Filters
total: 964
-
Catalog
- Publications 801 available results
- Journals 20 available results
- Conferences 1 available results
- People 21 available results
- Inventions 11 available results
- Projects 11 available results
- Laboratories 1 available results
- Research Teams 2 available results
- e-Learning Courses 20 available results
- Open Research Data 76 available results
Search results for: PHAGE DNA VACCINES
-
Właściwości podłoża gruntowego jako czynnik determinujący proces inwestycyjny farmy wiatrowej
PublicationW artykule przedstawiono opis usterek i uszkodzeń fundamentu kołowegowieży turbinyelektrowni wiatrowej spowodowanych lokalnym osłabieniem podłoża gruntowego, będących następstwem błednego, na etapie prac przygotowawczychrozpoznania warunków gruntowychw stosunku do warunków rzeczywistych, zweryfikowanych na etapiewznoszenia obiektu. W czasie realizacji fundamentu nastąpiło jego zalanie woda gruntowąspowodowane wyłamaniem dna wykopu....
-
Genotoxic effects of antitumor 1-nitroacridines C-857 and its novel analoque 4-methyl-1-nitroacridine C-1748
Publication4-podstawione 1-nitroakrydyny reprezentują nową grupę pochodnych akrydyny zsyntetyzowanych na Politechnice Gdańskiej. W przeprowadzonych badaniach nad pochodnymi C-1748 i C-857 zastosowano dwie metody badawcze: test kometowy oraz zmodyfikowany test mikrojąderkowy (CBMN assay). W teście kometowym wykazano wzrost uszkodzeń DNA w zależności od czasu i stężenia badanych pochodnych 1-nitroakrydyny. Badania aberracji chromosomalnych...
-
Diagnostyka molekularna w zakażeniach szpitalnych
PublicationOpisano najczęściej wykorzystywane techniki genotypowania w badaniach zakażeń szpitalnych z uwzględnieniem ich powtarzalności i potencjału różnicującego oraz problemów technicznych i ponoszonych kosztów. Makrorestrykcyjna analiza genomowego DNA z wykorzystaniem PFGE (ang. Pulsed Field Gel Electrophoresis)jest uważana za ''złoty standard'' w typowaniu molekularnym. Jednak jest ona czasochłonna, pracochłonna i dlatego nie nadaje...
-
Wpływ planowanej przystani jachtowej w Sopocie na brzeg morski.
PublicationW artykule przeanalizowano wpływ planowanej przystani jachtowej w sąsiedztwie molo w Sopocie na kształtowanie procesów hydro- i litodynamicznych w strefie brzegowej morza. Przeprowadzono symulacje komputerowe zarówno dla przeciętnych jak i sztormowych warunków meteorologicznych występujących w średnim roku statystycznym. W rezultacie stwierdzono, że usytuowanie przystani po odmorskiej stronie bocznej ostrogi molo nie spowoduje...
-
Physical modelling of water flow in 'Wild River' type water slide
PublicationPrzedstawiono wyniki fizycznego modelowania przepływu w zjeżdżalni wodnej typu Dzika Rzeka. Badania dotyczyły obiektu należącego do parku wodnego "Świat Wodny Nemo" w Sopocie. Eksperymenty przeprowadzono w Laboratorium Hydrauliki i Inżynierii Środowiska Politechniki Gdańskiej. Zaobserwowany w systemie kanałów i zbiorników przepływ wody można ocenić jako szybkozmienny. Wskutek zmian spadku dna kanałów oraz łuków trasy zjazdu obserwowano...
-
Smart Innovation Management in Product Life Cycle
PublicationThe present paper proposes a framework for smart innovation management of the product using a Smart Knowledge Management System comprising Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and Decisional DNA. This proposed system will allow the entrepreneurs and organizations to perform the innovation process technically and quickly as this framework will store knowledge as well as experiences of the past innovations done in various...
-
Valence and ionic lowest-lying electronic states of small esters studied by high resolution vacuum ultraviolet photoabsorption, photoelectron spectroscopy and ab initio calculations
PublicationEsters are an important class of oxygenated volatile organic compounds used in food flavorings, perfumes and other cosmetic products. They are present in fruits and pheromones and are emitted to the atmosphere naturally. Esters are also formed in the atmosphere as a product of the oxidation of ethers. Some of them form poly-molecule chains and are used in plastics. Phosphoesters form DNA backbone, while nitroesters are known for...
-
Pre-clinical evaluation of 1-nitroacridine derived chemotherapeutic agent that has preferential cytotoxic activity towards prostate cancer
PublicationPraca zawiera wyniki badań przedklinicznych pochodnej 1-nitroakrydyny C-1748 wobec komórek ludzkiego raka prostaty CaP in vitro, jak i przeszczepialnego na zwierzęta. W oparciu o fosforylację histonu H2AX jako markera podwójnych cięć DNA wykazano, że C-1748 jest bardziej aktywny w komórkach CaP niż HL60. Zidentyfikowano poza tym receptor androgenny (AR) jako cel molekularny badanego związku. W doświadczeniach na zwierzętach stwierdzono...
-
System detekcji miny morskiej oparty na układzie FPGA
PublicationObiekt metalowy znajdujący się w wodzie morskiej wytwarza wokół siebie pole elektryczne. Źródłem tego pola są procesy elektrochemiczne. Wśród wielu metalowych obiektów znajdujących się w morzu są miny morskie. Miny denne często ukryte są w dnie morza w celu utrudnienia ich wykrycia przez sonary. W pracy przedstawiono wyniki analizy numerycznej wpływu przewodności elektrycznej dna na rozkład pola elektrycznego oraz opisano system...
-
Dissociative electron attachment of furan, tetrahydrofuran, and fructose
PublicationPrzeprowadzono badania wychwytu dysocjacyjnego elektronów w cząsteczkach furanu, tetrahydrofuranu i fruktozy w przedziale energii 0-14eV. Stwierdzono, że w przypadku wychwytu elektronów o energiach poniżej progu wzbudzenia (< 3eV), jedynie fruktoza jest podatna na rozerwanie pierścienia cukrowego. W cząsteczkach furanu i tetrahydrofuranu struktury rezonansowe odpowiadające fragmentom pierścienia pojawiają się dla energii elektronów...
-
Electrooxidation of dissolved dsDNA backed by in situ UV-Vis spectroscopy
PublicationPrzeprowadzono badania elektrochemicznego utleniania dsDNA stosując metody cyklowoltametryczne na elektrodzie weglowej, platynowej, platynowej w formie siatki oraz z siatki platynowej osadzonej na węglu. Otrzymane wyniki analizy spektroelektrochemicznej wykazały, że wraz ze wzrostem potencjału i piku prądowego absorpcja roztworu dsDNA wzrasta w sposób zależny od typu elektrody. Jednak położenie maksimum absorpcji nie zmieniało...
-
Optymalizacja transformacji wyników pomiarów bloków kadłuba statku z uwzględnieniem ograniczeń
PublicationArtykuł przedstawia algorytm optymalizujący transformację wyników pomiarów bloków i sekcji kadłuba statku z uwzględnieniem ograniczeń. Optymalizacji podlega suma odległości pomiędzy mierzonymi punktami, a korespondującymi punktami w modelu CAD, uwzględniając jedno z dwóch możliwych ograniczeń: wspólna płaszczyzna, albo wspólna oś. Transformacja wyników pomiarów wykonywana jest wcelu przeprowadzenia porównania faktycznych wymiarów...
-
Hopf bifurcation in time‐delayed gene expression model with dimers
PublicationWe study a mathematical model of gene transcription and protein synthesis with negative feedback. We consider a system of equations taking into account the formation of dimers (i.e., complex formed by two protein monomers), the way in which dimers bind to DNA and time delay in translation process. For the model consisting of three ordinary differential equations with time delay, we derive conditions for stability of the positive...
-
New PCR test for detection of Candida glabrata based on the molecular target chosen by the RAPD technique
PublicationRapid, reliable diagnosis is a necessary condition for the successful treatment of infections. Such diagnostic assays are continually being developed. #e paper presents a method for selecting the molecular target for PCR-based diagnostics based on the comparison of RAPD patterns. A sequence encoding Candida glabrata CBS138 hypothetical protein was selected. The limit of detection for PCR and real-time PCR reactions with DNA extracted...
-
Sposób prowadzenia badań dna akwenu wodnego
Inventions -
Dietary intervention with beetroot juice during doxorubicin cancer chemotherapy in vivo reduces markers of oxidative stress
PublicationCancer chemotherapy with doxorubicin, despite high antitumor activity and broad spectrum of this drug, is on decline due to toxic side effects. The clinical efficacy of anthracyclines have continuously prompted the search for new adjuvants to alleviate undesirable side toxicity incurred by this group of cytostatics. The recent approaches involve the application of synthetic or purified natural antioxidants in combination with doxorubicin...
-
Sequence variants of p21 gene of the MRL/MpJ mouse: a possible association with the deficit of p21 protein and regenerative phenotype.
PublicationThe MRL/MpJ mouse is known for its enhanced regeneration abilities that manifested themselves by scarless ear-hole wound closure. The deficit of p21 found in the MRL is associated with the regenerative capacity as the p21 gene knockout in a mouse strain unrelated to the MRL mouse results in an ear-hole closure effect, similar to that observed in the MRL mouse. Cdkn1a gene encodes p21 protein, a cyclin-dependent kinase inhibitor,...
-
Ilona Kołodziejska prof. dr hab. inż.
People -
Diagnostic PCR assay for Microsporum and Trichophyton infections
PublicationWe have previously described a highly sensitive 5-hour PCR test for the rapid diagnosis of onychomycosis which detects any dermatophyte and species-identify T. rubrum from patient specimens. We have subsequently developed and evaluated new PCR tests for detection of Trichophyton and Microsporum canis/audouinii infections.58 dermatophyte isolates (21) Microsporum spp. (4 different species), 35 Trichophyton spp (10 different species)...
-
The New LM-PCR/Shifter Method for the Genotyping of Microorganism
PublicationTechniques relies on the ligation of appropriates adapters (LM-PCR) as AFLP, PCR MP and ADSRRS are successfully used for epidemiological studies for prokaryotic and eukaryotic microorganisms. In this study we propose a new method, called the LM-PCR/Shifter, based on the use of a Class IIS restriction enzyme giving restriction fragments with different 4 base 5' overhangs (Shifter) and the ligation of appropriate oligonucleotide...
-
Transcriptional activity of epigenetic remodeling genes declines in keratinocytes after in vitro expansion
PublicationPURPOSE: In vitro expansion is an invaluable method to obtain keratinocytes in amounts necessary for effective transplantation therapies. In vitro cell culturing provokes questions concerning potential epigenetic alterations occurring in expanded cells in the context of usefulness for transplantation and safety. The purpose of this study was to investigate as to whether keratinocyte expansion is associated with changes in the activity...
-
Genotoxicity of selected pharmaceuticals, their binary mixtures, and varying environmental conditions – study with human adenocarcinoma cancer HT29 cell line
PublicationPharmaceutical residues are present in the environment in mixtures and their adverse effects may also result from interactions that occur between compounds. Studies presented in this work focus on genotoxicity of pharmaceuticals from different therapeutic groups in mixtures and in individual solutions impacted with different environmental conditions assessed using comet assay (alkaline approach). Binary mixtures of pharmaceuticals...
-
PRZYDATNOŚĆ DIAGNOSTYCZNA REAKCJI PCR W ROZPOZNAWANIU BORELIOZY
PublicationBorelioza jest wieloukładową chorobą wywoływaną przez bakterie zaliczane do kompleksu Borrelia burgdorferi sensu lato. Wektorem przenoszącym infekcję są kleszcze z rodzaju Ixodes, które zakażają kolejnych żywicieli krętka podczas spożywania ich krwi. Zróżnicowany przebieg boreliozy uniemożliwia jej rozpoznanie na podstawie objawów klinicznych. W związku z tym diagnostyka choroby z Lyme opiera się głównie na metodach laboratoryjnych,...
-
Jan Hupka prof. dr hab. inż.
People -
Impact of pollution derived from ship wrecks on the marine environment on the basis of s/s ''Stuttgart'' (Polish coast, Europe)
PublicationW 1943 roku niemiecki statek szpitalny, s/s Stuttgart (Lazaretschiff ''C'') został zatopiony w pobliżu portu w Gdyni. Doprowadziło to do zanieczyszczenia dna morskiego paliwem. Podczas badań przeprowadzonych w 2009 r. pobranych zostało 11 próbek osadów powierzchniowych i wody morskiej oraz 4 rdzenie. Próbki poddano analizie na zawartość zanieczyszczeń priorytetowych należących do grupy wielopierścieniowych węglowodorów aromatycznych...
-
MODERNIZACJA KASKADOWEGO UKŁADU REGULACJI WYWOŁYWACZA FAL BASENU MODELOWEGO
PublicationArtykuł opisuje modernizację stanowiska badawczego w Centrum Techniki Okrętowej (CTO) S.A. – głębokowodnego basenu modelowego z płytowym wywoływaczem fal z płytą mocowaną powyżej dna basenu na pojedynczym przegubie. Modernizacja obejmowała zastąpienie oryginalnego analogowego układu regulacji nowoczesnym cyfrowym układem sterowania, opartym na 8-bitowym mikrokontrolerze AVR. Na podstawie dokonanej identyfikacji poprzedniego układu...
-
Virtual Engineering Object (VEO): Toward Experience-Based Design and Manufacturing for Industry 4.0
PublicationIn this article we propose the concept, its framework, and implementation methodology for Virtual Engineering Objects (VEO). A VEO is the knowledge representation of an engineering object that embodies its associated knowledge and experience. A VEO is capable of adding, storing, improving, and sharing knowledge through experience. Moreover, it is demonstrated that VEO is a specialization of a Cyber-Physical System (CPS). In this...
-
Potent antitumor 4-methyl-1-nitroacridine C-1748 induces apoptosis only in part of colon cells
PublicationZbadaliśmy zdolność pochodnej 4-metylo-1-nitroakrydyny C-1748 do indukcji apoptozy w ludzkich komórkach nowotworów jelita grubego HCT-8 i HT29 w stężeniach biologicznie istotnych. Zjawisko apoptozy określiliśmy na podstawie zmian morfologicznych jak i biochemicznych tj. fragmentacji DNA, aktywacji kaspazy-3, spadku potencjału mitochondrialnego, eksternalizacji fosfatydyloseryny i pojawiania się frakcji sub-G1. Wykazaliśmy, że pochodna...
-
Transmission of digital signals in a nonstationary hydroacoustic channel.
PublicationZ telekomunikacyjnego punktu widzenia właściwości transmisyjne kanału hydroakustyczny są ograniczone przez występowanie wielokrotnych odbić fali dźwiękowej od dna i powierzchni wody oraz niestacjonarność wprowadzaną głównie przez ruch powierzchni wody. Artykuł przedstawia model własności transmisyjnych kanału. Wprowadzono niestacjonarność do odpowiedzi impulsowych kanału przez założenie przypadkowej zmienności czasów przyjścia...
-
Molecular mechanism of the enzymatic oxidation investigated for imidazoacridinone antitumor drug C-1311.
PublicationPraca miala na celu określenie molekularnego mechanizmu enzymatycznej utleniającej aktywacji wymienionego związku przeciwnowotworowego w takim układzie modelowym, w którym wcześniej wykazano jego kowalencyjne wiązanie się do DNA. Badania struktur chemicznych produktów enzymatycznej aktywacji wykazały, że dwa z nich powstają w wyniku dealkilacji łańcucha bocznego cząsteczki, natomiast dwa inne w wyniku aktywacji pierścienia imidazoakrydonu....
-
Strenght analysis of the floating dock-ship system.
PublicationOmówiono krytycznie wymagania przepisów towarzystw klasyfikacyjnych dotyczące wytrzymałości doków pływających. Przedstawiono wyniki analizy MES sił wewnętrznych i naprężeń w kadłubie doku o długości podporowej 255m, obciążonego ciężarem masowca o długości między pionami 252m i masie 20900 ton. Pokazano wpływ na wartość sił redukcji w kilblokach i naprężenia takich czynników jak: rozłożenie balastu wyrównwczego w zbiornikach doku,...
-
In silico design of telomerase inhibitors.
PublicationTelomerase is a reverse transcriptase enzyme involved in DNA synthesis at the end of linear chromosomes. Unlike in most other cells, telomerase is reactivated most cancerous cells and, therefore, has become a promising new anticancer target. Despite extensive research, direct telomerase inhibitors have yet not been introduced to the clinics because of the complexity of this enzyme. Structures of this protein from simple organisms...
-
Kwasy nukleinowe - niedoceniane składniki żywności
PublicationObecnie badania nad kwasami nukleinowymi koncentrują się na roli genetycznej tych makromolekuł. Można jednak przypuszczać, że DNA jak i RNA powszechnie występujące w żywności mają także ważne znaczenie żywieniowe. Świadczy o tym obecność w układzie pokarmowym szeregu mechanizmów odpowiedzialnych za detekcję, trawienie i przyswajanie tych składników pokarmu. W literaturze naukowej rośnie liczba doniesień sugerujących istotną rolę...
-
TopFUNG Yeast DNA topoisomerase II as a model molecular target for novel antifungal compounds
ProjectsProject realized in Department of Pharmaceutical Technology and Biochemistry according to UMO-2022/45/B/NZ6/01149 agreement from 2023-07-03
-
TopFung Yeast DNA topoisomerase II as a model molecular target for novel antifungal compounds
ProjectsProject realized in Gdańsk University of Technology according to UMO-2022/45/B/NZ6/01149 agreement from 2023-07-03
-
Experimental guinea pig model of dermatophytosis: a simple and useful tool for the evaluation of new diagnostics and antifungals
PublicationCelem badań było opracowanie prostego modelu zwierzęcego (świnki morskie) odpowiedniego do sprawdzania systemów diagnostycznych oraz terapii infekcji dermatofitów. Następujące zmienne były analizowane: przygotowanie skóry przez golenie versus użycie taśmy, testowy szczep Microsporum canis czy Trichophyton mentagrophytes jako czynnik etiologiczny, sposób inokulacji. Przebieg infekcji był oceniany poprzez ocenę zaczerwienienia i...
-
High prevalence of Escherichia coli belonging to the B2+D phylogenetic group in inflammatory bowel disease
PublicationBACKGROUND: It is not clear which species of bacteria may be involved in inflammatory bowel disease (IBD). One way of determining which bacteria might be likely candidates is to use culture-independent methods to identify microorganisms that are present in diseased tissues but not in controls. AIMS: (1) To assess the diversity of microbial communities of biopsy tissue using culture-independent methods; (2) to culture the bacteria...
-
Synthesis, crystal structure and spectroscopic characterization of new anionic iridium(III) complexes and their interaction with biological targets
PublicationThe synthesis and characterisation of new anionic iridium(II) complexes (NH4)2[IrCl4(κ2N,N’-H2biim)]2 · 5H2O (1) and ((CH3)2NH2)[IrCl4(κ2N,N’-PyBIm)] · H2O (2) are presented in this article. Spectroscopic methods (1H, 13C and 15N NMR, FTIR, UV-Vis) were used to characterize these new complexes. Solid-state structural analysis (SC-XRD) of complexes 1 and 2 shows a slightly distorted octahedral geometry of Ir(III) ions, which is...
-
Akrydyny jako związki aktywne przeciwnowotworowo = Acridines as antitumor drugs
PublicationAkrydyny należą do grupy policyklicznych związków heteroaromatycznych. Wykazują szeroki zakres aktywności biologicznej obejmujący aktywność przeciwpierwotniakową, przeciwbakteryjną,przeciwwirusową i przeciwnowotworową. Pochodne akrydyny o działaniu przeciwnowotworowym wykazują zróżnicowany mechanizm działania na poziomie molekularnym. Z uzyskanych dotychczas danych wynika, że jednym z podstawowych etapów działania jest tworzenie...
-
A new division of bacterial UvrA homologues
PublicationThe UvrA protein is a DNA-binding and damage-recognition enzyme which participates in the prokaryotic type nucleotide excision repair (NER) pathway. It has recently been noted that some bacterial genomes comprise additional uvrA genes which encode five distinct types of UvrA homologue. We investigated the sequences of over 2400 bacterial genomes and found 130 examples of bacteria containing uvrA 2 genes. The sequence analyses conducted...
-
Biochemistry - Laboratory exercises - Nowy
e-Learning CoursesExerise 1. The ability to accumulate metal cations by edible mushrooms, comparison with edible plants Exercise 2. Measurement of activity of glutathione S-transferases - the detoxifying enzymes present in the cytosol of eukaryotic cells Exercise 3. Cell membranes permeability Exercise 4. Detection of mutagenic substances using Ames test Exercise 5. Gluten content in food products part 1. Exercise 6. Gluten content in food...
-
Biochemistry - Laboratory exercises
e-Learning CoursesExerise 1. The ability to accumulate metal cations by edible mushrooms, comparison with edible plants Exercise 2. Measurement of activity of glutathione S-transferases - the detoxifying enzymes present in the cytosol of eukaryotic cells Exercise 3. Cell membranes permeability Exercise 4. Detection of mutagenic substances using Ames test Exercise 5. Gluten content in food products part 1. Exercise 6. Gluten content in food...
-
EpiFood Adaptation of electrophoretic methods for the determination of the impact of food components on global DNA methylation.
ProjectsProject realized in Faculty of Chemistry according to UMO-2017/27/N/NZ9/02351 agreement from 2018-10-02
-
Budowa chemiczna i setreostruktura kowalencyjnych adduktów wybranych przeciwnowotworowych pochodnych akrydyny z zasadami DNA
ProjectsProject realized in Faculty of Chemistry according to UMO-2018/28/T/ST5/00165 agreement from 2018-09-14
-
Implementing Virtual Engineering Objects (VEO) with the Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS)
PublicationThis paper illustrates the idea of Virtual Engineering Object (VEO) powered by Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and Decisional DNA (DDNA). A VEO is the knowledge representation of an engineering object, having embodiment of all its associated knowledge and experience within it. Moreover, VEO is a specialization of Cyber-Physical System (CPS) in terms of that its extension in knowledge gathering and reuse, whereas CPS...
-
Podpory nurtowe – wybrane zagadnienia teoretyczne
PublicationObliczenia hydrauliczne mostów i transportu rumowiska w rejonie podpór mostowych są przedmiotem wytycznych do projektowania. Metody tam proponowane są oparte na wzorach klasycznej hydrauliki. Przedstawiono inne podejście do obliczeń hydraulicznych, wykorzystujące dwuwymiarowy model przepływu wody. Pokazano numeryczną symulację hydrodynamiki w rejonie podpory mostu na Wiśle koło Kwidzyna. Na jej podstawie oszacowano intensywność...
-
Toxicity assessment of sediments associated with the wreck of s/s Stuttgart in the Gulf of Gdańsk (Poland)
PublicationPrzeprowadzono badania w pobliżu wraku s/s Stuttgart zalegającego przy Polskim wybrzeżu (Zatoka Gdańska) i stanowiącego źródło zanieczyszczenia w formie WWA i PCB. Przeprowadzono oznaczenia śladowych zanieczyszczeń organicznych oraz badania toksykologiczne aby oszacować ryzyko ze strony wraku i jego pozostałości. W wyniku badań można stwierdzić, że tylko siły grawitacyjne i kształt dna morskiego są czynnikami wpływającymi na transport...
-
Kwalifikowanie technologii spawania zgodnie z wytycznymi normy pn-en iso 15614-8 na przykładzie płyt sitowych stosowanych w u-rurowych wymiennikach ciepła
PublicationW artykule przedstawiono charakterystykę normy PN-EN ISO 15614-8:2005 "Specyfikacja i kwalifikowanie technologii spawania metali. Badanie technologii spawania. Część 8: Spawanie rur z płytami sitowymi". Zaprezentowano algorytm postępowania w przypadku stosowania tej normy, podano warunki, które uzasadniają wybór normy PN-EN ISO 15614-8 do zatwierdzania technologii spawania. Przedstawiono przykład złączy spawanych stosowanych w...
-
A new cold-active β-galactosidase from Arthrobacter sp. S3* - gene cloning, overexpression, purification and properties
PublicationA psychrotrophic bacterium producing a cold-active β-galactosidase was isolated from Spitsbergen soil and classified as Arthrobacter sp. S3*. The gene encoding β-galactosidase was isolated from the genomic DNA library, sequenced, cloned, expressed in Escherichia coli, purified by ion exchange chromatography and characterized. The Arthrobaster sp. S3* β-galactosidase is a homotrimeric enzyme composed of 74,4 kDa subunits. It is...
-
The products of electro- and photochemical oxidation of 2-hydroxyacridinone, the reference compound of antitumor imidazoacridinone derivatives
PublicationBadano reakcje elektrochemicznego utleniania 2-hydroksyakrydonu, związku modelowego aktywnych przeciwnowotworowo pochodnych imidazoakrydonu. Do badań zastosowano metody woltamperometrii cyklicznej, metodę spektroelektrochemiczną oraz elektrolizę przy kontrolowanym potencjale. Badano też reakcje fotochemicznego utleniania. Badania prowadzono w ramach szerszego problemu poznania przemian aktywacji metabolicznej pochodnych hydroksyakrydonu...
-
Tetracycline and ampicillin resistance of Escherichia coli strains of surface water origin: the potential for horizontal transfer of resistance genes = Oporność na tetracyklinę i ampicylinę szczepów Escherichia Coli wyizolowanych z wody powierzchniowej : możliwość horyzontalnego przenoszenia genów oporności
PublicationThe aim of this preliminary study was to assess the occurrence and molecular diversity of tetracycline and ampicillin resistance genes carried by Escherichia coli present in surface water. Bacterial strains were isolated from two watercourses (the Reda River and the Oliwski Stream) that influence the quality of coastal waters in the Gdańsk Bay (Northern Poland) by direct discharge. The bacterial drug susceptibility, tested against...
-
Increased susceptibility of PARP-1 KO cells to antitumor triazoloacridone C-1305 is associated with permanent G2 cell cycle arrest.
PublicationTriazoloakrydon C-1305 jest nowym inhibitorem topoizomerazy II wykazującym wysoką aktywność przeciwnowotworową. W tej pracy badaliśmy działanie cytotoksyczne pochodnej C-1305 i jej analogu strukturalnego C-1533 wobec komórek fibroblastów mysich i dwóch mutantów, w których uszkodzono gen PARP-1. Jak wykazaliśmy, komórki z uszkodzonym genem PARP-1 są nadwrażliwe na działanie związku C-1305 w porównaniu z komórkami PARP-1 +/+ podczas...
-
The relationship between standard reduction potentials of catechins and biological activities involved in redox control
PublicationRedox homeostasis involves factors that ensure proper function of cells. The excess reactive oxygen species (ROS) leads to oxidative stress and increased risk of oxidative damage to cellular components. In contrast, upon reductive stress, insufficient ROS abundance may result in faulty cell signalling. It may be expected that dietary antioxidants, depending on their standard reduction potentials (E°), will affect both scenarios....
-
Enhancement of photocatalytic-based processes by mono- and bimetallic (CuPd) rutile loaded nanoparticles for antibiotic resistance genes and facultative pathogenic bacteria removal
PublicationThe aim of the study was the strong reduction of facultative pathogenic bacteria (FPB), and clinically relevant antibiotic resistance genes (ARGs) from secondary effluent. To evaluate the ARGs removal efficiency comparative study of individual unit processes and combined AOPs has been performed. The present work investigated: i) removal of selected ARGs, namely blaTEM, ermB, qnrS, tetM, five FPB as well as 16S rDNA and the integrase...
-
Urządzenie do usuwania gazów bojowych z dna morskiego
Inventions -
Description of the hydrodynamic pressure field function around the ship hull
PublicationW artykule przedstawiono metodę aproksymacji pola hydrodynamicznego okrętu, wykorzystując pole obliczone metodą elementów skończonych. Punkty kontrolne umieszczono w środku paneli rozmieszczonych na kadłubie statku, na powierzchni dna morskiego oraz na powierzchni swobodnej; w p-ktach tych znajdują się osobliwości w postaci źródeł, upustów i/lub dipoli. Przedstawione wyniki obliczeń zostały uzyskane przy użyciu tych pierwszych...
-
ADSRRS-fingerprinting and PCR MP techniques for studies of intraspecies genetic relatedness in Staphylococcus aureus
PublicationW pracy pokazano użyteczność dwóch nowych metod do typowania molekularnego Staphylococcus aureus, ADSRRS-fingerprinting (Amplification of DNA fragments Surrounding Rare Restriction Sites) i PCR MP (PCR melting profile). Przebadano 37 szczepów Staphylococcus aureus izolowanych od pacjentów z czyracznością. Jako metodę referencyjną zastosowano REA-PFGE. Okazało się, że izolaty Staphylococcus aureus z nosa od niektórych pacjentów...
-
Analiza stanu awaryjnego bioreaktora oczyszczalni ścieków Gdańsk-Wschód
PublicationW pracy podano opis stanu awaryjnego żelbetowego bioreaktora oczyszczalni ścieków Gdańsk-Wschód. Już w początkowym okresie jego eksploatacji doszło do pewnych przecieków, które stopniowo zwiększały się. W celu ustalenia przyczyn tego stanu awaryjnego zbudowano model komputerowy bioreaktora przy wykorzystaniu pakietu NASTRAN i ROBOT. Przy modelowaniu ścian i dna bioreaktora wykorzystano prostokątne elementy płytowe, natomiast współpracę...
-
Optymalizacja i walidacja metody ADSRRS-fingerprinting - konstrukcja zestawu diagnostycznego do różnicowania genetycznego drobnoustrojów
PublicationSpośród wszystkich metod typowania mikroorganizmów na szczególną uwagę zasługują metody oparte na analizie całego materiału genetycznego zawartego w komórce. Jedną z nich jest stosunkowo nowa technika ADSRRS-fingerprinting (ang. Amplification of DNA Fragments Surrounding Rare Restriction Sites). Na podstawie naszych badań można stwierdzić, iż charakteryzuje się ona wysokim potencjałem różnicującym, wiarygodnością, powtarzalnością...
-
Analiza numeryczna stanu awaryjnego i warianty naprawy bioreaktora oczyszczalni ścieków
PublicationW pracy podano opis stanu awaryjnego żelbetowego bioreaktora oczyszczalni ścieków Gdańsk-Wschód. Już w początkowym okresie jego eksploatacji doszło do pewnych przecieków, które stopniowo zwiększały się. W celu ustalenia przyczyn tego stanu awaryjnego zbudowano model komputerowy bioreaktora przy wykorzystaniu pakietu NASTRAN i ROBOT. Przy modelowaniu ścian i dna bioreaktora wykorzystano prostokątne elementy płytowe, natomiast współpracę...
-
Influence of temperature and interactions with ligands on dissociation of dsDNA and ligand-dsDNA complexes of various types of binding : an electrochemical study.
PublicationSeveral medicinally important compounds that bind to dsDNA strands via intercalation (C-1311, C-1305, EtBr), major groove binding (Hoechst 33258) and covalent binding (cis-Pt) were examined. The obtained results suggest that both the transfer of conformation B to C and the denaturation process, for the ligand-dsDNA complexes, except for covalently bound cis-Pt, took place at higher temperatures compared to the unbound helix. Furthermore,...
-
Cell-penetrating peptides – mechanism of transduction and synthesis – short review
PublicationPotential antimicrobial agents may be effective if they are delivered efficiently to their site of action. In many cases, lack of permeability through the cell membrane is the main problem. One of the possible solutions could be a novel intracellular delivery system involving cell-penetrating peptides (CPPs), which may improve the efficiency of many new biophar-maceuticals. Among other things, CPPs are capable of trans-porting...
-
Towards Knowledge Formalization and Sharing in a Cognitive Vision Platform for Hazard Control (CVP-HC)
PublicationHazards are present in all workplaces and can result in serious injuries, short and long-term illnesses, or death. In this context, management of safety is essential to ensure the occupational health of workers. Aiming to assist the safety manage-ment process, especially in industrial environments, a Cognitive Vision Platform for Hazard Control (CVP-HC) has been proposed. The CVP-HC is a scalable yet adaptable system capable of...
-
The role of low-energy electrons in the charging process of LISA test masses
PublicationThe estimate of the total electron yield is fundamental for our understanding of the test-mass charging associated with cosmic rays in the Laser Interferometer Space Antenna (LISA) Pathfinder mission and in the forthcoming gravitational wave observatory LISA. To unveil the role of low energy electrons in this process owing to galactic and solar energetic particle events, in this work we study the interaction of keV and sub-keV...
-
VUV photofragmentation of the six-membered heterocyclic molecules containing oxygen
PublicationCancer is a significant public health concern worldwide, which results in millions of deaths each year. The standard cure routine for cancer is surgery, and nowadays, radiotherapy or a hadrontherapy. Depending on the type of cancer, patients may undergo additional treatment, including targeted therapy. A combination of radio- or hadron-therapy with proper drug treatment can inhibit the proliferation of cancer cells and thus can...
-
The methylome and transcriptome of fetal skin: implications for scarless healing
PublicationAim: Fetal skin is known to heal without scarring. In mice, the phenomenon is observed until the 16–17 day of gestation – the day of transition from scarless to normal healing. The study aims to identify key methylome and transcriptome changes following the transition. Materials & methods: Methylome and transcriptome profiles were analyzed in murine dorsal skin using microarray approach. Results & conclusion: The genes associated...
-
Hydrodynamical loads on a floating dock towed in sea conditions
PublicationPrzedstawiono i analizowano charakterystyki amplitudowe (RAO) oraz prognozy krótko i długoterminowe hydrodynamicznych reakcji doku pływającego holowanego w warunkach morskich na akwenach Bałtyku i Morza Północnego. Przedmiotem badań były: nurzania i kołysania wzdłużne, ciśnienia dynamiczne indukowane w różnych częściach dna doku, pionowy moment gnący i opór doku holowanego na falach czołowych. Charakterystyki RAO rozpatrywanych...
-
Optimised five-hour multiplex PCR test for the detection of Tinea ungium: performance in a routine PCR laboratory
PublicationWe recently published the development of a 5-hour multiplex PCR test for the detection of dermatophyte nail infection. We have optimized this test by inclusion of an inhibition control and evaluated the test in a routine laboratory when compared to the conventional microscopy and culture. A total of 109 clinical samples received at the mycology reference lab at Statens Serum Institute were included. The samples were divided equally...
-
Similarities and differences in d6 low-spin ruthenium, rhodium and iridium half-sandwich complexes: synthesis, structure, cytotoxicity and interaction with biological targets
PublicationIn this paper, we discussed the similarities and diferences in d6 low-spin half-sandwich ruthenium, rhodium and iridium complexes containing 2,2′-biimidazole (H2biim). Three new complexes, {[RuCl(H2biim)(η6 -p-cymene)]PF6}2·H2O (1), [(η5 - Cp)RhCl(H2biim)]PF6 (2), and [(η5 -Cp)IrCl(H2biim)]PF6 (3), were fully characterized by CHN, X-ray difraction analysis, UV–Vis, FTIR, and 1 H, 13C and 15N NMR spectroscopies. The complexes exhibit...
-
Virtual Engineering Objects (VEO): Designing, Developing and Testing Models
PublicationIn this article, the development and implementation of the concept of Virtual Engineering Object (VEO) is described. A VEO is a computerized real world representation of an engineering object. VEO will act as a living representation of the object capable of adding, storing, improving and sharing knowledge through experience, in a way similar to an expert of that object. In this paper, it is shown through test models how the concept...
-
Two-dimensional vertical analysis of dam-break flow
PublicationW artykule przedstawiono matematyczne modelowanie przepływów ze swobodną powierzchnią w kanałach otwartych. Do symulacji przepływu użyto dwuwymiarowy pionowy model RANS. Wchodzące w skład modelu równania Naviera-Stokesa rozwiązano stosując algorytm SIMPLE dla metody różnic skończonych. Do śledzenia zmian swobodnego zwierciadła wody zastosowano metodę MAC. Analizie poddano szybkozmienny przepływ po poziomym, gładkim dnie wywołany...
-
Induction of apoptosis by triazoloacridinone derivative - C-1533 in HL60 and MOLT4 human leukemia cells.
PublicationPrzeprowadzone badania miały na celu określenie zdolności triazoloakrydonu C-1533 do indukcji śmierci komórek nowotworowych MOLT4 i HL60 na drodze apoptozy. Badanie zjawiska apoptozy przeprowadzono z wykorzystaniem techniki cytofluorymetrii przepływowej, mikroskopii fluorescencyjnej i elektroforezy agarozowej. Badania wykazały, że zarówno w komórkach MOLT4 jak i HL60, spadek mitochondrialnego potencjału błonowego oraz translokacja...
-
Interaction of the conserved region 4.2 of sigma(E) with the RseA anti-sigma factor
PublicationEo-E RNA polymerase transcribes a regulon of folding factors for the bacterial envelope and is induced by physical and chemical stresses. The RseA anti-sigma factor inhibits the activity of Esigma(E) RNA, polymerase. It is shown here that the N-terminal portion of sigma(E), residues 1-153, binds core RNA polymerase. RseA interacts with residues 154-191 of sigma(E), a site that is homologous to region 4, the sigma factor binding...
-
Dissociative multi-photon ionization of isolated uracil and uracil-adenine complexes
PublicationRecent multi-photon ionization (MPI) experiments on uracil revealed a fragment ion at m/z 84 that was proposed as a potential marker for ring opening in the electronically excited neutral molecule. The present MPI measurements on deuterated uracil identify the fragment as C3H4N2O+ (uracil+ less CO), a plausible dissociative ionization product from the theoretically predicted open-ring isomer. Equivalent measurements on thymine...
-
A new assay based on terminal restriction fragment length polymorphism of homocitrate synthase gene fragments for Candida species identification
PublicationCandida sp. have been responsible for an increasing number of infections, especially in patients with immunodeficiency. Species specific differentiation of the Candida sp. is difficult in routine diagnosis. This identification can have a highly significant association in therapy and prophylaxis. This work has shown a new application of terminal restriction fragment length polymorphism (t-RFLP) method in molecular identification...
-
Synthesis and biological evaluation of novel analogues of batracylin with synthetic amino acids and adenosine: an unexpected effect on centromere segregation in tumor cells through a dual inhibition of topoisomerase IIa and Aurora B
PublicationIn the search for new anticancer agents we designed and synthesized batracylin derivatives with linking synthetic amino acid side chains of different lengths and adenosine. Unexpectedly, we have found that in water and the culture media adenosine–amino acid–BAT conjugates form supramolecular structures and this prevents these compounds from entering cells. Consequently, these compounds exerted no biological activity when tested...
-
OFDM modulation and adaptive equalisation for underwater communications.
PublicationWłasności transmisyjne płytkiego kanału podwodnego są ograniczone ze względu na wielokrotne odbicia fal dźwiękowych od dna i powierzchni wody oraz ze względu na niestacionarność powodowaną głównie przez ruch powierzchni wody. W celu minimalizacji wpływu interferencji międzysymbolowych, powodowanych przez wielodrogową propagację fal dźwiękowych, w tradycyjnych wąskopasmowych modemach telekomunikacyjnych stosowane są złożone equalizery...
-
Agnieszka Potęga dr inż.
People -
Study of immunogenic and immunoprotective activity of DNA vaccines encoding multiantigenic chimeric and fusion proteins of Toxoplasma gondii
ProjectsProject realized in Department of Microbiology according to UMO-2018/31/D/NZ6/02839 agreement from 2019-07-01
-
ARGENTUM DNA topoisomerase inhibitors with acridine and acridone scaffold as a novel antifungal agents
ProjectsProject realized in Department of Pharmaceutical Technology and Biochemistry according to DEC-24/2020/IDUB/I.3.3 agreement from 2020-11-17
-
Molekularny mechanizm wpływu stresu oksydacyjnego na stabilność strukturalną i dynamikę kompleksów telomerowego DNA z białkami
ProjectsProject realized in Department of Physical Chemistry according to 0059/DIA/2014/43 agreement from 2014-09-18
-
Fungal Typin Methods
PublicationThe broad application of the molecular techniques in mycoses diagnosis is related to increase of infections caused by fungi in many countries. The oldest typing methods relaying on fenotypic observation, physiological and biochemical examination have had very limited importance from decades. Novadays, the molecular biology methods took their place. Most of the genotyping methods have been devoleped to be applied for typing of bacteria...
-
Photophysics of Ru(II) Dyads Derived from Pyrenyl-Substitued Imidazo[4,5-f][1,10]phenanthroline Ligands.
PublicationThe photophysics of a series of Ru(II) dyads based on the 2-(1-pyrenyl)-1H-imidazo[4,5-f][1,10]-phenanthroline ligand was investigated. The ability of these metal complexes to intercalate DNA and induce cell death upon photoactivation makes them attractive photosensitizers for a range of photobiological applications, including photodynamic therapy. In the present study, time-resolved transient absorption and emission spectroscopy...
-
Novel primosomal protein B from thermophilic bacterium Thermoanerobacter tengcongensis
PublicationWe report the identification and characterization of theprimosomal protein B (PriB) from thermophilic bacteriumThermoanerobacter tengcongensis (TtePriB). It is the largestknown bacterial PriB protein consisting 216 amino acidresidues with a calculated molecular mass of 25 kDa. Surprisingly,it is functional as monomer containing two single-stranded DNA binding domain (OB-fold) and it is thecompletely new kind structure of SSB protein....
-
Wykorzystanie metod akustycznych do monitoringu środowiska morskiego
PublicationW artykule przedstawiono metody i urządzenia wykorzystywane podczas obserwacji środowiska morskiego. Celem artykułu jest pokazanie możliwości odwzorowania środowiska morskiego w zależności od typu urządzenia, jego zasady działania i parametrów technicznych. Pokazane zostaną sposoby zobrazowania podwodnego za pomocą stosowanych obecnie w hydroakustyce urządzeń. Artykuł zawiera opis najczęściej stosowanych systemów wykorzystujących...
-
Implementing Smart Virtual Product Development (SVPD) to Support Product Manufacturing
PublicationThis paper illustrates the concept of providing the manufacturing knowledge during early stages of product life cycle to experts working on product development. The aim of this research is to enable a more collaborative product development environment by using Smart Virtual Product Development (SVPD) system, which is powered by Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and Decisional DNA (DDNA). It enhances the industrial product...
-
The influence of global climate change on the environmental fate of anthropogenic pollution released from the permafrost
PublicationThis article presents a review of information related to the influence of potential permafrost degradation on the environmental fate of chemical species which are relased and stored, classified as potential influence in future Antarctic environment. Considering all data regarding climate change prediction, this topic may prove important issue for the future state of the Antarctic environment. A detailed survey on soil and permafrost...
-
Likwidacja suchego doku przy Nabrzeżu Przemysłowym w Porcie Gdańsk
PublicationW niniejszej pracy przedstawiono problemy techniczne związane z likwidacją dużego obiektu hydrotechnicznego, stanowiącego utrudnienie nawigacyjne w intensywnie eksploatowanym portowym kanale dostępowym w Porcie Gdańsk. Dwukomorowy dok zlokalizowany przy Nabrzeżu Przemysłowym wybudowano w latach 1970-1972. Komory dokowe służyły do budowy żelbetowych, pływających skrzyń falochronowych, na potrzeby budowanego w tym czasie Portu Północnego....
-
Stardust - Investigation of Microbes in the Stratosphere
PublicationThe stratospheric microbiome has been investigated several times using the methods of classical microbiology. In this experiment, we have combined them with some novel approaches including whole- metagenome amplification, Maldi TOF mass spectrometry and Sanger DNA sequencing. The results of the experiment may provide the scientists with knowledge about the mechanisms of survivability of microorganisms in stratospheric conditions...
-
9,10-Dioxoanthracenyldithiocarbamates effectively inhibit the proliferation of non-small cell lung cancer by targeting multiple protein tyrosine kinases
PublicationAnthraquinones have attracted considerable interest in the realm of cancer treatment owing to their potent anticancer properties. This study evaluates the potential of a series of new anthraquinone derivatives as anticancer agents for non-small-cell lung cancer (NSCLC). The compounds were subjected to a range of tests to assess their cytotoxic and apoptotic properties, ability to inhibit colony formation, pro-DNA damage functions,...
-
Bartłomiej Ferra dr inż.
People -
Anharmonic Infrared Spectroscopy through the Fourier Transform of Time Correlation Function Formalism in ONETEP
PublicationDensity functional theory molecular dynamics (DFT-MD) provides an efficient framework for accurately computing several types of spectra. The major benefit of DFTMD approaches lies in the ability to naturally take into account the effects of temperature and anharmonicity, without having to introduce any ad hoc or a posteriori corrections. Consequently, computational spectroscopy based on DFT-MD approaches plays a pivotal role in...
-
The influence of sterilization with EnbioJet Microwave Flow Pasteurizer on composition and bioactivity of aronia and blue-berried honeysuckle juices
PublicationIn this study, fruit juices that are rich sources of anthocyanins, obtained from aronia (Am. chokeberry, Aronia melanocarpa) and blueberry honeysuckle (Lonicera caerulea L. var. edulis) were used to examine the preservation of plant phytochemicals and bioactivity upon sterilization -either thermal, or with an EnbioJet microwave flow pasteurizer. The chemical properties verified included determinations of anthocyanins and other...
-
Cancer stem cells and escape from drug-induced premature senescence in human lung tumor cells: implications for drug resistance and in vitro drug screening models
PublicationBadania z użyciem modelu komórek nowotworu płuc A549 wykazały, że komórki te po traktowaniu lekami uszkadzającymi DNA zatrzymują proliferację i wchodzą w stan starzenia komórkowego. Jednak post-inkubacja tych komórek prowadzi do powrotu do stanu proliferacji małej frakcji komórek. Wykazaliśy, że frakcja ta związana jest z obecnością komórek pierwotnych nowotworu w populacji komórek A549. Powrót do stanu proliferacji komóek A549...
-
Optimized 5-hour multiplex PCR test for the detection of tinea unguium: performance in a routine PCR laboratory
PublicationWe recently reported the development of a 5-hour multiplex PCR test for the detection of tinea unguium and the optimization of this test by the inclusion of an inhibition control. Here we report the performance of this procedure as used in a routine clinical laboratory as compared to conventional microscopy and culture-based techniques performed in a mycology reference laboratory. We found in processing 109 samples that 22 (20.2%)...
-
BADANIA POLARNE AKADEMII MORSKIEJ W GDYNI
PublicationW pracy omówiono tematykę badań prowadzonych przez pracowników Wyższej Szkoły Mors-kiej/Akademii Morskiej w Gdyni w wysokich szerokościach półkul północnej i południowej. W latach 1975-2015 pracownicy tej uczelni opublikowali łącznie 231 artykułów, komunikatów i sprawozdań oraz 14 pozycji książkowych o charakterze monograficznym dotyczących różnych aspektów badań polarnych. Wśród tych prac 142 pozycje dotyczyły Arktyki i 103 pozycje...
-
Cognition and Decisional Experience to Support Safety Management in Workplaces
PublicationHazards are present in all workplaces and can result in serious injuries, short and long-term illnesses, or death. In this context, management of safety is essential to ensure the occupational health of workers. Aiming to assist the safety management process, especially in industrial environments, a Cognitive Vision Platform for Hazard Control (CVP-HC) is proposed. This platform is a Cyber Physical system, capable of identifying...
-
Molecular Targets for Anticandidal Chemotherapy
PublicationA relatively small number of anticandidal chemotherapeutics used in clinical practice is at least in part consequence of a limited number of their molecular targets: ergosterol in the membrane, lanosterol demethylase, b(1!3) glucan synthase, and DNA/RNA biosynthesis. Much more potential novel targets have been revealed by the comparative genomic studies identifying essential genes unique for Candida albicans or resulted from recognition...
-
A universal method for the identification of genes encoding amatoxins and phallotoxins in poisonous mushrooms
PublicationABSTRACT Background. As the currently known diagnostic DNA targets amplified in the PCR assays for detection of poisonous mushrooms have their counterparts in edible species, there is a need to design PCR primers specific to the genes encoding amanitins and phallotoxins, which occur only in poisonous mushrooms. Objective. The aim of the study was testing of PCR-based method for detection of all genes encoding hepatotoxic cyclic...
-
Video Classification Technology in a Knowledge-Vision-Integration Platform for Personal Protective Equipment Detection: An Evaluation
PublicationThis work is part of an effort for the development of a Knowledge-Vision Integration Platform for Hazard Control (KVIP-HC) in industrial workplaces, adaptable to a wide range of industrial environments. This paper focuses on hazards resulted from the non-use of personal protective equipment (PPE), and examines a few supervised learning techniques to compose the proposed system for the purpose of recognition of three protective...