Wyszukiwarka
Filtry
wszystkich: 11399
wybranych: 7976
-
Katalog
- Publikacje 7976 wyników po odfiltrowaniu
- Czasopisma 262 wyników po odfiltrowaniu
- Konferencje 16 wyników po odfiltrowaniu
- Osoby 162 wyników po odfiltrowaniu
- Wynalazki 22 wyników po odfiltrowaniu
- Projekty 52 wyników po odfiltrowaniu
- Laboratoria 3 wyników po odfiltrowaniu
- Zespoły Badawcze 1 wyników po odfiltrowaniu
- Aparatura Badawcza 7 wyników po odfiltrowaniu
- Kursy Online 145 wyników po odfiltrowaniu
- Wydarzenia 15 wyników po odfiltrowaniu
- Dane Badawcze 2738 wyników po odfiltrowaniu
Filtry wybranego katalogu
wyświetlamy 1000 najlepszych wyników Pomoc
Wyniki wyszukiwania dla: MOLECULAR CHAPERONE SYSTEM
-
Urinary Tract Infections of Escherichia coli Strains of Chaperone-Usher System
PublikacjaZakażenia dróg moczowych stanowią bardzo poważny problem zdrowotny i ekonomiczny dotyczący milionów ludzi, każdego roku na całym świecie. Najbardziej rozpowszechnionym czynnikiem etiologicznym tego typu infekcji bakteryjnych, obejmujących górne i dolne drogi moczowe, są szczepy E. coli, reprezentujące około 80% przypadków. Uropatogenne szczepy E. coli produkują kilka czynników urowirulentncyh, które można podzielić na dwa główne...
-
The chaperone-usher pathway of bacterial adhesin biogenesis - from molecular mechanism to strategies of anti-bacterial prevention and modern vaccine design
PublikacjaSystem chaperone-usher (białko opiekuńcze-białko kanałotwórcze) warunkuje biogenezę powierzchniowych struktur adhezyjnych, odpowiedzialnych za wirulencję wielu bakterii gram-ujemnych. Powyższy mechanizm został zbadany na poziomie strukturalnym w przypadku różnych gatunków bakterii patogennych. Celem powyższej pracy było przedstawienie molekularnego mechanizmu biogenezy struktur adhezyjnych na bazie systemu chaperone-usher. Otrzymane...
-
Formation of Protein Networks between Mucins: Molecular Dynamics Study Based on the Interaction Energy of the System
PublikacjaMolecular dynamics simulations have been performed for a model aqueous solution of mucin. As mucin is a central part of lubricin, a key component of synovial fluid, we investigate its ability to form cross-linked networks. Such network formation could be of major importance for the viscoelastic properties of the soft-matter system and crucial for understanding the lubrication mechanism in articular cartilage. Thus,the inter- and...
-
Early stages of condensation from the gaseous phase in a H2O-N2 system: a molecular dynamics study.
PublikacjaW pracy przedstawiono wyniki symulacji wczesnych etapów kondensacji z fazy gazowej w układzie xH2O (1-x)N2. Przeanalizowano całkowitą liczbę klastrów, średni rozmiar klastra i rozmiar klastra maksymalnego w funkcji czasu.
-
Experimental verification of multiband system of non coantact temperature measurements. IV Workshop on Atomic and Molecular Physics.
PublikacjaW pracy przedstawiono wielopasmowy optoelektroniczny system do bezkontaktowych pomiarów temperatury wykonane za jego pomocą w zakresie od 250 do 390 stopni Celsjusza. Przeprowadzono dyskusję błędów pomiarowych i porównano otrzymane rezultaty z wynikami modelowania komputerowego.
-
Molecular basis for the bifunctional Uba4–Urm1 sulfur‐relay system in tRNA thiolation and ubiquitin‐like conjugation
Publikacja -
Novel 1,2,3-Triazole Derivatives as Mimics of Steroidal System—Synthesis, Crystal Structures Determination, Hirshfeld Surfaces Analysis and Molecular Docking
PublikacjaHerein, we present the synthesis and crystal structures determination of five 4-(1-phenyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)phenol derivatives containing halogen atoms, 6a–e, which may be used as an excellent mimic of steroids in the drug development process. Good quality crystals obtained for all of the synthesized compounds allowed the analysis of their molecular structures. Subsequently, the determined crystal structures were used to calculate...
-
The extended version of restriction analysis approach for the examination of the ability of low-molecular-weight compounds to modify DNA in a cell-free system
PublikacjaOne of the primary requirements in toxicology is the assessment of ability of chemicals to induce DNA covalent modification. There are several well-established methods used for this purpose such as 32P-Postlabeling or HPLC-MS. However, all of these approaches have difficult to overcome limitations, which prevents their use in genotoxin screening. Here, we describe the simple protocol exploiting specificity of restriction enzymes...
-
Synergic Effect of Selected Ingredients and Calcium Chloride on the Technological, Molecular and Microbial Usefulness of Eggshells and Their Impact on Sensory Properties in a Food Model System
Publikacja -
The Ellenbogen’s “Matter as Software” Concept for Quantum Computer Implementation: IV. The X@C60 Molecular Building Blocks (MBBs) and Computing System Lifetime Estimation
PublikacjaThe problem of approximate lifetimes of individual X@C60 MBBs and tip-based nanofabricated quantum computing device systems is discussed under the conservative assumption of single-point failure. A single chemical transformation of the C60 cage into high-energy opened o-C60 isomer which forms the communication canal for the low energy transfer of an X atom from X@C60 MBB to the outside environment was studied. According to the...
-
Investigation of mechanism of desmopressin binding in vasopressin V2 receptor versus vasopressin V1a and oxytocin receptors: Molecular dynamics simulation of the agonist-bound state in the membrane–aqueous system
Publikacja -
Pilicides effectively hinder chaperone-usher interactions in all Gram-negative bacteria
PublikacjaThe chaperone-usher pathway of adhesive structures biogenesis is highly conserved in all Gram-negative bacteria. Pili are polymers of thousands protein subunits that possess conserved immunoglobuline-like structure denoted by lack of the seventh G strand. The effect of this structural defect is a hydrophobic acceptor cleft. The folding of protein subunits is strictly dependent on the action of specific periplasmic chaperone protein...
-
Structure and evolution of the 4-helix bundle domain of Zuotin, a J-domain protein co-chaperone of Hsp70
PublikacjaThe J-domain protein Zuotin is a multi-domain eukaryotic Hsp70 co-chaperone. Though it is primarily ribosome-associated, positioned at the exit of the 60S subunit tunnel where it promotes folding of nascent polypeptide chains, Zuotin also has off-ribosome functions. Domains of Zuotin needed for 60S association and interaction with Hsp70 are conserved in eukaryotes. However, whether the 4-helix bundle (4HB) domain is conserved remains...
-
Analysis of the unique structural and physicochemical properties of the DraD/AfaD invasin in the context of its belonging to the family of chaperone/usher type fimbrial subunits
PublikacjaInwazyna DraD kodowana przez operon dra posiada strukturę charakterystyczną dla białek podjednostkowych fimbrii typu chaperone-usher. Fold-Ig białka DraD posiada dwie charakterystyczne cechy wyróżniające je z pośród rodziny fimbrialnych białek podjednostkowych: 1) zaburzenie struktury beta-beczki w rejonie szczeliny akceptorowej objawiające się układem wiązań wodorowych głównego łańcucha polipeptydowego oraz 2) nietypowo usytuowany...
-
Molecular basis of essentiality of early critical steps in the lipopolysaccharide biogenesis in Escherichia coli K-12: requirement of MsbA, cardiolipin, LpxL, LpxM and GcvB
PublikacjaTo identify the physiological factors that limit the growth of Escherichia coli K-12 strains synthesizing minimal lipopolysaccharide (LPS), we describe the first construction of strains devoid of the entire waa locus and concomitantly lacking all three acyltransferases (LpxL/LpxM/LpxP), synthesizing minimal lipid IVA derivatives with a restricted ability to grow at around 21 °C. Suppressors restoring growth up to 37 °C of Δ(gmhD-waaA)...
-
Role of the disulfide bond in stabilizing and folding of the fimbrial protein DraE from uropathogenic Escherichia coli
PublikacjaDr fimbriae are homopolymeric adhesive organelles of uropathogenic Escherichia coli composed of DraE subunits, responsible for the attachment to host cells. These structures are characterized by enormously high stability resulting from the structural properties of an Ig-like fold of DraE. One feature of DraE and other fimbrial subunits that makes them peculiar among Ig-like domain-containing proteins is a conserved disulfide bond...
-
Fatty acyl benzamido antibacterials based on inhibition of DnaK-catalyzed protein folding
PublikacjaWe have reported that the hsp70 chaperone DnaK from Escherichia coli might assist protein folding by catalyzing the cis/trans isomerization of secondary amide peptide bonds in unfolded or partially folded proteins. In this study a series of fatty acylated benzamido inhibitors of the cis/trans isomerase activity of DnaK was developed and tested for antibacterial effects in E. coli MC4100 cells. Nα-[Tetradecanoyl-(4-aminomethylbenzoyl)]-l-asparagine...
-
Preclusion of irreversible destruction of Dr adhesin structures by a high activation barrier for the unfolding stage of the fimbrial DraE subunit
PublikacjaFimbrie Dr uropatogennych szczepów Escherichia coli stanowią przykład eksponowanych powierzchniowo struktur adhezyjnych podlegających biogenezie według zakonserwowanego, pośród bakterii Gram-ujemnych, systemu "chaperone-usher" ("białko opiekuńcze-zewnątrzbłonowe białko kanałowe"). Powyższe struktury adhezyjne są niezbędne w procesie specyficznej adhezji bakterii do receptorów zlokalizowanych na powierzchni docelowych komórek gospodarza....
-
Integrated system of transport safety
PublikacjaW styczniu 2007 Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego, na podstawie konkursu na projekt badawczy zamawiany PBZ 2/2006, podjął decyzję o przyznaniu prawa realizacji trzyletniego projektu pt. ''Zintegrowany system bezpieczeństwa transportu'' konsorcjum naukowemu w składzie: Politechnika Gdańska, Politechnika Śląska, Instytut Techniczny Wojsk Lotniczych w Warszawie oraz Akademia Morska w Szczecinie. Przedmiotem niniejszego referatu...
-
Alternative treatment approaches of urinary tract infections caused by uropathogenic Escherichia coli strains
PublikacjaUrinary tract infections (UTIs) are the most widespread and annoying infections affecting millions of people every year annually. The biggest problem of urinary diseases are recurrences, the increasing resistance of uropathogens to commonly used antibiotics, as well as the high health care costs of afflicted persons. Uropathogenic Escherichia coli strains (UPECs) are the most dominant etiologic agent of community-acquired infections...
-
Multimedia noise monitoring system
PublikacjaW artykule przedstawiono Multimedialny System Monitorowania Hałasu. Projekt jest sieciocentrycznym systemem dedykowanym monitorowaniu zagrożeń hałasem. Jego nadrzędnym celem jest zwiększenie skuteczności w zakresie profilaktyki chorób słuchu. Umożliwia pobieranie, gromadzenie, analizę i wizualizację danych dotyczących hałasu, pobieranych ze zdalnych urządzeń pomiarowych oraz elektronicznych ankiet dostępnych przez Internet. Ponadto...
-
Guido: a musical score recognition system
PublikacjaThis paper presents an optical music recognition system Guido that can automatically recognize the main musical symbols of music scores that were scanned or taken by a digital camera. The application is based on object model of musical notation and uses linguistic approach for symbol interpretation and error correction. The system offers musical editor with a partially automatic error correction.
-
Container monitoring system
PublikacjaW pracy przedstawiono koncepcję systemu monitorowania kontenerów przewożonych drogą morską. Scharakteryzowano główne cechy oraz przedstawiono modułowo-warstwowy schemat funkcjonalny. Ponadto opisano założenia funkcjonalno-użytkowe dotyczące Inteligentnego Modułu Kontenerowego (SCM), będącego podstawowym elementem składowym systemu. Przedstawiono również główne zadania projektowe związane z realizacją projektu
-
Crystal structures of the DsbG disulfide isomerase reveal an unstable disulfide
PublikacjaDsb proteins control the formation and rearrangement of disulfide bonds during the folding of secreted and membrane proteins in bacteria. DsbG, a member of this family, has disulfide bond isomerase and chaperone activity. Here, we present two crystal structures of DsbG at 1.7- and 2.0-Angstrom resolution that are meant to represent the reduced and oxidized forms, respectively. The oxidized structure, however, reveals a mixture...
-
Patomechanizm zakażeń dróg moczowych wywoływanych przez uropatogenne szczepy E. coli
PublikacjaZakażenia układu moczowego (ZUM) to jedne z najczęstszych i najbardziej powszechnych infekcji bakteryjnych, dotykających każdego roku nawet 150 milionów ludzi na świecie. Problem z tego typu infekcjami wynika z przewlekłości choroby, nawrotów i wzrastającej lekooporności powodujących je patogenów. Uropatogenne szczepy E. coli (UPEC) są głównym czynnikiem przyczynowym ZUM. Bakterie tej grupy zawierają wiele czynników adhezyjnych...
-
MEMS based voice message system for elevators
PublikacjaW artykule przedstawiono implementację systemu głosowych komunikatów w windach. Prezentowany system posiada unikalną cechę polegającą na tym, że do działania nie potrzebuje połączenia z systemem sterującym windy. Zasilany z baterii lub akumulatorów może być zamontowany w ścianie windy, wymaga tylko prostej kalibracji. System oparty jest na akcelerometrach MEMS dokonujących pomiaru przeciążeń w kabinie windy. W artykule przedstawiono...
-
Polarization sensitive optical coherence tomography system
PublikacjaW pracy pokazano system OCT czuły na stan polaryzacji do pomiaru właściwości dwójłomnych wybranych ośrodków rozpraszających światło. W systemie zastosowano detekcję zrównoważoną. Pokazano wstępne wyniki pomiarowe.
-
Intelligent system for editing and analysis of examination documents
PublikacjaOpisano ogólną koncepcję systemu IATE - systemu do edycji i automatycznej analizy testów egzaminacyjnych. Edytor systemu umożliwia generację 4 typów testów o dowolnej liczbie pytań (do 8 stron tekstu), różnej formie udzielania odpowiedzi oraz możliwością tworzenia wariantów testu. Bardziej szczegółowo opisano wybrane fragmenty systemu: analizę nagłówka testu, edycję i organizację segmentu tworzenia wariantów testu oraz organizację...
-
Road safety system in Poland
PublikacjaCelem niniejszego artykułu jest przedstawienie kluczowych dla poprawy brd elementów diagnozy stanu i systemu bezpieczeństwa w Polsce, które jednocześnie mogłyby wejść w zakres działań objętych Projektem ZEUS. Ocenę diagnozy wykonano poprzez porównanie z wzorcami z tych krajów, które od lat uważa się za liderów w zakresie bezpieczeństwa.
-
The system for identification of the band saw wheel cross profile
PublikacjaPrzedstawiono system do identyfikacji zarysu poprzecznego koła pilarki taśmowej, dzięki któremu producent pił taśmowych ma możliwość naprężenia brzeszczotu piły w sposób zapewniający jej poprawną pracę. Opisano budowę i zasadę działania systemu. Uzyskane dane mogą być wprowadzane do układów sterowania automatycznych urządzeń ze sterowaniem CNC (naprężających piły taśmowe). Dane systemu: szerokość sprawdzanych kół do 300 mm, dokładność...
-
Protection system against electromagnetic leak of information
PublikacjaW pracy omówiono problem zabezpieczenia przed ulotem elektromagnetycznym informacji. Scharakteryzowano obowiązujace w tym względzie wybrane dokumenty normatywne. Opisano stosowane sposoby zapobiegania ulotowi informacji oraz prezentowano metodykę badawczą. Przedstawiono wybrane wyniki pomiarowe.
-
The sun tracking photovoltaic system in Northern Poland
PublikacjaPrezentowana fotowoltaiczna instalacja nadążna została umieszczona na dachu budynku Wydziału Chemicznego Politechniki Gdańskiej i składa się z czterech modułów: systemu PV, układu komputerowej kontroli położenia, stacji meteorologicznej, umożliwiającej analizę wpływu warunków atmosferycznych (prędkości i kierunku wiatru, temperatury powietrza, nasłonecznienia) na parametry pracy modułów fotowoltaicznych oraz komputerowego systemu...
-
A two-plasmid Escherichia coli system for expression of Dr adhesins
PublikacjaPraca opisuje konstrukcję wydajnego systemu produkcji fimbrii Dr. System składa się z dwóch plazmidów. Plazmid pACYCpBAD-DraC-C-His zawiera pod kontrolą promotora arabinozowego gen draC kodujący białko kanałotwórcze DraC. Plazmid pET-30b-sygDraBE zawiera pod kontrolą promotora T7lac geny draB i draE kodujące odpowiednio białko opiekuńcze DraB oraz adhezynę DraE. Oba plzamidy posiadają różne ori replikacji co pozwala na ich jednoczesne...
-
An automatic system for identification of random telegraph signal (RTS) noise in noise signals
PublikacjaIn the paper the automatic and universal system for identification of Random Telegraph Signal (RTS) noise as a non-Gaussian component of the inherent noise signal of semiconductor devices is presented. The system for data acquisition and processing is described. Histograms of the instantaneous values of the noise signals are calculated as the basis for analysis of the noise signal to determine the number of local maxima of histograms...
-
The noncanonical disulfide bond as the important stabilizing element of the immunoglobulin fold of the Dr fimbrial DraE subunit
PublikacjaAdhezyny fimbrialne bakterii patogennych stanowią liniowe asocjaty białkowe odpowiedzialne za wiązanie do specyficznych receptorów na powierzchni komórek gospodarza. Biogeneza tych struktur odbywa się przez system sekrecji typu chaperone/usher zakonserwowany pośród bakterii Gram-ujemnych. Powyższe struktury adhezyjne charakteryzują się wysoką odpornością na denaturację i deasocjację, powodowane przez temperaturę lub chemiczne czynniki...
-
A picocellular UMTS/TDD overlay on GSM system for indoor environment
PublikacjaW pracy przedstawiono nakładkę CDMA na system GSM. Nakładka użytkuje system UMTS w trybie TDD i jest przeznaczona do funkcjonowania wewnątrz budynków w obszarze makrokomórki systemu GSM. Wyniki badań przedstawione w pracy ukazują znaczny wzrost efektywności wykorzystania tego samego pasma przez oba systemy i uzyskanie znacznej pojemności dla nakładki bez degradacji pracy systemu GSM
-
The Web Based System for Recording and Analysing Different Kinds o Negotiations
PublikacjaNegocjacje są podstawą wielu ludzkich przedsięwzięć. Artykuł opisuje internetowy system rejestracji i analizy wybranych elementów negocjacji. Przedstawiono też wybrane eksperymenty negocjacyjne i ich wyniki zebrane przy pomocy omawianego systemu.
-
Portable computer diagnostics system PSD - the measurement potentiality and application examples
PublikacjaOpisano system diagnostyczny do pomiarów statycznych i dynamicznych wszelkiego typu maszyn stosowanych w przemyśle drzewnym. ocena stanu maszyny może byc dokonywana na podstawie wyników pomiaru bicia osiowego i promieniowego wrzecion, pił tarczowych, przemieszczeń poprzecznych piły tasmowej itp.. System jest wyposażony w specjalne oprogramowanie i pozwala m. in. na przeprowadzanie szczegółowych analiz tj. wykonywanie FFT lub filtrowanie...
-
Conformational stability of the full-atom hexameric model of the ClpB chaperone fromEscherichia coli
Publikacja -
Underwater acoustic communications system with error correction and synchronization coding
PublikacjaNiezawodna transmisja danych w wielodrogowym i niestacjonarnym płytkim kanale podwodnym wymaga zastosowania efektywnej techniki modulacji oraz equalizacji adaptacyjnej. W zaproponowanym artykule w systemie transmisji danych zastosowano modulację OFDM oraz equalizację adaptacyjną opartą o filtrację Kalmana. Ponadto zaimplementowano dwie techniki kodowania: FEC w celu eliminacji błędów transmisji oraz kodowanie pseudoszumowe, którego...
-
A computer system for the complete design of ship propellers
PublikacjaPraca zawiera opis metody obliczeniowej pozwalającej na zaprojektowanie okrętowej śruby napędowej dla również obliczeniowo wyznaczonego niejednorodnego pola prędkości za kadłubem statku o znanej geometrii i parametrach ruchu. Metoda pozwala na właściwe ujęcie efektu skali i konsekwencji obecności płetwy sterowej za projektowaną śrubą.
-
Automatic system for audio-video material reconstruction and archiving
PublikacjaReferat przedstawia propozycję modelu systemu automatycznej archiwizacji i rekonstrukcji nagrań audio-wideo. Założeniem tego rozwiązania jest uczynienie procesu rekonstrukcji nagrań bardziej niezależnym od człowieka. Ma to na celu redukcję kosztów rekonstrukcji przetwarzanych nagrań. Z powodu dużej liczby archiwalnych nagrań audio-wideo istnieje potrzeba stworzenia systemu który umożliwi automatyczną indeksację ich treści. Pomoże...
-
Integrated multiscale 3d imaging geographic information system using acoustic data
PublikacjaW artykule zaprezentowano prototyp zintegrowanego systemu informacji geograficznej do trójwymiarowej wizualizacji danych uzyskanych metodami akustycznymi. System wykorzystuje dane pochodzące z systemów wielowiązkowych, sonarów bocznych oraz echosond jednowiązkowych. Otrzymane wyniki zostały zaprezentowane w postaci trójwymiarowych interaktywnych scen obszaru Zatoki Gdańskiej.
-
Interatomic potential suitable for the modeling of penta-graphene: Molecular statics/molecular dynamics studies
PublikacjaWe test the potentials available for elemental carbon, with the scope to choose the potential suitable for the modeling of penta-graphene, the latest two dimensional carbon allotrope. By using molecular statics and molecular dynamics simulations we show that there is only one potential e namely the Tersoff-type potential proposed by Erhart and Albe in 2005 e which is able to correctly describe all the important features of penta-graphene....
-
Comparative molecular modelling of biologically active sterols
PublikacjaMembrane sterols are targets for a clinically important antifungal agent – amphotericin B. The relatively specific antifungal action of the drug is based on a stronger interaction of amphotericin B with fungal ergosterol than with mammalian cholesterol. Conformational space occupied by six sterols has been defined using the molecular dynamics method to establish if the conformational features correspond to the preferential interaction...
-
Molecular dynamics simulations of the growth of poly (chloro-para-xylylene) films.
PublikacjaParylene C, poly(chloro-para-xylylene) is the most widely used member of the parylene family due to its excellent chemical and physical properties. In this work we analyzed the formation of the parylene C film using molecular mechanics and molecular dynamics methods. A five unit chain is necessary to create a stable hydrophobic cluster and to adhere to a covered surface. Two scenarios were deemed to take place. The obtained results...
-
Optimization of Hydrogen - Evolving Photochemical Molecular Devices
PublikacjaA molecular photocatalyst consisting of a RuII photocenter, a tetrapyridophenazine bridging ligand, and a PtX2 (X=Cl or I) moiety as the catalytic center functions as a stable system for light-driven hydrogen production. The catalytic activity of this photochemical molecular device (PMD) is significantly enhanced by exchanging the terminal chlorides at the Pt center for iodide ligands. Ultrafast transient absorption spectroscopy...
-
Antimicrobial molecular nanocarrier–drug conjugates
PublikacjaMany antimicrobial drugs are poorly active against pathogenic microbes causing intracellular infections, such as Mycobacterium tuberculosis or Plasmodium falciparum. On the other hand, several known antimicrobial agents are not effective enough because of their limited cellular penetration. A common feature of both challenges is the inability of an active agent to cross the biological membrane(s). One of the possible approaches...
-
Measurements of Subnanometer Molecular Layers
PublikacjaSelected methods of formation and detection of nanometer and subnanometer molecular layers were shown. Additionally, a new method of detection and measurement with subnanometer resolution of layers adsorbed or bonded to the gate dielectric of the ion selective field effect transistor (ISFET) was presented.
-
Molecular Umbrella as A Nanocarrier for Antifungals
PublikacjaA molecular umbrella composed of two O‐sulfated cholic acid residues was applied for the construction of conjugates with cispentacin, containing a “trimethyl lock” (TML) or o‐dithiobenzylcarbamoyl moiety as a cleavable linker. Three out of five conjugates demonstrated antifungal in vitro activity against C. albicans and C. glabrata but not against C. krusei, with MIC90 values in the 0.22–0.99 mM range and were not hemolytic. Antifungal...
-
LRIT - a novel system of vessels monitoring for maritime security and safety
PublikacjaW artykule przedstawiono propozycję architektury przyszłego, globalnego systemu monitorowania statków LRIT (Long Range ship's Identification and Tracking) podlegających konwencji SOLAS. Przedstawiono i scharakteryzowano poszczególne komponenty systemu ze szczególnym uwzględnieniem aspektów radiokomunikacyjnych.
-
FUNKCJONALIZOWANIE 2H-TIAZOLO[3,2-α]PIRYDYN-5-(3H)-ONÓW, ALTERNATYWNA ŚCIEŻKA SYNTEZY NOWYCH PILICYDÓW
PublikacjaUropatogenne szczepy Escherichia coli są przyczyną blisko 80% przypadków zakażeń dróg moczowych (ang. UTI- Urinary tract infection). Ponadto, aż 30% odmiedniczkowego zapalenia nerek występującego u ciężarnych kobiet jest spowodowane przez szczepy E.coli Dr+. Szerząca się lekooporność bakterii i trudności w leczeniu UTI wymusiły na środowiskach naukowych poszukiwania nowych związków chemicznych pełniących rolę chemoterapeutyków. Na...
-
Albumin–Hyaluronan Interactions: Influence of Ionic Composition Probed by Molecular Dynamics
PublikacjaThe lubrication mechanism in synovial fluid and joints is not yet fully understood. Nevertheless, intermolecular interactions between various neutral and ionic species including large macromolecular systems and simple inorganic ions are the key to understanding the excellent lubrication performance. An important tool for characterizing the intermolecular forces and their structural consequences is molecular dynamics. Albumin...
-
A neural network based system for soft fault diagnosis in electronic circuits
PublikacjaW artykule przedstawiono system do diagnostyki uszkodzeń parametrycznych w układach elektronicznych. W systemie zaimplementowano słownikową metodę lokalizacji uszkodzeń, bazującą na pomiarach w dziedzinie częstotliwości przeprowadzanych za pomocą analizatora transmitancji HP4192A. Rozważono główne etapy projektowania systemu: definiowanie modelu uszkodzeń, wybór optymalnych częstotliwosci pomiarowych, ekstrakcję cech diagnostycznych,...
-
Molecular level interpretation of excess infrared spectroscopy
PublikacjaInfrared (IR) spectroscopy is an invaluable tool in studying intermolecular interactions in solvent mixtures. The deviation of the IR spectrum of a mixture from the spectra of its pure components is a sensitive measure of the non-ideality of solutions and the modulation of intermolecular interactions introduced by mutual influence of the components. Excess IR spectroscopy, based on the established notion of excess thermodynamic...
-
System for characterisation and multidimensional imaging of seafloor using multibeam sonar data
PublikacjaMultibeam sonars are widely used in applications like high resolution bathymetry measurements, underwater object detection and imaging, etc. Also, they are the promising tool in seafloor characterisation and classification, having several advantages over conventional single beam echosounders. The proposed approach to seafloor classification relies on the combined use of three different techniques. In each of them, a set of descriptors...
-
Adsorption onto zeolites: molecular perspective
Publikacja2D minerals are among key elements of advanced systems, but the need for understanding their interactions/reactions with materials and systems in which they are involved necessitates tracking their molecular and atomic monitoring. Zeolitic structures are microporous materials formed in the nature through volcanic activities or synthesis. Because of their outstanding physicochemical properties like cation exchange capacity and excellent...
-
Molecular Imaging and Nanotechnology—Emerging Tools in Diagnostics and Therapy
PublikacjaPersonalized medicine is emerging as a new goal in the diagnosis and treatment of diseases. This approach aims to establish differences between patients suffering from the same disease, which allows to choose the most effective treatment. Molecular imaging (MI) enables advanced insight into molecule interactions and disease pathology, improving the process of diagnosis and therapy and, for that reason, plays a crucial role in personalized...
-
Mechanism of Binding of Antifungal Antibiotic Amphotericin B to Lipid Membranes: An Insight from Combined Single-Membrane Imaging, Microspectroscopy, and Molecular Dynamics
PublikacjaAmphotericin B is a lifesaving polyene antibiotic used in the treatment of systemic mycoses. Unfortunately, the pharmacological applicability of this drug is limited because of its severe toxic side effects. At the same time, the lack of a well-defined mechanism of selectivity hampers the efforts to rationally design safer derivatives. As the drug primarily targets the biomembranes of both fungi and humans, new insights into the...
-
Expert System as a classification method for optimal Legg-Calve-Perthes Disease treatment
PublikacjaZaproponowano utworzenie systemu eksperckiego jako metody klasyfikacji w prognozowaniu dowolnej formy leczenia dzieci z chorobą Legg-Calve-Perthesa. Obecnie nie ma jednego optymalnego sposobu leczenia choroby Perhtes'a i proponowana metoda jest próbą utworzenia wymiernego i uniwersalnego narzędzia, które będzie stanowiło podstawę przy podejmowaniu decyzji o najlepszym sposobie leczenia chorego stawu biodrowego. System ekspercki,...
-
Propulsion system with a hydraulic transmision for a low draught inland vessel
PublikacjaW artykule przedstawiono założenia i uwarunkowania techniczne oraz projekt koncepcyjny dwóch wariantów układu napędowego statku śródlądowego o małym zanurzeniu. Oba warianty dotyczą systemu Diesel-hydraulicznego, przy czym pierwszy - z tradycyjną, poziomą linią wałów i śrubami stałymi w wychylnych dyszach Korta, a drugi - z pędnikami azymutalnymi. Projekt zawiera schemat systemu napędowego oraz wizualizację rozmieszczenia podstawowych...
-
The DraC usher in Dr fimbriae biogenesis of uropathogenic E. coli Dr+ strains
PublikacjaBiogeneza fimbrii Dr kodowanych przez operon dra uropatogennych szczepów Escherichia coli (infekcje górnych dróg moczowych) odbywa się na bazie zakonserwowanego systemu sekrecji typu chaperone-usher. Funkcjonowanie powyższego systemu sekrecji opiera się na dwóch komponentach białkowych, periplazmatycznym chaperonie DraB i zewnątrzbłonowym kanale DraC. Białko DraB kontroluje proces składania podjednostek fimbrialnych DraE, natomiast...
-
Molecular dynamics studies of polyurethane nanocomposite hydrogels
PublikacjaPolyurethane PEO-based hydrogels have a broad range of biomedical applicability. They are attractive for drug-controlled delivery systems, surgical implants and wound healing dressings. In this study, a PEO based polyurethane hydrogels containing Cloisite R 30B, an organically modified clay mineral, was synthesized. Structure of nanocomposite hydrogels was determined using XRD technique. Its molecular dynamics was studied by means...
-
Anion–water interactions of weakly hydrated anions: molecular dynamics simulations of aqueous NaBF4 and NaPF6
PublikacjaIn aqueous ionic solutions, both the structure and the dynamics of water are altered dramatically with respect to the pure solvent. The emergence of novel experimental techniques makes these changes accessible to detailed investigations. At the same time, computational studies deliver unique possibilities for the interpretation of the experimental data at the molecular level. Here, using molecular dynamics simulations, we demonstrate...
-
Molecular Targets for Anticandidal Chemotherapy
PublikacjaA relatively small number of anticandidal chemotherapeutics used in clinical practice is at least in part consequence of a limited number of their molecular targets: ergosterol in the membrane, lanosterol demethylase, b(1!3) glucan synthase, and DNA/RNA biosynthesis. Much more potential novel targets have been revealed by the comparative genomic studies identifying essential genes unique for Candida albicans or resulted from recognition...
-
DFMA guidelines and a data base system in integrated development of hydraulic pumps
PublikacjaPrzedstawiono koncepcję budowy systemu decyzyjnego, dla zintegrowanego rozwoju pomp hydraulicznych oraz doboru adekwatnych technik wytworzenia komponentów i procesów montażu, z zastosowaniem metodyki SADT/IDEF0 oraz ogólnych wytycznych DFMA. Omówiono stosowane w przemyśle krajowym konstrukcje pomp zębatych z łożyskami tocznymi oraz udoskonalone rozwiązania projektowe tych pomp z łożyskami ślizgowymi (polimerowymi). Wskazano na...
-
Taking advantage of the shared explicit cache system based critical sections in the shared memory parallel architectures
PublikacjaArtykuł prezentuje nową metodę implementacji sekcji krytycznych w równoległych architekturach z pamięcią współdzieloną, takich jak systemy zintegrowane wielowątkowe wieloprocesorowe. Metoda stanowi modyfikację i rozbudowanie metody zwanej Folding, dostępnej w procesorach sieciowych oraz jest w założeniach podobna do techniki zwanej cache-based locking. W porównaniu do dostępnych metod, nowa metoda usuwa problemy skalowalności i...
-
The surface photoconductivity in molecular layers
PublikacjaW pracy przedstawiono rezultaty analizy fotoprądów powierzchniowych w cienkich warstwach tetracenu i pentacenu. W szczególności badano wpływ obecności defektów strukturalnych w warstwach na charakterystyki fotoprądów i transport nośników ładunku.
-
Diagnostic system of cylindrical shell based on experimental modes and wavelet analysis
PublikacjaArtykuł poświęcony jest technice lokalizacji uszkodzeń w powłoce cylindrycznej. Na podstawie eksperymentalnie wyznaczonych postaci drgań oraz analizy falkowej wyznaczono miejsce uszkodzenia. Przedstawiono algorytm poszukiwania uszkodzeń poprzez zastosowanie sztycznej sieci neuronowej.
-
Complementation studies of the DnaK–DnaJ–GrpE chaperone machineries from Vibrio harveyi and Escherichia coli, both in vivo and in vitro
Publikacja -
Evaluating experimental molecular physics studies of radiation damage in DNA*
PublikacjaThe field of Atomic and Molecular Physics (AMP) is a mature field exploring the spectroscopy, excitation, ionisation of atoms and molecules in all three phases. Understanding of the spectroscopy and collisional dynamics of AMP has been fundamental to the development and application of quantum mechanics and is applied across a broad range of disparate disciplines including atmospheric sciences, astrochemistry, combustion and environmental...
-
Molecular properties with dual basis set methods
Publikacja -
Positron binding to alkali-metal hydrides: The role of molecular vibrations
PublikacjaThe bound vibrational levels for J=0 have been computed for the series of alkali-metal hydride molecules from LiH to RbH, including NaH and KH. For all four molecules the corresponding potential-energy curves have been obtained for each isolated species and for its positron-bound complex (e+XH). It is found that the calculated positron affinity values strongly depend on the molecular vibrational state for which they are obtained...
-
Molecular Recognition in Complexes of TRF Proteins with Telomeric DNA
PublikacjaTelomeres are specialized nucleoprotein assemblies that protect the ends of linear chromosomes. In humans and many other species, telomeres consist of tandem TTAGGG repeats bound by a protein complex known as shelterin that remodels telomeric DNA into a protective loop structure and regulates telomere homeostasis. Shelterin recognizes telomeric repeats through its two major components known as Telomere Repeat-Binding Factors, TRF1...
-
Molecular Strategy for Survival at a Critical High Temperature in Eschierichia coli
PublikacjaThe molecular mechanism supporting survival at a critical high temperature (CHT) in Escherichia coli was investigated. Genome-wide screening with a single-gene knockout library provided a list of genes indispensable for growth at 47°C, called thermotolerant genes. Genes for which expression was affected by exposure to CHT were identified by DNA chip analysis. Unexpectedly, the former contents did not overlap with the latter except...
-
Molecular structures of two E-azobenzocrown ethers
PublikacjaRentgenowska analiza strukturalna monokryształów posłużyła do scharakteryzowania struktury izomerów E dwóch azobenzokoron: 13- i 16-członowej. Oba związki krystalizują w układzie jednoskośnym. W komórce elementarnej, w każdym przypadku znajdują się dwie niezależne cząsteczki, różniące się konformacją, szczególnie łańcucha eterowego. Porównując konformacje ''wolnych'' makrocykli z konformacjami ich kompleksów z jonami metali wskazano,...
-
Molywood: streamlining the design and rendering of molecular movies
PublikacjaMotivation High-quality dynamic visuals are needed at all levels of science communication, from the conference hall to the classroom. As scientific journals embrace new article formats, many key concepts – particularly in structural biology – are also more easily conveyed as videos than still frames. Notwithstanding, the design and rendering of a complex molecular movie remain an arduous task. Here, we introduce Molywood, a robust...
-
Explicit solvent repulsive scaling replica exchange molecular dynamics ( RS‐REMD ) in molecular modeling of protein‐glycosaminoglycan complexes
PublikacjaGlycosaminoglcyans (GAGs), linear anionic periodic polysaccharides, are crucial for many biologically relevant functions in the extracellular matrix. By interacting with proteins GAGs mediate processes such as cancer development, cell proliferation and the onset of neurodegenerative diseases. Despite this eminent importance of GAGs, they still represent a limited focus for the computational community in comparison to other classes...
-
Fatty acids as molecular carriers in cleavable antifungal conjugates
PublikacjaConjugates composed of C2-18 fatty acid (FA) residues as a molecular carrier and 5-fluorocytosine (5-FC) as an active agent, released upon the action of intracellular esterases on the ester bond between FA and “trimethyl lock” intramolecular linker, demonstrate good in vitro activity against human pathogenic yeasts of Candida spp. The minimal inhibitory concentrations (MIC) values for the most active conjugates containing caprylic...
-
Telomerase inhibition - unfulfilled hopes in the perfect molecular target
PublikacjaTelomerase plays a pivotal role in cell proliferation, homeostasis, and neoplastic transformation, making it a promising molecular target for cancer chemotherapy. Of note, although hTERT has been explored thoroughly as a target, none of the promising molecules has been approved as a drug until now. The subject of research conducted as part of my doctoral dissertation is explaining the cellular and molecular mechanism of action...
-
Pre‐exascale HPC approaches for molecular dynamics simulations. Covid‐19 research: A use case
PublikacjaExascale computing has been a dream for ages and is close to becoming a reality that will impact how molecular simulations are being performed, as well as the quantity and quality of the information derived for them. We review how the biomolecular simulations field is anticipating these new architectures, making emphasis on recent work from groups in the BioExcel Center of Excellence for High Performance Computing. We exemplified...
-
Musical instrument sound separation methods supported by artificial nueural network decision system
PublikacjaRozprawa doktorska (27 czerwica 2006).Celem prowadzonych prac badawczych było opracowanie algorytmów separacji dźwięków instrumentów muzycznych. Dodatkowo dobrano zestaw parametrów tak aby możliwe było wytrenowanie sztucznej sieci neuronowej w celu automatycznego rozpoznawania odseparowanych sygnałów. Zaproponowano również aby algorytm decyzyjny odpowiedzialny za klasyfikacje dźwięków pełnił funkcję automatycznej metody oceny algorytmów...
-
Cognitive network model dedicated to transport system telematics
PublikacjaThe paper defines the concept of cognitive radio, in the context of transport systems, with particular emphasis on modern ecological concept of “green cognitive radio”. In addition, in the paper a modified cognitive network model dedicated to transport system telematics is proposed and presented. Algorithms to support the functioning of the cognitive radio are discussed. Sensors necessary to use the network to support cognitive...
-
Neutral Dissociation of Pyridine Evoked by Irradiation of Ionized Atomic and Molecular Hydrogen Beams
PublikacjaThe interactions of ions with molecules and the determination of their dissociation patterns are challenging endeavors of fundamental importance for theoretical and experimental science. In particular, the investigations on bond-breaking and new bond-forming processes triggered by the ionic impact may shed light on the stellar wind interaction with interstellar media, ionic beam irradiations of the living cells, ion-track nanotechnology,...
-
Docking simulations, Molecular properties and ADMET studies of novel Chromane6,7diol analogues as potential inhibitors of Mushroom tyrosinase
PublikacjaResearch on inhibition of tyrosinase enzyme has attained significant value, because tyrosinase inhibitors have potential applications in medicine, cosmetics (as whitening agents) and in agriculture (as bioinsecticides). Determination and elucidation of new tyrosinase inhibitors are not only beneficial for medical purposes, but their promising applications in improving food quality and nutritional...
-
Synthetic strategies in construction of organic low molecular-weight carrier-drug conjugates
PublikacjaInefficient transportation of polar metabolic inhibitors through cell membranes of eukaryotic and prokaryotic cells precludes their direct use as drug candidates in chemotherapy. One of the possible solutions to this problem is application of the ‘Trojan horse’ strategy, i.e. conjugation of an active substance with a molecular carrier of organic or inorganic nature, facilitating membrane penetration. In this work, the synthetic...
-
Bio‐polyols synthesized by liquefaction of cellulose: Influence of liquefaction solvent molecular weight
PublikacjaCurrently, the plastics industry including polyurethanes is based on the use of petrochemicals. For this reason, scientists are looking for new types of renewable resources for the substitution of petrochemical substances. This work aims to evaluate the effect of polyethylene glycols (PEG) with different molecular mass impact on properties of bio-based polyols synthesized via biomass liquefaction of cellulose. To date, research...
-
Molecular Biology of Meniscal Healing: A Narrative Review
Publikacja -
The significance of the properties of water for the working cycle of the kinesin molecular motor
PublikacjaExplicit solvent molecular dynamics simulations were performed in this study to investigate and discuss several aspects of the influence of the properties of water on the working cycle of a molecular motor from the kinesin superfamily. The main objects of attention were: the binding of the neck linker and the association of the kinesin and the tubulin. The docking of the neck linker is considered a crucial event during the working...
-
Long range molecular dynamics study of regulation of eukaryotic glucosamine-6-phosphate synthase activity by UDP-GlcNAc
PublikacjaGlucosamine-6-phosphate (GlcN-6-P) synthase catalyses the first and practically irreversible step in hexosamine metabolism. The final product of this pathway, uridine 5' diphospho N-acetyl-D-glucosamine (UDPGlcNAc), is an essential substrate for assembly of bacterialand fungal cell walls. Moreover, the enzyme is involved in phenomenon of hexosamine induced insulin resistance in type II diabetes, which makes it a potential target...
-
Electron-impact dissociation of molecular hydrogen: benchmark cross sections
PublikacjaWe present a joint experimental and theoretical investigation of a fundamental process in atomic and molecular physics: electron impact excitation of molecular hydrogen’s (H2) most dominant transition (X1Σg+ → b3Σu+). Excitation of this state is by far the main channel that causes the dissociation of H2 into H + H atoms at low energies. The Convergent Close-Coupling (CCC) calculations predicted significant, more than factor of...
-
System pozycjonowania dynamicznego morskich jednostek pływających jako system mechatroniczny
PublikacjaW artykule przedstawiano system pozycjonowania dynamicznego półzanurzeniowej platformy wiertniczej, który jest rozpatrywany jako system mechatroniczny. W szczególności zaś zaprezentowano systemy referencyjne utrzymania stanowiska pozycyjnego na morzu, urządzenia nawigacyjne, czujniki ruchów własnych jednostki pływającej i anemometry rozważane jako czujniki systemu mechatronicznego oraz pędniki azymutalne rozważane jako nastawniki...
-
Identification of 1H‐indene‐(1, 3, 5, 6)‐tetrol derivatives as potent pancreatic lipase inhibitors using molecular docking and molecular dynamics approach
PublikacjaPancreatic lipase is a potential therapeutic target to treat diet-induced obesity in humans, as obesity-related diseases continue to be a global problem. Despite intensive research on finding potential inhibitors, very few compounds have been introduced to clinical studies. In this work, new chemical scaffold 1H-indene-(1,3,5,6)-tetrol was proposed using knowledge-based approach, and 36 inhibitors were derived by modifying its...
-
Molecular hydrogen solvated in water – A computational study
PublikacjaThe aqueous hydrogen molecule is studied with molecular dynamics simulations at ambient temperature and pressure conditions, using a newly developed flexible and polarizable H2 molecule model. The design and implementation of this model, compatible with an existing flexible and polarizable force field for water, is presented in detail. The structure of the hydration layer suggests that first-shell water molecules accommodate the...
-
Thermodynamic Studies of Interactions between Sertraline Hydrochloride and Randomly Methylated β-Cyclodextrin Molecules Supported by Circular Dichroism Spectroscopy and Molecular Docking Results
PublikacjaThe interaction between sertraline hydrochloride (SRT) and randomly methylated β-cyclodextrin (RM β CD) molecules have been investigated at 298.15 K under atmospheric pressure. The method used—Isothermal Titration Calorimetry (ITC) enabled to determine values of the thermodynamic functions like the enthalpy (DH), the entropy (DS) and the Gibbs free energy (DG) of binding for the examined system. Moreover, the stoichiometry coefficient...
-
Mechanical Properties of Twisted Carbon Nanotube Bundles with Carbon Linkers from Molecular Dynamics Simulations
PublikacjaThe manufacturing of high-modulus, high-strength fibers is of paramount importance for real-world, high-end applications. In this respect, carbon nanotubes represent the ideal candidates for realizing such fibers. However, their remarkable mechanical performance is difficult to bring up to the macroscale, due to the low load transfer within the fiber. A strategy to increase such load transfer is the introduction of chemical linkers...
-
Molecular dynamics of fentanyl bound to μ-opioid receptor
Publikacja -
Effect of heat treatment on the diffusion intermixing and structure of the Cu thin film on Si (111) substrate: a molecular dynamics simulation study
PublikacjaThis work is devoted to the study of the diffusion process at the interface between copper films with a thickness of 2, 3, 4, 7 and 10 atomic monolayers and silicon substrate by molecular dynamics simulation method. For this purpose, the variation of the concentration of copper and silicon along the perpendicular direction to the interface was investigated. An analysis of the density profile along this direction made it possible...
-
Molecular Dynamics to Predict Cryo-EM: Capturing Transitions and Short-Lived Conformational States of Biomolecules
PublikacjaSingle-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has revolutionized the field of the structural biology, providing an access to the atomic resolution structures of large biomolecular complexes in their near-native environment. Today’s cryo-EM maps can frequently reach the atomic-level resolution, while often containing a range of resolutions, with conformationally variable regions obtained at 6 Å or worse. Low resolution...
-
Positron collisions with molecular hydrogen: cross sections and annihilation parameters calculated using theR-matrix with pseudo-states method
PublikacjaThe molecular R-matrix with pseudo-states (MRMPS) method is employed to study positron collisions with H2. The calculations employ pseudo-continuum orbital sets containing up to h (l = 5) functions. Use of these high l functions is found to give converged eigenphase sums. Below the positronium formation threshold, the calculated cross sections agree with other high-accuracy theories and generally with the measurements. Calculation...