprodukujące białka Cdr1p i Cdr2p wykazywały zwiększoną wrażliwość na wszystkie...
-
Why Are Left-Handed G-Quadruplexes Scarce?
PublikacjaG-quadruplexes (G4s) are nucleic acid structures crucial for the regulation of gene expression and genome maintenance. While they hold promise as nanodevice components, achieving desired G4 folds requires understanding the interplay between stability and structural properties, like helicity. Although right-handed G4 structures dominate the experimental data, the molecular basis for this preference over left-handed helicity is unclear....
-
Ogród muz II
Publikacja"Gdańsk nowożytny a świat antyczny" – to tytuł drugiego tomu publikacji stanowiącej zapis projektu "W nadbałtyckim ogrodzie muz…", zorganizowanego w roku 2015 przez PAN Bibliotekę Gdańską i Katedrę Filologii Klasycznej Uniwersytetu Gdańskiego. W tomie pierwszym, wydanym w 2016 roku pod tytułem W gdańskim ogrodzie muz, obok podstawowych dla recepcji kultury grecko-rzymskiej sfer ekspresji, jaką jest poezja i sztuka perswazji,...
-
BIOSYNTEZA ESTERAZY Z PSEUDOMONAS SP. S9 W KOMÓRKACH PICHIA PASTORIS, OCZYSZCZANIE I CHARAKTERYSTYKA
PublikacjaEnzymy lipolityczne ze względu na swoje unikalne właściwości takie jak stereo-, chemo- i regiospecyficzność znajdują szereg zastosowań w różnych gałęziach przemysłu. Lipazy i esterazy wykorzystywane są w przemyśle chemicznym, farmaceutycznym, spożywczym oraz w syntezie organicznej. W ramach wcześniejszych badań zidentyfikowałam i scharakteryzowałam aktywną w niskiej temperaturze esterazę z Pseudomonas sp. S9. Esteraza Pseudomonas...
-
Gdańsk nowożytny a świat antyczny
Publikacja"Gdańsk nowożytny a świat antyczny" – to tytuł drugiego tomu publikacji stanowiącej zapis projektu "W nadbałtyckim ogrodzie muz…", zorganizowanego w roku 2015 przez PAN Bibliotekę Gdańską i Katedrę Filologii Klasycznej Uniwersytetu Gdańskiego. W tomie pierwszym, wydanym w 2016 roku pod tytułem W gdańskim ogrodzie muz, obok podstawowych dla recepcji kultury grecko-rzymskiej sfer ekspresji, jaką jest poezja i sztuka perswazji,...
-
Quality of Cryptocurrency Mining on Previous Generation NVIDIA GTX GPUs
PublikacjaCurrently, there is a lot of previous generation NVIDIA GTX graphical processing units (GPUs) available on the market, which were ousted from by next-gen RTX units. Due to this fact, numerous fully-operational devices remain underused, which are available at an affordable price. First, this paper presents an analysis of the cryptocurrency market. Next, in this context, the results of research on the performance of NVIDIA graphics...
-
Small regulatory bacterial RNAs regulating the envelope stress response
PublikacjaMost bacteria encode a large repertoire of RNA-based regulatory mechanisms. Recent discoveries have revealed that the expression of many genes is controlled by a plethora of base-pairing noncoding small regulatory RNAs (sRNAs), regulatory RNA-binding proteins and RNA-degrading enzymes. Some of these RNA-based regulated processes respond to stress conditions and are involved in the maintenance of cellular homeostasis. They achieve...
-
Molecular dynamics simulations reveal the balance of forces governing the formation of a guanine tetrad—a common structural unit of G-quadruplex DNA
PublikacjaG-quadruplexes (G4) are nucleic acid conformations of guanine-rich sequences, in which guanines are arranged in the square-planar G-tetrads, stacked on one another. G4 motifs form in vivo and are implicated in regulation of such processes as gene expression and chromosome maintenance. The structure and stability of various G4 topologies were determined experimentally; however, the driving forces for their formation are not fully...
-
Wirtualny model zbiorników z wodą w sterowniku PLC
PublikacjaModele obiektów rzeczywistych otrzymuje się na różnorodne sposoby i wykorzystuje w różnorodnych celach. Do badania obiektów automatyki stosuje się najczęściej programy komputerowe, np.: Matlab-Simulink, Scilab, GNU Octave, itp. Można również stosować pamięć operacyjną sterowników [1, 2]. W referacie przedstawiono opis wirtualnego modelu dwóch połączonych zbiorników z wodą w sterowniku PLC. Proste przekształcenia matematyczne pozwalają...
-
Performance assessment of OpenMP constructs and benchmarks using modern compilers and multi-core CPUs
PublikacjaConsidering ongoing developments of both modern CPUs, especially in the context of increasing numbers of cores, cache memory and architectures as well as compilers there is a constant need for benchmarking representative and frequently run workloads. The key metric is speed-up as the computational power of modern CPUs stems mainly from using multiple cores. In this paper, we show and discuss results from running codes such as:...